但是，胡適對此沒有回應。除了對文言文和愚昧落後的國民性深惡痛絕外，對漢字的改革，胡適似乎不感興趣。其實，在這個問題上，胡適是比較理智的，陳獨秀倒有點像堂吉訶德。因為，一種文字是一個民族長期共同生活中形成的公器，特別是漢字，是幾千年的傳統產物，要改成像西文拚音文字那樣的東西，豈不與「廢除漢字」相同。這個工作，絕不是一兩個人「登高一呼」或搞一兩個運動所能解決的。漢字與西方拚音文字相比，孰優孰劣，直到今天還是個爭論的問題。特別是有了計算機以後，漢字的優越性，似乎在某些方麵還占了上風。所以，漢字改革的聲音越來越遠去了。
陳獨秀最後似乎也明白了這個道理，所以，包括獄中和生命的最後幾年，他把主要精力放在探索漢字的規律上，幫助人們如何較方便地掌握漢字，也就是寫一部通俗的「漢字入門」書。歸納起來，他這方麵的成果可以分為兩個方麵。
一是音韻學方麵。
《中國古代有復聲母說》：關於人類語言的起源與文字形成的關係，學術界有多種爭論，古代語言有無復聲母，是其爭論之一。陳獨秀寫此論文，表示自己的觀點，並作詳細的論證：「高本漢、林語堂均謂中國古代語言有復聲母gl、dl、bl，其說可信，惜語焉不詳，言古音者未以為定論，今為之疏通證明，且廣其義，以質諸同好。」陳獨秀深入研究中國古代語音後認為：「人類語言之起源，或由於驚呼感嘆，或由於擬物之音，日漸演變孳乳，遂成語言。驚呼感嘆多演為韻及韻母，擬物之音多演為復聲母。」論文對音韻學研究中傳統的「葉韻」（即「押韻」）和「通轉」之說表示異議，提出應以「復聲母說」取代之。他認為，三百年來，中國音韻學者知古韻讀音不同今韻，無所謂葉韻，然仍為廣韻韻目所拘，對許多字的讀音不能解釋，並以一字一聲為天經地義而無可疑，於一字數聲不得其解，乃造為通轉之說。他指出這些都是荒謬的；「正確之解釋，惟依古音有復聲母之說，一字之音有數聲母；古代文字聲母之音素與後代不同，無所謂通轉，猶之古代文字韻母之音素與後代不同，無所謂葉韻。」發生這種情況，是因為「蓋自單音象形字固定之後，無法以一字表現復聲母，而在實際語言中，復聲母則仍然存在，於是乃以聯綿字濟其窮……如劈歷、崑崙等，比合二字為一名，二聲共一韻」；從文字的形成考察，陳獨秀認為：「復聲母之說，除聯綿字外，復有字之偏旁得聲及一字二音可證也，例如：洛、落、路、賂、珞、酪、硌、駱均從各得聲；裸從果得聲……」陳獨秀在此基礎上，又有所創造：「餘且疑古音不獨有復聲母gl、dl、bl，似復有mbl……」以下又作了詳細的例證。此外，論文還廣泛列舉現代語、山西土語、西藏語、歐洲語有復聲母，加以論證，充分顯示了他的博學，立論之堅實。
陳獨秀最後強調：「篤守成說者，或目復聲母之說為怪誕不經，餘則以為此說乃追求中國原始語音新途徑之一，其前途雖猶待芟夷開闢，而比之舊說語意含糊無發音學根據之任意通轉，不失為踏實可尋之途徑也。」[50]
《連語類編》：此稿是為其「古代有復聲母說」進一步提供證據的，彙編了古籍中遺留復聲母痕跡的連語（即轉語、聯綿詞），分天象、山川、草木、鳥獸、蟲魚、氏族、人體、飲食、疾病、親屬、城郭宮室、服飾、用器、舟車、兵器、農器、樂曲、形況、行動、語詞共二十類，進行舉例論證，「辟華語單音節之說」，指出：「華語之非單音節，不獨可以今語證之，古語之有複音遺留其痕跡於書籍者，今日尚可得而考焉；此可證華語由單音節發展為複音節之說亦非也。」並說，作「此書非徒以考古」，乃為推動中國拚音文字的推廣；「中國拚音文字之難行，單音及方言為二大障礙，古今語皆多複音之義明，拚音文字之障礙去其一矣。」[51]此稿在獄中時未出版，隨作者輾轉跋涉到四川江津，因北京大學同學會資助其晚年生活費，1941年春找出此稿，書短序贈北大以為報答。但因戰時困難，社會難顧這類生僻的學術著作，直到他去世時也未出版。
