司馬元顯急令劉牢之出戰。劉牢之遂率北府兵進駐溧洲，剛到溧洲不久，就和前來攻城的桓玄前鋒軍打了一仗。劉裕先帶兵出戰，擊敗楊秋軍隊，殺死楊秋。接著北府軍的何無忌，劉毅，沖入桓軍隊中廝殺，桓玄軍當即敗退。
劉牢之本當乘勝追擊，但卻收兵回營。劉裕、何無忌、劉毅都向劉牢之請兵去追，劉牢之沒有同意。在這關鍵的時候，劉牢之放了桓玄一馬，這說明劉牢之已經有了私心。
桓玄一直退兵到姑孰才敢駐軍，因為畏懼北府兵，不敢進兵。正在進退兩難間的時候，軍中從事何穆道：“劉牢之是我的外甥，昨日他打敗了你卻不追擊，其中必有緣故。我願去他軍中，說服他來投降。”桓玄遂派何穆去見劉牢之。
何穆見了劉牢之說道：“我前日見你陣前大勝，不但不為你慶賀，卻為你擔憂。所以我冒死前來，和你說說我的肺腑之言。”劉牢之問：“我有什麽可擔心的？”何穆道：“自古亂世之中，君臣能夠和諧相處的隻有燕昭王和樂毅、劉玄德和孔明，然而那也是他們大業未成而早逝，如果一統天下之後，難保樂毅和孔明不遭殺身之禍。古語道：‘鳥盡弓藏，兔死狗烹。’凡是功高震主，立下不賞之功的勛臣，沒有一個能夠保全自己的。越國的文種，秦國的白起，漢國的韓信，他們所追隨的都是明君，可是下場都很慘。何況你現在的主公卻一個是兇殘的司馬元顯，一個是愚笨的司馬德宗呢？像你現在的形勢，如果戰勝，元顯會猜忌你，恐怕全家都逃不了死罪；如果戰敗了，桓玄也不會饒恕你，根本沒有全身而退的道理。不如換個主公，倒可以長保富貴。”
劉牢之對桓玄和司馬元顯兩個人都不感冒，他有自己的小九九。他聽了何穆的一番話後，卻有了另一番想法：他想先借桓玄的力量除去元顯父子，然後再伺機除去桓玄，最終自己把持朝政。其實這個小九九，在他戰敗桓玄時就已經開始在盤算了。
劉牢之按照自己盤算好的想法，把自己的將軍寨移到岸上，經桓玄讓出水路。劉牢之的兒子劉敬宣勸說父親道：“現在國家衰弱，危在旦夕，您要讓桓玄入京的話，那桓玄就會成為當年的董卓。國家的命運，就掌握在你和桓玄的這次較量當中啊。”
劉牢之道：“我今日取桓玄易如反掌，但平定桓玄之後，我卻不能奈何元顯。”這是劉牢之的心裏話，但他並沒有掂量掂量自己的威德和地位。劉牢之打仗很在行，但政治上的事情並不是光靠打仗打得好就能解決得了。不管如何，劉牢之已經認定桓玄入京對自己隻有好處沒有壞處，於是派何穆回去告訴桓玄放心進軍，他不會管這件事了。
卞範之聽了對桓玄道：“此是劉牢之欲借你的力量除掉司馬元顯。但事成之後，恐怕他會反過頭來對付你。”桓玄聽了，便有了除掉劉牢之的想法。當然，他表麵上並不露出來，第二日桓玄大軍安全通過溧洲，並向劉牢之表示了感謝，然後直到新亭。
司馬元顯聽說劉牢之叛變，桓玄已率大軍到了新亭，他急忙駐守國子學。桓軍到南桁後，司馬元顯又退守內城。桓玄軍追到後，齊聲大喊：“放下武器！”司馬元顯的軍隊都很聽話，全部扔下武器逃了。司馬元顯急忙跑回家，這時隻有張法順一個人跟隨他，其他人全部跑光。司馬道子正喝醉了睡覺，聽說兵變了，隻會坐在床上哭泣，什麽辦法也沒有。很快桓軍闖入，將三人拿下，押到新亭。桓玄命令把三個人綁在船頭，便要入京殺死皇帝自立。
