1939年初，軍校由銅梁遷至成都市區，原有成都分校，即第3分校併入本校（3月，改設第3分校於江西瑞金）。成都本校在成都分校的基礎上，擴編政治部，增設軍官教育隊，恢復原高等教育班，加設了戰術研究班、校尉官研究班、射擊訓練班、技術訓練班、特務長訓練班等，軍事教育趨於完善。校址的調整：將原成都分校北校場舊址改為校本部，學生總隊則分駐西校場、南校場、皇城及市西郊草堂寺、青羊宮等地。校務委員作了調整：除原有人選外，又增加了唐生智、程潛、白崇禧、鄧錫侯、龍雲、餘漢謀、陳誠、張治中等8人。
軍校自遷成都後，先後進行了一些比較大的行政機構調整和人事調整。將原撤銷的學生總隊分別又在第16、第17、第18等期重新建立。1943年，教育長陳繼承調走，由陸軍大學教育長萬耀煌繼任。1944年春，軍校曾代訓兩期青年遠征軍教導團學生。1945年秋，又撤銷總隊製，軍校為方便管理，按照各總隊地址分為4個督練區，各設督練官1人，負責轉達校部命令及教學事宜。不久，日本戰敗投降，中國抗日戰爭結束，國民黨軍隊裁員。各分校相繼合併裁減，所有在校學生依肄業時間分別結束或轉入各兵科學校，並選送一些優秀者進成都本校，前後達3000餘人。
1946年元旦，軍校由南京時期“中央陸軍軍官學校”改名為“陸軍軍官學校”，確定培養對象是國民黨基層幹部。2月，以第20期學生為各兵科普及教育實驗區，開始試行各兵科的綜合教育。4月中旬，原教育長萬耀煌調往湖北，由關麟徵繼任教育長,關是黃埔一期生，在東征中負傷後仍成都北校場黃埔樓（1994年早春攝影）英勇奮戰，共產黨人主辦的《中國軍人》雜誌曾為此事賦詩稱讚過，關因此傷而很快出名，後青雲直上。在1947年冬以前，軍校校長一直由蔣介石兼任，此後，由關麟徵繼任校長，並恢復總隊製。1949年9月7日，關麟徵調任國民黨陸軍總司令。20日，黃埔一期生張耀明繼任校長。
軍校在成都時期，培訓學生計有第14至第23期，共10期。各期簡況如下：第14期：本期學生於1937年秋、冬分別入校，分3個總隊。第1總隊於1937年秋入校，1938年11月畢業於四川銅梁，計有669人。第2總隊於1937年10月在南京入校，1939年9月畢業於四川銅梁，計有1510人。第1、第2總隊學生累計有畢業生2179人。他們入校於南京，但基本上沒有在南京學習，大多數時間是在戰火中的西遷征途和四川銅梁度過的。這批學子就學於歷史巨變關頭，其經歷與本校第4期相似，特殊的歷練使他們在此後人生道路上所取得的成就，明顯大於前後數期校友。本期學生除畢業於銅梁的兩個總隊外，第3總隊於1937年9月入校，係原成都分校招考的學生。合併後，由本校實訓，1939年1月畢業，計有1520人。本期學生共計有3699人畢業。
在大陸時間最長的成都時期(2)
第15期：本期招考於武昌，於1938年1月1日入校，1940年7月21日畢業，計有1559人。此期間，軍校代訓空軍學生272人，歸入本期畢業。本期畢業生共計1831人。
第16期：本期學生分3個總隊。第1總隊於1938年8月入校，駐成都南較場，於1940年12月畢業，計有1597人。另代訓空軍學生97人，編為第16期步兵第7隊。第1總隊畢業生計有1694人。第2總隊學生在1939年1月入校，受訓於銅梁，為期10個月，於1939年10月畢業，計1629人。第3總隊駐北較場，於1939年春入校，1940年4月畢業，計有1165人。本期共計有畢業生4488人。
