既然如此，以陳獨秀本人及他的革命影響，和與他聯繫的人文資源來辦此校，可見此校將是一座何等的革命學校！學校於1905年2月開學，《安徽俗話報》就刊出這樣的招生gg：「本公學原名旅湘公學，在長沙開辦一載，頗著成效。惟本鄉人士遠道求學，跋涉維艱，茲應本省紳商之勸，改移本省。並稟撥常年巨款，益加擴張，廣聘海內名家，教授倫理、國文、英文、算學、理化、歷史、地理、體操、唱歌、圖畫等科。」招生條件則強調：「必須身體健康，心地誠樸，誌趣遠大，國文通順。」[31]這裏，把體育放在第一位，「誌趣遠大」赫然列出，且在「國文通順」之前，充分體現了陳獨秀一貫的革命教育思想。
由於1903年拒俄運動後群眾鬥爭和暗殺活動頻發，這時的清政府頗有風聲鶴唳之感，對革命事物十分敏感，鎮壓嚴厲。而革命者也更加成熟，講究鬥爭策略。陳獨秀雖為該校實際主持，卻以「代課」之名到校講授，對外則聘請李鴻章後裔——前駐英欽使李經邁和淮揚道蒯光典為學校名譽總理，著名書法鐫刻家鄧石如的後人鄧藝蓀（繩侯）為副總理，監督李光炯等。而在陳獨秀的影響下，學校所聘教員，則大多數是重要的革命黨人，如柏文蔚、陶成章、劉師培、張伯純、蘇曼殊、謝無量、周震麟、江彤侯、潘贊化、潘璿華等。這些人中的多數，原屬光復會、華興會等革命團體，旋即成為新成立的同盟會會員。他們「均覺非革命不足以救亡，乃聯絡皖中各縣學校互為聲援，復與留東京同盟會本部及南京、上海各城市革命組織潛通消息，圖伺機大興」。[32]所以，1906年8月署太平府汪麟昌對安徽公學所做的《履勘調查報告表》稱：「教員係日本、上海、南京、安慶各學堂畢業生，想均熟諳教法，並無編輯講義。」試問，宣傳反清革命的內容，何以能編成講義呢？這位知府大人可能已經嗅到點造反味道，但又找不到把柄，所以，他在《報告表》最後的「總評」一項中，自圓其說地寫道：「該堂教員、管辦員及學生均各精神奮發，誌氣軒昂，可推府屬學堂之冠。惟教員多因出洋剪髮，學生薰陶所及，去髮辮者甚眾，談論舉止，饒有重外輕內思想，若能歙才就範，講求倫理，尊君愛國，宗旨一歸純正，則將來造就未可量也。」[33]
這位汪大人希望安徽公學造就「講求倫理」，「尊君愛國」的「純正」人才，乃是他的一廂情願，實際由於其革命的影響，該校成了中江流域（長江流域中遊）革命運動的中心，也成了中江流域文化運動的總匯，甚至有人說它是中江流域的「革命之策源地」。[34]它為日後江淮地區的辛亥革命運動，培養了不少幹部（在《安徽俗話報》上刊登的gg標明，招生不限於安徽，第一期「本省百名，外省二十名」）。同時，它又與安徽其他地區的革命學校聯絡，與東京同盟會總部、南京、上海、安慶、合肥等地革命組織互通聲氣，再加上創辦後不久，陳獨秀又在學校內建立「嶽王會」的總機關，成為革命黨人聯絡和策劃重大革命行動的基地。所以，安徽辛亥革命老人朱蘊山說：「這是安徽革命運動的序幕。」[35]馮自由亦稱：「皖人之傾向革命實以該校為最早。」[36]
