9月24日，莫日艾斯克大道被俄國的一個騎兵團和哥薩克部隊切斷，拿破崙派出幾營騎兵和近衛軍的龍騎兵前去打擊敵人。盡管士兵們十分英勇地作戰，但仍被優勢敵人包圍，不得不放下武器，馬瑟上校和另外幾名軍官及部分近衛軍全都被俘。這次不算很大的損失給了拿破崙當頭一棒，他看到他的騎兵戰鬥力在下降，他與法國的交通線已受到嚴重威脅。不久，通往斯摩棱斯克道路上的另外幾處也被敵軍占領了，莫斯科與法國的一切通信聯繫均被切斷，維爾納、華沙、美因茲、巴黎再也不能收到法蘭西皇帝簽發的各種命令。在莫斯科，拿破崙隻是徒然地等待他的大臣們的信件、政府報告和歐洲的消息。他的脾氣更加暴躁了，他周圍的人為此吃盡苦頭。
和談一直沒有消息。10月13日，莫斯科降落了冬季裏的第一場大雪，拿破崙開始認真考慮下一步該怎麽辦了。他召開了軍事會議。會上，眾將帥意見不一，有的主張向彼得堡進軍，威逼俄都，以增強俄國貴族的恐慌心理，爭取媾和；有的主張固守莫斯科，等待援兵，俟明年春天再與俄軍一決雌雄。拿破崙考慮再三，認為法軍已成強弩之末，兵力不足，很難再組織偏遠距離的進軍，進攻彼得堡已無可能。若再堅守莫斯科，恐法軍在俄國的困境會導致國內政局不穩。一旦俄軍完全切斷法軍後路，堅守莫斯科，無異於自取滅亡。最後，拿破崙忍痛決定撤出莫斯科。不過，在撤出莫斯科之時，必須給庫圖佐夫主力以打擊，使豈不敢追擊，也可藉此提高法軍士氣。
艱難的撤退10月18日清晨，法軍開始撤出莫斯科。莫蒂埃元帥奉命率近衛軍10000暫留莫斯科斷後，拿破崙指示他在撤出莫斯科後炸毀克裏姆林宮。全部法軍沿著卡盧加大道前進，準備進攻庫圖佐夫。此時法軍兵力約10.8萬人，火炮569門，以8路縱隊在寬闊的大道上行軍，後麵跟著無數裝載糧食和各種掠獲物資的馬車和貨車。軍隊和車隊排成了一條漫長的行列，直到夜晚，這條長長的行列仍沒完全走出城門。
10月21日和22日，天氣十分惡劣，地麵上全結了冰。由於馬匹沒有事先釘上防滑鐵，許多馬滑倒在冰上，再也無法站立起來，士兵們隻好在馬匹還活著的時候就把它們宰殺充當軍糧了。夜間，天氣更加寒冷，許多拉車的馬被凍死，法軍不得不把彈藥箱和馬車扔掉。
10月23日，法軍抵達博羅夫斯克。庫圖佐夫獲悉這一情況後，立即將主力由塔魯丁諾調往離博羅夫斯克不遠的莫洛亞羅斯拉維茨。24日拂曉，兩軍前衛在莫洛亞羅斯拉維茨相遇，展開一場血戰。戰鬥進行了好幾個小時，仍不分勝負，雙方還在不斷地調動增援部隊參加戰鬥。中午11時，拿破崙趕至戰場，密切注視戰場動向，他希望庫圖佐夫在這次戰鬥中能傾全力戰鬥，這樣他就有機會將俄軍徹底打垮。戰鬥持續一天，法俄兩軍反覆爭奪莫洛亞羅斯拉維茨陣地，平地易手達8次之多，雙方損失極為慘重。最後，俄軍撤出了陣地。
