朱由檢，字德約，明朝第十六位皇帝，明光宗朱常洛第五子，明熹宗朱由校異母弟，母為孝純皇後劉氏，年號崇禎，通稱“崇禎帝”。受封信王，熹宗無嗣而崩，朱由檢奉遺詔繼承皇位，改元崇禎。即位之初，就鏟除了權宦魏忠賢及其黨羽，勤於政事，厲行節儉，力圖實現明王朝的“中興”。任用袁崇煥對付割據遼東的後金政權，後金不但沒有削弱，還攻入塞內，包圍北京，雖然撤離，但此後五次入塞劫掠，並陸續攻克山海關外的大淩河、鬆山、錦州等明軍據點。
明朝陝西和河南等地連年天災，引發明末農民起義，明廷剿撫失宜，導致其中的李自成、張獻忠兩部坐大。朱由檢頻繁更換內閣輔臣，先後誅戮袁崇煥等18名封疆大吏，並起用洪承疇、楊嗣昌、盧象升、孫傳庭等解決內憂外患，但終歸失敗。李自成兵臨北京，朱由檢自縊於煤山，清軍入關後，為他上廟號懷宗，諡號欽天守道敏毅敦儉弘文襄武體仁致孝莊烈端皇帝，葬於思陵。南明弘光政權上廟號思宗，諡號紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝，隆武政權改廟號為威宗。
朱由檢，生於北京紫禁城慈慶宮，是當時的皇太子朱常洛的第五子，他的母親淑女劉氏不受寵。朱由檢五歲那年，劉氏在受到朱常洛的責罵後死去，朱由檢便由李選侍撫養。不久，李選侍生下皇女，無暇撫養朱由檢，朱由檢便改由另一名李選侍撫養。
有個叫張差的人，手持木梃闖入朱常洛的居所慈慶宮，很快就被製服，是為“梃擊案”。出身東林黨的官員們認為這是鄭貴妃在背後指使，張差在受到三法司審問時也供認是受鄭貴妃的宦官龐保、劉成指使進宮。在群臣的一再施壓下，多年深居宮中、不見群臣的明神宗朱翊鈞，為了堵住東林黨之口，親自到慈寧宮祭拜孝定李太後，接著與朱常洛一起召見大臣，並將三名皇孫朱由校、朱由楫、朱由檢，和一名皇孫女從左右階下引到石級上來，令群臣熟視，以表明自己絕無易儲之意。
在這次召見上，朱翊鈞還將擅自出班發言“皇上極慈愛、太子極仁孝”的禦史劉光複當眾拿下，施以廷杖。隨後，梃擊案以處死張差、龐保、劉成三人告一段落，這次召見也是朱由檢第一次公開亮相，據說他當了皇帝後召見群臣時，要求錦衣衛隨時準備拿人就來源於這次童年經曆。
朱由檢的祖父朱翊鈞、父親朱常洛相繼去世，兄長朱由校即位。朱由檢作為朱由校唯一在世的弟弟，被冊封為信王。但朱由檢並未立即出閣，而是住在紫禁城慈慶宮後麵的勖勤宮。少年時代的朱由檢喜歡讀書，而且不苟言笑，常常靜心養神、正襟危坐，衣冠不整就不見內侍。有陪讀的內侍不敢讀出聲，他就厲聲嗬斥道：“讀書是好事，倒害羞；若唱曲兒，倒不害羞耶？”明代皇子出閣前沒有專門的師傅，因此朱由檢遇到不懂的字時，就自行查閱《洪武正韻》《海篇直音》及《韻小補》等書。他並非深居簡出，時常微服私訪北京市集，購買物品，體察民情，因此對物價一清二楚，即位後亦多次戳破采購宦官說高價錢的謊言。
朱由校下詔為信王挑選王妃，在北京動工興建信王府，禮部奏報順天府五城兩縣共有七十七名處女等待挑選。主持擇妃的張皇後以大興縣民周奎之女“豐容端麗”而選其為信王妃，經欽天監選出吉日，朱由檢搬移出宮，行冠禮，納征發冊，出府迎親成婚。朱由校考慮在京城新修一座信王府，但內官監太監李永貞請求修理京城的惠王府，以備信王居住，可能是鑒於國庫乏困，加上瑞王、惠王、桂王前往藩國的花費，朱由校批準其請，由於李永貞中飽私囊，信王府的建築與器具都極為簡陋。
在朱由檢是信王的期間，明朝內外局勢風雲詭譎，朱由校的親信宦官魏忠賢聯合朝中齊、楚、浙等朋黨擊垮東林黨，掌控朝政。外部麵臨後金崛起的威脅，雖然後金在寧遠被袁崇煥阻擋西進步伐，但邊防仍然吃緊。西南則爆發了奢安之亂，可謂四郊多壘。朱由檢作為藩王，不能參與政事，但也不得不小心自保。
在魏忠賢的阻撓下，他與朱由校見麵的機會極少，即使見了麵也幾乎說不上話，他還差點卷入魏忠賢的陰謀。據說當時魏忠賢曾派一名刺客暗殺張皇後，被朱由校發現後移送廠衛審辦，主管東廠的魏忠賢打算利用這名刺客，來誣陷張皇後之父張國紀“謀立信王”，從而廢皇後、興大獄，但他的同黨王體乾卻認為朱由校對張皇後和朱由檢感情很深，此舉不會成功，因而魏忠賢殺了這名刺客以滅口，並未波及朱由檢。
朱由檢對宦官弄權的弊端都看在眼裏，他讀史讀到十常侍、董卓、曹操等擅權時，都會“撫卷切齒”，他尤其痛恨魏忠賢專權，感慨“皇兄過忠厚，為（魏忠賢）所欺耳”。但是，他從不表露對魏忠賢的厭惡，魏忠賢見了他也麵有懼色，並常派自己的黨羽給朱由檢送一些非時花果，朱由檢表麵上以厚賞回報，但不僅不喜歡這些花果，還趁機暗中記住了魏忠賢的黨羽。
對於邊境局勢，他也多有關心，朱由校賜給他景王府所屬的寶坻等縣及塌河地租銀六千三百兩，他立即上疏，以“邊境多虞，軍需告匱”為由請求將這些地租銀兩還給國庫，以補邊防之需。朱由校被朱由檢能為國分憂的至誠之心所感動，收回成命，以遂其願。但隨即將汝王、福王所留地租賜予朱由檢，以便充作養贍之用，並展現他的“親親至意”，朱由檢再次辭去。
朱由檢出宮居住後，每年獲得米三千石、鈔一萬貫，等待就藩之國，但缺等到了朱由校病入膏肓，沒有留下任何子嗣。朱由校召皇五弟信王朱由檢入宮，朱由校躺在病榻上，對朱由檢說：“吾弟當為堯舜。”朱由檢恐懼萬分，說：“陛下為此言，臣應萬死！”朱由校接著囑托他善待張皇後與信用魏忠賢，朱由檢更加恐懼，請求出宮，朱由校表示自己在召見朱由檢以後“朕心甚悅，體覺稍安”。
朱由校駕崩於乾清宮，魏忠賢哭得眼睛都腫了，並與黨羽商量對策。據說魏忠賢打算自立，被兵部尚書崔呈秀勸阻，另有人提議令宮妃假稱懷有身孕，而將魏良卿之子領入宮中，接替皇位，由魏忠賢輔佐，就像“新莽之於孺子嬰”那樣。魏忠賢以為言之有理，便派人婉言暗示張皇後，被張皇後拒絕，魏忠賢得知張皇後的嚴正態度，也無可奈何，不再強迫她，隻好派親信宦官塗文輔、王朝輔接朱由檢入宮。
由內閣起草遺詔，內稱“皇五弟信王聰明夙著，仁孝性成，爰奉《祖訓》兄終弟及之文，丕紹倫序，即皇帝位”。在張皇後的告誡下，朱由檢自帶麥飯入宮，不吃宮中食物，對宮中的一切保持高度警惕。到了夜晚，朱由檢秉燭獨坐，偶然看見一名小宦官持劍而過，立即叫到跟前，索要其劍，詳加審視，許諾將給他賞賜，並將劍留在自己桌上。當聽到宮中巡夜者擊打木梆的聲音，他起身前往慰勞，並回頭問左右侍從如何賜酒食，侍從回答說由光祿寺負責，於是，朱由檢下令旨讓光祿寺準備酒食，賜給宮中值班巡夜之人，一時歡聲如潮。
