嶽鍾琪留五千兵力據東山要衝，自己親率五千兵士馳回石堡城，合原一萬主力突然包圍了謝爾蘇噶住的老巢。嶽鍾琪挑軍中善攀能跑者二十名，乘夜色悄悄登上山頂，再腰係牛皮繩索順山墮下，懸落於石堡城內。叛軍以為石堡城據險可守，官軍一時三刻不易攻破，何況有消息證明清兵在黃羊川一帶。
所以，城內毫無應戰準備。當哨兵發現清兵從天而降，倉慌間不知所措，抱頭鼠竄，拚命呼喊。官兵則裏應外合，衝進石堡城，奮力拚殺，不肖兩個時辰，殲敵三千餘，拿下石堡城。但「莊浪王」謝爾蘇噶住在逃。
嶽鍾琪給被俘的阿屋側零等叛軍頭領供以酒飯，好言撫慰，勸其為官兵做嚮導，分頭引領官兵繼續搜剿，結果又捕獲三千餘人。所剩黨餘見清兵大軍壓境，勢如破竹，謝爾蘇噶住不知去向，群龍無首，大勢已去，隻好向清軍乞降。
嶽鍾琪答應了叛軍的乞降，收繳了全部軍火兵器，把那些繳獲的牛羊駝馬、糧草種子全部發給牧民，勸導他們專心耕牧，不要再聚眾滋事。對抓獲的絡力旦達兒等十六位小部落的上層人士，責成莊浪衛同知王廷鬆妥為安置。
一切處理停當，嶽鍾琪這才凱奏朝廷，並建議改莊浪衛為平番縣。雍正帝下旨，再授嶽鍾琪兼甘肅巡撫，督辦甘肅、青海兩地軍務政要。
四川烏蒙（今雲南永善縣）土司祿萬鍾在雲南東川叛亂，鎮雄（今屬雲南）土司隴慶侯及建昌（今四川西昌）屬冕山、涼山諸苗相助為亂。嶽鍾琪與雲貴總督鄂爾泰會師討伐。雍正五年（1727年）春，擒祿萬鍾，隴慶侯投降。烏蒙、鎮雄完成改土歸流。
雍正六年（1728年），上書以建昌屬河西、寧番兩土司及阿都、阿史、紐結、歪溪諸地改土歸流，河東宣慰司以其地之半改隸流官，升建昌為府，領三縣。定新設府曰寧遠，縣曰西昌、冕寧、鹽源，又請改岷州兩土司歸流。請升四川達州，陝西秦、階二縣為直隸州。雍正七年（1729年），又請升甘肅肅州為直隸州，陝西子午穀隘口增防守官兵，裏塘、巴塘諸地，置宣撫、安撫諸司至千百戶，視流官例題補。雷波（今四川雷波縣）土司為亂，遣兵討平之。
雍正三年（1725年）春，年羹堯因九十二款大罪賜死天牢。七月，嶽鍾琪接任川陝總督。此時，嶽鍾琪官至總督，封三等公爵，手握川陝甘三省兵權。
雍正五年（1727年），有一蓬頭垢麵，衣衫爛摟的男子雙手各握一塊石頭，在大街上一邊赤足狂奔，一邊沿街高聲叫喊：「嶽鍾琪要率川陝兵丁造反了！」官府迅速抓捕了那男子，經審訊原來是瘋子。但是不能因為是瘋子的話，嶽鍾琪就可以坐視不管。他急忙寫好奏疏，希望澄清視聽，洗刷冤曲。
這封奏疏被雍正帝的硃批寫得密密麻麻。言下之意不外乎是不相信謠言，並說了許多安撫的話。那瘋子也被朝廷以「造謠惑眾，誣陷大臣罪」斬首示眾。嶽鍾琪心裏的一塊石頭才算落了地。
雍正六年（1728年），靖州秀才曾靜，派門人張熙致信嶽鍾琪，曾靜的書信中對雍正帝極盡責罵之詞；又以嶽飛抗金的事跡激勵為作為嶽飛後裔的嶽鍾琪，勸他掉轉槍頭指向金人的後裔滿洲人，為宋、明二朝fu chou。
嶽鍾琪假裝同意，騙出口供，反過來抓捕二人，引發呂留良案。事後雍正帝褒獎嶽鍾琪忠心，並由於軍事需要，仍舊對他委以重任，加封寧遠大將軍，少保，但是，在嶽鍾琪的仕途已經埋下了禍根。
