在施琅攻台時（一六八三年），鄭克塽將其祖父鄭成功開山（金台山）立堂（明遠堂）有關洪門天地會中的文件、名冊、印信等裝入鐵箱密封，沉入海底。
三合會會簿據說到了一八四八年（清道光二十八年）事隔一百六十六年後（太平天國前期），在福建有洪門弟兄郭永泰從漁人手上獲得，所以定名為“海底”。以後之三合會會簿，由此演變出來。
遺址及歷史考證在二十世紀即將結束之際，江西省史學專家陳江歷經數年努力，通過對諸本《會簿》的對勘校釋與野外遺址遺蹟的實地考證，以大量令人信服的文獻、文物史證首次澄清洪門起源史謎，進而在武夷山西麓毗鄰福建的江西省南城縣洪門鎮明益王藩府墓群遺址找到了天下“洪門”之根，“洪學”之源。
‘洪門誌’雲：“鄭成功據守台灣，推進漢留組織，開山立堂，定名為金台山，明倫堂；並遣蔡德忠、方大洪、胡德帝、馬超興、李式開等，向中原發展。”。“金台山”明倫堂是第一山堂，其根本交結條是：會合賢能鄭成功，文武全才興漢留，據守台灣稱將領，部眾勇武抗清兵，天下英雄風雲會，金台山堂首創立，軍中誓盟結仁義，同心協力把漢留。
重大影響*太平天國洪秀全在廣西金田村舉兵稱太平軍，成立太平天國，得力於廣東三合會。三合會是洪門組織之一。
*孫中山孫中山的革命事業，在檀香山時，由三合會首領介紹入會，並開立山堂，改組致公堂，創立興中會，山名大陸山。孫中山的“孫文學說”上說：“…迨至康熙之世，清勢已盛，而明朝之忠烈亦死亡殆盡，二、三遺老見大勢已去，無可挽回，乃欲以民族主義之根苗流傳後代，故以反清復明之宗旨結為團體，以待後有起者可藉為資也。此乃洪門創設之本意也。”
*二戰後，三合會在香港演變成黑社會組織。
其他影響*台灣清領時間有朱一貴在康熙六十年（1721）起義，七日即占領全台灣，就是借洪門的力量。
*幹隆（1711-1799）時福建莆田、福清之天地會（一說成立於幹隆26年）領袖萬提喜（起）（雲龍和尚）（洪二和尚）（萬雲龍）事件。
*台灣，福建天地會之林爽文（1786）、戴潮春（1862）等的武裝反清事件。
*1855年，兩廣大成國李文茂事件。
*在滿清刻意的打壓下，台灣民間對天地會仍然持續暗地崇拜而傳承下來。今日在鹿港就建有福靈宮專為洪門天地會林爽文反清起義事件所設立，其主神位是林爽文的平海大將軍“王勛”。
*另外在台中縣沙鹿“福興宮”，也是崇拜在林爽文事件中，以標榜“反清獨台”天地會九龍山的王勛。並作為主神來祭祀。
洪門常用對聯以下是洪門常用對聯：犯我洪門罪責當誅斟酌合謀大事真心共結同盟入洪門非親非故到此地不義不來非親有義須當敬是友無情切莫交有頭有尾真君子存忠存孝大丈夫立誓拜玄黃天地結盟為丹赤江山男兒共聚隻憑一膽丈夫同盟豈容貳心有一點忠心方可結拜無半絲義氣何必聯盟天地開闢以來兄弟永合風雲會合之際忠義常存洪氣一點通達五湖四海宗發萬枝到處三合橫通教孝說忠，仁心感通天地稱兄道弟，義氣匯聚幹坤祖宗話頭參是非，惟尊兄弟惟尊義忠義堂前無大小，不欺富貴不欺貧在台灣鹿港福靈宮之正門上有二幅對聯如下：福庇群黎漢幟高飄天地會靈昭蓋世清廷驚震帝王心福國衛民滴血盟心光漢族靈威浩氣揮刀矢誌復神州會黨與社團清朝幹隆時，洪門已經瓦解了。復明無望，反清情緒多已平復了，加上幹隆重用漢人，剛柔並濟，大規模反清組織已經不存在了。代之而起的便是地方性的社團吧。如有宗教意味的白蓮教及自補互助性質如天地會等。很多時都被反政府的大型組織所利用。為了自身的利益，多以收取保護費，經營賭場、妓院、煙館等業務為主要收入。低層會員則以偷搶拐騙為生。上層則會依賴權貴，維持自身地位。
