這時，沙皇轉向僧侶們說：請看，他的心何其毒也。請列位商議一下，然後提出一份他應受何種懲罰的書麵意見。當然這並非最後判決。沙皇請求他們千萬不要顧及罪犯的身份和社會地位，但同時又囑咐他們寬大為懷。
這時的太子神色自若，看起來決不會再回頭，接著他被押回要塞。
太子的情緒總在變化：先是意氣消沉，繼而天塌了也不管，再轉為歇斯底裏大發作，然後負隅頑抗——這就是阿列克謝行為的典型特徵。故而上麵描述的那種公開辯論的場麵，根本不是太子“強項”的反映，而是失去理智的人的狂言亂語和仇恨心理的大爆發。何況，當時首都曾經盛傳，太子在生命的最後幾個月精神錯亂了。1718年 4月末，法國人戴拉維曾就太子情況寫道：“他的全部行為表明，他的大腦是有毛病的。”
宣判後的次日，即1718年 6月14日，太子即被逮捕，囚禁在彼得保羅要塞。從此，他被貶為普通囚犯，帶上了足枷。想當初太子在莫斯科和彼得堡受審時，還是個自由人，可以為自己答辯、開脫，曾幾何時，他已是不打不成招的囚犯了。
太子受的第一次酷刑是在 6月19日。這一次，太子被打了二十五棍。在彼得堡衛戍司令部辦公室的一本日誌裏，載有有關的簡要記錄：“19日，沙皇陛下及樞密官大臣諸大人，於午夜十二時蒞臨衛戌部隊，對太子用嚴刑審訊後於中午一時前離去。”
法庭中的宗教界人士沒有給予明確的答覆，隻提供了一些《聖經》的摘錄來代替判決書。這些摘錄和大意是，忤逆不孝之子，應予處死；另外一些摘錄卻又說，基督本著“寬大為懷的精神”，寬恕了已經回頭的浪子，釋放了犯通姦罪應予處死的淫婦。僧侶認為，沙皇願意遵循何種先例可自便。
世俗官員的判決書說，阿列克謝的叛國罪應處以極刑。 6月24日向太子宣布判決，但並未立即執行。兩天後，他死了，可能是由於精神和肉體上備受折磨所致。
在偵查阿列克謝太子案的同時，還進行了所謂蘇茲達爾案的偵查。如果說第一個案件的中心人物是太子，那麽第二個案件的當事人則是前皇後他的親生母親。
他的母親，世俗名叫葉芙多基婭·洛普欣娜，當修女後叫葉蓮娜。在她被牽連進此案時，已在蘇茲達爾修道院度過了十八個寒暑。此時她年過四十，年富力強的歲月已一去不復返了。
將葉芙多基婭休掉之後，彼得對她再也不聞不問，這位前皇後於是得以隨心所欲地過日子：她從來不吃修道院裏的粗茶淡飯，餐桌上擺滿了眾多親友送來的佳肴美食。她隻是在進修道院以後頭幾個月穿過修女服。大約過了十年，約在1709年左右，葉蓮娜姘上了一個情夫。他就是闊地主斯捷潘·格列鮑夫上尉，到蘇茲達爾來是為了招募新兵的。被廢黜的皇後生活中的所有這些事，歷史本來是不屑與聞的，但阿列克謝叛逃事件發生以後把這些都抖落出來了。
彼得早就對這母子二人間秘密聯繫一事有所聞，太子的出逃使沙皇有理由懷疑修女葉蓮娜參與此事。1718年 2月 9日，沙皇向斯科爾尼亞科夫一皮薩列夫上尉發出一道手諭：“命你前往蘇茲達爾，到我前妻及其親信住所進行搜查，凡有可疑信件一經查出，立即將人犯及信件一併押送前來；人犯住所需派兵把守。”
