山本上任後不久就恢復了因交接而中斷的日常訓練。他第一次站在"長門"號上看著由自己親自指揮的這支世界第三大艦隊撥錨起航。
"離港還有15分鍾，各艦航海值班人員各就各位。"
一聲令下，各艦從艦首到艦橋，立刻呈現出一片緊張繁忙的氣氛和景象。總共80艘大小戰艦井然有序，煙囪裏冒出的黑煙籠罩了整個和歌之浦碼頭。
"第2戰隊第1號艦正起錨。"
隨著報告聲完畢，"長門"號的汽笛發出一聲長嗚，下達了"立即出港"的命令。
負責艦隊警戒任務的潛艇部隊最先駛出港口。山本手裏拿著雙筒望遠鏡來到艦橋。他一邊聽著航海科傳令兵關於各戰隊各艦的行動情況報告，一邊直接觀察著艦隊出港。
傳令兵繼續報告：
"第4戰隊正在出港：高雄、愛宕、鳥海、摩耶出港了。"
"後麵是伊勢出港了，日向、扶桑出港了。"
"赤城、加賀、蒼龍、飛龍第1、2航空戰隊依次出港了。"
當山本看到隨後駛出的龐大的航空母艦時，他的眼睛好像一下明亮起來：現在該是將自己的航空戰術思想付諸實踐的時候了。
山本首先改變了老一套的訓練方法。在海軍，艦隊夜間出入港口是艦隊訓練中難度很大且有危險的科目，稍有失誤，就會發生損傷"天皇軍艦"的事故，情節嚴重者要受到切腹的懲罰。因此在已往的訓練中，一般是各艦都要打開信號識別燈，並以無線電保持各艦間的通信聯絡，以免發生軍艦相撞毀傷艦隻的事故，這已成為聯合艦隊不成文的慣例。但山本認為，這是不符合實戰要求的。因為戰時，艦隊出港是不允許打開信號燈和使用無線電的，即使使用微弱的無線電波聯絡也是被禁止的。他要求各艦一律不準開信號燈，並關閉艦上的無線電聯絡裝置。艦與艦間保持一定距離依次跟著各自的旗艦摸黑前進。
這是難度相當大的出入港訓練。幾萬噸的龐然大物，啟動後的慣性是相當大的，在黑暗中各艦保持一定的距離和準確的方向，使艦上人員高度緊張。一旦發現艦與艦間的距離過近時，靠艦上機械的製動能力是很難抑製住巨大的慣性的。山本的目的就是要訓練日本海軍的夜戰能力。
接著山本在完成前任總司令官吉田善吾製定的年度訓練計劃後，到1940年便改以他心中構思已久的以航空兵力為中心的訓練
1940年3月，山本為了檢驗海軍航空兵的攻擊能力，安排了一次代號為"123號作業"的演習。演習的計劃安排是，駐在誌布的艦隊從有明灣出發，經過九州東岸北上，向佐舊灣進發；航空隊則搜索北上的艦隊並利用夜間對艦隊實施轟炸。
指揮魚雷轟炸機的是"赤城"號航空母艦飛行隊長淵田美津雄少佐。他在發現山本五十六的艦隊之後，便緊緊盯住山本的座艦——旗艦"長門"號。"長門"號打開探照燈，試圖擾亂追蹤飛機的視線，並用高射炮向空中的飛機猛烈射擊，同時，加快艦速拚命躲避。淵田率飛機巧妙地躲開了高射炮的反擊，連連向艦上投放訓練用的魚雷炸彈，彈不虛發，發發命中。
看到這一情景，山本心中十分高興，他用稱讚的口氣問身邊的航空參謀："這批飛機是誰指揮的？"
"飛行隊長淵田美津雄。"
"淵田……"聽到回答，沉思中的山本似乎牢牢地記住了這個名字。
過了一會兒，山本對他的參謀長福留繁無意中說道：
"照這個水平，難道還不能攻擊珍珠港嗎？"
福留少將迷惆地望著山本，根本不知道他在說什麽。
山本五十六除抓緊艦隊的日常訓練外，還十分關注國外第二次世界大戰局勢的發展，尤其是美國海軍的發展。他鑑於美國海軍正在急速地擴大，尤以成為美國太平洋艦隊基地的夏威夷珍珠港，直接從側腹威脅日本，加上飛機飛速的發展，續航力不斷延長，日本過去的防禦線已難以保衛日本列島的安全，便把原來從小笠原群島連結馬裏亞納群島的日本第一道防線，向前推進到從東卡羅林群島到馬紹爾群島的防線，並將這一防線定為迎擊決戰的戰線。
來到海上，就等於來到了戰爭第一線，對此山本深有感觸。他早在長岡中學同學會與長岡社在東京九段的軍人會館為他就任聯合艦隊司令官而舉辦的慶祝會上就曾經說過："我現在的任務關係到國家的興亡，所以隻許成功不許失敗，也因此，自接任聯合艦隊司令長官以來從未安睡。"
此言並非危言聳聽，因為大戰的爆發對整個日本都是一次巨大的挑戰。慣於混水摸魚的日本統治集團，雖然看到歐戰的爆發有機可乘，但無奈現在卻被中國人民的抗戰束縛了手腳，使它不能像第一次世界大戰那樣，乘機在東方大撈一把。不得已，日本統治集團還是決定首先解決中國問題。
9月4日，在大戰爆發以後新組內閣發表聲明：日本不介入歐洲戰爭，專注於解決中國事變。這一方針要求日本軍方迅速採取更進一步的行動。據此日本軍部確立了新的行動方案：以1940年為期限，努力解決中國事變。日本對中國新的一輪攻勢開始了。
