建立於清末的京師大學堂，辛亥革命後改名為北京大學，是全國最高學府。但其腐敗也是最出名的。主要是學生多以它「為升官發財之階梯」，對研究學問不感興趣，多有常到北京前門八大胡同（當時北京妓女集中地）嫖妓者，時稱「兩院一堂」〔即嫖妓比較多的是參議院、眾議院「議員」和大學堂（即北大）的教員和學生。在這方麵，陳獨秀和理科學長夏浮筠，也有不檢點的地方，後來成為保守派造謠盯死的縫隙〕。因此，學生對專業教員不歡迎，甚至反對；而對政府官吏兼職的教員，即使不學無術，也熱情籠絡，以為可做將來仕途的靠山。因此，學校內學風陳腐，復古主義思想泛濫。蔡元培教育救國，決心從改革北大開始，並首先從文科入手。因為文科教員中，頑固守舊人物最多，崇尚宋儒理學的桐城、文選派占優勢，亟須延聘革新思想的人物來主持和充實文科。所以，蔡元掊對於聘用文科學長一職，特別慎重，曾請當時國立北京醫學專門學校校長湯爾和推薦人才。
這時，陳獨秀正巧在為「亞東」和「群益」兩書社合併之事幫忙，幫他們起草合併協議，又與汪孟鄒一起來到北京籌集股份。到北京後，在琉璃廠，陳獨秀偶遇在北京大學的老朋友沈尹默。沈隨後告訴在北京醫專的湯爾和。於是，沈和湯分別向蔡推薦了陳獨秀出任北京大學文科學長，並告訴蔡：陳獨秀就是當年的陳仲甫，還拿了幾本《新青年》給蔡元培看。蔡對陳獨秀原本懷有「一種不忘的印象」，特別是對於他早年編發《安徽俗話報》，鼓吹民主思想，很是欽佩；現今，他再翻閱《新青年》，更贊同其主張，認為陳「確可為青年的指導者」。於是，他就決定聘陳獨秀出任北大文科學長（相當於後來的文學院院長）。[24]
陳獨秀當時住宿前門一小旅館——中西旅館。蔡元培誠聘陳獨秀的經過十分感人，頗有當年劉備三顧茅廬請諸葛亮出山的精神。他從湯爾和處打聽到陳獨秀住處後，就親自登門拜訪。據汪孟鄒1916年12月26日的日記記載：這幾天「蔡先生差不多天天來看仲甫，有時來得很早，我們還沒有起來。他招呼茶房，不要叫醒，隻要拿凳子給他坐在房門口等候」。[25]
為什麽談了好幾天呢？因為陳獨秀起初不答應。陳回滬後對安徽老鄉、老友、鄰居嶽相如說：「蔡先生約我到北大，幫助他整頓學校。我對蔡先生說，我從來沒有在大學教過書，又沒有什麽頭銜，能否勝任，不得而知。」[26]陳又提出正在主編《新青年》，擺脫不了。蔡元培則答應他：《新青年》可以帶到學校裏來辦；沒有頭銜，不礙事，我了解你，我不搞論資排輩，隻求真才實學的人，沒有教過書，主要做教學的組織和管理工作。陳獨秀拗不過，最後答應：「我試幹三個月，如勝任即繼續幹下去，如不勝任即回滬。」[27]
1917年1月13日，即蔡元培校長到任第十天，北京政府教育部函字第十三號發出：「貴校函開前安徽高等學校校長陳獨秀品學兼優堪勝文科學長之任……當經本部核準在案，除令行外，相應函復。」
隨此復函，附教育總長範源廉令乙件：「教育部令第三號：『茲派陳獨秀為北京大學文科學長。』」[28]
15日，蔡元培以校長名義發布第三號布告：「本校文科學長夏錫祺已辭職，茲奉部令派陳獨秀為本校文科學長。」
