中央軍占領福州後，蔣介石任命蔣鼎文為東路軍總司令，節製所有在福建的部隊，第87師擔任了福州及閩東地區的警備任務，而第88師返回南京。
而在泉州的十九路軍殘部已被團團包圍，蔡廷鍇見大勢已去，隻身離開部隊。中央軍每天派出飛機在泉州上空散發傳單，告之中央軍所在位置，說明十九路軍已完全陷於重圍之中，勸其派出代表接洽投降。同時中央軍派83師參謀處長符昭騫前往泉州勸降。（符是廣東人，與十九路軍的一些中高級軍官熟識），在軍事和政治雙重壓力之下，再加上與中央早有聯繫的毛維壽、張炎等力主和平解決，最後，十九路軍餘部接受了中央提出的條件，各軍照原番號縮編為師，所有師長團長均由中央另派人接任，原十九路軍的軍、師、團長由中央資遣出洋或依其誌願送入陸軍大學或高級教育班學習。協議簽署後，十九路軍餘部開出泉州到仙遊、莆田一帶整編。因十九路軍中反蔣意識很強，蔣介石恐有不測，便密令嫡係部隊36師採取突然行動收繳十九路軍餘部武器。隨後，這些隊伍便被陸續送到河南等地整訓，營長以上的軍官全部換成了中央軍校出身的，這幾個師也就逐漸中央化。在一二八淞滬抗戰中英勇奮戰的十九路軍就此消亡。而曾與之並肩戰鬥在抗日第一線的德式師，竟然成為平定福建事變的急先鋒，雙方從昔日生死與共的袍澤變成幹戈相向的對手，更是令人唏噓不已。
36師在此期間還參與了一件重大歷史事件：槍決中共領袖瞿秋白。
瞿秋白，1899年出生，江蘇常州人，原名懋淼，號熊伯，後改號秋白。1920年訪問蘇聯，1922年加入中國共產黨，1924年初，受中共中央的委派，參與同以孫中山為首的國民黨建立革命統一戰線的工作，並出席了國民黨第一次全國代表大會，當選為中央候補委員。在中共第三次至第五次全國代表大會上，都當選為中央委員。1927年8月主持中共中央緊急會議（即著名的八七會議），當選為中共中央臨時政治局書記。1928年7月，在中共第六次全國代表大會上，當選為中央委員、中央政治局委員。隨後出席共產國際第六次代表大會，當選為國際執行委員和主席團委員，並任中共駐共產國際代表團團長。1930年回國，同年9月，主持召開中共六屆三中全會，停止了李立三“左”傾冒險主義錯誤。在1931年1月中共六屆四中全會上，受王明等人的無情打擊，被解除中央領導職務。1933年赴中央蘇區，任中央工農民主政府執行委員、人民教育委員。
1934年10月，紅軍主力開始長征，身患重病的瞿秋白不能隨軍長征，被留在了瑞金。
1935年初，蘇區鬥爭形勢更為險惡，瞿秋白病情加重，中央決定送他轉道香港去上海就醫。2月11日，瞿秋白、何叔衡、鄧子恢及項英的妻子張亮一行從瑞金九堡附近動身，到達中共福建省委所在地湯屋後，中華蘇維埃工農民主政府司法人民委員兼代內務人民委員梁柏台的妻子周月林也加入隊伍，中共福建省委專門選調了二百餘人組成護送隊沿途保護。
2月24日在福建長汀縣濯田區水口鎮小逕村附近，被當地地主武裝發現，並立即報告了駐紮在當地的福建省保安十四團第二營，第二營隨即對護送隊發起攻擊，戰鬥中護送隊被擊潰，何叔衡犧牲，鄧子恢率少數人突出重圍，行動不便的瞿秋白和張亮、周月林等人則被地主武裝“義勇隊”隊員範金柱、賴忠順發現俘獲。瞿秋白謊稱自己名叫林琪祥，是紅軍中的醫生。張亮供稱為周蓮玉，是被紅軍“綁票”的，周月林供稱為黃秀英，是紅軍護士。保安十四團團長鍾紹葵得知被俘的“林琪祥”等人攜有港鈔、黃金，護送人員多數攜帶駁殼槍，認為林琪祥很可能是共產黨“要人”，連夜對瞿秋白進行嚴刑拷打，但一無所獲。
