二、中途島的登陸編隊(近藤部隊)派出部分兵力掩護運輸船隊並暫時撤往西西；
三、第二機動部隊(角田部隊)火速加入第一機動部隊(南雲部隊)；
四、第二潛艇戰隊和第五潛艇戰隊在丙警戒線上展開（丙警戒線的位置是在西經168度，北緯26度到36度之間。）
此時山本最關心的是在中途島海域美軍究竟還有多少兵力，因為這是製定下一步作戰計劃時必須加以考慮的。雖然機動編隊的3艘航母都失去了戰鬥力，但“飛龍”號還完好無損。此外，還可採取水麵夜戰以及別的攻擊手段。但是壓製美軍岸基航空兵隻能依靠航母，而第一次空襲中途島的結果還不清楚，所以聯合艦隊參謀長宇垣少將致電南雲，要求詳細報告第一次空襲的結果，但沒有回答。山本判斷，第一攻擊波的攻擊不會很成功的，這可從友永建議對中途島實施第二次空襲得到證明。山本因此擔心，如果不立即摧毀中途島的航空基地，美軍可能從夏威夷調去更多的飛機，這樣的話，占領中途島就更難了。聯合艦隊首席參謀黑島大佐建議，派出一支水上艦艇部隊對中途島實施夜間炮擊，山本立即採納了這個建議，命令離中途島最近並有高速軍艦的近藤部隊主力去執行這一任務。山本還決定，把原定的中途島和阿留申群島的登陸作戰推遲到殲滅敵航母以後。根據這些決定，山本於13時10分又發出了第156號命令：
一、採取c號作戰方案；
二、中途島登陸編隊派出部分兵力於今夜炮擊並摧毀中途島航空基地；
三、中途島和阿留申登陸作戰暫時推遲。
牐牎甤號作戰方案’是指集中中途島和阿留申方麵的全部兵力，與敵艦隊進行決戰。
在下達上述命令一個多小時以前，即11時50分，山本收到南雲轉移到“長良”號後的第一次來電，報告他的三艘航空母艦受到的破壞程度和打算用他尚存的兵力攻擊敵艦隊，然後北撤。14時30分，“大和”號又收到南雲發給在阿留申群島的第二機動部隊的電報：
一、6月4日14時，第一機動部隊的位置是北緯30度48分，西經178度31分。我擬向東，殲滅敵特混艦隊後北上。
二、望第二機動部隊速與我會合。
牐16時15分，山口報告擊傷美軍兩艘航母，這使山本心裏還有一絲安慰。人們一心指望著角田海軍少將的‘龍驤’號和‘隼鷹’號2艘航母迅速南下，支援南雲部隊，但15時30分角田復電：“第二機動部隊收回攻擊荷蘭港的飛機後，立即南下。6日晨，我部將在北緯44度40分，西經176度20分加油後南下，與第一機動部隊會合。6月4日15時，我部位於荷蘭港西南一百二十海裏處。”
這份電報清楚表明，角田部隊仍按計劃冒著大霧襲擊了荷蘭港，但是也說明，在8日下午以前，角田部隊不可能到達中途島地區參加戰鬥。
17時55分，山本又收到南雲電報，“飛龍”號中彈起火。最後一艘航母也失去了作戰能力。
牐19時15分，山本向他的全體部隊下達了第158號電令：
一、敵艦隊已幾乎被我殲滅，正在東撤中；
二、附近的聯合艦隊各部隊正準備追擊殘敵，並同時占領中途島；
三、6月5日3時正，主力將到達北緯32度08分，東經175度45分，航向90度，航速20節；
四、機動編隊、登陸編隊(除第七巡洋艦戰隊)和潛艇部隊，即將接觸並攻擊敵人。
