肅宗孝明皇帝，諱稱詡，世宗宣武皇帝的第二子。母親名叫胡充華。永平三年(510)三月十四日，肅宗在宣光殿東北降生，當時有光照於庭中。延昌元年(512)十月十八日被立為皇太子。
延昌四年(515)正月十三日夜，即皇帝位。十四日，大赦天下。十五日，召回西討東防諸軍。十六日，帝下詔讓太保、高陽王元雍入居西柏堂，決斷處理政務。又下詔命任城王元澄為尚書令，百官調度聽從二王。二十五日，勿吉、達..、地豆和、尼步伽、拔但、佐越費實等國派使者入朝納貢。二月初七，尊皇後高氏為太後。初八，司徒高肇到京城，因罪被賜死。蕭衍寧州刺史任太洪率部侵犯關城，益州長史成興孫打垮了敵人。初十，太保、高陽王元雍進位太傅、領太尉，司空、清河王元懌為司徒，驃騎大將軍、廣平王元懷為司空。二十六日，尊胡充華為皇太妃。宕昌國派使者朝獻。三月初一，皇太後出家為尼，遷至金墉。十三日，下詔晉升宮臣官階一級。這以前，蕭衍在浮山築堤攔截淮河，試圖製造揚、徐二州的水災。下詔讓平南將軍楊大眼討伐。二十二日，詔令朝廷文武百官晉升一級。
夏四月，梁州刺史薛懷古在沮水打敗反叛的氐人。五月十二日南秦州刺史崔暹打敗氐賊，解除武興之圍。
六月，和尚法慶在冀州聚眾造反，殺害阜城令，自稱大乘。
秋七月初二，蠕蠕國派使者前來進獻。初六，帝詔假右光祿大夫元遙為征北大將軍，攻討法慶。宕昌國派使者前來朝獻。八月初五，領軍於忠矯詔殺害左仆射郭祚、尚書裴植，罷免太傅、領太尉、高陽王元雍官職，以王的身份還歸府第。初六，尊皇太妃為皇太後。初九，吐穀渾國派使者前來朝獻。初七，蕭衍政權的定州刺史田超秀率領三千軍馬請降。十六日，皇帝在宣光殿朝見皇太後，大赦天下。十七日，司徒、清河王元懌位進太傅，領太尉；司空、廣平王元懷為太保、領司徒；驃騎大將軍、任城王元澄為司空。十八日，車騎大將軍於忠為尚書令，特進崔光為車騎大將軍，並授儀同三司。二十日，恢複前江陽王元繼領國；濟南王元..恢複封爵，轉封臨淮王。群臣奏請皇太後臨朝聽政。
九月初五，皇太後開始親臨朝政，下詔曰：“魏高祖革新禮製，乃成大治，遺恩澤於民。世宗繼承大業，聖德昭遠。當今聖上年齡尚幼，已登皇極，社稷萬機極重，如履薄冰。王公百官牧守縣令，都受恩遇於先朝，寵榮來日已久，理應各自齊心勉力，共興世道，盡心盡誠，以匡輔國家。其中如有懷道丘園、隱跡板築、山棲穀飲、舒卷從時的人，那朝廷則廣賜金帛，以全其誌。有能讜言直諫、濟世益時的，如實上報，朝廷當不拘名第地提拔任用。孝子、順孫、義夫、節婦，理當旌表族門鄉閭、以表彰其美。那些年高孤獨不能自養的人，官府供給布粟贍養。如因饑荒失業、天災流離，或者是賣男鬻女作為役奴仆隸的，各聽其歸還。一段時間以來，冀方未寧，徐州被侵擾，將帥勞苦，士卒疲憊，都應派人撫慰，賜予衣馬。沿邊州鎮，鎮守之勞，北方酋庶，歸順效力的，也應勞慰，以與其忠心相符。其有先朝舊事停而不舉，一向以來的固習不依常式的，都可奏疏上聞，當予覽視裁決，若是有益於國家的人，自當破格錄用。應將上述措施明白地昭示各級部門，以求合於朕意。”
十四日，征伐北方的元遙擊殺法慶及其將帥一百多人，傳首至京城。安定王元燮去世。二十日，高昌、庫莫奚、契丹等國都派使者前來朝獻。蕭衍將領趙祖悅偷襲占據硤石。二十三日，帝下詔命定州刺史崔亮假鎮南將軍，率領眾將討伐趙祖悅；冀州刺史蕭寶夤為鎮東將軍，駐軍淮堰。二十八日，鄧至國派使者朝貢。
冬十月初一，勿吉國獻眓矢。十二日，高麗、吐穀渾派使者前來朝獻。十五日，命安定公胡國珍為中書監、儀同三司。二十四日，蕭衍政權的弘化太守杜桂舉郡歸附魏廷。十二月初二，任命高陽王元雍為太師。初十，鎮南崔亮打敗趙祖悅，於是包圍硤石。十六日，皇帝、皇太後拜謁景陵。高車國派使者朝見。
熙平元年(516)正月初一，大赦天下，改年號。荊、沔都督元誌大破蕭衍軍隊，斬殺其恒農太守王世定等。朝廷以吏部尚書李平為鎮軍大將軍兼尚書右仆射，建行台，節度討伐硤石的諸路軍馬。二月初八日，鎮東將軍蕭寶夤在淮北大破蕭衍軍隊。二十六日，肅宗第一次聽秀才對策，對策成績在中上以上的，錄用為官。二十八日，鎮南將軍崔亮、鎮軍大將軍李平等人攻克硤石，殺了蕭衍豫州刺史趙祖悅，傳首京城，把他的軍隊全部俘虜了。這個月，吐穀渾、宕昌、鄧至等國都來朝納貢。三月初四，以揚州刺史李崇為驃騎將軍、儀同三司。二十五日，把硤石的俘虜分賜眾臣僚。
夏四月初一，因為瀛州老百姓發生饑荒，開倉濟民。高昌、陰平國派使者前來朝貢。五月初一，帝下詔說：“烈日炎炎，積日連月，苗田枯焦，最近雖有緩解，但仍是杯水車薪，無法晚種，令人焦心，這都是朕的過錯，想來痛心疾首。尚書可斟酌獄案，察其冤枉，權衡輕重，隨時報到朕處，不要使一個人哀歎嗟怨，損傷和氣。土木建築，暫且作罷，讓老百姓努力農務，努力耕種。希望近降甘霖，以保豐年。”蕭衍衡州刺史張齊進犯益州，朝廷以傅豎眼為益州刺史率軍討伐，屢次擊敗敵軍，斬殺敵將任太洪。初四，帝下詔把華林園中的野獸都放歸山野。二十日，吐穀渾派使者前來朝拜。
秋七月初六，朝廷重申殺牛的禁令。十二日，下詔在硤石征戰過的士兵免除一年租賦。傅豎眼大破張齊，張齊逃走。二十二日，高昌國派使者前來朝獻。八月十一日，命侍中、中書監、儀同三司、安定郡開國公胡國珍為都督雍涇岐華東秦豳六州諸軍事、驃騎大將軍、開府儀同三司、雍州刺史。十二日，下詔說：“先賢列聖，道冠生民，仁風盛德，燦著圖籍。如今既已，仙歸而去，跡隨物變，他們的陵墓，雜遝矮小，長滿雜草，古代帝王的陵墓，多被踐踏。可明示這些地方，有帝王陵陵的，四麵各五十步以內不要耕種。”宕昌國派使者朝貢。九月十四日，淮河堰堤潰決，蕭衍沿淮城池村落戍邊兵民十萬多人，全都漂入大海。
十二月十九日，肅宗下詔讓洛陽、河陰及各部曹雜人七十以上、鰥寡貧困不能自養的，加上年少而因病殘廢、窮苦不濟的，核查清楚以後一一上報。
二年(517)春正月，大乘餘賊又糾集到一起，攻打瀛州。刺史宇文福討伐並平定了他們。十二日，大赦天下。二十六日，勿吉國派使者朝貢。二十八日，帝下詔派大使巡察四方，問民疾苦，體恤孤寡，黜幽升明。又下詔說：“選部用人，務在得才，必須廣求野棲之人，共同治理國家。州郡城防，各令加固。聚集的齋會，要懲治那些參與的妖人。監獄都要造屋，枷鎖務必輕小。能工巧匠，不得隱藏技能。絹布彩緞，長短合式。假冒軍功的，必須全部淘汰。籍貫不實的，普使糾查按察，聽其投案，違抗加罪。”下詔讓中尉元匡考定權衡這些事。癸醜日，伏地羅、..賓國派使者前來朝獻。二月初九，契丹、鄧至、宕昌等國派使者前來朝獻。十三日，肅宗封禦史中尉元匡為東平王。三月初九，吐穀渾國派使者前來朝獻。二十四，太保、領司徒、廣平王元懷逝世。
夏四月初四，高麗、波斯、疏勒、口厭噠等國派使者前來朝獻。初八，下詔京城長官治下，百歲以上的賜大郡板，九十歲以上的賜小郡板。十八日，任命中書監、開府儀同三司胡國珍為司徒公，特進、汝南王元悅為中書監、儀同三司。二十五日，皇太後駕臨伊闕石窟寺，當天回到宮中。安定王元超改封為北平王。五月初二，皇帝下詔說：“揚州硤石、荊山、新淮、駉城戰死的士兵，追贈財物，免除其家中一房親屬五年的賦稅勞役；若無妻子兒女，則免除其家族中一人二年的賦稅勞役。身遭三處創傷的，賞升一階；雖一處傷而四肢殘廢的，亦同此賞。”二十一日，皇宮重申天文禁例，違反的以極刑論處。二十六日，鄧至國派使者前來朝拜納貢。
秋七月初六，地伏羅、..賓國都派使者前來朝貢。十七日，中書監、儀同三司、汝南王元悅因殺人被免去官職，以王爵歸第。八月初三，肅宗在太廟祭祖。八月初十，在顯陽殿宴請魏太祖以來宗室中年齡在十五歲以上的子弟，敘家人之禮。十一日，下詔說庶族子弟年齡未到十五歲的不準入仕做官。帝下詔曰：“皇魏開創帝基，道義超過周、漢，蟬連二都，德盛百年，雖然已是帝緒繁衍興旺，親賢並茂，卻仍然有人默默無聞，素履褐巾，這不是廣命戚族、翼屏王室所應該出現的。今天可依世係遠近，加以任用。”十二日，帝詔命鹹陽、京兆二王子女還京附歸屬籍。十四日，吐穀渾國派使者前來朝貢。十九日，肅宗下詔命侍中、太師、高陽王元雍入居門下省，參預決斷尚書奏事。二十一日，契丹國派使者前來朝貢。九月初三，吐穀渾國派使者前來朝拜納貢。初八，皇帝下詔說：“檢察訴訟，處理冤獄，實在是為政之首，親自審理案件，是取信於民的根本所在。近日以來，牢獄之中，治綱未振，獄訟奸邪繁雜，嗟怨苦訴驟然紛起，雖然衙司仍存，實際上則常常誣妄陳積。朕雖然寡德，但深深為此擔憂。從本月十五日始，朕親出宮城，親自處理沉積的冤案。主管此事的官員可廣泛通知遠近之人，讓他們都知道這件事。”這個月，在青、齊、兗、涇、平、營、肆七州修築東陽、曆城、瑕丘、平涼、肥如、和龍、九原七城。
冬十月初二，因幽、冀、滄、瀛四州發生大饑荒，皇帝派尚書長孫稚，兼尚書鄧羨、元纂等巡撫安慰百姓，開倉濟民。初九，勿吉國貢奉眓矢。初十，因光州饑荒凋弊，派使者救濟。二十七日，帝下詔曰：“北方京都是皇業根本，帝業基礎，南遷已經兩代，那裏仍有皇族居住。朕樂故懷本，不能自拔，如舊都中有仍未遷居的，全都聽任他們停住那裏，安居樂業。但如有精通才藝，應於時求的人，自當為國征選，不在其列。周代王室子孫，漢代劉氏家族，遍布海內，都大規模繁衍，哪裏還拘泥於東南西北，相距千裏之遙呢？”十一月初七，蕭衍政權的平西將軍、巴州刺史牟漢寵派使者前來請求投降。十二月二十日，蠕蠕國派使者前來納貢。
神龜元年(518)春正月初八，下詔任命氐族酋長楊定為陰平王。十一日，以特進、江陽王元繼為驃騎大將軍、儀同三司。十七日，肅宗下詔說：“朕年少即位，政道未康，百姓的疾苦，沒來得及撫恤，為此朕日夜矜念感慨，深掛於心，眷顧百齡之人，悼懷治域六極。京郊百歲以上的人賜給大郡板，九十歲以上的賜給小郡板，八十歲以上的賜給中縣板，七十歲以上賜給小縣板；各州百姓，百歲以上的賜給小郡板，九十歲以上賜給上縣板，八十歲以上的給中縣板；鰥寡孤獨不能自存自養的，賜給粟五斛、帛二匹。”二十日，下詔說供官府雜役的戶民冒入官員隊伍的，擔任現職的人必須有五個人擔保，無人擔保的便奪官還役。二十九日，加授特進、汝南王元悅為儀同三司。秦州羌民造反。幽州發生大饑荒，老百姓餓死者有三千七百九十九人，肅宗下詔讓刺史趙邕開倉濟民。二月二十二日，口厭噠、高麗、勿吉、吐穀渾、宕昌、疏勒、久末..、末久半等國，都派使者前來朝貢。二十三日，帝下詔因神龜表瑞，大赦天下，更改年號。東益州氐族造反。蠕蠕國派使者前來朝貢。三月初五，任命尚書右仆射於忠為儀同三司。二十五日，儀同三司、尚書右仆射於忠逝世。南秦州氐族反叛，朝廷派龍驤將軍崔襲持節撫慰他們。吐穀渾國派遣使者前來朝貢。
夏四月十一日，司徒胡國珍逝世。十八日江陽王元繼改封為京兆王。二十五日，舍摩國派使者朝獻。五月，高麗、高車、高昌等國都派使者來朝貢。從正月開始一直到六月初七，幹旱才隨著喜雨降臨而消解。