安徽公學校務的實際主持人是李光炯，陳獨秀隻是以「代課」教師的身份，利用學校進行革命宣傳和培養幹部、策劃活動。同時，1906年4月，為了適應形勢發展的需要，培養更多的幹部，陳獨秀還親自創辦了「徽州初級師範學堂」。這一史實，過去鮮為人知，後來發現一份與署太平府汪昌麟履勘安徽公學報告表相似的對公立徽州初級師範學堂的《履勘調查報告表》，[37]才發現陳獨秀還擔任過這個學校監學，並任教育、地理、東語（即日語）課教員。表上稱「公立徽州初級師範學堂於光緒三十二年三月（即1904年4月）旅蕪徽州人籌款開辦」，而各科教員幾乎全是與陳獨秀關係密切的安徽公學的教員，都是革命黨人，如倫理兼心理教員金紹甫（劉光漢）、理化教員潘璿華、博物生理教員潘贊化、算學教員盧仲農、經學國文教員汪宗沂等。其課程設置、教材等情況，也與安徽公學調查報告表上的反映相同，並特別指明：「教授均用新式書籍，並無編輯講義。查經學一科，教授鍾點過少，似有背奏定章程」；「博物、理化譯用日本理化教科書」。因為學校已經放假，汪昌麟可能從課程表的安排和口問中發現了這個問題。而這恰恰說明這個學校是一個講授新學，宣傳革命的學校。至於「上奏章程」強調經學，不過是爭取合法，掩「官」耳目。這個真相，自然不能讓清廷官吏知道的，所以汪還說：「教員教法，不得查知」；學生實際所用的教材，「因學生已多收招，不及調查核對，所開書目似均平正」。
另外，有些學者根據1906年陰曆七月廿五日蘇曼殊給劉三的信和柳亞子所寫的《曼殊全集》序，認為陳獨秀這時還在皖江中學任教或代課，則有待進一步的證實。
實際上，皖江中學與上述安徽公學、師範學堂相類似的革命學校。所以，知府汪昌麟對這三個學校一起履勘後，針對已經嗅到的革命氣息，在《署太平府汪昌麟申學務處前奉委查卑屬學堂原稟表格文》中這樣寫道：「三學堂教科，經學最少」；「課本亦多用東洋……重外輕內」，「不以學堂為修業之地，轉持學堂為護身之符」。因此，報告表示要對三學堂進行整頓，「申明定章，嚴加約束，令修身經學教員擇集經書要言，切於正心行事，尊君愛眾者實力宣講」，並要求上峰授權「本道隨時督察該三堂，循名質實，遵守定章，保存國粹」。[38]所以，安徽公學和徽州初級師範學校雖有較好的掩護，最後還是被偵知是革命黨人的基地，受到壓迫。
由於1903年拒俄運動後群眾鬥爭和暗殺活動頻發，這時的清政府頗有風聲鶴唳之感，對革命事物十分敏感，鎮壓嚴厲。而革命者也更加成熟，講究鬥爭策略。陳獨秀雖為該校實際主持，卻以「代課」之名到校講授，對外則聘請李鴻章後裔——前駐英欽使李經邁和淮揚道蒯光典為學校名譽總理，著名書法鐫刻家鄧石如的後人鄧藝蓀（繩侯）為副總理，監督李光炯等。而在陳獨秀的影響下，學校所聘教員，則大多數是重要的革命黨人，如柏文蔚、陶成章、劉師培、張伯純、蘇曼殊、謝無量、周震麟、江彤侯、潘贊化、潘璿華等。這些人中的多數，原屬光復會、華興會等革命團體，旋即成為新成立的同盟會會員。他們「均覺非革命不足以救亡，乃聯絡皖中各縣學校互為聲援，復與留東京同盟會本部及南京、上海各城市革命組織潛通消息，圖伺機大興」。[32]所以，1906年8月署太平府汪麟昌對安徽公學所做的《履勘調查報告表》稱：「教員係日本、上海、南京、安慶各學堂畢業生，想均熟諳教法，並無編輯講義。」試問，宣傳反清革命的內容，何以能編成講義呢？這位知府大人可能已經嗅到點造反味道，但又找不到把柄，所以，他在《報告表》最後的「總評」一項中，自圓其說地寫道：「該堂教員、管辦員及學生均各精神奮發，誌氣軒昂，可推府屬學堂之冠。惟教員多因出洋剪髮，學生薰陶所及，去髮辮者甚眾，談論舉止，饒有重外輕內思想，若能歙才就範，講求倫理，尊君愛國，宗旨一歸純正，則將來造就未可量也。」[33]
