1940年7月，東條英機出任近衛內閣陸相後，促使內閣於1941年1月宣布“東亞聯盟運動”為非法組織。3月1日，東條英機以此為藉口解除了石原莞爾擔任的第十六師團師團長職務。3月31日，石原莞爾被迫退出現役，轉入預備役。
被排擠出軍界的石原莞爾在立命館大學擔任國防研究所所長，專門講授《國防論》，繼續宣傳他的侵略主張。東條英機除了因以前的過節，更重要的原因是，石原莞爾在國內大力反對迅速擴大戰爭，主張持久的戰爭計劃，這與東條英機的圖謀相左，所以東條英機不僅派憲兵跟蹤監視石原莞爾，後來幹脆命令立命館大學辭退了石原莞爾。石原莞爾迫不得已，隻得於1942年9月返回鶴岡家鄉閑居。
1945年日本戰敗投降後，石原莞爾乘機將自己裝扮成受東條英機迫害的“和平戰士”，以逃避被當作發動侵略戰爭的罪犯而受審，並出任東久邇內閣的內閣特別顧問。因為這個身份，劉建業和他的部下也就無法像對待其他戰犯嫌疑人一樣，直接將其逮捕。石原莞爾藉機接連發表了《我們的世界觀筆記》、《新日本的出路》等文章，假惺惺地提出什麽“放棄戰爭”，建設“不要戰爭的文明”的主張，企圖投美國人之所好。石原莞爾還專門給駐日盟軍總司令麥克阿瑟寫了一封建議書，提出所謂“超階級的政治”，胡說什麽“過去的政治是為階級利益的政治”，而“超階級政治”隻是“為了理想”。
盟軍開始逮捕戰犯以後，石原莞爾為了爭取主動，在盟軍最高司令部尚未對其發出逮捕令之時，就主動前往盟軍司令部自首，然後被收押進巢鴨監獄。
為了指證土肥原，劉建業和中國檢察組不得不在美國人的協助下，以與石原莞爾達成司法協議的方式，說服其出庭指證土肥原和東條英機等其他戰犯，換取不將其送上法庭受審。
“石原將軍，盡管我很想把你送上軍事法庭，讓你受到正義的審判，但是，為了指控土肥原和東條英機等人，我隻能控製住我的憤怒，與你達成這個協議。我現在隻要求你遵守這個協議，做你必須做到的，不然，我想你應該知道，僅僅是你在東北所作的那些事情，就已經足夠把你送上絞刑架的。”見證了司法協議達成以後的劉建業，對石原莞爾說道。
“這個自然，我一定嚴格遵守協議。”達成司法協議，基本保證了自己性命的石原莞爾說道。
“我聽說石原將軍的身體最近不太好，還是要注意一下，最好免得遇到給我國的吳大帥和譚貴人治病的日本醫生那樣的大夫，否則，事情恐怕不太好。”劉建業說道。
“將軍放心，我一定說到做到。”聽到劉建業的話，石原莞爾的頭上開始冒出了冷汗。這個號稱日本陸軍“大腦”的人，怎麽可能不清楚那兩個人是怎麽死的呢？現在在日本，占領軍是說話最有用的，想要讓一個已經無權無勢的舊軍人死得不明不白，那簡直就是易如反掌。
隨著石原莞爾的出庭作證，土肥原對於在東北的所作所為，更加無法抵賴了。原因很簡單，從皇姑屯到九一八，再到建立偽滿洲國，最主要的策劃和實施人就是板垣征四郎，土肥原賢二和石原莞爾。對於兩位舊日同僚在這幾件事情上的所作所為，作為同謀和共犯的石原莞爾自然是比其他人更加清楚和了解的。
如果說其他的人證，土肥原還能找到辦法狡辯推託，對於石原莞爾，土肥原就沒有辦法了。石原有著很好的記憶，對於他們三個人在那段時間裏的所作所為，回憶得相當清楚，而且連他們所策劃實施的計劃的細節，都交待的非常清楚。
在此之後，中國檢察官向哲浚登台揭發了土肥原在中國販賣鴉片的罪行，指出土肥原鼓吹日本用刺刀、鴉片、特務三件“法寶”滅亡中國的邪惡企圖。他義憤填膺地控訴道：“土肥原將鴉片和其他麻醉品作為征服中國的工具使用，這顯然違背了日本已簽署的《禁止麻醉品國際公約》要求籤約國所承擔的責任與義務。土肥原從日本在“滿洲”建立新“政權”時期開始，後來在華北、華中和華南，都曾建立起鴉片專賣機構。土肥原之所以在中國大肆販賣鴉片，其險惡目的十分明顯，那就是既可以破壞中國人民的堅韌精神和抵抗意誌，同時也可以斂取大筆收入供日本進行軍事與經濟侵略使用。”
中國檢察官在此基礎上，繼續揭露了在板垣征四郎擔任陸軍大臣時，土肥原曾來華妄圖促使吳(佩孚)唐(紹儀)合作，建立傀儡政權，以及血腥屠殺中國、馬來亞、印尼等國無辜百姓，虐待殘害戰俘等罪行。
麵對確鑿的事實，土肥原理屈詞窮，原先的囂張氣焰一掃而光，而且狼狽不堪。他自知難以抵賴，同時也怕狡辯時被迫說出更多的情況、暴露更多的罪行，所以索性放棄了申辯權。
“幹杯，我們一定要好好的慶祝一下。”向哲浚在酒館裏舉起了自己的酒杯，對與自己一起共事的檢察官和中國軍官們說道。
