樺山資紀之決定改變“南征”計劃，並不是不急於占領全台，而是要待完全控製台北新竹間的局勢後，再全力南侵。為此，樺山一麵加緊對台北新竹間抗日義軍的掃蕩，一麵對台北人民施行殘暴的統治。他以所謂“欽命台灣總督”的名義公布了《台灣人民軍事犯處分令》，其第一條即規定：
“台灣人民幹犯下列條目者，罪當死刑：
一、抵抗大日本帝國之陸海各軍及反叛行為者；
二、毀壞鐵道、水陸電線、道路橋樑、軍械子藥、森林、壘柵、水道、火車、船舶、船廠、以及署衙軍用之土地，房物或物件者；
三、為寇賊引路或隱藏奸細，並有幫助抵抗大日本國之行為或劫奪者；
四、將大日本軍艦、軍用船舶之軍餉及軍用物資之數量密報敵人者；
五、大日本國軍艦、軍用船舶之嚮導有欺詐行為者；
六、製造謠言或喧譁吵鬧，擾及大日本國軍隊、軍艦及軍用船舶之安穩者；
七、投毒於井泉河流或使之汙穢不堪飲用者；
八、將鴉片煙並吸菸工具交付大日本軍人、軍屬及從軍者，或讓其吸菸者。”注6
但是，日人的高壓政策不但未收到預期的效果，反而激起了台灣人民的更加堅決的反抗。
注釋：
注1 大槻正秋：《台灣征討史》，第80頁。
注2 《日清戰爭實記》，第34編，第13頁。
注3 《日清戰爭實記》第34編，第14頁。
注4 《日清戰爭實記》紹34蛔.箔10頁。
注5 《日清戰爭》第35編，第20頁。
注6 《日清戰爭實記》第35編，第21頁。
三 台北新竹間的戰鬥
日軍占領新竹後，由於新竹以北地區義軍蜂起，糧道受阻，不得不暫時推遲執行“南征”的計劃，以便集中兵力鎮壓台北新竹間的抗日義軍。
當時，台北新竹間的抗日義軍主要有三支：
第一支義軍，以胡嘉猷為首。胡嘉猷(一八三九——一九二o年)，又名阿錦，號甫臣，新竹安平鎮人。原籍廣東梅縣。父胡珠光，於道光年間從軍來台。解甲後，業銅器修理，迂居新竹城。甲申法軍侵台，胡珠光為清軍修炮械，以功授糧總官。胡嘉猷“幼勤學，屢試不第，援例捐監生。及父死，襲其職，賞戴五品藍翎。”注1台灣民主國成立後，胡嘉猷起而響應，亦組織義軍備戰。及日軍占領新竹，胡嘉猷以安平鎮為根據地，屢率義軍襲擊日軍兵部，使據守新竹日軍的後路受到極大的威脅。據日軍森田工兵少尉致東京友人書稱：“安平鎮乃賊首胡嘉裕(猷)的據點……構築巢穴，呈割據之勢。其隊伍之剽悍，與一聞炮聲即逃之清兵相比，實不可同日而語。他們在叢林中實行堅固的家屋防禦，經常襲擊我兵站線，奪我糧食，殺戮我兵。我先頭部隊有此後顧之憂，而不能向新竹以南進兵。”注2於是，日軍決定進攻安平鎮，以使新竹的後路得以暢通。
六月二十八日，日軍近衛步兵第一旅團長川村景明少將，命令第一聯隊第一大隊長三木一少佐率部進攻安平鎮。是日淩晨四時，日軍從中壢出發，向安平鎮前進。日軍在行進途中多次遭到義軍襲擊，勉強進至目的地。上午八時，日軍開始進攻。義軍“以竹叢中的家屋為據點，頑強地抗禦”。日軍因在明處，有多人中彈。此時，“軍醫指揮擔架兵及護士搜索傷員，開始包紮。不料此時受到來自家屋內的射擊，且腹背受敵，毫無辦法，隻好冒險靠近主力以為掩護，才能對傷員進行治療”。三木見久攻不下，便施出縱火的慣伎，命令士兵“收集茅草，在竹林中放火，但不知何故，火總是燒不起來”。注3戰至十時半，三木下令撤退，抬著傷兵回到中壢。