當天晚上，拿破崙與隨行人員巡視了戰場。拿破崙好生奇怪：庫圖佐夫既然犧牲了那麽多的人來保衛陣地，為何不堅持到底，反而放棄陣地呢？難道其主力是在巧妙地躲避法軍嗎？如果法軍在莫洛亞羅斯拉維茨的那一邊仍找不到集結的敵軍，那又該選擇哪一條戰線撤往斯摩棱斯克呢？拿破崙立即召開軍事會議，可會議沒作出任何決定，因為法軍對敵人的戰略一無所知。拿破崙為此極為惱怒。第二天天沒亮，他就找來了科蘭古，對他說：“這是一件倒黴的事情，我每一次都打敗了俄國人，卻總是一無所得。"他在那間小屋裏來回踱步了15分鍾後，說道：”我要親自去偵察一下，敵人是集結起來準備決戰，還是像種種跡象表明的那樣正在撤退呢？那個可憐的庫圖佐夫將永遠不會像樣地打一仗！備馬，出發！“盡管科蘭古極力說服他等天亮後再行動，但他那急躁的情緒還是迫使他馬上出發了。
拿破崙帶著貝爾蒂埃元帥、拉普將軍等幾位將官和12名輕騎衛隊一同前往前沿陣地。
突然，一群端著槍的哥薩克人大喊大叫地向他們衝來。這時天還很黑，25碼以外的地方什麽也看不清，隻有刀槍的碰撞聲和人們的廝殺聲說明走在前麵的12名輕騎衛隊已與敵人交上了火。戰鬥聲離拿破崙越來越近，幾位將官迅速將拿破崙圍住，準備與敵人決一死戰。拿破崙麵臨著死亡和被俘的危險。就在這千鈞一髮之際，波蘭騎兵和近衛輕騎兵及時趕到，一陣猛烈的衝擊，打退了哥薩克人，拿破崙及其周圍的將官這才長噓了一口氣。這天夜晚，拿破崙命令軍醫尤萬給他一瓶烈性毒藥，以便在有被俘的危險時服用。
拿破崙察看陣地後，又一次召開軍事會議。貝爾蒂埃、繆拉等人鑑於傷亡慘重，主張放棄決戰，向北撤退。拿破崙考慮到既然俄軍主力在像莫洛亞羅斯拉維茨這樣的堅固陣地上也不願同法軍決戰，那就更不可能在別的什麽地方與法軍作戰了，於是，他同意了元帥的意見，決定向北順著來時的路退往斯摩棱斯克。
10月28日，法軍抵達莫日艾斯克。莫蒂埃元帥炸毀了克裏姆林宮後也來到這裏與大軍會合。拿破崙命令將野戰醫院的傷病員都裝上車，以免落入俄國人手裏。可他萬萬沒想到這些傷病員都成了他的好心腸的犧牲品。
和談一直沒有消息。10月13日，莫斯科降落了冬季裏的第一場大雪，拿破崙開始認真考慮下一步該怎麽辦了。他召開了軍事會議。會上，眾將帥意見不一，有的主張向彼得堡進軍，威逼俄都，以增強俄國貴族的恐慌心理，爭取媾和；有的主張固守莫斯科，等待援兵，俟明年春天再與俄軍一決雌雄。拿破崙考慮再三，認為法軍已成強弩之末，兵力不足，很難再組織偏遠距離的進軍，進攻彼得堡已無可能。若再堅守莫斯科，恐法軍在俄國的困境會導致國內政局不穩。一旦俄軍完全切斷法軍後路，堅守莫斯科，無異於自取滅亡。最後，拿破崙忍痛決定撤出莫斯科。不過，在撤出莫斯科之時，必須給庫圖佐夫主力以打擊，使豈不敢追擊，也可藉此提高法軍士氣。
艱難的撤退10月18日清晨，法軍開始撤出莫斯科。莫蒂埃元帥奉命率近衛軍10000暫留莫斯科斷後，拿破崙指示他在撤出莫斯科後炸毀克裏姆林宮。全部法軍沿著卡盧加大道前進，準備進攻庫圖佐夫。此時法軍兵力約10.8萬人，火炮569門，以8路縱隊在寬闊的大道上行軍，後麵跟著無數裝載糧食和各種掠獲物資的馬車和貨車。軍隊和車隊排成了一條漫長的行列，直到夜晚，這條長長的行列仍沒完全走出城門。
