7月7日譯出《論蘇軍合圍鉗形攻勢》一文，並寫了《編譯後言）。要求高級幹部在學習毛澤東的十大軍事原則和總結自己的作戰經驗時，借鑑蘇軍軍事理論中有益的東西，更有效地指導作戰。
8月7日在團以上幹部會上作《關於整軍工作的動員報告》。報告闡述了開展整黨整軍運動的目的和意義，提出了整黨整軍的工作要求。
8月16日至23日與陳毅到第二縱隊指導整黨整軍工作，在團以上幹部會上作報告。
9月2日中原軍政大學成立，兼任校長和政委。
9月10日發出《中原野戰軍關於四個月指揮工作的命令》，要求各級指揮機關大力加強作戰、訓練、後勤等的建設和切實發揮各自的指導作用。
9月25日與陳毅、李達致電中共中央軍委及華東野戰軍代司令員、代政委粟裕，同意粟裕關於舉行淮海戰役的建議。
9月26日命令第二、六縱隊及桐柏、江漢軍區積極破襲平漢路確山至孝感段，吸引華中敵軍的注意力，以配合華東野戰軍在北線發動淮海戰役。
10月7日與陳毅到第四縱隊檢查指導工作，在團以上幹部會作關於建軍及秋季作戰準備與工作的報告。
10月14日與陳毅、鄧小平向中共中央軍委報告攻擊鄭州的計劃，打算以此吸引淮海戰場敵部分兵力，協助華東野戰軍作戰。
10月17日到中原大學給學員和工作人員作形勢報告。
10月22日與鄧子恢、李達電示第二、六縱隊及江漢、桐柏軍區主辦，以攻勢行動牽製華中敵軍主力張淦、黃維兵團，配合華東野戰軍發動淮海戰役和中原野戰軍主力攻擊鄭州。
11月2日與鄧子恢、李達電令第六縱隊側擊、尾擊敵黃維兵團，阻遏其增援淮海戰場的行動。
11月3日與鄧子恢、李達致電中共中央軍委及陳毅、鄧小平，建議先行截斷徐（州）宿（縣）間鐵路，割斷徐州與南京的聯繫，形成對徐州的戰略包圍。
11月6日淮海戰役第一階段開始。
11月10日由豫西到達淮海前線，與陳毅、鄧小平研究攻取宿縣的計劃。
11月15日第三縱隊及第九縱隊一部攻克宿縣，實現了控製徐（州）蚌（埠）間廣大地區，孤立徐州敵人的戰略目標。
11月16日奉中共中央軍委命令，與陳毅、鄧小平、粟裕、譚震林組成淮海前線總前委，統一領導華東野戰軍、中原野戰軍進行淮海戰役。鄧小平任總前委書記。
11月18日與陳毅、鄧小平一起，指揮中原野戰軍主力在蒙城地區阻擊黃維兵團，不使其馳援正遭華東野戰軍圍殲的黃百韜兵團。
11月19日與陳毅、鄧小平致電中共中央軍委，建議在淮海戰役第一階段華東野戰軍殲滅黃百韜兵團後，第二階段以中原野戰軍為主圍殲黃維兵團。
11月22日淮海戰役第一階段結束。與陳毅、鄧小平召開中原野戰軍縱隊首長會議，部署圍殲黃維兵團的作戰。11月23日淮海戰役第二階段開始。
11月25日與陳毅、鄧小平指揮中原野戰軍主力將黃維兵團包圍於宿縣雙堆集地區。
12月5日與陳毅、鄧小平發出對黃維兵團總攻的命令。12月12日與陳毅發出《促黃維立即投降書》。
12月15日淮海戰役第二階段結束。中原野戰術在華東野戰軍一部配合下，全殲黃維兵團12萬餘人，俘中將兵團司令官黃維、中將副司令官吳紹周等多名高級將須。
12月17日與陳毅、鄧小平到肖縣蔡凹華東野戰軍指揮部，會同粟裕、譚震林開總前委會議，研究決定了渡江作戰及華東野戰軍、中原野戰軍共同經營東南等計劃。