第17期：本期學生分為3個總隊。第1總隊於1940年4月15日開學，駐成都西較場，計有1527人，畢業於1942年4月底。第2總隊於1940年5月6日開學，駐銅梁，計1374人，畢業於1941年11月20日。第3總隊於1940年7月13日開學，駐成都北較場，畢業於1942年2月15日，計有畢業生1030人。本期畢業生共計有3931人。
成都北較場武擔山（1989年夏攝影）
第18期：本期學生分為兩個總隊。第1總隊於1941年4月1日入伍，分駐成都西郊草堂寺、青羊宮。1942年，步、工兵大隊遷北較場，特科大隊遷西較場。畢業於1943年2月，計有1215人。第2總隊於1941年11月25日入伍，駐南較場，畢業於1943年10月8日，計有1237人。本期畢業生共計有2452人。
第19期：本期於1941年後由各大城市分區招生，並派人去日偽敵占區招收優秀青年，學生陸續於1942年春來校，5月中旬正式成立本期第2總隊於草堂寺，12月25日開始入伍訓練。1943年3月分科，分為步兵、騎兵、炮兵、工兵、特別班、輜重兵、通信兵7個科。復有本期第1總隊的產生，仍駐草堂寺，隻有步科總隊後又因適應需要編為炮兵兩個隊，計有9個隊，有學生共998人。第2總隊為特科總隊，計有騎兵1個隊，炮兵3個隊，工兵兩個隊，輜重、通信各1個隊，有學生共902人，駐西校場，於同年12月升學。到1945年春反攻日軍前夕，因前線急需幹部，本期學生均提前於4月初將全部課程考試完畢，10月4日舉行畢業典禮，全學期前後在校受訓時間兩年零4個月。本期共計有畢業生1900人。
第20期：本期學生於1944年3月20日在成都南較場入伍，編為10個隊。8月30日分科，分駐西較場、南較場。合編為步兵第1大隊，轄3個中隊。1946年春，廣西南寧第6分校學生合併入本校。一部編入本期為步兵第4中隊。炮兵1個大隊，轄2個中隊。工兵1個大隊，轄2個中隊。通信兵1個大隊，轄3個中隊。其餘騎兵、輜重兵各1個獨立中隊。本期分為步兵、騎兵、炮兵、通信兵、輜重兵、工兵6個科，畢業於1946年12月25日，共計有畢業生1116人。
軍校自遷成都後，先後進行了一些比較大的行政機構調整和人事調整。將原撤銷的學生總隊分別又在第16、第17、第18等期重新建立。1943年，教育長陳繼承調走，由陸軍大學教育長萬耀煌繼任。1944年春，軍校曾代訓兩期青年遠征軍教導團學生。1945年秋，又撤銷總隊製，軍校為方便管理，按照各總隊地址分為4個督練區，各設督練官1人，負責轉達校部命令及教學事宜。不久，日本戰敗投降，中國抗日戰爭結束，國民黨軍隊裁員。各分校相繼合併裁減，所有在校學生依肄業時間分別結束或轉入各兵科學校，並選送一些優秀者進成都本校，前後達3000餘人。
1946年元旦，軍校由南京時期“中央陸軍軍官學校”改名為“陸軍軍官學校”，確定培養對象是國民黨基層幹部。2月，以第20期學生為各兵科普及教育實驗區，開始試行各兵科的綜合教育。4月中旬，原教育長萬耀煌調往湖北，由關麟徵繼任教育長,關是黃埔一期生，在東征中負傷後仍成都北校場黃埔樓（1994年早春攝影）英勇奮戰，共產黨人主辦的《中國軍人》雜誌曾為此事賦詩稱讚過，關因此傷而很快出名，後青雲直上。在1947年冬以前，軍校校長一直由蔣介石兼任，此後，由關麟徵繼任校長，並恢復總隊製。1949年9月7日，關麟徵調任國民黨陸軍總司令。20日，黃埔一期生張耀明繼任校長。
