勝利捷報使到長安，李世民想把高昌國納入唐朝版圖，設置州縣。
魏征進諫說：
“陛下即位不久，麹文泰就入朝拜見，還算恭順。
近來驕橫叛逆，阻擋西域各國進貢道路，還截留各國送唐貢品，我國才興兵前往征討。
如今麹文泰已經病亡，上天已懲罰了他。
如今為陛下著想， 應該安撫他們的百姓，繼續存留他們的國家。
冊立他的後代為新國君，恩威並施，才能長遠下去。
如果把高昌國土地，當作戰利品，改設唐朝州縣， 此後至少得安排兩千人軍隊鎮守。
每年得有幾千人翻越沙漠，往來兩地。
朝廷還得為駐守軍隊提供軍餉、夏季冬季衣服、吃住費用。
駐守兵士遠離親人幾千裏，必定苦苦思念家鄉。
同時，陛下從高昌那邊得不到一把米、一尺絹帛，用來補充朝廷開支。
收歸過來有害無益，我認為陛下不如不要高昌國這片土地！”
李世民說：
“高昌舊地，是西域各國和華夏通商必經之路，這條路如果一直在別國手上，能確保暢通麽？
隻算眼下得失，勢必滿足於小國寡民，賬可不是這樣算。
國力強大，四夷威服，讓外國敬重我國，首先得疆域遼闊。
為華夏千秋萬代計，即使沙漠戈壁，千裏不毛之地，也是我國財富，不可輕易丟棄，任他人占去。
何況高昌不是沙漠戈壁，多有雪山融水成河，灌溉農莊田園。”
李世民沒有聽從魏征建議，下詔改高昌為西州，州府設在交河城。
隨後設置安西都護府，派軍隊駐紮守衛。並詔令侯君集率大軍還朝。
侯君集率領軍隊押著高昌國王麹智盛，還有麹智盛的弟弟麹智湛，一路高奏凱歌還朝。
從此唐朝國土，東到大海，西至焉耆國。
南到林邑(越南)，北到大沙漠，都劃分了州縣。
大唐疆域東西寬9510裏，南北長裏。
侯君集班師回到長安。
李世民為凱旋將士舉辦慶功酒宴，連續三天，放開吃酒。
將士吃醉酒失態失語，概不問罪。
醉得走路不穩，跌跌撞撞醉倒在街邊，也不算過錯。
侯君集命兵士押解麹智盛兄弟，進觀德殿見李世民。兩人跪趴在地上喊：
“高昌國罪人拜見大唐皇帝陛下。”
李世民說：“兩位快請起。”
兩人謝恩起身站立一側。
李世民加恩寬待他倆，麹智盛為左武衛將軍，兼金城郡公。
麹智湛為右武衛將軍，兼天山郡公。
兩人再次行禮謝恩。
行軍總管侯君集以下將士，各有不同賞賜。
這時大臣有奏章遞給李世民，彈劾侯君集占領高昌都城時，私自拿了高昌國庫收藏的奇珍異寶，且私自納藏高昌皇宮美女一名，沒有報知皇上。
他的手下將領也犯下了偷搶高昌國財寶罪。
侯君集不能以身作則，沒有嚴守法度，他害怕部下告他，也不敢製止下屬偷竊私搶高昌國財物。
李世民看了彈劾奏章很憤怒，下令關押侯君集嚴厲審訊。
侯君集很不以為然，自言自語說：
“如今跨越沙漠，萬般苦辛立下戰功，反倒這麽快成了罪囚。”
中書侍郎岑文本對李世民說：
“高昌國君昏亂無道，陛下命侯君集領兵， 一路千辛萬苦前往征討，短時間蕩平高昌。
勝利回朝以後，所有將帥以下，都得到了重賞。
這事過了還不到十天，侯君集就被關押起來了。
侯君集自犯國法，犯罪應受懲罰。
但是恐怕全國百姓知道這事，開始懷疑陛下是隻記住人的過失，忘了人立的功績，從此人心渙散。
我聽說皇帝命將領出征，如果能戰勝敵人，有貪汙也應再行獎賞。
如果是征戰無能打了敗仗，他廉潔不貪也應該予以處死。