雍正七年（1729年）二月，科爾沁、喀爾喀草原傳來請兵急奏。雍正帝下詔，命黑龍江將軍、內大臣傅爾丹為靖邊大將軍，統領滿、蒙旗兵組成北路大軍；授川陝總督、奮威將軍嶽鍾琪為寧遠大將軍，統領川陝甘漢兵組成西路大軍。六月，朝廷派吏部侍郎、大司馬查郎阿和刑部侍郎常齎，帶著寧遠大將軍印信和雍正帝特授的兵、吏兩部黃帶等禦用之物赴陝西，在西安東郊築台，隆重拜授嶽鍾琪為寧遠大將軍。
雍正八年（1730年）八月，嶽鍾琪檄令西路大軍各部，分由陝西、四川、甘肅三地出發，取道河西，在巴裏坤集結。臨行前，嶽鍾琪特旨嶽鍾琪長子嶽濬（時任山東巡撫）專程從濟南趕往陝西代表皇上送其父出征。
西路十六萬大軍全部集結於巴裏坤。遠在準噶爾的噶爾丹策零早已得到了朝廷大舉進兵征討的消息。狡猾的噶爾丹策零一邊調兵遣將，集結人馬，準備迎戰，一邊差使進京，稱願意交出朝廷欽犯羅卜藏丹津，請罷兵議和。雍正皇帝見噶爾丹策零派使議和，便下詔命西北兩路大軍暫緩進兵，並召兩路大軍主帥進京商議軍務。
噶爾丹策零得到清軍西、北兩路主帥離營返京的消息後，大喜過望，即派出二萬人馬突襲清軍西路科舍圖卡倫馬廠大營，科舍圖馬廠大營原是官兵的軍馬場，是西路清軍的一個重要的軍事基地和軍需倉庫。這裏積存有大批駝馬、糧草、輜重。噶爾丹策零的人馬攻來時，清兵早無防範，被劫走大批駝馬、輜重，焚燒糧草。
清軍奮起追擊，與敵拚死激戰七晝夜，終將叛軍擊潰，奪回部分被劫駝馬、輜重，但官兵的損失相當慘重。正當馬廠大營激戰之時，護理大將軍印的紀成斌膽小如鼠，閉城不出，及至清軍擊潰來敵後，又隱瞞損失，誇大戰果，向朝廷邀功。嶽鍾琪趕到前線帥營，已是第二年（1731年）的二月。他怒斥膽小庸碌的紀成斌，並發誓要與噶爾丹策零決一死戰。
所以，城內毫無應戰準備。當哨兵發現清兵從天而降，倉慌間不知所措，抱頭鼠竄，拚命呼喊。官兵則裏應外合，衝進石堡城，奮力拚殺，不肖兩個時辰，殲敵三千餘，拿下石堡城。但「莊浪王」謝爾蘇噶住在逃。
嶽鍾琪給被俘的阿屋側零等叛軍頭領供以酒飯，好言撫慰，勸其為官兵做嚮導，分頭引領官兵繼續搜剿，結果又捕獲三千餘人。所剩黨餘見清兵大軍壓境，勢如破竹，謝爾蘇噶住不知去向，群龍無首，大勢已去，隻好向清軍乞降。
嶽鍾琪答應了叛軍的乞降，收繳了全部軍火兵器，把那些繳獲的牛羊駝馬、糧草種子全部發給牧民，勸導他們專心耕牧，不要再聚眾滋事。對抓獲的絡力旦達兒等十六位小部落的上層人士，責成莊浪衛同知王廷鬆妥為安置。
一切處理停當，嶽鍾琪這才凱奏朝廷，並建議改莊浪衛為平番縣。雍正帝下旨，再授嶽鍾琪兼甘肅巡撫，督辦甘肅、青海兩地軍務政要。
四川烏蒙（今雲南永善縣）土司祿萬鍾在雲南東川叛亂，鎮雄（今屬雲南）土司隴慶侯及建昌（今四川西昌）屬冕山、涼山諸苗相助為亂。嶽鍾琪與雲貴總督鄂爾泰會師討伐。雍正五年（1727年）春，擒祿萬鍾，隴慶侯投降。烏蒙、鎮雄完成改土歸流。
雍正六年（1728年），上書以建昌屬河西、寧番兩土司及阿都、阿史、紐結、歪溪諸地改土歸流，河東宣慰司以其地之半改隸流官，升建昌為府，領三縣。定新設府曰寧遠，縣曰西昌、冕寧、鹽源，又請改岷州兩土司歸流。請升四川達州，陝西秦、階二縣為直隸州。雍正七年（1729年），又請升甘肅肅州為直隸州，陝西子午穀隘口增防守官兵，裏塘、巴塘諸地，置宣撫、安撫諸司至千百戶，視流官例題補。雷波（今四川雷波縣）土司為亂，遣兵討平之。