對於魏忠賢，朱由檢也屢賜溫詞，曲加慰勞，以安其心。經過文武百官三次勸進，朱由檢穿上袞冕，祭告天地，即皇帝位於皇極殿，改元崇禎，在登基大典時突發天雷之聲。朱由檢即位後，“總攬權綱，天下想望太平”，而他完成的第一件大事就是鏟除魏忠賢及依附他的“閹黨”集團。
朱由檢即位之初，仍像朱由校那樣對待魏忠賢及其黨羽，該賞賜的照樣賞賜，該封官的照樣封官，魏忠賢反而感到不安，便對出身信王府宦官的司禮監秉筆太監徐應元畢恭畢敬，饋贈珍奇異寶，結為兄弟，並上書乞求辭去東廠提督之職，借以試探虛實。結果，朱由檢不僅沒有批準，而且還好言相勸，慰留一番，過了兩天，朱由檢準許魏忠賢的對食奉聖夫人客氏，出宮到私人宅第居住。魏忠賢上書乞請免去戶部喪禮香蠟三萬金，朱由檢立即表示同意。
司禮監掌印太監王體乾請求辭職，朱由檢不允。魏忠賢上書乞請停止為其建立生祠，朱由檢批準以前生祠保留如故，不再新修，又誇魏忠賢“有功不居，更見勞謙之美”，又以“讚襄典禮”和東江戰功為名給魏忠賢、王體乾等蔭官。通過對魏忠賢、王體乾及其黨羽的恩蔭賞賜，在一定程度上打消了他們的疑慮，也麻痹了他們。
鏟除魏忠賢的行動始於“閹黨”內訌。“閹黨”成員南京通政使楊所修參劾崔呈秀等，朱由檢反而“責其輕詆”；另一“閹黨”成員雲南道禦史楊維垣，兩度參劾崔呈秀各種罪狀，崔呈秀內心不安，請求回家守製，朱由檢批準其請。崔呈秀倒台之後，魏忠賢成為下一個被彈劾的對象，陸澄源、錢元愨、錢嘉征等陸續彈劾彈劾魏忠賢罪狀，尤以貢生錢嘉征言辭最激烈，列舉了“並帝”“蔑後”“弄兵”“無二祖列宗”“克削藩封”“無聖”“濫爵”“掩邊功”“朘民”“通同關節”十條“滔天之罪”。
魏忠賢得知此疏，在朱由檢麵前痛哭流涕，連呼冤枉，朱由檢不為所動，命內侍當廷誦讀錢嘉征奏疏，讓魏忠賢親耳聆聽，魏忠賢“震恐喪魄”。之後，魏忠賢以身體不適為由，請求辭職，徐應元本起於信王府，與魏忠賢相互勾結，但見魏忠賢將要失勢，也請求養病，朱由檢順勢批準魏忠賢、徐應元回家養病。朱由檢在一切準備妥當之後，正式下旨將魏忠賢之罪昭告於世，貶魏忠賢至鳳陽祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
魏忠賢出京時，帶著大量隨從，威風不減，朱由檢以魏忠賢“將素畜亡命之徒，身帶凶刃，不勝其數，環擁隨護，勢若叛然”為由，下令將其逮捕至京。行至阜城的魏忠賢從“閹黨”成員李朝欽那裏提前得知這個旨意，兩人痛飲一番後雙雙自縊，客氏被杖殺，崔呈秀亦自縊。其後，朱由檢召回各地鎮守太監，平反天啟末年迫害東林黨的冤獄，毀《三朝要典》，定“欽定逆案”，將魏忠賢等255人定為“逆黨”，魏忠賢和客氏被淩遲戮屍，其黨羽或處死，或削籍，或充軍，從而實現了撥亂反正。時人評論此舉“不動聲色，潛移默奪，非天縱英武，何以有此”。
朱由檢剪除魏忠賢後，兢兢業業，勵精圖治，力圖挽回明朝的衰落，實現中興之偉業。他訓誡群臣，稱在閹黨垮台、“職掌還之各司”之後，群臣務必“致忠竭節”，洗刷積弊，以“為國節財，為民擇吏”為要，同時“一切奏議有關國計者，遵我祖宗成法，不得妄議紛更”。他自己也以身作則，勤於政事，始終堅持經筵與日講，不僅學習儒家經典，也作為聽取講官意見、與朝臣討論時事的一個重要渠道，即使“邊報紛紜”，經筵、日講依然如故，甚至更加“精勤”。
朱由檢每天“雞鳴而起，夜分不寐”，宮中從無宴樂之事，他不僅堅持常朝，而且除了盛暑嚴寒之外，都會去文華殿召見重臣，討論政事。從未懈怠於批閱奏章，往往“批閱至丙夜不休”，甚至還在半夜下達聖旨，不僅在明朝皇帝中以勤勉著稱，甚至被臣下譽為“漢、唐以來良所稀見”。
在朝堂之內，崇禎初年的幾位依附魏忠賢的閣臣黃立極、施鳳來等相繼被彈劾而去職，朱由檢以“枚卜”（抽簽）的方式挑選新閣臣。召集大臣和科道官到乾清宮，先拜天祈禱上蒼保佑，再將推薦的閣臣姓名一一寫出，裝入金甌之中.然後用筷子挾出。先挾出錢龍錫、李標、來宗道、楊景辰四人，群臣紛紛說時局艱難，請擴大閣臣數額，於是朱由檢挾出周道登、劉鴻訓二人。
此六人就一並被任命為禮部尚書兼東閣大學士，入閣參預機務，以李標為內閣首輔。因來宗道、楊景辰曾名列《三朝要典》副總裁，故在半年後毀《三朝要典》之際去職。劉鴻訓因處置兵變令朱由檢不滿意而去職，老臣韓爌入為首輔。李標、錢龍錫等仍在內閣。韓爌、李標、錢龍錫均屬“東林黨”派係的人物，他們積極協助朱由檢定“欽定逆案”，恢複天啟朝被迫害的東林黨人的名譽。因此他們主持的內閣號稱“東林內閣”，從而形成了“東林大盛”的局麵。
另一方麵，朱由檢亦留下禮部尚書溫體仁、禮部右侍郎周延儒、吏部尚書王永光、兵部侍郎申用懋等非東林黨的官員，以製衡東林黨的勢力，這四人被東林黨稱為“四凶”。
在朝堂之外，崇禎初年最大的難題是收複被後金占據的遼東。朱由檢將這一重任交給了曾在天啟末年相繼取得寧遠大捷和寧錦大捷的原任遼東巡撫袁崇煥。袁崇煥此前因私下議和與不救錦州而被彈劾，不得已辭職返鄉，朱由檢就起用袁崇煥為都察院左都禦史、管兵部添設右侍郎事。以袁崇煥取代王之臣，任兵部尚書兼右副都禦史、督師薊、遼、登、萊、天津等處軍務。
朱由檢在平台，當著群臣的麵召見袁崇煥，袁崇煥提出了“五年平遼”的目標，並請求朱由檢授予他便宜行事之權，朱由檢大喜過望，表示：“五年滅奴，便是方略。朕不吝封侯之賞，卿其努力以解天下倒懸之苦，卿子孫亦受其福。”錢龍錫等四名閣臣亦稱讚袁崇煥是“奇男子”。隨後，袁崇煥又請求吏部和兵部的用人、戶部的轉餉、工部的製造都要配合自己，也不可聽信讒言，朱由檢亦一一應允，指示各部尚書配合袁崇煥，允諾不聽信任何讒言，又賜給袁崇煥尚方寶劍，隨後袁崇煥前往關外前線。
袁崇煥到任後，整頓防務，委任祖大壽守錦州、何可綱守寧遠、趙率教守山海關，對外聯絡明朝藩屬哈剌慎朵顏三十六家，開市給賞，加以安撫。袁崇煥以先斬後奏的方式殺東江總兵毛文龍於雙島，接著上疏請罪。朱由檢起初得知毛文龍被殺，感到十分震驚，轉而覺得毛文龍已死，不能複生，而對袁崇煥的“五年平遼”仍抱希望，所以非但不加責備，反而“優旨褒答”。
