不過他在參謀的建議中沒有下達命令停止甲板上的飛機換裝炸彈的工作，而是在等待偵察機的補充報告，潛意識裏他還是把中途島的美國陸基飛機當作是最大的敵人。
二十分鍾後，日軍偵察機緊急報告在美軍艦隊後麵似乎有1艘航母，盡管還是模稜兩可的報告，但南雲認為自己不能再任由飛行甲板上的魚雷換炸彈的工作繼續下去，現在眼前的重要任務是對付這支突然冒出來的美國艦隊。中途島隻有先放到一邊去了，因為根據偵察機的報告，日本艦隊現在應處在美國航母艦載機的攻擊半徑之內了。
他馬上下令停止換炸彈，重新為甲板上的飛機裝上魚雷。這一連串的換炸彈換魚雷的命令，使得日軍航母的甲板上和機庫裏非常混亂，卸下的炸彈魚雷由於時間倉促，都堆放在一邊，而未及時放入彈藥艙，日本艦隊的軍械員並未意識到這是在為自己和艦隊在挖掘墳墓。
8時30分，日軍攻擊中途島的第一批飛機飛回母艦上空，準備降落。這時南雲正處於左右為難的局麵，‘赤城’號和‘加賀’號的攻擊機正在進行換彈作業，一時無法起飛，‘蒼龍’號和‘飛龍’號的攻擊機還沒有開始換彈，可以立即起飛，但所有戰鬥機都因為剛才抗擊美軍岸基飛機的戰鬥，急需補充燃料和彈藥，無法馬上出動為攻擊機護航。
如果強行命令甲板上的第二波飛機起飛，可能會因沒有戰鬥機掩護而損失慘重。他剛才是怎麽擊落美國戰機，等他的飛機飛到美國艦隊上空，美國人就會怎麽回敬他的機隊。
如果先清理甲板讓第一波飛機降落，又可能會失去戰機。參謀長草鹿少將和作戰參謀源田實中佐都認為應先清理甲板，讓第一波飛機降落，再組織第二波攻擊。‘飛龍’號航母上的第二航母戰隊司令山口多聞少將見南雲遲遲沒有採取應對措施，便通過‘野分’號驅逐艦用燈光信號向南雲轉發了他的建議：“我認為應立即命令攻擊部隊起飛！”
南雲沒有接受山口多聞他的建議，他命令將在甲板上的飛機收入機庫，騰出甲板讓第一波飛機和在艦隊上空即將耗盡燃料的巡邏戰鬥機降落。8時37分，開始接收飛機著艦。十五分鍾後，飛機回收完畢，機庫裏疲憊不堪的地勤人員放下尚未完成的換彈任務，為這些飛機加注燃料、裝彈。
9時18分，執行巡邏任務的戰鬥機也全部降落完畢，機庫裏一片忙碌。50架戰鬥機加油裝彈完立即起飛，在艦隊上空巡邏警戒。
在回收飛機的作業基本完成後，南雲下令沿30度航向以30節航速北進，以躲避美國航母有可能發動的攻擊並在準備好後盡快占領有利的攻擊陣位。
就在此時，來自美軍航母艦載機的攻擊開始了。最先飛抵目標海域的是‘大黃蜂’號的35架轟炸機和10架戰鬥機，卻未發現日艦。美國飛行員認為南雲一定是向中途島進發了，因此轉向西南向中途島飛去。結果越追離南雲艦隊越遠，21架轟炸機返回了母艦，14架轟炸機返回了中途島，其中4架在著陸時墜毀，10架戰鬥機則因燃料耗盡都在海上迫降。
與轟炸機群和戰鬥機群失散的‘大黃蜂’號的15架魚雷機，由第八魚雷機中隊長沃爾德倫少校率領，在低空飛行，當他們在預定海區見到空蕩蕩的大海的時候，沃爾德倫少校作出了向北搜索的決定。
很快沃爾德倫少校就在遠處的海麵上發現了一隻龐大的艦隊，沃爾德倫少校在通話器裏對屬下們說：“先生們，我們沒有戰鬥機的掩護，但我希望大家竭力去摧毀我們的敵人，如果隻剩下一架飛機去執行最後的進攻，我希望那個勇敢的小夥子衝上去並擊中目標，願上帝保佑大家！”
