10月6日，鮑羅廷到達廣州，第一件事就是迅速把國民黨改造成俄國需要的樣子，催促孫中山立即改組國民黨。由於當時孫中山處於十分困難之中，而鮑羅廷手中有援助，孫中山對此積極響應，18日就寫聘請鮑為中國國民黨組織教練員委任書。25日，召開國民黨改組特別會議，討論並落實原由馬林和陳獨秀擬定的改組計劃。會上，孫中山指派九名中央委員和五名候補委員組成的國民黨臨時中央執行委員會，具體進行改組工作。譚平山（中央委員）和李大釗（候補委員）兩名共產黨人參加。
但是，國民黨內立即出現一股強烈反對共產黨加入的勢力，特別是在上海。國民黨中央委員鄧澤如甚至寫信給孫中山，攻擊國共合作是「陳獨秀的共產黨利用我黨之陰謀」。對此，陳獨秀在內心深處雖然對黨內合作的方針有些動搖，如當時一直反對加入國民黨的張國燾寫信給維經斯基時幸災樂禍地說的：陳獨秀來信表示「現在感到三次黨代表大會通過的關於我們同國民黨關係的政治論斷，不太切合實際」；「這很清楚地證明，陳獨秀和馬林同誌的計劃遇到了困難，目前不能兌現」。[2]但是在行動上，陳獨秀還是努力維護共產國際的方針，對國共雙方內部的反對勢力盡量做工作，除了發表上述《中國國民革命與社會各階級》一文外，1924年1月8日，在給國民黨機關報《民國日報》一封信中，對國民黨改組後的章程提出修改意見，主張吸收黨員「固鄭重將來，加以嚴密的規定，以慎其始也」。第二天《民國日報》在頭版頭條《言論》欄，發表《介紹一個「黨」的意見》，摘錄陳獨秀信中有關黨員資格及入黨手續等修改意見，稱讚陳信「很有見解，提出了幾個有價值的意見」，「其中最有警策的一點，就是分子的選擇和審查……沒有好分子，斷不會有好黨」。
國民黨另一位中央委員鄒魯以及骨幹馮自由、馬素等說改組後「國民黨赤化了」，「是共產派利用國民黨做共產主義的運動」。陳獨秀駁斥說：共產黨加入了國民黨，是因為「知道革命的勢力不可分」：
共產主義者加入國民黨，乃是因為殖民地的中國國民革命在世界革命的重要，決不是因為想要赤化國民黨利用國民黨來做共產運動而加入的；因為共產黨的目的、使命及革命的動機，都截然和國民黨不同是斷然利用不來的……國民革命和共產革命之目的與動力都截然不同，共產派的人有何神通能夠利用各階級合作的國民黨來做階級爭鬥的共產運動？……各階級合作的國民黨，當然不免而且應該包容許多大小資產階級的分子在內；共產派有何方法能以利用這班資產階級，來做共產運動，來革資產階級他們自己的命？共產派如果這樣頭腦昏聵，他們還懂得共產主義麽？[3]
當時的孫中山為了挽救國民黨，也不得不逐條駁斥鄧澤如的信。他以陳獨秀上述給《民國日報》的信為證據，說共產黨遵守國民黨黨綱，「陰謀」何來之有？仲甫現在處處為國民黨建成革命黨著想。你們這些處處自稱對黨忠誠的人，能提出這樣的意見嗎？
由於鮑羅廷、陳獨秀、孫中山三方的共同努力，國共合作的方針，終於克服國共兩黨內部的重重阻力，得以順利執行。1923年12月25日，陳獨秀以中共中央委員長的名義與秘書羅章龍共同簽署的中央通告，首先指出當前國民黨改組中的嚴峻形勢，沒有盲目樂觀：「自大會（指中共三大——引者）議決本黨同誌參加國民黨擴大運動以來，以種種障礙未能見諸實行。」然而，此時國民黨之改組已著著進行，頗有振作之希望，第二年正月在廣州召集全國大會，「中局（即中共中央——引者）方努力進行復活國民黨之工作」。這裏又表現出陳幫助國民黨的真誠態度。隨後布置中共在國民黨一大改組會上的策略如下：
1.有國民黨組織之地方，同誌們立時全體加入；沒有國民黨組織之地方，望切將同誌非同誌可加入國民黨之人數及何人可以負責，報告中局，以便中局向國民黨接洽，請其派人前往成立分部。