我看到兵法上說，國君能夠讓將領智慧勇敢。也能夠讓將領貪心變傻。
古今將領，沒有人沒有缺點，全靠國君善於使用他們。
陛下如今應該原諒他的過錯，任用他的長處。
應該讓侯君集繼續擔任將領，以備今後隨時調遣。
如果陛下能法外開恩，侯君集也應更加盡心報答陛下。”
李世民於是不再治罪侯君集。
又有人誣告薛萬均，說他私下奸汙了一名高昌國女子。
李世民召薛萬均入朝質問，薛萬均喊冤不止：
“陛下，我確實是冤枉的。
我幹不出那樣丟人現眼的下三濫缺德事！
是有人給臣頭上潑髒水，讓臣身敗名裂！
望陛下明察真偽，還臣下清白！”
李世民即下令司法部門深入高昌國，待查到告發者說的那位受害女子，前來當庭對質。
魏征對李世民說：
“我聽說國君尊重臣子，臣子則忠心報效國君。
如今命令我朝大將軍和戰敗國一個女子當庭爭辯，對質奸汙案真假，未免有損國家名譽。
如果這事是真的，這事足夠讓國家蒙受羞恥。
如果查出是誣告，這事壓根不存在，也成為流傳中外的一個笑話。”
李世民恍然醒悟，把薛萬均這事擱置，不再審問。
行軍總管阿史那社爾，這次跟隨大軍西征，一分一毫也不貪占。
到論功行賞時，他隻肯接受老弱牲畜和破爛物品，不要奇珍異寶。
李世民稱讚他廉潔謹慎，下令賞賜給他從高昌國繳獲的一把寶刀，又送他各色絲綢一千匹。
他是突厥處羅可汗的二兒子，率兵歸順，官封左驍衛大將軍，娶了衡陽長公主，（唐高祖李淵的第十三個女兒)為駙馬都尉。
這次又立功，封為畢國公。
高昌國平定後，吐蕃(西藏）讚普（國王)棄宗弄讚（鬆讚幹布），敬仰唐朝國威和仁德教化，派使者向唐朝進貢，請求和親。
魏征進諫說：
“陛下即位不久，麹文泰就入朝拜見，還算恭順。
近來驕橫叛逆，阻擋西域各國進貢道路，還截留各國送唐貢品，我國才興兵前往征討。
如今麹文泰已經病亡，上天已懲罰了他。
如今為陛下著想， 應該安撫他們的百姓，繼續存留他們的國家。
冊立他的後代為新國君，恩威並施，才能長遠下去。
如果把高昌國土地，當作戰利品，改設唐朝州縣， 此後至少得安排兩千人軍隊鎮守。
每年得有幾千人翻越沙漠，往來兩地。
朝廷還得為駐守軍隊提供軍餉、夏季冬季衣服、吃住費用。
駐守兵士遠離親人幾千裏，必定苦苦思念家鄉。
同時，陛下從高昌那邊得不到一把米、一尺絹帛，用來補充朝廷開支。
收歸過來有害無益，我認為陛下不如不要高昌國這片土地！”
李世民說：
“高昌舊地，是西域各國和華夏通商必經之路，這條路如果一直在別國手上，能確保暢通麽？
隻算眼下得失，勢必滿足於小國寡民，賬可不是這樣算。
國力強大，四夷威服，讓外國敬重我國，首先得疆域遼闊。
為華夏千秋萬代計，即使沙漠戈壁，千裏不毛之地，也是我國財富，不可輕易丟棄，任他人占去。
何況高昌不是沙漠戈壁，多有雪山融水成河，灌溉農莊田園。”
李世民沒有聽從魏征建議，下詔改高昌為西州，州府設在交河城。
隨後設置安西都護府，派軍隊駐紮守衛。並詔令侯君集率大軍還朝。
侯君集率領軍隊押著高昌國王麹智盛，還有麹智盛的弟弟麹智湛，一路高奏凱歌還朝。
從此唐朝國土，東到大海，西至焉耆國。
南到林邑(越南)，北到大沙漠，都劃分了州縣。
大唐疆域東西寬9510裏，南北長裏。