2月26日瞿秋白被押解到上杭，囚禁於上杭縣監獄，其真實身份一直沒有暴露。直到4月10日，國軍第8師俘虜中共福建省委書記萬永誠之妻，才知道瞿秋白已經在濯田地區被俘。第8師師長陶峙嶽立即電告國民黨駐閩綏靖公署主任蔣鼎文。蔣鼎文隨即電令駐防在長汀的第36師和管轄該地區的第二綏靖區對俘虜進行全麵覆核，保安第十四團根據36師的電令，於4月25日將林琪祥解送長汀36師師部，並將已經保釋的張亮、周月林重新收押，解送第二綏靖區司令部駐地龍巖。張亮、周月林隨即供稱“林琪祥就是瞿秋白！” （張、周兩人後又公開發表“反共悔過書”，於 1935年9月20日各被判處有期徒刑十年，1937年10月2日提前獲釋。）
5月9日瞿秋白被押解到長汀，關押在長汀中學裏的第36師師部，36師參謀長向賢矩、軍法處長吳淞濤、政訓處長蔣先啟等人對瞿秋白進行審訊，在叛徒鄭大鵬（曾在蘇區教育人民委員會工作）的指認下，瞿秋白承認了自己的身份。
在師長宋希濂的指示下，36師上下官兵對瞿秋白口稱“瞿先生”，並給予了生活上的優待。6月2日，蔣介石從武昌行營密令蔣鼎文：“瞿匪秋白即在閩就地槍決，照相呈驗。”由於中統特務王傲夫和陳建中還在做勸降工作，所以拖遲了行刑的時間。等王、陳勸降不成，，蔣鼎文、李默庵於6月15日、16日、17日連電催促36師迅速執行處決。
6月18日，早晨8時，36師特務連連長向瞿秋白出示槍決命令，瞿秋白揮筆書寫絕筆詩：“夕陽明滅亂山中，落葉寒泉聽不窮。已忍伶俜十年事，心持半偈萬緣空。”同時鎮靜地說：“人生有小休息，有大休息，今後我要大休息了。”9時20分，瞿秋白在36師政訓處長蔣先啟的陪伴下走出囚室，步行約2000米，來到位於長汀西門外羅漢嶺下蛇王宮養濟院右側的一片草坪，一路上瞿秋白手挾香菸，顧盼自如，緩步而行，不時用俄語高唱《國際歌》，並高呼“中國共產黨萬歲”、“中國革命勝利萬歲”、“共產主義萬歲”口號。到達刑場後，瞿秋白盤膝坐在草坪上，對劊子手微笑點頭說：“此地很好！”飲彈灑血，從容就義，年僅三十六歲。
而在泉州的十九路軍殘部已被團團包圍，蔡廷鍇見大勢已去，隻身離開部隊。中央軍每天派出飛機在泉州上空散發傳單，告之中央軍所在位置，說明十九路軍已完全陷於重圍之中，勸其派出代表接洽投降。同時中央軍派83師參謀處長符昭騫前往泉州勸降。（符是廣東人，與十九路軍的一些中高級軍官熟識），在軍事和政治雙重壓力之下，再加上與中央早有聯繫的毛維壽、張炎等力主和平解決，最後，十九路軍餘部接受了中央提出的條件，各軍照原番號縮編為師，所有師長團長均由中央另派人接任，原十九路軍的軍、師、團長由中央資遣出洋或依其誌願送入陸軍大學或高級教育班學習。協議簽署後，十九路軍餘部開出泉州到仙遊、莆田一帶整編。因十九路軍中反蔣意識很強，蔣介石恐有不測，便密令嫡係部隊36師採取突然行動收繳十九路軍餘部武器。隨後，這些隊伍便被陸續送到河南等地整訓，營長以上的軍官全部換成了中央軍校出身的，這幾個師也就逐漸中央化。在一二八淞滬抗戰中英勇奮戰的十九路軍就此消亡。而曾與之並肩戰鬥在抗日第一線的德式師，竟然成為平定福建事變的急先鋒，雙方從昔日生死與共的袍澤變成幹戈相向的對手，更是令人唏噓不已。
36師在此期間還參與了一件重大歷史事件：槍決中共領袖瞿秋白。
瞿秋白，1899年出生，江蘇常州人，原名懋淼，號熊伯，後改號秋白。1920年訪問蘇聯，1922年加入中國共產黨，1924年初，受中共中央的委派，參與同以孫中山為首的國民黨建立革命統一戰線的工作，並出席了國民黨第一次全國代表大會，當選為中央候補委員。在中共第三次至第五次全國代表大會上，都當選為中央委員。1927年8月主持中共中央緊急會議（即著名的八七會議），當選為中共中央臨時政治局書記。1928年7月，在中共第六次全國代表大會上，當選為中央委員、中央政治局委員。隨後出席共產國際第六次代表大會，當選為國際執行委員和主席團委員，並任中共駐共產國際代表團團長。1930年回國，同年9月，主持召開中共六屆三中全會，停止了李立三“左”傾冒險主義錯誤。在1931年1月中共六屆四中全會上，受王明等人的無情打擊，被解除中央領導職務。1933年赴中央蘇區，任中央工農民主政府執行委員、人民教育委員。
