但是，在共產國際最高領導機關中，顯然有同情陳獨秀的人，1930年3月23日，國際政治書記處會議討論以米夫為首的國際東方書記處請求批準關於將陳獨秀開除出共產國際的決定並在報刊上公布時，會議卻做出了否定的決定：「在不削弱對陳獨秀的思想鬥爭的同時，必須遵守給陳獨秀的考驗期限。」[74]
然而，目前解密的莫斯科秘檔表明，由於中共中央接著發生以李立三為代表的第二次「左」傾錯誤，並成為莫斯科的又一個替罪羊，陳獨秀開除黨籍的問題再也沒有提到共產國際的議事日程上，就這樣，1929年11月15日開除陳獨秀黨籍的決議成了既成事實。
陳獨秀被開除黨籍後，引起當時一南一北兩個曾與他有過親密關係者截然相反的反應：一個是建黨時期的夥伴楊明齋，一個是得陳熱情提攜的毛澤東。
楊明齋當時在冀東豐潤縣車軸山縣立中學教國文課為掩護，繼續進行革命工作。在他得知陳獨秀被開除黨籍的消息後，執意要去上海，說要調解黨中央與陳獨秀的矛盾。經王德周（大革命時期曾是順直省委負責人之一，時為中學教務處主任）再三勸告：「黨中央與陳獨秀之間的問題不是偶然的誤會造成的，也不是僅僅在某些政策上的分歧問題，而是重大政治路線的鬥爭，是不能靠調解解決的」，他才沒有立即走。可是到這年冬天，他又決定偷越國境到蘇聯，去做共產國際的工作。這次他不聽勸阻，終於在1930年1月楊明齋「未經黨的許可，在走私者的幫助下，非法越過中蘇邊界」，但他一直未能接觸到共產國際。他先是在遠東的哈巴羅夫斯克掃盲站當中文教員，後又轉到符拉迪沃斯托克（海參崴）《紅星報》和無線電台工作。但是，1931年他卻被當作「叛逃者」流放到托木斯克，在那裏當勤雜工。1934年8月，流放期滿後，楊明齋又設法到了莫斯科並進入蘇聯外國工人出版社工作，先後任投遞員、校對員。這時的陳獨秀不僅被開除、當了中國托派領袖，而且因反蔣抗日，坐在國民黨的獄中，當然已經不存在到共產國際為其辯護的問題。他於是希望在蘇聯安度晚年，可是，在1936～1938年的蘇聯大恐怖運動中，楊明齋終於難逃厄運，1938年2月，他「以被捏造的罪名遭逮捕」，並於同年5月被殺害。[75]陳獨秀因為洞悉其奸，始終拒絕去莫斯科，倖免不測；想不到，這位耿直到迂腐的楊明齋，卻因為陳獨秀抱不平，自投羅網，屈死在異國他鄉。
遠在南方瑞金根據地的毛澤東，寫信給中央說：「獨秀近來行動，真豈有此理。中央駁議文件已經到此，我們當普遍地宣傳。」[76]
另外，也有人出來對中共中央甚至共產國際做工作，希望不要走到這種地步。當時被捕後關在國民黨監獄、自知必死無疑的四位共產黨高級幹部彭湃、楊殷、顏昌頤、邢士貞，8月24日也從獄中寫信，對黨中央的領導工作有所建議，尤「望黨內對於反對派的鬥爭要多從教育上做功夫，以教育全黨」，反對採取簡單的懲辦手段。[77]