說完後沃爾德倫少校帶著燃油即將消耗完的機群在沒有任何掩護的情況下發動了攻擊，這是一場壯烈的自殺攻擊行動，在空中的日軍戰鬥機和艦艇上的高射炮火的攻擊中，笨拙的‘復仇者’魚雷攻擊機一架接一架在空中被擊中，然後起火爆炸，參與攻擊的30名飛行員隻有一名倖存。
9時30分，‘企業’號的由林塞少校指揮的14架魚雷機與他們的護航戰鬥機失散，由於戰鬥機要占據對日軍戰機的高度優勢，一直在雲上飛行，等林塞少校發現日本艦隊的時候，他的機隊已經沒有了掩護，林塞機隊單獨飛臨日艦上空，分成兩組，向‘赤城’號航母兩舷實施魚雷攻擊。
‘赤城’號航母的對空瞭望哨大聲急喊：“敵魚雷機，左舷30度、右舷30度，低空接近。”
在日軍戰鬥機的兇猛攔擊下，有9架在投下魚雷前就被擊落，餘下5架投下的魚雷無一命中，又被擊落1架，返航中又有3架因受傷太重而墜海，最後僅1架返回母艦。
‘約克城’號的艦載機雖比其他兩艘航母晚起飛一個多小時，但航向偏北，而且又在途中知道了日艦的新位置，迅速更正航線，所以隻晚到了幾分鍾，緊接著‘企業’號的魚雷機發起了攻擊。12架魚雷機在6架戰鬥機掩護下攻擊了‘蒼龍’號航母，雖然日軍戰鬥機拚命阻攔，但是還是有7架戰機突破攔截，向目標發射了魚雷，‘蒼龍’號航母見勢不妙，一個右滿舵，躲開了全部的魚雷。美國攻擊機群損失10架魚雷機和5架戰鬥機，未獲任何戰果。美國唯一一個沒有損失的攻擊編隊是由斯威尼少校指揮的陸航b-17‘空中堡壘’重轟炸機，美國人在6000米高空實施水平轟炸，日軍的高射炮夠不著美國飛機，可美國飛機扔下來的炸彈也因為精度太差沒有傷到一艘日本軍艦（本來就不是對精確攻擊的武器，隻適合對麵目標實施轟炸）。
二十分鍾後，日軍偵察機緊急報告在美軍艦隊後麵似乎有1艘航母，盡管還是模稜兩可的報告，但南雲認為自己不能再任由飛行甲板上的魚雷換炸彈的工作繼續下去，現在眼前的重要任務是對付這支突然冒出來的美國艦隊。中途島隻有先放到一邊去了，因為根據偵察機的報告，日本艦隊現在應處在美國航母艦載機的攻擊半徑之內了。
他馬上下令停止換炸彈，重新為甲板上的飛機裝上魚雷。這一連串的換炸彈換魚雷的命令，使得日軍航母的甲板上和機庫裏非常混亂，卸下的炸彈魚雷由於時間倉促，都堆放在一邊，而未及時放入彈藥艙，日本艦隊的軍械員並未意識到這是在為自己和艦隊在挖掘墳墓。
8時30分，日軍攻擊中途島的第一批飛機飛回母艦上空，準備降落。這時南雲正處於左右為難的局麵，‘赤城’號和‘加賀’號的攻擊機正在進行換彈作業，一時無法起飛，‘蒼龍’號和‘飛龍’號的攻擊機還沒有開始換彈，可以立即起飛，但所有戰鬥機都因為剛才抗擊美軍岸基飛機的戰鬥，急需補充燃料和彈藥，無法馬上出動為攻擊機護航。
如果強行命令甲板上的第二波飛機起飛，可能會因沒有戰鬥機掩護而損失慘重。他剛才是怎麽擊落美國戰機，等他的飛機飛到美國艦隊上空，美國人就會怎麽回敬他的機隊。
如果先清理甲板讓第一波飛機降落，又可能會失去戰機。參謀長草鹿少將和作戰參謀源田實中佐都認為應先清理甲板，讓第一波飛機降落，再組織第二波攻擊。‘飛龍’號航母上的第二航母戰隊司令山口多聞少將見南雲遲遲沒有採取應對措施，便通過‘野分’號驅逐艦用燈光信號向南雲轉發了他的建議：“我認為應立即命令攻擊部隊起飛！”