七月一日，三木一又率隊前來，對安平鎮發動了第二次進攻。
經過六月二十八日之戰，三木發現義軍防戰的特點是：“以家屋為陣地，周圍有土壘、堡壘或竹林環繞，加之四麵全是水田，敵軍隻從牆壁上的牆眼裏向外射擊，難攻易守。”注4因此，為準備這次進攻，又增調了一個炮兵中隊和一個工兵中隊。是日淩晨，日軍從中壢出發，將步兵、炮兵、工兵分為兩隊，向安平鎮行進。上午七時半，炮兵中隊首先發炮轟擊。胡嘉猷“以舊式大炮還擊，沉著應戰，日軍仍不利”。注5九時半，三木命令步兵與工兵合圍胡嘉猷和另一位義軍首領黃娘盛所住之家屋。義軍固守不退，堅決抗擊。不久，日軍即“死六、七名，負傷多人”。戰至下午三時，義軍的“氣勢毫未減弱”，而日本“炮兵已將炮彈全部打光，攻擊卻毫不奏效”。於是，三木命工兵爆破屋牆，終於炸開了一個缺口。但是，義軍彈如雨注，拚死奮戰，並從日軍背後進行抄襲。五時，日軍丟下死者的屍體，“背負著輕傷的十一名傷員”，“用擔架抬著剩餘的八名重傷員”注6，撤回中壢。日軍的第二次進攻又遭到了失敗。
經過六月二十八日和七月一日兩次作戰，“日軍死傷四十餘人，義軍傷亡僅十餘人而已。”胡嘉猷因水井被炮轟毀，“汲飲維艱，乃退龍潭陂”。注7七月六日，日軍步炮聯合部隊自中壢出發，對安平鎮發動了第三次進攻。日軍進入安平鎮後，發現義軍已經撤離，便放火燒毀了全部房屋。
“台灣人民幹犯下列條目者，罪當死刑：
一、抵抗大日本帝國之陸海各軍及反叛行為者；
二、毀壞鐵道、水陸電線、道路橋樑、軍械子藥、森林、壘柵、水道、火車、船舶、船廠、以及署衙軍用之土地，房物或物件者；
三、為寇賊引路或隱藏奸細，並有幫助抵抗大日本國之行為或劫奪者；
四、將大日本軍艦、軍用船舶之軍餉及軍用物資之數量密報敵人者；
五、大日本國軍艦、軍用船舶之嚮導有欺詐行為者；
六、製造謠言或喧譁吵鬧，擾及大日本國軍隊、軍艦及軍用船舶之安穩者；
七、投毒於井泉河流或使之汙穢不堪飲用者；
八、將鴉片煙並吸菸工具交付大日本軍人、軍屬及從軍者，或讓其吸菸者。”注6
但是，日人的高壓政策不但未收到預期的效果，反而激起了台灣人民的更加堅決的反抗。
注釋：
注1 大槻正秋：《台灣征討史》，第80頁。
注2 《日清戰爭實記》，第34編，第13頁。
注3 《日清戰爭實記》第34編，第14頁。
注4 《日清戰爭實記》紹34蛔.箔10頁。
注5 《日清戰爭》第35編，第20頁。
注6 《日清戰爭實記》第35編，第21頁。
三 台北新竹間的戰鬥
日軍占領新竹後，由於新竹以北地區義軍蜂起，糧道受阻，不得不暫時推遲執行“南征”的計劃，以便集中兵力鎮壓台北新竹間的抗日義軍。
當時，台北新竹間的抗日義軍主要有三支：
