在第二次世界大戰前的幾個五年計劃期間，波羅的海艦隊更新了技術裝備，補充了新型水麵艦艇、潛艇和飛機，改裝了舊式戰列艦，建立了艦隊航空兵、岸防部隊和防空部隊。波羅的海艦隊是1932年和1933年先後組建太平洋艦隊和北方艦隊的基礎。在1939?1940年蘇芬戰爭中，艦隊封鎖了波的尼亞灣和芬蘭灣一帶水域，襲擊了敵人的基地和艦隊，支援列寧格勒方麵軍的部隊突破“曼納林防線”，並向維堡進攻。全艦隊有23名軍人因出色完成戰鬥任務榮獲蘇聯英雄稱號。
蘇德戰爭開始前，波羅的海艦隊編有2艘戰列艦、2艘巡洋艦、2艘驅逐領艦、19艘驅逐艦、48艘魚雷艇、69艘潛艇、656架飛機、數個岸防兵團和防空兵團，是蘇聯海軍中戰鬥力最強的戰役聯合編隊之一，其基本兵力駐在塔林和裏加，與德國和芬蘭的海軍對峙。由於戰爭前夕加強了戰備，波羅的海艦隊有效地粉碎了敵人的突然襲擊。後來，德軍侵入蘇聯內地，艦隊的駐泊係統遭到嚴重破壞，活動受到很大限製，不得不在極端複雜的情況下作戰。德國統帥部力圖在空軍支援下用陸軍部隊攻占列寧格勒(參見列寧格勒戰役)，不打算在波羅的海進行大規模的戰役。因此，波羅的海艦隊的主要任務從開戰之日起就不是像預期的那樣對敵海軍作戰，而是保衛可能被敵軍從陸上奪取的海軍基地和沿岸地域，以及先後支援西北方麵軍、北方麵軍和列寧格勒方麵軍。1941年，波羅的海艦隊在幾個被隔絕的方向上，一直在敵人掌握製空權而觸雷危險又不斷增長的條件下作戰。波羅的海艦隊不得不一麵保衛前進基地和積極襲擾敵人在波羅的海的海上交通線，一麵保護喀琅施塔得經塔林、漢科至蒙海峽這一全程都處在敵軍側擊之下的極為脆弱的交通線。與此同時，波羅的海艦隊還派出了兵力和兵器保衛列寧格勒。楚德湖、拉多加湖、奧涅加湖等區艦隊以及伊爾門湖艦艇支隊也是以波羅的海艦隊的兵力組建的。波羅的海艦隊以堅決的行動保衛了艦隊主要基地塔林、蒙海峽群島和漢科海軍基地，從而長期拖住了德國的大量部隊。在列寧格勒接近地作戰極其艱難的嚴峻時刻，艦隊駐蒙海峽群島和漢科的守備部隊堅持在敵後英勇奮戰，牽製了主要方向上的部分敵軍，有力地支援了列寧格勒。波羅的海艦隊的遠程轟炸機從薩列馬島上的機場起飛，對柏林實施了最初的幾次空襲。波羅的海艦隊的飛行員在空襲柏林中表現了高超的軍人技能，以普列奧布拉任斯基上校為首的一大批飛行員榮獲了蘇聯英雄稱號。波羅的海艦隊在陸上戰場情況複雜的條件下，組織了駐塔林艦艇突圍轉移到喀琅施塔得和撤走漢科海軍基地兵力的戰役，掩護了陸軍的戰略翼側，阻止敵艦侵入芬蘭灣。艦隊積極參加了直接防守列寧格勒的保衛戰，固守該城的海上門戶，並派出約10萬海軍官兵加強陸上防禦地段，保障列寧格勒方麵軍部隊變更部署，還運送戰術登陸部隊在敵人翼側和後方，上陸。波羅的海艦隊的炮兵是列寧格勒的火力後盾，1943年年底以前，一直負責壓製炮擊列寧格勒的敵方炮兵。艦隊的航空兵、海軍陸戰隊、艦炮和海岸炮兵都積極參加了列寧格勒方麵軍的歷次進攻戰役。艦隊所屬的拉多加湖區艦隊保障了拉多加湖上的運輸暢通無阻。艦隊的潛艇突破敵人的反潛防禦，在敵交通線上進行卓有成效的活動，作出了重要貢獻。波羅的海艦隊最先採用以魚雷機進行巡航飛行的戰法及對敵運輸船和軍艦從空中實施魚雷攻擊的戰術，積極參加了列寧格勒1943年突破封鎖的戰役、1944年粉碎封鎖的戰役、維堡戰役(1944)、斯維裏河?彼得羅紮沃茨克戰役(1944)和蒙海峽群島登陸戰役(1944)。波羅的海艦隊破壞海上交通線的活動，對粉碎波羅的海沿岸、東普魯士和東波美拉尼亞一帶的德軍起了促進作用。艦隊官兵在戰爭中英勇善戰、堅韌不拔。黨政工作的針對性強和人員的精神戰鬥素質高是艦隊克敵製勝的決定因素之一。艦隊的水麵艦艇、潛艇、航空兵和海岸炮兵在1941?1945年期間共擊沉敵戰鬥艦艇和輔助船隻581艘，運輸船隻624艘，總排水量約100萬噸，有10萬多名軍人榮獲勳章和獎章，137人榮獲蘇聯英雄稱號。
