5月18日，針對北京的運動總是局限在學生階層和有些人把民族的鬥爭視為山東一省的問題的錯誤認識，陳獨秀又發表文章「敬告中國國民」應該全民起來奮鬥：「現在日本侵害了我們的東三省，不算事，又要侵害我們的山東，這是我們國民全體的存亡問題，應該發揮民族自衛的精神，無論是學界、政界、商人、勞工、農夫、警察、當兵的、做官的、議員、乞丐、新聞記者，都出來反對日本及親日派才是。萬萬不能把山東問題當做山東一省人的存亡問題，萬萬不能單讓學生和政客奔走呼號，別的國民都站在第三者地位袖手旁觀，更絕對的萬萬不能批評學生和政客的不是。」[138]
文章同時警告北洋政府：「政府若是聽從親日賣國派的詭計，憑空斷送重大權利，釀成直隸、山東、江蘇三省的問題，這種賣國大罪，國民是萬萬不能再恕了！」
此後，針對反動當局不斷鎮壓和逮捕學生，而運動中又出現妥協和厭倦的傾向，陳獨秀在5月26日和6月8日，及時發出戰鬥檄文，指出國民「應該有兩種徹底的覺悟」：「（一）不能單純依賴公理的覺悟。（二）不能讓少數人壟斷政權的覺悟。」提出了鮮明的戰鬥口號：
強力擁護公理，
平民征服政府。[139]
又諄諄告誡在運動中受盡磨難的學生：「世界文明發源地有二：一是科學研究室，一是監獄。我們青年立誌出了研究室就入監獄，出了監獄就入研究室，這才是人生最高尚優美的生活。從這兩處發生的文明，才是真文明，才是有生命的有價值的文明。」[140]
1919年5月7日陳獨秀致胡適（在上海）信，報告北京五四運動情況
從此，「出了研究室就入監獄，出了監獄就入研究室」，就成為五四運動中青年學生的座右銘。毛澤東在指導湖南五四運動的刊物《湘江評論》創刊號中，就直接引用了這句話。
在刊出此文第二天，即6月9日，為了推動運動進一步深入，也為了改變北京運動囿於學生圈子、目標隻指向三個賣國賊的狀態，為了實踐「出了研究室」不怕「入監獄」的諾言，陳獨秀竟不顧大學教授的身份，親自起草了內容，並請胡適譯為英文，印成中英兩種文字的《北京市民宣言》的傳單，又親自到鬧市區香廠新世界屋頂花園，向下層露台上看電影的人群散發，不幸被暗探逮捕。
值得注意的是，《宣言》中明確提出的五條「最低要求」，不僅要收復山東權利，而且「取消民國四年七年兩次密約」，表現了反日的徹底性；不僅免除曹、章、陸三位賣國賊，還要免除掌握當時暴力專政機關的徐樹錚（西北籌邊使兼西北邊防軍總司令，實際掌握當時北洋政府軍權）、段芝貴（陸軍總長、京畿警備總司令）、王懷慶（步兵統領）的官職，並「取消步兵統領及警備司令部兩機關」。——這就把一般的愛國政治運動，導向革命的道路了。
綜上所述，陳獨秀及其從事新文化運動的戰友們——蔡元培、李大釗等，先是以《新青年》為陣地，喚醒了廣大民眾特別是青年學生關心政治、關心國家命運的愛國主義覺悟，又以《每周評論》為陣地，為五四運動提出了不斷深入的戰鬥綱領、口號和鬥爭方式。而且陳獨秀等新文化運動的幹將們還身先士卒，衝到鬥爭第一線去散發傳單，陳為此還被捕，三個月後由於全國營救才獲釋。陳獨秀及其領導的新文化運動，就是這樣為五四愛國運動準備了思想條件、組織條件並直接指導運動的。這也雄辯地證明了，他不僅是新文化運動的領袖，也是五四愛國運動的領袖。據1923年12月的一份民意調查，詢問被訪問者（大多數是青年學生）心目中國內大人物是哪幾位？結果以孫中山、陳獨秀、蔡元培三人票數最多。[141]這樣的歷史地位，充分說明了陳獨秀在新文化運動和五四愛國運動中的作用。八十多年來，不少人以階級和黨派的偏見，極力貶低或抹殺陳獨秀在五四運動中的影響，甚至有人說他「不曾領導過甚至不曾支持過五四運動」，是多麽的無知和妄說。
6月28日，中國代表終於拒絕在巴黎和約上簽字，從而取得了1840年以來第一次反帝反封建鬥爭的勝利。這個勝利，是全國各大中城市廣大人民群眾鬥爭的結果，特別如上海、天津等地以工人階級為主力的包括學生、工商資產階級在內的「三罷「鬥爭的結果。陳獨秀提出的運動不應局限於學生，應該最大限度地包括社會各階層的主張，雖然在北京沒有實現，但從全國來說是在一定程度上實現了。雖然陳獨秀在《北京市民宣言》提出的最高目標沒有達到，也不可能達到，但是，爭其上而得其中，也是一種不錯的收穫。
五四運動勝利時，陳獨秀尚在獄中。對於他來說，五四運動的勝利和收穫，使他的人生觀又發生一次重大的轉折，即接受馬克思列寧主義，從民主主義者轉變為馬克思主義者。
明星如此閃爍