辛亥革命之始，革命黨人說三合會是以“反清復明”而成立的，是基於政治上的需要。他們需要爭取國內的會黨及海外的華僑支持，所以可以合作的會黨，皆視為洪門組織。由於當時的會黨是現成的有勢力組織，加上海外的經濟支援。同盟會提出“革命排滿”來作號召。
天地會（1761年）
清初，收復台灣初期。福建沿海地區，人民生活困難，於是民眾自發地組成自助會社天地會。至幹隆二十六年（1761年），由福建漳州人洪二和尚萬提喜（雲龍和尚）帶領。及後演變成反地方政府組織，加入反清情緒。天地會之會簿加入改編自洪門之歷史，成為人民反政府之口實。
入會時以母指為天，以小指為地，或左手伸三指按住胸膛。
加入天地會，遇婚姻喪葬，可以資助錢財：與人打架，可以相幫出力；若遇搶劫，一聞暗號，便不相犯；輾轉傳會，可以得到錢財。
白蓮教（1795年－1804年）
白蓮教始見於南宋。
清朝中期，自稱為白蓮教教徒在四川、陝西和湖北一帶實行以武裝反抗地方政府，故稱川楚教亂。
廣東三合會（1840年後）
天地會於幹隆後被列為反清組織，明令禁止，違令者死。所以流傳至廣東時，為避滿人之猜忌，改名為三點會，即是將洪字的水部，取名三點會，號曰“三點”，但覺得無法將洪門之意表達出來，所以改為“三合會”。以後洪門進入湖南，再演變成為湘軍之“哥老會”，再分出成“潘門”又稱“潘家”、“慶幫”。天地會流傳極廣故其他尚有名稱如“清水會”、“匕首會”、“雙刀會”、“小刀會”、“紅旗會”、“劍仔會”、“八卦會”、“添弟會”、“致公堂”、“紅幫”、“胞哥”等名稱。
三合會會簿據說到了一八四八年（清道光二十八年）事隔一百六十六年後（太平天國前期），在福建有洪門弟兄郭永泰從漁人手上獲得，所以定名為“海底”。以後之三合會會簿，由此演變出來。
遺址及歷史考證在二十世紀即將結束之際，江西省史學專家陳江歷經數年努力，通過對諸本《會簿》的對勘校釋與野外遺址遺蹟的實地考證，以大量令人信服的文獻、文物史證首次澄清洪門起源史謎，進而在武夷山西麓毗鄰福建的江西省南城縣洪門鎮明益王藩府墓群遺址找到了天下“洪門”之根，“洪學”之源。
‘洪門誌’雲：“鄭成功據守台灣，推進漢留組織，開山立堂，定名為金台山，明倫堂；並遣蔡德忠、方大洪、胡德帝、馬超興、李式開等，向中原發展。”。“金台山”明倫堂是第一山堂，其根本交結條是：會合賢能鄭成功，文武全才興漢留，據守台灣稱將領，部眾勇武抗清兵，天下英雄風雲會，金台山堂首創立，軍中誓盟結仁義，同心協力把漢留。
重大影響*太平天國洪秀全在廣西金田村舉兵稱太平軍，成立太平天國，得力於廣東三合會。三合會是洪門組織之一。
*孫中山孫中山的革命事業，在檀香山時，由三合會首領介紹入會，並開立山堂，改組致公堂，創立興中會，山名大陸山。孫中山的“孫文學說”上說：“…迨至康熙之世，清勢已盛，而明朝之忠烈亦死亡殆盡，二、三遺老見大勢已去，無可挽回，乃欲以民族主義之根苗流傳後代，故以反清復明之宗旨結為團體，以待後有起者可藉為資也。此乃洪門創設之本意也。”
*二戰後，三合會在香港演變成黑社會組織。
其他影響*台灣清領時間有朱一貴在康熙六十年（1721）起義，七日即占領全台灣，就是借洪門的力量。