日軍渴望通過夜戰來挽回敗局，但是這種希望顯然已不可能實現，因為21時30分，南雲報告說：“敵兵力共有5艘航空母艦、6艘巡洋艦和15艘驅逐艦。敵人在西航中。我軍掩護‘飛龍號’向北西撤退，航速十八節。”
牐牎澳顯撇慷硬淮蛩鬩拐嚼!”宇垣參謀長沮喪地說，但山本仍決意要進行夜戰，為確保夜戰勝利，必須要有統一的指揮，因此命令近藤統率夜戰部隊。
牐牭是很明顯，拂曉前同美軍艦隊接觸的希望極小，日軍的最後一線希望也慢慢地熄滅。
‘大和’號上的聯合艦隊司令部在放棄了夜戰的想法之後，馬上即轉而考慮下一步行動。每一個人心裏都認識到已經被打敗了，但沒有一個人建議中止作戰。相反地，他們都拚命想方設法要從失敗中撈回一些東西，猶如溺水者拚命抓住水中的稻草一樣。
各種各樣的補救方法都提了出來，有建議用‘瑞鳳’號和‘鳳翔’號兩艘輕型航母上不多的飛機，加上戰列艦、巡洋艦上的全部水上飛機組成一支航空隊，再去攻擊敵艦隊。
也有人主張，應按照原定計劃由近藤部隊的重巡洋艦執行對中途島航空基地進行夜間炮擊。
還有人樂觀地認為，戰列艦的高射炮火足以擊退美軍航母對山本部隊的攻擊。
黑島海軍大佐根據大家的意見製定出的初步方案更為荒唐，該方案要求所有戰列艦，包括“大和”號在內，於6月5日白天逼近中途島，用大口徑主炮轟擊中途島的航空基地。
這個荒唐的方案交給了聯合艦隊司令部參謀長宇垣，還有幾分理智的宇垣認為這是一個為了保全麵子、不顧一切、自取滅亡的方案，他直截了當地否定了這個計劃。
有些人想到要為戰敗擔負責任，覺得不能忍受，他們為爭取一個挽回麵子的機會，不惜弧注一擲。有一位軍官再清楚不過地反映了這種態度，他向宇垣抗議說：“那我們怎麽向天皇陛下交待呢?”
三、第二機動部隊(角田部隊)火速加入第一機動部隊(南雲部隊)；
四、第二潛艇戰隊和第五潛艇戰隊在丙警戒線上展開（丙警戒線的位置是在西經168度，北緯26度到36度之間。）
此時山本最關心的是在中途島海域美軍究竟還有多少兵力，因為這是製定下一步作戰計劃時必須加以考慮的。雖然機動編隊的3艘航母都失去了戰鬥力，但“飛龍”號還完好無損。此外，還可採取水麵夜戰以及別的攻擊手段。但是壓製美軍岸基航空兵隻能依靠航母，而第一次空襲中途島的結果還不清楚，所以聯合艦隊參謀長宇垣少將致電南雲，要求詳細報告第一次空襲的結果，但沒有回答。山本判斷，第一攻擊波的攻擊不會很成功的，這可從友永建議對中途島實施第二次空襲得到證明。山本因此擔心，如果不立即摧毀中途島的航空基地，美軍可能從夏威夷調去更多的飛機，這樣的話，占領中途島就更難了。聯合艦隊首席參謀黑島大佐建議，派出一支水上艦艇部隊對中途島實施夜間炮擊，山本立即採納了這個建議，命令離中途島最近並有高速軍艦的近藤部隊主力去執行這一任務。山本還決定，把原定的中途島和阿留申群島的登陸作戰推遲到殲滅敵航母以後。根據這些決定，山本於13時10分又發出了第156號命令：
一、採取c號作戰方案；
二、中途島登陸編隊派出部分兵力於今夜炮擊並摧毀中途島航空基地；
三、中途島和阿留申登陸作戰暫時推遲。
牐牎甤號作戰方案’是指集中中途島和阿留申方麵的全部兵力，與敵艦隊進行決戰。
