洪述祖之所以建議唐紹儀不要就任，背後實與趙鳳昌之秘密運動有關。在清廷任命唐紹儀繼任郵傳部大臣次日，即九月初六日（10月27日），趙鳳昌即向唐紹儀發出如下密電：
大事計旦夕即定，公宜緩到任。如到任，宮廷聞警遷避時，公須對付各使，杜其狡謀，以報將來中國，同深叩禱。昌。（初六午發）[112]
所謂“大事”，當指起義推倒清廷事，或指南北議和事；“緩到任”，是指要唐緩任清廷郵傳部大臣；“將來中國”則指推倒清廷後之中國。十月初一日（11月21日），洪述祖密函趙鳳昌：
草擬清帝“退位詔稿”在洪述祖看來是極具紀念意義的事情，為此，他將當時所用硯台命名曰“共和硯”，請人以篆書刻硯上，落款雲：“壬子十月觀川居士屬陶心如篆並刻。”“觀川居士”即洪述祖，陶心如指書畫家陶洙。又在硯背左側刻以隸書雲：“辛亥九月，硯得，主共和詔書起於此，勒銘左側誌忘。中華男子洪述祖。”[119]可見洪述祖極以此事為榮耀。
宣統三年十月十九日（1911年12月9日），唐紹儀作為北方議和全權代表，自北京出發南下，在漢口停留約一周後到上海，與民軍代表伍廷芳等議和。張國淦作為參與和談的湖北代表，與唐紹儀等同行到滬。關於雙方談判情形，張國淦有如下一段記述：
伍、唐同鄉老友，共和主張，又同在一條路線。有趙鳳昌者，曾在張文襄幕，與伍、唐俱舊識，有策略，此次革命，活動甚力。趙住上海南洋路，伍、唐遂假其寓所，每夜同往聚談。在議場時，板起麵孔，十足官話，及到趙處，即共同研究如何對付北方，以達到目的。趙參與密議，且在滬久，革命黨人及江浙知名人士，尤其張、湯等，皆能聯絡。據魏宸組告餘：“所有和議中主張及致北方電，俱是夜間在趙寓雙方商洽，精衛（汪兆銘）與本人常到彼處，皙子（楊度）則未參加，而袁內閣與唐，亦先有秘密私電往還，均從促成共和著手”雲雲。[120]
此段記述沒有提及洪述祖，但據《亞細亞日報》載：“唐紹儀以和議至滬，洪以舊識，日造唐之門獻策，唐頗採納。”[121]與趙鳳昌、洪述祖均極為熟識的劉厚生在《張謇傳記》裏亦寫道：“唐紹儀在上海議和時，趙鳳昌參與機密，述祖常至鳳昌家中，效奔走之勞。”[122]可知洪述祖亦南下參與了和談。之前洪便參與趙、唐之間的秘密聯絡，此時又參與和談，亦是可以想見之事。
南北議和結束，袁世凱就任臨時大總統後，唐紹儀任國務總理，向內務總長趙秉鈞推薦洪述祖任秘書。而據洪述祖1917年在上海租界會審公廨所供，他1912年“上半載在前總統袁世凱處為隨員，下半年在內務部為秘書”。[123]又供稱：“內務部共有秘書官四人，職任並無大小，同於是年六月十四日接到命令，其時我尚兼充總統府內務部顧問。”[124]1918年接受京師高等審判廳訊問時，洪述祖再次提到，他從南方回到北京後，係經袁總統介紹，令其為內務部秘書，並委為總統府顧問。[125]總統府聘請顧問都是有記載的，但從目前所見資料看，尚未發現聘請洪述祖為總統府顧問的可靠記載。因此，洪述祖所謂袁世凱委其為總統府顧問，很可能並非正式委任，而是其憑藉私人關係常為袁世凱出謀劃策，而這恰恰反映了袁、洪關係非同一般。1913年2月，洪述祖“蒙大總統特予三等嘉禾章，為各部秘書中之最著特色者”，“誠以洪勞苦功高，獨著勳績，非其他各部秘書所可比擬也”。[126]按《勳章令》規定，大勳章為大總統所佩戴，大勳章以下為嘉禾章，分一至九等，授予“有勳勞於國家者”，或“有功績於學問及事業者”。[127]各部秘書人數眾多，洪述祖是唯一被授予三等嘉禾章者，足見其地位非普通秘書可比。