2.在國民黨已有組織之地方，本黨地方會應與國民黨合組改組委員會，以主持目前應進行的諸事。
3.吾黨在此次國民黨全國大會代表中，希望每省至少當選一人，望各區會與地方會預商當選之同誌，此同誌必須政治頭腦明晰且有口才者，方能在大會中糾正國民黨舊的錯誤觀念。舊國民黨員中，我們也應該出力幫助其比較的急進分子當選。
4.此次國民黨大會中最重要的問題是討論黨綱黨章（其草案均見《嚮導》）及對於時局之策略，代表動身前各區均應詳加討論，候各省代表過滬時，我們的同誌再集合議決一致的主張。
從這些鄭重、具體、仔細的布置中，可以看出當時的陳獨秀黨中央對待這次國民黨改組和國民黨新領導機構的建立非常重視，對於在未來國共合作中捍衛共產黨利益的立場也非常堅定，並無所謂「右傾機會主義」的味道。
於是，1924年1月20～30日，孫中山在廣州召開了國民黨第一次全國代表大會，改組國民黨，重新解釋了三民主義，提出聯俄、聯共、扶助農工的三大政策（孫中山本意是「容共」）。大會最後選舉的24名中央委員中，有3名為共產黨人：李大釗、譚平山、於樹德；17名候補委員中，有7名為共產黨人：沈定一、林祖涵、毛澤東、於方舟、瞿秋白、韓麟符、張國燾。在一屆一中全會上推定的各部人選中，譚平山為組織部長，林祖涵為農民部長，李大釗為北京執行部執委，於方舟為候補執委，毛澤東為上海執行部的候補執委。這個名單，雖然沒有完全實現馬林和陳獨秀原有的設想，陳獨秀在國民黨中央也沒有擔任任何職務，但是，受馬林和陳獨秀計劃影響，在新設立的國民黨中央委員會和中央黨部等領導機構中，共產黨員占了1/3至1/4的比例。尤其是負責組織發展的中央組織部，基本上是依靠中共黨員在工作。當時中共黨員總共才200多名，差不多都擔任了國民黨的發展工作。據1923年12月27日《陳獨秀給共產國際執行委員會的報告》說：在國民黨一大前，哈爾濱、北京、天津、湖南、南京安徽等地，已經建立起以共產黨人為主的國民黨黨部。
但是，國民黨內立即出現一股強烈反對共產黨加入的勢力，特別是在上海。國民黨中央委員鄧澤如甚至寫信給孫中山，攻擊國共合作是「陳獨秀的共產黨利用我黨之陰謀」。對此，陳獨秀在內心深處雖然對黨內合作的方針有些動搖，如當時一直反對加入國民黨的張國燾寫信給維經斯基時幸災樂禍地說的：陳獨秀來信表示「現在感到三次黨代表大會通過的關於我們同國民黨關係的政治論斷，不太切合實際」；「這很清楚地證明，陳獨秀和馬林同誌的計劃遇到了困難，目前不能兌現」。[2]但是在行動上，陳獨秀還是努力維護共產國際的方針，對國共雙方內部的反對勢力盡量做工作，除了發表上述《中國國民革命與社會各階級》一文外，1924年1月8日，在給國民黨機關報《民國日報》一封信中，對國民黨改組後的章程提出修改意見，主張吸收黨員「固鄭重將來，加以嚴密的規定，以慎其始也」。第二天《民國日報》在頭版頭條《言論》欄，發表《介紹一個「黨」的意見》，摘錄陳獨秀信中有關黨員資格及入黨手續等修改意見，稱讚陳信「很有見解，提出了幾個有價值的意見」，「其中最有警策的一點，就是分子的選擇和審查……沒有好分子，斷不會有好黨」。
國民黨另一位中央委員鄒魯以及骨幹馮自由、馬素等說改組後「國民黨赤化了」，「是共產派利用國民黨做共產主義的運動」。陳獨秀駁斥說：共產黨加入了國民黨，是因為「知道革命的勢力不可分」：