秋七月，河州百姓卻鐵匆聚眾造反，自稱水池王。詔命行台源子恭前去討伐。閏月十五日，吐穀渾國派使者朝貢。二十一日，開放恒州銀山之禁，與老百姓共享。二十四日，波斯、疏勒、烏萇、龜茲等國都派使者前來朝貢。八月初一，帝下詔曰：“朕年少登基，未諳政道，皇太後重孝在身，便開始料理萬機。所以獄案沉埋，百姓冤弊，朕念刑律繁雜，想從輕從簡發落，京城中被囚禁的，除了死刑以外的都可減刑一等。”初五，肅宗下詔說：“近年以來，戰事頻繁，甚至喪期未滿的，都被奪哀從役。這樣一來，無限的哀痛無法表達，撫養之恩無法回報，這不是所謂的崇揚孝敬之道的做法。從今以後，即使是金革戰事興起，也不能征召那些正處喪期的人。”十七日，勿吉國派使者前來朝貢。鐵匆人馬相繼投降到源子恭麾下。九月初一，任右光祿大夫劉騰為衛將軍、儀同三司。二十六日，皇太後高氏在瑤光寺逝世。冬十月十五日以尼姑逝世的禮節葬在北邙。
十二月二十日，帝下詔說：“生民有歸，下歸神州，京邑隱賑，丁口億萬，貴賤無憑，沒有固定所屬，作為百姓父母，尤宜存養撫恤。今劃乾脯山以西，擬為九原。”
二年(519)正月初七，肅宗下詔說：“朕年幼愚昧，繼承寶位，日夜憂心，如涉淵海。幸賴皇太後慈愛仁心，誨教不斷。自臨朝登極，將近六年，天平地成，四海寧安。天道高遠，巍巍扁明，但卻至今抑鬱自處，沒有稱號，這不是崇奉坤元地道、允讚協理億兆黎民所應有的。應按照過去舊典，詔告宇內，以符合億萬百姓的願望。”這個月，改葬文昭皇太後高氏。二月十五日，齊郡王元..去世。二十日，羽林軍一千多人燒死征西將軍張彝的弟弟，打傷張彝，燒死他的兒子始均。吐穀渾、宕昌國派使者前來朝貢。二十五日，大赦天下。二十七日，帝下詔征求直言，凡有上書的聽其密封直奏皇上。三月初三，帝下詔說：“農耕月份，甘雨未下，穀粟未收，三麥枯焦。朕德行未感於天，歎惋懼恐並生於懷。可明示內外，在過去的祝禱地點，舉行祭天儀式。官府察獄理冤，掩埋露骨。冀、瀛二州境內，以往屢經寇賊強暴，死者很多，白骨橫道，可令專人負責收葬。其他像賑窮恤寡。救病存老，依照以前方式，務必要周到詳備。”三月初五，喜雨大降。
夏四月十六日，口厭噠國派使者朝貢。五月二十日，任命司空、任城王元澄為司徒，驃騎大將軍、儀同三司、京兆王元繼為司空。
秋八月十四日，禦史中尉、東平王元匡因犯事被削除官爵。二十六日任命左光祿大夫皇甫集為征西將軍、儀同三司。九月十四日，皇太後駕臨崧高山；十七日，還歸宮中。瀛州百姓劉宣明謀反，事情敗露後被殺。
冬十一月初十，蠕蠕莫緣梁賀侯豆率領男女七百人前來歸降。十二月初八，司徒、任城王元澄逝世。十五日，大赦天下。皇帝下詔去除繁多婬雜的祭祀活動，焚燒眾雜神像及神位。
這一年，高麗王高雲死，以其世子繼承其王國。
正光元年(520)春季正月初十，皇帝下詔說：“建國治民，立教為本，尊師重道，此典自舊時沿襲下來。明年二月，節和氣潤，祭奠孔子、顏淵，正是時節。有關部門可預先修繕國學，圖飾聖賢，設置官員，準備祭品，選擇吉日實施此事。”
夏四月十三日，帝下詔讓尚書長孫稚巡撫北境，觀察風俗。五月初九，肅宗下詔說：“朕德行寡薄，運獲寶座，雖然是未明求衣，終日擔心憂懼，但暗昧多缺，炎旱成災，這都與我的責任分不開，以致我寢食盡忘。而今刑獄繁多，囹圄仍積，應廣施仁惠，以濟萬民。有關官員可察糾囚徒，務必申直枉濫。”二十一日，肅宗下詔說：“祛災招運，以修明政治為本，百姓是神主，實應置之首位。刺史郡守縣令與朕一起共同治理天下，應該哀矜於懷，切勿自喜，視民怵惕如傷。何況今天炎旱曆時，萬民凋弊，而我們卻不撫慰體恤窮困冤屈，按理決斷眾獄。可嚴令州郡官員，妥善安撫百姓，務必盡心盡智，還要決事果斷迅速，一定要使事情公允，人神共寧，那些個不便於百姓的賦役，都要報上來，以便減除。”
秋七月初四，侍中元叉、中侍中劉騰奉迎肅宗到前殿，謊稱皇太後旨意說：“魏有天下，吉星高照。高祖孝文皇帝，以英明神聖的馭天之才，遷徙都城定下江山。世宗宣武皇帝，以聰明睿智，承繼帝業，拓展安定海內，但鴻勳未半，早早登仙。這樣車未同軌，書未同文，大賊勢頭尚旺。幼主稚弱，早登皇基，無法擔當起統治天下的重任，朕因此順從群臣所請，臨朝總攬朝政。帝年歲漸長，朕長久以來思謀退居，所以去年殷勤再三，陳述此意，百官群僚、內外眾人都已明朕懷。但大家的意思，卻讓朕再勤於政，於是朕便努力於政，直到現在。從今年春天以來，舊病又發，藥石加治，未能見好，夏天以來，屢屢發作，所以不堪日理萬機、巨細兼顧。帝年歲已長，學識齊備，日複一日，人君的素質已經具備，足以撫治萬邦，妥善和諧地治理各種事物。朕當續起前誌，退居別宮，遠思複子理政、身自明避之義，以自安養，實在希望眾臣為百姓著想，深鑒此理。如這樣，那就會上下安順，天地清晏，魏道宏大，人神慶悅，不是件很好的事嗎？”於是把皇太後幽禁在北宮，殺了太傅、領太尉、清河王元懌，總領禁衛部隊，在殿中處理政務。十九日，肅宗加皇帝禮服，大赦天下，改年號，內外百官晉升官位一級。八月十三日，相州刺史、中山王元熙起兵欲誅殺元叉、劉騰，未果被殺。九月十三日，蠕蠕國主阿那瑰前來投奔。二十七日，任命太師高陽王元雍為丞相，加授後部羽葆、鼓吹、班劍四十人。
冬十月十五日，以驃騎大將軍、儀同三司、汝南王元悅為太尉公。
十一月二十九日，肅宗下詔說：“蠕蠕世代雄居北方，在大漠中自成一統與華夏上國鄰近相通，已經一百多年。自神鼎南底，世代相傳，以至今天，虔誠的貢獻雖時有違背，但邊境平安，他們全心向魏，款款忠純。現在其主阿那瑰遭逢劫難，國家分裂，親眾離析，他萬裏遠馳，投奔我朝。悲同申、伍，忠孝足嘉。我朝應為其興複國之師，以嘉其繼絕之舉，應以賓禮待他，期望其立功，恢複其地，大啟河嶽，可封他為朔方郡開國公、蠕蠕主，食邑一千戶，賜給衣帽，加以禮車，賞給儀仗、護衛，例同親蕃。”十二月十三日，肅宗下詔說：“蠕蠕主阿那瑰，遭逢寇亂，遠來投庇，其邦分崩離析，猶無定主，而他深懷歸願、憂心切痛。啟訴情切，其情哀哀。扶持複興滅亡的政權，體恤敗者，自古以來即為通典。可派國使前後三人，與阿那瑰一道；並明令懷朔都督，領精銳騎兵二千人，親自率領，把阿那瑰送至其領土邊境，令其見機行事。如蠕蠕迎候，應賜車馬物品之類，務必要禮遇優厚隆重，禮餞而返；如不接受，聽任其還歸宮闕。阿那瑰的行裝資給，交給尚書辦理。”二十二日，任命司空、京兆王元繼為司徒公。
正光二年(521)，南秦州氐族造反。二月十二日，假光祿大夫邴虯以撫軍將軍率部討伐。二十五日，肅宗車駕駕臨國子學，講《孝經》。三月初二，肅宗幸臨國子學祭祀孔子，以顏淵配祭。二十四日，右衛將軍奚康生在禁宮內準備殺元叉，不果，被元叉矯詔害死。
夏四月初三，司徒京兆王元繼進位太保。初五，車騎大將軍、儀同三司崔光任司徒公。蕭衍義州刺史文僧明率領部下歸附朝廷。五月十四日，南荊州刺史桓叔興自安昌南叛。十八日，烏萇國派使者來朝。閏月初九，居密、波斯國都派使者前來朝拜納貢。六月初三，高昌國派使者朝貢。二十七日，勿吉國派使者朝貢。
秋七月十七日，肅宗下詔書曰：“時雨未降，禾苗形損，是我的過錯，朕日夜擔心憂懼，雖然勉力祭天招應，但至今仍無反應。有關部門可修按舊典，快做以下六件事：監獄中被冤枉的人火速斷決；眾官曠職，據情嚴處；鰥獨困窮，宜加撫恤；役賦煩民，全加減省；賢良讜直，按時升進；貪官汙吏，即地罷免，怨男曠女，務令偶配。希望克惡懲違，消除災害。”八月初二，伏羅國派使者朝貢。蠕蠕後主鬱久閭侯匿伐前來投奔懷朔鎮。
十一月初一，高昌國派使者朝貢。十四日，衛大將軍，儀同三司皇甫集去世。十二月初九，肅宗下詔讓司徒崔光、安豐王元延明等議定服禮章法。十五日，因東益、南秦氐族人造反，帝詔讓中軍將軍、河間王元琛討伐他們，失利。
正光三年(522)春正月十八日，皇帝在藉田中象征性地耕田，以勵農稼。
夏季四月十九日，任命高車國主覆羅伊匐為鎮西將軍、西海郡開國公、高車王。六月初六，肅宗下詔說：“朕以幼年，早登皇基，但不能上奉天靈，感應和氣，以致炎旱連年，甘雨未降，百禾枯焦，晚種未下，將成災年，秋熟無望。這都是我的過錯，因此朕憂懼震懷。今可依舊分派有關部門，馳奔祈祝山嶽及諸山川百神能興起雲雨的，務盡虔誠整肅，一定要讓蒼天感應降雨，玉帛牲品，有求必給。上下群官，躬身自責，斷理冤獄，停止土木工程，減膳撤懸，禁止屠殺。”
秋七月初九，波斯、不漢、龜茲等國派使者前來朝貢。
冬十月八日，吐穀渾國派使者前來朝貢。十一月二十二日，皇帝到臨丘處理戰事。二十五日，肅宗下詔曰：“治體正處明時，前王茂軌，考定律曆，是曆代通常的規律。先朝各代，每每對此慨然而歎。到神龜年間，朝廷始命儒官改創疏漏的律曆，回度易憲，才讓律曆與天象合拍。而今皇天應人，陽春將開，萬物初萌，應變耳目，這是所謂魏雖舊邦，律曆維新的做法。現可頒布宣明內外，名叫《正光曆》。又加此是改曆後的首節嘉辰，獲展祝祀，神人交和，情理和合幽顯，朕思考這與億兆百姓共維此新，可大赦天下。”十二月十六日，以左光祿大夫皇甫度為儀同三司。二十七日，任命車騎大將軍、尚書右仆射元欽為儀同三司，太保、京兆王元繼為太傅，司徒崔光為太保。二十九日，因為牧守妄立碑頌，動不動建造寺塔；第宅豐偉奢侈，店肆商販橫行。下詔中尉嚴加糾摘威風，見到法規不允的事即行糾奏。七品、六品，俸祿足以代耕，也不能聽其經營店鋪，在城市中爭利。
正光四年(523)春二月初七，肅宗追封已故鹹陽王元禧為敷城王，京兆王元愉為臨洮王，清河王元懌為範陽王，以禮加葬。(三月)二十三日，河間王元琛、章武王元融，都因貪汙的罪名被削爵除名。二十五日，因柔然主阿那環率眾侵犯邊境，朝廷派尚書左丞元孚兼任尚書，為此道行台，持節撫慰他們。蠕蠕後主侯匿伐到京師朝見。宕昌國派使者前來朝貢。司空劉騰逝世。
夏季四月，阿那環俘獲元孚，驅兵掠搶魏畜牧後北逃。二十三日，肅宗詔驃騎大將軍、尚書令李崇，中軍將軍、兼尚書右仆射元纂率領十萬騎兵討伐蠕蠕，出塞三千餘裏，追不上敵人以後回師。
秋七月二十七日，肅宗下詔曰：“尊貴之人，年齡即是標誌之一，崇奉高年的人，是先代通訓。所以方敘以元老處於尊位，充國因自強不息而被朝廷挽留。雖然說七十退休，明於典故，然而因以德尚壯，允許他繼續在官。而今眾官之中，或年近退休，按禮當退。但是他們少年時朝廷用其才力，老了就擱置一邊，朕念其舊時勤勉，實在不忍心。或在朝為官，未當外任；或因私事停官，常受考級。這樣的人，雖然已年滿七十，聽任其治民，以終常限。或有新解郡縣之職，或外佐始停，已滿七十，又求重新任職的，吏部可依令不予上報。這中間有高名俊德、老成的長者，灼然顯達、為時人所知曉的，不拘於此例。如若才非秀異，現任朝廷官員，依律令應當解職，可給本官半祿，以終養其身。以使辭官於朝的長者，也不對還歸鄉閭的人懷怨而終了餘生。”