卞範之阻止他說：“現在京城周圍帶兵的藩鎮將領還是比較強的，劉牢之也在統兵一方等著尋找咱們的不是。民心尚沒有厭棄晉朝，如果太快了會出危險。晉文公接納周襄王，結果使諸侯聽從他的命令；魏武帝挾持漢獻帝，天下群臣都得歸附。您不如學習他們兩個，也挾天子以令諸侯，不是很好麽？”
桓玄遂穿著朝服入朝。安帝雖是個白癡，但也驚訝地說道：“我沒有下詔，你怎麽來了？”桓玄道：“你左右都是獐頭鼠目之人，前後都是狼心狗肺之徒。既傷害朝綱，又暴虐百姓，我是來起兵為你誅殺佞臣的。不是害你的，你不要擔心！”
安帝又問：“誰是佞臣？你要如何處置？”
桓玄說司馬元顯父子、司馬尚之兄弟、張法順等人是佞臣。遂把司馬元顯、司馬尚之、張法順等人都殺了。司馬道子早已經成為不能視事的酒鬼，這次征伐桓玄並沒有司馬道子什麽事。桓玄表麵上饒了他，但在把司馬道子送往安成郡的途中，還是派人把他毒死了。
在桓玄的安排下，安帝以桓玄為丞相、總掌百揆、都督中外諸軍事、錄尚書事、揚州牧，假黃鉞，劍履上殿，入朝不趨，贊奏不名。桓玄又以桓偉為荊州刺史，桓修為徐、兗二州刺史，其兄桓謙為尚書左僕射，卞範之為丹陽尹，而以劉牢之為會稽內史。從此，桓玄獨掌朝廷。但有沾親帶故，和桓玄七扭八拐能扯上關係的都來投奔他。比如新安太守殷仲文，他是殷仲堪的堂弟，得知桓玄掌握朝綱之後，便來投奔，桓玄遂給他一個谘議參軍的官做。就連當年罵過桓玄的劉邁，竟然也憑著這個關係前來投奔。桓玄覺得好笑，對他道：“你來做什麽？你不是找死麽？”
劉牢之本當乘勝追擊，但卻收兵回營。劉裕、何無忌、劉毅都向劉牢之請兵去追，劉牢之沒有同意。在這關鍵的時候，劉牢之放了桓玄一馬，這說明劉牢之已經有了私心。
桓玄一直退兵到姑孰才敢駐軍，因為畏懼北府兵，不敢進兵。正在進退兩難間的時候，軍中從事何穆道：“劉牢之是我的外甥，昨日他打敗了你卻不追擊，其中必有緣故。我願去他軍中，說服他來投降。”桓玄遂派何穆去見劉牢之。
何穆見了劉牢之說道：“我前日見你陣前大勝，不但不為你慶賀，卻為你擔憂。所以我冒死前來，和你說說我的肺腑之言。”劉牢之問：“我有什麽可擔心的？”何穆道：“自古亂世之中，君臣能夠和諧相處的隻有燕昭王和樂毅、劉玄德和孔明，然而那也是他們大業未成而早逝，如果一統天下之後，難保樂毅和孔明不遭殺身之禍。古語道：‘鳥盡弓藏，兔死狗烹。’凡是功高震主，立下不賞之功的勛臣，沒有一個能夠保全自己的。越國的文種，秦國的白起，漢國的韓信，他們所追隨的都是明君，可是下場都很慘。何況你現在的主公卻一個是兇殘的司馬元顯，一個是愚笨的司馬德宗呢？像你現在的形勢，如果戰勝，元顯會猜忌你，恐怕全家都逃不了死罪；如果戰敗了，桓玄也不會饒恕你，根本沒有全身而退的道理。不如換個主公，倒可以長保富貴。”
劉牢之對桓玄和司馬元顯兩個人都不感冒，他有自己的小九九。他聽了何穆的一番話後，卻有了另一番想法：他想先借桓玄的力量除去元顯父子，然後再伺機除去桓玄，最終自己把持朝政。其實這個小九九，在他戰敗桓玄時就已經開始在盤算了。