侯君集班師回到長安。
李世民為凱旋將士舉辦慶功酒宴，連續三天，放開吃酒。
將士吃醉酒失態失語，概不問罪。
醉得走路不穩，跌跌撞撞醉倒在街邊，也不算過錯。
侯君集命兵士押解麹智盛兄弟，進觀德殿見李世民。兩人跪趴在地上喊：
“高昌國罪人拜見大唐皇帝陛下。”
李世民說：“兩位快請起。”
兩人謝恩起身站立一側。
李世民加恩寬待他倆，麹智盛為左武衛將軍，兼金城郡公。
麹智湛為右武衛將軍，兼天山郡公。
兩人再次行禮謝恩。
行軍總管侯君集以下將士，各有不同賞賜。
這時大臣有奏章遞給李世民，彈劾侯君集占領高昌都城時，私自拿了高昌國庫收藏的奇珍異寶，且私自納藏高昌皇宮美女一名，沒有報知皇上。
他的手下將領也犯下了偷搶高昌國財寶罪。
侯君集不能以身作則，沒有嚴守法度，他害怕部下告他，也不敢製止下屬偷竊私搶高昌國財物。
李世民看了彈劾奏章很憤怒，下令關押侯君集嚴厲審訊。
侯君集很不以為然，自言自語說：
“如今跨越沙漠，萬般苦辛立下戰功，反倒這麽快成了罪囚。”
中書侍郎岑文本對李世民說：
“高昌國君昏亂無道，陛下命侯君集領兵， 一路千辛萬苦前往征討，短時間蕩平高昌。
勝利回朝以後，所有將帥以下，都得到了重賞。
這事過了還不到十天，侯君集就被關押起來了。
侯君集自犯國法，犯罪應受懲罰。
但是恐怕全國百姓知道這事，開始懷疑陛下是隻記住人的過失，忘了人立的功績，從此人心渙散。
我聽說皇帝命將領出征，如果能戰勝敵人，有貪汙也應再行獎賞。
如果是征戰無能打了敗仗，他廉潔不貪也應該予以處死。
我看到兵法上說，國君能夠讓將領智慧勇敢。也能夠讓將領貪心變傻。
古今將領，沒有人沒有缺點，全靠國君善於使用他們。
陛下如今應該原諒他的過錯，任用他的長處。
應該讓侯君集繼續擔任將領，以備今後隨時調遣。
如果陛下能法外開恩，侯君集也應更加盡心報答陛下。”
李世民於是不再治罪侯君集。
又有人誣告薛萬均，說他私下奸汙了一名高昌國女子。
李世民召薛萬均入朝質問，薛萬均喊冤不止：
“陛下，我確實是冤枉的。
我幹不出那樣丟人現眼的下三濫缺德事！
是有人給臣頭上潑髒水，讓臣身敗名裂！
望陛下明察真偽，還臣下清白！”
李世民即下令司法部門深入高昌國，待查到告發者說的那位受害女子，前來當庭對質。
魏征對李世民說：
“我聽說國君尊重臣子，臣子則忠心報效國君。
如今命令我朝大將軍和戰敗國一個女子當庭爭辯，對質奸汙案真假，未免有損國家名譽。
如果這事是真的，這事足夠讓國家蒙受羞恥。
如果查出是誣告，這事壓根不存在，也成為流傳中外的一個笑話。”
李世民恍然醒悟，把薛萬均這事擱置，不再審問。
行軍總管阿史那社爾，這次跟隨大軍西征，一分一毫也不貪占。
到論功行賞時，他隻肯接受老弱牲畜和破爛物品，不要奇珍異寶。
李世民稱讚他廉潔謹慎，下令賞賜給他從高昌國繳獲的一把寶刀，又送他各色絲綢一千匹。
他是突厥處羅可汗的二兒子，率兵歸順，官封左驍衛大將軍，娶了衡陽長公主，（唐高祖李淵的第十三個女兒)為駙馬都尉。
這次又立功，封為畢國公。
高昌國平定後，吐蕃(西藏）讚普（國王)棄宗弄讚（鬆讚幹布），敬仰唐朝國威和仁德教化，派使者向唐朝進貢，請求和親。