後金大汗皇太極在西征蒙古途中決定掉頭攻打明朝，兵分三路突破大安口等處長城關隘，山海關總兵趙率教戰死於遵化，袁崇煥率關寧軍從寧遠回防薊州鎮，亦堵截失敗，後金軍兵臨北京城下，是為“己巳之變”。袁崇煥率軍救援北京，在廣渠門外與後金軍激戰，迫使後金軍退卻。朱由檢在平台召見袁崇煥、滿桂、黑雲龍等將領及兵部尚書申用懋等，袁崇煥穿著青衣玄帽入宮，強調形勢嚴峻，朱由檢“慰諭久之”，袁崇煥又請率兵入城，朱由檢不許，賜給他貂裘和銀盔甲後結束這次召見。
與此同時，溫體仁已上密疏彈劾袁崇煥通敵，據說皇太極也使用了反間計，讓被俘的明朝太監聽到漢人將領鮑承先、高鴻中等談論袁崇煥裏通後金之事，然後放回北京。朱由檢再次召見袁崇煥及滿桂、祖大壽等時，就斥責袁崇煥：“爾擅殺大帥，以至今日。今又不能扞患禦侮，則平日恢複之言何在？”命錦衣衛將他逮捕入獄。朱由檢派孫承宗安撫東奔的關寧軍，並以梁廷棟、滿桂分別為文武經略，替代袁崇煥。朱由檢命滿桂出擊永定門外的皇太極大軍，反遭重創，滿桂陣亡。
皇太極亦意識到拿不下北京，便在留下表達議和之意的書信後及時撤軍，從董家口出塞。“己巳之變”是繼“庚戌之變”後明朝京畿所受到的又一次重大威脅，朱由檢追究有關官員的責任，兵部尚書王洽死於獄中，薊遼總督劉策、山西巡撫耿如杞、總兵張士顯等文武大員被殺。朱由檢數落袁崇煥“托付不效、專恃欺隱”以及給哈剌慎賣糧從而間接支援後金、圖謀議和、縱敵不戰、遣散援兵等罪狀，將他淩遲處死。袁崇煥獲罪後，先前支持過他的錢龍錫、韓爌遭到史??、高捷等親溫體仁的言官彈劾，相繼去職，李標、成基命雖繼任首輔，亦不能久安於位，先後辭任。東林黨的勢力一落千丈，周延儒、溫體仁入閣主政。
小冰河期進入比較嚴重的階段，引發災荒頻繁、糧食歉收，西北和中原受災尤甚，而田賦加派依然不減，造成社會矛盾的激化。遭受大旱的陝西澄城爆發王二起義，他們殺死知縣、嘯聚山林，拉開明末農民戰爭的序幕。陝西各地走投無路的農民與邊鎮逃兵、被裁撤的驛卒等合流，紛紛揭竿而起。這些起義者各自為戰、流動性強，所以被統治階級稱為“流寇”。
朱由檢任命楊鶴為陝西三邊總督，接替已故的武之望，負責處理陝西民變，對於民變采取以撫為主、以剿為輔的方針，指出：“秦賊蔓延，雖因無歲，總由貪官債帥不恤軍民，恣行剝削，以致轉徙為盜。自今邊方文武，俱宜遴才選補，不得聽人規避，徒取備員。其官兵分合事宜，兵部密行督撫，相機剿滅。”楊鶴貫徹朱由檢的這種方針，陸續招安了一批起義者，其中最大的成果是招安神一魁。
但由於根本的社會矛盾沒有解決，所以許多起義者在接受招安後因得不到有效安置而重新起義，神一魁就不到一個月即“複叛”。朱由檢聞訊震怒，下令逮捕楊鶴，將他遣戍袁州，代之以主剿的延綏巡撫洪承疇出任陝西三邊總督，要求陝西督撫“鼓勵道將，速圖剿定”。在洪承疇等的大力鎮壓下，陝西的各路起義軍轉戰山西，朱由檢以曹文詔節製秦、晉諸將。
一年後，各路起義軍又成功實現“澠池渡”，轉進河南，攻城略地。朱由檢任命延綏巡撫陳奇瑜為五省總督，全權負責鎮壓起義，又起用大名道盧象升為鄖陽撫治，把守起義軍最有可能進入的川、陝、豫、楚四省交界地帶。在盧象升等的鎮壓下，高迎祥、李自成等部起義軍退回陝西，被困於興安南麵的車廂峽，陷入絕境，然而陳奇瑜接受賄賂，主張招安，反而讓起義軍成功逃脫，朱由檢轉而命洪承疇兼任五省總督。
不久，明朝皇室發祥地鳳陽被掃地王、太平王等部起義軍攻陷，明朝祖陵被燒。朱由檢聞訊後，暫停經筵，穿著素服到太廟祭告祖宗之靈，命百官修省，並處死鳳陽巡撫楊一鵬。麵對起義軍日益壯大、流動作戰的局麵，朱由檢設五省總理的差使，由已升任湖廣巡撫的盧象升兼任，與五省總督洪承疇互相配合，洪承疇負責西北，盧象升負責東南，次年又起用孫傳庭為陝西巡撫，在三人通力合作之下，明軍擒獲起義軍中勢力最強的闖王高迎祥，使“剿局”有所改觀。
明朝與後金的戰事也在持續，皇太極在“己巳之變”撤退時，曾占領關內的遵化、永平、遷安、灤州四城，此四城被督師孫承宗收複，是為“遵永大捷”。皇太極遂轉換滅明方略，不再直接攻打北京，而是一麵拔掉明軍在遼西的據點，一麵屢次派兵入塞掠奪。明軍在遼西的最前沿——大淩河城陷落，孫承宗引咎去職。
更嚴重的事態是“吳橋兵變”，山東登、萊地區士兵孔有德、耿仲明等在支援大淩河城途中嘩變，回到登州、萊州，挾持登萊巡撫孫元化抗拒朝廷。孔有德、耿仲明等成功突圍，投奔皇太極，不僅引後金兵攻陷旅順，更將紅夷大炮的技術傳到後金，後金由此開發出漢人炮兵與滿蒙步騎兵協同作戰的戰術，使明軍更加吃力，後金軍在西征蒙古察哈爾部的過程中兩次入塞掠奪，橫行宣府、大同及山西腹地。
皇太極稱帝，國號大清，年號崇德，正式建立了一個與明朝分庭抗禮的政權，隨即他又派兵入塞大掠京畿，史稱“丙子之變”。清軍如入無人之境，在掠奪了十八萬人畜後出塞，途中還留下“各官免送”的羞辱性木牌。兵部尚書張鳳翼下獄後自殺，朱由檢起用正在守製的楊鶴之子楊嗣昌為兵部尚書，拜為禮部尚書兼東閣大學士，仍管兵部事，將解決內憂外患、中興大明王朝的希望寄托在他身上。
楊嗣昌提出的對付起義軍的戰略是“四正六隅十麵網”，由五省總督和五省總理負責剿殺。五省總督仍然是洪承疇，而之前的五省總理盧象升，自“丙子之變”後就調任北方，接替他的王家禎是無能之輩，楊嗣昌推薦平息海盜有功的兩廣總督熊文燦，出任五省總理。這種戰略收到一定成效，西北麵的起義軍在洪承疇和孫傳庭的鎮壓下被消滅殆盡，李自成率18騎逃入商洛山中；東南麵的起義軍中勢力最大的張獻忠部接受熊文燦招安，仍據守穀城；另一支東南麵的起義軍羅汝才部也在均州投降，其他東南麵的起義軍或降或逃，農民戰爭陷入低穀。
楊嗣昌所提出的對清方針則是議和優先，以便騰出手來解決農民起義，此事由遼東巡撫方一藻和監軍太監高起潛秘密進行，但因事機泄露，引發群臣反對，議和之事便被拖延，皇太極亦第五次發兵入塞，京畿告急，是為“戊寅之變”。朱由檢急調洪承疇、孫傳庭入援，然而依然拿清軍無可奈何，清軍長驅直入山東腹地，攻陷58座城池、俘虜四十六萬人畜，從容出塞。
清軍此次入塞對明朝的戰略格局有重大影響，盧象升戰死、孫傳庭下獄，洪承疇調任薊遼總督，率領陝西精銳之師在鬆山、錦州一線防範清軍，這給瀕臨絕境的李自成以喘息的可乘之機。張獻忠也利用熊文燦的昏庸，再舉反旗。朱由檢派楊嗣昌督師圍剿張獻忠，起初指揮左良玉在川東瑪瑙山打了勝仗，但其後連戰連敗。李自成聽說張獻忠起兵穀城後，趕往會合，不久分手，從湖廣轉進四川，再由四川轉進河南，攻陷洛陽，殺死皇叔福王朱常洵；張獻忠破襄陽，殺襄王朱翊銘，楊嗣昌聽說洛陽、襄陽陷落、二王被殺的消息，憂懼而死。朱由檢對楊嗣昌之死感到惋惜，並未追究其責任，反而殺了被認為配合楊嗣昌不力的原任陝西三邊總督鄭崇儉。接著，朱由檢以陝西三邊總督丁啟睿為督師，繼續圍剿李自成、張獻忠。
