六月二日，伊藤博文在官邸召開內閣會議。適日本外務省突接衫村濬之急電，報告朝鮮政府已向袁世凱提出中國出兵的請求。陸奧宗光如獲至寶，持此電出席內閣會議，首先將電文交給閣員們傳閱。然後，陸奧提出意見說：“如果中國確有向朝鮮派遣軍隊的事實，不問其用任何名義，我國也必須向朝鮮派遣相當的軍隊，以備不測，並維持中日兩國在朝鮮的均勢。”注5當時，伊藤內閣正陷於危機之中。伊藤博文所處的地位是，要麽實行內閣總辭職，要麽解散議會：二者必居其一。而且，他本人已決意採取後一種手段。杉村的急電和陸奧的意見，不僅使政府排除上述兩種手段有了可能，而且提供了把國內矛盾轉向國外的絕好時機。因此，閣員莫不同意陸奧的意見。於是，伊藤立即派人請參謀總長有棲川熾仁親王和參謀次長川上操六參加會議，並對出兵朝鮮問題作出了秘密決議。伊藤隨即攜帶此項秘密決議進宮，上奏於明治天皇，得到了裁可。
當天夜裏，陸奧宗光和外務次官林董將川上操六請到外相官邸，三人對坐討淪落實出兵朝鮮的計劃。討論中一致認為；日本出兵，必然要與清兵發生對抗。中國所派軍隊當不至於超過五千人，而日本要居於必勝地位，需要六千至七千兵力。如果中國進一步增加兵力，日本也要增派一個師團。因此，應作派出一個師團的準備，而首先派出一個混成旅團。林董後來回憶說：當天的會議“不是議論怎麽和平解決問題，而是討論了怎樣進行作戰和如何取勝的問題”。注6
六月三日，袁世凱派譯員蔡紹基通知杉村濬，朝鮮政府已經正式提出請求派遣援兵。杉村立即急電報告政府。同時，日本駐中國臨時公使小村壽太郎也有報告到外務省。四日，陸奧命大鳥圭介即日到外務省，授以訓令，命其迅速回任。大鳥臨行前，陸奧又特別指示：“倘局勢緊急不及請示本國訓令時，該公使得採取認為適當的便宜措施。”盡管陸奧後來自我辯解說：“在這種形勢下，對派往外國的使節給與非常的權力，也是不得已的。”注7這實際上是把挑起戰端的任務完全交給了大鳥。
五日，日本根據戰時條例，正式成立了大本營。其主要機構及成員如下：
侍從武官 侍從武官長陸軍少將岡澤精
侍從步兵中佐中村覺、海軍少佐齋藤實、海軍大尉川島令次郎
軍事內務局 局長陸軍少將岡澤精(兼)
局員海軍少佐三須宗太郎，陸軍憲兵大尉係賀虎次郎、海軍大尉丹羽教忠(一八九四年九月一日步兵大佐田村寬一補任，同年十月二十五日免，以步兵大佐真鍋文武接任)
幕 僚 長 參謀總長陸軍大將有棲川熾仁親王(一八九五年一月二十四日熾仁死，二十六日以小鬆彰仁親王接任)
陸軍參謀 參謀次長陸軍中將川上操六
海軍參謀 海軍軍令部長海軍中將子爵中牟田倉之助(一八九四年七月十七日，海軍中將子爵樺山資紀接任)
兵站總監部 總監陸軍中將川上操六(兼)
參謀陸軍步兵少佐田村怡與造(一八九四年八月二十七日步兵中佐高木作藏接任)
運輸通信部 長官陸軍步兵大佐寺內正毅
鐵路船舶運輸委員陸軍工兵少佐山根武亮(一八九四年十月一日免)
野戰高等電信部長陸軍工兵少佐渡部當次
野戰高等郵便部長遞信書記官湯川寬吉
野戰監督部 長官野田豁道
野戰衛生部 長官石黑忠惠
管 理 部 部長陸軍炮兵少佐村田惇
陸 軍 部 陸軍大臣陸軍大將伯爵大山岩(一八九四年九月二十五日海軍大將西鄉從道兼任)
副官陸軍炮兵少佐福家安定
海 軍 部 海軍大臣海軍大將伯爵西鄉從道
副官海軍大佐山本權兵衛
