拿破崙不得不立即大幅度地調整所有外交部署。在這個問題上，他也像調動炮兵部隊一樣，能夠巧妙地迅速地隨機應變。
同奧地利的和平談判在馬倫哥戰役之後就開始了。當時，由於奧地利派往義大利的軍隊被擊潰，它同俄國的關係已經破裂，而且害怕法俄聯盟將使它更加孤立，同意了這次談判。
1800年10月間，在巴黎開始了以拿破崙和塔列蘭為一方，以科本茨為另一方的法奧談判。談判進行得相當艱巨。不久，拿破崙退出談判，讓他的哥哥約瑟夫在洛林省的呂內維耳同科本茨繼續談判。科本茨狡黠頑固，約瑟夫堅定而圓滑，雙方都力圖使出巧妙的外交手腕戰勝對方。這時，英國給奧國提供了200萬英鎊的津貼，在英國的壓力和誘惑下，奧國又有了重起戰端的念頭。拿破崙對奧國在英國影響下出爾反爾極為憤怒，他多次強調和平的願望是有節製的。然而，雙方還在爭吵不休，看來不通過戰爭是無法取得談判的結果。11月5日，拿破崙宣布取消法奧兩國的停戰狀態，命令法軍在德意誌和義大利兩個戰場同時轉入進攻。於是，戰火又起。
12月2日，莫羅將軍率領的萊茵軍團在德國南部大敗查理大公率領的奧地利軍隊，取得了霍恩林登大捷，這次勝利打開了通往維也納的道路。與此同時，麥克唐納率領一支新軍團在義大利出征，於嚴冬季節成功地穿過了施普魯根山口，順利地前進到阿迪傑河上遊地區。這一出色行動再次切斷了曼圖亞要塞與奧地利之間的聯繫。奧地利的種種希望因軍事失敗而破滅，現在別無他法，隻得在爭取最好條件下締結和約。可拿破崙這時卻指示約瑟夫不要急於簽訂和約，他要奧地利答應滿足他的一切要求。1801年2月9日，雙方終於在呂內維耳簽訂了和約。根據和約，德意誌神聖羅馬帝國完全被排擠出萊茵河左岸，這塊領土全部歸屬法國；法國還獲得奧地利所屬的尼德蘭（比利時）和盧森堡；奧地利承認法國庇護下的黑爾維謝（瑞士）、巴達維亞（荷蘭）、利古裏亞（熱那亞）、內阿爾卑斯（倫巴第）等共和國；法國繼續占有皮埃蒙特；奧地利繼續占有伊斯特裏亞、達爾馬提亞、威尼斯和阿迪傑左岸地區，而把阿迪傑右岸地區讓給內阿爾卑斯共和國。
奧地利由於戰場上的失敗，不得不接受拿破崙所給予的相當苛刻的和約條款。但是，正像它不甘心於1797年的坎波福米奧和約一樣，它對呂內維耳和約也是不甘心的，它終究要等待時機來改變這種形勢，並再一次出來同拿破崙較量。
拿破崙在戰場上和談判桌上所取得的勝利使得反法聯盟分崩離析，現在隻剩下孤零零的英國了。英國既然已經失去作戰夥伴，不能繼續執行用英鎊和艦隊唆使他人火中取栗的政策，那隻能放棄手段，接受和談。1801年10月1日，英法兩國代表在倫敦簽訂了預備和約的條款。不久以後，在法國東北部的亞眠召開了和平會議。1802年3月27日，法國全權代表約瑟夫以及西班牙、巴達維亞全權代表同英國全權代表康華裏勳爵簽訂了亞眠和約。和約規定：英國除特立尼達以及錫蘭島上荷蘭屬地外，必須將法國大革命以來所占領的一切殖民地歸還給法國以及附庸國（荷蘭、西班牙）；馬爾他島應歸還給馬爾他騎士團，並保證馬爾他的獨立與中立；英國必須退出它在地中海和亞得利亞海占領的所有港口和島嶼；法國應從埃及和羅馬撤退，把羅馬和其他教皇領地歸還給羅馬教皇。
這一條約的簽訂，英國深感沉重，他們沒有能夠從拿破崙手裏奪得他占領的歐洲任何一塊地方。然而，英國並不是戰敗國，隻是由於孤立，才被迫作出這樣重大的讓步。英國作為海上統治的霸主決不能容忍海上霸權的任何削弱，特別不能容忍削弱它對歐洲大陸的影響，所以，它並不準備履行和約條款。拿破崙心裏也十分清楚，英法和約隻是英法長期戰爭中的一個短暫的休戰，他毫不懷疑英國會隨時出來破壞和約。他作好了再次戰爭的準備。
亞眠和約雖然隻是一項停戰14個月的條約，但這項條約卻鞏固了拿破崙的權力，他得意地看到以前對他態度傲慢的英國，如今也把他當作法國政府首腦對待，他的榮耀和權力在不斷上升。一次他和秘書在馬爾梅鬆散步時，他說：“布裏昂，你也將永垂不朽了！""為什麽，將軍？""你不是我的秘書嗎？""告訴我亞力山大秘書的名字。"秘書反問道：”哦，這倒不壞！"拿破崙笑了。看得出，他對這番對話頗為滿意。