12月18日與陳毅出發去西柏坡，向中共中央軍委匯報下一步作戰計劃。
1949年57歲
1月6日至8日參加中共中央政治局會議。7日在會上發言，談渡江作戰及新解放區政權建設的設想。
1月10日淮海戰役全部結束，共殲敵55.5萬餘人，實現了中共中央提出的在長江以北殲滅國民黨重兵集團的預定目標。2月5日按中共中央軍委1月15日命令，中原野戰軍改編為第二野戰軍，下轄3個兵團9個軍。被任命為第二野戰軍司令員。2月10日由石家莊返回駐在商丘附近的第二野戰軍司令部，主持整編和渡江準備工作。
2月11日根據中共中央軍委決定，與鄧小平、張際春、陳賡參加中共中央華東局，為委員。
3月24日向部隊發出《關於渡江戰術注意事項的指示》，提出了渡江訓練和作戰的十項原則。
3月31日總前委發布《京滬杭戰役實施綱要》，決定第二野戰軍在馬壋至貴池間，第三野戰軍在貴池至蕪湖及揚中至江陰間，實施渡江作戰。
本月奉中共中央命令任中共南京市委書記兼市長。
4月8日發出《第二野戰軍渡江作戰基本命令》，正確的分析判斷了敵人的江防部署，規定了第二野戰軍渡江的任務和戰役要目。
4月15日在第二野戰軍司令部駐地桐城召開師以上幹部會議，部署渡江作戰。
4月17日發出《第二野戰軍渡江作戰部署》，規定了3個兵團的渡江作戰任務，以第三、五兵團分別控製浙贛鐵路和徽（州）杭（州）公路，截斷江防敵軍的退路：以第四兵團協同第三野戰軍監視蕪湖，攻取南京。
4月21日指揮突擊部隊按預定計劃開始渡江。
4月23日經總前委批準，局部調整了第二野戰軍渡江後的作戰計劃，取消第四兵團東進任務，改與第三、五兵團一起南下。4月28日奉中共中央命令就任南京市軍事管製委員會主任。
8月7日在團以上幹部會上作《關於整軍工作的動員報告》。報告闡述了開展整黨整軍運動的目的和意義，提出了整黨整軍的工作要求。
8月16日至23日與陳毅到第二縱隊指導整黨整軍工作，在團以上幹部會上作報告。
9月2日中原軍政大學成立，兼任校長和政委。
9月10日發出《中原野戰軍關於四個月指揮工作的命令》，要求各級指揮機關大力加強作戰、訓練、後勤等的建設和切實發揮各自的指導作用。
9月25日與陳毅、李達致電中共中央軍委及華東野戰軍代司令員、代政委粟裕，同意粟裕關於舉行淮海戰役的建議。
9月26日命令第二、六縱隊及桐柏、江漢軍區積極破襲平漢路確山至孝感段，吸引華中敵軍的注意力，以配合華東野戰軍在北線發動淮海戰役。
10月7日與陳毅到第四縱隊檢查指導工作，在團以上幹部會作關於建軍及秋季作戰準備與工作的報告。
10月14日與陳毅、鄧小平向中共中央軍委報告攻擊鄭州的計劃，打算以此吸引淮海戰場敵部分兵力，協助華東野戰軍作戰。
10月17日到中原大學給學員和工作人員作形勢報告。
10月22日與鄧子恢、李達電示第二、六縱隊及江漢、桐柏軍區主辦，以攻勢行動牽製華中敵軍主力張淦、黃維兵團，配合華東野戰軍發動淮海戰役和中原野戰軍主力攻擊鄭州。
11月2日與鄧子恢、李達電令第六縱隊側擊、尾擊敵黃維兵團，阻遏其增援淮海戰場的行動。
11月3日與鄧子恢、李達致電中共中央軍委及陳毅、鄧小平，建議先行截斷徐（州）宿（縣）間鐵路，割斷徐州與南京的聯繫，形成對徐州的戰略包圍。
