案件上報之後，幹隆十分重視。整個心思都沉浸在偽稿案中的皇帝第一個反應是懷疑馬朝柱就是製造偽稿之人，因此嚴命地方官迅速進剿。馬朝柱隻身逃往四川，隻拿獲了馬的母親、妻子和侄子。審訊之下，發現馬朝柱與偽稿案無關，不過此人的威脅並不在偽稿之下。
馬朝柱，安徽霍山人，自幼胸懷大誌。自幹隆十二年（1747年）起，他就與霍山白雲庵的正修和尚商量“起大事”、當皇帝。他效仿歷代起義首領，對眾人宣稱自己十六歲時，曾夢到神仙降臨，指點他到某處拜了名師，學得了一身法術，可以撒豆成兵，剪紙為馬。他還宣傳說，“西洋出有幼主，名朱洪錦，係明後裔，有大學士張錫玉，大將吳乘雲，係吳三桂子孫，李榮爵即李開化等，統兵三萬七千為輔”，說自己已經被任命為軍師，如果大家跟隨自己造反，將來都有高官可做。
這些說法讓許多人半信半疑。為了吸引徒眾，馬朝柱想出了許多計策。幹隆十四年（1749年）十月，他製造了一柄造型奇特的銅劍，悄悄把它藏到樓子石的一個山洞裏，然後對眾宣稱自己夢到神仙賜了自己神劍，並且帶眾人在山洞裏找到了這把劍。幹隆十五年（1750年），他又對大家宣稱，從上天處獲得了一把神奇的撐天扇，用此扇“能行雲霧中，三時可抵西洋。並稱西洋不日起事，興復明朝”。這些裝神弄鬼的把戲十分成功，眾人紛紛相信，交給他銀錢，記名入夥。
當然，戲法也有玩露的時候。為了獎勵手下的骨幹，馬朝柱派人到外地製造了許多“蟒袍”和“冠帶”，分賜自己手下的“官員”，說是西洋之主從空中降下來的。這些“官員”興沖沖領了“蟒袍”回去仔細一看，發現分明是戲班裏唱戲用的，有的上麵還寫著裁縫和戲班的名字。這一失誤讓馬朝柱的努力幾乎破產。為了挽回影響，馬朝柱又宣稱西洋主從雲霧中傳來詔書，下降到武漢黃鶴樓。他派人去武漢，果然從黃鶴樓裏取出了百餘道詔書，大講起義後的光輝前景，再次封了大批“官員”，穩住了人心。
經過苦心經營，馬朝柱在各地發展了大量信徒。他又在各地“散劄招軍、囤糧製械”，操練刀槍。並且已經派員聯絡安徽霍山、太湖、桐城、亳州（今亳州市），河南商城、開封、南陽，四川峨眉山等地的信徒，互為呼應，並設立四將軍職位，分統各部，約期舉義。地方官率兵入山搜捕時，查抄出軍械三百餘件，硝磺（製造火藥的原料）數百斤；捕獲起義骨幹共二百餘人。
馬朝柱案使幹隆十分震驚。從幹隆十七年四月至十二月的九個月間，他神經一直緊繃，批閱了馬案奏章五十一份，傳下諭旨五十八道，洋洋灑灑數萬言。如果不是因為偽稿案牽出這起反清大案，很可能一場規模巨大席捲數省的反清起義一兩年後就要掀起。思想至此，幹隆不禁出了一身冷汗。
兩起大案接連發生後，幹隆驀然發現，他治下的江山，原來遠不是自己看到的那麽四海昇平，陽光燦爛。在自己看不到的角落，居然伏莽處處，隨時存在農民起義大規模爆發的可能。
對於偽稿案和馬朝柱案，幹隆百思不得其解。他回想自己即位以來，對黎民百姓一直全力施恩，並無失德之處。他說：
臨禦以來，愛民之心常如一日，遇有災浸，不下數百萬帑金多方賑恤。至於蠲貸展緩者，更難數計。正供而外，並無私粟加征，又非若前朝縱容貪殘之吏剝民脂膏也。即間或有不肖官員，略有派累百姓之事，無不立以重典，此實從來未有。