斯科爾尼亞科夫一皮薩列夫總共花了三天功夫才到達蘇茲達爾並辦完沙皇命他做的一切。 2月12日，彼得從普列奧勃拉任斯科耶向偵查人發出另一道手諭：“速將吾前妻及其朋黨並老母一併解押來京，但首先需查明其未曾剃度之原由。
受此案牽連的人供認，葉蓮娜曾與斯捷潘·格列鮑夫晝夜廝混在一起。格列鮑夫本人也不否認這一點。
在審訊中格列鮑夫首當其衝。要他承認他曾對沙皇重婚口出微詞，企圖煽動叛亂等。但是，格列鮑夫忍受了三次嚴刑拷打，每一次除了通姦罪之外，他拒不承認所有其他罪行。但僅此一點就足以把這位情夫處以死刑——他被釘在尖木撅子上。審訊證明葉芙多基婭並未曾參與太子叛逃一事。這樣，她才得以保全性命。後來她被送往拉多加修道院，受著嚴密監視，直到1728年她的孫子彼得二世才下令解除了對她的監禁。
太子死於 6月26日， 6月30日為他舉行了葬禮，在這期間，彼得堡宮廷生活秩序絲毫沒有改變。“太子之死”，我們在一位外交官的報告中讀到：“並未影響第二天（ 6月27日）為波爾塔瓦戰役周年紀念照例舉行的慶祝活動，那次戰役瑞典人遭到慘敗，從此一蹶不振，沙皇開始稱雄；為此，在郵政大樓裏大擺筵席並舉行了舞會。”
第二天沙皇出席了皇太子的葬禮。
如果把彼得和阿列克謝之間的關係僅僅看作是由於父子的氣質、性格和精神麵貌不同而釀成的一出家庭悲劇，那就錯了。
在當時的情況下，這種對立不僅僅表現在父與子的相互關係上，而且表現在現實的俄國與未來的俄國的兩種觀念的對立上：父親正在付諸實現的是一種觀念，而兒子一旦獲得政權以後想要實現的則是截然相反的另一種觀念。俄國到底何去何從：是沿著改革的道路一往直前，使俄國有朝一日躋身於歐洲和世界列強之林呢，還是抱殘守缺，順著老路滑下去？
這時的太子神色自若，看起來決不會再回頭，接著他被押回要塞。
太子的情緒總在變化：先是意氣消沉，繼而天塌了也不管，再轉為歇斯底裏大發作，然後負隅頑抗——這就是阿列克謝行為的典型特徵。故而上麵描述的那種公開辯論的場麵，根本不是太子“強項”的反映，而是失去理智的人的狂言亂語和仇恨心理的大爆發。何況，當時首都曾經盛傳，太子在生命的最後幾個月精神錯亂了。1718年 4月末，法國人戴拉維曾就太子情況寫道：“他的全部行為表明，他的大腦是有毛病的。”
宣判後的次日，即1718年 6月14日，太子即被逮捕，囚禁在彼得保羅要塞。從此，他被貶為普通囚犯，帶上了足枷。想當初太子在莫斯科和彼得堡受審時，還是個自由人，可以為自己答辯、開脫，曾幾何時，他已是不打不成招的囚犯了。
太子受的第一次酷刑是在 6月19日。這一次，太子被打了二十五棍。在彼得堡衛戍司令部辦公室的一本日誌裏，載有有關的簡要記錄：“19日，沙皇陛下及樞密官大臣諸大人，於午夜十二時蒞臨衛戌部隊，對太子用嚴刑審訊後於中午一時前離去。”
法庭中的宗教界人士沒有給予明確的答覆，隻提供了一些《聖經》的摘錄來代替判決書。這些摘錄和大意是，忤逆不孝之子，應予處死；另外一些摘錄卻又說，基督本著“寬大為懷的精神”，寬恕了已經回頭的浪子，釋放了犯通姦罪應予處死的淫婦。僧侶認為，沙皇願意遵循何種先例可自便。