軍校在成都時期，培訓學生計有第14至第23期，共10期。各期簡況如下：第14期：本期學生於1937年秋、冬分別入校，分3個總隊。第1總隊於1937年秋入校，1938年11月畢業於四川銅梁，計有669人。第2總隊於1937年10月在南京入校，1939年9月畢業於四川銅梁，計有1510人。第1、第2總隊學生累計有畢業生2179人。他們入校於南京，但基本上沒有在南京學習，大多數時間是在戰火中的西遷征途和四川銅梁度過的。這批學子就學於歷史巨變關頭，其經歷與本校第4期相似，特殊的歷練使他們在此後人生道路上所取得的成就，明顯大於前後數期校友。本期學生除畢業於銅梁的兩個總隊外，第3總隊於1937年9月入校，係原成都分校招考的學生。合併後，由本校實訓，1939年1月畢業，計有1520人。本期學生共計有3699人畢業。
在大陸時間最長的成都時期(2)
第15期：本期招考於武昌，於1938年1月1日入校，1940年7月21日畢業，計有1559人。此期間，軍校代訓空軍學生272人，歸入本期畢業。本期畢業生共計1831人。
第16期：本期學生分3個總隊。第1總隊於1938年8月入校，駐成都南較場，於1940年12月畢業，計有1597人。另代訓空軍學生97人，編為第16期步兵第7隊。第1總隊畢業生計有1694人。第2總隊學生在1939年1月入校，受訓於銅梁，為期10個月，於1939年10月畢業，計1629人。第3總隊駐北較場，於1939年春入校，1940年4月畢業，計有1165人。本期共計有畢業生4488人。
第17期：本期學生分為3個總隊。第1總隊於1940年4月15日開學，駐成都西較場，計有1527人，畢業於1942年4月底。第2總隊於1940年5月6日開學，駐銅梁，計1374人，畢業於1941年11月20日。第3總隊於1940年7月13日開學，駐成都北較場，畢業於1942年2月15日，計有畢業生1030人。本期畢業生共計有3931人。
成都北較場武擔山（1989年夏攝影）
第18期：本期學生分為兩個總隊。第1總隊於1941年4月1日入伍，分駐成都西郊草堂寺、青羊宮。1942年，步、工兵大隊遷北較場，特科大隊遷西較場。畢業於1943年2月，計有1215人。第2總隊於1941年11月25日入伍，駐南較場，畢業於1943年10月8日，計有1237人。本期畢業生共計有2452人。
第19期：本期於1941年後由各大城市分區招生，並派人去日偽敵占區招收優秀青年，學生陸續於1942年春來校，5月中旬正式成立本期第2總隊於草堂寺，12月25日開始入伍訓練。1943年3月分科，分為步兵、騎兵、炮兵、工兵、特別班、輜重兵、通信兵7個科。復有本期第1總隊的產生，仍駐草堂寺，隻有步科總隊後又因適應需要編為炮兵兩個隊，計有9個隊，有學生共998人。第2總隊為特科總隊，計有騎兵1個隊，炮兵3個隊，工兵兩個隊，輜重、通信各1個隊，有學生共902人，駐西校場，於同年12月升學。到1945年春反攻日軍前夕，因前線急需幹部，本期學生均提前於4月初將全部課程考試完畢，10月4日舉行畢業典禮，全學期前後在校受訓時間兩年零4個月。本期共計有畢業生1900人。
第20期：本期學生於1944年3月20日在成都南較場入伍，編為10個隊。8月30日分科，分駐西較場、南較場。合編為步兵第1大隊，轄3個中隊。1946年春，廣西南寧第6分校學生合併入本校。一部編入本期為步兵第4中隊。炮兵1個大隊，轄2個中隊。工兵1個大隊，轄2個中隊。通信兵1個大隊，轄3個中隊。其餘騎兵、輜重兵各1個獨立中隊。本期分為步兵、騎兵、炮兵、通信兵、輜重兵、工兵6個科，畢業於1946年12月25日，共計有畢業生1116人。