《古音陰陽入互用例表》：此表是向「數百年來」古韻學大家顧寧人、戴東原、段玉裁、江永等人提出挑戰的，把古音分成四類十係，將自古以來集音韻學大成的四大名著《說文》《至篇》《廣韻》《集韻》所收之字，依類錄入，見古音陰陽入三聲互相通轉，其條理至為明晰。此表在獄中寫了初稿，1941年初重訂，作自序，油印25份，徵求文字學家魏建功、陳鍾凡、顧頡剛（均是陳獨秀北大時的學生）意見，得到評價甚高，認為「此作開古音學界一新紀元」，但此評價並非出於對師長的尊敬。抗戰時期一直在研究音韻學的魏建功並說：「餘惟先生實為檢討向來古音分部結果而有此作，其要旨具詳自序，銳思精斷，非依違章（太炎）高（本漢）所可夢想。」（章、高是當時音韻學家最大的權威——筆者）說明，陳作此表，乃一大發明，魏說：「先生所由發明不過陰陽入互用一事，已大改前人陳陳相因之觀，學者儻亦學韙餘言古音研究所當新辟之途徑乎？」他亦深知此工作之艱難，指出：「理有至近淺百世不能明者，學有至幽深一語無足奇者，眾共鹵莽，大道所以艱難也。老聃有言：『吾不知誰之子，像帝之先！』」[52]至於具體的學術觀點，有人不能苟同。陳鍾凡認為：「古韻非一成不變之物，周秦與漢魏，未必同符，隋唐以後，變化益繁；欲範以定型，恐難苟合。」[53]他寫信給陳獨秀說：「今所謂古人陰陽互用之字，當古人互用時，其音值究為何如，似尚待精密之研討，遽難加以斷論。」[54]陳獨秀表示，此乃一人之見，持反對意見者必不乏人，各方異議，擬匯齊將來作一後序總討論，給予答覆。畢竟是學術問題，陳表示可以自由討論。不像新文化運動時期，白話文代替文言文，「其是非甚明，必不容反對者有討論之餘地，必以吾輩所主張者為絕對之是，而不容他人之匡正也」。這就是陳獨秀的風格：無論政治問題或學術問題，他有自己明確的立場和觀點，有的他會堅持，不容他人討論；有的則歡迎討論。但是，後來沒有來得及作「後序」給予答覆，他就去世了。
陳獨秀最後似乎也明白了這個道理，所以，包括獄中和生命的最後幾年，他把主要精力放在探索漢字的規律上，幫助人們如何較方便地掌握漢字，也就是寫一部通俗的「漢字入門」書。歸納起來，他這方麵的成果可以分為兩個方麵。
一是音韻學方麵。
《中國古代有復聲母說》：關於人類語言的起源與文字形成的關係，學術界有多種爭論，古代語言有無復聲母，是其爭論之一。陳獨秀寫此論文，表示自己的觀點，並作詳細的論證：「高本漢、林語堂均謂中國古代語言有復聲母gl、dl、bl，其說可信，惜語焉不詳，言古音者未以為定論，今為之疏通證明，且廣其義，以質諸同好。」陳獨秀深入研究中國古代語音後認為：「人類語言之起源，或由於驚呼感嘆，或由於擬物之音，日漸演變孳乳，遂成語言。驚呼感嘆多演為韻及韻母，擬物之音多演為復聲母。」論文對音韻學研究中傳統的「葉韻」（即「押韻」）和「通轉」之說表示異議，提出應以「復聲母說」取代之。他認為，三百年來，中國音韻學者知古韻讀音不同今韻，無所謂葉韻，然仍為廣韻韻目所拘，對許多字的讀音不能解釋，並以一字一聲為天經地義而無可疑，於一字數聲不得其解，乃造為通轉之說。他指出這些都是荒謬的；「正確之解釋，惟依古音有復聲母之說，一字之音有數聲母；古代文字聲母之音素與後代不同，無所謂通轉，猶之古代文字韻母之音素與後代不同，無所謂葉韻。」發生這種情況，是因為「蓋自單音象形字固定之後，無法以一字表現復聲母，而在實際語言中，復聲母則仍然存在，於是乃以聯綿字濟其窮……如劈歷、崑崙等，比合二字為一名，二聲共一韻」；從文字的形成考察，陳獨秀認為：「復聲母之說，除聯綿字外，復有字之偏旁得聲及一字二音可證也，例如：洛、落、路、賂、珞、酪、硌、駱均從各得聲；裸從果得聲……」陳獨秀在此基礎上，又有所創造：「餘且疑古音不獨有復聲母gl、dl、bl，似復有mbl……」以下又作了詳細的例證。此外，論文還廣泛列舉現代語、山西土語、西藏語、歐洲語有復聲母，加以論證，充分顯示了他的博學，立論之堅實。