袁、洪特殊關係的一個重要表現，就是洪述祖一方麵擔任內務部秘書，另一方麵又肩負著替袁世凱秘密監視內務總長趙秉鈞之責任。一般均將趙秉鈞視為袁世凱親信，但據劉厚生講，南北議和期間，袁世凱因為警察首領趙秉鈞未能事先防範而導致他在東安門被炸彈襲擊，加之他懷疑趙秉鈞思想上忠於清室，恐不能按其意旨行事，故而對趙秉鈞並不十分信任，於是就任臨時大總統後另組特務機構，分為若幹小組，洪述祖便是組長之一，負有監視趙秉鈞之使命。[128]在《張謇傳記》中，劉厚生寫道：
世凱做了臨時總統之後，自己另外組織特務機構，化整為零，成為若幹組，每組八人至十人，或五、六人不等，均由自己直接指揮。並命令其中每一個組長，暗中監察趙秉鈞本人及其所管轄各特務之舉動與行為，秘密報告。至於在北京、天津之官吏與軍人，亦在世凱直接指揮特務監察範圍之內。所以主持暗殺宋教仁之指揮者洪述祖，即是世凱部下小組組長之一。[129]
劉厚生又寫道：“據我所知，袁世凱自任總統後，即招募許多特務人才，組織特務小組二十餘個單位，都由世凱自己指揮，其中頗有原在趙秉鈞部下當差的人物。洪述祖或者走別的路子，投到此二十個小組之中，做了一個組長。”[130]此種內幕，雖然僅見於劉厚生之記述，但劉與當時南北政界人物多有接觸，且與洪述祖亦很熟悉，因此不能完全以空穴來風視之。除劉厚生所述外，袁世凱對趙秉鈞產生戒備心理更為重要的原因，當與清末民初政治的劇烈演變息息相關。袁任直隸總督時期，趙是助其辦理警政的得力幹將；武昌起義後，清廷被迫起用袁擔任內閣總理大臣，趙受命擔任民政部首領，彼時的趙秉鈞，毫無疑問也是袁的“心腹人物”。但隨著民國建立，黨派林立，各黨各派的角逐較之清末更加公開激烈，身為臨時大總統的袁世凱，在羽翼未豐之前，需要謹慎應對複雜局麵。趙秉鈞性格圓滑周至，頗能周旋於各方勢力之間，因此，袁世凱很需要他來充當“場麵人物”，但同時袁對他也就不可能再像往日那樣放心。特別是趙秉鈞加入了同盟會（後改組為國民黨）這個對袁獨攬大權構成最大威脅的政黨，[131]這就使袁對其不能不加以戒備，安插洪述祖在內務部監視趙秉鈞，也就不足為怪了。準確把握袁、趙、洪三人的微妙關係，對於判斷各人與宋案可能的牽連程度甚為重要。
大事計旦夕即定，公宜緩到任。如到任，宮廷聞警遷避時，公須對付各使，杜其狡謀，以報將來中國，同深叩禱。昌。（初六午發）[112]
所謂“大事”，當指起義推倒清廷事，或指南北議和事；“緩到任”，是指要唐緩任清廷郵傳部大臣；“將來中國”則指推倒清廷後之中國。十月初一日（11月21日），洪述祖密函趙鳳昌：
草擬清帝“退位詔稿”在洪述祖看來是極具紀念意義的事情，為此，他將當時所用硯台命名曰“共和硯”，請人以篆書刻硯上，落款雲：“壬子十月觀川居士屬陶心如篆並刻。”“觀川居士”即洪述祖，陶心如指書畫家陶洙。又在硯背左側刻以隸書雲：“辛亥九月，硯得，主共和詔書起於此，勒銘左側誌忘。中華男子洪述祖。”[119]可見洪述祖極以此事為榮耀。
宣統三年十月十九日（1911年12月9日），唐紹儀作為北方議和全權代表，自北京出發南下，在漢口停留約一周後到上海，與民軍代表伍廷芳等議和。張國淦作為參與和談的湖北代表，與唐紹儀等同行到滬。關於雙方談判情形，張國淦有如下一段記述：
伍、唐同鄉老友，共和主張，又同在一條路線。有趙鳳昌者，曾在張文襄幕，與伍、唐俱舊識，有策略，此次革命，活動甚力。趙住上海南洋路，伍、唐遂假其寓所，每夜同往聚談。在議場時，板起麵孔，十足官話，及到趙處，即共同研究如何對付北方，以達到目的。趙參與密議，且在滬久，革命黨人及江浙知名人士，尤其張、湯等，皆能聯絡。據魏宸組告餘：“所有和議中主張及致北方電，俱是夜間在趙寓雙方商洽，精衛（汪兆銘）與本人常到彼處，皙子（楊度）則未參加，而袁內閣與唐，亦先有秘密私電往還，均從促成共和著手”雲雲。[120]
