所謂的“軍權永歸至尊”，在實踐中很容易變成軍方至尊。可是照帝國的憲法學家穗積八束的說法，這樣一種軍製，不僅沒有跟世界上的通行做法不矛盾，而且是與國際接軌。他說，“編製陸海軍及統帥之大權，大抵皆屬於君主”。
不過，日本帝國可不是隻會跟在別國的屁股後麵，亦步亦趨，而是吸取了他國的經驗教訓，有揚有棄有創新。明治憲法不僅明確規定統帥權屬於天皇，而且連陸海軍編製、常備兵額這樣的事情，也規定屬於君主的大權，就是吸取了普魯士德國的教訓，避免與議會在兵員和軍費問題上出現紛爭。明確規定編製和製定常備兵額也屬於天皇的大權，這樣一來，編製及兵額就絕不由國會所左右了。穗積八束說這是“日本憲法之特色，而為歐洲諸國所罕見”，倒也是事實。隻不過這種特色是一種危險的特色，這種製度創新是一種可怕的創新。
這種潛在的危險並非沒有人意識到。
憲法學家美濃部達吉在《憲法撮要》（1923年）裏警告說，統帥權獨立是大臣責任原則的一個重要例外，如果對它的範圍進行不當擴大，“就會導致令出多門的兩重政府，更有可能導致軍隊力量左右國政和引發軍國主義的弊端”。這並非杞人憂天。1907年，軍部曾把內閣和議會晾在一邊，製定了《帝國國防方針》，規定日本“以俄、美、法之順序作為假想敵國”，確定平時戰時軍備規模，這等於是直接插手國家大政方針。
為了遏製統帥權獨立的危險，也有人做出過努力。1921-1922年華盛頓裁軍會議期間，在捎給海軍省的口信裏，帝國全權代表加藤友三郎海相提出，裁軍條約簽訂後，帝國海軍機構應該順應潮流，按照文官控製軍隊的原則進行改革：“由文職大臣來控製軍隊，這是歷史發展的必然，應順應這一歷史潮流，做好這方麵的準備，如同英帝國那樣。”1923年，時任首相的加藤友三郎又在議會上明確表示，支持軍部大臣文官製。革新俱樂部乘勢提出廢除軍部大臣武官專任製議案，也獲得全場一致通過。但是試圖文官控製軍隊的努力最後還是以失敗而告終。
軍隊隻能姓“皇”。1933年，陸軍大臣荒木貞夫在《告全日本國民書》裏就說：“除天皇陛下之外，不奉任何人的命令。完全遵照天皇陛下的聖意行事，這就是日本的軍隊之特色，希望大家先要明白這個道理。”而此前一年陸軍大學編的《統帥參考》則稱，“帝國軍隊是天皇的軍隊”。那麽，“皇軍”跟天皇是什麽關係呢？《統帥參考》是這樣闡述的：
軍隊同國家及其元首的關係，因國體而異。法國和美國的軍隊都是國家的軍隊，而不是國家元首總統的軍隊；革命後的德國軍隊也是德國國家的軍隊，而不是國家元首總統的軍隊；總統在憲法上享有最高命令權，而其統帥命令，依據憲法則須由國務大臣副署。至於蘇聯工農紅軍，就其意識形態來說，既不是元首的軍隊，也不是所謂國家的軍隊，完全是共產黨的軍隊。但是，日本帝國的軍隊，既是國家的軍隊，又是天皇的軍隊，和外國軍隊完全不同。
花穀少佐拔出長劍
早在1874年日本侵略台灣的時候，軍閥的飛揚跋扈就已露端倪。
這年4月，明治政府發出征台布告，任命陸軍大輔西鄉從道中將為台灣蕃地事務都督，率兵出征。西鄉從道是西鄉隆盛的弟弟，大久保利通力挺他當都督時，西鄉從道才28歲。
明治政府原本認為各國會袖手旁觀，不會幹預，不曾想，還真出現了幹預。英國公使巴夏禮，反對日本出兵台灣，美國公使表示局外中立。在國內，反對征台的木戶孝允也辭去了參議一職。一看形勢不對頭，明治政府改變方針，派人去長崎，傳令停止出兵。
可是剛升任陸軍中將沒幾天的西鄉從道，拒絕服從停止征討台灣的決定。他說：“今聖諭既下，征旗已離帝都，中途停兵，成何體統？從道奉行敕令，決心直搗生番巢穴，死而後已。倘中國提出異議，政府答以西鄉所率皆係私自離船之賊徒可也！”
於是，西鄉從道就成了日本近代歷史上第一個違反天皇敕令的將軍。急急忙忙趕到長崎的大久保利通，見木已成舟，隻好跟西鄉從道口頭約定：到了台灣後不得妄自交兵。
此事雖未對日本釀成大禍，但其所反映的問題，對一國而言，卻是生死攸關。然而，明治政府並沒有能夠因此吸取教訓，反而出現了統帥權獨立。等到甲午戰爭的時候，作為總理大臣的伊藤博文，也嚐到了統帥權獨立的滋味。
1893年5月19日，以敕令名義公布《戰時大本營條例》。戰時大本營，是天皇戰時指揮軍隊的最高統帥部，成員由陸海軍將校組成。該條例把統帥權獨立具體化，形成了指導戰爭的機構。這樣一來，就把戰爭作為純粹的軍事上的事情，排除了內閣對軍事的指導。
1894年6月5日，大本營成立。按照《戰時大本營條例》，即使是內閣首相，也無權出席大本營會議。這意味著，伊藤博文身為首相，將被排斥在戰時大本營之外，無法統攬全局。可是，戰爭並非隻是軍人的事情，沒有任何一場戰爭僅僅是軍事行動或者說隻涉及軍事，哪裏能夠跟政治和外交分開？而軍方人士，如山縣有朋，就像他自己所說的那樣，是“歷來偏重軍事”。
