故事發生在明朝永樂年間的曲阜尼山腳下。一日，當地知縣趙大人接到李、王兩家互控的訴狀。緣由是李生娶了王家女為妻，婚後二人關係不諧，李生時常對王氏惡語相向，王氏不堪忍受回了娘家。沒幾日，王氏自行返回。
這次因李生的母親病重，李生嗔怪王氏侍奉不力，再次出手打罵，王氏負氣出走，數月未歸。李生前往王家找尋，王家堅稱王氏並未回娘家，認定是李生謀害妻子後誣陷，雙方因此起了激烈衝突。
後來，王氏的兄長王二牛聽聞鎮上一個叫錢四的人傳言，說李生勾結好友孫五合謀害死了王氏，便以錢四為人證，前來縣衙告狀。
趙知縣即刻傳訊相關人證，錢四卻坦言是道聽途說，不足為信。錢四的父親也作證說錢四平日裏遊手好閑，所言不可當真，還懇請追查教唆王二牛誣告的幕後黑手。
審訊王二牛後得知，狀紙是其遠房表兄王富貴所寫。傳訊王富貴，得知他是個秀才。
王富貴與王二牛雖有親戚之名，卻無實質利害關係，趙知縣遂上報學政，剝奪了王富貴的秀才功名，並下令通緝王氏到案聽審。
王富貴本是鄉裏一霸，如今秀才頭銜被奪，心生怨恨，伺機報複。不久，有村民在尼山腳下的河邊發現一具無名屍體，被野狗啃咬，趕忙告知保長報官。
王富貴得知後，搶先找到保長，稱屍體是自己的堂妹王氏，還把王二牛喚來。王二牛一看便知不是妹妹，轉身要走，卻被王富貴拉到一旁低語幾句，無奈之下隻好承認這是王氏的屍體。
保長帶著王二牛準備報官，不巧遭遇傾盆大雨，耽擱兩日，天晴後才到縣衙呈報。趙知縣帶著仵作和衙役前去勘驗，不想王富貴早已買通仵作。仵作稱屍體腐爛難辨，王富貴則率王姓族人在屍檢現場大鬧。
趙知縣無奈，隻得讓保長和王二牛先將屍體掩埋，再向上司請示處置之法。
此事被山東巡撫周大人知曉。周大人深得永樂帝倚重，威望頗高。他見這是一起借屍聚眾鬧事的案件，深感事態嚴重，便委派鄰縣知縣錢大人重新檢驗屍體。
誰料錢知縣的仵作和刑房書吏都收受了王富貴的賄賂，仵作謊報屍體肋骨有致命傷，刑房書吏在王二牛等人的供詞上添枝加葉，誣陷李生殺妻。錢知縣依此上報，周巡撫當即彈劾了趙知縣，命錢知縣全力查辦此案。
錢知縣有了巡撫的支持，審訊時手段嚴酷。對李生先是用夾棍夾其雙腿，踝骨外露；又用烙鐵燙胸，皮肉焦爛；還讓其跪於炭火之上，李生苦苦求饒，錢知縣不為所動，逼他承認殺妻之事。
李生受刑不過，胡亂招認埋屍之地。先是挖到一座古墳，僅有朽木枯骨；後又挖出一座男子墳墓；再挖多處，終得一具女屍，可仔細一看，髑髏白發，與王氏年齡懸殊。如此挖了百餘座無主墳墓，仍未找到王氏屍體，每次無果便拷打李生，李生已是奄奄一息。
再審訊李生的好友孫五，同樣施以重刑，孫五身體孱弱，竟死於刑具之下，也未得到有用線索。
此時錢知縣覺得驗屍有誤，審訊仵作張榮，張榮拒不認罪，結果被當堂杖斃。奇怪的是，李生受了那般酷刑未死，仵作張榮卻輕易被打死。
錢知縣明知行刑衙役有貓膩，卻無法治罪，不過也明白張榮之死與驗屍有關，於是從省城請來仵作，重新檢驗，發現竟是具男屍。