1934年10月，紅軍主力開始長征，身患重病的瞿秋白不能隨軍長征，被留在了瑞金。
1935年初，蘇區鬥爭形勢更為險惡，瞿秋白病情加重，中央決定送他轉道香港去上海就醫。2月11日，瞿秋白、何叔衡、鄧子恢及項英的妻子張亮一行從瑞金九堡附近動身，到達中共福建省委所在地湯屋後，中華蘇維埃工農民主政府司法人民委員兼代內務人民委員梁柏台的妻子周月林也加入隊伍，中共福建省委專門選調了二百餘人組成護送隊沿途保護。
2月24日在福建長汀縣濯田區水口鎮小逕村附近，被當地地主武裝發現，並立即報告了駐紮在當地的福建省保安十四團第二營，第二營隨即對護送隊發起攻擊，戰鬥中護送隊被擊潰，何叔衡犧牲，鄧子恢率少數人突出重圍，行動不便的瞿秋白和張亮、周月林等人則被地主武裝“義勇隊”隊員範金柱、賴忠順發現俘獲。瞿秋白謊稱自己名叫林琪祥，是紅軍中的醫生。張亮供稱為周蓮玉，是被紅軍“綁票”的，周月林供稱為黃秀英，是紅軍護士。保安十四團團長鍾紹葵得知被俘的“林琪祥”等人攜有港鈔、黃金，護送人員多數攜帶駁殼槍，認為林琪祥很可能是共產黨“要人”，連夜對瞿秋白進行嚴刑拷打，但一無所獲。
2月26日瞿秋白被押解到上杭，囚禁於上杭縣監獄，其真實身份一直沒有暴露。直到4月10日，國軍第8師俘虜中共福建省委書記萬永誠之妻，才知道瞿秋白已經在濯田地區被俘。第8師師長陶峙嶽立即電告國民黨駐閩綏靖公署主任蔣鼎文。蔣鼎文隨即電令駐防在長汀的第36師和管轄該地區的第二綏靖區對俘虜進行全麵覆核，保安第十四團根據36師的電令，於4月25日將林琪祥解送長汀36師師部，並將已經保釋的張亮、周月林重新收押，解送第二綏靖區司令部駐地龍巖。張亮、周月林隨即供稱“林琪祥就是瞿秋白！” （張、周兩人後又公開發表“反共悔過書”，於 1935年9月20日各被判處有期徒刑十年，1937年10月2日提前獲釋。）
5月9日瞿秋白被押解到長汀，關押在長汀中學裏的第36師師部，36師參謀長向賢矩、軍法處長吳淞濤、政訓處長蔣先啟等人對瞿秋白進行審訊，在叛徒鄭大鵬（曾在蘇區教育人民委員會工作）的指認下，瞿秋白承認了自己的身份。
在師長宋希濂的指示下，36師上下官兵對瞿秋白口稱“瞿先生”，並給予了生活上的優待。6月2日，蔣介石從武昌行營密令蔣鼎文：“瞿匪秋白即在閩就地槍決，照相呈驗。”由於中統特務王傲夫和陳建中還在做勸降工作，所以拖遲了行刑的時間。等王、陳勸降不成，，蔣鼎文、李默庵於6月15日、16日、17日連電催促36師迅速執行處決。
6月18日，早晨8時，36師特務連連長向瞿秋白出示槍決命令，瞿秋白揮筆書寫絕筆詩：“夕陽明滅亂山中，落葉寒泉聽不窮。已忍伶俜十年事，心持半偈萬緣空。”同時鎮靜地說：“人生有小休息，有大休息，今後我要大休息了。”9時20分，瞿秋白在36師政訓處長蔣先啟的陪伴下走出囚室，步行約2000米，來到位於長汀西門外羅漢嶺下蛇王宮養濟院右側的一片草坪，一路上瞿秋白手挾香菸，顧盼自如，緩步而行，不時用俄語高唱《國際歌》，並高呼“中國共產黨萬歲”、“中國革命勝利萬歲”、“共產主義萬歲”口號。到達刑場後，瞿秋白盤膝坐在草坪上，對劊子手微笑點頭說：“此地很好！”飲彈灑血，從容就義，年僅三十六歲。