內外局勢雖然對明朝愈發不利，但尚未失控，內外局勢急轉直下，明朝加速滑向崩潰的邊緣。河南地區自崇禎以來“竟無樂歲，旱蝗相繼，災異頻仍”趨向嚴重，在這種情況下，大量饑民加入李自成的隊伍，使其不斷壯大，開始被稱為“闖王”，牛金星、宋獻策等知識分子也投奔李自成。
李自成攻打河南省城開封，丁啟睿借口在打張獻忠而不救開封，朱由檢便起用平定奢安之亂有功的傅宗龍為陝西三邊總督，率川陝兵兩萬馳援開封，李自成放棄攻打開封，轉而襲擊傅宗龍，擒殺傅宗龍於項城。李自成與羅汝才再攻開封，朱由檢提拔陝西巡撫汪喬年為陝西三邊總督，馳援開封，李自成又擒殺汪喬年於襄城，朱由檢被迫放出關在獄中的孫傳庭，拜為陝西三邊總督。
李自成第三次圍攻開封，並在朱仙鎮之戰中殲滅督師丁啟睿、保定總督楊文嶽等所率援軍，朱由檢催孫傳庭出師救援。黃河堤潰，開封城毀，李自成不再進攻開封。孫傳庭出潼關，兵敗郟縣，退回關內，李自成攻陷汝寧，殺楊文嶽，控製河南大部，繼而轉戰湖廣。一度被丁啟睿等壓製的張獻忠，也再次活躍於南直隸，攻陷廬州，破黃得功、劉良佐部於六安，轉進湖廣。
對清的戰局也在惡化，皇太極為了入關，連年侵擾鬆山、錦州等遼西堡壘。洪承疇率五萬人從寧遠馳援祖大壽駐守的錦州，與清軍激戰後敗退，洪承疇又屢次出關救援，打退了清軍的進攻，但錦州仍然在清軍的包圍之中。兵部尚書陳新甲建議洪承疇率大軍前往鬆山、錦州一帶決戰，殲滅包圍錦州的清軍，但洪承疇主張持重，反對急速進兵。
朱由檢本來傾向洪承疇的建議，但陳新甲堅持己見，再加上從寧遠回來的兵部職方司郎中張若麒也報告清軍糧餉不繼，每天騎兵隻吃兩餐，步兵隻吃一餐，陳新甲便加緊慫恿朱由檢催促洪承疇出兵，朱由檢同意。洪承疇在寧遠誓師，接著率六萬大軍進駐鬆山，加上後續趕來的明軍，共計八總兵、十三萬兵力。皇太極親率三千精騎趕到鬆山，並派兵在鬆山至杏山之間列營，截斷明軍的聯係。洪承疇派王樸、吳三桂、李輔明等六名總兵率軍突圍，被清軍殲滅大半，於是洪承疇與總兵曹變蛟、王廷臣和遼東巡撫丘民仰被圍困在鬆山城中。
在鬆山副將夏成德的內應下，清軍攻陷鬆山，丘民仰、曹變蛟、王廷臣殉節，洪承疇被俘，堅守錦州的祖大壽降清，此外杏山、塔山二城亦被清軍攻陷。戰後，朱由檢授意陳新甲與清朝議和，不料和議泄露，再次引發群臣反對，陳新甲不但不認錯，還自認為有功，朱由檢將陳新甲下獄殺了他。皇太極見和議破裂，第六次發兵入塞，是為“壬午之變”。此次入塞的經過與之前幾次如出一轍，清軍在飽掠數月、攻陷八十八城之後，帶著三十六萬九千名俘虜和三十二萬餘頭牲畜等戰利品揚長而去，事後朱由檢又殺了兩位薊遼總督範誌完、趙光拚來頂罪。
隨著內外兩線戰事的大潰敗，明朝覆亡之象顯現，朝野人心亦日漸離散。朱由檢照例到皇極殿接受朝賀，而文班隻有內閣首輔周延儒一人，武班隻有一名勳臣。朱由檢命開門，進來的朝臣太少，過了許久才陸續有朝臣匆匆趕來，湊夠了百官中一半多一點的人數，這才勉強舉行朝賀禮。
當時，北京城已經流傳“韃子、流賊到門，我即開城請進”之語，清軍第六次入塞期間，朱由檢取出內帑數萬，發給守城將士，每人隻領二十錢，守城士兵們彈著錢說：“皇帝要性命，令我輩守城，此錢止可買五六燒餅而已！”在這種情況下，朱由檢迫切渴望盡快扭轉局勢，下令以一萬兩黃金以及侯爵來懸賞李自成的首級，以五千兩黃金、一品大員的官位和錦衣衛指揮使的世職，來懸賞張獻忠的首級。
當時，明朝可倚仗的兵力隻有陝西孫傳庭和湖廣左良玉麾下的兵力，左良玉雖擁兵二十萬，但不僅不能剿滅張獻忠，還四處劫掠，並威脅南京，索要軍餉，朱由檢隻能加以安撫，卻對他無可奈何。張獻忠趁機攻陷武昌，沉楚王朱華奎於長江，建立大西政權。李自成也在襄陽自稱新順王，初步建立政權，並且提出“三年免征、一人不殺”的口號，出現了“闖王來時不納糧”的民謠。
朱由檢便將力挽狂瀾的希望寄托在明朝最後的勁旅——孫傳庭統率的秦兵，任命他為督師，出潼關消滅李自成。孫傳庭進軍河南，起初連傳捷報，而皇太極的死訊也在此時傳入北京，明廷洋溢著國勢轉危為安、中興指日可待的幻覺。然而孫傳庭先是兵敗於汝州，接著戰死於潼關，李自成長驅入關占領西安，進而迅速控製了陝西全境。朱由檢先後派餘應桂、李化熙代替孫傳庭，但都無兵無餉、一籌莫展，盡管如此，內閣首輔陳演、吏部尚書李遇知等仍安慰朱由檢說“賊入關中，必戀子女玉帛，猶虎入陷阱”“欲據此為家”，完全誤判了形勢。
朱由檢到皇極殿接受朝賀之際，發現隻有錦衣衛指揮使駱養性在場，朱由檢便下令鳴鍾開門，很久都沒人來，朱由檢準備先祭拜太廟再接受朝賀，又發現馬匹沒準備好，便依然等著受朝賀，隨後文武百官陸續趕來，站朝班時互相亂入，十分狼狽。
雄踞西安的李自成也在這一天建國號大順，年號永昌，隨後揮師東征山西，直搗北京。在岌岌可危的局麵下，遷都南京之議浮上水麵。據說在清軍第六次入塞時，朱由檢就與周延儒商量過南遷，但被皇嫂懿安太後（張皇後）阻止。左中允李明睿在德政殿接受朱由檢召見時，力勸南遷，朱由檢亦表讚成，他希望由重臣來牽頭，不過閣臣中無一提議，兵部收到李自成下的戰書，約定決戰於北京城下。
朱由檢召見閣臣，流淚說道：“朕非亡國之君，事事乃亡國之象。祖宗櫛風沐雨之天下，一朝失之，何麵目見於地下？朕願督師，以決一戰，即身死沙場，亦所不顧，但死不瞑目。”內閣首輔陳演、次輔魏藻德等紛紛請求代帝出征，朱由檢都不同意，最後同意由山西籍的閣臣李建泰督師。朱由檢行告廟禮，在正陽門舉行隆重的推轂儀式，親自為李建泰餞行。
李建泰未至山西，山西省城太原陷落，李自成頒布討明檄文，內稱“君非甚暗，孤立而煬蔽恒多；臣盡行私，比黨而公忠絕少”，要求朱由檢君臣馬上投降，可保榮華富貴。李自成在寧武遭遇周遇吉的頑強抵抗，最終還是將其擊敗，從此入京之路暢通無阻。在此期間，朱由檢想調遼東總兵吳三桂率關寧勁旅來京勤王，但因不願放棄寧遠以及餉銀不足等問題而作罷。