在下達上述命令一個多小時以前，即11時50分，山本收到南雲轉移到“長良”號後的第一次來電，報告他的三艘航空母艦受到的破壞程度和打算用他尚存的兵力攻擊敵艦隊，然後北撤。14時30分，“大和”號又收到南雲發給在阿留申群島的第二機動部隊的電報：
一、6月4日14時，第一機動部隊的位置是北緯30度48分，西經178度31分。我擬向東，殲滅敵特混艦隊後北上。
二、望第二機動部隊速與我會合。
牐16時15分，山口報告擊傷美軍兩艘航母，這使山本心裏還有一絲安慰。人們一心指望著角田海軍少將的‘龍驤’號和‘隼鷹’號2艘航母迅速南下，支援南雲部隊，但15時30分角田復電：“第二機動部隊收回攻擊荷蘭港的飛機後，立即南下。6日晨，我部將在北緯44度40分，西經176度20分加油後南下，與第一機動部隊會合。6月4日15時，我部位於荷蘭港西南一百二十海裏處。”
這份電報清楚表明，角田部隊仍按計劃冒著大霧襲擊了荷蘭港，但是也說明，在8日下午以前，角田部隊不可能到達中途島地區參加戰鬥。
17時55分，山本又收到南雲電報，“飛龍”號中彈起火。最後一艘航母也失去了作戰能力。
牐19時15分，山本向他的全體部隊下達了第158號電令：
一、敵艦隊已幾乎被我殲滅，正在東撤中；
二、附近的聯合艦隊各部隊正準備追擊殘敵，並同時占領中途島；
三、6月5日3時正，主力將到達北緯32度08分，東經175度45分，航向90度，航速20節；
四、機動編隊、登陸編隊(除第七巡洋艦戰隊)和潛艇部隊，即將接觸並攻擊敵人。
日軍渴望通過夜戰來挽回敗局，但是這種希望顯然已不可能實現，因為21時30分，南雲報告說：“敵兵力共有5艘航空母艦、6艘巡洋艦和15艘驅逐艦。敵人在西航中。我軍掩護‘飛龍號’向北西撤退，航速十八節。”
牐牎澳顯撇慷硬淮蛩鬩拐嚼!”宇垣參謀長沮喪地說，但山本仍決意要進行夜戰，為確保夜戰勝利，必須要有統一的指揮，因此命令近藤統率夜戰部隊。
牐牭是很明顯，拂曉前同美軍艦隊接觸的希望極小，日軍的最後一線希望也慢慢地熄滅。
‘大和’號上的聯合艦隊司令部在放棄了夜戰的想法之後，馬上即轉而考慮下一步行動。每一個人心裏都認識到已經被打敗了，但沒有一個人建議中止作戰。相反地，他們都拚命想方設法要從失敗中撈回一些東西，猶如溺水者拚命抓住水中的稻草一樣。
各種各樣的補救方法都提了出來，有建議用‘瑞鳳’號和‘鳳翔’號兩艘輕型航母上不多的飛機，加上戰列艦、巡洋艦上的全部水上飛機組成一支航空隊，再去攻擊敵艦隊。
也有人主張，應按照原定計劃由近藤部隊的重巡洋艦執行對中途島航空基地進行夜間炮擊。
還有人樂觀地認為，戰列艦的高射炮火足以擊退美軍航母對山本部隊的攻擊。
黑島海軍大佐根據大家的意見製定出的初步方案更為荒唐，該方案要求所有戰列艦，包括“大和”號在內，於6月5日白天逼近中途島，用大口徑主炮轟擊中途島的航空基地。
這個荒唐的方案交給了聯合艦隊司令部參謀長宇垣，還有幾分理智的宇垣認為這是一個為了保全麵子、不顧一切、自取滅亡的方案，他直截了當地否定了這個計劃。
有些人想到要為戰敗擔負責任，覺得不能忍受，他們為爭取一個挽回麵子的機會，不惜弧注一擲。有一位軍官再清楚不過地反映了這種態度，他向宇垣抗議說：“那我們怎麽向天皇陛下交待呢?”