八月十一日，肅宗下詔曰：“狂暴之徒肆意施暴，淩欺竊取北方，雖然皇魏軍威不斷，賊徒震懾逃走，但是暴徒所經之地，當地多遭禍患，每每念此，朕心中切痛異常。可令北道行台，派使巡視檢察北方，遭到寇掠的地方，饑餒無糧的，厚加賑恤，務必救濟。”十四日，肅宗下詔書曰：“朕以不才，登上皇極，借光祖宗之基，身處王公之上，每每晝思夜想，考慮康撫百姓。最近以來雨旱失時，星運錯糸比，政理失和，神靈變異，想到這些，朕憂心忡忡。宜詔示百司各勤其職，那些鰥寡窮疾冤滯不申的人，一並加以撫惜。像那些孝子順孫，廉潔貞節，忠心耿耿、才學超群、獨行於世的，都要向上反映，朕將親自考察，加以提拔任命。”二十日追複已故範陽王元懌為清河王。九月十七日，庫莫奚國派使者前來朝拜納貢。肅宗下詔讓侍中、太尉、汝南王元悅入居門下省，與丞相、高陽王元雍一起議決尚書們所奏的事情。
冬十一月十一日，趙郡王元謐逝世。十二日，太保崔光去世。十二月，蕭衍派將侵犯邊疆，肅宗下詔讓假南將軍崔延伯率兵討伐。任命太尉、汝南王元悅為太保。徐州刺史、北海王元顥因貪汙事發被削去官職。
正光五年(524)正月二十日，肅宗在南郊舉行祭祀活動。閏二月初九，口厭噠達國派使者前來朝貢。
三月，沃野鎮人破落汗拔陵聚眾造反，殺死鎮守將領，號稱真王元年。肅宗下詔讓臨淮王元..為鎮軍將軍，假鎮北將軍，都督北征諸軍事率兵討伐。
夏四月，高平酋長胡琛造反，自稱高平王，攻打鎮池以響應拔陵。別將盧祖謙打敗了他，胡琛北逃。
五月，臨淮王元..在五原戰敗，被朝廷削去官爵。二十三日，肅宗下詔，命尚書令李崇為大都督，率廣陽王元淵等人討伐北方敵人。
六月，秦城人莫折太提據城反叛，自稱秦王，殺死刺史李彥。肅宗下詔讓刺史元誌率部討伐。南秦州人孫掩、張長命、韓祖香據城反叛，殺死刺史崔遊以響應莫折太提。太提派城民卜朝襲擊高平，殺死鎮將赫連略、行台高元榮。太提不久死，子莫折念生代之而立，僭稱天子，建年號為天建，設立百官。十八日，朝廷大赦天下。
秋季，七月初六，肅宗詔命吏部尚書元修義兼任尚書仆射，為西道行台，率領眾將西討。初十，複河間王元琛、臨淮王元..本封。
都督崔暹在白道失利，大都督李崇率部還駐平城，因其帳中長史祖瑩截獲吞沒軍用物資被免除官爵。二十八日，念生派其都督楊伯年、樊元、張朗人攻打仇鳩、河池兩個戍鎮，東益州刺史魏子建派將領尹祥、黎叔和打敗他們，砍下樊元首級，斬殺敵人一千多人。
這個月，涼州禁衛軍將領於菩提、呼延雄綁起刺史宗穎，據城反叛。
莫折念生派其兄高陽王莫折天生率兵下隴向東侵犯。
八月十六日，元誌在隴東大敗，退守岐州。十九日，肅宗下詔曰：“嘉貴賞勞，是聖明之主的常德；恩及舊績，是警示後人的常規。太祖道武皇帝順應天期，撥亂返正，大造華夏；世祖太武皇帝繼承洪緒，光大王業，親率六師，掃清惡穢；諸州城鎮人，充當士卒，南征北戰，戎馬倥傯，備受勞苦。等到顯祖獻文皇帝，自北向南，淮海一帶百姓歸誠大義，因此他分劃強族，派將鎮守方鎮。高祖孝文皇帝，遠遵盤庚，將遷都嵩山洛水之間，思求遏抑北疆，開拓南境，選任良家豪傑，增加北守力量，北戎所托，實倚此輩。先帝因他們忠心不二，方加酬勞賜錫，逢宛、郢烽火煙起，朐、泗告警，軍旗頻動，連年動兵，這種恩寵方才停止。到了今天，怨怒反叛興起，很大程度上是由於此。朕妄承皇統，安撫統治天下，調應天時，施布惠政，謀求廣播恩澤，現在應追述這些人前番恩忠，追嘉其功。各州鎮俘虜，隻要原來不是犯罪發配的犯人。都免其為平民，鎮改為州，依舊時稱號。這些人世代習於戰伐，大多是剛勁勇猛之徒，今天既然受到甄選拔任，應思報效國家。可間歇開拔前去征討沙隴。當讓人齊心協力，奮勇當先，這樣，妖黨狂醜之人，必可被蕩除殆盡。士卒衝鋒陷陣，立下戰功的，自依常式嘉賞。”二十日，南秀容牧子於乞真反叛，殺害太仆卿陸延。別將爾朱榮討伐平定了叛亂。
二十一日，莫折念生派都督寶雙攻打盤頭郡。東益州刺史魏子建派將領竇念祖討伐他。斬殺寶雙，擒獲斬殺一千多人。
九月二十九日，肅宗下詔命尚書左仆射，齊王蕭寶夤為西道行台、大都督，率領征西將軍、都督崔延伯，又下詔恢複撫軍將軍、北海王元顥官職、爵位，命其為都督，一起率領眾將向西討伐。二十八日，肅宗駕臨明堂，為蕭寶夤等餞行。
這個月，蕭衍派將裴邃、虞鴻襲據壽春外城，刺史長孫稚擊退了他們，裴邃退居黎漿。肅宗下詔讓河間王元琛統兵支授長孫稚。蕭衍又派將領軍侵犯淮揚，肅宗下詔讓秘書監、安樂王元鑒率軍討伐他們。吐穀渾主伏連籌率兵討伐涼州叛軍，於菩提棄城逃走，伏連籌追上殺了他，城民趙天安又推舉宋穎為刺史。
冬十月，營州城人趙安定、就德興據城反叛，逮捕了刺史李仲遵。城民王惡兒殺了趙安定歸降朝廷，就德興東逃而去，自稱燕王。胡琛派其將領宿勤明達侵犯豳、夏、北華三州。初五，肅宗詔都督北海王元顥率領眾將討伐來敵。
十一月初二，莫折天生攻陷岐州，逮起都督元誌及刺史裴芬之。高平人攻殺卜朝，一起迎接胡琛。
十二月十六日，肅宗下詔命太傅、京兆王元繼為太師、大將軍，率領眾將討伐天生。口厭噠、契丹、地豆於、庫莫奚等國都派使者前來朝貢。
汾州正平、平陽山胡叛逆。肅宗下詔恢複征東將軍章武王元融封爵，命其為大都督，率部討伐。
山南行台東益州刺史魏子建招降南秦州氐族百姓，恢複其六郡十二戍，又斬殺賊王韓祖香。南秦州賊王張長命畏於逼迫，便向蕭寶夤投降。
這個月，莫折念生派兵攻打涼州，城中百姓趙天安又逮捕了刺史以響應他。
孝昌元年(525)春季正月十五，徐州刺史元法僧據城反叛，害死行台高諒，自稱宋王，年號天啟，派其子元景仲歸順蕭衍。蕭衍派其將領胡龍牙、成景雋、元略等率部赴彭城。肅宗詔命秘書監安樂王元鑒回師以討伐他們，元鑒在彭城南麵與元略接戰，大破元略，盡俘叛軍，緊接著由於警備疏忽，被元法僧打敗。蕭衍派其豫章王蕭綜進入彭城內據守，元法僧擁其僚屬、守令、士卒以及城郊士女萬餘人歸入蕭衍政權。肅宗下詔讓鎮軍將軍、臨淮王元..，尚書李憲為都督，衛將軍、國子祭酒、安豐王元延明為東道行台，恢複儀同三司李崇官爵，為東道大都督，一起討伐徐州。李崇因病沒有前去。
十八日，蕭寶夤、崔延伯在黑水大破秦州叛賊，斬首擒獲的敵人達數萬人，莫折念生退逃入隴西，涇、岐以及隴東都被平定。朝廷任命太師、大將軍、京兆王元繼為太尉，其餘人官職依舊。
二月，任命領軍將軍元叉為驃騎大將軍、儀同三司。肅宗下詔追複樂良王元長命本爵，讓其子忠繼承爵位。侍中、特進、衛大將軍穆紹任儀同三司。二十三日，大赦天下。
十七日，莫折念生派都督楊..、梁下辯、薑齊等攻擊仇池郡城池，行台、東益州刺史魏子建派部將盛遷打敗他們，殺了下辯、薑齊等人，砍下首級。二十七日，肅宗下詔曰：“揚善懲惡，為治國大典。詔令是每年考核官吏一次，郡守考核令長，刺史考核郡守，以確定政績，看其能否勝任。如有雜濫謬妄，便以考功失實論處。”這個月，齊州魏郡百姓房伯和聚眾造反。正逢大赦，就散夥了。
三月二十五日，肅宗下詔命太尉、西道都督、京兆王元繼班師回朝。二十八日，下詔說：“丞相高陽王，道德淵廣，光明磊落、篤厚忠誠，堪稱朝儀楷模，下國榜樣，所謂的我的失誤你來輔佐，以求政治責成，宜頒布新的法令，宣明遠近。各州郡先前上奏給司徒公的文牒，都可改奏給相府處理，符告也照此辦理。”三十日，下詔說：“選而後舉，自古如此。朕妄承大業，綜理萬機，求賢致治，心如饑渴。知人善任，自古為難，應博訪公卿，采集各方人士的聲名事實。現在可令第一品以下，第五品以上的官員，各人推薦自己所了解的人，不限身份和職務。一定要精審其器量才幹，具體列舉才能在哪一方麵，然後依式提拔，按其才能安排位置，希望人才濟濟的景象，不差往昔，忠直之風，弘揚於今歲。”蕭衍派其北梁州長史錫休儒、司馬魚和，上庸太守薑平洛等侵犯直城，梁州刺史傅豎眼派兒子傅敬紹率眾迎敵，大破敵軍，擒斬敵軍三千多人，錫休儒等人逃回魏興。這個月，齊州清河百姓崔畜殺了太守董遵，廣川百姓傅堆逮捕太守劉莽然後反叛。青州刺史、安樂王元鑒討伐並平定了他們。
這個月，破落汗拔陵別帥王也不盧等攻陷懷朔鎮。
夏季四月，蕭衍的益州刺史蕭淵猷派將領樊文熾、蕭世澄等率部圍攻小劍戍鎮。益州刺史邴虯派子邴子達，行台魏子建派別將淳於誕迎擊。
二十五日，皇太後又臨朝攝政，召集大臣們來議論得失。下詔稱：“朕寡陋昧暗，早承天曆，茫茫然如涉淵海，不知所濟，全靠祖宗在天之靈保佑，大家勉力輔弼，才得以康弘世道。而神龜末年以來，權臣擅命，元叉、劉騰陰謀得逞，於是使皇太後被軟禁在後宮，太傅、清河王無辜受害，相州刺史、中山王元熙橫遭不測，右衛將軍奚康生也被誅戮。從此以後，他們無所畏忌，姿意侵掠奢求，獎懲予奪隨心所欲。無君之心，積習漸久；不臣之跡，越發顯明。二人障蔽陛下耳目之明，專握生殺權柄，天下因此不安，四郊由之多阻隔不通。是可忍，孰不可忍！雖然朝廷屢經赦免，但在這個上麵也應量法而行，仔細辨正，以謝朝野之憤。劉騰既已死去，可追削其爵位。元叉的罪行，實應嚴懲，但因他是皇親國戚，予以寬大處理，可除名為民。”
十八日，征西將軍、都督崔延伯在涇川被打得大敗，自己也戰死。
五月二十四日，淳於誕等大破蕭衍軍隊，俘虜斬首萬人，擒獲蕭世澄等十一位將領，樊文熾僅以身免，逃往成都。戊子，驃騎大將軍、儀同三司李崇逝世。
六月初十，朝廷大赦天下，改年號。下詔文武官員，凡從軍二百天者，文官升一級，武官升兩級。蠕蠕主阿那瑰率眾大破拔陵，斬殺其將孔雀等。眾將逼近彭城，蕭綜在夜晚偷偷出來投降，蕭衍眾將奔逃而去，軍隊席卷過去，蕭衍人馬死裏逃生的僅有十分之一二。
秋季八月初三，朝廷下詔禁止遠近各地再行貢納奇珍異寶，違詔者免去官職。
柔玄鎮人杜洛周率眾在上穀造反，年號真王，攻郡陷縣，南圍燕州城。
初八，莫折念生派都督杜黑兒、杜光等攻打仇池郡。行台魏子建派將領成遷擊敗了他們，砍下杜光首級。
九月十三日，下詔減免百姓各種租稅的一半。十四日，朝廷下詔命左將軍、幽州刺史常景為行台，征虜將軍元譚為都督，以討伐杜洛周。十九日，朝廷下詔說：“追功表德，以勉勵善者。祖宗為功臣，封為王爵，而他們的子孫廢棄不名，淪為平民，爵位無聞，流落散失。潁川名守，重泉名宰，惠風美政，結於民心，而他們卻依然是尋常品級，未受褒揚提拔，這不是常說的愛及甘棠、良倫美列之意所應該的。現在，那些先朝知名的功臣名將，他們的子孫淪湮埋沒有官職的，那些牧令守長聲譽政績卓爾不凡的，都請有關部門具報上聞。朕將予以大力提拔，以光大治風。”二十日，下詔讓百官五品以上的，各舉薦自己所知道的文武才俊者。二十九日，因特殊情況赦免南北兩秦州罪民。
冬季十月，蠕蠕國主阿那瑰派使者朝貢。這個月，吐穀渾又討伐趙天安，趙投降了。河州長史元永平、治中孟賓等共推口厭噠使主高徽處理州事，而前刺史梁釗之子梁景進殺了他，梁景進便自己行使起權力來了。
十一月十一日，朝廷下詔書說：“大孝使親故都很榮耀，古時法典已經注明，所以安平王年高，諸子滿朝。從今以後各官員有父母年歲在八十以上的，都聽其居官祿養，讓其朝夕享受溫情。”當時天下處多事之時，諸少數民族再次反叛。
