後醍醐一下山，就被直義帶領重兵，以“護送”為名，押解到京都的花山院軟禁，待以上皇之禮。跟隨出行的公卿大臣全部被捕，隻有義貞等人保護著皇太子及尊良親王度過琵琶湖，向越前的敦賀突圍而出。
然而，後醍醐畢竟不是一隻甘於寂寞的天狗。進入花山院兩個月後，後醍醐在親信的幫助下，再次施展出看家本領，化裝成女人，象泥鰍一樣滑脫花山院，並在不久後於大和的吉野地方建立了南朝政權，開始了長達五十七年的南北朝對峙。
得知消息的尊氏自然又是大吃一驚，不過，這位很有開國英主氣魄的將軍並沒有懲罰任何人，而是將精力都放在了集中幕權，整治朝政，改革弊端上。他根據當時的國家狀況度時治製，編成新法典《建武式目》，減輕“建武新政”以來壓在農民身上的沉重負擔，獎賞有功武士，懲治貪官汙吏，打擊貴族、寺院勢力，禁止他們參與國政。尊氏本人在生活上非常節儉，部下將領們在他的倡議下也很努力地節省不必要的開支，進行恢復生產的工作。比起北朝的開明統治，南朝在後醍醐及貴族們的壟斷統治下，相對就顯得死氣沉沉。唯一值得歌頌的，隻有義貞、顯家等南朝軍人為實現理想，所進行的英勇、艱苦的戰鬥。
【北國轉戰】
保護著皇太子北上敦賀的義貞，這時手下隻有土居、得能等人的三百伊予兵。由於途中不斷遭到敵軍遊兵襲擊，在經過幾次遭遇戰後，他們被迫翻越山嶺繞道而行。北陸的氣候非常惡劣，剛到十月份，就已經下起了大雪，而且他們走的是山路，遠近百裏內沒有居民，又沒有足夠的衣物和糧食，途中不斷有士卒因為饑寒交迫而死亡。當剩下的人到達敦賀時，受到了金崎的大宮司氣比氏治的熱情迎接，義貞等人總算是有了一個落腳的地方。
以金崎城為基地，義貞借著皇太子的名義徵集部隊，聯合北國各地的守護、城主，並派遣弟弟肋屋義助駐守要隘汕山城，兒子義顯遠赴越後進行聯絡工作。義助剛離開金崎城，汕山城城主瓜生保、義鑒兄弟就在母親的授意下，收羅了幾千兵馬前來匯合。
忙於穩定京畿的尊氏得知義貞再次起兵的消息，命令在北陸的留守部隊進行製壓。斯波越後守高經的兩萬鐵騎在接到命令後，立即包圍了金崎城。這時候，義助剛離開汕山城，正在返回金崎城，主從僅十六騎。經過慎重考慮，義助趁當晚夜色昏暗，率領十五騎從騎繞著敵軍的陣地狂呼：“北國武士、僧兵兩萬騎前來支援官軍！”士氣並不很高昂的尊氏軍以為敵人援軍真的到了，亂了手腳，四散奔逃。義助主從十六騎，兵不血刃地解了金崎之圍。
遠在京都的尊氏聞之大怒，再次派遣斯波高經為總帥、高師泰為大將的六萬大軍前來征討。金崎城中的義貞等人非常緊張，金崎政權建立不久，他們手上並沒有多少可以使用的部隊，糧食儲備也不多，這場戰爭公方完全處於被動狀態。就在這時，一個自稱後醍醐使者的人前來稟報，說後醍醐已經在吉野建立了政權，並且召集了一定數目的部隊，很快會派兵前來支援。金崎城中的武士們大喜，頓時士氣高漲。
不過希望很快就落空了，後醍醐向來慣於“梢空”，吉野的空頭政權存在雖說不假，但該政權從財政到部隊同樣都是空頭的。部隊番號下僅有的一點軍餉早被皇族吃了空額，後醍醐自己尚要仰人鼻息，哪來軍隊支援金崎？最後，問題還是要靠金崎人自己解決。