“是要好好的慶祝一下，土肥原這個老狐狸和板垣征四郎在法庭上被他們的老朋友石原親口指證的時候，那個臉色簡直就和豬肝一樣了。我看著他的臉色，別提有多高興了。”範副官說道。
被排擠出軍界的石原莞爾在立命館大學擔任國防研究所所長，專門講授《國防論》，繼續宣傳他的侵略主張。東條英機除了因以前的過節，更重要的原因是，石原莞爾在國內大力反對迅速擴大戰爭，主張持久的戰爭計劃，這與東條英機的圖謀相左，所以東條英機不僅派憲兵跟蹤監視石原莞爾，後來幹脆命令立命館大學辭退了石原莞爾。石原莞爾迫不得已，隻得於1942年9月返回鶴岡家鄉閑居。
1945年日本戰敗投降後，石原莞爾乘機將自己裝扮成受東條英機迫害的“和平戰士”，以逃避被當作發動侵略戰爭的罪犯而受審，並出任東久邇內閣的內閣特別顧問。因為這個身份，劉建業和他的部下也就無法像對待其他戰犯嫌疑人一樣，直接將其逮捕。石原莞爾藉機接連發表了《我們的世界觀筆記》、《新日本的出路》等文章，假惺惺地提出什麽“放棄戰爭”，建設“不要戰爭的文明”的主張，企圖投美國人之所好。石原莞爾還專門給駐日盟軍總司令麥克阿瑟寫了一封建議書，提出所謂“超階級的政治”，胡說什麽“過去的政治是為階級利益的政治”，而“超階級政治”隻是“為了理想”。
盟軍開始逮捕戰犯以後，石原莞爾為了爭取主動，在盟軍最高司令部尚未對其發出逮捕令之時，就主動前往盟軍司令部自首，然後被收押進巢鴨監獄。
為了指證土肥原，劉建業和中國檢察組不得不在美國人的協助下，以與石原莞爾達成司法協議的方式，說服其出庭指證土肥原和東條英機等其他戰犯，換取不將其送上法庭受審。
“石原將軍，盡管我很想把你送上軍事法庭，讓你受到正義的審判，但是，為了指控土肥原和東條英機等人，我隻能控製住我的憤怒，與你達成這個協議。我現在隻要求你遵守這個協議，做你必須做到的，不然，我想你應該知道，僅僅是你在東北所作的那些事情，就已經足夠把你送上絞刑架的。”見證了司法協議達成以後的劉建業，對石原莞爾說道。
“這個自然，我一定嚴格遵守協議。”達成司法協議，基本保證了自己性命的石原莞爾說道。
“我聽說石原將軍的身體最近不太好，還是要注意一下，最好免得遇到給我國的吳大帥和譚貴人治病的日本醫生那樣的大夫，否則，事情恐怕不太好。”劉建業說道。
“將軍放心，我一定說到做到。”聽到劉建業的話，石原莞爾的頭上開始冒出了冷汗。這個號稱日本陸軍“大腦”的人，怎麽可能不清楚那兩個人是怎麽死的呢？現在在日本，占領軍是說話最有用的，想要讓一個已經無權無勢的舊軍人死得不明不白，那簡直就是易如反掌。
隨著石原莞爾的出庭作證，土肥原對於在東北的所作所為，更加無法抵賴了。原因很簡單，從皇姑屯到九一八，再到建立偽滿洲國，最主要的策劃和實施人就是板垣征四郎，土肥原賢二和石原莞爾。對於兩位舊日同僚在這幾件事情上的所作所為，作為同謀和共犯的石原莞爾自然是比其他人更加清楚和了解的。
如果說其他的人證，土肥原還能找到辦法狡辯推託，對於石原莞爾，土肥原就沒有辦法了。石原有著很好的記憶，對於他們三個人在那段時間裏的所作所為，回憶得相當清楚，而且連他們所策劃實施的計劃的細節，都交待的非常清楚。
在此之後，中國檢察官向哲浚登台揭發了土肥原在中國販賣鴉片的罪行，指出土肥原鼓吹日本用刺刀、鴉片、特務三件“法寶”滅亡中國的邪惡企圖。他義憤填膺地控訴道：“土肥原將鴉片和其他麻醉品作為征服中國的工具使用，這顯然違背了日本已簽署的《禁止麻醉品國際公約》要求籤約國所承擔的責任與義務。土肥原從日本在“滿洲”建立新“政權”時期開始，後來在華北、華中和華南，都曾建立起鴉片專賣機構。土肥原之所以在中國大肆販賣鴉片，其險惡目的十分明顯，那就是既可以破壞中國人民的堅韌精神和抵抗意誌，同時也可以斂取大筆收入供日本進行軍事與經濟侵略使用。”
中國檢察官在此基礎上，繼續揭露了在板垣征四郎擔任陸軍大臣時，土肥原曾來華妄圖促使吳(佩孚)唐(紹儀)合作，建立傀儡政權，以及血腥屠殺中國、馬來亞、印尼等國無辜百姓，虐待殘害戰俘等罪行。
麵對確鑿的事實，土肥原理屈詞窮，原先的囂張氣焰一掃而光，而且狼狽不堪。他自知難以抵賴，同時也怕狡辯時被迫說出更多的情況、暴露更多的罪行，所以索性放棄了申辯權。
“幹杯，我們一定要好好的慶祝一下。”向哲浚在酒館裏舉起了自己的酒杯，對與自己一起共事的檢察官和中國軍官們說道。
“是要好好的慶祝一下，土肥原這個老狐狸和板垣征四郎在法庭上被他們的老朋友石原親口指證的時候，那個臉色簡直就和豬肝一樣了。我看著他的臉色，別提有多高興了。”範副官說道。