和平給了拿破崙餘裕。1802年1月7日，約瑟芬的女兒奧唐斯。博阿爾內小姐與拿破崙的弟弟路易。波拿巴舉行了婚禮。第二天，拿破崙出發去了裏昂。在那裏，內阿爾卑斯共和國的議員們在等著他選舉總統。一路上他受到了熱烈歡迎。抵達裏昂後，他受到了鄰近各省的立法團和議員代表以及義大利議員的拜謁。陪同前往的波拿巴夫人跟丈夫一起觀看了演出，同他分享裏昂市為他組織的盛大慶祝活動的歡樂。26日，拿破崙如願以償地獲得了內阿爾卑斯共和國總統的頭銜，他朝倫巴第主權又大大地前進了一步。
回到巴黎後，拿破崙開始考慮製定宗教信仰法。在此之前，一派有勢力的人曾向拿破崙倡議同教皇決裂，建立一個獨立的法國天主教會，其首腦應住在法國。並指出這樣做可以使第一執政的權力大大增強。可拿破崙卻不以為然，他說：“我相信，法國一部分是要成為新教徒的，尤其是我要贊助那個傾向的話。我也確信，法國大部分仍將信仰天主教，他們會熱情百倍地反對同胞分化。我隻須恢復法國原來盛行的宗教，再給少數人以宗教信仰自由，就能使每個人滿意了。"拿破崙本人並不信仰任何宗教，但卻深通心理戰略，他十分清楚地認識到教會仍能左右群眾的情感。法國境內還有4萬名僧侶，他們對人民的心理足以發揮強大的影響。為了使自己的政權獲得強有力的支持，拿破崙決定與天主教合作。1801年7月15日，拿破崙關於重建天主教信仰一事同新教皇庇護七世達成了政教協議。一個月後，《箴言報》發表了一項告示，措詞如下：”明天，熱月27日，即8月15日（星期日）是聖母升天節，屆時，巴黎聖母院教堂和各教區教堂都將舉行感恩讚美詩歌誦會，以示廣施恩德……。"人們不敢相信自己的眼睛，這些曾被革命風暴掃除的歷史垃圾如今重又出現在法蘭西共和國的官方報紙上，人們不由得感嘆革命早已成為往事。
同奧地利的和平談判在馬倫哥戰役之後就開始了。當時，由於奧地利派往義大利的軍隊被擊潰，它同俄國的關係已經破裂，而且害怕法俄聯盟將使它更加孤立，同意了這次談判。
1800年10月間，在巴黎開始了以拿破崙和塔列蘭為一方，以科本茨為另一方的法奧談判。談判進行得相當艱巨。不久，拿破崙退出談判，讓他的哥哥約瑟夫在洛林省的呂內維耳同科本茨繼續談判。科本茨狡黠頑固，約瑟夫堅定而圓滑，雙方都力圖使出巧妙的外交手腕戰勝對方。這時，英國給奧國提供了200萬英鎊的津貼，在英國的壓力和誘惑下，奧國又有了重起戰端的念頭。拿破崙對奧國在英國影響下出爾反爾極為憤怒，他多次強調和平的願望是有節製的。然而，雙方還在爭吵不休，看來不通過戰爭是無法取得談判的結果。11月5日，拿破崙宣布取消法奧兩國的停戰狀態，命令法軍在德意誌和義大利兩個戰場同時轉入進攻。於是，戰火又起。
12月2日，莫羅將軍率領的萊茵軍團在德國南部大敗查理大公率領的奧地利軍隊，取得了霍恩林登大捷，這次勝利打開了通往維也納的道路。與此同時，麥克唐納率領一支新軍團在義大利出征，於嚴冬季節成功地穿過了施普魯根山口，順利地前進到阿迪傑河上遊地區。這一出色行動再次切斷了曼圖亞要塞與奧地利之間的聯繫。奧地利的種種希望因軍事失敗而破滅，現在別無他法，隻得在爭取最好條件下締結和約。可拿破崙這時卻指示約瑟夫不要急於簽訂和約，他要奧地利答應滿足他的一切要求。1801年2月9日，雙方終於在呂內維耳簽訂了和約。根據和約，德意誌神聖羅馬帝國完全被排擠出萊茵河左岸，這塊領土全部歸屬法國；法國還獲得奧地利所屬的尼德蘭（比利時）和盧森堡；奧地利承認法國庇護下的黑爾維謝（瑞士）、巴達維亞（荷蘭）、利古裏亞（熱那亞）、內阿爾卑斯（倫巴第）等共和國；法國繼續占有皮埃蒙特；奧地利繼續占有伊斯特裏亞、達爾馬提亞、威尼斯和阿迪傑左岸地區，而把阿迪傑右岸地區讓給內阿爾卑斯共和國。