陳獨秀最後強調：「篤守成說者，或目復聲母之說為怪誕不經，餘則以為此說乃追求中國原始語音新途徑之一，其前途雖猶待芟夷開闢，而比之舊說語意含糊無發音學根據之任意通轉，不失為踏實可尋之途徑也。」[50]
《連語類編》：此稿是為其「古代有復聲母說」進一步提供證據的，彙編了古籍中遺留復聲母痕跡的連語（即轉語、聯綿詞），分天象、山川、草木、鳥獸、蟲魚、氏族、人體、飲食、疾病、親屬、城郭宮室、服飾、用器、舟車、兵器、農器、樂曲、形況、行動、語詞共二十類，進行舉例論證，「辟華語單音節之說」，指出：「華語之非單音節，不獨可以今語證之，古語之有複音遺留其痕跡於書籍者，今日尚可得而考焉；此可證華語由單音節發展為複音節之說亦非也。」並說，作「此書非徒以考古」，乃為推動中國拚音文字的推廣；「中國拚音文字之難行，單音及方言為二大障礙，古今語皆多複音之義明，拚音文字之障礙去其一矣。」[51]此稿在獄中時未出版，隨作者輾轉跋涉到四川江津，因北京大學同學會資助其晚年生活費，1941年春找出此稿，書短序贈北大以為報答。但因戰時困難，社會難顧這類生僻的學術著作，直到他去世時也未出版。
《古音陰陽入互用例表》：此表是向「數百年來」古韻學大家顧寧人、戴東原、段玉裁、江永等人提出挑戰的，把古音分成四類十係，將自古以來集音韻學大成的四大名著《說文》《至篇》《廣韻》《集韻》所收之字，依類錄入，見古音陰陽入三聲互相通轉，其條理至為明晰。此表在獄中寫了初稿，1941年初重訂，作自序，油印25份，徵求文字學家魏建功、陳鍾凡、顧頡剛（均是陳獨秀北大時的學生）意見，得到評價甚高，認為「此作開古音學界一新紀元」，但此評價並非出於對師長的尊敬。抗戰時期一直在研究音韻學的魏建功並說：「餘惟先生實為檢討向來古音分部結果而有此作，其要旨具詳自序，銳思精斷，非依違章（太炎）高（本漢）所可夢想。」（章、高是當時音韻學家最大的權威——筆者）說明，陳作此表，乃一大發明，魏說：「先生所由發明不過陰陽入互用一事，已大改前人陳陳相因之觀，學者儻亦學韙餘言古音研究所當新辟之途徑乎？」他亦深知此工作之艱難，指出：「理有至近淺百世不能明者，學有至幽深一語無足奇者，眾共鹵莽，大道所以艱難也。老聃有言：『吾不知誰之子，像帝之先！』」[52]至於具體的學術觀點，有人不能苟同。陳鍾凡認為：「古韻非一成不變之物，周秦與漢魏，未必同符，隋唐以後，變化益繁；欲範以定型，恐難苟合。」[53]他寫信給陳獨秀說：「今所謂古人陰陽互用之字，當古人互用時，其音值究為何如，似尚待精密之研討，遽難加以斷論。」[54]陳獨秀表示，此乃一人之見，持反對意見者必不乏人，各方異議，擬匯齊將來作一後序總討論，給予答覆。畢竟是學術問題，陳表示可以自由討論。不像新文化運動時期，白話文代替文言文，「其是非甚明，必不容反對者有討論之餘地，必以吾輩所主張者為絕對之是，而不容他人之匡正也」。這就是陳獨秀的風格：無論政治問題或學術問題，他有自己明確的立場和觀點，有的他會堅持，不容他人討論；有的則歡迎討論。但是，後來沒有來得及作「後序」給予答覆，他就去世了。