人民當感戴國家休養生息之恩，共安樂利，實不解此等亂民，因何喪膽昧良，甘蹈法網？（《清高宗實錄》）
現實政治使幹隆頭腦中以儒治國的理想主義破滅了。原來“愚民們”隻記得住鞭子帶來的痛苦，而記不住主上的仁慈。他們多是愚昧而輕信的，沒有頭腦，沒有判斷，隻熱衷於享受傳播小道消息的快感，極易受不實之詞的矇騙，寄希望他們給統治者一個公正的評價幾乎是不可能的。
幹隆以為，隻要全力關注民生，不使黎民流離失所，就不存在農民造反的威脅。馬朝柱案推翻了他這個假定。幹隆十二年到幹隆十七年，正是大清帝國蒸蒸日上，接近盛世巔峰的“幸福時光”，已經基本解決了全國人民的溫飽問題，傳統社會的治理水平已經達到極致，而湖北省馬朝柱盤踞之處大部分人也都是安居樂業。在這種情況下，仍然發生了馬朝柱起義案，這讓幹隆認為，心存不軌的“刁民”是任何時候都會存在的，不論吃不吃得飽，總有人癡迷於皇帝夢而無法自拔。
幹隆越來越癡迷於閱讀《韓非子》。他發現，原來他極為反感的這個政治理論家的話，今天讀起來卻字字珠璣。韓非子明確指出，人世間一切關係都是虎狼型的利慾關係，“人之急利，甚也”。人們心中充滿的是“自為心”“自利之心”，不論是君臣、父子還是朋友，其實都是“用計算之心以相待”。老百姓心中隻有利益，沒有感恩：“彼民之所以為我用者，非以吾愛之為我用者也，以吾勢之為我用者也。”而大臣們之所以在仕途上你爭我奪，並不是急於效忠皇帝：“人臣之情未必能愛其君也，為重利之故也。”
韓非子因此說，君主要控製臣民，不能全憑道德教化，更無須“養恩愛之心”，而是應該手握“法”“術”“勢”三種韁繩和鞭子，通過嚴刑峻法來強化權力的威懾力量，使臣民不敢亂說亂動。“刑勝而民靜，賞繁而奸生。故治民者，刑勝治之首也；賞繁亂之本也。”（《韓非子·心度》）
如果承認人性本惡，那麽儒家那套建立在人性善基礎上的理想主義治國方案當然就是一廂情願，隻有韓非子的建議才是切實可行的。
就在馬朝柱案偵破後不久，幹隆十七年（1752年）十月，江西又查獲了何亞四謀反案，緊接著十八年（1753年）正月，福建又爆發了蔡榮祖謀反案。江西上饒人何亞四，本以“耕種燒炭為生”。有一天，他挖地得藏銀三百七十兩，算命先生李德先因此說他命中要大貴，唆使他出資鑄印信，製旗幟，造刀杖，說有天兵暗助，飛刀殺人，於是他也借托馬朝柱案中的“李開化”之名，聚集當地鄉民，欲圖造反。福建漳州的秀才蔡榮祖與道士馮珩一起做皇帝夢，共謀起兵，立“大寧國”，因事機不密而被破獲。這兩起案件雖然都被及時偵破，但習慣於危機思維的皇帝卻再也不能安枕。如何防範農民起義，成了他政治思維的新重心。
確實如幹隆自己所說，他是中國歷史上最重視民生的皇帝。但是幹隆中期的社會問題卻已經不是幾條民生措施所能解決的。人口壓力導致社會動盪逐漸加劇，底層社會風聲鶴唳，除了抗租抗稅鬥爭之外，民間宗教和結社活動也大興起來。據《清代八卦教》一書統計，幹隆二十年（1755年）以前史料僅記載了16個秘密宗教與結社的活動，而幹隆二十一年（1756年）以後則多達199種。幹隆二十年以後，民間宗教和結社組織活動頻繁，新教派組織不斷湧現，秘密宗教和會黨，可謂五花八門，名目之多超過以往任何一個朝代。什麽聞香教、無為教、弘封教、大乘教、善友會、弘陽教、清淨門、白陽教、白羊教、歸一教、金幢教、黃天教……林林總總，數不勝數。各省關於教案的匯報不斷傳來，讓皇帝頭痛不已。