雍正三年（1725年）春，年羹堯因九十二款大罪賜死天牢。七月，嶽鍾琪接任川陝總督。此時，嶽鍾琪官至總督，封三等公爵，手握川陝甘三省兵權。
雍正五年（1727年），有一蓬頭垢麵，衣衫爛摟的男子雙手各握一塊石頭，在大街上一邊赤足狂奔，一邊沿街高聲叫喊：「嶽鍾琪要率川陝兵丁造反了！」官府迅速抓捕了那男子，經審訊原來是瘋子。但是不能因為是瘋子的話，嶽鍾琪就可以坐視不管。他急忙寫好奏疏，希望澄清視聽，洗刷冤曲。
這封奏疏被雍正帝的硃批寫得密密麻麻。言下之意不外乎是不相信謠言，並說了許多安撫的話。那瘋子也被朝廷以「造謠惑眾，誣陷大臣罪」斬首示眾。嶽鍾琪心裏的一塊石頭才算落了地。
雍正六年（1728年），靖州秀才曾靜，派門人張熙致信嶽鍾琪，曾靜的書信中對雍正帝極盡責罵之詞；又以嶽飛抗金的事跡激勵為作為嶽飛後裔的嶽鍾琪，勸他掉轉槍頭指向金人的後裔滿洲人，為宋、明二朝fu chou。
嶽鍾琪假裝同意，騙出口供，反過來抓捕二人，引發呂留良案。事後雍正帝褒獎嶽鍾琪忠心，並由於軍事需要，仍舊對他委以重任，加封寧遠大將軍，少保，但是，在嶽鍾琪的仕途已經埋下了禍根。
雍正七年（1729年）二月，科爾沁、喀爾喀草原傳來請兵急奏。雍正帝下詔，命黑龍江將軍、內大臣傅爾丹為靖邊大將軍，統領滿、蒙旗兵組成北路大軍；授川陝總督、奮威將軍嶽鍾琪為寧遠大將軍，統領川陝甘漢兵組成西路大軍。六月，朝廷派吏部侍郎、大司馬查郎阿和刑部侍郎常齎，帶著寧遠大將軍印信和雍正帝特授的兵、吏兩部黃帶等禦用之物赴陝西，在西安東郊築台，隆重拜授嶽鍾琪為寧遠大將軍。
雍正八年（1730年）八月，嶽鍾琪檄令西路大軍各部，分由陝西、四川、甘肅三地出發，取道河西，在巴裏坤集結。臨行前，嶽鍾琪特旨嶽鍾琪長子嶽濬（時任山東巡撫）專程從濟南趕往陝西代表皇上送其父出征。
西路十六萬大軍全部集結於巴裏坤。遠在準噶爾的噶爾丹策零早已得到了朝廷大舉進兵征討的消息。狡猾的噶爾丹策零一邊調兵遣將，集結人馬，準備迎戰，一邊差使進京，稱願意交出朝廷欽犯羅卜藏丹津，請罷兵議和。雍正皇帝見噶爾丹策零派使議和，便下詔命西北兩路大軍暫緩進兵，並召兩路大軍主帥進京商議軍務。
噶爾丹策零得到清軍西、北兩路主帥離營返京的消息後，大喜過望，即派出二萬人馬突襲清軍西路科舍圖卡倫馬廠大營，科舍圖馬廠大營原是官兵的軍馬場，是西路清軍的一個重要的軍事基地和軍需倉庫。這裏積存有大批駝馬、糧草、輜重。噶爾丹策零的人馬攻來時，清兵早無防範，被劫走大批駝馬、輜重，焚燒糧草。
清軍奮起追擊，與敵拚死激戰七晝夜，終將叛軍擊潰，奪回部分被劫駝馬、輜重，但官兵的損失相當慘重。正當馬廠大營激戰之時，護理大將軍印的紀成斌膽小如鼠，閉城不出，及至清軍擊潰來敵後，又隱瞞損失，誇大戰果，向朝廷邀功。嶽鍾琪趕到前線帥營，已是第二年（1731年）的二月。他怒斥膽小庸碌的紀成斌，並發誓要與噶爾丹策零決一死戰。