"是的。"山本答道，"更有甚者竟說第二天就把我弄死。不過，我認為，殺了我並沒有用，絲毫也改變不了海軍的觀點和立場。本人深信，我的後任次官會和我說同樣的話。即使換上5個甚至10個新的次官，也不會改變海軍的主張。"
當時海軍省經常收到"宣言書"、"請願書"、"勸辭書"和"鋤奸書"。有一份脅迫山本辭職的"勸辭書"這樣寫道：海軍次官山本五十六閣下：
日英一戰勢在難免。此戰，乃以吾皇道建立世界新秩序之聖戰。斷絕與英邦交，締結日、德、意三國軍事同盟，乃吾帝國當今務須採取之緊急國策，舍此無以贏戰。然，現今國內尚存一段依附於英國之保守勢力，實為已亡"幕府"之續爾。貴官即親英派之首，且勾結海相米內，竭力阻止維新國策之遂，實出爾等之私利，現已昭然於天下。爾等之所為，使我帝國海軍麵臨墮為重臣財閥私屬之危。貴官5月17日，往英國使館參加晚宴，舉親英之觥，助英人士氣之所為，同翌日於鼓浪嶼蒙受英、美、法幹涉之辱，實出一理，係負吾疆場陣亡將士英靈，置兵年苦勞於不顧之舉。更有甚者，至今仍執迷不悟，一意孤行。國家興亡，匹夫有責。吾等皇上庶民，出於護國之心，強民族之誌，鄭請貴官速辭現職。切切。
聖戰貫徹同盟
1939年7月4日
秘書官實鬆讓還特意記下了前來遞送"勸辭書"人的口頭轉告：
請轉告山本，如果他不立即辭職的話，本同盟將呼籲全國國民，使他陷入窘境。同時，我們還要採取強有力的其他手段或措施，屆時，勿謂言之不預也。
有時，那些前來海軍省鬧事的人會突然出現，用命令的口吻讓實鬆等秘書站起來，然後，拿出事先寫好了的宣言高聲朗讀，無非是一些"替天行道，誅討山本"之類的話，令人想起日本江戶時代一些腰掛武士刀的浪士滑稽可笑的形象。
每當有人要來海軍省鬧事，山本就會事先躲起來。大部分時間是穿上便裝乘計程車躲到其部屬蛇本重治家中。星期六和星期天，山本也從不回家，都躲在（魚它）本家裏打麻將、玩花牌，就連同千代子幽會也難得去一趟了。
山本越來越需要貼身警衛了。然而，日本海軍沒有憲兵隊，如果要配警衛，隻有接受陸軍的憲兵。這時山本才很後悔地說；"海軍沒有自己的憲兵隊，隻能依賴於陸軍，這是海軍的欠缺。"因為陸軍常常借為海軍配備憲兵之際，安插密探，探察海軍的內部情報。因此，山本最反對海軍接受陸軍的憲兵。不得已，海軍省隻好找警察署，要求警察暗中保護山本的安全，並在次官官邸周圍安排了專門負責其安全的警察巡邏人員。山本外出時，還隨身攜帶著一管特製的催淚劑防護器，以備有人襲擊時用來自衛。
在這樣一種形勢下，山本雖然表麵上若無其事，甚至談笑風生地與人拿自己的腦袋開玩笑，說自己的腦袋值10萬日元，但內心卻充滿了焦慮和不安。
自從1939年5月以後，山本就似乎做好了隨時遇難身死的準備。他每天像螞蟻搬家一樣，把辦公室裏的私人東西都拿回家了。不久，在他的辦公室裏，已幾乎沒有他私人的東西了。每天差不多他都要換上新的兜襠布。15月31日，甚至預先寫好了遺書。這份遺書，是後來他在太平洋戰爭中戰死後，於海軍省次官辦公室的保險櫃裏發現的，全文寫道：
1日本人的一種習俗。人在臨死前，都要換上新的兜襠布，類似於中國穿壽衣風俗。——作者
述誌