明廷內部圍繞南遷的爭議也公開化，李明睿上疏疾呼南遷，遭到兵科給事中光時亨的強烈反對，斥為“邪說”，內閣首輔陳演亦不讚成，左都禦史李邦華則提議太子和諸王先南遷。朱由檢見南遷爭議很大，便表態拒絕南遷，聲明：“國君死社稷，義之正也。朕誌決矣！”出征在外的李建泰也上疏請求南遷，並願奉太子先行，朱由檢召見群臣議論，依然分歧很大，光時亨甚至說太子先行是模仿唐肅宗即位靈武的故事，但在談到戰守之策時，諸臣集體沉默。朱由檢先是重申“國君死社稷”，再看到諸臣集體沉默後，拂袖而起，斥責：“朕非亡國之君，諸臣盡為亡國之臣！”
朱由檢封遼東總兵吳三桂為平西伯、平賊將軍左良玉為寧南伯、薊鎮總兵唐通為定西伯、鳳廬總兵黃得功為靖南伯，其餘總兵也都有升遷。與此同時，朱由檢決定放棄寧遠，征遼東總兵吳三桂、薊遼總督王永吉率兵入衛，又征調唐通、劉澤清率兵入衛，結果劉澤清不奉詔，在劫掠臨清後南奔；吳三桂手下雖有五千精兵，但因為要內徙關外軍民，拖慢了速度，隻有唐通的兩千勤王軍及時趕到，被派去守居庸關。
居庸關破，唐通投降，李自成的先鋒抵達京郊，陷昌平，焚皇陵。這一天，朱由檢一邊從容喝茶，一邊在中左門以“安人心、剿寇、生財足用”為題考選滋陽知縣黃國琦等33名地方官。接到這個消息，臉色驟變，起身入宮，朱由檢上朝詢問守城之策，君臣對泣，束手無策，甚至有人提出起用“逆案”中人，朱由檢揮淚用手指在桌案上寫下一行字（“文武官個個可殺，百姓不可殺”，一說“文臣個個可殺”），讓東廠太監王之心看過後就抹去。
當天，李自成的軍隊開始攻城，守城的三大營多為老弱病殘，毫無戰鬥力，一觸即潰。朱由檢情緒失控，他“仰天長號，繞殿環走，拊胸頓足，歎息通宵”，大呼：“內外文武諸臣誤我！誤我！”最後一次召見閣臣，說：“不如大家在奉先殿完事（自殺）”。李自成派已經投降的太監杜勳、申芝秀到北京城內，與朱由檢交涉，開出的條件一說是“割地講和”，讓李自成在西北割據稱王，犒餉銀百萬兩，可協助平定其他起義軍及遼東清軍，但不朝覲；另一說是要朱由檢“遜位”。總之，朱由檢沒有答應。
當天上午風雨交加，午時雨停，李自成下令繼續攻城，一群回回人打開了廣寧門，外城陷落。朱由檢得知外城陷落的消息後，欲召總督京營的襄城伯李國禎率三大營護駕，太監報告這些兵已經潰散，勸他快逃。朱由檢帶著太監登上紫禁城後的煤山眺望，發現北京城已經被重重圍困，難以脫身，便下山回到乾清宮。朱由檢召妹夫鞏永固、劉文炳帶家丁護駕，兩人回複按祖製不得擁有家丁。
隨後，朱由檢安排太監王之心、栗宗周、王之俊帶著三名皇子（太子、定王、永王）出宮，送到成國公朱純臣等人那裏，接著與周皇後等嬪妃舉行最後的酒宴，要求她們自盡。周皇後回到坤寧宮就自縊了，袁貴妃被朱由檢砍傷。隨後，朱由檢怒吼著“為什麽要生在我家”，先後揮劍砍向長平公主和昭仁公主，前者被砍斷手臂而昏厥，後者當場死亡，又派人到各宮催促懿安太後及西李自盡。
朱由檢召見提督京城內外太監王承恩議事，並與他飲酒。朱由檢到王承恩住處，換上大帽及宦官的衣服，手持三眼銃，帶著數百名太監先後到朝陽門、崇文門、正陽門突圍，均告失敗，朱由檢被迫與王承恩回宮，換了衣服。朱由檢親自撞鍾召集文武百官，但無一人入朝，他與王承恩登上煤山，在一棵樹上自縊，王承恩也相對自縊。據說朱由檢臨終前徘徊許久，感慨群臣中沒人陪他，又自我安慰說群臣不知道自己行蹤，然後才自縊。
朱由檢自縊當天上午，北京全城投降，李自成進入皇城，發現周皇後等女眷的遺體，三名皇子也被太監栗宗周、王之俊出賣而成了俘虜，但未發現朱由檢的去向。於是，李自成懸賞黃金萬兩搜尋朱由檢，直到發現朱由檢的遺體。他身穿藍色道袍，披頭散發，遮住了臉，右腳穿著襪子和紅方舄，左腳赤腳，胸中背心有帶血遺詔，所傳版本各有不同，共同點是表達對十七年來一事無成的自責，強調“諸臣誤朕”，最後說“任賊分裂朕屍，勿傷百姓一人”。
遺詔上還有一行墨書寫著“百官俱赴東宮行在”，據說朱由檢曾下朱諭於內閣，要求成國公朱純臣輔佐太子，當宦官將朱諭送入內閣時，閣臣們早已作鳥獸散，宦官複命時也找不到朱由檢所在，而朱由檢以為閣臣已看到朱諭，所以在遺詔上留下了這行話。朱由檢的遺體被運至東華門外，與周皇後的遺體放在一起，“諸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，餘皆睥睨過之”。
李自成在明朝太監王德化等的請求下，用較好的棺材重新收殮朱由檢夫婦的遺體，埋在田貴妃墓中，隻有太監和百姓為朱由檢送葬。在這期間，自殺殉國的明朝臣子有新樂侯劉文炳，其弟都督劉文耀、彰武侯楊崇善、惠安侯張慶臻、東宮侍衛周鏡、駙馬都尉鞏永固、宣城伯衛時春七名勳戚以及範景文、倪元璐、李邦華等二十餘名文臣。其他勳戚及文武官員基本上都向李自成投降，陳演、朱純臣還帶頭勸進於李自成，不過他們隨即受到李自成的追贓拷掠，許多人在這過程中死去。
清軍入關，占據北京。清攝政王多爾袞宣布為朱由檢發喪三天，為此需要擬定廟號和諡號。這項任務被交給李明睿，李明睿擬廟號為“懷宗”，諡號“欽天守道敏毅敦儉弘文襄武體仁致孝莊烈端皇帝”，陵號“思陵”。南明弘光政權也給朱由檢上了“思宗”的廟號及“紹天繹道剛明恪恭揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝”的諡號，改廟號為“毅宗”。隆武政權改廟號為“威宗”。
第一部三國明完結
明朝陝西和河南等地連年天災，引發明末農民起義，明廷剿撫失宜，導致其中的李自成、張獻忠兩部坐大。朱由檢頻繁更換內閣輔臣，先後誅戮袁崇煥等18名封疆大吏，並起用洪承疇、楊嗣昌、盧象升、孫傳庭等解決內憂外患，但終歸失敗。李自成兵臨北京，朱由檢自縊於煤山，清軍入關後，為他上廟號懷宗，諡號欽天守道敏毅敦儉弘文襄武體仁致孝莊烈端皇帝，葬於思陵。南明弘光政權上廟號思宗，諡號紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝，隆武政權改廟號為威宗。
朱由檢，生於北京紫禁城慈慶宮，是當時的皇太子朱常洛的第五子，他的母親淑女劉氏不受寵。朱由檢五歲那年，劉氏在受到朱常洛的責罵後死去，朱由檢便由李選侍撫養。不久，李選侍生下皇女，無暇撫養朱由檢，朱由檢便改由另一名李選侍撫養。