按照戰時大本營條例，軍事動員計劃，出兵數量以及運輸計劃等等都完全歸軍事統帥掌管，而由大本營決定，內閣大臣在法製方麵也無權進行幹預。當時，日本僅決定派出一個混成旅團，從指揮上說，並無設立如此龐大的大本營之必要。其所以如此，蓋日本參謀本部早有必戰之心，而伊藤博文在外交上尚頗有顧慮。一時舉棋不定，軍部正可藉此收取內閣“對清，韓大方針決定之權，而極力以導引開戰為有利之陰謀”。注8同一天，明治天皇批準向朝鮮派出一個混成旅團，並向駐廣島的第五師團下達了擴充兵員的旨令。
當天下午，大鳥圭介偕同外務省參事官本野一郎，海軍軍令部第二局員海軍少佐安原金次，乘巡洋艦八重山號自橫須賀啟航返回任所。警視廳警部及巡查二十名隨行，以護衛公使。出發之前，海軍大臣西鄉從道指示八重山艦長海軍大佐平山藤次郎，要與公使共進退；抵仁川後，公使如認為必要，除該艦臨時搭乘之七十名
官兵外，尚可與停泊仁川港之帝國軍艦各艦長協議，務派多數陸戰隊登陸以待命。
半夜十一時半，杉村濬接到陸奧宗光的電報：“大鳥公使於六月五日午後一時乘八重山艦從橫須賀起錨去仁川，有三百名水手和二十名警察作為警衛隨行。但水兵出發一事，在新的訓令到達之前不得公開。”六日，杉村向朝鮮外務督辦趙秉稷和袁世凱通報大鳥公使已出發回任，同時“透露了作為護衛率來警察二十名，但對水兵同來一事秘而不宣”。注9七日，當大鳥一行已在駛往朝鮮的途中時，日本始將出兵決定正式照會中國。當天，日本駐天津領事荒川已次持外務省電報來見李鴻章，稱；“韓事多警，日本已派兵往保護使署領事及商民。”李鴻章對荒川說：“漢城，仁、釜各口現俱安靜，中國派兵專剿內地土匪，並不至漢及通商務口。汝國似不必派兵，致人驚疑。”又謂，“如已派保護官商，斷不可多，且非韓請派，斷不可入內地，致華日兵相遇生釁。”注10九日，總理衙門以同樣的理由復照駁之。日本挑釁之心已定，當然不會就此罷休，便於十二日照會總理衙門，聲稱：“此次我國派兵朝鮮，是憑《濟物浦條約》而於為之，遵照《天津條約》辦理在案。其應畿多調派，我政府不得不自行定奪。其應如何行動，非所掣肘。”注11其險惡居心已昭然若揭。
當天夜裏，陸奧宗光和外務次官林董將川上操六請到外相官邸，三人對坐討淪落實出兵朝鮮的計劃。討論中一致認為；日本出兵，必然要與清兵發生對抗。中國所派軍隊當不至於超過五千人，而日本要居於必勝地位，需要六千至七千兵力。如果中國進一步增加兵力，日本也要增派一個師團。因此，應作派出一個師團的準備，而首先派出一個混成旅團。林董後來回憶說：當天的會議“不是議論怎麽和平解決問題，而是討論了怎樣進行作戰和如何取勝的問題”。注6
六月三日，袁世凱派譯員蔡紹基通知杉村濬，朝鮮政府已經正式提出請求派遣援兵。杉村立即急電報告政府。同時，日本駐中國臨時公使小村壽太郎也有報告到外務省。四日，陸奧命大鳥圭介即日到外務省，授以訓令，命其迅速回任。大鳥臨行前，陸奧又特別指示：“倘局勢緊急不及請示本國訓令時，該公使得採取認為適當的便宜措施。”盡管陸奧後來自我辯解說：“在這種形勢下，對派往外國的使節給與非常的權力，也是不得已的。”注7這實際上是把挑起戰端的任務完全交給了大鳥。
五日，日本根據戰時條例，正式成立了大本營。其主要機構及成員如下：
侍從武官 侍從武官長陸軍少將岡澤精
侍從步兵中佐中村覺、海軍少佐齋藤實、海軍大尉川島令次郎
