入關以後，鰲拜主要的任務是追擊農民軍。
順治元年（1644）十月，鰲拜隨靖遠大將軍英親王阿濟格取道陝北，進攻已經退守西安的李自成農民軍，率軍由內蒙入陝北，攻陷四城，降三十八城，隨即揮師南下。後來多鐸率軍攻進潼關，直*西安。李自成被迫放棄西安，退往湖廣。阿濟格奉旨率軍剿除“流寇餘孽”，鰲拜等遂分翼出師，水陸並進，於河南鄧州和湖北承天、德安、武昌等地前後十三戰，重創大順軍。
順治二年（1645）六月，李自成於湖北九宮山遇害，大順軍瓦解。清軍前後共陷河南、湖廣、江西、南京等地六十三城。
打垮李自成，清軍開始對付大西軍。
順治三年（1646）正月，鰲拜隨肅親王豪格等率軍進攻張獻忠大西農民軍。清軍得知張獻忠率軍已退到西充一帶，鰲拜再次充當先鋒，率領先頭部隊前往狙擊。兩軍相遇，鰲拜等人又是身先士卒，往前猛衝。狹路相逢勇者勝，昔日威風一時的大西軍抵擋不住而潰敗，張獻忠也於此役中被殺。清軍擊破大西軍營壘130餘處，斬首數萬級，獲馬騾牲畜12200餘匹。打敗大西軍主力之後，鰲拜等又繼續深入，基本上肅清了四川一帶的農民軍。大西軍餘部在孫可望、李定國率領下退往雲貴地區繼續抗清。
豪格在四川發布的安民告示：擊破大西軍，鰲拜實居首功。
由上可見，鰲拜早年無論是在關外與明軍的反覆交鋒中，還是在入關定鼎中原後鞏固統治的大小戰鬥中，出生入死，轉戰南北，都立下了汗馬功勞，是當之無愧的清初開國功臣。
忠臣：與多爾袞的對抗-鰲拜不僅是戰場上的一員驍將，也是皇太極忠心耿耿的心腹。崇德八年（1643）八月初九皇太極逝世，滿洲親貴在帝位繼承上出現矛盾。皇太極長子肅親王豪格與皇太極之弟多爾袞爭立。皇太極生前統領的正黃旗與鑲黃旗擁立豪格，而多爾袞自領的正白旗與鑲白旗則擁立多爾袞。雙方爭持不下，形勢極其嚴峻。
鑲黃旗護軍統領鰲拜手握重兵，成為這場皇位之爭中的核心人物之一。他與兩黃旗的其他大臣索尼、譚泰等八人會集於豪格府邸，“共立盟誓，願死生一處”，密謀擁立肅親王為帝。鑑於當時緊張的局麵，鰲拜等嚴加戒備，密令兵丁守衛門禁，以防不測。
八月十四日，代善於崇政殿召集會議討論繼承人選。鰲拜於當天清晨與兩黃旗大臣盟誓於大清門，堅決擁立先帝（皇太極）之子，並命兩旗精銳護軍全副武裝環衛崇政殿，作好了不惜兵戎相見的準備。當會議之中爭論不休時，鰲拜與效忠於皇太極的一批將領紛紛離座，按劍而前，齊聲說道：“我們這些臣子，吃的是先帝的飯，穿的是先帝的衣，先帝對我們的養育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我們寧可從死先帝於地下！”實際上是以武力威脅多爾袞不得覬覦帝位。
在這種形勢下，多爾袞不得不作出讓步，提出擁立皇太極第九子、6歲的福臨繼位，由自己和鄭親王濟爾哈朗一同輔政。這一折衷方案最終為雙方所接受。福臨即位，改明年為順治元年。當時正值李自成起義軍一路進*北京、即將推翻明王朝之時，滿族統治者內部在帝位繼承問題上互相妥協，有利於避免禍起蕭牆的悲劇，也有利於清軍適時入關，建立起對全國的統治。鰲拜是黃旗的重要代表，當初擁戴豪格，繼而擁戴福臨，在穩定清朝內部的繼承秩序方麵起到了非常重大的作用。
多爾袞權勢欲極強，也非常有才幹。他攝政之後，黨同伐異，擅權自重。他首先打擊的就是他的爭位對手豪格及其擁護者。鰲拜本是豪格的堅定擁護者，又不阿附多爾袞，遭到殘酷打擊自是情理之中。在多爾袞攝政期間，鰲拜受到的大迫害主要有三次。
