26 山本五十六－中將－昭和14年（1939年）8月30日
27 山本五十六－大將－昭和16年（1941年）8月11日
28 古賀峰一－大將－昭和18年（1943年）4月21日
29 豐田副武－大將－昭和19年（1944年）5月3日
30 豐田副武－大將－昭和20年（1945年）5月1日
31 小澤治三郎－中將－昭和20年（1945年）5月29日
於竹下勇時開始常設聯合艦隊、至山本五十六皆兼任第一艦隊司令長官、昭和16年以後聯合艦隊司令長官與第一艦隊司令長官分離。
歷代旗艦
防護巡洋艦“鬆島”
戰艦“三笠”
戰艦“敷島”
戰艦“朝日”
戰艦“金剛”
戰艦“山城”
戰艦“長門”
戰艦“陸奧”
戰艦“大和”
戰艦“武藏”
輕巡洋艦“大澱”
太平洋戰爭開戰時的聯合艦隊編成
太平洋戰爭開戰時的日本海軍還沒統一稱為“聯合艦隊”、其中包括外戰部隊與內戰部隊的複數艦隊。1944年(昭和19年)統一為聯合艦隊。以下為太平洋戰爭開戰當時(1941年12月8日)的艦隊編成、包括各艦隊司令長官。戰艦大和的艦籍登錄是在開戰以後故沒記載。
1941年11月，聯合艦隊擴編成大規模綜合作戰艦隊，所轄第1艦隊為戰列艦部隊，第2艦隊為重巡洋艦部隊，第3艦隊為封鎖運輸部隊，第4艦隊為占領區部隊，第5艦隊為北方部隊，第6艦隊為潛艇部隊，第1航空艦隊為航空母艦部隊，第11航空艦隊為岸基航空部隊，以及南遣艦隊。其規模達到組建以來的頂峰。
聯合艦隊直屬 司令長官：山本五十六大將
第一戰隊 戰艦/長門、陸奧
第二四戰隊 特設巡洋艦/報國丸、愛國丸、清澄丸
第一?航空戰隊 水上機母艦/瑞?、千?
第四潛水戰隊 輕巡洋艦/鬼怒、潛水艦/6隻
第五潛水戰隊 輕巡洋艦/由良、潛水艦/6隻
水上機母艦/千代田
驅逐艦/矢風
標的艦/攝津
工作艦/明石
第一艦隊 司令長官：高須四郎中將
以戰艦為主軸的主力艦隊
第二戰隊 戰艦/伊勢、日向、扶桑、山城
第三戰隊 戰艦/金剛、榛名、霧島、比睿
第六戰隊 重巡/青葉、衣笠、古鷹、加古
第九戰隊 輕巡/北上、大井
第三航空戰隊 空母/鳳翔、瑞鳳 驅逐艦/三日月、夕風
第一水雷戰隊 輕巡/阿武隈
第六驅逐隊 驅逐艦/雷、電、響、?
第一七驅逐隊 驅逐艦/浦風、磯風、穀風、浜風
第二一驅逐隊 驅逐艦/初春、子ノ日、初霜、若葉
第二七驅逐隊 驅逐隊/有明、夕暮、白露、時雨
第三水雷戰隊 輕巡/川內
第一一驅逐隊 驅逐艦/吹雪、白雪、初雪
第一二驅逐隊 驅逐艦/叢雲、東雲、白雲
第一九驅逐隊 驅逐艦/磯波、浦波、敷波、綾波
第二?驅逐隊 驅逐艦/天霧、朝霧、夕霧、狹霧
第二艦隊 司令長官：近藤信竹中將
以重巡洋艦為主軸的艦隊
第四戰隊 重巡/高雄、愛宕、鳥海、摩耶
第五戰隊 重巡/那智、羽?、妙高
第七戰隊 重巡/最上、熊野、鈴穀、三隈
第八戰隊 重巡/利根、築摩
第二水雷戰隊 輕巡/神通
第八驅逐隊 驅逐艦/朝潮、?潮、大潮、荒潮
第一五驅逐隊 驅逐艦/黑潮、親潮、早潮、夏潮
第一六驅逐隊 驅逐艦/初風、雪風、天津風、時津風
第一八驅逐隊 驅逐艦/霞、霰、陽炎、不知火
第四水雷戰隊 輕巡/那珂
第二驅逐隊 驅逐艦/村雨、夕立、春雨、五月雨
第四驅逐隊 驅逐艦/嵐、?風、野分、舞風
第九驅逐隊 驅逐艦/朝雲、山雲、夏雲、峰雲
第二四驅逐隊 驅逐艦/海風、山風、江風、涼風
第三艦隊 司令長官：高橋伊望中將
用以攻占菲律賓的艦隊
第一六戰隊 重巡/足柄 輕巡/長良、球磨
第一七戰隊 敷設艦/?島、八重山 特設敷設艦/辰宮丸
第五水雷戰隊 輕巡/名取
第五驅逐隊 驅逐艦/朝風、春風、鬆風、旗風
第二二驅逐隊 驅逐艦/皋月、水無月、文月、長月
第六潛水戰隊 潛水母艦/長鯨
第九潛水隊 潛水艦/伊－123、伊－124
第一三潛水隊 潛水艦/伊－121、伊－122
第一根據地隊 敷設艦/白鷹、蒼鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
第二根據地隊 敷設艦/若鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
第四艦隊 司令長官：井上成美中將
內南洋防衛用艦隊
旗艦 練習巡/鹿島
第一八戰隊 輕巡/天龍、龍田
第一九戰隊 敷設艦/沖島、海防艦/常盤、津輕
第六水雷戰隊 輕巡/夕張
第二九驅逐隊 驅逐艦/追風、疾風、朝?、夕?