有個叫張差的人，手持木梃闖入朱常洛的居所慈慶宮，很快就被製服，是為“梃擊案”。出身東林黨的官員們認為這是鄭貴妃在背後指使，張差在受到三法司審問時也供認是受鄭貴妃的宦官龐保、劉成指使進宮。在群臣的一再施壓下，多年深居宮中、不見群臣的明神宗朱翊鈞，為了堵住東林黨之口，親自到慈寧宮祭拜孝定李太後，接著與朱常洛一起召見大臣，並將三名皇孫朱由校、朱由楫、朱由檢，和一名皇孫女從左右階下引到石級上來，令群臣熟視，以表明自己絕無易儲之意。
在這次召見上，朱翊鈞還將擅自出班發言“皇上極慈愛、太子極仁孝”的禦史劉光複當眾拿下，施以廷杖。隨後，梃擊案以處死張差、龐保、劉成三人告一段落，這次召見也是朱由檢第一次公開亮相，據說他當了皇帝後召見群臣時，要求錦衣衛隨時準備拿人就來源於這次童年經曆。
朱由檢的祖父朱翊鈞、父親朱常洛相繼去世，兄長朱由校即位。朱由檢作為朱由校唯一在世的弟弟，被冊封為信王。但朱由檢並未立即出閣，而是住在紫禁城慈慶宮後麵的勖勤宮。少年時代的朱由檢喜歡讀書，而且不苟言笑，常常靜心養神、正襟危坐，衣冠不整就不見內侍。有陪讀的內侍不敢讀出聲，他就厲聲嗬斥道：“讀書是好事，倒害羞；若唱曲兒，倒不害羞耶？”明代皇子出閣前沒有專門的師傅，因此朱由檢遇到不懂的字時，就自行查閱《洪武正韻》《海篇直音》及《韻小補》等書。他並非深居簡出，時常微服私訪北京市集，購買物品，體察民情，因此對物價一清二楚，即位後亦多次戳破采購宦官說高價錢的謊言。
朱由校下詔為信王挑選王妃，在北京動工興建信王府，禮部奏報順天府五城兩縣共有七十七名處女等待挑選。主持擇妃的張皇後以大興縣民周奎之女“豐容端麗”而選其為信王妃，經欽天監選出吉日，朱由檢搬移出宮，行冠禮，納征發冊，出府迎親成婚。朱由校考慮在京城新修一座信王府，但內官監太監李永貞請求修理京城的惠王府，以備信王居住，可能是鑒於國庫乏困，加上瑞王、惠王、桂王前往藩國的花費，朱由校批準其請，由於李永貞中飽私囊，信王府的建築與器具都極為簡陋。
在朱由檢是信王的期間，明朝內外局勢風雲詭譎，朱由校的親信宦官魏忠賢聯合朝中齊、楚、浙等朋黨擊垮東林黨，掌控朝政。外部麵臨後金崛起的威脅，雖然後金在寧遠被袁崇煥阻擋西進步伐，但邊防仍然吃緊。西南則爆發了奢安之亂，可謂四郊多壘。朱由檢作為藩王，不能參與政事，但也不得不小心自保。
在魏忠賢的阻撓下，他與朱由校見麵的機會極少，即使見了麵也幾乎說不上話，他還差點卷入魏忠賢的陰謀。據說當時魏忠賢曾派一名刺客暗殺張皇後，被朱由校發現後移送廠衛審辦，主管東廠的魏忠賢打算利用這名刺客，來誣陷張皇後之父張國紀“謀立信王”，從而廢皇後、興大獄，但他的同黨王體乾卻認為朱由校對張皇後和朱由檢感情很深，此舉不會成功，因而魏忠賢殺了這名刺客以滅口，並未波及朱由檢。
朱由檢對宦官弄權的弊端都看在眼裏，他讀史讀到十常侍、董卓、曹操等擅權時，都會“撫卷切齒”，他尤其痛恨魏忠賢專權，感慨“皇兄過忠厚，為（魏忠賢）所欺耳”。但是，他從不表露對魏忠賢的厭惡，魏忠賢見了他也麵有懼色，並常派自己的黨羽給朱由檢送一些非時花果，朱由檢表麵上以厚賞回報，但不僅不喜歡這些花果，還趁機暗中記住了魏忠賢的黨羽。
對於邊境局勢，他也多有關心，朱由校賜給他景王府所屬的寶坻等縣及塌河地租銀六千三百兩，他立即上疏，以“邊境多虞，軍需告匱”為由請求將這些地租銀兩還給國庫，以補邊防之需。朱由校被朱由檢能為國分憂的至誠之心所感動，收回成命，以遂其願。但隨即將汝王、福王所留地租賜予朱由檢，以便充作養贍之用，並展現他的“親親至意”，朱由檢再次辭去。
朱由檢出宮居住後，每年獲得米三千石、鈔一萬貫，等待就藩之國，但缺等到了朱由校病入膏肓，沒有留下任何子嗣。朱由校召皇五弟信王朱由檢入宮，朱由校躺在病榻上，對朱由檢說：“吾弟當為堯舜。”朱由檢恐懼萬分，說：“陛下為此言，臣應萬死！”朱由校接著囑托他善待張皇後與信用魏忠賢，朱由檢更加恐懼，請求出宮，朱由校表示自己在召見朱由檢以後“朕心甚悅，體覺稍安”。
朱由校駕崩於乾清宮，魏忠賢哭得眼睛都腫了，並與黨羽商量對策。據說魏忠賢打算自立，被兵部尚書崔呈秀勸阻，另有人提議令宮妃假稱懷有身孕，而將魏良卿之子領入宮中，接替皇位，由魏忠賢輔佐，就像“新莽之於孺子嬰”那樣。魏忠賢以為言之有理，便派人婉言暗示張皇後，被張皇後拒絕，魏忠賢得知張皇後的嚴正態度，也無可奈何，不再強迫她，隻好派親信宦官塗文輔、王朝輔接朱由檢入宮。
由內閣起草遺詔，內稱“皇五弟信王聰明夙著，仁孝性成，爰奉《祖訓》兄終弟及之文，丕紹倫序，即皇帝位”。在張皇後的告誡下，朱由檢自帶麥飯入宮，不吃宮中食物，對宮中的一切保持高度警惕。到了夜晚，朱由檢秉燭獨坐，偶然看見一名小宦官持劍而過，立即叫到跟前，索要其劍，詳加審視，許諾將給他賞賜，並將劍留在自己桌上。當聽到宮中巡夜者擊打木梆的聲音，他起身前往慰勞，並回頭問左右侍從如何賜酒食，侍從回答說由光祿寺負責，於是，朱由檢下令旨讓光祿寺準備酒食，賜給宮中值班巡夜之人，一時歡聲如潮。
對於魏忠賢，朱由檢也屢賜溫詞，曲加慰勞，以安其心。經過文武百官三次勸進，朱由檢穿上袞冕，祭告天地，即皇帝位於皇極殿，改元崇禎，在登基大典時突發天雷之聲。朱由檢即位後，“總攬權綱，天下想望太平”，而他完成的第一件大事就是鏟除魏忠賢及依附他的“閹黨”集團。
朱由檢即位之初，仍像朱由校那樣對待魏忠賢及其黨羽，該賞賜的照樣賞賜，該封官的照樣封官，魏忠賢反而感到不安，便對出身信王府宦官的司禮監秉筆太監徐應元畢恭畢敬，饋贈珍奇異寶，結為兄弟，並上書乞求辭去東廠提督之職，借以試探虛實。結果，朱由檢不僅沒有批準，而且還好言相勸，慰留一番，過了兩天，朱由檢準許魏忠賢的對食奉聖夫人客氏，出宮到私人宅第居住。魏忠賢上書乞請免去戶部喪禮香蠟三萬金，朱由檢立即表示同意。
司禮監掌印太監王體乾請求辭職，朱由檢不允。魏忠賢上書乞請停止為其建立生祠，朱由檢批準以前生祠保留如故，不再新修，又誇魏忠賢“有功不居，更見勞謙之美”，又以“讚襄典禮”和東江戰功為名給魏忠賢、王體乾等蔭官。通過對魏忠賢、王體乾及其黨羽的恩蔭賞賜，在一定程度上打消了他們的疑慮，也麻痹了他們。