第一次發生在順治初年：順治元年，鰲拜隨英親王阿濟格征討退守陝西的李自成大順軍，立有大功。
順治二年八月，阿濟格因為沒有及時奉旨班師，而且謊報戰功，受到處罰。阿濟格是順治帝的叔父，為人粗暴，藐視小皇帝，私下呼為“孺子”。清廷諭令正黃旗固山額真譚泰會同護軍統領鰲拜召集部眾，將阿濟格“稱上為孺子”之語傳示曉諭。譚泰顧及英親王情麵，沒有照辦。鰲拜也因聽從了譚泰之言未奉行諭旨，結果不僅征討李自成的軍功不準議敘，還被罰銀100兩。後來譚泰又與索尼相仇，互相攻擊，鰲拜因庇護索尼再次獲罪，幾被革職。
第二次發生在順治五年（1648）。當年二月，征討張獻忠大西軍的豪格大軍凱旋迴京。參領希爾良因冒功邀賞一事遭到處罰，鰲拜也以勘察不實而被議處“應革職，罰銀一百兩”。三月，貝子屯齊告發鄭親王濟爾哈朗當年擁立肅親王豪格、後又包庇豪格的種種罪狀。鰲拜諸人謀立肅親王之事也被同時告發。多爾袞藉此事興起大獄，嚴訊諸人。最後，鰲拜以欲立豪格、與諸人盟誓等罪名論死，得旨“罰鍰（huán）自贖”。四月，侍衛廓步梭又告發鰲拜在皇太極死時“擅發兵丁守門”，再次論死，改革職為民，得旨免革職。鰲拜雖以大功凱旋，在短短數月間卻被論死兩次，可見其所受打擊之嚴酷、境遇之窘迫。
鰲拜所受的第三次打擊是在順治七年（1650）。這年七月，多爾袞生病，暗示貝子錫翰，想請順治帝親臨探視自己，錫翰遂秉承其意“請駕臨幸”，多爾袞卻又以“違令瀆請”罪之，並追究鰲拜包庇之罪，論死，後改免死罰贖、降爵。是年十一月，多爾袞死，順治親政。總之，在多爾袞攝政期間，鰲拜有功而無賞、無罪而受罰，三次論死，備受打壓。
順治元年（1644）十月，鰲拜隨靖遠大將軍英親王阿濟格取道陝北，進攻已經退守西安的李自成農民軍，率軍由內蒙入陝北，攻陷四城，降三十八城，隨即揮師南下。後來多鐸率軍攻進潼關，直*西安。李自成被迫放棄西安，退往湖廣。阿濟格奉旨率軍剿除“流寇餘孽”，鰲拜等遂分翼出師，水陸並進，於河南鄧州和湖北承天、德安、武昌等地前後十三戰，重創大順軍。
順治二年（1645）六月，李自成於湖北九宮山遇害，大順軍瓦解。清軍前後共陷河南、湖廣、江西、南京等地六十三城。
打垮李自成，清軍開始對付大西軍。
順治三年（1646）正月，鰲拜隨肅親王豪格等率軍進攻張獻忠大西農民軍。清軍得知張獻忠率軍已退到西充一帶，鰲拜再次充當先鋒，率領先頭部隊前往狙擊。兩軍相遇，鰲拜等人又是身先士卒，往前猛衝。狹路相逢勇者勝，昔日威風一時的大西軍抵擋不住而潰敗，張獻忠也於此役中被殺。清軍擊破大西軍營壘130餘處，斬首數萬級，獲馬騾牲畜12200餘匹。打敗大西軍主力之後，鰲拜等又繼續深入，基本上肅清了四川一帶的農民軍。大西軍餘部在孫可望、李定國率領下退往雲貴地區繼續抗清。
豪格在四川發布的安民告示：擊破大西軍，鰲拜實居首功。
由上可見，鰲拜早年無論是在關外與明軍的反覆交鋒中，還是在入關定鼎中原後鞏固統治的大小戰鬥中，出生入死，轉戰南北，都立下了汗馬功勞，是當之無愧的清初開國功臣。
忠臣：與多爾袞的對抗-鰲拜不僅是戰場上的一員驍將，也是皇太極忠心耿耿的心腹。崇德八年（1643）八月初九皇太極逝世，滿洲親貴在帝位繼承上出現矛盾。皇太極長子肅親王豪格與皇太極之弟多爾袞爭立。皇太極生前統領的正黃旗與鑲黃旗擁立豪格，而多爾袞自領的正白旗與鑲白旗則擁立多爾袞。雙方爭持不下，形勢極其嚴峻。