波羅的海艦隊的艦艇和部隊被授予近衛稱號的單位有20多個，榮獲勳章的單位有58個。1965年5月7日紀念戰勝法西斯德國二十周年時，艦隊再次榮獲紅旗勳章。1946年2月，艦隊進行改組，分為兩個獨立的戰役聯合編隊??第4艦隊和第8艦隊。這一體製一直保持到1955年12月。12月以後，恢復原來建製。從五十年代起，波羅的海艦隊和蘇聯的其他艦隊一樣，開始裝備嶄新的技術兵器、飛彈艦艇和噴氣式飛機。
歷任司令：1917年11?12月和1918年3月拉茲沃佐夫；1917年12月?1918年3月魯熱克；1918年3?5月夏斯特內；1918年6月?1919年1月紮魯巴耶夫；1919年1月?1920年6月澤列諾伊；1920年6月?1921年1月拉斯科利尼科夫；1921年科紮諾夫；1921?1924年和1926?1931年維克托羅夫；1924?1926年韋克曼；1932?1936年加列爾；1937年西夫科夫；1937?1938年伊薩科夫；1938?1939年列夫琴科海軍中將(1944年9月25日晉升為海軍上將，1946?1947年任第4艦隊司令)；1939?1946年特裏布茨海軍中將(1943年5月31日晉升為海軍上將，1946?1947年任第8艦隊司令)。第4艦隊司令：1947?1952年安德烈耶夫海軍中將(1951年1月27日晉升為海軍上將)；1952?1956年戈洛夫科海軍上將(1956年任波羅的海艦隊司令)。第8艦隊司令：1947?1950年佐祖利亞海軍中將(1955年8月8日晉升為海軍上將)；1950?1954年哈爾拉莫夫海軍上將(1956?1959年任波羅的海艦隊司令)；1954?1955年卡薩托諾夫海軍中將。波羅的海艦隊司令：1959?1967年奧廖爾海軍中將(1964年4月13日晉升為海軍上將)；1967?1975年米哈伊林海軍中將(1969年2月21日晉升為海軍上將)；1975年起科索夫海軍中將。
蘇德戰爭開始前，波羅的海艦隊編有2艘戰列艦、2艘巡洋艦、2艘驅逐領艦、19艘驅逐艦、48艘魚雷艇、69艘潛艇、656架飛機、數個岸防兵團和防空兵團，是蘇聯海軍中戰鬥力最強的戰役聯合編隊之一，其基本兵力駐在塔林和裏加，與德國和芬蘭的海軍對峙。由於戰爭前夕加強了戰備，波羅的海艦隊有效地粉碎了敵人的突然襲擊。後來，德軍侵入蘇聯內地，艦隊的駐泊係統遭到嚴重破壞，活動受到很大限製，不得不在極端複雜的情況下作戰。德國統帥部力圖在空軍支援下用陸軍部隊攻占列寧格勒(參見列寧格勒戰役)，不打算在波羅的海進行大規模的戰役。因此，波羅的海艦隊的主要任務從開戰之日起就不是像預期的那樣對敵海軍作戰，而是保衛可能被敵軍從陸上奪取的海軍基地和沿岸地域，以及先後支援西北方麵軍、北方麵軍和列寧格勒方麵軍。1941年，波羅的海艦隊在幾個被隔絕的方向上，一直在敵人掌握製空權而觸雷危險又不斷增長的條件下作戰。波羅的海艦隊不得不一麵保衛前進基地和積極襲擾敵人在波羅的海的海上交通線，一麵保護喀琅施塔得經塔林、漢科至蒙海峽這一全程都處在敵軍側擊之下的極為脆弱的交通線。與此同時，波羅的海艦隊還派出了兵力和兵器保衛列寧格勒。楚德湖、拉多加湖、奧涅加湖等區艦隊以及伊爾門湖艦艇支隊也是以波羅的海艦隊的兵力組建的。波羅的海艦隊以堅決的行動保衛了艦隊主要基地塔林、蒙海峽群島和漢科海軍基地，從而長期拖住了德國的大量部隊。在列寧格勒接近地作戰極其艱難的嚴峻時刻，艦隊駐蒙海峽群島和漢科的守備部隊堅持在敵後英勇奮戰，牽製了主要方向上的部分敵軍，有力地支援了列寧格勒。