這位汪大人希望安徽公學造就「講求倫理」，「尊君愛國」的「純正」人才，乃是他的一廂情願，實際由於其革命的影響，該校成了中江流域（長江流域中遊）革命運動的中心，也成了中江流域文化運動的總匯，甚至有人說它是中江流域的「革命之策源地」。[34]它為日後江淮地區的辛亥革命運動，培養了不少幹部（在《安徽俗話報》上刊登的gg標明，招生不限於安徽，第一期「本省百名，外省二十名」）。同時，它又與安徽其他地區的革命學校聯絡，與東京同盟會總部、南京、上海、安慶、合肥等地革命組織互通聲氣，再加上創辦後不久，陳獨秀又在學校內建立「嶽王會」的總機關，成為革命黨人聯絡和策劃重大革命行動的基地。所以，安徽辛亥革命老人朱蘊山說：「這是安徽革命運動的序幕。」[35]馮自由亦稱：「皖人之傾向革命實以該校為最早。」[36]
安徽公學校務的實際主持人是李光炯，陳獨秀隻是以「代課」教師的身份，利用學校進行革命宣傳和培養幹部、策劃活動。同時，1906年4月，為了適應形勢發展的需要，培養更多的幹部，陳獨秀還親自創辦了「徽州初級師範學堂」。這一史實，過去鮮為人知，後來發現一份與署太平府汪昌麟履勘安徽公學報告表相似的對公立徽州初級師範學堂的《履勘調查報告表》，[37]才發現陳獨秀還擔任過這個學校監學，並任教育、地理、東語（即日語）課教員。表上稱「公立徽州初級師範學堂於光緒三十二年三月（即1904年4月）旅蕪徽州人籌款開辦」，而各科教員幾乎全是與陳獨秀關係密切的安徽公學的教員，都是革命黨人，如倫理兼心理教員金紹甫（劉光漢）、理化教員潘璿華、博物生理教員潘贊化、算學教員盧仲農、經學國文教員汪宗沂等。其課程設置、教材等情況，也與安徽公學調查報告表上的反映相同，並特別指明：「教授均用新式書籍，並無編輯講義。查經學一科，教授鍾點過少，似有背奏定章程」；「博物、理化譯用日本理化教科書」。因為學校已經放假，汪昌麟可能從課程表的安排和口問中發現了這個問題。而這恰恰說明這個學校是一個講授新學，宣傳革命的學校。至於「上奏章程」強調經學，不過是爭取合法，掩「官」耳目。這個真相，自然不能讓清廷官吏知道的，所以汪還說：「教員教法，不得查知」；學生實際所用的教材，「因學生已多收招，不及調查核對，所開書目似均平正」。
另外，有些學者根據1906年陰曆七月廿五日蘇曼殊給劉三的信和柳亞子所寫的《曼殊全集》序，認為陳獨秀這時還在皖江中學任教或代課，則有待進一步的證實。
實際上，皖江中學與上述安徽公學、師範學堂相類似的革命學校。所以，知府汪昌麟對這三個學校一起履勘後，針對已經嗅到的革命氣息，在《署太平府汪昌麟申學務處前奉委查卑屬學堂原稟表格文》中這樣寫道：「三學堂教科，經學最少」；「課本亦多用東洋……重外輕內」，「不以學堂為修業之地，轉持學堂為護身之符」。因此，報告表示要對三學堂進行整頓，「申明定章，嚴加約束，令修身經學教員擇集經書要言，切於正心行事，尊君愛眾者實力宣講」，並要求上峰授權「本道隨時督察該三堂，循名質實，遵守定章，保存國粹」。[38]所以，安徽公學和徽州初級師範學校雖有較好的掩護，最後還是被偵知是革命黨人的基地，受到壓迫。