鑲黃旗護軍統領鰲拜手握重兵，成為這場皇位之爭中的核心人物之一。他與兩黃旗的其他大臣索尼、譚泰等八人會集於豪格府邸，“共立盟誓，願死生一處”，密謀擁立肅親王為帝。鑑於當時緊張的局麵，鰲拜等嚴加戒備，密令兵丁守衛門禁，以防不測。
八月十四日，代善於崇政殿召集會議討論繼承人選。鰲拜於當天清晨與兩黃旗大臣盟誓於大清門，堅決擁立先帝（皇太極）之子，並命兩旗精銳護軍全副武裝環衛崇政殿，作好了不惜兵戎相見的準備。當會議之中爭論不休時，鰲拜與效忠於皇太極的一批將領紛紛離座，按劍而前，齊聲說道：“我們這些臣子，吃的是先帝的飯，穿的是先帝的衣，先帝對我們的養育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我們寧可從死先帝於地下！”實際上是以武力威脅多爾袞不得覬覦帝位。
在這種形勢下，多爾袞不得不作出讓步，提出擁立皇太極第九子、6歲的福臨繼位，由自己和鄭親王濟爾哈朗一同輔政。這一折衷方案最終為雙方所接受。福臨即位，改明年為順治元年。當時正值李自成起義軍一路進*北京、即將推翻明王朝之時，滿族統治者內部在帝位繼承問題上互相妥協，有利於避免禍起蕭牆的悲劇，也有利於清軍適時入關，建立起對全國的統治。鰲拜是黃旗的重要代表，當初擁戴豪格，繼而擁戴福臨，在穩定清朝內部的繼承秩序方麵起到了非常重大的作用。
多爾袞權勢欲極強，也非常有才幹。他攝政之後，黨同伐異，擅權自重。他首先打擊的就是他的爭位對手豪格及其擁護者。鰲拜本是豪格的堅定擁護者，又不阿附多爾袞，遭到殘酷打擊自是情理之中。在多爾袞攝政期間，鰲拜受到的大迫害主要有三次。
第一次發生在順治初年：順治元年，鰲拜隨英親王阿濟格征討退守陝西的李自成大順軍，立有大功。
順治二年八月，阿濟格因為沒有及時奉旨班師，而且謊報戰功，受到處罰。阿濟格是順治帝的叔父，為人粗暴，藐視小皇帝，私下呼為“孺子”。清廷諭令正黃旗固山額真譚泰會同護軍統領鰲拜召集部眾，將阿濟格“稱上為孺子”之語傳示曉諭。譚泰顧及英親王情麵，沒有照辦。鰲拜也因聽從了譚泰之言未奉行諭旨，結果不僅征討李自成的軍功不準議敘，還被罰銀100兩。後來譚泰又與索尼相仇，互相攻擊，鰲拜因庇護索尼再次獲罪，幾被革職。
第二次發生在順治五年（1648）。當年二月，征討張獻忠大西軍的豪格大軍凱旋迴京。參領希爾良因冒功邀賞一事遭到處罰，鰲拜也以勘察不實而被議處“應革職，罰銀一百兩”。三月，貝子屯齊告發鄭親王濟爾哈朗當年擁立肅親王豪格、後又包庇豪格的種種罪狀。鰲拜諸人謀立肅親王之事也被同時告發。多爾袞藉此事興起大獄，嚴訊諸人。最後，鰲拜以欲立豪格、與諸人盟誓等罪名論死，得旨“罰鍰（huán）自贖”。四月，侍衛廓步梭又告發鰲拜在皇太極死時“擅發兵丁守門”，再次論死，改革職為民，得旨免革職。鰲拜雖以大功凱旋，在短短數月間卻被論死兩次，可見其所受打擊之嚴酷、境遇之窘迫。
鰲拜所受的第三次打擊是在順治七年（1650）。這年七月，多爾袞生病，暗示貝子錫翰，想請順治帝親臨探視自己，錫翰遂秉承其意“請駕臨幸”，多爾袞卻又以“違令瀆請”罪之，並追究鰲拜包庇之罪，論死，後改免死罰贖、降爵。是年十一月，多爾袞死，順治親政。總之，在多爾袞攝政期間，鰲拜有功而無賞、無罪而受罰，三次論死，備受打壓。