不過，日本帝國可不是隻會跟在別國的屁股後麵，亦步亦趨，而是吸取了他國的經驗教訓，有揚有棄有創新。明治憲法不僅明確規定統帥權屬於天皇，而且連陸海軍編製、常備兵額這樣的事情，也規定屬於君主的大權，就是吸取了普魯士德國的教訓，避免與議會在兵員和軍費問題上出現紛爭。明確規定編製和製定常備兵額也屬於天皇的大權，這樣一來，編製及兵額就絕不由國會所左右了。穗積八束說這是“日本憲法之特色，而為歐洲諸國所罕見”，倒也是事實。隻不過這種特色是一種危險的特色，這種製度創新是一種可怕的創新。
這種潛在的危險並非沒有人意識到。
憲法學家美濃部達吉在《憲法撮要》（1923年）裏警告說，統帥權獨立是大臣責任原則的一個重要例外，如果對它的範圍進行不當擴大，“就會導致令出多門的兩重政府，更有可能導致軍隊力量左右國政和引發軍國主義的弊端”。這並非杞人憂天。1907年，軍部曾把內閣和議會晾在一邊，製定了《帝國國防方針》，規定日本“以俄、美、法之順序作為假想敵國”，確定平時戰時軍備規模，這等於是直接插手國家大政方針。
為了遏製統帥權獨立的危險，也有人做出過努力。1921-1922年華盛頓裁軍會議期間，在捎給海軍省的口信裏，帝國全權代表加藤友三郎海相提出，裁軍條約簽訂後，帝國海軍機構應該順應潮流，按照文官控製軍隊的原則進行改革：“由文職大臣來控製軍隊，這是歷史發展的必然，應順應這一歷史潮流，做好這方麵的準備，如同英帝國那樣。”1923年，時任首相的加藤友三郎又在議會上明確表示，支持軍部大臣文官製。革新俱樂部乘勢提出廢除軍部大臣武官專任製議案，也獲得全場一致通過。但是試圖文官控製軍隊的努力最後還是以失敗而告終。
軍隊隻能姓“皇”。1933年，陸軍大臣荒木貞夫在《告全日本國民書》裏就說：“除天皇陛下之外，不奉任何人的命令。完全遵照天皇陛下的聖意行事，這就是日本的軍隊之特色，希望大家先要明白這個道理。”而此前一年陸軍大學編的《統帥參考》則稱，“帝國軍隊是天皇的軍隊”。那麽，“皇軍”跟天皇是什麽關係呢？《統帥參考》是這樣闡述的：
軍隊同國家及其元首的關係，因國體而異。法國和美國的軍隊都是國家的軍隊，而不是國家元首總統的軍隊；革命後的德國軍隊也是德國國家的軍隊，而不是國家元首總統的軍隊；總統在憲法上享有最高命令權，而其統帥命令，依據憲法則須由國務大臣副署。至於蘇聯工農紅軍，就其意識形態來說，既不是元首的軍隊，也不是所謂國家的軍隊，完全是共產黨的軍隊。但是，日本帝國的軍隊，既是國家的軍隊，又是天皇的軍隊，和外國軍隊完全不同。
花穀少佐拔出長劍
早在1874年日本侵略台灣的時候，軍閥的飛揚跋扈就已露端倪。
這年4月，明治政府發出征台布告，任命陸軍大輔西鄉從道中將為台灣蕃地事務都督，率兵出征。西鄉從道是西鄉隆盛的弟弟，大久保利通力挺他當都督時，西鄉從道才28歲。
明治政府原本認為各國會袖手旁觀，不會幹預，不曾想，還真出現了幹預。英國公使巴夏禮，反對日本出兵台灣，美國公使表示局外中立。在國內，反對征台的木戶孝允也辭去了參議一職。一看形勢不對頭，明治政府改變方針，派人去長崎，傳令停止出兵。
可是剛升任陸軍中將沒幾天的西鄉從道，拒絕服從停止征討台灣的決定。他說：“今聖諭既下，征旗已離帝都，中途停兵，成何體統？從道奉行敕令，決心直搗生番巢穴，死而後已。倘中國提出異議，政府答以西鄉所率皆係私自離船之賊徒可也！”
於是，西鄉從道就成了日本近代歷史上第一個違反天皇敕令的將軍。急急忙忙趕到長崎的大久保利通，見木已成舟，隻好跟西鄉從道口頭約定：到了台灣後不得妄自交兵。
此事雖未對日本釀成大禍，但其所反映的問題，對一國而言，卻是生死攸關。然而，明治政府並沒有能夠因此吸取教訓，反而出現了統帥權獨立。等到甲午戰爭的時候，作為總理大臣的伊藤博文，也嚐到了統帥權獨立的滋味。
1893年5月19日，以敕令名義公布《戰時大本營條例》。戰時大本營，是天皇戰時指揮軍隊的最高統帥部，成員由陸海軍將校組成。該條例把統帥權獨立具體化，形成了指導戰爭的機構。這樣一來，就把戰爭作為純粹的軍事上的事情，排除了內閣對軍事的指導。
1894年6月5日，大本營成立。按照《戰時大本營條例》，即使是內閣首相，也無權出席大本營會議。這意味著，伊藤博文身為首相，將被排斥在戰時大本營之外，無法統攬全局。可是，戰爭並非隻是軍人的事情，沒有任何一場戰爭僅僅是軍事行動或者說隻涉及軍事，哪裏能夠跟政治和外交分開？而軍方人士，如山縣有朋，就像他自己所說的那樣，是“歷來偏重軍事”。