4月底，段祺瑞執政府倒台，北京政局陷入更大的混亂。[158]奉係軍閥派兵包圍北大，蔣夢麟被迫避險逃走，校務幾乎停頓。[159]到了5月13日，北大發電報再次催促蔡元培於新內閣成立後即行北上。蔡元培將回復周作人的信文，在字詞上稍作修改後發給了北大評議會，僅答應俟胃病稍愈「即行首途」。[160]18日，北大評議會覺得以往催促蔡元培返校的電文未能盡言，特意再發一長函，詳述挽留理由。此前，評議會中已有人揣測蔡元培之所以「行止之不決」，「或不是因為本校外界環境有何危險，而繫於對本校內部之改善有所疑慮」。對此，評議會特意「敢負責」地解釋，盡管自蔡元培離校後「外間對於本校誠然有不少的攻毀」，「雖不敢謂外間攻毀，概屬非是」，不過，平心而論，「本校學生之程度，本校學生之愛紀律，本校圖書、儀器之設備，在近三數年間，實際上固俱有顯著的進步」。所以，「假使先生北來，則凡先生圖利學校與學術之計畫，實不難次第實行」。此外，信中還拋出北大「目前最大困難」仍是經費問題，想藉助蔡元培「俄款委員會之委員長」之職，為北大籌措經費。蔡元培讀過此信，也表示「函中情詞勤懇，麵麵想到，培非木石，能無感動。苟能力疾啟行，自必即日首途」。[161]
但是蔡元培再次食言。6月28日，他分別致電北京政府國務院及教育部，請辭北京大學校長及俄國庚子賠款委員會委員之職。[162]此消息一經公布，立即引起北大師生及京師教育界的強烈反應。7月2日下午，北大評議會開會議決，一麵致電蔡元培請其打消辭意，一麵函請教育部速去電挽留。[163]後又開第二次評議會，議決兩項辦法：（1）再去懇切詳細公函，請立即打消辭意；（2）召集教職員大會，討論辦法。[164]4日上午，北大學生會暑假留京代表也開大會討論蔡元培辭職問題。會議一致議決，除了致電蔡校長「請其顧念及全體同學愛戴誠意打消辭意，早日回校主持一切」之外，也函請教育部懇切挽留，並表示「在蔡校長未回校之先，部派任何人為代理或正式校長，均不承認」。同時，學生會還要對外發表宣言，表示「除蔡孑民先生外，國內任何人均不堪勝任北大校長之職；故苟有妄冀為北大校長，而冒昧一試者，將以極強之手段對付之」，「務達到蔡校長回校之目的而後已」。[165]
8日上午，北大教職員再開全體大會，討論挽留蔡元培的具體辦法。到會人數甚多。大會由譚熙鴻任主席。首先，法律係教授黃右昌發言道：「蔡先生長校已有多年，其學問道德為人人所欽佩，能容納各方建議，不分黨派，使各種人才得盡量發展所學，始有本校現在之精神，為他人以黨派色彩辦理校務者所不及，故為北大前途計，非挽留蔡先生不可，並非為蔡一人計，或教職員私人飯碗問題計。」接著，物理係教授李書華提醒教職員們注意政府的態度。因為據某英文報消息，政府對蔡元培第一次辭職，當然挽留，二次再辭則當即批準。法律係教授燕樹棠則分析了外界種種推想，認為「蔡先生前承認回校後，忽然辭職，必有重大原因」，所以要專派代表到上海，向蔡元培表明態度，解釋種種誤會，並表示「非蔡先生回校主持校務不可」。其後繼續發言者甚多，大意相同。大會討論基本達成一致認識，即「非蔡不可，另換他人誓不承認」。最後，大會通過三項辦法：（1）與教部接洽，請其專派代表到滬，切實挽留，並對教部堅決表示非蔡先生不可，另換他人誓不承認；（2）派全權代表到滬，對蔡先生表示堅決挽留，非請其打消辭意不可；（3）對外發表宣言，申明北大非挽留蔡先生不可之理由。[166]北大教職員的態度和行動可謂相當堅決。
在教職員大會召開當日，《北京大學日刊》即刊發了北大評議會致蔡元培的長函。信文從蔡元培關係北大生死存亡立論，語氣和態度都相當堅定。評議會表示「決不能任令先生與學校脫離關係」，因為即便蔡元培此時不能返校，「尚不過使校務進行，暫時略受影響」，但若直接去職，則「直可使學校生存根本發生危險」。評議會以相當沉痛的語氣表示：「近數月來，校中同人，不避艱苦與危險，繼續在此間奮鬥，亦無非欲繼先生之誌，為國家成就一個真正講學機關。倘斯校竟因官僚之壓迫摧殘而遭橫死，先生對於學校、對於在此間繼續奮鬥之同人，其感痛為何如！倘先生之堅決言去，實速其死，先生之感痛更將何如！用是本會一麵向政府嚴重交涉，促其切實挽留，一麵函懇先生立即打消辭意，以全學校。」[167]北大評議會諸人自然深知蔡元培為人，知道於北大有著深厚感情的蔡校長是決不會置北大的生死而不顧的，遣詞用句也有些許逼迫的意味，所以信末也自稱「情急言戇」，請求蔡元培諒解。