"離港還有15分鍾，各艦航海值班人員各就各位。"
一聲令下，各艦從艦首到艦橋，立刻呈現出一片緊張繁忙的氣氛和景象。總共80艘大小戰艦井然有序，煙囪裏冒出的黑煙籠罩了整個和歌之浦碼頭。
"第2戰隊第1號艦正起錨。"
隨著報告聲完畢，"長門"號的汽笛發出一聲長嗚，下達了"立即出港"的命令。
負責艦隊警戒任務的潛艇部隊最先駛出港口。山本手裏拿著雙筒望遠鏡來到艦橋。他一邊聽著航海科傳令兵關於各戰隊各艦的行動情況報告，一邊直接觀察著艦隊出港。
傳令兵繼續報告：
"第4戰隊正在出港：高雄、愛宕、鳥海、摩耶出港了。"
"後麵是伊勢出港了，日向、扶桑出港了。"
"赤城、加賀、蒼龍、飛龍第1、2航空戰隊依次出港了。"
當山本看到隨後駛出的龐大的航空母艦時，他的眼睛好像一下明亮起來：現在該是將自己的航空戰術思想付諸實踐的時候了。
山本首先改變了老一套的訓練方法。在海軍，艦隊夜間出入港口是艦隊訓練中難度很大且有危險的科目，稍有失誤，就會發生損傷"天皇軍艦"的事故，情節嚴重者要受到切腹的懲罰。因此在已往的訓練中，一般是各艦都要打開信號識別燈，並以無線電保持各艦間的通信聯絡，以免發生軍艦相撞毀傷艦隻的事故，這已成為聯合艦隊不成文的慣例。但山本認為，這是不符合實戰要求的。因為戰時，艦隊出港是不允許打開信號燈和使用無線電的，即使使用微弱的無線電波聯絡也是被禁止的。他要求各艦一律不準開信號燈，並關閉艦上的無線電聯絡裝置。艦與艦間保持一定距離依次跟著各自的旗艦摸黑前進。
這是難度相當大的出入港訓練。幾萬噸的龐然大物，啟動後的慣性是相當大的，在黑暗中各艦保持一定的距離和準確的方向，使艦上人員高度緊張。一旦發現艦與艦間的距離過近時，靠艦上機械的製動能力是很難抑製住巨大的慣性的。山本的目的就是要訓練日本海軍的夜戰能力。
接著山本在完成前任總司令官吉田善吾製定的年度訓練計劃後，到1940年便改以他心中構思已久的以航空兵力為中心的訓練
1940年3月，山本為了檢驗海軍航空兵的攻擊能力，安排了一次代號為"123號作業"的演習。演習的計劃安排是，駐在誌布的艦隊從有明灣出發，經過九州東岸北上，向佐舊灣進發；航空隊則搜索北上的艦隊並利用夜間對艦隊實施轟炸。
指揮魚雷轟炸機的是"赤城"號航空母艦飛行隊長淵田美津雄少佐。他在發現山本五十六的艦隊之後，便緊緊盯住山本的座艦——旗艦"長門"號。"長門"號打開探照燈，試圖擾亂追蹤飛機的視線，並用高射炮向空中的飛機猛烈射擊，同時，加快艦速拚命躲避。淵田率飛機巧妙地躲開了高射炮的反擊，連連向艦上投放訓練用的魚雷炸彈，彈不虛發，發發命中。
看到這一情景，山本心中十分高興，他用稱讚的口氣問身邊的航空參謀："這批飛機是誰指揮的？"
"飛行隊長淵田美津雄。"
"淵田……"聽到回答，沉思中的山本似乎牢牢地記住了這個名字。
過了一會兒，山本對他的參謀長福留繁無意中說道：
"照這個水平，難道還不能攻擊珍珠港嗎？"
福留少將迷惆地望著山本，根本不知道他在說什麽。
山本五十六除抓緊艦隊的日常訓練外，還十分關注國外第二次世界大戰局勢的發展，尤其是美國海軍的發展。他鑑於美國海軍正在急速地擴大，尤以成為美國太平洋艦隊基地的夏威夷珍珠港，直接從側腹威脅日本，加上飛機飛速的發展，續航力不斷延長，日本過去的防禦線已難以保衛日本列島的安全，便把原來從小笠原群島連結馬裏亞納群島的日本第一道防線，向前推進到從東卡羅林群島到馬紹爾群島的防線，並將這一防線定為迎擊決戰的戰線。
來到海上，就等於來到了戰爭第一線，對此山本深有感觸。他早在長岡中學同學會與長岡社在東京九段的軍人會館為他就任聯合艦隊司令官而舉辦的慶祝會上就曾經說過："我現在的任務關係到國家的興亡，所以隻許成功不許失敗，也因此，自接任聯合艦隊司令長官以來從未安睡。"
此言並非危言聳聽，因為大戰的爆發對整個日本都是一次巨大的挑戰。慣於混水摸魚的日本統治集團，雖然看到歐戰的爆發有機可乘，但無奈現在卻被中國人民的抗戰束縛了手腳，使它不能像第一次世界大戰那樣，乘機在東方大撈一把。不得已，日本統治集團還是決定首先解決中國問題。
9月4日，在大戰爆發以後新組內閣發表聲明：日本不介入歐洲戰爭，專注於解決中國事變。這一方針要求日本軍方迅速採取更進一步的行動。據此日本軍部確立了新的行動方案：以1940年為期限，努力解決中國事變。日本對中國新的一輪攻勢開始了。