27 山本五十六－大將－昭和16年（1941年）8月11日
28 古賀峰一－大將－昭和18年（1943年）4月21日
29 豐田副武－大將－昭和19年（1944年）5月3日
30 豐田副武－大將－昭和20年（1945年）5月1日
31 小澤治三郎－中將－昭和20年（1945年）5月29日
於竹下勇時開始常設聯合艦隊、至山本五十六皆兼任第一艦隊司令長官、昭和16年以後聯合艦隊司令長官與第一艦隊司令長官分離。
歷代旗艦
防護巡洋艦“鬆島”
戰艦“三笠”
戰艦“敷島”
戰艦“朝日”
戰艦“金剛”
戰艦“山城”
戰艦“長門”
戰艦“陸奧”
戰艦“大和”
戰艦“武藏”
輕巡洋艦“大澱”
太平洋戰爭開戰時的聯合艦隊編成
太平洋戰爭開戰時的日本海軍還沒統一稱為“聯合艦隊”、其中包括外戰部隊與內戰部隊的複數艦隊。1944年(昭和19年)統一為聯合艦隊。以下為太平洋戰爭開戰當時(1941年12月8日)的艦隊編成、包括各艦隊司令長官。戰艦大和的艦籍登錄是在開戰以後故沒記載。
1941年11月，聯合艦隊擴編成大規模綜合作戰艦隊，所轄第1艦隊為戰列艦部隊，第2艦隊為重巡洋艦部隊，第3艦隊為封鎖運輸部隊，第4艦隊為占領區部隊，第5艦隊為北方部隊，第6艦隊為潛艇部隊，第1航空艦隊為航空母艦部隊，第11航空艦隊為岸基航空部隊，以及南遣艦隊。其規模達到組建以來的頂峰。
聯合艦隊直屬 司令長官：山本五十六大將
第一戰隊 戰艦/長門、陸奧
第二四戰隊 特設巡洋艦/報國丸、愛國丸、清澄丸
第一?航空戰隊 水上機母艦/瑞?、千?
第四潛水戰隊 輕巡洋艦/鬼怒、潛水艦/6隻
第五潛水戰隊 輕巡洋艦/由良、潛水艦/6隻
水上機母艦/千代田
驅逐艦/矢風
標的艦/攝津
工作艦/明石
第一艦隊 司令長官：高須四郎中將
以戰艦為主軸的主力艦隊
第二戰隊 戰艦/伊勢、日向、扶桑、山城
第三戰隊 戰艦/金剛、榛名、霧島、比睿
第六戰隊 重巡/青葉、衣笠、古鷹、加古
第九戰隊 輕巡/北上、大井
第三航空戰隊 空母/鳳翔、瑞鳳 驅逐艦/三日月、夕風
第一水雷戰隊 輕巡/阿武隈
第六驅逐隊 驅逐艦/雷、電、響、?
第一七驅逐隊 驅逐艦/浦風、磯風、穀風、浜風
第二一驅逐隊 驅逐艦/初春、子ノ日、初霜、若葉
第二七驅逐隊 驅逐隊/有明、夕暮、白露、時雨
第三水雷戰隊 輕巡/川內
第一一驅逐隊 驅逐艦/吹雪、白雪、初雪
第一二驅逐隊 驅逐艦/叢雲、東雲、白雲
第一九驅逐隊 驅逐艦/磯波、浦波、敷波、綾波
第二?驅逐隊 驅逐艦/天霧、朝霧、夕霧、狹霧
第二艦隊 司令長官：近藤信竹中將
以重巡洋艦為主軸的艦隊
第四戰隊 重巡/高雄、愛宕、鳥海、摩耶
第五戰隊 重巡/那智、羽?、妙高
第七戰隊 重巡/最上、熊野、鈴穀、三隈
第八戰隊 重巡/利根、築摩
第二水雷戰隊 輕巡/神通
第八驅逐隊 驅逐艦/朝潮、?潮、大潮、荒潮
第一五驅逐隊 驅逐艦/黑潮、親潮、早潮、夏潮
第一六驅逐隊 驅逐艦/初風、雪風、天津風、時津風
第一八驅逐隊 驅逐艦/霞、霰、陽炎、不知火
第四水雷戰隊 輕巡/那珂
第二驅逐隊 驅逐艦/村雨、夕立、春雨、五月雨
第四驅逐隊 驅逐艦/嵐、?風、野分、舞風
第九驅逐隊 驅逐艦/朝雲、山雲、夏雲、峰雲
第二四驅逐隊 驅逐艦/海風、山風、江風、涼風
第三艦隊 司令長官：高橋伊望中將
用以攻占菲律賓的艦隊
第一六戰隊 重巡/足柄 輕巡/長良、球磨
第一七戰隊 敷設艦/?島、八重山 特設敷設艦/辰宮丸
第五水雷戰隊 輕巡/名取
第五驅逐隊 驅逐艦/朝風、春風、鬆風、旗風
第二二驅逐隊 驅逐艦/皋月、水無月、文月、長月
第六潛水戰隊 潛水母艦/長鯨
第九潛水隊 潛水艦/伊－123、伊－124
第一三潛水隊 潛水艦/伊－121、伊－122
第一根據地隊 敷設艦/白鷹、蒼鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
第二根據地隊 敷設艦/若鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
第四艦隊 司令長官：井上成美中將
內南洋防衛用艦隊
旗艦 練習巡/鹿島
第一八戰隊 輕巡/天龍、龍田
第一九戰隊 敷設艦/沖島、海防艦/常盤、津輕
第六水雷戰隊 輕巡/夕張
第二九驅逐隊 驅逐艦/追風、疾風、朝?、夕?