原來之前的仵作借口屍體腐爛難以辨認，錢知縣又不懂分辨男女屍身之法，這才被張榮蒙騙。張榮之妻不甘丈夫冤死，到王富貴家理論，王富貴自然矢口否認行賄之事。
張榮妻是個穩婆，一日，王富貴之妻難產，情況危急，雖之前有過爭執，但人命關天，在許以重金後，張榮妻前往幫忙。
見是橫胎，幾人合力仍難分娩，王妻痛極高呼：“三姑，救我！”這時，從夾壁牆中跑出一個女子幫忙，張榮妻一看，竟是傳聞已死的王氏！三人合力，王妻終得產子。
婆婆和王氏跪地求張榮妻保密，王富貴進來後，給了她十兩銀子，張榮妻雖害怕，但也不敢不收，還發誓不泄露此事。
回到家後，張榮妻心有餘悸，對兒子張福說：“兒啊，你信鬼神嗎？我見到了死去的王氏，你爹就因這案子被打死。我們雖無力為他昭雪，但不可欺瞞鬼神，若不為李生申冤，恐遭報應。”張福覺得有理，便帶著銀子到縣衙自首。
此時的知縣是孫大人，進士出身，直隸保定人。孫知縣早就不滿錢知縣的酷刑逼供和濫挖墳墓之舉，得知此事後，急忙寫稟文告知山東布政使宋大人。
宋布政使一麵讓孫知縣速報山東巡撫周大人，一麵上奏朝廷，請求重審此案。周巡撫知曉後，自覺被愚弄，雖惱怒卻也無奈，便讓宋布政使協同孫知縣抓捕王氏，重新審理。
孫知縣領命後，考慮到若大張旗鼓抓人，王富貴可能會藏匿或殺害王氏，便佯裝清查戶口，親率數十捕快，突襲王家，搗毀夾壁牆，擒住王氏。“尼山百姓聞之，歡呼簇擁至公堂。”
孫知縣升堂審理，讓李生和王氏當堂對質。雖說李生往日對王氏不好，但畢竟夫妻一場，王氏見李生遍體鱗傷，慘不忍睹，不禁悲從中來，抱住李生大哭：“是我害了你！”圍觀百姓無不動容。人證麵前，王富貴、王二牛隻得認罪求饒。
原來，王氏曾是本縣吳姓人家的童養媳，吳氏死後，改嫁李生。但王氏婚前與吳氏的堂兄有私情，婚後仍有往來，被李生察覺，故而時常打罵她。
那次李生借故打罵，王氏機靈逃脫回了娘家。王二牛不識字，找王富貴寫狀紙，王富貴垂涎王氏美貌，便說不報官，將王氏藏於家中，仗著自己秀才身份無人敢搜。
此後他奸占王氏，又怕李生追查，便設計陷害，不想丟了功名，便越發瘋狂地借屍誣陷，大肆行賄，欲置李生於死地，卻因妻子生產意外暴露，被張榮妻和孫知縣破了局。
王富貴仍心存僥幸，以為周巡撫會為保自身而維持原判，便哄騙王氏到巡撫處告狀，稱自己隻是窩藏暗娼，並非藏匿李生之妻，是孫知縣嚴刑逼供所致。
周巡撫上奏此事，永樂帝欲召二人進京詢問，派戶部尚書劉大人複核。恰逢永樂帝駕崩，周巡撫和宋布政使得以留京任職，周任禮部尚書，宋任刑部侍郎。
劉大人作為欽差，召集山東、江蘇兩地賢能官員會審，一致認可孫知縣的判決，最終將王富貴、王二牛斬首示眾。
此案能真相大白，穩婆張榮妻和孫知縣功勞不小，可二人所得甚少。張榮妻僅得王富貴行賄的賞銀，未多一文；孫知縣完成任務後，因支持自己的宋布政使調走，也隻是平調他處。而宋布政使因力主申冤，被山東百姓讚為“狄公再世”，獨占全功。正是：