十二月十二日，帝下詔說：“高祖以大德定功，世宗以武力息亂，聲名漫溢南北，教化澄清中土，大業盛過強周，國運延續了七百年。朕少年登基，早行皇權，戰戰兢兢，如臨淵穀。朕不明治道，政事刑法都不嫻熟，權臣擅命，亂我朝廷程式，致使西秦跋扈、北戎囂張，荊蠻蠢蠢欲動，戰火紛飛，連年不息。亂急甚於當年涇陽之時，出軍迫急超過舊時細柳紮營。但軍隊盤桓，滯留不前，北氵育懸危，南陽告急，將失荊、沔之地，以致有逼迫國家之憂。現在茅轂扼腕，爪牙歎憤，都希望能挫敗大敵，剿截長蛇，使得人神兩安，幽明獻吉。朕將親統六師，掃蕩汙穢。其配衣六軍，分屬龍虎，前驅後隊，左翼右師，必須要將帥雄健丙敢，軍吏明濟，糧草器仗車輛馬匹，隨供所需。那些曾失誤亡軍、戰前逃叛、竄伏山澤劫掠為盜的人，免除其以往的過失，收錄其後來之忠，另立一種格式，聽其自新，此令要廣下各州郡，召他們赴軍立功。今天先征伐荊蠻，使南疆臣服；然後大旗東指，掃平淮南。然後軍馬匯集西域，掃平西疆，安定北境；撫慰離亂之人，安撫饑寒之民。最後登臨嵩山，向神靈、祖先稟報大功告成，沉璧河洛，告成泰嶽，那不是一種盛大的景觀嗎！內外百官、牧守軍宰，各各宜整肅勤勉，恪守職責。”山胡劉蠡升造反，自稱天子，設置百官。這個月，任命臨淮王元..為征南大將軍，率軍討伐魯陽蠻族。
孝昌二年(526)春正月初十，封廣平王元懷的庶生長子、太常少卿元誨為範陽王。十二日，以太保、汝南王元悅為領太尉。這個月，都督元譚駐軍軍都，被杜洛周打敗。五原歸降戶民鮮於修禮在定州造反，建號魯興元年。帝詔左光祿大夫長孫稚為使持節、假驃騎大將軍、大都督、北討諸軍事，與都督河間王元琛率將討伐。
二月十五日，肅宗、皇太後駕臨大夏門，親自審理冤案。這個月，疊伏羅國派使者前來朝貢。
三月初二，任命驃騎大將軍、徐州刺史、安豐王元延明為儀同三司。追複中山王元熙本爵，其子叔仁繼承爵位。十六日，西部敕勒人斛律洛陽在桑乾反叛，向西與河西牧子相通連。別將爾朱榮討伐打敗了他們。
夏四月，朝廷大赦天下。十五日，任命侍中、車騎大將軍、城陽王元徽為儀同三司。朔州城民鮮於阿胡、厙狄豐樂據城反叛。二十九日，都督李琚軍駐薊城北麵，又被杜洛周打敗，李琚戰死。三十日，以驃騎大將軍、開府、齊王蕭寶夤為儀同三司。北討都督河間王元琛、長孫稚兵敗而回，帝下詔免去元琛、長孫稚官爵。庫莫奚國派使者朝貢。
五月初九，肅宗準備親征北方，內外戒嚴。前任給事中黃門侍郎元略從蕭衍政權逃歸朝廷，被封為義陽王。任命丞相、高陽王元雍為大司馬；吏部尚書、廣陽王元淵為驃騎大將軍、儀同三司，不久任大都督，率領都督章武王元融北討鮮於修禮。初十，燕州刺史崔秉率眾放棄城池南逃入中山境內。二十七日，任命安西將軍、光祿大夫宗正珍孫為都督，征討汾州反叛的胡人。
六月初二，在齊州實行特赦。絳蜀人陳雙熾聚眾造反，自號建始王。特赦平陽、建興、正平三郡。下詔讓假鎮西將軍、都督長孫稚征討陳雙熾，平定了他。初九，京兆王元略被改封為東平王。衛大將軍、西道都督元恒芝為車騎大將軍、儀同三司。十二日，帝下詔恢複義陽王元繼的本來封號江陽王。二十二日，帝下詔書說：“自從國運步入艱難的境地，一直到今天，烽火驛報交替馳傳，旌旗戰鼓從未停息，祖宗傳下來的盛隆基業，危如壘卵，國家政權，快要淪落墜沒。朕威信德行不能傳遠，謀劃運籌無法遠播，致使蒼生百姓遭此劫難、生靈塗炭，怎樣做才能讓皇基穩固，黎民安寧呢。從今開始，朕便避居正殿，蔬食素服。朕當親自召募士卒，收集忠勇。其有能極言力諫之士，敢於申明忠義之人，二十五日以前都到華林東門集中，朕將分別引見，共商朝政得失。此令頒告朝野內外，使人們都知道此事。”二十九日，任命衛將軍、東平王元略為左光祿大夫、儀同三司。
秋季七月初十，杜洛周派其別帥曹紇真侵犯幽州。行台常景派都督於榮在粟園迎戰，大破曹紇，斬殺曹紇，斬獲三十多人，得到牛驢二萬多頭。十二日，恒州陷落，行台元纂奔逃到冀州。二十七日，蕭衍將元樹、湛僧珍等人率軍侵犯壽春。
八月初九，晉封廣川縣開國公元召己為常山王。任命驃騎大將軍、東道行台、臨淮王元..為儀同三司。十一日，肅宗駕臨南石窟寺，當日便回宮。二十一日，晉封散騎常侍、禦史中尉、武城縣開國公元子攸為長樂王。都督伊甕生討伐巴人，失利戰死。二十六日，賊帥元洪業殺了鮮於修禮，請求投降朝廷，被賊黨葛榮殺害。都督爾朱榮在肆州把刺史尉慶賓抓了起來，命令其堂叔爾朱羽生統攝州中事務。
九月十五日，葛榮在博野白牛邏打敗了都督廣陽王元淵、章武王元融，元融戰死陣前。葛榮自稱天子，國號齊，年號廣安。甲申日，常景又打敗杜洛周，殺了他的武川王賀拔文興、別帥侯莫陳升，生擒男女俘虜四百多人，牛驢五千多頭。就德興攻陷平州，殺害刺史王買奴。
這個月，莫折天生請求投降，蕭寶夤派行台左丞崔士和前去據守秦州。天生又叛，把崔士和送給胡琛，被害。
冬季十一月三日，杜洛周攻陷幽州，把刺史王延年以及行台常景抓了起來。十一日，規定京郊的田租，每畝五升；借貸公田耕種的，每畝上繳一鬥。閏月中，規定在集市上做流動生意的，每人各一錢，店舍的稅分為五等。齊州平原郡百姓劉樹、劉蒼生聚眾造反，州中駐軍打敗了他們，劉樹投奔蕭衍去了。蕭衍將領元樹進逼壽春，揚州刺史李憲不敵，舉城投降。當初，這些州、郡、縣的行政長官及長史、司馬、戍主都留有子女在京城作為人質。蕭衍又派將領攻打新野，肅宗下詔命都督魏承祖討伐他們。肅宗下詔說：“最近以來，舊京淪陷覆亡，中原喪亂，宗室子女，戶籍在皇室家族之內，被雜戶濫門所拘禁汙辱的，聽任其離絕。”
孝昌三年(527)春季正月初十，任命司空公皇甫度為司徒，儀同三司蕭寶夤為司空，車騎將軍、北海王元顥為車騎大將軍、儀同三司。徐州百姓任道棱聚眾造反，襲據蕭城叛亂。州中駐軍討伐平定了叛亂。
十七日，葛榮攻陷殷州，刺史崔楷守節而死，於是朝廷東圍冀州。二十日，皇帝下詔嚴整鑄錢的製度。
蕭寶夤、元恒芝在涇州被打得大敗，大隴都督、南平王仲礒，小隴都督高聿都相繼退散而去，東秦州刺史潘義淵以..城投降敵人。
高平賊寇逼近岐州，城中百姓拘捕刺史魏蘭根，以城投敵。豳州刺史畢祖暉、行台羊深一起奔逃，祖暉死於陣前。北海王元顥不久也敗退而去。賊帥胡引祖據北華州響應。賊帥叱幹騏麟入據豳州。朝廷有條件地赦免關西以及正平、平陽、建興有罪的人。二十五日，因四方未平，帝下詔京城內外戒嚴，自己準備親自出征。二十七日，蕭衍將領湛僧珍圍困東豫州，帝下詔命散騎常侍元日韋為都督討伐湛僧珍本月，蕭衍又派將領彭群、王辯等率眾數萬進逼琅笽，肅宗下詔命青州、南青州出兵討伐。
二月十四日，皇帝下詔說：“關隴一帶遭遇敵寇禍難，燕、趙一帶的逆賊欺淩百姓，蒼生流離，農耕失時，加上轉運，勞役已經很多，州中倉庫儲積，不應不動，如不開出運輸糧食的賞格，怎能停息漕運的煩勞。凡是有能把糧食運到瀛、定、岐、雍四州的，官鬥二百斛賞賜一級官階；輸入二華州的，五百石賞賜官一階。不限運輸糧食的數量，糧食運完後授給官職。”敵寇占據潼關。二十四日，追複已故東平王元匡爵位，改封為濟南王。二十七日，東郡百姓趙顯德造反，殺了太守裴煙，自稱都督。立其兄的兒子為太守，帝詔都督李叔仁討伐。這個月，蕭衍將領成景雋侵犯彭城。帝詔員外常侍崔孝芬為行台，率領軍隊擊退了敵人。
三月初一，肅宗下詔準備征討西部，中外戒嚴。敵人逃走，收複潼關。初五，帝下詔準備回駕北討，下詔命金紫光祿大夫源子邕為大都督，討伐葛榮。初八，齊州廣川郡百姓劉鈞逮捕清河太守邵懷，聚眾造反，自稱大行台。清河百姓房須自稱大都督，屯據昌國城。
夏季四月，別將元斌之征討東郡，斬殺趙顯德。十七日，蠕蠕國派使者前來朝貢。
六月，蠕蠕國派使者朝貢。這個月，帝詔都督李叔仁討伐劉鈞，平定了叛亂。
秋季七月，陳郡百姓劉獲、鄭辯在西華反叛，年號天授。州軍征討平定了叛亂。相州刺史、安樂王元鑒據州反叛。二十八日，朝廷大赦天下。這個月，青州刺史、彭城王元劭，南青州刺史胡平，派將殺了蕭衍將領彭群，俘敵二千多人。
八月，都督源子邕、李軌、裴衍攻打鄴城。十七日，殺了元鑒，相州平定。朝廷又令源子邕等征討葛榮。
九月辛卯日，東豫州刺史元慶和舉城南叛蕭衍政權。二十八日，蠕蠕國派使者前來朝貢。秦州百姓杜粲殺了莫折念生，自己行使州中權力。南秦州百姓辛琛自行州中權力，派使者入朝請罪。
冬季十月十九日，特赦恒農郡以西，河北、正平、平陽、邵郡以及關西諸州。二十二日，任命衛將軍、討虜大都督爾朱榮為車騎大將軍、儀同三司。二十五日，雍州刺史蕭寶夤據州反叛，自稱國號為齊，年號隆緒，肅宗下詔命尚書右仆射長孫稚前去討伐。
十一月三十日，葛榮攻陷冀州，逮捕刺史元孚，逐出城中居民，被凍死的人有十分之六七。
十二月十九日，都督源子邕、裴衍與葛榮交戰，在陽平東北的漳水轉彎處被打敗，二人戰死。這個月，杜粲被駱超所殺，駱超派使者向朝廷請罪。
武泰元年(528)春季正月初五，朝廷任命北海王元顥為驃騎大將軍、開府儀同三司、相州刺史。初七，定州被杜洛周攻陷了，刺史楊津被俘。瀛州刺史元寧舉城投降杜洛周。皇女出生，秘稱皇子。初八，朝廷大赦天下，改元。十八日，長孫稚平定潼關。十九日，雍州城民侯終德結夥攻打蕭寶夤，寶夤攜南陽公主及其子，與百餘名騎兵渡過渭河逃走。雍州平定。
二月，朝廷任命長孫稚為車騎大將軍、開府儀同三司、雍州刺史、兼尚書仆射、西道行台。一群盜賊焚燒劫掠鞏縣以西、關口以東、公路澗以南一帶。帝下詔命武衛將軍李神軌為都督，討伐平定了他們。二十五日，肅宗在顯陽殿逝世，時年十九歲。二十六日，皇子即位，朝廷大赦天下。皇太後下詔書說：“皇家握曆受圖，將近二百年，祖宗累世聖明，社稷安穩。高祖以文教理國，世宗以武功治世，輔臣惟良，元首穆穆。等到先帝在位，寬厚仁慈，奉養有度，溫明恭順。朕孤陋寡聞，臨治萬國，見識不如塗山，德行不如文母。正逢妖逆蜂起，四方多事。實在希望蒼天降靈保佑，子孫滿堂。自從潘充華有孕東宮，希望其生下皇子，然而熊羆無兆。虺牝逐彰。其時國運未康，於是假稱生子，想以此來安定民心，維係皇脈。誰想到皇帝一旦升天，弓劍莫追，國道中微，皇家斷絕祭祀之人。皇曾孫已故臨洮王元寶暉世子元釗，出自高祖一脈，人才卓異，先帝平日愛養特深，如親子，事符當璧。等到先帝後來病重，彌留之際，便把他請入榻側，受命玉幾之前。等到陳衣在庭，沒有來得及登記在冊，答應其擁有玉璽，即日登基。朕對此惶懼忸怩，不知所措。而喪君有君，宗室穩固，理應崇賞官員，福澤士人，凡是在位之人，都加提拔。內外文武百官、督將征人，遭難解除職位的，普加軍功二階；其中禁衛武官，直..以下直從以上及主帥，可加軍功三階；那些丟官失爵的人，聽其恢複本來的官爵。因謀反大罪被削去官爵的，不在此列。清議禁錮，也都滌除。如是二品以上不能再自受爵官的，任其轉授給兒子、兄弟。可廣告遠近，都使知道。”二十七日，幼主即位。儀同三司、大都督爾朱榮抗表請求赴朝，統兵南進。這個月，杜洛周被葛榮吞並。
三月二十六日，葛榮攻陷滄州，逮捕刺史薛慶之，城中居民十分之八九遇難。二十七日，給肅宗元恪上諡號稱孝明皇帝。二十八日，下葬定陵，廟號肅宗。