一死報君國，自古為軍人之至高夙願。戰死於疆場抑或捐軀於後方，有何異哉？奮戰沙場光榮而亡，易；排眾議為己誌而斃，難。皇恩浩蕩，國家長久。吾朝夕所思者乃君國之百年大計，個人之生死、榮辱何足論哉！《論語》曰："丹可磨而不可奪其色，蘭可燔而不可滅其香。"（原文為漢語）吾身可滅，而吾誌不可奪也。
昭和14年（1939）5月31日
於海軍省次官官邸
山本五十六題
這樣，一直到1939年8月，由於山本的反對和內部意見不統一，日本與德國結盟問題始終沒有得到解決。與此同時，德國對同日本結盟的打算也因此時其正與蘇聯打得火熱而冷淡。8月23日，長期對立、爭吵的蘇德兩國突然締結了互不侵犯條約。在這之前，德國與蘇聯的締約活動一直隱瞞著日本。8月21日，德國在斷定這時把正在進行的蘇德談判通告它的東方盟友已不會有什麽風險之後，才將這一消息告訴了大島浩。大島對納粹政權最為傾倒的就是它作出決定的迅速和果斷，現在他有充分的機會來欣賞這一點了。裏賓特洛甫在那天晚上打電話通知了他，當時裏賓特洛甫正準備動身前往莫斯科，在他上飛機以前，已沒有時間看到他的狼狽不堪的日本朋友了。驚恐交加的大島半夜裏求見魏茨澤克，那位德國官員後來告訴裏賓特洛甫："日本大使像往常一樣顯得談吐自若。但同時，我卻發現他的某種不安情緒隨著談話的進行而不斷增長。"
當這條爆炸性的消息傳到東京時，日本政府就像打開信箱卻猛地碰上一群黃蜂飛出來一樣，它對事先沒有得到通知而感到十分惱火，並茫然不知所措，上下一片混亂。因為德蘇互不侵犯條約與先前德國與日本簽訂的防共協定是根本矛盾的，這不僅意味著日本原先為牽製蘇聯而加強防共協定的目的已經徹底告吹，還意味著日本被它所一直依靠的德國盟友出賣了。8月25日，平沼騏一郎召集了最後一次五相會議，決定停止三國同盟條約的交涉。遂後便於8月28日以"歐洲發生了複雜離奇的新形勢"為藉口，全體辭職。
當時海軍省經常收到"宣言書"、"請願書"、"勸辭書"和"鋤奸書"。有一份脅迫山本辭職的"勸辭書"這樣寫道：海軍次官山本五十六閣下：
日英一戰勢在難免。此戰，乃以吾皇道建立世界新秩序之聖戰。斷絕與英邦交，締結日、德、意三國軍事同盟，乃吾帝國當今務須採取之緊急國策，舍此無以贏戰。然，現今國內尚存一段依附於英國之保守勢力，實為已亡"幕府"之續爾。貴官即親英派之首，且勾結海相米內，竭力阻止維新國策之遂，實出爾等之私利，現已昭然於天下。爾等之所為，使我帝國海軍麵臨墮為重臣財閥私屬之危。貴官5月17日，往英國使館參加晚宴，舉親英之觥，助英人士氣之所為，同翌日於鼓浪嶼蒙受英、美、法幹涉之辱，實出一理，係負吾疆場陣亡將士英靈，置兵年苦勞於不顧之舉。更有甚者，至今仍執迷不悟，一意孤行。國家興亡，匹夫有責。吾等皇上庶民，出於護國之心，強民族之誌，鄭請貴官速辭現職。切切。
聖戰貫徹同盟
1939年7月4日
秘書官實鬆讓還特意記下了前來遞送"勸辭書"人的口頭轉告：
請轉告山本，如果他不立即辭職的話，本同盟將呼籲全國國民，使他陷入窘境。同時，我們還要採取強有力的其他手段或措施，屆時，勿謂言之不預也。
有時，那些前來海軍省鬧事的人會突然出現，用命令的口吻讓實鬆等秘書站起來，然後，拿出事先寫好了的宣言高聲朗讀，無非是一些"替天行道，誅討山本"之類的話，令人想起日本江戶時代一些腰掛武士刀的浪士滑稽可笑的形象。