軍事內務局 局長陸軍少將岡澤精(兼)
局員海軍少佐三須宗太郎，陸軍憲兵大尉係賀虎次郎、海軍大尉丹羽教忠(一八九四年九月一日步兵大佐田村寬一補任，同年十月二十五日免，以步兵大佐真鍋文武接任)
幕 僚 長 參謀總長陸軍大將有棲川熾仁親王(一八九五年一月二十四日熾仁死，二十六日以小鬆彰仁親王接任)
陸軍參謀 參謀次長陸軍中將川上操六
海軍參謀 海軍軍令部長海軍中將子爵中牟田倉之助(一八九四年七月十七日，海軍中將子爵樺山資紀接任)
兵站總監部 總監陸軍中將川上操六(兼)
參謀陸軍步兵少佐田村怡與造(一八九四年八月二十七日步兵中佐高木作藏接任)
運輸通信部 長官陸軍步兵大佐寺內正毅
鐵路船舶運輸委員陸軍工兵少佐山根武亮(一八九四年十月一日免)
野戰高等電信部長陸軍工兵少佐渡部當次
野戰高等郵便部長遞信書記官湯川寬吉
野戰監督部 長官野田豁道
野戰衛生部 長官石黑忠惠
管 理 部 部長陸軍炮兵少佐村田惇
陸 軍 部 陸軍大臣陸軍大將伯爵大山岩(一八九四年九月二十五日海軍大將西鄉從道兼任)
副官陸軍炮兵少佐福家安定
海 軍 部 海軍大臣海軍大將伯爵西鄉從道
副官海軍大佐山本權兵衛
按照戰時大本營條例，軍事動員計劃，出兵數量以及運輸計劃等等都完全歸軍事統帥掌管，而由大本營決定，內閣大臣在法製方麵也無權進行幹預。當時，日本僅決定派出一個混成旅團，從指揮上說，並無設立如此龐大的大本營之必要。其所以如此，蓋日本參謀本部早有必戰之心，而伊藤博文在外交上尚頗有顧慮。一時舉棋不定，軍部正可藉此收取內閣“對清，韓大方針決定之權，而極力以導引開戰為有利之陰謀”。注8同一天，明治天皇批準向朝鮮派出一個混成旅團，並向駐廣島的第五師團下達了擴充兵員的旨令。
當天下午，大鳥圭介偕同外務省參事官本野一郎，海軍軍令部第二局員海軍少佐安原金次，乘巡洋艦八重山號自橫須賀啟航返回任所。警視廳警部及巡查二十名隨行，以護衛公使。出發之前，海軍大臣西鄉從道指示八重山艦長海軍大佐平山藤次郎，要與公使共進退；抵仁川後，公使如認為必要，除該艦臨時搭乘之七十名
官兵外，尚可與停泊仁川港之帝國軍艦各艦長協議，務派多數陸戰隊登陸以待命。
半夜十一時半，杉村濬接到陸奧宗光的電報：“大鳥公使於六月五日午後一時乘八重山艦從橫須賀起錨去仁川，有三百名水手和二十名警察作為警衛隨行。但水兵出發一事，在新的訓令到達之前不得公開。”六日，杉村向朝鮮外務督辦趙秉稷和袁世凱通報大鳥公使已出發回任，同時“透露了作為護衛率來警察二十名，但對水兵同來一事秘而不宣”。注9七日，當大鳥一行已在駛往朝鮮的途中時，日本始將出兵決定正式照會中國。當天，日本駐天津領事荒川已次持外務省電報來見李鴻章，稱；“韓事多警，日本已派兵往保護使署領事及商民。”李鴻章對荒川說：“漢城，仁、釜各口現俱安靜，中國派兵專剿內地土匪，並不至漢及通商務口。汝國似不必派兵，致人驚疑。”又謂，“如已派保護官商，斷不可多，且非韓請派，斷不可入內地，致華日兵相遇生釁。”注10九日，總理衙門以同樣的理由復照駁之。日本挑釁之心已定，當然不會就此罷休，便於十二日照會總理衙門，聲稱：“此次我國派兵朝鮮，是憑《濟物浦條約》而於為之，遵照《天津條約》辦理在案。其應畿多調派，我政府不得不自行定奪。其應如何行動，非所掣肘。”注11其險惡居心已昭然若揭。