夏季四月十一日，爾朱榮渡過黃河。十三日，皇太後、幼主一起死亡。
延昌四年(515)正月十三日夜，即皇帝位。十四日，大赦天下。十五日，召回西討東防諸軍。十六日，帝下詔讓太保、高陽王元雍入居西柏堂，決斷處理政務。又下詔命任城王元澄為尚書令，百官調度聽從二王。二十五日，勿吉、達..、地豆和、尼步伽、拔但、佐越費實等國派使者入朝納貢。二月初七，尊皇後高氏為太後。初八，司徒高肇到京城，因罪被賜死。蕭衍寧州刺史任太洪率部侵犯關城，益州長史成興孫打垮了敵人。初十，太保、高陽王元雍進位太傅、領太尉，司空、清河王元懌為司徒，驃騎大將軍、廣平王元懷為司空。二十六日，尊胡充華為皇太妃。宕昌國派使者朝獻。三月初一，皇太後出家為尼，遷至金墉。十三日，下詔晉升宮臣官階一級。這以前，蕭衍在浮山築堤攔截淮河，試圖製造揚、徐二州的水災。下詔讓平南將軍楊大眼討伐。二十二日，詔令朝廷文武百官晉升一級。
夏四月，梁州刺史薛懷古在沮水打敗反叛的氐人。五月十二日南秦州刺史崔暹打敗氐賊，解除武興之圍。
六月，和尚法慶在冀州聚眾造反，殺害阜城令，自稱大乘。
秋七月初二，蠕蠕國派使者前來進獻。初六，帝詔假右光祿大夫元遙為征北大將軍，攻討法慶。宕昌國派使者前來朝獻。八月初五，領軍於忠矯詔殺害左仆射郭祚、尚書裴植，罷免太傅、領太尉、高陽王元雍官職，以王的身份還歸府第。初六，尊皇太妃為皇太後。初九，吐穀渾國派使者前來朝獻。初七，蕭衍政權的定州刺史田超秀率領三千軍馬請降。十六日，皇帝在宣光殿朝見皇太後，大赦天下。十七日，司徒、清河王元懌位進太傅，領太尉；司空、廣平王元懷為太保、領司徒；驃騎大將軍、任城王元澄為司空。十八日，車騎大將軍於忠為尚書令，特進崔光為車騎大將軍，並授儀同三司。二十日，恢複前江陽王元繼領國；濟南王元..恢複封爵，轉封臨淮王。群臣奏請皇太後臨朝聽政。
九月初五，皇太後開始親臨朝政，下詔曰：“魏高祖革新禮製，乃成大治，遺恩澤於民。世宗繼承大業，聖德昭遠。當今聖上年齡尚幼，已登皇極，社稷萬機極重，如履薄冰。王公百官牧守縣令，都受恩遇於先朝，寵榮來日已久，理應各自齊心勉力，共興世道，盡心盡誠，以匡輔國家。其中如有懷道丘園、隱跡板築、山棲穀飲、舒卷從時的人，那朝廷則廣賜金帛，以全其誌。有能讜言直諫、濟世益時的，如實上報，朝廷當不拘名第地提拔任用。孝子、順孫、義夫、節婦，理當旌表族門鄉閭、以表彰其美。那些年高孤獨不能自養的人，官府供給布粟贍養。如因饑荒失業、天災流離，或者是賣男鬻女作為役奴仆隸的，各聽其歸還。一段時間以來，冀方未寧，徐州被侵擾，將帥勞苦，士卒疲憊，都應派人撫慰，賜予衣馬。沿邊州鎮，鎮守之勞，北方酋庶，歸順效力的，也應勞慰，以與其忠心相符。其有先朝舊事停而不舉，一向以來的固習不依常式的，都可奏疏上聞，當予覽視裁決，若是有益於國家的人，自當破格錄用。應將上述措施明白地昭示各級部門，以求合於朕意。”
十四日，征伐北方的元遙擊殺法慶及其將帥一百多人，傳首至京城。安定王元燮去世。二十日，高昌、庫莫奚、契丹等國都派使者前來朝獻。蕭衍將領趙祖悅偷襲占據硤石。二十三日，帝下詔命定州刺史崔亮假鎮南將軍，率領眾將討伐趙祖悅；冀州刺史蕭寶夤為鎮東將軍，駐軍淮堰。二十八日，鄧至國派使者朝貢。
冬十月初一，勿吉國獻眓矢。十二日，高麗、吐穀渾派使者前來朝獻。十五日，命安定公胡國珍為中書監、儀同三司。二十四日，蕭衍政權的弘化太守杜桂舉郡歸附魏廷。十二月初二，任命高陽王元雍為太師。初十，鎮南崔亮打敗趙祖悅，於是包圍硤石。十六日，皇帝、皇太後拜謁景陵。高車國派使者朝見。
熙平元年(516)正月初一，大赦天下，改年號。荊、沔都督元誌大破蕭衍軍隊，斬殺其恒農太守王世定等。朝廷以吏部尚書李平為鎮軍大將軍兼尚書右仆射，建行台，節度討伐硤石的諸路軍馬。二月初八日，鎮東將軍蕭寶夤在淮北大破蕭衍軍隊。二十六日，肅宗第一次聽秀才對策，對策成績在中上以上的，錄用為官。二十八日，鎮南將軍崔亮、鎮軍大將軍李平等人攻克硤石，殺了蕭衍豫州刺史趙祖悅，傳首京城，把他的軍隊全部俘虜了。這個月，吐穀渾、宕昌、鄧至等國都來朝納貢。三月初四，以揚州刺史李崇為驃騎將軍、儀同三司。二十五日，把硤石的俘虜分賜眾臣僚。
夏四月初一，因為瀛州老百姓發生饑荒，開倉濟民。高昌、陰平國派使者前來朝貢。五月初一，帝下詔說：“烈日炎炎，積日連月，苗田枯焦，最近雖有緩解，但仍是杯水車薪，無法晚種，令人焦心，這都是朕的過錯，想來痛心疾首。尚書可斟酌獄案，察其冤枉，權衡輕重，隨時報到朕處，不要使一個人哀歎嗟怨，損傷和氣。土木建築，暫且作罷，讓老百姓努力農務，努力耕種。希望近降甘霖，以保豐年。”蕭衍衡州刺史張齊進犯益州，朝廷以傅豎眼為益州刺史率軍討伐，屢次擊敗敵軍，斬殺敵將任太洪。初四，帝下詔把華林園中的野獸都放歸山野。二十日，吐穀渾派使者前來朝拜。
秋七月初六，朝廷重申殺牛的禁令。十二日，下詔在硤石征戰過的士兵免除一年租賦。傅豎眼大破張齊，張齊逃走。二十二日，高昌國派使者前來朝獻。八月十一日，命侍中、中書監、儀同三司、安定郡開國公胡國珍為都督雍涇岐華東秦豳六州諸軍事、驃騎大將軍、開府儀同三司、雍州刺史。十二日，下詔說：“先賢列聖，道冠生民，仁風盛德，燦著圖籍。如今既已，仙歸而去，跡隨物變，他們的陵墓，雜遝矮小，長滿雜草，古代帝王的陵墓，多被踐踏。可明示這些地方，有帝王陵陵的，四麵各五十步以內不要耕種。”宕昌國派使者朝貢。九月十四日，淮河堰堤潰決，蕭衍沿淮城池村落戍邊兵民十萬多人，全都漂入大海。
十二月十九日，肅宗下詔讓洛陽、河陰及各部曹雜人七十以上、鰥寡貧困不能自養的，加上年少而因病殘廢、窮苦不濟的，核查清楚以後一一上報。
二年(517)春正月，大乘餘賊又糾集到一起，攻打瀛州。刺史宇文福討伐並平定了他們。十二日，大赦天下。二十六日，勿吉國派使者朝貢。二十八日，帝下詔派大使巡察四方，問民疾苦，體恤孤寡，黜幽升明。又下詔說：“選部用人，務在得才，必須廣求野棲之人，共同治理國家。州郡城防，各令加固。聚集的齋會，要懲治那些參與的妖人。監獄都要造屋，枷鎖務必輕小。能工巧匠，不得隱藏技能。絹布彩緞，長短合式。假冒軍功的，必須全部淘汰。籍貫不實的，普使糾查按察，聽其投案，違抗加罪。”下詔讓中尉元匡考定權衡這些事。癸醜日，伏地羅、..賓國派使者前來朝獻。二月初九，契丹、鄧至、宕昌等國派使者前來朝獻。十三日，肅宗封禦史中尉元匡為東平王。三月初九，吐穀渾國派使者前來朝獻。二十四，太保、領司徒、廣平王元懷逝世。
夏四月初四，高麗、波斯、疏勒、口厭噠等國派使者前來朝獻。初八，下詔京城長官治下，百歲以上的賜大郡板，九十歲以上的賜小郡板。十八日，任命中書監、開府儀同三司胡國珍為司徒公，特進、汝南王元悅為中書監、儀同三司。二十五日，皇太後駕臨伊闕石窟寺，當天回到宮中。安定王元超改封為北平王。五月初二，皇帝下詔說：“揚州硤石、荊山、新淮、駉城戰死的士兵，追贈財物，免除其家中一房親屬五年的賦稅勞役；若無妻子兒女，則免除其家族中一人二年的賦稅勞役。身遭三處創傷的，賞升一階；雖一處傷而四肢殘廢的，亦同此賞。”二十一日，皇宮重申天文禁例，違反的以極刑論處。二十六日，鄧至國派使者前來朝拜納貢。
秋七月初六，地伏羅、..賓國都派使者前來朝貢。十七日，中書監、儀同三司、汝南王元悅因殺人被免去官職，以王爵歸第。八月初三，肅宗在太廟祭祖。八月初十，在顯陽殿宴請魏太祖以來宗室中年齡在十五歲以上的子弟，敘家人之禮。十一日，下詔說庶族子弟年齡未到十五歲的不準入仕做官。帝下詔曰：“皇魏開創帝基，道義超過周、漢，蟬連二都，德盛百年，雖然已是帝緒繁衍興旺，親賢並茂，卻仍然有人默默無聞，素履褐巾，這不是廣命戚族、翼屏王室所應該出現的。今天可依世係遠近，加以任用。”十二日，帝詔命鹹陽、京兆二王子女還京附歸屬籍。十四日，吐穀渾國派使者前來朝貢。十九日，肅宗下詔命侍中、太師、高陽王元雍入居門下省，參預決斷尚書奏事。二十一日，契丹國派使者前來朝貢。九月初三，吐穀渾國派使者前來朝拜納貢。初八，皇帝下詔說：“檢察訴訟，處理冤獄，實在是為政之首，親自審理案件，是取信於民的根本所在。近日以來，牢獄之中，治綱未振，獄訟奸邪繁雜，嗟怨苦訴驟然紛起，雖然衙司仍存，實際上則常常誣妄陳積。朕雖然寡德，但深深為此擔憂。從本月十五日始，朕親出宮城，親自處理沉積的冤案。主管此事的官員可廣泛通知遠近之人，讓他們都知道這件事。”這個月，在青、齊、兗、涇、平、營、肆七州修築東陽、曆城、瑕丘、平涼、肥如、和龍、九原七城。
冬十月初二，因幽、冀、滄、瀛四州發生大饑荒，皇帝派尚書長孫稚，兼尚書鄧羨、元纂等巡撫安慰百姓，開倉濟民。初九，勿吉國貢奉眓矢。初十，因光州饑荒凋弊，派使者救濟。二十七日，帝下詔曰：“北方京都是皇業根本，帝業基礎，南遷已經兩代，那裏仍有皇族居住。朕樂故懷本，不能自拔，如舊都中有仍未遷居的，全都聽任他們停住那裏，安居樂業。但如有精通才藝，應於時求的人，自當為國征選，不在其列。周代王室子孫，漢代劉氏家族，遍布海內，都大規模繁衍，哪裏還拘泥於東南西北，相距千裏之遙呢？”十一月初七，蕭衍政權的平西將軍、巴州刺史牟漢寵派使者前來請求投降。十二月二十日，蠕蠕國派使者前來納貢。
神龜元年(518)春正月初八，下詔任命氐族酋長楊定為陰平王。十一日，以特進、江陽王元繼為驃騎大將軍、儀同三司。十七日，肅宗下詔說：“朕年少即位，政道未康，百姓的疾苦，沒來得及撫恤，為此朕日夜矜念感慨，深掛於心，眷顧百齡之人，悼懷治域六極。京郊百歲以上的人賜給大郡板，九十歲以上的賜給小郡板，八十歲以上的賜給中縣板，七十歲以上賜給小縣板；各州百姓，百歲以上的賜給小郡板，九十歲以上賜給上縣板，八十歲以上的給中縣板；鰥寡孤獨不能自存自養的，賜給粟五斛、帛二匹。”二十日，下詔說供官府雜役的戶民冒入官員隊伍的，擔任現職的人必須有五個人擔保，無人擔保的便奪官還役。二十九日，加授特進、汝南王元悅為儀同三司。秦州羌民造反。幽州發生大饑荒，老百姓餓死者有三千七百九十九人，肅宗下詔讓刺史趙邕開倉濟民。二月二十二日，口厭噠、高麗、勿吉、吐穀渾、宕昌、疏勒、久末..、末久半等國，都派使者前來朝貢。二十三日，帝下詔因神龜表瑞，大赦天下，更改年號。東益州氐族造反。蠕蠕國派使者前來朝貢。三月初五，任命尚書右仆射於忠為儀同三司。二十五日，儀同三司、尚書右仆射於忠逝世。南秦州氐族反叛，朝廷派龍驤將軍崔襲持節撫慰他們。吐穀渾國派遣使者前來朝貢。
夏四月十一日，司徒胡國珍逝世。十八日江陽王元繼改封為京兆王。二十五日，舍摩國派使者朝獻。五月，高麗、高車、高昌等國都派使者來朝貢。從正月開始一直到六月初七，幹旱才隨著喜雨降臨而消解。