馬朝柱，安徽霍山人，自幼胸懷大誌。自幹隆十二年（1747年）起，他就與霍山白雲庵的正修和尚商量“起大事”、當皇帝。他效仿歷代起義首領，對眾人宣稱自己十六歲時，曾夢到神仙降臨，指點他到某處拜了名師，學得了一身法術，可以撒豆成兵，剪紙為馬。他還宣傳說，“西洋出有幼主，名朱洪錦，係明後裔，有大學士張錫玉，大將吳乘雲，係吳三桂子孫，李榮爵即李開化等，統兵三萬七千為輔”，說自己已經被任命為軍師，如果大家跟隨自己造反，將來都有高官可做。
這些說法讓許多人半信半疑。為了吸引徒眾，馬朝柱想出了許多計策。幹隆十四年（1749年）十月，他製造了一柄造型奇特的銅劍，悄悄把它藏到樓子石的一個山洞裏，然後對眾宣稱自己夢到神仙賜了自己神劍，並且帶眾人在山洞裏找到了這把劍。幹隆十五年（1750年），他又對大家宣稱，從上天處獲得了一把神奇的撐天扇，用此扇“能行雲霧中，三時可抵西洋。並稱西洋不日起事，興復明朝”。這些裝神弄鬼的把戲十分成功，眾人紛紛相信，交給他銀錢，記名入夥。
當然，戲法也有玩露的時候。為了獎勵手下的骨幹，馬朝柱派人到外地製造了許多“蟒袍”和“冠帶”，分賜自己手下的“官員”，說是西洋之主從空中降下來的。這些“官員”興沖沖領了“蟒袍”回去仔細一看，發現分明是戲班裏唱戲用的，有的上麵還寫著裁縫和戲班的名字。這一失誤讓馬朝柱的努力幾乎破產。為了挽回影響，馬朝柱又宣稱西洋主從雲霧中傳來詔書，下降到武漢黃鶴樓。他派人去武漢，果然從黃鶴樓裏取出了百餘道詔書，大講起義後的光輝前景，再次封了大批“官員”，穩住了人心。
經過苦心經營，馬朝柱在各地發展了大量信徒。他又在各地“散劄招軍、囤糧製械”，操練刀槍。並且已經派員聯絡安徽霍山、太湖、桐城、亳州（今亳州市），河南商城、開封、南陽，四川峨眉山等地的信徒，互為呼應，並設立四將軍職位，分統各部，約期舉義。地方官率兵入山搜捕時，查抄出軍械三百餘件，硝磺（製造火藥的原料）數百斤；捕獲起義骨幹共二百餘人。
馬朝柱案使幹隆十分震驚。從幹隆十七年四月至十二月的九個月間，他神經一直緊繃，批閱了馬案奏章五十一份，傳下諭旨五十八道，洋洋灑灑數萬言。如果不是因為偽稿案牽出這起反清大案，很可能一場規模巨大席捲數省的反清起義一兩年後就要掀起。思想至此，幹隆不禁出了一身冷汗。
兩起大案接連發生後，幹隆驀然發現，他治下的江山，原來遠不是自己看到的那麽四海昇平，陽光燦爛。在自己看不到的角落，居然伏莽處處，隨時存在農民起義大規模爆發的可能。
對於偽稿案和馬朝柱案，幹隆百思不得其解。他回想自己即位以來，對黎民百姓一直全力施恩，並無失德之處。他說：
臨禦以來，愛民之心常如一日，遇有災浸，不下數百萬帑金多方賑恤。至於蠲貸展緩者，更難數計。正供而外，並無私粟加征，又非若前朝縱容貪殘之吏剝民脂膏也。即間或有不肖官員，略有派累百姓之事，無不立以重典，此實從來未有。
人民當感戴國家休養生息之恩，共安樂利，實不解此等亂民，因何喪膽昧良，甘蹈法網？（《清高宗實錄》）