波羅的海艦隊的遠程轟炸機從薩列馬島上的機場起飛，對柏林實施了最初的幾次空襲。波羅的海艦隊的飛行員在空襲柏林中表現了高超的軍人技能，以普列奧布拉任斯基上校為首的一大批飛行員榮獲了蘇聯英雄稱號。波羅的海艦隊在陸上戰場情況複雜的條件下，組織了駐塔林艦艇突圍轉移到喀琅施塔得和撤走漢科海軍基地兵力的戰役，掩護了陸軍的戰略翼側，阻止敵艦侵入芬蘭灣。艦隊積極參加了直接防守列寧格勒的保衛戰，固守該城的海上門戶，並派出約10萬海軍官兵加強陸上防禦地段，保障列寧格勒方麵軍部隊變更部署，還運送戰術登陸部隊在敵人翼側和後方，上陸。波羅的海艦隊的炮兵是列寧格勒的火力後盾，1943年年底以前，一直負責壓製炮擊列寧格勒的敵方炮兵。艦隊的航空兵、海軍陸戰隊、艦炮和海岸炮兵都積極參加了列寧格勒方麵軍的歷次進攻戰役。艦隊所屬的拉多加湖區艦隊保障了拉多加湖上的運輸暢通無阻。艦隊的潛艇突破敵人的反潛防禦，在敵交通線上進行卓有成效的活動，作出了重要貢獻。波羅的海艦隊最先採用以魚雷機進行巡航飛行的戰法及對敵運輸船和軍艦從空中實施魚雷攻擊的戰術，積極參加了列寧格勒1943年突破封鎖的戰役、1944年粉碎封鎖的戰役、維堡戰役(1944)、斯維裏河?彼得羅紮沃茨克戰役(1944)和蒙海峽群島登陸戰役(1944)。波羅的海艦隊破壞海上交通線的活動，對粉碎波羅的海沿岸、東普魯士和東波美拉尼亞一帶的德軍起了促進作用。艦隊官兵在戰爭中英勇善戰、堅韌不拔。黨政工作的針對性強和人員的精神戰鬥素質高是艦隊克敵製勝的決定因素之一。艦隊的水麵艦艇、潛艇、航空兵和海岸炮兵在1941?1945年期間共擊沉敵戰鬥艦艇和輔助船隻581艘，運輸船隻624艘，總排水量約100萬噸，有10萬多名軍人榮獲勳章和獎章，137人榮獲蘇聯英雄稱號。
波羅的海艦隊的艦艇和部隊被授予近衛稱號的單位有20多個，榮獲勳章的單位有58個。1965年5月7日紀念戰勝法西斯德國二十周年時，艦隊再次榮獲紅旗勳章。1946年2月，艦隊進行改組，分為兩個獨立的戰役聯合編隊??第4艦隊和第8艦隊。這一體製一直保持到1955年12月。12月以後，恢復原來建製。從五十年代起，波羅的海艦隊和蘇聯的其他艦隊一樣，開始裝備嶄新的技術兵器、飛彈艦艇和噴氣式飛機。
歷任司令：1917年11?12月和1918年3月拉茲沃佐夫；1917年12月?1918年3月魯熱克；1918年3?5月夏斯特內；1918年6月?1919年1月紮魯巴耶夫；1919年1月?1920年6月澤列諾伊；1920年6月?1921年1月拉斯科利尼科夫；1921年科紮諾夫；1921?1924年和1926?1931年維克托羅夫；1924?1926年韋克曼；1932?1936年加列爾；1937年西夫科夫；1937?1938年伊薩科夫；1938?1939年列夫琴科海軍中將(1944年9月25日晉升為海軍上將，1946?1947年任第4艦隊司令)；1939?1946年特裏布茨海軍中將(1943年5月31日晉升為海軍上將，1946?1947年任第8艦隊司令)。第4艦隊司令：1947?1952年安德烈耶夫海軍中將(1951年1月27日晉升為海軍上將)；1952?1956年戈洛夫科海軍上將(1956年任波羅的海艦隊司令)。第8艦隊司令：1947?1950年佐祖利亞海軍中將(1955年8月8日晉升為海軍上將)；1950?1954年哈爾拉莫夫海軍上將(1956?1959年任波羅的海艦隊司令)；1954?1955年卡薩托諾夫海軍中將。波羅的海艦隊司令：1959?1967年奧廖爾海軍中將(1964年4月13日晉升為海軍上將)；1967?1975年米哈伊林海軍中將(1969年2月21日晉升為海軍上將)；1975年起科索夫海軍中將。