尼山冤案終得雪，公道人心不可欺。
奸佞雖狡終伏法，英名長留百姓間。
這次因李生的母親病重，李生嗔怪王氏侍奉不力，再次出手打罵，王氏負氣出走，數月未歸。李生前往王家找尋，王家堅稱王氏並未回娘家，認定是李生謀害妻子後誣陷，雙方因此起了激烈衝突。
後來，王氏的兄長王二牛聽聞鎮上一個叫錢四的人傳言，說李生勾結好友孫五合謀害死了王氏，便以錢四為人證，前來縣衙告狀。
趙知縣即刻傳訊相關人證，錢四卻坦言是道聽途說，不足為信。錢四的父親也作證說錢四平日裏遊手好閑，所言不可當真，還懇請追查教唆王二牛誣告的幕後黑手。
審訊王二牛後得知，狀紙是其遠房表兄王富貴所寫。傳訊王富貴，得知他是個秀才。
王富貴與王二牛雖有親戚之名，卻無實質利害關係，趙知縣遂上報學政，剝奪了王富貴的秀才功名，並下令通緝王氏到案聽審。
王富貴本是鄉裏一霸，如今秀才頭銜被奪，心生怨恨，伺機報複。不久，有村民在尼山腳下的河邊發現一具無名屍體，被野狗啃咬，趕忙告知保長報官。
王富貴得知後，搶先找到保長，稱屍體是自己的堂妹王氏，還把王二牛喚來。王二牛一看便知不是妹妹，轉身要走，卻被王富貴拉到一旁低語幾句，無奈之下隻好承認這是王氏的屍體。
保長帶著王二牛準備報官，不巧遭遇傾盆大雨，耽擱兩日，天晴後才到縣衙呈報。趙知縣帶著仵作和衙役前去勘驗，不想王富貴早已買通仵作。仵作稱屍體腐爛難辨，王富貴則率王姓族人在屍檢現場大鬧。
趙知縣無奈，隻得讓保長和王二牛先將屍體掩埋，再向上司請示處置之法。
此事被山東巡撫周大人知曉。周大人深得永樂帝倚重，威望頗高。他見這是一起借屍聚眾鬧事的案件，深感事態嚴重，便委派鄰縣知縣錢大人重新檢驗屍體。
誰料錢知縣的仵作和刑房書吏都收受了王富貴的賄賂，仵作謊報屍體肋骨有致命傷，刑房書吏在王二牛等人的供詞上添枝加葉，誣陷李生殺妻。錢知縣依此上報，周巡撫當即彈劾了趙知縣，命錢知縣全力查辦此案。
錢知縣有了巡撫的支持，審訊時手段嚴酷。對李生先是用夾棍夾其雙腿，踝骨外露；又用烙鐵燙胸，皮肉焦爛；還讓其跪於炭火之上，李生苦苦求饒，錢知縣不為所動，逼他承認殺妻之事。
李生受刑不過，胡亂招認埋屍之地。先是挖到一座古墳，僅有朽木枯骨；後又挖出一座男子墳墓；再挖多處，終得一具女屍，可仔細一看，髑髏白發，與王氏年齡懸殊。如此挖了百餘座無主墳墓，仍未找到王氏屍體，每次無果便拷打李生，李生已是奄奄一息。
再審訊李生的好友孫五，同樣施以重刑，孫五身體孱弱，竟死於刑具之下，也未得到有用線索。
此時錢知縣覺得驗屍有誤，審訊仵作張榮，張榮拒不認罪，結果被當堂杖斃。奇怪的是，李生受了那般酷刑未死，仵作張榮卻輕易被打死。
錢知縣明知行刑衙役有貓膩，卻無法治罪，不過也明白張榮之死與驗屍有關，於是從省城請來仵作，重新檢驗，發現竟是具男屍。
