因為知道榆園軍曾經成功地大掠鎮江，南京，銅陵，收穫頗豐，所以鄭成功有些輕敵了。
清順治十五年，南明永曆進封鄭成功為延平郡王、招討大將軍，並令其進軍江南。鄭成功積極準備，到同年五月已練就水兵五萬、練兵5萬、步兵五萬、預備隊1萬，以及1萬頭戴鐵麵、身穿鐵臂裙，刀槍不入，專破滿清八旗騎兵的“鐵人”軍。於是，他率部乘戰船千艘，開始了以南京為進攻目標的第3次北伐。
七月初，鄭成功與南明兵部侍郎張煌言在舟山會師。原擬溯長江直取南京，但八月初在羊山海麵（今上海金山縣東部海麵）遭颶風襲擊，毀戰船40餘艘，損兵8000餘人，被迫撤往舟山和浙東地區進行休整，以侍戰機。
朱慈悲攻取南京之後，馬國柱深知，自己一萬多人守南京，被一千多人破城，擄掠全身而退；全軍上下竟然沒有抓到一個俘虜，沒有斬獲一具屍首一個頭顱，這樣恥辱的大敗一定得不到順治的原諒，所以請罪帶枷，也有史料說當時馬國柱不在南京城內，總之是馬國柱的兩江總督不幹了，換了個人。
新任兩江總督朗延佐也是一個棘手角色，得知鄭成功進軍的消息，急忙在崇明島、瓜洲、鎮江等處加強防務，在鎮江的金山和焦山之間的江中橫鐵練，稱渡江龍，在水山築柵，置兵設炮，成“木浮營”，企圖阻止鄭軍沿江西進。
次年五月，鄭成功探知清軍主力已向西南地區開進，為策應南明軍大西軍與清軍的作戰，鄭成功率大軍從舟山出發，繞過崇明島，溯江而上。沿途襲取清軍炮台若幹，派善泅水者數十人，乘夜斬斷清軍設在金山與焦山的“滾地龍”，另遣巨艦17艘，火燒“木浮營”，橫掃清江上的障礙。然後取瓜洲，切斷清軍的南北糧道。
又在鎮江與清江寧提督官效忠所率援軍展開激戰，一舉大敗清軍，攻克鎮江。在鎮江，否決了待機進取的意見，決定盡快攻克南京。
七月上旬，鄭成功率大軍乘船在南京儀鳳門附近登陸，然後分別在城西北的的儀鳳門、獅子山，城西的漢西門（今漢中門）、城西南的水西門，城北的神策門（今和平們）、嶽廟山紮營，水師泊於下關和幕府山北側江邊，共連營83座，將南京重重包圍。
與此同時，受鄭成功派遣，張煌言所率一路軍已溯江而上，攻克蕪湖，繼又連下池洲（今安徽貴池）、徽洲、太平，寧國等4府3洲24縣，基本控製了長江上遊的門戶。
這時，南京城內清軍隻有清兩江總督郎延佐上疏朝廷求救，一麵聽從部下的緩兵之計，派遣特使以卑辭向鄭成功求情。聲稱清朝有法，首城過30日者，城失罪不及妻孥。乞求鄭成功寬限開門投降日期。
鄭成功輕信了清軍之言，拒絕部將的勸諫，令各部人馬按兵不動，隻等清軍到時投降。鄭軍上下聞訊，以為南京指日可待，逐漸鬆懈了戰備和鬥誌。清軍乘機調入各洲府的兵馬，從南京東南門入城，使清軍在城內的實力大為加強。
七月二十日夜，梁化鳳乘鄭軍防備鬆懈，以鄭軍一降兵為嚮導，率500騎出神策門，突襲鄭軍獅子山營寨。鄭軍官兵尚不及披甲，清軍已衝殺至前。鄭軍無力抵抗，四下潰逃。
梁化鳳乘勝追擊，連破兩座營寨，俘虜鄭軍統領餘新，殺副將二人。待鄭軍主力聞警趕到，梁化鳳已撤回城內。當晚，鄭成功調集一部兵力移營神策門外白土山下，以主力在白土山中設伏待敵，將大本營移到幕府山，準備在此迎接出城清軍。