10月21日和22日，天氣十分惡劣，地麵上全結了冰。由於馬匹沒有事先釘上防滑鐵，許多馬滑倒在冰上，再也無法站立起來，士兵們隻好在馬匹還活著的時候就把它們宰殺充當軍糧了。夜間，天氣更加寒冷，許多拉車的馬被凍死，法軍不得不把彈藥箱和馬車扔掉。
10月23日，法軍抵達博羅夫斯克。庫圖佐夫獲悉這一情況後，立即將主力由塔魯丁諾調往離博羅夫斯克不遠的莫洛亞羅斯拉維茨。24日拂曉，兩軍前衛在莫洛亞羅斯拉維茨相遇，展開一場血戰。戰鬥進行了好幾個小時，仍不分勝負，雙方還在不斷地調動增援部隊參加戰鬥。中午11時，拿破崙趕至戰場，密切注視戰場動向，他希望庫圖佐夫在這次戰鬥中能傾全力戰鬥，這樣他就有機會將俄軍徹底打垮。戰鬥持續一天，法俄兩軍反覆爭奪莫洛亞羅斯拉維茨陣地，平地易手達8次之多，雙方損失極為慘重。最後，俄軍撤出了陣地。
當天晚上，拿破崙與隨行人員巡視了戰場。拿破崙好生奇怪：庫圖佐夫既然犧牲了那麽多的人來保衛陣地，為何不堅持到底，反而放棄陣地呢？難道其主力是在巧妙地躲避法軍嗎？如果法軍在莫洛亞羅斯拉維茨的那一邊仍找不到集結的敵軍，那又該選擇哪一條戰線撤往斯摩棱斯克呢？拿破崙立即召開軍事會議，可會議沒作出任何決定，因為法軍對敵人的戰略一無所知。拿破崙為此極為惱怒。第二天天沒亮，他就找來了科蘭古，對他說：“這是一件倒黴的事情，我每一次都打敗了俄國人，卻總是一無所得。"他在那間小屋裏來回踱步了15分鍾後，說道：”我要親自去偵察一下，敵人是集結起來準備決戰，還是像種種跡象表明的那樣正在撤退呢？那個可憐的庫圖佐夫將永遠不會像樣地打一仗！備馬，出發！“盡管科蘭古極力說服他等天亮後再行動，但他那急躁的情緒還是迫使他馬上出發了。
拿破崙帶著貝爾蒂埃元帥、拉普將軍等幾位將官和12名輕騎衛隊一同前往前沿陣地。
突然，一群端著槍的哥薩克人大喊大叫地向他們衝來。這時天還很黑，25碼以外的地方什麽也看不清，隻有刀槍的碰撞聲和人們的廝殺聲說明走在前麵的12名輕騎衛隊已與敵人交上了火。戰鬥聲離拿破崙越來越近，幾位將官迅速將拿破崙圍住，準備與敵人決一死戰。拿破崙麵臨著死亡和被俘的危險。就在這千鈞一髮之際，波蘭騎兵和近衛輕騎兵及時趕到，一陣猛烈的衝擊，打退了哥薩克人，拿破崙及其周圍的將官這才長噓了一口氣。這天夜晚，拿破崙命令軍醫尤萬給他一瓶烈性毒藥，以便在有被俘的危險時服用。
拿破崙察看陣地後，又一次召開軍事會議。貝爾蒂埃、繆拉等人鑑於傷亡慘重，主張放棄決戰，向北撤退。拿破崙考慮到既然俄軍主力在像莫洛亞羅斯拉維茨這樣的堅固陣地上也不願同法軍決戰，那就更不可能在別的什麽地方與法軍作戰了，於是，他同意了元帥的意見，決定向北順著來時的路退往斯摩棱斯克。
10月28日，法軍抵達莫日艾斯克。莫蒂埃元帥炸毀了克裏姆林宮後也來到這裏與大軍會合。拿破崙命令將野戰醫院的傷病員都裝上車，以免落入俄國人手裏。可他萬萬沒想到這些傷病員都成了他的好心腸的犧牲品。