鏟除魏忠賢的行動始於“閹黨”內訌。“閹黨”成員南京通政使楊所修參劾崔呈秀等，朱由檢反而“責其輕詆”；另一“閹黨”成員雲南道禦史楊維垣，兩度參劾崔呈秀各種罪狀，崔呈秀內心不安，請求回家守製，朱由檢批準其請。崔呈秀倒台之後，魏忠賢成為下一個被彈劾的對象，陸澄源、錢元愨、錢嘉征等陸續彈劾彈劾魏忠賢罪狀，尤以貢生錢嘉征言辭最激烈，列舉了“並帝”“蔑後”“弄兵”“無二祖列宗”“克削藩封”“無聖”“濫爵”“掩邊功”“朘民”“通同關節”十條“滔天之罪”。
魏忠賢得知此疏，在朱由檢麵前痛哭流涕，連呼冤枉，朱由檢不為所動，命內侍當廷誦讀錢嘉征奏疏，讓魏忠賢親耳聆聽，魏忠賢“震恐喪魄”。之後，魏忠賢以身體不適為由，請求辭職，徐應元本起於信王府，與魏忠賢相互勾結，但見魏忠賢將要失勢，也請求養病，朱由檢順勢批準魏忠賢、徐應元回家養病。朱由檢在一切準備妥當之後，正式下旨將魏忠賢之罪昭告於世，貶魏忠賢至鳳陽祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
魏忠賢出京時，帶著大量隨從，威風不減，朱由檢以魏忠賢“將素畜亡命之徒，身帶凶刃，不勝其數，環擁隨護，勢若叛然”為由，下令將其逮捕至京。行至阜城的魏忠賢從“閹黨”成員李朝欽那裏提前得知這個旨意，兩人痛飲一番後雙雙自縊，客氏被杖殺，崔呈秀亦自縊。其後，朱由檢召回各地鎮守太監，平反天啟末年迫害東林黨的冤獄，毀《三朝要典》，定“欽定逆案”，將魏忠賢等255人定為“逆黨”，魏忠賢和客氏被淩遲戮屍，其黨羽或處死，或削籍，或充軍，從而實現了撥亂反正。時人評論此舉“不動聲色，潛移默奪，非天縱英武，何以有此”。
朱由檢剪除魏忠賢後，兢兢業業，勵精圖治，力圖挽回明朝的衰落，實現中興之偉業。他訓誡群臣，稱在閹黨垮台、“職掌還之各司”之後，群臣務必“致忠竭節”，洗刷積弊，以“為國節財，為民擇吏”為要，同時“一切奏議有關國計者，遵我祖宗成法，不得妄議紛更”。他自己也以身作則，勤於政事，始終堅持經筵與日講，不僅學習儒家經典，也作為聽取講官意見、與朝臣討論時事的一個重要渠道，即使“邊報紛紜”，經筵、日講依然如故，甚至更加“精勤”。
朱由檢每天“雞鳴而起，夜分不寐”，宮中從無宴樂之事，他不僅堅持常朝，而且除了盛暑嚴寒之外，都會去文華殿召見重臣，討論政事。從未懈怠於批閱奏章，往往“批閱至丙夜不休”，甚至還在半夜下達聖旨，不僅在明朝皇帝中以勤勉著稱，甚至被臣下譽為“漢、唐以來良所稀見”。
在朝堂之內，崇禎初年的幾位依附魏忠賢的閣臣黃立極、施鳳來等相繼被彈劾而去職，朱由檢以“枚卜”（抽簽）的方式挑選新閣臣。召集大臣和科道官到乾清宮，先拜天祈禱上蒼保佑，再將推薦的閣臣姓名一一寫出，裝入金甌之中.然後用筷子挾出。先挾出錢龍錫、李標、來宗道、楊景辰四人，群臣紛紛說時局艱難，請擴大閣臣數額，於是朱由檢挾出周道登、劉鴻訓二人。
此六人就一並被任命為禮部尚書兼東閣大學士，入閣參預機務，以李標為內閣首輔。因來宗道、楊景辰曾名列《三朝要典》副總裁，故在半年後毀《三朝要典》之際去職。劉鴻訓因處置兵變令朱由檢不滿意而去職，老臣韓爌入為首輔。李標、錢龍錫等仍在內閣。韓爌、李標、錢龍錫均屬“東林黨”派係的人物，他們積極協助朱由檢定“欽定逆案”，恢複天啟朝被迫害的東林黨人的名譽。因此他們主持的內閣號稱“東林內閣”，從而形成了“東林大盛”的局麵。
另一方麵，朱由檢亦留下禮部尚書溫體仁、禮部右侍郎周延儒、吏部尚書王永光、兵部侍郎申用懋等非東林黨的官員，以製衡東林黨的勢力，這四人被東林黨稱為“四凶”。
在朝堂之外，崇禎初年最大的難題是收複被後金占據的遼東。朱由檢將這一重任交給了曾在天啟末年相繼取得寧遠大捷和寧錦大捷的原任遼東巡撫袁崇煥。袁崇煥此前因私下議和與不救錦州而被彈劾，不得已辭職返鄉，朱由檢就起用袁崇煥為都察院左都禦史、管兵部添設右侍郎事。以袁崇煥取代王之臣，任兵部尚書兼右副都禦史、督師薊、遼、登、萊、天津等處軍務。
朱由檢在平台，當著群臣的麵召見袁崇煥，袁崇煥提出了“五年平遼”的目標，並請求朱由檢授予他便宜行事之權，朱由檢大喜過望，表示：“五年滅奴，便是方略。朕不吝封侯之賞，卿其努力以解天下倒懸之苦，卿子孫亦受其福。”錢龍錫等四名閣臣亦稱讚袁崇煥是“奇男子”。隨後，袁崇煥又請求吏部和兵部的用人、戶部的轉餉、工部的製造都要配合自己，也不可聽信讒言，朱由檢亦一一應允，指示各部尚書配合袁崇煥，允諾不聽信任何讒言，又賜給袁崇煥尚方寶劍，隨後袁崇煥前往關外前線。
袁崇煥到任後，整頓防務，委任祖大壽守錦州、何可綱守寧遠、趙率教守山海關，對外聯絡明朝藩屬哈剌慎朵顏三十六家，開市給賞，加以安撫。袁崇煥以先斬後奏的方式殺東江總兵毛文龍於雙島，接著上疏請罪。朱由檢起初得知毛文龍被殺，感到十分震驚，轉而覺得毛文龍已死，不能複生，而對袁崇煥的“五年平遼”仍抱希望，所以非但不加責備，反而“優旨褒答”。
後金大汗皇太極在西征蒙古途中決定掉頭攻打明朝，兵分三路突破大安口等處長城關隘，山海關總兵趙率教戰死於遵化，袁崇煥率關寧軍從寧遠回防薊州鎮，亦堵截失敗，後金軍兵臨北京城下，是為“己巳之變”。袁崇煥率軍救援北京，在廣渠門外與後金軍激戰，迫使後金軍退卻。朱由檢在平台召見袁崇煥、滿桂、黑雲龍等將領及兵部尚書申用懋等，袁崇煥穿著青衣玄帽入宮，強調形勢嚴峻，朱由檢“慰諭久之”，袁崇煥又請率兵入城，朱由檢不許，賜給他貂裘和銀盔甲後結束這次召見。
與此同時，溫體仁已上密疏彈劾袁崇煥通敵，據說皇太極也使用了反間計，讓被俘的明朝太監聽到漢人將領鮑承先、高鴻中等談論袁崇煥裏通後金之事，然後放回北京。朱由檢再次召見袁崇煥及滿桂、祖大壽等時，就斥責袁崇煥：“爾擅殺大帥，以至今日。今又不能扞患禦侮，則平日恢複之言何在？”命錦衣衛將他逮捕入獄。朱由檢派孫承宗安撫東奔的關寧軍，並以梁廷棟、滿桂分別為文武經略，替代袁崇煥。朱由檢命滿桂出擊永定門外的皇太極大軍，反遭重創，滿桂陣亡。
皇太極亦意識到拿不下北京，便在留下表達議和之意的書信後及時撤軍，從董家口出塞。“己巳之變”是繼“庚戌之變”後明朝京畿所受到的又一次重大威脅，朱由檢追究有關官員的責任，兵部尚書王洽死於獄中，薊遼總督劉策、山西巡撫耿如杞、總兵張士顯等文武大員被殺。朱由檢數落袁崇煥“托付不效、專恃欺隱”以及給哈剌慎賣糧從而間接支援後金、圖謀議和、縱敵不戰、遣散援兵等罪狀，將他淩遲處死。袁崇煥獲罪後，先前支持過他的錢龍錫、韓爌遭到史??、高捷等親溫體仁的言官彈劾，相繼去職，李標、成基命雖繼任首輔，亦不能久安於位，先後辭任。東林黨的勢力一落千丈，周延儒、溫體仁入閣主政。