每當有人要來海軍省鬧事，山本就會事先躲起來。大部分時間是穿上便裝乘計程車躲到其部屬蛇本重治家中。星期六和星期天，山本也從不回家，都躲在（魚它）本家裏打麻將、玩花牌，就連同千代子幽會也難得去一趟了。
山本越來越需要貼身警衛了。然而，日本海軍沒有憲兵隊，如果要配警衛，隻有接受陸軍的憲兵。這時山本才很後悔地說；"海軍沒有自己的憲兵隊，隻能依賴於陸軍，這是海軍的欠缺。"因為陸軍常常借為海軍配備憲兵之際，安插密探，探察海軍的內部情報。因此，山本最反對海軍接受陸軍的憲兵。不得已，海軍省隻好找警察署，要求警察暗中保護山本的安全，並在次官官邸周圍安排了專門負責其安全的警察巡邏人員。山本外出時，還隨身攜帶著一管特製的催淚劑防護器，以備有人襲擊時用來自衛。
在這樣一種形勢下，山本雖然表麵上若無其事，甚至談笑風生地與人拿自己的腦袋開玩笑，說自己的腦袋值10萬日元，但內心卻充滿了焦慮和不安。
自從1939年5月以後，山本就似乎做好了隨時遇難身死的準備。他每天像螞蟻搬家一樣，把辦公室裏的私人東西都拿回家了。不久，在他的辦公室裏，已幾乎沒有他私人的東西了。每天差不多他都要換上新的兜襠布。15月31日，甚至預先寫好了遺書。這份遺書，是後來他在太平洋戰爭中戰死後，於海軍省次官辦公室的保險櫃裏發現的，全文寫道：
1日本人的一種習俗。人在臨死前，都要換上新的兜襠布，類似於中國穿壽衣風俗。——作者
述誌
一死報君國，自古為軍人之至高夙願。戰死於疆場抑或捐軀於後方，有何異哉？奮戰沙場光榮而亡，易；排眾議為己誌而斃，難。皇恩浩蕩，國家長久。吾朝夕所思者乃君國之百年大計，個人之生死、榮辱何足論哉！《論語》曰："丹可磨而不可奪其色，蘭可燔而不可滅其香。"（原文為漢語）吾身可滅，而吾誌不可奪也。
昭和14年（1939）5月31日
於海軍省次官官邸
山本五十六題
這樣，一直到1939年8月，由於山本的反對和內部意見不統一，日本與德國結盟問題始終沒有得到解決。與此同時，德國對同日本結盟的打算也因此時其正與蘇聯打得火熱而冷淡。8月23日，長期對立、爭吵的蘇德兩國突然締結了互不侵犯條約。在這之前，德國與蘇聯的締約活動一直隱瞞著日本。8月21日，德國在斷定這時把正在進行的蘇德談判通告它的東方盟友已不會有什麽風險之後，才將這一消息告訴了大島浩。大島對納粹政權最為傾倒的就是它作出決定的迅速和果斷，現在他有充分的機會來欣賞這一點了。裏賓特洛甫在那天晚上打電話通知了他，當時裏賓特洛甫正準備動身前往莫斯科，在他上飛機以前，已沒有時間看到他的狼狽不堪的日本朋友了。驚恐交加的大島半夜裏求見魏茨澤克，那位德國官員後來告訴裏賓特洛甫："日本大使像往常一樣顯得談吐自若。但同時，我卻發現他的某種不安情緒隨著談話的進行而不斷增長。"
當這條爆炸性的消息傳到東京時，日本政府就像打開信箱卻猛地碰上一群黃蜂飛出來一樣，它對事先沒有得到通知而感到十分惱火，並茫然不知所措，上下一片混亂。因為德蘇互不侵犯條約與先前德國與日本簽訂的防共協定是根本矛盾的，這不僅意味著日本原先為牽製蘇聯而加強防共協定的目的已經徹底告吹，還意味著日本被它所一直依靠的德國盟友出賣了。8月25日，平沼騏一郎召集了最後一次五相會議，決定停止三國同盟條約的交涉。遂後便於8月28日以"歐洲發生了複雜離奇的新形勢"為藉口，全體辭職。