共產主義者加入國民黨，乃是因為殖民地的中國國民革命在世界革命的重要，決不是因為想要赤化國民黨利用國民黨來做共產運動而加入的；因為共產黨的目的、使命及革命的動機，都截然和國民黨不同是斷然利用不來的……國民革命和共產革命之目的與動力都截然不同，共產派的人有何神通能夠利用各階級合作的國民黨來做階級爭鬥的共產運動？……各階級合作的國民黨，當然不免而且應該包容許多大小資產階級的分子在內；共產派有何方法能以利用這班資產階級，來做共產運動，來革資產階級他們自己的命？共產派如果這樣頭腦昏聵，他們還懂得共產主義麽？[3]
當時的孫中山為了挽救國民黨，也不得不逐條駁斥鄧澤如的信。他以陳獨秀上述給《民國日報》的信為證據，說共產黨遵守國民黨黨綱，「陰謀」何來之有？仲甫現在處處為國民黨建成革命黨著想。你們這些處處自稱對黨忠誠的人，能提出這樣的意見嗎？
由於鮑羅廷、陳獨秀、孫中山三方的共同努力，國共合作的方針，終於克服國共兩黨內部的重重阻力，得以順利執行。1923年12月25日，陳獨秀以中共中央委員長的名義與秘書羅章龍共同簽署的中央通告，首先指出當前國民黨改組中的嚴峻形勢，沒有盲目樂觀：「自大會（指中共三大——引者）議決本黨同誌參加國民黨擴大運動以來，以種種障礙未能見諸實行。」然而，此時國民黨之改組已著著進行，頗有振作之希望，第二年正月在廣州召集全國大會，「中局（即中共中央——引者）方努力進行復活國民黨之工作」。這裏又表現出陳幫助國民黨的真誠態度。隨後布置中共在國民黨一大改組會上的策略如下：
1.有國民黨組織之地方，同誌們立時全體加入；沒有國民黨組織之地方，望切將同誌非同誌可加入國民黨之人數及何人可以負責，報告中局，以便中局向國民黨接洽，請其派人前往成立分部。
2.在國民黨已有組織之地方，本黨地方會應與國民黨合組改組委員會，以主持目前應進行的諸事。
3.吾黨在此次國民黨全國大會代表中，希望每省至少當選一人，望各區會與地方會預商當選之同誌，此同誌必須政治頭腦明晰且有口才者，方能在大會中糾正國民黨舊的錯誤觀念。舊國民黨員中，我們也應該出力幫助其比較的急進分子當選。
4.此次國民黨大會中最重要的問題是討論黨綱黨章（其草案均見《嚮導》）及對於時局之策略，代表動身前各區均應詳加討論，候各省代表過滬時，我們的同誌再集合議決一致的主張。
從這些鄭重、具體、仔細的布置中，可以看出當時的陳獨秀黨中央對待這次國民黨改組和國民黨新領導機構的建立非常重視，對於在未來國共合作中捍衛共產黨利益的立場也非常堅定，並無所謂「右傾機會主義」的味道。
於是，1924年1月20～30日，孫中山在廣州召開了國民黨第一次全國代表大會，改組國民黨，重新解釋了三民主義，提出聯俄、聯共、扶助農工的三大政策（孫中山本意是「容共」）。大會最後選舉的24名中央委員中，有3名為共產黨人：李大釗、譚平山、於樹德；17名候補委員中，有7名為共產黨人：沈定一、林祖涵、毛澤東、於方舟、瞿秋白、韓麟符、張國燾。在一屆一中全會上推定的各部人選中，譚平山為組織部長，林祖涵為農民部長，李大釗為北京執行部執委，於方舟為候補執委，毛澤東為上海執行部的候補執委。這個名單，雖然沒有完全實現馬林和陳獨秀原有的設想，陳獨秀在國民黨中央也沒有擔任任何職務，但是，受馬林和陳獨秀計劃影響，在新設立的國民黨中央委員會和中央黨部等領導機構中，共產黨員占了1/3至1/4的比例。尤其是負責組織發展的中央組織部，基本上是依靠中共黨員在工作。當時中共黨員總共才200多名，差不多都擔任了國民黨的發展工作。據1923年12月27日《陳獨秀給共產國際執行委員會的報告》說：在國民黨一大前，哈爾濱、北京、天津、湖南、南京安徽等地，已經建立起以共產黨人為主的國民黨黨部。