次日清晨，梁化鳳率精銳騎兵，乘鄭軍倉促之時，突然向神策門鄭軍發起攻擊。鄭軍奮力迎戰，終因猝不及防而敗去，部將陳鵬、萬淥問訊率部馳援，被山上突弛而下的梁化鳳部騎兵所擊潰。
（梁化鳳，字翀天，陝西長安縣人。順治三年武進士。四年，授山西高山衛守備。五年，從英親王阿濟格討叛將薑瓖，克陽和城，擒瓖將郭二用。擢大同掌印都司。
梁化鳳時大同、左衛、渾源、太原、汾、澤群盜競起應瓖。六年，化鳳攻大同，破北窯溝，寇據山巔，懸柴以火燔之，獲其渠李義、張豹。攻渾源，徇韓村、玉合堡、張家堡，破賈莊，獲其渠王平；乃克渾源，又獲其渠方三、唐虎誅之。
攻左衛，降雲岡、高山二堡，遂合圍。化鳳中三矢，戰愈力，寇以城降。敘功，超加都督僉事，以副將推用。進攻太原，寇出戰，化鳳左臂中槍，矢集於髀，益奮鬥，執所置巡撫薑建勛，乃克太原。進解平陽圍，攻汾州，敗其渠沈海。攻孝義，寇渠張爾德來援，與戰大破之，乃克汾州，獲爾德。海復以兵至，再戰擊敗之，走潞安。迭下曹家堡、記古寨、善信堡。介休、平遙、祁、徐溝諸縣悉降。
進攻太穀，克之，獲其渠蘇升，乃克潞安，海走九仙台。拔長子，進攻九仙台，山峻，騎不得上；以火攻之，寇不支，海出降。進定澤州。是歲凡二十二戰皆捷。七年，復殲餘寇於牛鼻寨，獲其渠袁忠。山西悉定。
順治八年，借補江南蕪永營參將。討平石皿、鷺鷥二湖盜，獲其渠楊萬科。十二年，擢浙江寧波副將。明將張名振屯崇明平洋沙，總督馬國柱檄化鳳署蘇鬆總兵。名振攻高橋，化鳳馳赴戰，迭擊敗之，遂復平洋沙。十三年，革除蘇鬆總兵。化鳳以平洋沙懸隔海中，戍守不及。沿海築壩十餘裏使內屬，並引水灌田，俾海濱斥鹵化為膏腴。
清順治十五年，南明永曆進封鄭成功為延平郡王、招討大將軍，並令其進軍江南。鄭成功積極準備，到同年五月已練就水兵五萬、練兵5萬、步兵五萬、預備隊1萬，以及1萬頭戴鐵麵、身穿鐵臂裙，刀槍不入，專破滿清八旗騎兵的“鐵人”軍。於是，他率部乘戰船千艘，開始了以南京為進攻目標的第3次北伐。
七月初，鄭成功與南明兵部侍郎張煌言在舟山會師。原擬溯長江直取南京，但八月初在羊山海麵（今上海金山縣東部海麵）遭颶風襲擊，毀戰船40餘艘，損兵8000餘人，被迫撤往舟山和浙東地區進行休整，以侍戰機。
朱慈悲攻取南京之後，馬國柱深知，自己一萬多人守南京，被一千多人破城，擄掠全身而退；全軍上下竟然沒有抓到一個俘虜，沒有斬獲一具屍首一個頭顱，這樣恥辱的大敗一定得不到順治的原諒，所以請罪帶枷，也有史料說當時馬國柱不在南京城內，總之是馬國柱的兩江總督不幹了，換了個人。
新任兩江總督朗延佐也是一個棘手角色，得知鄭成功進軍的消息，急忙在崇明島、瓜洲、鎮江等處加強防務，在鎮江的金山和焦山之間的江中橫鐵練，稱渡江龍，在水山築柵，置兵設炮，成“木浮營”，企圖阻止鄭軍沿江西進。
次年五月，鄭成功探知清軍主力已向西南地區開進，為策應南明軍大西軍與清軍的作戰，鄭成功率大軍從舟山出發，繞過崇明島，溯江而上。沿途襲取清軍炮台若幹，派善泅水者數十人，乘夜斬斷清軍設在金山與焦山的“滾地龍”，另遣巨艦17艘，火燒“木浮營”，橫掃清江上的障礙。然後取瓜洲，切斷清軍的南北糧道。