這個布告引起當年北大二年級學生馮友蘭先生晚年一個回憶：蔡元培先生到了，他當時先換文科學長。「新學長就是陳獨秀先生」；蔡先生「到校後沒有開會發表演說，也沒有發表什麽文告宣傳他的辦學宗旨和方針。隻發了一個布告，任命陳獨秀為文科學長。就這幾個字，學生們全明白了，什麽話也用不著說了」。可見，二人都是不尚空話而重實踐的人。
因此二人一來，北大就立即大變樣了。「文科的教授多了，學生也多了，社會對文科另眼看待，學校是變相的科舉的觀點打破了。」學生中間開始覺得入大學的目的是研究學問，並不是為得個人仕途的「出身」。就以學校的主要工作——教學而言，馮友蘭接著說：以前「各學門的功課表者訂得很死，既然有一個死的功課表，就得拉著教師講沒有準備的課，甚至他不願意講的課。後來選修課加多了，功課表就活了……（先）讓教師們說出他們的研究題目，他可以隨時把他研究的新成就充實到課程的內容裏去……這樣，他講起來就覺得心情舒暢，不以講課為負擔；學生聽起來也覺得生動活潑，不以聽課為負擔」。[29]
從北京大學檔案中看到，當時陳獨秀地位之尊，竟然在蔡校長之後排在第二位。如1917年12月28日北京政府教育總長傅增湘簽署的批準溫宗禹代工科學長的教育部指令文件上，附簽的北京大學領導人中，蔡元培校長是第一名，第二名即文科學長陳獨秀，下麵是理科學長夏浮筠等。雖然夏元瑮的工資比陳獨秀多50元，但在工資表上，陳獨秀也排在第二位。在北京大學領取薪金的簽名簿[30]上，第一名是校長蔡元培，月薪600元，第二名是文科學長陳獨秀300元，第三名是理科學長夏浮筠350元。更有意思的是，在這張表上李大釗是文科教授兼圖書館館長，隻拿120元。毛澤東作為圖書館助理員，僅拿8元。這張工資表保存在北京大學檔案中，陳列在北大舊址（現北京市中心五四大街「紅樓」）舉辦的「新文化運動紀念館」裏，這也從另一側麵，反映出當時陳獨秀、李大釗、毛澤東的地位。歷史無聲，卻是最鐵麵無私的法官。當然，整體評價這三人的地位，是另外一回事，但是，後來有些人寫這一段歷史時，千方百計把毛澤東、李大釗放在陳獨秀之上，甚至在「紅樓」東側五四紀念碑的浮雕上，隻有毛澤東的頭像，而無陳獨秀的頭像。這是對歷史的無知和褻瀆。
這時，陳獨秀正巧在為「亞東」和「群益」兩書社合併之事幫忙，幫他們起草合併協議，又與汪孟鄒一起來到北京籌集股份。到北京後，在琉璃廠，陳獨秀偶遇在北京大學的老朋友沈尹默。沈隨後告訴在北京醫專的湯爾和。於是，沈和湯分別向蔡推薦了陳獨秀出任北京大學文科學長，並告訴蔡：陳獨秀就是當年的陳仲甫，還拿了幾本《新青年》給蔡元培看。蔡對陳獨秀原本懷有「一種不忘的印象」，特別是對於他早年編發《安徽俗話報》，鼓吹民主思想，很是欽佩；現今，他再翻閱《新青年》，更贊同其主張，認為陳「確可為青年的指導者」。於是，他就決定聘陳獨秀出任北大文科學長（相當於後來的文學院院長）。[24]
陳獨秀當時住宿前門一小旅館——中西旅館。蔡元培誠聘陳獨秀的經過十分感人，頗有當年劉備三顧茅廬請諸葛亮出山的精神。他從湯爾和處打聽到陳獨秀住處後，就親自登門拜訪。據汪孟鄒1916年12月26日的日記記載：這幾天「蔡先生差不多天天來看仲甫，有時來得很早，我們還沒有起來。他招呼茶房，不要叫醒，隻要拿凳子給他坐在房門口等候」。[25]