11月6日淮海戰役第一階段開始。
11月10日由豫西到達淮海前線，與陳毅、鄧小平研究攻取宿縣的計劃。
11月15日第三縱隊及第九縱隊一部攻克宿縣，實現了控製徐（州）蚌（埠）間廣大地區，孤立徐州敵人的戰略目標。
11月16日奉中共中央軍委命令，與陳毅、鄧小平、粟裕、譚震林組成淮海前線總前委，統一領導華東野戰軍、中原野戰軍進行淮海戰役。鄧小平任總前委書記。
11月18日與陳毅、鄧小平一起，指揮中原野戰軍主力在蒙城地區阻擊黃維兵團，不使其馳援正遭華東野戰軍圍殲的黃百韜兵團。
11月19日與陳毅、鄧小平致電中共中央軍委，建議在淮海戰役第一階段華東野戰軍殲滅黃百韜兵團後，第二階段以中原野戰軍為主圍殲黃維兵團。
11月22日淮海戰役第一階段結束。與陳毅、鄧小平召開中原野戰軍縱隊首長會議，部署圍殲黃維兵團的作戰。11月23日淮海戰役第二階段開始。
11月25日與陳毅、鄧小平指揮中原野戰軍主力將黃維兵團包圍於宿縣雙堆集地區。
12月5日與陳毅、鄧小平發出對黃維兵團總攻的命令。12月12日與陳毅發出《促黃維立即投降書》。
12月15日淮海戰役第二階段結束。中原野戰術在華東野戰軍一部配合下，全殲黃維兵團12萬餘人，俘中將兵團司令官黃維、中將副司令官吳紹周等多名高級將須。
12月17日與陳毅、鄧小平到肖縣蔡凹華東野戰軍指揮部，會同粟裕、譚震林開總前委會議，研究決定了渡江作戰及華東野戰軍、中原野戰軍共同經營東南等計劃。
12月18日與陳毅出發去西柏坡，向中共中央軍委匯報下一步作戰計劃。
1949年57歲
1月6日至8日參加中共中央政治局會議。7日在會上發言，談渡江作戰及新解放區政權建設的設想。
1月10日淮海戰役全部結束，共殲敵55.5萬餘人，實現了中共中央提出的在長江以北殲滅國民黨重兵集團的預定目標。2月5日按中共中央軍委1月15日命令，中原野戰軍改編為第二野戰軍，下轄3個兵團9個軍。被任命為第二野戰軍司令員。2月10日由石家莊返回駐在商丘附近的第二野戰軍司令部，主持整編和渡江準備工作。
2月11日根據中共中央軍委決定，與鄧小平、張際春、陳賡參加中共中央華東局，為委員。
3月24日向部隊發出《關於渡江戰術注意事項的指示》，提出了渡江訓練和作戰的十項原則。
3月31日總前委發布《京滬杭戰役實施綱要》，決定第二野戰軍在馬壋至貴池間，第三野戰軍在貴池至蕪湖及揚中至江陰間，實施渡江作戰。
本月奉中共中央命令任中共南京市委書記兼市長。
4月8日發出《第二野戰軍渡江作戰基本命令》，正確的分析判斷了敵人的江防部署，規定了第二野戰軍渡江的任務和戰役要目。
4月15日在第二野戰軍司令部駐地桐城召開師以上幹部會議，部署渡江作戰。
4月17日發出《第二野戰軍渡江作戰部署》，規定了3個兵團的渡江作戰任務，以第三、五兵團分別控製浙贛鐵路和徽（州）杭（州）公路，截斷江防敵軍的退路：以第四兵團協同第三野戰軍監視蕪湖，攻取南京。
4月21日指揮突擊部隊按預定計劃開始渡江。
4月23日經總前委批準，局部調整了第二野戰軍渡江後的作戰計劃，取消第四兵團東進任務，改與第三、五兵團一起南下。4月28日奉中共中央命令就任南京市軍事管製委員會主任。