南雲沒有接受山口多聞他的建議，他命令將在甲板上的飛機收入機庫，騰出甲板讓第一波飛機和在艦隊上空即將耗盡燃料的巡邏戰鬥機降落。8時37分，開始接收飛機著艦。十五分鍾後，飛機回收完畢，機庫裏疲憊不堪的地勤人員放下尚未完成的換彈任務，為這些飛機加注燃料、裝彈。
9時18分，執行巡邏任務的戰鬥機也全部降落完畢，機庫裏一片忙碌。50架戰鬥機加油裝彈完立即起飛，在艦隊上空巡邏警戒。
在回收飛機的作業基本完成後，南雲下令沿30度航向以30節航速北進，以躲避美國航母有可能發動的攻擊並在準備好後盡快占領有利的攻擊陣位。
就在此時，來自美軍航母艦載機的攻擊開始了。最先飛抵目標海域的是‘大黃蜂’號的35架轟炸機和10架戰鬥機，卻未發現日艦。美國飛行員認為南雲一定是向中途島進發了，因此轉向西南向中途島飛去。結果越追離南雲艦隊越遠，21架轟炸機返回了母艦，14架轟炸機返回了中途島，其中4架在著陸時墜毀，10架戰鬥機則因燃料耗盡都在海上迫降。
與轟炸機群和戰鬥機群失散的‘大黃蜂’號的15架魚雷機，由第八魚雷機中隊長沃爾德倫少校率領，在低空飛行，當他們在預定海區見到空蕩蕩的大海的時候，沃爾德倫少校作出了向北搜索的決定。
很快沃爾德倫少校就在遠處的海麵上發現了一隻龐大的艦隊，沃爾德倫少校在通話器裏對屬下們說：“先生們，我們沒有戰鬥機的掩護，但我希望大家竭力去摧毀我們的敵人，如果隻剩下一架飛機去執行最後的進攻，我希望那個勇敢的小夥子衝上去並擊中目標，願上帝保佑大家！”
說完後沃爾德倫少校帶著燃油即將消耗完的機群在沒有任何掩護的情況下發動了攻擊，這是一場壯烈的自殺攻擊行動，在空中的日軍戰鬥機和艦艇上的高射炮火的攻擊中，笨拙的‘復仇者’魚雷攻擊機一架接一架在空中被擊中，然後起火爆炸，參與攻擊的30名飛行員隻有一名倖存。
9時30分，‘企業’號的由林塞少校指揮的14架魚雷機與他們的護航戰鬥機失散，由於戰鬥機要占據對日軍戰機的高度優勢，一直在雲上飛行，等林塞少校發現日本艦隊的時候，他的機隊已經沒有了掩護，林塞機隊單獨飛臨日艦上空，分成兩組，向‘赤城’號航母兩舷實施魚雷攻擊。
‘赤城’號航母的對空瞭望哨大聲急喊：“敵魚雷機，左舷30度、右舷30度，低空接近。”
在日軍戰鬥機的兇猛攔擊下，有9架在投下魚雷前就被擊落，餘下5架投下的魚雷無一命中，又被擊落1架，返航中又有3架因受傷太重而墜海，最後僅1架返回母艦。
‘約克城’號的艦載機雖比其他兩艘航母晚起飛一個多小時，但航向偏北，而且又在途中知道了日艦的新位置，迅速更正航線，所以隻晚到了幾分鍾，緊接著‘企業’號的魚雷機發起了攻擊。12架魚雷機在6架戰鬥機掩護下攻擊了‘蒼龍’號航母，雖然日軍戰鬥機拚命阻攔，但是還是有7架戰機突破攔截，向目標發射了魚雷，‘蒼龍’號航母見勢不妙，一個右滿舵，躲開了全部的魚雷。美國攻擊機群損失10架魚雷機和5架戰鬥機，未獲任何戰果。美國唯一一個沒有損失的攻擊編隊是由斯威尼少校指揮的陸航b-17‘空中堡壘’重轟炸機，美國人在6000米高空實施水平轟炸，日軍的高射炮夠不著美國飛機，可美國飛機扔下來的炸彈也因為精度太差沒有傷到一艘日本軍艦（本來就不是對精確攻擊的武器，隻適合對麵目標實施轟炸）。