原來之前的仵作借口屍體腐爛難以辨認，錢知縣又不懂分辨男女屍身之法，這才被張榮蒙騙。張榮之妻不甘丈夫冤死，到王富貴家理論，王富貴自然矢口否認行賄之事。
張榮妻是個穩婆，一日，王富貴之妻難產，情況危急，雖之前有過爭執，但人命關天，在許以重金後，張榮妻前往幫忙。
見是橫胎，幾人合力仍難分娩，王妻痛極高呼：“三姑，救我！”這時，從夾壁牆中跑出一個女子幫忙，張榮妻一看，竟是傳聞已死的王氏！三人合力，王妻終得產子。
婆婆和王氏跪地求張榮妻保密，王富貴進來後，給了她十兩銀子，張榮妻雖害怕，但也不敢不收，還發誓不泄露此事。
回到家後，張榮妻心有餘悸，對兒子張福說：“兒啊，你信鬼神嗎？我見到了死去的王氏，你爹就因這案子被打死。我們雖無力為他昭雪，但不可欺瞞鬼神，若不為李生申冤，恐遭報應。”張福覺得有理，便帶著銀子到縣衙自首。
此時的知縣是孫大人，進士出身，直隸保定人。孫知縣早就不滿錢知縣的酷刑逼供和濫挖墳墓之舉，得知此事後，急忙寫稟文告知山東布政使宋大人。
宋布政使一麵讓孫知縣速報山東巡撫周大人，一麵上奏朝廷，請求重審此案。周巡撫知曉後，自覺被愚弄，雖惱怒卻也無奈，便讓宋布政使協同孫知縣抓捕王氏，重新審理。
孫知縣領命後，考慮到若大張旗鼓抓人，王富貴可能會藏匿或殺害王氏，便佯裝清查戶口，親率數十捕快，突襲王家，搗毀夾壁牆，擒住王氏。“尼山百姓聞之，歡呼簇擁至公堂。”
孫知縣升堂審理，讓李生和王氏當堂對質。雖說李生往日對王氏不好，但畢竟夫妻一場，王氏見李生遍體鱗傷，慘不忍睹，不禁悲從中來，抱住李生大哭：“是我害了你！”圍觀百姓無不動容。人證麵前，王富貴、王二牛隻得認罪求饒。
原來，王氏曾是本縣吳姓人家的童養媳，吳氏死後，改嫁李生。但王氏婚前與吳氏的堂兄有私情，婚後仍有往來，被李生察覺，故而時常打罵她。
那次李生借故打罵，王氏機靈逃脫回了娘家。王二牛不識字，找王富貴寫狀紙，王富貴垂涎王氏美貌，便說不報官，將王氏藏於家中，仗著自己秀才身份無人敢搜。
此後他奸占王氏，又怕李生追查，便設計陷害，不想丟了功名，便越發瘋狂地借屍誣陷，大肆行賄，欲置李生於死地，卻因妻子生產意外暴露，被張榮妻和孫知縣破了局。
王富貴仍心存僥幸，以為周巡撫會為保自身而維持原判，便哄騙王氏到巡撫處告狀，稱自己隻是窩藏暗娼，並非藏匿李生之妻，是孫知縣嚴刑逼供所致。
周巡撫上奏此事，永樂帝欲召二人進京詢問，派戶部尚書劉大人複核。恰逢永樂帝駕崩，周巡撫和宋布政使得以留京任職，周任禮部尚書，宋任刑部侍郎。
劉大人作為欽差，召集山東、江蘇兩地賢能官員會審，一致認可孫知縣的判決，最終將王富貴、王二牛斬首示眾。
此案能真相大白，穩婆張榮妻和孫知縣功勞不小，可二人所得甚少。張榮妻僅得王富貴行賄的賞銀，未多一文；孫知縣完成任務後，因支持自己的宋布政使調走，也隻是平調他處。而宋布政使因力主申冤，被山東百姓讚為“狄公再世”，獨占全功。正是：
尼山冤案終得雪，公道人心不可欺。
奸佞雖狡終伏法，英名長留百姓間。