盡管如此，蔡元培為了保護北大，還是做了一些妥協，如在1919年3月1日，召開評議會通過《文理科教務處組織法》，決定暑假後實行「文理合併，不設學長，而設教務長」，其目的就在於變相免除陳獨秀學長職務，以保護陳和北大免受攻擊。
二、反動當局的鎮壓。
杜亞泉和林紓都提出了依靠強權鎮壓新文化派的要求，說明保守勢力在無力抵抗進步勢力發展時，都會乞求反動勢力的幫助。
林紓的醜行在受到蔡元培、陳獨秀等人的揭露和批判後，一麵不得不寫信給各報館，「承認他自己罵人的錯處」，一麵卻做「偉丈夫」主子的工作，「想藉重武力壓倒新派的人」。同時，他又去「運動他同鄉的國會議員，在國會裏提出彈劾案，來彈劾教育總長和北京大學校長」，[158]並且要求教育部解聘陳獨秀、胡適、錢玄同等新文化派教員。安福係議員張元奇果真提出了這個彈劾案。大總統徐世昌也召見蔡元培，施加壓力。國會雖懾於學生和公眾輿論強烈反對，最終沒有通過這些彈劾案，但是，1919年春，政府將出麵幹涉的流言卻頗為盛行。所以，有人認為如果不發生「五四事件」，北京大學和其他大學的新思想運動，很可能將會受到軍閥政府的鎮壓。五四發生後，政府雖然窮於應付運動和外交，還是把陳獨秀、李大釗等人以「過激派」的罪名，上了黑名單，進行監視，所以，陳獨秀在6月9日上街散發傳單時即被逮捕。學生被逮捕，一般營救，即被釋放，而他被捕後，雖經各種勢力特殊營救，卻被關了三個多月，而且出獄後還被監視，說明在反動當局眼中，他的確成了「洪水猛獸」。
三、謠言殺人。
自從杜亞泉、林紓等保守派攻擊新文化運動，並發出政府幹涉的要求後，社會上就開始流行中傷陳獨秀等人的謠言，居心不良者還添枝加葉，擴大和製造謠言。其中最惡劣的是兩個。
第一個謠言是說陳獨秀、胡適、錢玄同等新派教員，已經被北京大學驅逐。此謠言首先出自北京大學法科學生張厚載之口。此生在軍閥徐樹錚辦的立達中學讀書時，是林紓的學生，進入北大後還兼做保守派報紙《神州日報》的通訊記者，還做林紓的情報工作，收集陳獨秀、胡適等新文化派人物的言行和私德方麵的誹謗性材料，提供給林紓和報刊。他本人因崇尚舊文化，酷愛舊戲，與主張廢除宣傳封建迷信、舊道德的舊戲的新文化派陳獨秀、胡適、錢玄同、劉半農等嚴重對立。早在1918年6月15日，陳獨秀在答覆張厚載用化名寫的來信時，對於張說的舊戲有「隱寓褒貶」作用，就斥之曰：「夫褒貶作用，新史家尚鄙棄之，更何論於文學學術？且舊劇如『珍珠衫』、『戰宛城』、『殺子報』、『戰蒲關』、『九更天』等助長淫殺心理於稠人廣眾之中，誠世界所獨有，文明國人觀之，不知作何感想」；「至於『打臉』『打把子』二法，尤為完全暴露我國人野蠻暴戾之真相，而與美感的技術立於絕對相反之地位」。[159]陳獨秀等新文化派的這些主張自有一些道理，但舊戲的這些缺點，可以通過改革消除，而增強其進步的教育民眾的一麵。但過激的思想，促使他們提出了「廢除舊戲」的革命主張。對於演劇和歌曲，胡適甚至主張「廢唱而歸於說白」（即話劇）。張厚載對此恨極，尋機報復。現在沉渣泛起，圍攻新文化派，他一麵把其中學時的老師林紓寫的造謠小說《荊生》、《妖夢》轉寄《新申報》發表，一麵自己向《神州日報》提供歪曲材料，說陳獨秀等思想激烈，受政府幹涉，陳已經被迫辭職，蔡元培也不否認，等等，在社會上造成廣泛影響，也給北大很大壓力。謠言不脛而走，北京、上海各地，大家都信以為真，於是進步人士紛紛在各報上發表評論，對國立大學教員因在《新青年》、《新潮》等出版物上發表創文學革命之論而被驅逐之事表示譴責，指出「思想自由，講學自由，尤屬神聖不可侵犯之事」，政府不當幹涉。雖是譴責政府，但反過來，又擴大了謠言。
陳獨秀對於來自政府的壓迫和謠言的中傷，甚至對於新文化運動可能失敗的前途，是有思想準備的。他在1919年新年號《新青年》發表的著名文章《〈新青年〉罪案之答辯書》中，一開頭就說：
本誌經過三年……所說的都是極平常的話，社會上卻大驚小怪，八麵非難，那舊人物是不用說了，就咶咶叫的青年學生，也把《新青年》看作一種邪說，怪物，離經叛道的異端，非聖無法的叛逆。本誌同人，實在是慚愧得很；對於我國革新的希望，不禁抱了無限的悲觀。
這裏，他無意中已經暴露出對新文化革新事業前途的動搖，表明他對中國革命道路的探索，將發生新的轉折。但是，在新道路找到以前，他對於民主和科學救中國的信念依然十分堅定，指出反對本誌的人：
他們所非難本誌的，無非是破壞孔教，破壞禮法，破壞國粹，破壞貞節，破壞舊倫理（忠孝節），破壞舊藝術（中國戲），破壞舊宗教（鬼神），破壞舊文學，破壞舊政治（特權人治），這幾條罪案；這幾條罪案，本社同人當然直認不諱，但是追本溯源，本誌同人本來無罪，隻因為擁護那德莫克拉西（democracy）和賽因斯（science）兩位先生，才犯了這幾條滔天的大罪。