倒是遠在汕山城的義助比較迅速地盡起幾千汕山軍前來支援，不幸在途中遭到高師泰狙擊。大戰一天後，義助戰敗，瓜生保兄弟為保護義助逃進金崎而戰死，部隊全軍覆沒。
從此，金崎再也沒有了外援。在後來的三個多月中，城外的敵軍一直沒有停止過攻擊，城裏的武士們表現出極大的勇氣，斯波高經的部隊一直沒能得手。但是，在苦苦等待援兵一百多天後，守城的武士們終於被飢餓打垮了。義貞、義助等數人保護著皇太子乘小船逃走，義顯、十三歲的尊良親王以及氣比一族、城兵三百人留下堅守到了最後一刻，城破自殺。但是，最後皇太子還是於途中被捕，並被押送到京都鴆殺。義貞、義助逃到汕山城，集結熱血武士三千餘人，屢次出擊，連敗尊氏軍。尊氏氣得連連催逼進剿，連累得斯波高經、高師泰那對現世寶進又不能，退又不敢，蹲在越前這坐大冰窟裏好生為難。
【顯家奮迅】
尊氏全神對付北陸猛虎義貞，卻忘記了另一隻奧州猛虎。
延元二年（1337年）九月，北畠顯家在接到義貞的求援書和後醍醐從吉野發來詔書後，和結城宗廣、伊達行朝等奧州豪族共同擁戴義良親王為統帥，領著十餘萬大軍從岩城的靈山城出發，大舉侵入關東地區，連戰連勝，勢如破竹。在鎌倉留守的足利義詮派遣八萬部隊出利根川迎擊，全軍盡沒。奉父命在上野搞煽動活動的義貞之子義興舉兵響應，上野一國皆反，鎌倉方麵的部隊頓時陣腳大亂。此時，曾經發動“中先代之亂”的北條時行突然冒了出來，帶著他的那班黨羽在伊豆舉兵，宣布加入顯家軍，給予義詮致命的一擊。十二月，顯家、義興、時行三麵圍攻鎌倉，義詮棄城而逃。不甘失敗的義詮又組織了八萬部隊，尾追顯家部隊求戰，在美濃的青野原同顯家進行一場遭遇戰後，再度遭到全殲的命運。整個關東全部控製在了公方手中，後醍醐的吉野朝廷總算有了安身立命之所。
然而，後醍醐畢竟不是一隻甘於寂寞的天狗。進入花山院兩個月後，後醍醐在親信的幫助下，再次施展出看家本領，化裝成女人，象泥鰍一樣滑脫花山院，並在不久後於大和的吉野地方建立了南朝政權，開始了長達五十七年的南北朝對峙。
得知消息的尊氏自然又是大吃一驚，不過，這位很有開國英主氣魄的將軍並沒有懲罰任何人，而是將精力都放在了集中幕權，整治朝政，改革弊端上。他根據當時的國家狀況度時治製，編成新法典《建武式目》，減輕“建武新政”以來壓在農民身上的沉重負擔，獎賞有功武士，懲治貪官汙吏，打擊貴族、寺院勢力，禁止他們參與國政。尊氏本人在生活上非常節儉，部下將領們在他的倡議下也很努力地節省不必要的開支，進行恢復生產的工作。比起北朝的開明統治，南朝在後醍醐及貴族們的壟斷統治下，相對就顯得死氣沉沉。唯一值得歌頌的，隻有義貞、顯家等南朝軍人為實現理想，所進行的英勇、艱苦的戰鬥。
【北國轉戰】
保護著皇太子北上敦賀的義貞，這時手下隻有土居、得能等人的三百伊予兵。由於途中不斷遭到敵軍遊兵襲擊，在經過幾次遭遇戰後，他們被迫翻越山嶺繞道而行。北陸的氣候非常惡劣，剛到十月份，就已經下起了大雪，而且他們走的是山路，遠近百裏內沒有居民，又沒有足夠的衣物和糧食，途中不斷有士卒因為饑寒交迫而死亡。當剩下的人到達敦賀時，受到了金崎的大宮司氣比氏治的熱情迎接，義貞等人總算是有了一個落腳的地方。