秋七月，河州百姓卻鐵匆聚眾造反，自稱水池王。詔命行台源子恭前去討伐。閏月十五日，吐穀渾國派使者朝貢。二十一日，開放恒州銀山之禁，與老百姓共享。二十四日，波斯、疏勒、烏萇、龜茲等國都派使者前來朝貢。八月初一，帝下詔曰：“朕年少登基，未諳政道，皇太後重孝在身，便開始料理萬機。所以獄案沉埋，百姓冤弊，朕念刑律繁雜，想從輕從簡發落，京城中被囚禁的，除了死刑以外的都可減刑一等。”初五，肅宗下詔說：“近年以來，戰事頻繁，甚至喪期未滿的，都被奪哀從役。這樣一來，無限的哀痛無法表達，撫養之恩無法回報，這不是所謂的崇揚孝敬之道的做法。從今以後，即使是金革戰事興起，也不能征召那些正處喪期的人。”十七日，勿吉國派使者前來朝貢。鐵匆人馬相繼投降到源子恭麾下。九月初一，任右光祿大夫劉騰為衛將軍、儀同三司。二十六日，皇太後高氏在瑤光寺逝世。冬十月十五日以尼姑逝世的禮節葬在北邙。
十二月二十日，帝下詔說：“生民有歸，下歸神州，京邑隱賑，丁口億萬，貴賤無憑，沒有固定所屬，作為百姓父母，尤宜存養撫恤。今劃乾脯山以西，擬為九原。”
二年(519)正月初七，肅宗下詔說：“朕年幼愚昧，繼承寶位，日夜憂心，如涉淵海。幸賴皇太後慈愛仁心，誨教不斷。自臨朝登極，將近六年，天平地成，四海寧安。天道高遠，巍巍扁明，但卻至今抑鬱自處，沒有稱號，這不是崇奉坤元地道、允讚協理億兆黎民所應有的。應按照過去舊典，詔告宇內，以符合億萬百姓的願望。”這個月，改葬文昭皇太後高氏。二月十五日，齊郡王元..去世。二十日，羽林軍一千多人燒死征西將軍張彝的弟弟，打傷張彝，燒死他的兒子始均。吐穀渾、宕昌國派使者前來朝貢。二十五日，大赦天下。二十七日，帝下詔征求直言，凡有上書的聽其密封直奏皇上。三月初三，帝下詔說：“農耕月份，甘雨未下，穀粟未收，三麥枯焦。朕德行未感於天，歎惋懼恐並生於懷。可明示內外，在過去的祝禱地點，舉行祭天儀式。官府察獄理冤，掩埋露骨。冀、瀛二州境內，以往屢經寇賊強暴，死者很多，白骨橫道，可令專人負責收葬。其他像賑窮恤寡。救病存老，依照以前方式，務必要周到詳備。”三月初五，喜雨大降。
夏四月十六日，口厭噠國派使者朝貢。五月二十日，任命司空、任城王元澄為司徒，驃騎大將軍、儀同三司、京兆王元繼為司空。
秋八月十四日，禦史中尉、東平王元匡因犯事被削除官爵。二十六日任命左光祿大夫皇甫集為征西將軍、儀同三司。九月十四日，皇太後駕臨崧高山；十七日，還歸宮中。瀛州百姓劉宣明謀反，事情敗露後被殺。
冬十一月初十，蠕蠕莫緣梁賀侯豆率領男女七百人前來歸降。十二月初八，司徒、任城王元澄逝世。十五日，大赦天下。皇帝下詔去除繁多婬雜的祭祀活動，焚燒眾雜神像及神位。
這一年，高麗王高雲死，以其世子繼承其王國。
正光元年(520)春季正月初十，皇帝下詔說：“建國治民，立教為本，尊師重道，此典自舊時沿襲下來。明年二月，節和氣潤，祭奠孔子、顏淵，正是時節。有關部門可預先修繕國學，圖飾聖賢，設置官員，準備祭品，選擇吉日實施此事。”
夏四月十三日，帝下詔讓尚書長孫稚巡撫北境，觀察風俗。五月初九，肅宗下詔說：“朕德行寡薄，運獲寶座，雖然是未明求衣，終日擔心憂懼，但暗昧多缺，炎旱成災，這都與我的責任分不開，以致我寢食盡忘。而今刑獄繁多，囹圄仍積，應廣施仁惠，以濟萬民。有關官員可察糾囚徒，務必申直枉濫。”二十一日，肅宗下詔說：“祛災招運，以修明政治為本，百姓是神主，實應置之首位。刺史郡守縣令與朕一起共同治理天下，應該哀矜於懷，切勿自喜，視民怵惕如傷。何況今天炎旱曆時，萬民凋弊，而我們卻不撫慰體恤窮困冤屈，按理決斷眾獄。可嚴令州郡官員，妥善安撫百姓，務必盡心盡智，還要決事果斷迅速，一定要使事情公允，人神共寧，那些個不便於百姓的賦役，都要報上來，以便減除。”
秋七月初四，侍中元叉、中侍中劉騰奉迎肅宗到前殿，謊稱皇太後旨意說：“魏有天下，吉星高照。高祖孝文皇帝，以英明神聖的馭天之才，遷徙都城定下江山。世宗宣武皇帝，以聰明睿智，承繼帝業，拓展安定海內，但鴻勳未半，早早登仙。這樣車未同軌，書未同文，大賊勢頭尚旺。幼主稚弱，早登皇基，無法擔當起統治天下的重任，朕因此順從群臣所請，臨朝總攬朝政。帝年歲漸長，朕長久以來思謀退居，所以去年殷勤再三，陳述此意，百官群僚、內外眾人都已明朕懷。但大家的意思，卻讓朕再勤於政，於是朕便努力於政，直到現在。從今年春天以來，舊病又發，藥石加治，未能見好，夏天以來，屢屢發作，所以不堪日理萬機、巨細兼顧。帝年歲已長，學識齊備，日複一日，人君的素質已經具備，足以撫治萬邦，妥善和諧地治理各種事物。朕當續起前誌，退居別宮，遠思複子理政、身自明避之義，以自安養，實在希望眾臣為百姓著想，深鑒此理。如這樣，那就會上下安順，天地清晏，魏道宏大，人神慶悅，不是件很好的事嗎？”於是把皇太後幽禁在北宮，殺了太傅、領太尉、清河王元懌，總領禁衛部隊，在殿中處理政務。十九日，肅宗加皇帝禮服，大赦天下，改年號，內外百官晉升官位一級。八月十三日，相州刺史、中山王元熙起兵欲誅殺元叉、劉騰，未果被殺。九月十三日，蠕蠕國主阿那瑰前來投奔。二十七日，任命太師高陽王元雍為丞相，加授後部羽葆、鼓吹、班劍四十人。
冬十月十五日，以驃騎大將軍、儀同三司、汝南王元悅為太尉公。
十一月二十九日，肅宗下詔說：“蠕蠕世代雄居北方，在大漠中自成一統與華夏上國鄰近相通，已經一百多年。自神鼎南底，世代相傳，以至今天，虔誠的貢獻雖時有違背，但邊境平安，他們全心向魏，款款忠純。現在其主阿那瑰遭逢劫難，國家分裂，親眾離析，他萬裏遠馳，投奔我朝。悲同申、伍，忠孝足嘉。我朝應為其興複國之師，以嘉其繼絕之舉，應以賓禮待他，期望其立功，恢複其地，大啟河嶽，可封他為朔方郡開國公、蠕蠕主，食邑一千戶，賜給衣帽，加以禮車，賞給儀仗、護衛，例同親蕃。”十二月十三日，肅宗下詔說：“蠕蠕主阿那瑰，遭逢寇亂，遠來投庇，其邦分崩離析，猶無定主，而他深懷歸願、憂心切痛。啟訴情切，其情哀哀。扶持複興滅亡的政權，體恤敗者，自古以來即為通典。可派國使前後三人，與阿那瑰一道；並明令懷朔都督，領精銳騎兵二千人，親自率領，把阿那瑰送至其領土邊境，令其見機行事。如蠕蠕迎候，應賜車馬物品之類，務必要禮遇優厚隆重，禮餞而返；如不接受，聽任其還歸宮闕。阿那瑰的行裝資給，交給尚書辦理。”二十二日，任命司空、京兆王元繼為司徒公。
正光二年(521)，南秦州氐族造反。二月十二日，假光祿大夫邴虯以撫軍將軍率部討伐。二十五日，肅宗車駕駕臨國子學，講《孝經》。三月初二，肅宗幸臨國子學祭祀孔子，以顏淵配祭。二十四日，右衛將軍奚康生在禁宮內準備殺元叉，不果，被元叉矯詔害死。
夏四月初三，司徒京兆王元繼進位太保。初五，車騎大將軍、儀同三司崔光任司徒公。蕭衍義州刺史文僧明率領部下歸附朝廷。五月十四日，南荊州刺史桓叔興自安昌南叛。十八日，烏萇國派使者來朝。閏月初九，居密、波斯國都派使者前來朝拜納貢。六月初三，高昌國派使者朝貢。二十七日，勿吉國派使者朝貢。
秋七月十七日，肅宗下詔書曰：“時雨未降，禾苗形損，是我的過錯，朕日夜擔心憂懼，雖然勉力祭天招應，但至今仍無反應。有關部門可修按舊典，快做以下六件事：監獄中被冤枉的人火速斷決；眾官曠職，據情嚴處；鰥獨困窮，宜加撫恤；役賦煩民，全加減省；賢良讜直，按時升進；貪官汙吏，即地罷免，怨男曠女，務令偶配。希望克惡懲違，消除災害。”八月初二，伏羅國派使者朝貢。蠕蠕後主鬱久閭侯匿伐前來投奔懷朔鎮。
十一月初一，高昌國派使者朝貢。十四日，衛大將軍，儀同三司皇甫集去世。十二月初九，肅宗下詔讓司徒崔光、安豐王元延明等議定服禮章法。十五日，因東益、南秦氐族人造反，帝詔讓中軍將軍、河間王元琛討伐他們，失利。
正光三年(522)春正月十八日，皇帝在藉田中象征性地耕田，以勵農稼。
夏季四月十九日，任命高車國主覆羅伊匐為鎮西將軍、西海郡開國公、高車王。六月初六，肅宗下詔說：“朕以幼年，早登皇基，但不能上奉天靈，感應和氣，以致炎旱連年，甘雨未降，百禾枯焦，晚種未下，將成災年，秋熟無望。這都是我的過錯，因此朕憂懼震懷。今可依舊分派有關部門，馳奔祈祝山嶽及諸山川百神能興起雲雨的，務盡虔誠整肅，一定要讓蒼天感應降雨，玉帛牲品，有求必給。上下群官，躬身自責，斷理冤獄，停止土木工程，減膳撤懸，禁止屠殺。”
秋七月初九，波斯、不漢、龜茲等國派使者前來朝貢。
冬十月八日，吐穀渾國派使者前來朝貢。十一月二十二日，皇帝到臨丘處理戰事。二十五日，肅宗下詔曰：“治體正處明時，前王茂軌，考定律曆，是曆代通常的規律。先朝各代，每每對此慨然而歎。到神龜年間，朝廷始命儒官改創疏漏的律曆，回度易憲，才讓律曆與天象合拍。而今皇天應人，陽春將開，萬物初萌，應變耳目，這是所謂魏雖舊邦，律曆維新的做法。現可頒布宣明內外，名叫《正光曆》。又加此是改曆後的首節嘉辰，獲展祝祀，神人交和，情理和合幽顯，朕思考這與億兆百姓共維此新，可大赦天下。”十二月十六日，以左光祿大夫皇甫度為儀同三司。二十七日，任命車騎大將軍、尚書右仆射元欽為儀同三司，太保、京兆王元繼為太傅，司徒崔光為太保。二十九日，因為牧守妄立碑頌，動不動建造寺塔；第宅豐偉奢侈，店肆商販橫行。下詔中尉嚴加糾摘威風，見到法規不允的事即行糾奏。七品、六品，俸祿足以代耕，也不能聽其經營店鋪，在城市中爭利。
正光四年(523)春二月初七，肅宗追封已故鹹陽王元禧為敷城王，京兆王元愉為臨洮王，清河王元懌為範陽王，以禮加葬。(三月)二十三日，河間王元琛、章武王元融，都因貪汙的罪名被削爵除名。二十五日，因柔然主阿那環率眾侵犯邊境，朝廷派尚書左丞元孚兼任尚書，為此道行台，持節撫慰他們。蠕蠕後主侯匿伐到京師朝見。宕昌國派使者前來朝貢。司空劉騰逝世。
夏季四月，阿那環俘獲元孚，驅兵掠搶魏畜牧後北逃。二十三日，肅宗詔驃騎大將軍、尚書令李崇，中軍將軍、兼尚書右仆射元纂率領十萬騎兵討伐蠕蠕，出塞三千餘裏，追不上敵人以後回師。
秋七月二十七日，肅宗下詔曰：“尊貴之人，年齡即是標誌之一，崇奉高年的人，是先代通訓。所以方敘以元老處於尊位，充國因自強不息而被朝廷挽留。雖然說七十退休，明於典故，然而因以德尚壯，允許他繼續在官。而今眾官之中，或年近退休，按禮當退。但是他們少年時朝廷用其才力，老了就擱置一邊，朕念其舊時勤勉，實在不忍心。或在朝為官，未當外任；或因私事停官，常受考級。這樣的人，雖然已年滿七十，聽任其治民，以終常限。或有新解郡縣之職，或外佐始停，已滿七十，又求重新任職的，吏部可依令不予上報。這中間有高名俊德、老成的長者，灼然顯達、為時人所知曉的，不拘於此例。如若才非秀異，現任朝廷官員，依律令應當解職，可給本官半祿，以終養其身。以使辭官於朝的長者，也不對還歸鄉閭的人懷怨而終了餘生。”