為什麽談了好幾天呢？因為陳獨秀起初不答應。陳回滬後對安徽老鄉、老友、鄰居嶽相如說：「蔡先生約我到北大，幫助他整頓學校。我對蔡先生說，我從來沒有在大學教過書，又沒有什麽頭銜，能否勝任，不得而知。」[26]陳又提出正在主編《新青年》，擺脫不了。蔡元培則答應他：《新青年》可以帶到學校裏來辦；沒有頭銜，不礙事，我了解你，我不搞論資排輩，隻求真才實學的人，沒有教過書，主要做教學的組織和管理工作。陳獨秀拗不過，最後答應：「我試幹三個月，如勝任即繼續幹下去，如不勝任即回滬。」[27]
1917年1月13日，即蔡元培校長到任第十天，北京政府教育部函字第十三號發出：「貴校函開前安徽高等學校校長陳獨秀品學兼優堪勝文科學長之任……當經本部核準在案，除令行外，相應函復。」
隨此復函，附教育總長範源廉令乙件：「教育部令第三號：『茲派陳獨秀為北京大學文科學長。』」[28]
15日，蔡元培以校長名義發布第三號布告：「本校文科學長夏錫祺已辭職，茲奉部令派陳獨秀為本校文科學長。」
這個布告引起當年北大二年級學生馮友蘭先生晚年一個回憶：蔡元培先生到了，他當時先換文科學長。「新學長就是陳獨秀先生」；蔡先生「到校後沒有開會發表演說，也沒有發表什麽文告宣傳他的辦學宗旨和方針。隻發了一個布告，任命陳獨秀為文科學長。就這幾個字，學生們全明白了，什麽話也用不著說了」。可見，二人都是不尚空話而重實踐的人。
因此二人一來，北大就立即大變樣了。「文科的教授多了，學生也多了，社會對文科另眼看待，學校是變相的科舉的觀點打破了。」學生中間開始覺得入大學的目的是研究學問，並不是為得個人仕途的「出身」。就以學校的主要工作——教學而言，馮友蘭接著說：以前「各學門的功課表者訂得很死，既然有一個死的功課表，就得拉著教師講沒有準備的課，甚至他不願意講的課。後來選修課加多了，功課表就活了……（先）讓教師們說出他們的研究題目，他可以隨時把他研究的新成就充實到課程的內容裏去……這樣，他講起來就覺得心情舒暢，不以講課為負擔；學生聽起來也覺得生動活潑，不以聽課為負擔」。[29]
從北京大學檔案中看到，當時陳獨秀地位之尊，竟然在蔡校長之後排在第二位。如1917年12月28日北京政府教育總長傅增湘簽署的批準溫宗禹代工科學長的教育部指令文件上，附簽的北京大學領導人中，蔡元培校長是第一名，第二名即文科學長陳獨秀，下麵是理科學長夏浮筠等。雖然夏元瑮的工資比陳獨秀多50元，但在工資表上，陳獨秀也排在第二位。在北京大學領取薪金的簽名簿[30]上，第一名是校長蔡元培，月薪600元，第二名是文科學長陳獨秀300元，第三名是理科學長夏浮筠350元。更有意思的是，在這張表上李大釗是文科教授兼圖書館館長，隻拿120元。毛澤東作為圖書館助理員，僅拿8元。這張工資表保存在北京大學檔案中，陳列在北大舊址（現北京市中心五四大街「紅樓」）舉辦的「新文化運動紀念館」裏，這也從另一側麵，反映出當時陳獨秀、李大釗、毛澤東的地位。歷史無聲，卻是最鐵麵無私的法官。當然，整體評價這三人的地位，是另外一回事，但是，後來有些人寫這一段歷史時，千方百計把毛澤東、李大釗放在陳獨秀之上，甚至在「紅樓」東側五四紀念碑的浮雕上，隻有毛澤東的頭像，而無陳獨秀的頭像。這是對歷史的無知和褻瀆。