綜上所述，陳獨秀1929年11月15日被開除黨籍的原因是很複雜的：主要有第一，在中東路這個涉及中國人民的民族利益和感情問題上，反對共產國際和中共中央「保衛蘇聯」的方針。在這個問題上，陳獨秀是正確的。第二，反對黨的六大路線，主張接受託洛茨基主義的路線。在這個問題上，陳獨秀有正確的一麵，如承認大革命失敗，革命進入低潮，應取防禦方針，以保存黨和革命的有生力量。缺點是不懂得利用中國土地廣大和統治階級的矛盾等條件，在農村存在「武裝割據，建立紅軍，堅持革命根據地」的可能性。但其擔心黨長期在農村生存發展，會被「農民意識化」，長遠看，是一個偉大的預見。第三，反對當時立三中央正在發展的「左」傾錯誤。這一點，陳獨秀是正確的，而且很快為中共第二左傾路線的形成所證明。第四，反對以執行紀律為名，推行命令主義，扼殺黨內不同政見者；主張實行黨內民主，允許不同意見存在。這一點也是正確的，而且為全部的中共黨史所證明。
陳獨秀對組織上被開除「不在乎」，原則上的是非決不含糊。他見在黨的機關報上公布的開除自己黨籍的政治局決議後，怒不可遏，立即在12月10日散發了自己油印的長文《告全黨同誌書》，對開除他的那些理由進行批駁。
文章一開始就表示：我自從1920年隨諸同誌之後創立本黨以來，「忠實的執行了國際領導者史大林季諾維也夫布哈林等機會主義的政策，使中國革命遭到了可恥的悲慘失敗，雖夙夜勤勞而功不抵過」；我固然不應該效「萬方有罪在予一人」可笑的自誇口吻，把過去失敗的錯誤而將自己除外。任何人任何同誌指摘我過去機會主義的錯誤，我都誠懇的接受。「我絕對不願為要擁護我個人的錯誤（自從『八七』會議到現在，我不但對於政治的批評不加掩護，即對於一切超過事實的指摘，也以為是個人的細故，默不答辯），而使過去無產階級付了重價的苦經驗埋沒下去，得不到一點教訓」。「我深切的認識，任何個人任何黨派，想免除機會主義的錯誤，決不是一件容易的事」；長期追隨列寧學習的如史大林與布哈林，現在也犯了可恥的機會主義；像我輩這樣淺薄的馬克思主義者，更何可自滿，一旦自滿，便是自己阻住自己的進步。「我們要真能免除機會主義的錯誤，隻有在馬克思列寧的遺教中，在無產階級的群眾鬥爭中，在同誌相互批評中，不斷的虛心學習，才庶幾可望。」
然而，目前解密的莫斯科秘檔表明，由於中共中央接著發生以李立三為代表的第二次「左」傾錯誤，並成為莫斯科的又一個替罪羊，陳獨秀開除黨籍的問題再也沒有提到共產國際的議事日程上，就這樣，1929年11月15日開除陳獨秀黨籍的決議成了既成事實。
陳獨秀被開除黨籍後，引起當時一南一北兩個曾與他有過親密關係者截然相反的反應：一個是建黨時期的夥伴楊明齋，一個是得陳熱情提攜的毛澤東。
楊明齋當時在冀東豐潤縣車軸山縣立中學教國文課為掩護，繼續進行革命工作。在他得知陳獨秀被開除黨籍的消息後，執意要去上海，說要調解黨中央與陳獨秀的矛盾。經王德周（大革命時期曾是順直省委負責人之一，時為中學教務處主任）再三勸告：「黨中央與陳獨秀之間的問題不是偶然的誤會造成的，也不是僅僅在某些政策上的分歧問題，而是重大政治路線的鬥爭，是不能靠調解解決的」，他才沒有立即走。可是到這年冬天，他又決定偷越國境到蘇聯，去做共產國際的工作。這次他不聽勸阻，終於在1930年1月楊明齋「未經黨的許可，在走私者的幫助下，非法越過中蘇邊界」，但他一直未能接觸到共產國際。他先是在遠東的哈巴羅夫斯克掃盲站當中文教員，後又轉到符拉迪沃斯托克（海參崴）《紅星報》和無線電台工作。但是，1931年他卻被當作「叛逃者」流放到托木斯克，在那裏當勤雜工。1934年8月，流放期滿後，楊明齋又設法到了莫斯科並進入蘇聯外國工人出版社工作，先後任投遞員、校對員。這時的陳獨秀不僅被開除、當了中國托派領袖，而且因反蔣抗日，坐在國民黨的獄中，當然已經不存在到共產國際為其辯護的問題。他於是希望在蘇聯安度晚年，可是，在1936～1938年的蘇聯大恐怖運動中，楊明齋終於難逃厄運，1938年2月，他「以被捏造的罪名遭逮捕」，並於同年5月被殺害。[75]陳獨秀因為洞悉其奸，始終拒絕去莫斯科，倖免不測；想不到，這位耿直到迂腐的楊明齋，卻因為陳獨秀抱不平，自投羅網，屈死在異國他鄉。