*幹隆（1711-1799）時福建莆田、福清之天地會（一說成立於幹隆26年）領袖萬提喜（起）（雲龍和尚）（洪二和尚）（萬雲龍）事件。
*台灣，福建天地會之林爽文（1786）、戴潮春（1862）等的武裝反清事件。
*1855年，兩廣大成國李文茂事件。
*在滿清刻意的打壓下，台灣民間對天地會仍然持續暗地崇拜而傳承下來。今日在鹿港就建有福靈宮專為洪門天地會林爽文反清起義事件所設立，其主神位是林爽文的平海大將軍“王勛”。
*另外在台中縣沙鹿“福興宮”，也是崇拜在林爽文事件中，以標榜“反清獨台”天地會九龍山的王勛。並作為主神來祭祀。
洪門常用對聯以下是洪門常用對聯：犯我洪門罪責當誅斟酌合謀大事真心共結同盟入洪門非親非故到此地不義不來非親有義須當敬是友無情切莫交有頭有尾真君子存忠存孝大丈夫立誓拜玄黃天地結盟為丹赤江山男兒共聚隻憑一膽丈夫同盟豈容貳心有一點忠心方可結拜無半絲義氣何必聯盟天地開闢以來兄弟永合風雲會合之際忠義常存洪氣一點通達五湖四海宗發萬枝到處三合橫通教孝說忠，仁心感通天地稱兄道弟，義氣匯聚幹坤祖宗話頭參是非，惟尊兄弟惟尊義忠義堂前無大小，不欺富貴不欺貧在台灣鹿港福靈宮之正門上有二幅對聯如下：福庇群黎漢幟高飄天地會靈昭蓋世清廷驚震帝王心福國衛民滴血盟心光漢族靈威浩氣揮刀矢誌復神州會黨與社團清朝幹隆時，洪門已經瓦解了。復明無望，反清情緒多已平復了，加上幹隆重用漢人，剛柔並濟，大規模反清組織已經不存在了。代之而起的便是地方性的社團吧。如有宗教意味的白蓮教及自補互助性質如天地會等。很多時都被反政府的大型組織所利用。為了自身的利益，多以收取保護費，經營賭場、妓院、煙館等業務為主要收入。低層會員則以偷搶拐騙為生。上層則會依賴權貴，維持自身地位。
辛亥革命之始，革命黨人說三合會是以“反清復明”而成立的，是基於政治上的需要。他們需要爭取國內的會黨及海外的華僑支持，所以可以合作的會黨，皆視為洪門組織。由於當時的會黨是現成的有勢力組織，加上海外的經濟支援。同盟會提出“革命排滿”來作號召。
天地會（1761年）
清初，收復台灣初期。福建沿海地區，人民生活困難，於是民眾自發地組成自助會社天地會。至幹隆二十六年（1761年），由福建漳州人洪二和尚萬提喜（雲龍和尚）帶領。及後演變成反地方政府組織，加入反清情緒。天地會之會簿加入改編自洪門之歷史，成為人民反政府之口實。
入會時以母指為天，以小指為地，或左手伸三指按住胸膛。
加入天地會，遇婚姻喪葬，可以資助錢財：與人打架，可以相幫出力；若遇搶劫，一聞暗號，便不相犯；輾轉傳會，可以得到錢財。
白蓮教（1795年－1804年）
白蓮教始見於南宋。
清朝中期，自稱為白蓮教教徒在四川、陝西和湖北一帶實行以武裝反抗地方政府，故稱川楚教亂。
廣東三合會（1840年後）
天地會於幹隆後被列為反清組織，明令禁止，違令者死。所以流傳至廣東時，為避滿人之猜忌，改名為三點會，即是將洪字的水部，取名三點會，號曰“三點”，但覺得無法將洪門之意表達出來，所以改為“三合會”。以後洪門進入湖南，再演變成為湘軍之“哥老會”，再分出成“潘門”又稱“潘家”、“慶幫”。天地會流傳極廣故其他尚有名稱如“清水會”、“匕首會”、“雙刀會”、“小刀會”、“紅旗會”、“劍仔會”、“八卦會”、“添弟會”、“致公堂”、“紅幫”、“胞哥”等名稱。