奧地利由於戰場上的失敗，不得不接受拿破崙所給予的相當苛刻的和約條款。但是，正像它不甘心於1797年的坎波福米奧和約一樣，它對呂內維耳和約也是不甘心的，它終究要等待時機來改變這種形勢，並再一次出來同拿破崙較量。
拿破崙在戰場上和談判桌上所取得的勝利使得反法聯盟分崩離析，現在隻剩下孤零零的英國了。英國既然已經失去作戰夥伴，不能繼續執行用英鎊和艦隊唆使他人火中取栗的政策，那隻能放棄手段，接受和談。1801年10月1日，英法兩國代表在倫敦簽訂了預備和約的條款。不久以後，在法國東北部的亞眠召開了和平會議。1802年3月27日，法國全權代表約瑟夫以及西班牙、巴達維亞全權代表同英國全權代表康華裏勳爵簽訂了亞眠和約。和約規定：英國除特立尼達以及錫蘭島上荷蘭屬地外，必須將法國大革命以來所占領的一切殖民地歸還給法國以及附庸國（荷蘭、西班牙）；馬爾他島應歸還給馬爾他騎士團，並保證馬爾他的獨立與中立；英國必須退出它在地中海和亞得利亞海占領的所有港口和島嶼；法國應從埃及和羅馬撤退，把羅馬和其他教皇領地歸還給羅馬教皇。
這一條約的簽訂，英國深感沉重，他們沒有能夠從拿破崙手裏奪得他占領的歐洲任何一塊地方。然而，英國並不是戰敗國，隻是由於孤立，才被迫作出這樣重大的讓步。英國作為海上統治的霸主決不能容忍海上霸權的任何削弱，特別不能容忍削弱它對歐洲大陸的影響，所以，它並不準備履行和約條款。拿破崙心裏也十分清楚，英法和約隻是英法長期戰爭中的一個短暫的休戰，他毫不懷疑英國會隨時出來破壞和約。他作好了再次戰爭的準備。
亞眠和約雖然隻是一項停戰14個月的條約，但這項條約卻鞏固了拿破崙的權力，他得意地看到以前對他態度傲慢的英國，如今也把他當作法國政府首腦對待，他的榮耀和權力在不斷上升。一次他和秘書在馬爾梅鬆散步時，他說：“布裏昂，你也將永垂不朽了！""為什麽，將軍？""你不是我的秘書嗎？""告訴我亞力山大秘書的名字。"秘書反問道：”哦，這倒不壞！"拿破崙笑了。看得出，他對這番對話頗為滿意。
和平給了拿破崙餘裕。1802年1月7日，約瑟芬的女兒奧唐斯。博阿爾內小姐與拿破崙的弟弟路易。波拿巴舉行了婚禮。第二天，拿破崙出發去了裏昂。在那裏，內阿爾卑斯共和國的議員們在等著他選舉總統。一路上他受到了熱烈歡迎。抵達裏昂後，他受到了鄰近各省的立法團和議員代表以及義大利議員的拜謁。陪同前往的波拿巴夫人跟丈夫一起觀看了演出，同他分享裏昂市為他組織的盛大慶祝活動的歡樂。26日，拿破崙如願以償地獲得了內阿爾卑斯共和國總統的頭銜，他朝倫巴第主權又大大地前進了一步。
回到巴黎後，拿破崙開始考慮製定宗教信仰法。在此之前，一派有勢力的人曾向拿破崙倡議同教皇決裂，建立一個獨立的法國天主教會，其首腦應住在法國。並指出這樣做可以使第一執政的權力大大增強。可拿破崙卻不以為然，他說：“我相信，法國一部分是要成為新教徒的，尤其是我要贊助那個傾向的話。我也確信，法國大部分仍將信仰天主教，他們會熱情百倍地反對同胞分化。我隻須恢復法國原來盛行的宗教，再給少數人以宗教信仰自由，就能使每個人滿意了。"拿破崙本人並不信仰任何宗教，但卻深通心理戰略，他十分清楚地認識到教會仍能左右群眾的情感。法國境內還有4萬名僧侶，他們對人民的心理足以發揮強大的影響。為了使自己的政權獲得強有力的支持，拿破崙決定與天主教合作。1801年7月15日，拿破崙關於重建天主教信仰一事同新教皇庇護七世達成了政教協議。一個月後，《箴言報》發表了一項告示，措詞如下：”明天，熱月27日，即8月15日（星期日）是聖母升天節，屆時，巴黎聖母院教堂和各教區教堂都將舉行感恩讚美詩歌誦會，以示廣施恩德……。"人們不敢相信自己的眼睛，這些曾被革命風暴掃除的歷史垃圾如今重又出現在法蘭西共和國的官方報紙上，人們不由得感嘆革命早已成為往事。