現實政治使幹隆頭腦中以儒治國的理想主義破滅了。原來“愚民們”隻記得住鞭子帶來的痛苦，而記不住主上的仁慈。他們多是愚昧而輕信的，沒有頭腦，沒有判斷，隻熱衷於享受傳播小道消息的快感，極易受不實之詞的矇騙，寄希望他們給統治者一個公正的評價幾乎是不可能的。
幹隆以為，隻要全力關注民生，不使黎民流離失所，就不存在農民造反的威脅。馬朝柱案推翻了他這個假定。幹隆十二年到幹隆十七年，正是大清帝國蒸蒸日上，接近盛世巔峰的“幸福時光”，已經基本解決了全國人民的溫飽問題，傳統社會的治理水平已經達到極致，而湖北省馬朝柱盤踞之處大部分人也都是安居樂業。在這種情況下，仍然發生了馬朝柱起義案，這讓幹隆認為，心存不軌的“刁民”是任何時候都會存在的，不論吃不吃得飽，總有人癡迷於皇帝夢而無法自拔。
幹隆越來越癡迷於閱讀《韓非子》。他發現，原來他極為反感的這個政治理論家的話，今天讀起來卻字字珠璣。韓非子明確指出，人世間一切關係都是虎狼型的利慾關係，“人之急利，甚也”。人們心中充滿的是“自為心”“自利之心”，不論是君臣、父子還是朋友，其實都是“用計算之心以相待”。老百姓心中隻有利益，沒有感恩：“彼民之所以為我用者，非以吾愛之為我用者也，以吾勢之為我用者也。”而大臣們之所以在仕途上你爭我奪，並不是急於效忠皇帝：“人臣之情未必能愛其君也，為重利之故也。”
韓非子因此說，君主要控製臣民，不能全憑道德教化，更無須“養恩愛之心”，而是應該手握“法”“術”“勢”三種韁繩和鞭子，通過嚴刑峻法來強化權力的威懾力量，使臣民不敢亂說亂動。“刑勝而民靜，賞繁而奸生。故治民者，刑勝治之首也；賞繁亂之本也。”（《韓非子·心度》）
如果承認人性本惡，那麽儒家那套建立在人性善基礎上的理想主義治國方案當然就是一廂情願，隻有韓非子的建議才是切實可行的。
就在馬朝柱案偵破後不久，幹隆十七年（1752年）十月，江西又查獲了何亞四謀反案，緊接著十八年（1753年）正月，福建又爆發了蔡榮祖謀反案。江西上饒人何亞四，本以“耕種燒炭為生”。有一天，他挖地得藏銀三百七十兩，算命先生李德先因此說他命中要大貴，唆使他出資鑄印信，製旗幟，造刀杖，說有天兵暗助，飛刀殺人，於是他也借托馬朝柱案中的“李開化”之名，聚集當地鄉民，欲圖造反。福建漳州的秀才蔡榮祖與道士馮珩一起做皇帝夢，共謀起兵，立“大寧國”，因事機不密而被破獲。這兩起案件雖然都被及時偵破，但習慣於危機思維的皇帝卻再也不能安枕。如何防範農民起義，成了他政治思維的新重心。
確實如幹隆自己所說，他是中國歷史上最重視民生的皇帝。但是幹隆中期的社會問題卻已經不是幾條民生措施所能解決的。人口壓力導致社會動盪逐漸加劇，底層社會風聲鶴唳，除了抗租抗稅鬥爭之外，民間宗教和結社活動也大興起來。據《清代八卦教》一書統計，幹隆二十年（1755年）以前史料僅記載了16個秘密宗教與結社的活動，而幹隆二十一年（1756年）以後則多達199種。幹隆二十年以後，民間宗教和結社組織活動頻繁，新教派組織不斷湧現，秘密宗教和會黨，可謂五花八門，名目之多超過以往任何一個朝代。什麽聞香教、無為教、弘封教、大乘教、善友會、弘陽教、清淨門、白陽教、白羊教、歸一教、金幢教、黃天教……林林總總，數不勝數。各省關於教案的匯報不斷傳來，讓皇帝頭痛不已。