世俗官員的判決書說，阿列克謝的叛國罪應處以極刑。 6月24日向太子宣布判決，但並未立即執行。兩天後，他死了，可能是由於精神和肉體上備受折磨所致。
在偵查阿列克謝太子案的同時，還進行了所謂蘇茲達爾案的偵查。如果說第一個案件的中心人物是太子，那麽第二個案件的當事人則是前皇後他的親生母親。
他的母親，世俗名叫葉芙多基婭·洛普欣娜，當修女後叫葉蓮娜。在她被牽連進此案時，已在蘇茲達爾修道院度過了十八個寒暑。此時她年過四十，年富力強的歲月已一去不復返了。
將葉芙多基婭休掉之後，彼得對她再也不聞不問，這位前皇後於是得以隨心所欲地過日子：她從來不吃修道院裏的粗茶淡飯，餐桌上擺滿了眾多親友送來的佳肴美食。她隻是在進修道院以後頭幾個月穿過修女服。大約過了十年，約在1709年左右，葉蓮娜姘上了一個情夫。他就是闊地主斯捷潘·格列鮑夫上尉，到蘇茲達爾來是為了招募新兵的。被廢黜的皇後生活中的所有這些事，歷史本來是不屑與聞的，但阿列克謝叛逃事件發生以後把這些都抖落出來了。
彼得早就對這母子二人間秘密聯繫一事有所聞，太子的出逃使沙皇有理由懷疑修女葉蓮娜參與此事。1718年 2月 9日，沙皇向斯科爾尼亞科夫一皮薩列夫上尉發出一道手諭：“命你前往蘇茲達爾，到我前妻及其親信住所進行搜查，凡有可疑信件一經查出，立即將人犯及信件一併押送前來；人犯住所需派兵把守。”
斯科爾尼亞科夫一皮薩列夫總共花了三天功夫才到達蘇茲達爾並辦完沙皇命他做的一切。 2月12日，彼得從普列奧勃拉任斯科耶向偵查人發出另一道手諭：“速將吾前妻及其朋黨並老母一併解押來京，但首先需查明其未曾剃度之原由。
受此案牽連的人供認，葉蓮娜曾與斯捷潘·格列鮑夫晝夜廝混在一起。格列鮑夫本人也不否認這一點。
在審訊中格列鮑夫首當其衝。要他承認他曾對沙皇重婚口出微詞，企圖煽動叛亂等。但是，格列鮑夫忍受了三次嚴刑拷打，每一次除了通姦罪之外，他拒不承認所有其他罪行。但僅此一點就足以把這位情夫處以死刑——他被釘在尖木撅子上。審訊證明葉芙多基婭並未曾參與太子叛逃一事。這樣，她才得以保全性命。後來她被送往拉多加修道院，受著嚴密監視，直到1728年她的孫子彼得二世才下令解除了對她的監禁。
太子死於 6月26日， 6月30日為他舉行了葬禮，在這期間，彼得堡宮廷生活秩序絲毫沒有改變。“太子之死”，我們在一位外交官的報告中讀到：“並未影響第二天（ 6月27日）為波爾塔瓦戰役周年紀念照例舉行的慶祝活動，那次戰役瑞典人遭到慘敗，從此一蹶不振，沙皇開始稱雄；為此，在郵政大樓裏大擺筵席並舉行了舞會。”
第二天沙皇出席了皇太子的葬禮。
如果把彼得和阿列克謝之間的關係僅僅看作是由於父子的氣質、性格和精神麵貌不同而釀成的一出家庭悲劇，那就錯了。
在當時的情況下，這種對立不僅僅表現在父與子的相互關係上，而且表現在現實的俄國與未來的俄國的兩種觀念的對立上：父親正在付諸實現的是一種觀念，而兒子一旦獲得政權以後想要實現的則是截然相反的另一種觀念。俄國到底何去何從：是沿著改革的道路一往直前，使俄國有朝一日躋身於歐洲和世界列強之林呢，還是抱殘守缺，順著老路滑下去？