六月一日，日軍前衛司令官川村景明率近衛步兵第二聯隊(缺第四、第八中隊)，宿營於三貂嶺之巔。二日拂曉，日軍自三貂嶺宿營地出發，向瑞芳前進。上午七時五十分，日軍便向瑞芳發起了進攻。
先是六月一日拂曉，廣東守備劉燕率炮勇三十人運格林炮五門至，俞明震急命運至前敵。劉燕以瑞芳西麵高地為陣地，列炮扼守。俞明震亦率親兵六十人赴前敵督戰，擬憑劉燕炮隊以固守。二日晨，張兆連決定進戰，吹角列隊。即在此時，日軍大隊已開始進攻。雙方遂展開了激戰。清兵或“隱於村落的土牆後”，或“潛於茂密樹林之間，巧妙地利用地物猛烈射擊”。注5據日方記載：“敵人的抵抗意外頑強，或僅僅以數十名前來逆襲，或單獨潛伏房屋竹叢中，待我通過後加以狙擊……我方死傷較多。”注6在激戰中，提督張兆連重傷，記名提督陳得勝戰死，餘眾不支。日軍遂兩路包圍清軍炮兵陣地，劉燕督兵抗禦，死傷甚眾。俞明震率親兵助戰，亦被彈片擊傷，被部下抬至獅球嶺。瑞芳遂陷。在此戰中，日軍死傷十九名。第二聯隊長阱並重季大佐被槍彈洞穿軍服，僥倖地保存了性命。清軍則有三十餘名戰死，三十餘名被俘。注7
六月三日晨六時，日本近衛師團又由瑞芳宿營地出發，向基隆進犯。進攻前，北白川能久將部隊分為三部：以步兵第一聯隊第二大隊及工兵一小隊為前衛，沿大道向基隆前進；步兵第二聯隊第二大隊(缺兩個中隊)為右翼，繼前衛之後，向八鬥方向前進，護衛師團之右側；步兵第二聯隊第七中隊為左翼，在瑞芳附近通向暖暖街的道路上扼守，護衛師團之左側。上午十時半，日軍前衛與清軍二百餘名遭遇，清軍略事抵抗後退走。不久，日艦從海上開始向基隆炮擊。正中午時，在猛烈炮火的掩護下，川村景明指揮八個中隊向基隆市街發起猛攻。至下午一時許，忽然陰雲密布，大兩傾盆，雲霧之中咫尺難辨，日兵渾身淋透，行進困難。雙方相持五個小時。直至下午五時，日軍始突入市街。於是，清軍便與敵人展開了巷戰。他們有的持刀劍擊殺敵人，有的從民房窗內向敵狙擊，直到最後戰死。日軍在進攻基隆的戰鬥中，傷亡三十一人。注8
在進攻基隆的同時，日軍又向獅球嶺發動了攻擊。獅球嶺在基隆市街西北，扼基隆去台北通路，故嶺防實為省會之關鍵；八堵適在其後，當獅球嶺之沖。日軍欲攻台北，此為必由之路。本來，獅球嶺由道員林朝棟率棟字十營駐守。林為抗法名將，曾隨劉銘傳據此抗法，戰功卓著，“所部將土皆前隨征之人，地勢險要甚悉”注9，“且訓練有法，頗負時望”。他因與張兆連不和，被唐景崧調往台中。時台北紳土十餘人皆建議調林回，“以守為戰，事猶可為”。唐景崧雖電令林朝棟回援，然遠水不救近火，隻得於是日中午先派中軍副將黃翼德率護衛營往紮八堵。黃翼德為人狡詐，至八堵即回，詭言：“獅球嶺已失，大雨不能紮營，且敵懸六十萬金購總統(唐景崧)頭，故趨火車急馳回城，防內亂。”注10唐景崧知其欺罔，而不敢詰問。於是，防守獅球嶺的兵力僅知縣胡友勝的粵勇四營，實際上已經成為孤軍。盡管如此，胡友勝仍督軍苦戰，堅守不退。一個日本隨軍記者寫道：“我軍雖集中射擊，而守軍卻巍然不動。風雨愈急，日近黃昏，槍炮聲與風雨聲相合，相當悽厲可怕，真不知何時才能攻占！我軍再合力攻擊，而炮壘後麵僅有險峻之棧道相通，前麵亦僅可攀，難以發起衝鋒。在炮壘與市街之間，是水田與竹叢，且相距甚遠，我軍架設在炮壘下麵的一門山炮亦不能奏效。”注11日軍占領基隆市街後，四麵包圍了獅球嶺。戰至下午六時，獅球嶺終被日軍攻陷。