從當時京師警察廳的檔案看，陳獨秀在6月11日被捕。這並不是他初次散發傳單。此前他約李大釗等已經在群眾中散發過。暗探發現傳單後即進行偵查，發現「陳獨秀等以印刷物品傳播過激主義煽惑工人等情，並在大溝頭十八號設立印刷機關實屬妨害治安」。於是，京師警察廳密令各區署嚴密監視陳獨秀、李大釗等。所以，當6月11日陳獨秀再次約高一涵等上街分頭散發傳單時，自然就被捕了。[142]
文章同時警告北洋政府：「政府若是聽從親日賣國派的詭計，憑空斷送重大權利，釀成直隸、山東、江蘇三省的問題，這種賣國大罪，國民是萬萬不能再恕了！」
此後，針對反動當局不斷鎮壓和逮捕學生，而運動中又出現妥協和厭倦的傾向，陳獨秀在5月26日和6月8日，及時發出戰鬥檄文，指出國民「應該有兩種徹底的覺悟」：「（一）不能單純依賴公理的覺悟。（二）不能讓少數人壟斷政權的覺悟。」提出了鮮明的戰鬥口號：
強力擁護公理，
平民征服政府。[139]
又諄諄告誡在運動中受盡磨難的學生：「世界文明發源地有二：一是科學研究室，一是監獄。我們青年立誌出了研究室就入監獄，出了監獄就入研究室，這才是人生最高尚優美的生活。從這兩處發生的文明，才是真文明，才是有生命的有價值的文明。」[140]
1919年5月7日陳獨秀致胡適（在上海）信，報告北京五四運動情況
從此，「出了研究室就入監獄，出了監獄就入研究室」，就成為五四運動中青年學生的座右銘。毛澤東在指導湖南五四運動的刊物《湘江評論》創刊號中，就直接引用了這句話。
在刊出此文第二天，即6月9日，為了推動運動進一步深入，也為了改變北京運動囿於學生圈子、目標隻指向三個賣國賊的狀態，為了實踐「出了研究室」不怕「入監獄」的諾言，陳獨秀竟不顧大學教授的身份，親自起草了內容，並請胡適譯為英文，印成中英兩種文字的《北京市民宣言》的傳單，又親自到鬧市區香廠新世界屋頂花園，向下層露台上看電影的人群散發，不幸被暗探逮捕。
值得注意的是，《宣言》中明確提出的五條「最低要求」，不僅要收復山東權利，而且「取消民國四年七年兩次密約」，表現了反日的徹底性；不僅免除曹、章、陸三位賣國賊，還要免除掌握當時暴力專政機關的徐樹錚（西北籌邊使兼西北邊防軍總司令，實際掌握當時北洋政府軍權）、段芝貴（陸軍總長、京畿警備總司令）、王懷慶（步兵統領）的官職，並「取消步兵統領及警備司令部兩機關」。——這就把一般的愛國政治運動，導向革命的道路了。
綜上所述，陳獨秀及其從事新文化運動的戰友們——蔡元培、李大釗等，先是以《新青年》為陣地，喚醒了廣大民眾特別是青年學生關心政治、關心國家命運的愛國主義覺悟，又以《每周評論》為陣地，為五四運動提出了不斷深入的戰鬥綱領、口號和鬥爭方式。而且陳獨秀等新文化運動的幹將們還身先士卒，衝到鬥爭第一線去散發傳單，陳為此還被捕，三個月後由於全國營救才獲釋。陳獨秀及其領導的新文化運動，就是這樣為五四愛國運動準備了思想條件、組織條件並直接指導運動的。這也雄辯地證明了，他不僅是新文化運動的領袖，也是五四愛國運動的領袖。據1923年12月的一份民意調查，詢問被訪問者（大多數是青年學生）心目中國內大人物是哪幾位？結果以孫中山、陳獨秀、蔡元培三人票數最多。[141]這樣的歷史地位，充分說明了陳獨秀在新文化運動和五四愛國運動中的作用。八十多年來，不少人以階級和黨派的偏見，極力貶低或抹殺陳獨秀在五四運動中的影響，甚至有人說他「不曾領導過甚至不曾支持過五四運動」，是多麽的無知和妄說。
6月28日，中國代表終於拒絕在巴黎和約上簽字，從而取得了1840年以來第一次反帝反封建鬥爭的勝利。這個勝利，是全國各大中城市廣大人民群眾鬥爭的結果，特別如上海、天津等地以工人階級為主力的包括學生、工商資產階級在內的「三罷「鬥爭的結果。陳獨秀提出的運動不應局限於學生，應該最大限度地包括社會各階層的主張，雖然在北京沒有實現，但從全國來說是在一定程度上實現了。雖然陳獨秀在《北京市民宣言》提出的最高目標沒有達到，也不可能達到，但是，爭其上而得其中，也是一種不錯的收穫。
五四運動勝利時，陳獨秀尚在獄中。對於他來說，五四運動的勝利和收穫，使他的人生觀又發生一次重大的轉折，即接受馬克思列寧主義，從民主主義者轉變為馬克思主義者。
明星如此閃爍
從當時京師警察廳的檔案看，陳獨秀在6月11日被捕。這並不是他初次散發傳單。此前他約李大釗等已經在群眾中散發過。暗探發現傳單後即進行偵查，發現「陳獨秀等以印刷物品傳播過激主義煽惑工人等情，並在大溝頭十八號設立印刷機關實屬妨害治安」。於是，京師警察廳密令各區署嚴密監視陳獨秀、李大釗等。所以，當6月11日陳獨秀再次約高一涵等上街分頭散發傳單時，自然就被捕了。[142]