教育部方麵對挽留蔡元培的態度也算積極。早在7月7日，教育部已經召開部務會議，就挽留蔡元培的問題達成了一致。[168]同日，教育總長任可澄親自發電慰留。11日，北大教職員全體大會的代表又往見任。對代表所提的「北大教職員堅決挽蔡」且「非蔡不可」的要求，任說，「昨已去電挽留，此事毫無問題」，而且表態道：「北大校長，除蔡外，難有相當人物。不特北大非蔡不可，即教育界還有許多事件，亦須蔡出為幫忙。外傳政府擬批準辭職等語，全屬子虛。」[169]在當時波譎雲詭的政局之下，教育總長也難有絕對的權威，其發表慰留函電也隻能算是敷衍。而從任可澄的言外之意來看，之所以爽快答應慰留，恐怕背後更多是有在俄國庚款問題上藉助蔡元培聲名的考慮。蔡元培後來在給胡適的信中表示，之所以要辭去俄庚款委員會委員之職，正是已察覺到有被利用的前兆。[170]
但是蔡元培再次食言。6月28日，他分別致電北京政府國務院及教育部，請辭北京大學校長及俄國庚子賠款委員會委員之職。[162]此消息一經公布，立即引起北大師生及京師教育界的強烈反應。7月2日下午，北大評議會開會議決，一麵致電蔡元培請其打消辭意，一麵函請教育部速去電挽留。[163]後又開第二次評議會，議決兩項辦法：（1）再去懇切詳細公函，請立即打消辭意；（2）召集教職員大會，討論辦法。[164]4日上午，北大學生會暑假留京代表也開大會討論蔡元培辭職問題。會議一致議決，除了致電蔡校長「請其顧念及全體同學愛戴誠意打消辭意，早日回校主持一切」之外，也函請教育部懇切挽留，並表示「在蔡校長未回校之先，部派任何人為代理或正式校長，均不承認」。同時，學生會還要對外發表宣言，表示「除蔡孑民先生外，國內任何人均不堪勝任北大校長之職；故苟有妄冀為北大校長，而冒昧一試者，將以極強之手段對付之」，「務達到蔡校長回校之目的而後已」。[165]
8日上午，北大教職員再開全體大會，討論挽留蔡元培的具體辦法。到會人數甚多。大會由譚熙鴻任主席。首先，法律係教授黃右昌發言道：「蔡先生長校已有多年，其學問道德為人人所欽佩，能容納各方建議，不分黨派，使各種人才得盡量發展所學，始有本校現在之精神，為他人以黨派色彩辦理校務者所不及，故為北大前途計，非挽留蔡先生不可，並非為蔡一人計，或教職員私人飯碗問題計。」接著，物理係教授李書華提醒教職員們注意政府的態度。因為據某英文報消息，政府對蔡元培第一次辭職，當然挽留，二次再辭則當即批準。法律係教授燕樹棠則分析了外界種種推想，認為「蔡先生前承認回校後，忽然辭職，必有重大原因」，所以要專派代表到上海，向蔡元培表明態度，解釋種種誤會，並表示「非蔡先生回校主持校務不可」。其後繼續發言者甚多，大意相同。大會討論基本達成一致認識，即「非蔡不可，另換他人誓不承認」。最後，大會通過三項辦法：（1）與教部接洽，請其專派代表到滬，切實挽留，並對教部堅決表示非蔡先生不可，另換他人誓不承認；（2）派全權代表到滬，對蔡先生表示堅決挽留，非請其打消辭意不可；（3）對外發表宣言，申明北大非挽留蔡先生不可之理由。[166]北大教職員的態度和行動可謂相當堅決。
在教職員大會召開當日，《北京大學日刊》即刊發了北大評議會致蔡元培的長函。信文從蔡元培關係北大生死存亡立論，語氣和態度都相當堅定。評議會表示「決不能任令先生與學校脫離關係」，因為即便蔡元培此時不能返校，「尚不過使校務進行，暫時略受影響」，但若直接去職，則「直可使學校生存根本發生危險」。評議會以相當沉痛的語氣表示：「近數月來，校中同人，不避艱苦與危險，繼續在此間奮鬥，亦無非欲繼先生之誌，為國家成就一個真正講學機關。倘斯校竟因官僚之壓迫摧殘而遭橫死，先生對於學校、對於在此間繼續奮鬥之同人，其感痛為何如！倘先生之堅決言去，實速其死，先生之感痛更將何如！用是本會一麵向政府嚴重交涉，促其切實挽留，一麵函懇先生立即打消辭意，以全學校。」[167]北大評議會諸人自然深知蔡元培為人，知道於北大有著深厚感情的蔡校長是決不會置北大的生死而不顧的，遣詞用句也有些許逼迫的意味，所以信末也自稱「情急言戇」，請求蔡元培諒解。
教育部方麵對挽留蔡元培的態度也算積極。早在7月7日，教育部已經召開部務會議，就挽留蔡元培的問題達成了一致。[168]同日，教育總長任可澄親自發電慰留。11日，北大教職員全體大會的代表又往見任。對代表所提的「北大教職員堅決挽蔡」且「非蔡不可」的要求，任說，「昨已去電挽留，此事毫無問題」，而且表態道：「北大校長，除蔡外，難有相當人物。不特北大非蔡不可，即教育界還有許多事件，亦須蔡出為幫忙。外傳政府擬批準辭職等語，全屬子虛。」[169]在當時波譎雲詭的政局之下，教育總長也難有絕對的權威，其發表慰留函電也隻能算是敷衍。而從任可澄的言外之意來看，之所以爽快答應慰留，恐怕背後更多是有在俄國庚款問題上藉助蔡元培聲名的考慮。蔡元培後來在給胡適的信中表示，之所以要辭去俄庚款委員會委員之職，正是已察覺到有被利用的前兆。[170]