八月十一日，肅宗下詔曰：“狂暴之徒肆意施暴，淩欺竊取北方，雖然皇魏軍威不斷，賊徒震懾逃走，但是暴徒所經之地，當地多遭禍患，每每念此，朕心中切痛異常。可令北道行台，派使巡視檢察北方，遭到寇掠的地方，饑餒無糧的，厚加賑恤，務必救濟。”十四日，肅宗下詔書曰：“朕以不才，登上皇極，借光祖宗之基，身處王公之上，每每晝思夜想，考慮康撫百姓。最近以來雨旱失時，星運錯糸比，政理失和，神靈變異，想到這些，朕憂心忡忡。宜詔示百司各勤其職，那些鰥寡窮疾冤滯不申的人，一並加以撫惜。像那些孝子順孫，廉潔貞節，忠心耿耿、才學超群、獨行於世的，都要向上反映，朕將親自考察，加以提拔任命。”二十日追複已故範陽王元懌為清河王。九月十七日，庫莫奚國派使者前來朝拜納貢。肅宗下詔讓侍中、太尉、汝南王元悅入居門下省，與丞相、高陽王元雍一起議決尚書們所奏的事情。
冬十一月十一日，趙郡王元謐逝世。十二日，太保崔光去世。十二月，蕭衍派將侵犯邊疆，肅宗下詔讓假南將軍崔延伯率兵討伐。任命太尉、汝南王元悅為太保。徐州刺史、北海王元顥因貪汙事發被削去官職。
正光五年(524)正月二十日，肅宗在南郊舉行祭祀活動。閏二月初九，口厭噠達國派使者前來朝貢。
三月，沃野鎮人破落汗拔陵聚眾造反，殺死鎮守將領，號稱真王元年。肅宗下詔讓臨淮王元..為鎮軍將軍，假鎮北將軍，都督北征諸軍事率兵討伐。
夏四月，高平酋長胡琛造反，自稱高平王，攻打鎮池以響應拔陵。別將盧祖謙打敗了他，胡琛北逃。
五月，臨淮王元..在五原戰敗，被朝廷削去官爵。二十三日，肅宗下詔，命尚書令李崇為大都督，率廣陽王元淵等人討伐北方敵人。
六月，秦城人莫折太提據城反叛，自稱秦王，殺死刺史李彥。肅宗下詔讓刺史元誌率部討伐。南秦州人孫掩、張長命、韓祖香據城反叛，殺死刺史崔遊以響應莫折太提。太提派城民卜朝襲擊高平，殺死鎮將赫連略、行台高元榮。太提不久死，子莫折念生代之而立，僭稱天子，建年號為天建，設立百官。十八日，朝廷大赦天下。
秋季，七月初六，肅宗詔命吏部尚書元修義兼任尚書仆射，為西道行台，率領眾將西討。初十，複河間王元琛、臨淮王元..本封。
都督崔暹在白道失利，大都督李崇率部還駐平城，因其帳中長史祖瑩截獲吞沒軍用物資被免除官爵。二十八日，念生派其都督楊伯年、樊元、張朗人攻打仇鳩、河池兩個戍鎮，東益州刺史魏子建派將領尹祥、黎叔和打敗他們，砍下樊元首級，斬殺敵人一千多人。
這個月，涼州禁衛軍將領於菩提、呼延雄綁起刺史宗穎，據城反叛。
莫折念生派其兄高陽王莫折天生率兵下隴向東侵犯。
八月十六日，元誌在隴東大敗，退守岐州。十九日，肅宗下詔曰：“嘉貴賞勞，是聖明之主的常德；恩及舊績，是警示後人的常規。太祖道武皇帝順應天期，撥亂返正，大造華夏；世祖太武皇帝繼承洪緒，光大王業，親率六師，掃清惡穢；諸州城鎮人，充當士卒，南征北戰，戎馬倥傯，備受勞苦。等到顯祖獻文皇帝，自北向南，淮海一帶百姓歸誠大義，因此他分劃強族，派將鎮守方鎮。高祖孝文皇帝，遠遵盤庚，將遷都嵩山洛水之間，思求遏抑北疆，開拓南境，選任良家豪傑，增加北守力量，北戎所托，實倚此輩。先帝因他們忠心不二，方加酬勞賜錫，逢宛、郢烽火煙起，朐、泗告警，軍旗頻動，連年動兵，這種恩寵方才停止。到了今天，怨怒反叛興起，很大程度上是由於此。朕妄承皇統，安撫統治天下，調應天時，施布惠政，謀求廣播恩澤，現在應追述這些人前番恩忠，追嘉其功。各州鎮俘虜，隻要原來不是犯罪發配的犯人。都免其為平民，鎮改為州，依舊時稱號。這些人世代習於戰伐，大多是剛勁勇猛之徒，今天既然受到甄選拔任，應思報效國家。可間歇開拔前去征討沙隴。當讓人齊心協力，奮勇當先，這樣，妖黨狂醜之人，必可被蕩除殆盡。士卒衝鋒陷陣，立下戰功的，自依常式嘉賞。”二十日，南秀容牧子於乞真反叛，殺害太仆卿陸延。別將爾朱榮討伐平定了叛亂。
二十一日，莫折念生派都督寶雙攻打盤頭郡。東益州刺史魏子建派將領竇念祖討伐他。斬殺寶雙，擒獲斬殺一千多人。
九月二十九日，肅宗下詔命尚書左仆射，齊王蕭寶夤為西道行台、大都督，率領征西將軍、都督崔延伯，又下詔恢複撫軍將軍、北海王元顥官職、爵位，命其為都督，一起率領眾將向西討伐。二十八日，肅宗駕臨明堂，為蕭寶夤等餞行。
這個月，蕭衍派將裴邃、虞鴻襲據壽春外城，刺史長孫稚擊退了他們，裴邃退居黎漿。肅宗下詔讓河間王元琛統兵支授長孫稚。蕭衍又派將領軍侵犯淮揚，肅宗下詔讓秘書監、安樂王元鑒率軍討伐他們。吐穀渾主伏連籌率兵討伐涼州叛軍，於菩提棄城逃走，伏連籌追上殺了他，城民趙天安又推舉宋穎為刺史。
冬十月，營州城人趙安定、就德興據城反叛，逮捕了刺史李仲遵。城民王惡兒殺了趙安定歸降朝廷，就德興東逃而去，自稱燕王。胡琛派其將領宿勤明達侵犯豳、夏、北華三州。初五，肅宗詔都督北海王元顥率領眾將討伐來敵。
十一月初二，莫折天生攻陷岐州，逮起都督元誌及刺史裴芬之。高平人攻殺卜朝，一起迎接胡琛。
十二月十六日，肅宗下詔命太傅、京兆王元繼為太師、大將軍，率領眾將討伐天生。口厭噠、契丹、地豆於、庫莫奚等國都派使者前來朝貢。
汾州正平、平陽山胡叛逆。肅宗下詔恢複征東將軍章武王元融封爵，命其為大都督，率部討伐。
山南行台東益州刺史魏子建招降南秦州氐族百姓，恢複其六郡十二戍，又斬殺賊王韓祖香。南秦州賊王張長命畏於逼迫，便向蕭寶夤投降。
這個月，莫折念生派兵攻打涼州，城中百姓趙天安又逮捕了刺史以響應他。
孝昌元年(525)春季正月十五，徐州刺史元法僧據城反叛，害死行台高諒，自稱宋王，年號天啟，派其子元景仲歸順蕭衍。蕭衍派其將領胡龍牙、成景雋、元略等率部赴彭城。肅宗詔命秘書監安樂王元鑒回師以討伐他們，元鑒在彭城南麵與元略接戰，大破元略，盡俘叛軍，緊接著由於警備疏忽，被元法僧打敗。蕭衍派其豫章王蕭綜進入彭城內據守，元法僧擁其僚屬、守令、士卒以及城郊士女萬餘人歸入蕭衍政權。肅宗下詔讓鎮軍將軍、臨淮王元..，尚書李憲為都督，衛將軍、國子祭酒、安豐王元延明為東道行台，恢複儀同三司李崇官爵，為東道大都督，一起討伐徐州。李崇因病沒有前去。
十八日，蕭寶夤、崔延伯在黑水大破秦州叛賊，斬首擒獲的敵人達數萬人，莫折念生退逃入隴西，涇、岐以及隴東都被平定。朝廷任命太師、大將軍、京兆王元繼為太尉，其餘人官職依舊。
二月，任命領軍將軍元叉為驃騎大將軍、儀同三司。肅宗下詔追複樂良王元長命本爵，讓其子忠繼承爵位。侍中、特進、衛大將軍穆紹任儀同三司。二十三日，大赦天下。
十七日，莫折念生派都督楊..、梁下辯、薑齊等攻擊仇池郡城池，行台、東益州刺史魏子建派部將盛遷打敗他們，殺了下辯、薑齊等人，砍下首級。二十七日，肅宗下詔曰：“揚善懲惡，為治國大典。詔令是每年考核官吏一次，郡守考核令長，刺史考核郡守，以確定政績，看其能否勝任。如有雜濫謬妄，便以考功失實論處。”這個月，齊州魏郡百姓房伯和聚眾造反。正逢大赦，就散夥了。
三月二十五日，肅宗下詔命太尉、西道都督、京兆王元繼班師回朝。二十八日，下詔說：“丞相高陽王，道德淵廣，光明磊落、篤厚忠誠，堪稱朝儀楷模，下國榜樣，所謂的我的失誤你來輔佐，以求政治責成，宜頒布新的法令，宣明遠近。各州郡先前上奏給司徒公的文牒，都可改奏給相府處理，符告也照此辦理。”三十日，下詔說：“選而後舉，自古如此。朕妄承大業，綜理萬機，求賢致治，心如饑渴。知人善任，自古為難，應博訪公卿，采集各方人士的聲名事實。現在可令第一品以下，第五品以上的官員，各人推薦自己所了解的人，不限身份和職務。一定要精審其器量才幹，具體列舉才能在哪一方麵，然後依式提拔，按其才能安排位置，希望人才濟濟的景象，不差往昔，忠直之風，弘揚於今歲。”蕭衍派其北梁州長史錫休儒、司馬魚和，上庸太守薑平洛等侵犯直城，梁州刺史傅豎眼派兒子傅敬紹率眾迎敵，大破敵軍，擒斬敵軍三千多人，錫休儒等人逃回魏興。這個月，齊州清河百姓崔畜殺了太守董遵，廣川百姓傅堆逮捕太守劉莽然後反叛。青州刺史、安樂王元鑒討伐並平定了他們。
這個月，破落汗拔陵別帥王也不盧等攻陷懷朔鎮。
夏季四月，蕭衍的益州刺史蕭淵猷派將領樊文熾、蕭世澄等率部圍攻小劍戍鎮。益州刺史邴虯派子邴子達，行台魏子建派別將淳於誕迎擊。
二十五日，皇太後又臨朝攝政，召集大臣們來議論得失。下詔稱：“朕寡陋昧暗，早承天曆，茫茫然如涉淵海，不知所濟，全靠祖宗在天之靈保佑，大家勉力輔弼，才得以康弘世道。而神龜末年以來，權臣擅命，元叉、劉騰陰謀得逞，於是使皇太後被軟禁在後宮，太傅、清河王無辜受害，相州刺史、中山王元熙橫遭不測，右衛將軍奚康生也被誅戮。從此以後，他們無所畏忌，姿意侵掠奢求，獎懲予奪隨心所欲。無君之心，積習漸久；不臣之跡，越發顯明。二人障蔽陛下耳目之明，專握生殺權柄，天下因此不安，四郊由之多阻隔不通。是可忍，孰不可忍！雖然朝廷屢經赦免，但在這個上麵也應量法而行，仔細辨正，以謝朝野之憤。劉騰既已死去，可追削其爵位。元叉的罪行，實應嚴懲，但因他是皇親國戚，予以寬大處理，可除名為民。”
十八日，征西將軍、都督崔延伯在涇川被打得大敗，自己也戰死。
五月二十四日，淳於誕等大破蕭衍軍隊，俘虜斬首萬人，擒獲蕭世澄等十一位將領，樊文熾僅以身免，逃往成都。戊子，驃騎大將軍、儀同三司李崇逝世。
六月初十，朝廷大赦天下，改年號。下詔文武官員，凡從軍二百天者，文官升一級，武官升兩級。蠕蠕主阿那瑰率眾大破拔陵，斬殺其將孔雀等。眾將逼近彭城，蕭綜在夜晚偷偷出來投降，蕭衍眾將奔逃而去，軍隊席卷過去，蕭衍人馬死裏逃生的僅有十分之一二。
秋季八月初三，朝廷下詔禁止遠近各地再行貢納奇珍異寶，違詔者免去官職。
柔玄鎮人杜洛周率眾在上穀造反，年號真王，攻郡陷縣，南圍燕州城。
初八，莫折念生派都督杜黑兒、杜光等攻打仇池郡。行台魏子建派將領成遷擊敗了他們，砍下杜光首級。
九月十三日，下詔減免百姓各種租稅的一半。十四日，朝廷下詔命左將軍、幽州刺史常景為行台，征虜將軍元譚為都督，以討伐杜洛周。十九日，朝廷下詔說：“追功表德，以勉勵善者。祖宗為功臣，封為王爵，而他們的子孫廢棄不名，淪為平民，爵位無聞，流落散失。潁川名守，重泉名宰，惠風美政，結於民心，而他們卻依然是尋常品級，未受褒揚提拔，這不是常說的愛及甘棠、良倫美列之意所應該的。現在，那些先朝知名的功臣名將，他們的子孫淪湮埋沒有官職的，那些牧令守長聲譽政績卓爾不凡的，都請有關部門具報上聞。朕將予以大力提拔，以光大治風。”二十日，下詔讓百官五品以上的，各舉薦自己所知道的文武才俊者。二十九日，因特殊情況赦免南北兩秦州罪民。
冬季十月，蠕蠕國主阿那瑰派使者朝貢。這個月，吐穀渾又討伐趙天安，趙投降了。河州長史元永平、治中孟賓等共推口厭噠使主高徽處理州事，而前刺史梁釗之子梁景進殺了他，梁景進便自己行使起權力來了。
十一月十一日，朝廷下詔書說：“大孝使親故都很榮耀，古時法典已經注明，所以安平王年高，諸子滿朝。從今以後各官員有父母年歲在八十以上的，都聽其居官祿養，讓其朝夕享受溫情。”當時天下處多事之時，諸少數民族再次反叛。