獅球嶺既失，省城外圍險要盡失，台北危在旦夕。但日軍一時尚不明台北情況。又由於日軍占領基隆後，有兩名清軍士兵將火藥庫點燃爆炸，炸死日軍軍官一人、士兵二十人，炸傷軍曹一人、士兵二十餘人及夫役等一百餘人，其中重傷十七人。注12同時，港內的水雷尚待掃除。所以，日軍未敢冒然立即西犯。六月四日，比誌島義輝率混成支隊主力分乘豐橋丸和佐倉丸，由澎湖抵基隆，以增援近衛師團。日本政府所派台灣民政局長水野遵也來到基隆，以便著手籌組殖民機構。
是日黎明，雨稍歇，台北市街寂然，異常平靜。俞明震等見唐景崧，力勸其退守新竹，與林朝棟、劉永福二軍聯合，以圖再舉。唐景崧不應。俞明震知事已不可為，退後書密函呈唐曰：“天不佑中國，無可奈何，公心跡可告無罪。惟計不退守新竹，公宜自為計，不可貽笑天下。”注13實勸唐離台勿落敵手也。是夜，前敵潰兵入城，台北大亂。未幾，巡撫衙門院內火起，唐景崧由撫署後門出，匿於德國洋行。既而微行至滬尾，兩天後乘德船鴨打號內渡廈門。
六月六日，台北艋甲紳士李秉鈞、吳聯元、陳舜臣等議迎日軍，往商大稻埕李春生，共擬請日軍進兵台北的公呈，然無人敢前去遞送。有雜貨商人辜顯榮注14自告奮勇赴基隆，由水野遵接見。日方因不明台北情況，對此將信將疑。隨後，台北基隆間電話線修通，日軍突接台北電信局洋員漢森來電：“台北非常混亂……台北之道路已向貴軍隊全部開放，未留一兵一卒。在本府之文武官亦皆已逃走。”又電稱：“深盼總督閣下迅急來此。”注15方知辜顯榮所報是實。恰在此時，美國《紐約先驅報》記者達菲德遜、英商湯姆遜及德商奧利亦來日營，自稱代表台北外僑請日軍從速開赴台北。
先是六月一日拂曉，廣東守備劉燕率炮勇三十人運格林炮五門至，俞明震急命運至前敵。劉燕以瑞芳西麵高地為陣地，列炮扼守。俞明震亦率親兵六十人赴前敵督戰，擬憑劉燕炮隊以固守。二日晨，張兆連決定進戰，吹角列隊。即在此時，日軍大隊已開始進攻。雙方遂展開了激戰。清兵或“隱於村落的土牆後”，或“潛於茂密樹林之間，巧妙地利用地物猛烈射擊”。注5據日方記載：“敵人的抵抗意外頑強，或僅僅以數十名前來逆襲，或單獨潛伏房屋竹叢中，待我通過後加以狙擊……我方死傷較多。”注6在激戰中，提督張兆連重傷，記名提督陳得勝戰死，餘眾不支。日軍遂兩路包圍清軍炮兵陣地，劉燕督兵抗禦，死傷甚眾。俞明震率親兵助戰，亦被彈片擊傷，被部下抬至獅球嶺。瑞芳遂陷。在此戰中，日軍死傷十九名。第二聯隊長阱並重季大佐被槍彈洞穿軍服，僥倖地保存了性命。清軍則有三十餘名戰死，三十餘名被俘。注7
六月三日晨六時，日本近衛師團又由瑞芳宿營地出發，向基隆進犯。進攻前，北白川能久將部隊分為三部：以步兵第一聯隊第二大隊及工兵一小隊為前衛，沿大道向基隆前進；步兵第二聯隊第二大隊(缺兩個中隊)為右翼，繼前衛之後，向八鬥方向前進，護衛師團之右側；步兵第二聯隊第七中隊為左翼，在瑞芳附近通向暖暖街的道路上扼守，護衛師團之左側。上午十時半，日軍前衛與清軍二百餘名遭遇，清軍略事抵抗後退走。不久，日艦從海上開始向基隆炮擊。正中午時，在猛烈炮火的掩護下，川村景明指揮八個中隊向基隆市街發起猛攻。至下午一時許，忽然陰雲密布，大兩傾盆，雲霧之中咫尺難辨，日兵渾身淋透，行進困難。雙方相持五個小時。直至下午五時，日軍始突入市街。於是，清軍便與敵人展開了巷戰。他們有的持刀劍擊殺敵人，有的從民房窗內向敵狙擊，直到最後戰死。日軍在進攻基隆的戰鬥中，傷亡三十一人。注8