第一支義軍，以胡嘉猷為首。胡嘉猷(一八三九——一九二o年)，又名阿錦，號甫臣，新竹安平鎮人。原籍廣東梅縣。父胡珠光，於道光年間從軍來台。解甲後，業銅器修理，迂居新竹城。甲申法軍侵台，胡珠光為清軍修炮械，以功授糧總官。胡嘉猷“幼勤學，屢試不第，援例捐監生。及父死，襲其職，賞戴五品藍翎。”注1台灣民主國成立後，胡嘉猷起而響應，亦組織義軍備戰。及日軍占領新竹，胡嘉猷以安平鎮為根據地，屢率義軍襲擊日軍兵部，使據守新竹日軍的後路受到極大的威脅。據日軍森田工兵少尉致東京友人書稱：“安平鎮乃賊首胡嘉裕(猷)的據點……構築巢穴，呈割據之勢。其隊伍之剽悍，與一聞炮聲即逃之清兵相比，實不可同日而語。他們在叢林中實行堅固的家屋防禦，經常襲擊我兵站線，奪我糧食，殺戮我兵。我先頭部隊有此後顧之憂，而不能向新竹以南進兵。”注2於是，日軍決定進攻安平鎮，以使新竹的後路得以暢通。
六月二十八日，日軍近衛步兵第一旅團長川村景明少將，命令第一聯隊第一大隊長三木一少佐率部進攻安平鎮。是日淩晨四時，日軍從中壢出發，向安平鎮前進。日軍在行進途中多次遭到義軍襲擊，勉強進至目的地。上午八時，日軍開始進攻。義軍“以竹叢中的家屋為據點，頑強地抗禦”。日軍因在明處，有多人中彈。此時，“軍醫指揮擔架兵及護士搜索傷員，開始包紮。不料此時受到來自家屋內的射擊，且腹背受敵，毫無辦法，隻好冒險靠近主力以為掩護，才能對傷員進行治療”。三木見久攻不下，便施出縱火的慣伎，命令士兵“收集茅草，在竹林中放火，但不知何故，火總是燒不起來”。注3戰至十時半，三木下令撤退，抬著傷兵回到中壢。
七月一日，三木一又率隊前來，對安平鎮發動了第二次進攻。
經過六月二十八日之戰，三木發現義軍防戰的特點是：“以家屋為陣地，周圍有土壘、堡壘或竹林環繞，加之四麵全是水田，敵軍隻從牆壁上的牆眼裏向外射擊，難攻易守。”注4因此，為準備這次進攻，又增調了一個炮兵中隊和一個工兵中隊。是日淩晨，日軍從中壢出發，將步兵、炮兵、工兵分為兩隊，向安平鎮行進。上午七時半，炮兵中隊首先發炮轟擊。胡嘉猷“以舊式大炮還擊，沉著應戰，日軍仍不利”。注5九時半，三木命令步兵與工兵合圍胡嘉猷和另一位義軍首領黃娘盛所住之家屋。義軍固守不退，堅決抗擊。不久，日軍即“死六、七名，負傷多人”。戰至下午三時，義軍的“氣勢毫未減弱”，而日本“炮兵已將炮彈全部打光，攻擊卻毫不奏效”。於是，三木命工兵爆破屋牆，終於炸開了一個缺口。但是，義軍彈如雨注，拚死奮戰，並從日軍背後進行抄襲。五時，日軍丟下死者的屍體，“背負著輕傷的十一名傷員”，“用擔架抬著剩餘的八名重傷員”注6，撤回中壢。日軍的第二次進攻又遭到了失敗。
經過六月二十八日和七月一日兩次作戰，“日軍死傷四十餘人，義軍傷亡僅十餘人而已。”胡嘉猷因水井被炮轟毀，“汲飲維艱，乃退龍潭陂”。注7七月六日，日軍步炮聯合部隊自中壢出發，對安平鎮發動了第三次進攻。日軍進入安平鎮後，發現義軍已經撤離，便放火燒毀了全部房屋。