十二月十二日，帝下詔說：“高祖以大德定功，世宗以武力息亂，聲名漫溢南北，教化澄清中土，大業盛過強周，國運延續了七百年。朕少年登基，早行皇權，戰戰兢兢，如臨淵穀。朕不明治道，政事刑法都不嫻熟，權臣擅命，亂我朝廷程式，致使西秦跋扈、北戎囂張，荊蠻蠢蠢欲動，戰火紛飛，連年不息。亂急甚於當年涇陽之時，出軍迫急超過舊時細柳紮營。但軍隊盤桓，滯留不前，北氵育懸危，南陽告急，將失荊、沔之地，以致有逼迫國家之憂。現在茅轂扼腕，爪牙歎憤，都希望能挫敗大敵，剿截長蛇，使得人神兩安，幽明獻吉。朕將親統六師，掃蕩汙穢。其配衣六軍，分屬龍虎，前驅後隊，左翼右師，必須要將帥雄健丙敢，軍吏明濟，糧草器仗車輛馬匹，隨供所需。那些曾失誤亡軍、戰前逃叛、竄伏山澤劫掠為盜的人，免除其以往的過失，收錄其後來之忠，另立一種格式，聽其自新，此令要廣下各州郡，召他們赴軍立功。今天先征伐荊蠻，使南疆臣服；然後大旗東指，掃平淮南。然後軍馬匯集西域，掃平西疆，安定北境；撫慰離亂之人，安撫饑寒之民。最後登臨嵩山，向神靈、祖先稟報大功告成，沉璧河洛，告成泰嶽，那不是一種盛大的景觀嗎！內外百官、牧守軍宰，各各宜整肅勤勉，恪守職責。”山胡劉蠡升造反，自稱天子，設置百官。這個月，任命臨淮王元..為征南大將軍，率軍討伐魯陽蠻族。
孝昌二年(526)春正月初十，封廣平王元懷的庶生長子、太常少卿元誨為範陽王。十二日，以太保、汝南王元悅為領太尉。這個月，都督元譚駐軍軍都，被杜洛周打敗。五原歸降戶民鮮於修禮在定州造反，建號魯興元年。帝詔左光祿大夫長孫稚為使持節、假驃騎大將軍、大都督、北討諸軍事，與都督河間王元琛率將討伐。
二月十五日，肅宗、皇太後駕臨大夏門，親自審理冤案。這個月，疊伏羅國派使者前來朝貢。
三月初二，任命驃騎大將軍、徐州刺史、安豐王元延明為儀同三司。追複中山王元熙本爵，其子叔仁繼承爵位。十六日，西部敕勒人斛律洛陽在桑乾反叛，向西與河西牧子相通連。別將爾朱榮討伐打敗了他們。
夏四月，朝廷大赦天下。十五日，任命侍中、車騎大將軍、城陽王元徽為儀同三司。朔州城民鮮於阿胡、厙狄豐樂據城反叛。二十九日，都督李琚軍駐薊城北麵，又被杜洛周打敗，李琚戰死。三十日，以驃騎大將軍、開府、齊王蕭寶夤為儀同三司。北討都督河間王元琛、長孫稚兵敗而回，帝下詔免去元琛、長孫稚官爵。庫莫奚國派使者朝貢。
五月初九，肅宗準備親征北方，內外戒嚴。前任給事中黃門侍郎元略從蕭衍政權逃歸朝廷，被封為義陽王。任命丞相、高陽王元雍為大司馬；吏部尚書、廣陽王元淵為驃騎大將軍、儀同三司，不久任大都督，率領都督章武王元融北討鮮於修禮。初十，燕州刺史崔秉率眾放棄城池南逃入中山境內。二十七日，任命安西將軍、光祿大夫宗正珍孫為都督，征討汾州反叛的胡人。
六月初二，在齊州實行特赦。絳蜀人陳雙熾聚眾造反，自號建始王。特赦平陽、建興、正平三郡。下詔讓假鎮西將軍、都督長孫稚征討陳雙熾，平定了他。初九，京兆王元略被改封為東平王。衛大將軍、西道都督元恒芝為車騎大將軍、儀同三司。十二日，帝下詔恢複義陽王元繼的本來封號江陽王。二十二日，帝下詔書說：“自從國運步入艱難的境地，一直到今天，烽火驛報交替馳傳，旌旗戰鼓從未停息，祖宗傳下來的盛隆基業，危如壘卵，國家政權，快要淪落墜沒。朕威信德行不能傳遠，謀劃運籌無法遠播，致使蒼生百姓遭此劫難、生靈塗炭，怎樣做才能讓皇基穩固，黎民安寧呢。從今開始，朕便避居正殿，蔬食素服。朕當親自召募士卒，收集忠勇。其有能極言力諫之士，敢於申明忠義之人，二十五日以前都到華林東門集中，朕將分別引見，共商朝政得失。此令頒告朝野內外，使人們都知道此事。”二十九日，任命衛將軍、東平王元略為左光祿大夫、儀同三司。
秋季七月初十，杜洛周派其別帥曹紇真侵犯幽州。行台常景派都督於榮在粟園迎戰，大破曹紇，斬殺曹紇，斬獲三十多人，得到牛驢二萬多頭。十二日，恒州陷落，行台元纂奔逃到冀州。二十七日，蕭衍將元樹、湛僧珍等人率軍侵犯壽春。
八月初九，晉封廣川縣開國公元召己為常山王。任命驃騎大將軍、東道行台、臨淮王元..為儀同三司。十一日，肅宗駕臨南石窟寺，當日便回宮。二十一日，晉封散騎常侍、禦史中尉、武城縣開國公元子攸為長樂王。都督伊甕生討伐巴人，失利戰死。二十六日，賊帥元洪業殺了鮮於修禮，請求投降朝廷，被賊黨葛榮殺害。都督爾朱榮在肆州把刺史尉慶賓抓了起來，命令其堂叔爾朱羽生統攝州中事務。
九月十五日，葛榮在博野白牛邏打敗了都督廣陽王元淵、章武王元融，元融戰死陣前。葛榮自稱天子，國號齊，年號廣安。甲申日，常景又打敗杜洛周，殺了他的武川王賀拔文興、別帥侯莫陳升，生擒男女俘虜四百多人，牛驢五千多頭。就德興攻陷平州，殺害刺史王買奴。
這個月，莫折天生請求投降，蕭寶夤派行台左丞崔士和前去據守秦州。天生又叛，把崔士和送給胡琛，被害。
冬季十一月三日，杜洛周攻陷幽州，把刺史王延年以及行台常景抓了起來。十一日，規定京郊的田租，每畝五升；借貸公田耕種的，每畝上繳一鬥。閏月中，規定在集市上做流動生意的，每人各一錢，店舍的稅分為五等。齊州平原郡百姓劉樹、劉蒼生聚眾造反，州中駐軍打敗了他們，劉樹投奔蕭衍去了。蕭衍將領元樹進逼壽春，揚州刺史李憲不敵，舉城投降。當初，這些州、郡、縣的行政長官及長史、司馬、戍主都留有子女在京城作為人質。蕭衍又派將領攻打新野，肅宗下詔命都督魏承祖討伐他們。肅宗下詔說：“最近以來，舊京淪陷覆亡，中原喪亂，宗室子女，戶籍在皇室家族之內，被雜戶濫門所拘禁汙辱的，聽任其離絕。”
孝昌三年(527)春季正月初十，任命司空公皇甫度為司徒，儀同三司蕭寶夤為司空，車騎將軍、北海王元顥為車騎大將軍、儀同三司。徐州百姓任道棱聚眾造反，襲據蕭城叛亂。州中駐軍討伐平定了叛亂。
十七日，葛榮攻陷殷州，刺史崔楷守節而死，於是朝廷東圍冀州。二十日，皇帝下詔嚴整鑄錢的製度。
蕭寶夤、元恒芝在涇州被打得大敗，大隴都督、南平王仲礒，小隴都督高聿都相繼退散而去，東秦州刺史潘義淵以..城投降敵人。
高平賊寇逼近岐州，城中百姓拘捕刺史魏蘭根，以城投敵。豳州刺史畢祖暉、行台羊深一起奔逃，祖暉死於陣前。北海王元顥不久也敗退而去。賊帥胡引祖據北華州響應。賊帥叱幹騏麟入據豳州。朝廷有條件地赦免關西以及正平、平陽、建興有罪的人。二十五日，因四方未平，帝下詔京城內外戒嚴，自己準備親自出征。二十七日，蕭衍將領湛僧珍圍困東豫州，帝下詔命散騎常侍元日韋為都督討伐湛僧珍本月，蕭衍又派將領彭群、王辯等率眾數萬進逼琅笽，肅宗下詔命青州、南青州出兵討伐。
二月十四日，皇帝下詔說：“關隴一帶遭遇敵寇禍難，燕、趙一帶的逆賊欺淩百姓，蒼生流離，農耕失時，加上轉運，勞役已經很多，州中倉庫儲積，不應不動，如不開出運輸糧食的賞格，怎能停息漕運的煩勞。凡是有能把糧食運到瀛、定、岐、雍四州的，官鬥二百斛賞賜一級官階；輸入二華州的，五百石賞賜官一階。不限運輸糧食的數量，糧食運完後授給官職。”敵寇占據潼關。二十四日，追複已故東平王元匡爵位，改封為濟南王。二十七日，東郡百姓趙顯德造反，殺了太守裴煙，自稱都督。立其兄的兒子為太守，帝詔都督李叔仁討伐。這個月，蕭衍將領成景雋侵犯彭城。帝詔員外常侍崔孝芬為行台，率領軍隊擊退了敵人。
三月初一，肅宗下詔準備征討西部，中外戒嚴。敵人逃走，收複潼關。初五，帝下詔準備回駕北討，下詔命金紫光祿大夫源子邕為大都督，討伐葛榮。初八，齊州廣川郡百姓劉鈞逮捕清河太守邵懷，聚眾造反，自稱大行台。清河百姓房須自稱大都督，屯據昌國城。
夏季四月，別將元斌之征討東郡，斬殺趙顯德。十七日，蠕蠕國派使者前來朝貢。
六月，蠕蠕國派使者朝貢。這個月，帝詔都督李叔仁討伐劉鈞，平定了叛亂。
秋季七月，陳郡百姓劉獲、鄭辯在西華反叛，年號天授。州軍征討平定了叛亂。相州刺史、安樂王元鑒據州反叛。二十八日，朝廷大赦天下。這個月，青州刺史、彭城王元劭，南青州刺史胡平，派將殺了蕭衍將領彭群，俘敵二千多人。
八月，都督源子邕、李軌、裴衍攻打鄴城。十七日，殺了元鑒，相州平定。朝廷又令源子邕等征討葛榮。
九月辛卯日，東豫州刺史元慶和舉城南叛蕭衍政權。二十八日，蠕蠕國派使者前來朝貢。秦州百姓杜粲殺了莫折念生，自己行使州中權力。南秦州百姓辛琛自行州中權力，派使者入朝請罪。
冬季十月十九日，特赦恒農郡以西，河北、正平、平陽、邵郡以及關西諸州。二十二日，任命衛將軍、討虜大都督爾朱榮為車騎大將軍、儀同三司。二十五日，雍州刺史蕭寶夤據州反叛，自稱國號為齊，年號隆緒，肅宗下詔命尚書右仆射長孫稚前去討伐。
十一月三十日，葛榮攻陷冀州，逮捕刺史元孚，逐出城中居民，被凍死的人有十分之六七。
十二月十九日，都督源子邕、裴衍與葛榮交戰，在陽平東北的漳水轉彎處被打敗，二人戰死。這個月，杜粲被駱超所殺，駱超派使者向朝廷請罪。
武泰元年(528)春季正月初五，朝廷任命北海王元顥為驃騎大將軍、開府儀同三司、相州刺史。初七，定州被杜洛周攻陷了，刺史楊津被俘。瀛州刺史元寧舉城投降杜洛周。皇女出生，秘稱皇子。初八，朝廷大赦天下，改元。十八日，長孫稚平定潼關。十九日，雍州城民侯終德結夥攻打蕭寶夤，寶夤攜南陽公主及其子，與百餘名騎兵渡過渭河逃走。雍州平定。
二月，朝廷任命長孫稚為車騎大將軍、開府儀同三司、雍州刺史、兼尚書仆射、西道行台。一群盜賊焚燒劫掠鞏縣以西、關口以東、公路澗以南一帶。帝下詔命武衛將軍李神軌為都督，討伐平定了他們。二十五日，肅宗在顯陽殿逝世，時年十九歲。二十六日，皇子即位，朝廷大赦天下。皇太後下詔書說：“皇家握曆受圖，將近二百年，祖宗累世聖明，社稷安穩。高祖以文教理國，世宗以武功治世，輔臣惟良，元首穆穆。等到先帝在位，寬厚仁慈，奉養有度，溫明恭順。朕孤陋寡聞，臨治萬國，見識不如塗山，德行不如文母。正逢妖逆蜂起，四方多事。實在希望蒼天降靈保佑，子孫滿堂。自從潘充華有孕東宮，希望其生下皇子，然而熊羆無兆。虺牝逐彰。其時國運未康，於是假稱生子，想以此來安定民心，維係皇脈。誰想到皇帝一旦升天，弓劍莫追，國道中微，皇家斷絕祭祀之人。皇曾孫已故臨洮王元寶暉世子元釗，出自高祖一脈，人才卓異，先帝平日愛養特深，如親子，事符當璧。等到先帝後來病重，彌留之際，便把他請入榻側，受命玉幾之前。等到陳衣在庭，沒有來得及登記在冊，答應其擁有玉璽，即日登基。朕對此惶懼忸怩，不知所措。而喪君有君，宗室穩固，理應崇賞官員，福澤士人，凡是在位之人，都加提拔。內外文武百官、督將征人，遭難解除職位的，普加軍功二階；其中禁衛武官，直..以下直從以上及主帥，可加軍功三階；那些丟官失爵的人，聽其恢複本來的官爵。因謀反大罪被削去官爵的，不在此列。清議禁錮，也都滌除。如是二品以上不能再自受爵官的，任其轉授給兒子、兄弟。可廣告遠近，都使知道。”二十七日，幼主即位。儀同三司、大都督爾朱榮抗表請求赴朝，統兵南進。這個月，杜洛周被葛榮吞並。
三月二十六日，葛榮攻陷滄州，逮捕刺史薛慶之，城中居民十分之八九遇難。二十七日，給肅宗元恪上諡號稱孝明皇帝。二十八日，下葬定陵，廟號肅宗。
夏季四月十一日，爾朱榮渡過黃河。十三日，皇太後、幼主一起死亡。