此段記述沒有提及洪述祖，但據《亞細亞日報》載：“唐紹儀以和議至滬，洪以舊識，日造唐之門獻策，唐頗採納。”[121]與趙鳳昌、洪述祖均極為熟識的劉厚生在《張謇傳記》裏亦寫道：“唐紹儀在上海議和時，趙鳳昌參與機密，述祖常至鳳昌家中，效奔走之勞。”[122]可知洪述祖亦南下參與了和談。之前洪便參與趙、唐之間的秘密聯絡，此時又參與和談，亦是可以想見之事。
南北議和結束，袁世凱就任臨時大總統後，唐紹儀任國務總理，向內務總長趙秉鈞推薦洪述祖任秘書。而據洪述祖1917年在上海租界會審公廨所供，他1912年“上半載在前總統袁世凱處為隨員，下半年在內務部為秘書”。[123]又供稱：“內務部共有秘書官四人，職任並無大小，同於是年六月十四日接到命令，其時我尚兼充總統府內務部顧問。”[124]1918年接受京師高等審判廳訊問時，洪述祖再次提到，他從南方回到北京後，係經袁總統介紹，令其為內務部秘書，並委為總統府顧問。[125]總統府聘請顧問都是有記載的，但從目前所見資料看，尚未發現聘請洪述祖為總統府顧問的可靠記載。因此，洪述祖所謂袁世凱委其為總統府顧問，很可能並非正式委任，而是其憑藉私人關係常為袁世凱出謀劃策，而這恰恰反映了袁、洪關係非同一般。1913年2月，洪述祖“蒙大總統特予三等嘉禾章，為各部秘書中之最著特色者”，“誠以洪勞苦功高，獨著勳績，非其他各部秘書所可比擬也”。[126]按《勳章令》規定，大勳章為大總統所佩戴，大勳章以下為嘉禾章，分一至九等，授予“有勳勞於國家者”，或“有功績於學問及事業者”。[127]各部秘書人數眾多，洪述祖是唯一被授予三等嘉禾章者，足見其地位非普通秘書可比。
袁、洪特殊關係的一個重要表現，就是洪述祖一方麵擔任內務部秘書，另一方麵又肩負著替袁世凱秘密監視內務總長趙秉鈞之責任。一般均將趙秉鈞視為袁世凱親信，但據劉厚生講，南北議和期間，袁世凱因為警察首領趙秉鈞未能事先防範而導致他在東安門被炸彈襲擊，加之他懷疑趙秉鈞思想上忠於清室，恐不能按其意旨行事，故而對趙秉鈞並不十分信任，於是就任臨時大總統後另組特務機構，分為若幹小組，洪述祖便是組長之一，負有監視趙秉鈞之使命。[128]在《張謇傳記》中，劉厚生寫道：
世凱做了臨時總統之後，自己另外組織特務機構，化整為零，成為若幹組，每組八人至十人，或五、六人不等，均由自己直接指揮。並命令其中每一個組長，暗中監察趙秉鈞本人及其所管轄各特務之舉動與行為，秘密報告。至於在北京、天津之官吏與軍人，亦在世凱直接指揮特務監察範圍之內。所以主持暗殺宋教仁之指揮者洪述祖，即是世凱部下小組組長之一。[129]
劉厚生又寫道：“據我所知，袁世凱自任總統後，即招募許多特務人才，組織特務小組二十餘個單位，都由世凱自己指揮，其中頗有原在趙秉鈞部下當差的人物。洪述祖或者走別的路子，投到此二十個小組之中，做了一個組長。”[130]此種內幕，雖然僅見於劉厚生之記述，但劉與當時南北政界人物多有接觸，且與洪述祖亦很熟悉，因此不能完全以空穴來風視之。除劉厚生所述外，袁世凱對趙秉鈞產生戒備心理更為重要的原因，當與清末民初政治的劇烈演變息息相關。袁任直隸總督時期，趙是助其辦理警政的得力幹將；武昌起義後，清廷被迫起用袁擔任內閣總理大臣，趙受命擔任民政部首領，彼時的趙秉鈞，毫無疑問也是袁的“心腹人物”。但隨著民國建立，黨派林立，各黨各派的角逐較之清末更加公開激烈，身為臨時大總統的袁世凱，在羽翼未豐之前，需要謹慎應對複雜局麵。趙秉鈞性格圓滑周至，頗能周旋於各方勢力之間，因此，袁世凱很需要他來充當“場麵人物”，但同時袁對他也就不可能再像往日那樣放心。特別是趙秉鈞加入了同盟會（後改組為國民黨）這個對袁獨攬大權構成最大威脅的政黨，[131]這就使袁對其不能不加以戒備，安插洪述祖在內務部監視趙秉鈞，也就不足為怪了。準確把握袁、趙、洪三人的微妙關係，對於判斷各人與宋案可能的牽連程度甚為重要。