在進攻基隆的同時，日軍又向獅球嶺發動了攻擊。獅球嶺在基隆市街西北，扼基隆去台北通路，故嶺防實為省會之關鍵；八堵適在其後，當獅球嶺之沖。日軍欲攻台北，此為必由之路。本來，獅球嶺由道員林朝棟率棟字十營駐守。林為抗法名將，曾隨劉銘傳據此抗法，戰功卓著，“所部將土皆前隨征之人，地勢險要甚悉”注9，“且訓練有法，頗負時望”。他因與張兆連不和，被唐景崧調往台中。時台北紳土十餘人皆建議調林回，“以守為戰，事猶可為”。唐景崧雖電令林朝棟回援，然遠水不救近火，隻得於是日中午先派中軍副將黃翼德率護衛營往紮八堵。黃翼德為人狡詐，至八堵即回，詭言：“獅球嶺已失，大雨不能紮營，且敵懸六十萬金購總統(唐景崧)頭，故趨火車急馳回城，防內亂。”注10唐景崧知其欺罔，而不敢詰問。於是，防守獅球嶺的兵力僅知縣胡友勝的粵勇四營，實際上已經成為孤軍。盡管如此，胡友勝仍督軍苦戰，堅守不退。一個日本隨軍記者寫道：“我軍雖集中射擊，而守軍卻巍然不動。風雨愈急，日近黃昏，槍炮聲與風雨聲相合，相當悽厲可怕，真不知何時才能攻占！我軍再合力攻擊，而炮壘後麵僅有險峻之棧道相通，前麵亦僅可攀，難以發起衝鋒。在炮壘與市街之間，是水田與竹叢，且相距甚遠，我軍架設在炮壘下麵的一門山炮亦不能奏效。”注11日軍占領基隆市街後，四麵包圍了獅球嶺。戰至下午六時，獅球嶺終被日軍攻陷。
獅球嶺既失，省城外圍險要盡失，台北危在旦夕。但日軍一時尚不明台北情況。又由於日軍占領基隆後，有兩名清軍士兵將火藥庫點燃爆炸，炸死日軍軍官一人、士兵二十人，炸傷軍曹一人、士兵二十餘人及夫役等一百餘人，其中重傷十七人。注12同時，港內的水雷尚待掃除。所以，日軍未敢冒然立即西犯。六月四日，比誌島義輝率混成支隊主力分乘豐橋丸和佐倉丸，由澎湖抵基隆，以增援近衛師團。日本政府所派台灣民政局長水野遵也來到基隆，以便著手籌組殖民機構。
是日黎明，雨稍歇，台北市街寂然，異常平靜。俞明震等見唐景崧，力勸其退守新竹，與林朝棟、劉永福二軍聯合，以圖再舉。唐景崧不應。俞明震知事已不可為，退後書密函呈唐曰：“天不佑中國，無可奈何，公心跡可告無罪。惟計不退守新竹，公宜自為計，不可貽笑天下。”注13實勸唐離台勿落敵手也。是夜，前敵潰兵入城，台北大亂。未幾，巡撫衙門院內火起，唐景崧由撫署後門出，匿於德國洋行。既而微行至滬尾，兩天後乘德船鴨打號內渡廈門。
六月六日，台北艋甲紳士李秉鈞、吳聯元、陳舜臣等議迎日軍，往商大稻埕李春生，共擬請日軍進兵台北的公呈，然無人敢前去遞送。有雜貨商人辜顯榮注14自告奮勇赴基隆，由水野遵接見。日方因不明台北情況，對此將信將疑。隨後，台北基隆間電話線修通，日軍突接台北電信局洋員漢森來電：“台北非常混亂……台北之道路已向貴軍隊全部開放，未留一兵一卒。在本府之文武官亦皆已逃走。”又電稱：“深盼總督閣下迅急來此。”注15方知辜顯榮所報是實。恰在此時，美國《紐約先驅報》記者達菲德遜、英商湯姆遜及德商奧利亦來日營，自稱代表台北外僑請日軍從速開赴台北。