劉牢之按照自己盤算好的想法，把自己的將軍寨移到岸上，經桓玄讓出水路。劉牢之的兒子劉敬宣勸說父親道：“現在國家衰弱，危在旦夕，您要讓桓玄入京的話，那桓玄就會成為當年的董卓。國家的命運，就掌握在你和桓玄的這次較量當中啊。”
劉牢之道：“我今日取桓玄易如反掌，但平定桓玄之後，我卻不能奈何元顯。”這是劉牢之的心裏話，但他並沒有掂量掂量自己的威德和地位。劉牢之打仗很在行，但政治上的事情並不是光靠打仗打得好就能解決得了。不管如何，劉牢之已經認定桓玄入京對自己隻有好處沒有壞處，於是派何穆回去告訴桓玄放心進軍，他不會管這件事了。
卞範之聽了對桓玄道：“此是劉牢之欲借你的力量除掉司馬元顯。但事成之後，恐怕他會反過頭來對付你。”桓玄聽了，便有了除掉劉牢之的想法。當然，他表麵上並不露出來，第二日桓玄大軍安全通過溧洲，並向劉牢之表示了感謝，然後直到新亭。
司馬元顯聽說劉牢之叛變，桓玄已率大軍到了新亭，他急忙駐守國子學。桓軍到南桁後，司馬元顯又退守內城。桓玄軍追到後，齊聲大喊：“放下武器！”司馬元顯的軍隊都很聽話，全部扔下武器逃了。司馬元顯急忙跑回家，這時隻有張法順一個人跟隨他，其他人全部跑光。司馬道子正喝醉了睡覺，聽說兵變了，隻會坐在床上哭泣，什麽辦法也沒有。很快桓軍闖入，將三人拿下，押到新亭。桓玄命令把三個人綁在船頭，便要入京殺死皇帝自立。
卞範之阻止他說：“現在京城周圍帶兵的藩鎮將領還是比較強的，劉牢之也在統兵一方等著尋找咱們的不是。民心尚沒有厭棄晉朝，如果太快了會出危險。晉文公接納周襄王，結果使諸侯聽從他的命令；魏武帝挾持漢獻帝，天下群臣都得歸附。您不如學習他們兩個，也挾天子以令諸侯，不是很好麽？”
桓玄遂穿著朝服入朝。安帝雖是個白癡，但也驚訝地說道：“我沒有下詔，你怎麽來了？”桓玄道：“你左右都是獐頭鼠目之人，前後都是狼心狗肺之徒。既傷害朝綱，又暴虐百姓，我是來起兵為你誅殺佞臣的。不是害你的，你不要擔心！”
安帝又問：“誰是佞臣？你要如何處置？”
桓玄說司馬元顯父子、司馬尚之兄弟、張法順等人是佞臣。遂把司馬元顯、司馬尚之、張法順等人都殺了。司馬道子早已經成為不能視事的酒鬼，這次征伐桓玄並沒有司馬道子什麽事。桓玄表麵上饒了他，但在把司馬道子送往安成郡的途中，還是派人把他毒死了。
在桓玄的安排下，安帝以桓玄為丞相、總掌百揆、都督中外諸軍事、錄尚書事、揚州牧，假黃鉞，劍履上殿，入朝不趨，贊奏不名。桓玄又以桓偉為荊州刺史，桓修為徐、兗二州刺史，其兄桓謙為尚書左僕射，卞範之為丹陽尹，而以劉牢之為會稽內史。從此，桓玄獨掌朝廷。但有沾親帶故，和桓玄七扭八拐能扯上關係的都來投奔他。比如新安太守殷仲文，他是殷仲堪的堂弟，得知桓玄掌握朝綱之後，便來投奔，桓玄遂給他一個谘議參軍的官做。就連當年罵過桓玄的劉邁，竟然也憑著這個關係前來投奔。桓玄覺得好笑，對他道：“你來做什麽？你不是找死麽？”