為此，他表示：
二、反動當局的鎮壓。
杜亞泉和林紓都提出了依靠強權鎮壓新文化派的要求，說明保守勢力在無力抵抗進步勢力發展時，都會乞求反動勢力的幫助。
林紓的醜行在受到蔡元培、陳獨秀等人的揭露和批判後，一麵不得不寫信給各報館，「承認他自己罵人的錯處」，一麵卻做「偉丈夫」主子的工作，「想藉重武力壓倒新派的人」。同時，他又去「運動他同鄉的國會議員，在國會裏提出彈劾案，來彈劾教育總長和北京大學校長」，[158]並且要求教育部解聘陳獨秀、胡適、錢玄同等新文化派教員。安福係議員張元奇果真提出了這個彈劾案。大總統徐世昌也召見蔡元培，施加壓力。國會雖懾於學生和公眾輿論強烈反對，最終沒有通過這些彈劾案，但是，1919年春，政府將出麵幹涉的流言卻頗為盛行。所以，有人認為如果不發生「五四事件」，北京大學和其他大學的新思想運動，很可能將會受到軍閥政府的鎮壓。五四發生後，政府雖然窮於應付運動和外交，還是把陳獨秀、李大釗等人以「過激派」的罪名，上了黑名單，進行監視，所以，陳獨秀在6月9日上街散發傳單時即被逮捕。學生被逮捕，一般營救，即被釋放，而他被捕後，雖經各種勢力特殊營救，卻被關了三個多月，而且出獄後還被監視，說明在反動當局眼中，他的確成了「洪水猛獸」。
三、謠言殺人。
自從杜亞泉、林紓等保守派攻擊新文化運動，並發出政府幹涉的要求後，社會上就開始流行中傷陳獨秀等人的謠言，居心不良者還添枝加葉，擴大和製造謠言。其中最惡劣的是兩個。
第一個謠言是說陳獨秀、胡適、錢玄同等新派教員，已經被北京大學驅逐。此謠言首先出自北京大學法科學生張厚載之口。此生在軍閥徐樹錚辦的立達中學讀書時，是林紓的學生，進入北大後還兼做保守派報紙《神州日報》的通訊記者，還做林紓的情報工作，收集陳獨秀、胡適等新文化派人物的言行和私德方麵的誹謗性材料，提供給林紓和報刊。他本人因崇尚舊文化，酷愛舊戲，與主張廢除宣傳封建迷信、舊道德的舊戲的新文化派陳獨秀、胡適、錢玄同、劉半農等嚴重對立。早在1918年6月15日，陳獨秀在答覆張厚載用化名寫的來信時，對於張說的舊戲有「隱寓褒貶」作用，就斥之曰：「夫褒貶作用，新史家尚鄙棄之，更何論於文學學術？且舊劇如『珍珠衫』、『戰宛城』、『殺子報』、『戰蒲關』、『九更天』等助長淫殺心理於稠人廣眾之中，誠世界所獨有，文明國人觀之，不知作何感想」；「至於『打臉』『打把子』二法，尤為完全暴露我國人野蠻暴戾之真相，而與美感的技術立於絕對相反之地位」。[159]陳獨秀等新文化派的這些主張自有一些道理，但舊戲的這些缺點，可以通過改革消除，而增強其進步的教育民眾的一麵。但過激的思想，促使他們提出了「廢除舊戲」的革命主張。對於演劇和歌曲，胡適甚至主張「廢唱而歸於說白」（即話劇）。張厚載對此恨極，尋機報復。現在沉渣泛起，圍攻新文化派，他一麵把其中學時的老師林紓寫的造謠小說《荊生》、《妖夢》轉寄《新申報》發表，一麵自己向《神州日報》提供歪曲材料，說陳獨秀等思想激烈，受政府幹涉，陳已經被迫辭職，蔡元培也不否認，等等，在社會上造成廣泛影響，也給北大很大壓力。謠言不脛而走，北京、上海各地，大家都信以為真，於是進步人士紛紛在各報上發表評論，對國立大學教員因在《新青年》、《新潮》等出版物上發表創文學革命之論而被驅逐之事表示譴責，指出「思想自由，講學自由，尤屬神聖不可侵犯之事」，政府不當幹涉。雖是譴責政府，但反過來，又擴大了謠言。
陳獨秀對於來自政府的壓迫和謠言的中傷，甚至對於新文化運動可能失敗的前途，是有思想準備的。他在1919年新年號《新青年》發表的著名文章《〈新青年〉罪案之答辯書》中，一開頭就說：
本誌經過三年……所說的都是極平常的話，社會上卻大驚小怪，八麵非難，那舊人物是不用說了，就咶咶叫的青年學生，也把《新青年》看作一種邪說，怪物，離經叛道的異端，非聖無法的叛逆。本誌同人，實在是慚愧得很；對於我國革新的希望，不禁抱了無限的悲觀。
這裏，他無意中已經暴露出對新文化革新事業前途的動搖，表明他對中國革命道路的探索，將發生新的轉折。但是，在新道路找到以前，他對於民主和科學救中國的信念依然十分堅定，指出反對本誌的人：
他們所非難本誌的，無非是破壞孔教，破壞禮法，破壞國粹，破壞貞節，破壞舊倫理（忠孝節），破壞舊藝術（中國戲），破壞舊宗教（鬼神），破壞舊文學，破壞舊政治（特權人治），這幾條罪案；這幾條罪案，本社同人當然直認不諱，但是追本溯源，本誌同人本來無罪，隻因為擁護那德莫克拉西（democracy）和賽因斯（science）兩位先生，才犯了這幾條滔天的大罪。
為此，他表示：