遠在南方瑞金根據地的毛澤東，寫信給中央說：「獨秀近來行動，真豈有此理。中央駁議文件已經到此，我們當普遍地宣傳。」[76]
另外，也有人出來對中共中央甚至共產國際做工作，希望不要走到這種地步。當時被捕後關在國民黨監獄、自知必死無疑的四位共產黨高級幹部彭湃、楊殷、顏昌頤、邢士貞，8月24日也從獄中寫信，對黨中央的領導工作有所建議，尤「望黨內對於反對派的鬥爭要多從教育上做功夫，以教育全黨」，反對採取簡單的懲辦手段。[77]
綜上所述，陳獨秀1929年11月15日被開除黨籍的原因是很複雜的：主要有第一，在中東路這個涉及中國人民的民族利益和感情問題上，反對共產國際和中共中央「保衛蘇聯」的方針。在這個問題上，陳獨秀是正確的。第二，反對黨的六大路線，主張接受託洛茨基主義的路線。在這個問題上，陳獨秀有正確的一麵，如承認大革命失敗，革命進入低潮，應取防禦方針，以保存黨和革命的有生力量。缺點是不懂得利用中國土地廣大和統治階級的矛盾等條件，在農村存在「武裝割據，建立紅軍，堅持革命根據地」的可能性。但其擔心黨長期在農村生存發展，會被「農民意識化」，長遠看，是一個偉大的預見。第三，反對當時立三中央正在發展的「左」傾錯誤。這一點，陳獨秀是正確的，而且很快為中共第二左傾路線的形成所證明。第四，反對以執行紀律為名，推行命令主義，扼殺黨內不同政見者；主張實行黨內民主，允許不同意見存在。這一點也是正確的，而且為全部的中共黨史所證明。
陳獨秀對組織上被開除「不在乎」，原則上的是非決不含糊。他見在黨的機關報上公布的開除自己黨籍的政治局決議後，怒不可遏，立即在12月10日散發了自己油印的長文《告全黨同誌書》，對開除他的那些理由進行批駁。
文章一開始就表示：我自從1920年隨諸同誌之後創立本黨以來，「忠實的執行了國際領導者史大林季諾維也夫布哈林等機會主義的政策，使中國革命遭到了可恥的悲慘失敗，雖夙夜勤勞而功不抵過」；我固然不應該效「萬方有罪在予一人」可笑的自誇口吻，把過去失敗的錯誤而將自己除外。任何人任何同誌指摘我過去機會主義的錯誤，我都誠懇的接受。「我絕對不願為要擁護我個人的錯誤（自從『八七』會議到現在，我不但對於政治的批評不加掩護，即對於一切超過事實的指摘，也以為是個人的細故，默不答辯），而使過去無產階級付了重價的苦經驗埋沒下去，得不到一點教訓」。「我深切的認識，任何個人任何黨派，想免除機會主義的錯誤，決不是一件容易的事」；長期追隨列寧學習的如史大林與布哈林，現在也犯了可恥的機會主義；像我輩這樣淺薄的馬克思主義者，更何可自滿，一旦自滿，便是自己阻住自己的進步。「我們要真能免除機會主義的錯誤，隻有在馬克思列寧的遺教中，在無產階級的群眾鬥爭中，在同誌相互批評中，不斷的虛心學習，才庶幾可望。」