又在鎮江與清江寧提督官效忠所率援軍展開激戰，一舉大敗清軍，攻克鎮江。在鎮江，否決了待機進取的意見，決定盡快攻克南京。
七月上旬，鄭成功率大軍乘船在南京儀鳳門附近登陸，然後分別在城西北的的儀鳳門、獅子山，城西的漢西門（今漢中門）、城西南的水西門，城北的神策門（今和平們）、嶽廟山紮營，水師泊於下關和幕府山北側江邊，共連營83座，將南京重重包圍。
與此同時，受鄭成功派遣，張煌言所率一路軍已溯江而上，攻克蕪湖，繼又連下池洲（今安徽貴池）、徽洲、太平，寧國等4府3洲24縣，基本控製了長江上遊的門戶。
這時，南京城內清軍隻有清兩江總督郎延佐上疏朝廷求救，一麵聽從部下的緩兵之計，派遣特使以卑辭向鄭成功求情。聲稱清朝有法，首城過30日者，城失罪不及妻孥。乞求鄭成功寬限開門投降日期。
鄭成功輕信了清軍之言，拒絕部將的勸諫，令各部人馬按兵不動，隻等清軍到時投降。鄭軍上下聞訊，以為南京指日可待，逐漸鬆懈了戰備和鬥誌。清軍乘機調入各洲府的兵馬，從南京東南門入城，使清軍在城內的實力大為加強。
七月二十日夜，梁化鳳乘鄭軍防備鬆懈，以鄭軍一降兵為嚮導，率500騎出神策門，突襲鄭軍獅子山營寨。鄭軍官兵尚不及披甲，清軍已衝殺至前。鄭軍無力抵抗，四下潰逃。
梁化鳳乘勝追擊，連破兩座營寨，俘虜鄭軍統領餘新，殺副將二人。待鄭軍主力聞警趕到，梁化鳳已撤回城內。當晚，鄭成功調集一部兵力移營神策門外白土山下，以主力在白土山中設伏待敵，將大本營移到幕府山，準備在此迎接出城清軍。
次日清晨，梁化鳳率精銳騎兵，乘鄭軍倉促之時，突然向神策門鄭軍發起攻擊。鄭軍奮力迎戰，終因猝不及防而敗去，部將陳鵬、萬淥問訊率部馳援，被山上突弛而下的梁化鳳部騎兵所擊潰。
（梁化鳳，字翀天，陝西長安縣人。順治三年武進士。四年，授山西高山衛守備。五年，從英親王阿濟格討叛將薑瓖，克陽和城，擒瓖將郭二用。擢大同掌印都司。
梁化鳳時大同、左衛、渾源、太原、汾、澤群盜競起應瓖。六年，化鳳攻大同，破北窯溝，寇據山巔，懸柴以火燔之，獲其渠李義、張豹。攻渾源，徇韓村、玉合堡、張家堡，破賈莊，獲其渠王平；乃克渾源，又獲其渠方三、唐虎誅之。
攻左衛，降雲岡、高山二堡，遂合圍。化鳳中三矢，戰愈力，寇以城降。敘功，超加都督僉事，以副將推用。進攻太原，寇出戰，化鳳左臂中槍，矢集於髀，益奮鬥，執所置巡撫薑建勛，乃克太原。進解平陽圍，攻汾州，敗其渠沈海。攻孝義，寇渠張爾德來援，與戰大破之，乃克汾州，獲爾德。海復以兵至，再戰擊敗之，走潞安。迭下曹家堡、記古寨、善信堡。介休、平遙、祁、徐溝諸縣悉降。
進攻太穀，克之，獲其渠蘇升，乃克潞安，海走九仙台。拔長子，進攻九仙台，山峻，騎不得上；以火攻之，寇不支，海出降。進定澤州。是歲凡二十二戰皆捷。七年，復殲餘寇於牛鼻寨，獲其渠袁忠。山西悉定。
順治八年，借補江南蕪永營參將。討平石皿、鷺鷥二湖盜，獲其渠楊萬科。十二年，擢浙江寧波副將。明將張名振屯崇明平洋沙，總督馬國柱檄化鳳署蘇鬆總兵。名振攻高橋，化鳳馳赴戰，迭擊敗之，遂復平洋沙。十三年，革除蘇鬆總兵。化鳳以平洋沙懸隔海中，戍守不及。沿海築壩十餘裏使內屬，並引水灌田，俾海濱斥鹵化為膏腴。