以金崎城為基地，義貞借著皇太子的名義徵集部隊，聯合北國各地的守護、城主，並派遣弟弟肋屋義助駐守要隘汕山城，兒子義顯遠赴越後進行聯絡工作。義助剛離開金崎城，汕山城城主瓜生保、義鑒兄弟就在母親的授意下，收羅了幾千兵馬前來匯合。
忙於穩定京畿的尊氏得知義貞再次起兵的消息，命令在北陸的留守部隊進行製壓。斯波越後守高經的兩萬鐵騎在接到命令後，立即包圍了金崎城。這時候，義助剛離開汕山城，正在返回金崎城，主從僅十六騎。經過慎重考慮，義助趁當晚夜色昏暗，率領十五騎從騎繞著敵軍的陣地狂呼：“北國武士、僧兵兩萬騎前來支援官軍！”士氣並不很高昂的尊氏軍以為敵人援軍真的到了，亂了手腳，四散奔逃。義助主從十六騎，兵不血刃地解了金崎之圍。
遠在京都的尊氏聞之大怒，再次派遣斯波高經為總帥、高師泰為大將的六萬大軍前來征討。金崎城中的義貞等人非常緊張，金崎政權建立不久，他們手上並沒有多少可以使用的部隊，糧食儲備也不多，這場戰爭公方完全處於被動狀態。就在這時，一個自稱後醍醐使者的人前來稟報，說後醍醐已經在吉野建立了政權，並且召集了一定數目的部隊，很快會派兵前來支援。金崎城中的武士們大喜，頓時士氣高漲。
不過希望很快就落空了，後醍醐向來慣於“梢空”，吉野的空頭政權存在雖說不假，但該政權從財政到部隊同樣都是空頭的。部隊番號下僅有的一點軍餉早被皇族吃了空額，後醍醐自己尚要仰人鼻息，哪來軍隊支援金崎？最後，問題還是要靠金崎人自己解決。
倒是遠在汕山城的義助比較迅速地盡起幾千汕山軍前來支援，不幸在途中遭到高師泰狙擊。大戰一天後，義助戰敗，瓜生保兄弟為保護義助逃進金崎而戰死，部隊全軍覆沒。
從此，金崎再也沒有了外援。在後來的三個多月中，城外的敵軍一直沒有停止過攻擊，城裏的武士們表現出極大的勇氣，斯波高經的部隊一直沒能得手。但是，在苦苦等待援兵一百多天後，守城的武士們終於被飢餓打垮了。義貞、義助等數人保護著皇太子乘小船逃走，義顯、十三歲的尊良親王以及氣比一族、城兵三百人留下堅守到了最後一刻，城破自殺。但是，最後皇太子還是於途中被捕，並被押送到京都鴆殺。義貞、義助逃到汕山城，集結熱血武士三千餘人，屢次出擊，連敗尊氏軍。尊氏氣得連連催逼進剿，連累得斯波高經、高師泰那對現世寶進又不能，退又不敢，蹲在越前這坐大冰窟裏好生為難。
【顯家奮迅】
尊氏全神對付北陸猛虎義貞，卻忘記了另一隻奧州猛虎。
延元二年（1337年）九月，北畠顯家在接到義貞的求援書和後醍醐從吉野發來詔書後，和結城宗廣、伊達行朝等奧州豪族共同擁戴義良親王為統帥，領著十餘萬大軍從岩城的靈山城出發，大舉侵入關東地區，連戰連勝，勢如破竹。在鎌倉留守的足利義詮派遣八萬部隊出利根川迎擊，全軍盡沒。奉父命在上野搞煽動活動的義貞之子義興舉兵響應，上野一國皆反，鎌倉方麵的部隊頓時陣腳大亂。此時，曾經發動“中先代之亂”的北條時行突然冒了出來，帶著他的那班黨羽在伊豆舉兵，宣布加入顯家軍，給予義詮致命的一擊。十二月，顯家、義興、時行三麵圍攻鎌倉，義詮棄城而逃。不甘失敗的義詮又組織了八萬部隊，尾追顯家部隊求戰，在美濃的青野原同顯家進行一場遭遇戰後，再度遭到全殲的命運。整個關東全部控製在了公方手中，後醍醐的吉野朝廷總算有了安身立命之所。