小冰河期進入比較嚴重的階段，引發災荒頻繁、糧食歉收，西北和中原受災尤甚，而田賦加派依然不減，造成社會矛盾的激化。遭受大旱的陝西澄城爆發王二起義，他們殺死知縣、嘯聚山林，拉開明末農民戰爭的序幕。陝西各地走投無路的農民與邊鎮逃兵、被裁撤的驛卒等合流，紛紛揭竿而起。這些起義者各自為戰、流動性強，所以被統治階級稱為“流寇”。
朱由檢任命楊鶴為陝西三邊總督，接替已故的武之望，負責處理陝西民變，對於民變采取以撫為主、以剿為輔的方針，指出：“秦賊蔓延，雖因無歲，總由貪官債帥不恤軍民，恣行剝削，以致轉徙為盜。自今邊方文武，俱宜遴才選補，不得聽人規避，徒取備員。其官兵分合事宜，兵部密行督撫，相機剿滅。”楊鶴貫徹朱由檢的這種方針，陸續招安了一批起義者，其中最大的成果是招安神一魁。
但由於根本的社會矛盾沒有解決，所以許多起義者在接受招安後因得不到有效安置而重新起義，神一魁就不到一個月即“複叛”。朱由檢聞訊震怒，下令逮捕楊鶴，將他遣戍袁州，代之以主剿的延綏巡撫洪承疇出任陝西三邊總督，要求陝西督撫“鼓勵道將，速圖剿定”。在洪承疇等的大力鎮壓下，陝西的各路起義軍轉戰山西，朱由檢以曹文詔節製秦、晉諸將。
一年後，各路起義軍又成功實現“澠池渡”，轉進河南，攻城略地。朱由檢任命延綏巡撫陳奇瑜為五省總督，全權負責鎮壓起義，又起用大名道盧象升為鄖陽撫治，把守起義軍最有可能進入的川、陝、豫、楚四省交界地帶。在盧象升等的鎮壓下，高迎祥、李自成等部起義軍退回陝西，被困於興安南麵的車廂峽，陷入絕境，然而陳奇瑜接受賄賂，主張招安，反而讓起義軍成功逃脫，朱由檢轉而命洪承疇兼任五省總督。
不久，明朝皇室發祥地鳳陽被掃地王、太平王等部起義軍攻陷，明朝祖陵被燒。朱由檢聞訊後，暫停經筵，穿著素服到太廟祭告祖宗之靈，命百官修省，並處死鳳陽巡撫楊一鵬。麵對起義軍日益壯大、流動作戰的局麵，朱由檢設五省總理的差使，由已升任湖廣巡撫的盧象升兼任，與五省總督洪承疇互相配合，洪承疇負責西北，盧象升負責東南，次年又起用孫傳庭為陝西巡撫，在三人通力合作之下，明軍擒獲起義軍中勢力最強的闖王高迎祥，使“剿局”有所改觀。
明朝與後金的戰事也在持續，皇太極在“己巳之變”撤退時，曾占領關內的遵化、永平、遷安、灤州四城，此四城被督師孫承宗收複，是為“遵永大捷”。皇太極遂轉換滅明方略，不再直接攻打北京，而是一麵拔掉明軍在遼西的據點，一麵屢次派兵入塞掠奪。明軍在遼西的最前沿——大淩河城陷落，孫承宗引咎去職。
更嚴重的事態是“吳橋兵變”，山東登、萊地區士兵孔有德、耿仲明等在支援大淩河城途中嘩變，回到登州、萊州，挾持登萊巡撫孫元化抗拒朝廷。孔有德、耿仲明等成功突圍，投奔皇太極，不僅引後金兵攻陷旅順，更將紅夷大炮的技術傳到後金，後金由此開發出漢人炮兵與滿蒙步騎兵協同作戰的戰術，使明軍更加吃力，後金軍在西征蒙古察哈爾部的過程中兩次入塞掠奪，橫行宣府、大同及山西腹地。
皇太極稱帝，國號大清，年號崇德，正式建立了一個與明朝分庭抗禮的政權，隨即他又派兵入塞大掠京畿，史稱“丙子之變”。清軍如入無人之境，在掠奪了十八萬人畜後出塞，途中還留下“各官免送”的羞辱性木牌。兵部尚書張鳳翼下獄後自殺，朱由檢起用正在守製的楊鶴之子楊嗣昌為兵部尚書，拜為禮部尚書兼東閣大學士，仍管兵部事，將解決內憂外患、中興大明王朝的希望寄托在他身上。
楊嗣昌提出的對付起義軍的戰略是“四正六隅十麵網”，由五省總督和五省總理負責剿殺。五省總督仍然是洪承疇，而之前的五省總理盧象升，自“丙子之變”後就調任北方，接替他的王家禎是無能之輩，楊嗣昌推薦平息海盜有功的兩廣總督熊文燦，出任五省總理。這種戰略收到一定成效，西北麵的起義軍在洪承疇和孫傳庭的鎮壓下被消滅殆盡，李自成率18騎逃入商洛山中；東南麵的起義軍中勢力最大的張獻忠部接受熊文燦招安，仍據守穀城；另一支東南麵的起義軍羅汝才部也在均州投降，其他東南麵的起義軍或降或逃，農民戰爭陷入低穀。
楊嗣昌所提出的對清方針則是議和優先，以便騰出手來解決農民起義，此事由遼東巡撫方一藻和監軍太監高起潛秘密進行，但因事機泄露，引發群臣反對，議和之事便被拖延，皇太極亦第五次發兵入塞，京畿告急，是為“戊寅之變”。朱由檢急調洪承疇、孫傳庭入援，然而依然拿清軍無可奈何，清軍長驅直入山東腹地，攻陷58座城池、俘虜四十六萬人畜，從容出塞。
清軍此次入塞對明朝的戰略格局有重大影響，盧象升戰死、孫傳庭下獄，洪承疇調任薊遼總督，率領陝西精銳之師在鬆山、錦州一線防範清軍，這給瀕臨絕境的李自成以喘息的可乘之機。張獻忠也利用熊文燦的昏庸，再舉反旗。朱由檢派楊嗣昌督師圍剿張獻忠，起初指揮左良玉在川東瑪瑙山打了勝仗，但其後連戰連敗。李自成聽說張獻忠起兵穀城後，趕往會合，不久分手，從湖廣轉進四川，再由四川轉進河南，攻陷洛陽，殺死皇叔福王朱常洵；張獻忠破襄陽，殺襄王朱翊銘，楊嗣昌聽說洛陽、襄陽陷落、二王被殺的消息，憂懼而死。朱由檢對楊嗣昌之死感到惋惜，並未追究其責任，反而殺了被認為配合楊嗣昌不力的原任陝西三邊總督鄭崇儉。接著，朱由檢以陝西三邊總督丁啟睿為督師，繼續圍剿李自成、張獻忠。
內外局勢雖然對明朝愈發不利，但尚未失控，內外局勢急轉直下，明朝加速滑向崩潰的邊緣。河南地區自崇禎以來“竟無樂歲，旱蝗相繼，災異頻仍”趨向嚴重，在這種情況下，大量饑民加入李自成的隊伍，使其不斷壯大，開始被稱為“闖王”，牛金星、宋獻策等知識分子也投奔李自成。
李自成攻打河南省城開封，丁啟睿借口在打張獻忠而不救開封，朱由檢便起用平定奢安之亂有功的傅宗龍為陝西三邊總督，率川陝兵兩萬馳援開封，李自成放棄攻打開封，轉而襲擊傅宗龍，擒殺傅宗龍於項城。李自成與羅汝才再攻開封，朱由檢提拔陝西巡撫汪喬年為陝西三邊總督，馳援開封，李自成又擒殺汪喬年於襄城，朱由檢被迫放出關在獄中的孫傳庭，拜為陝西三邊總督。
李自成第三次圍攻開封，並在朱仙鎮之戰中殲滅督師丁啟睿、保定總督楊文嶽等所率援軍，朱由檢催孫傳庭出師救援。黃河堤潰，開封城毀，李自成不再進攻開封。孫傳庭出潼關，兵敗郟縣，退回關內，李自成攻陷汝寧，殺楊文嶽，控製河南大部，繼而轉戰湖廣。一度被丁啟睿等壓製的張獻忠，也再次活躍於南直隸，攻陷廬州，破黃得功、劉良佐部於六安，轉進湖廣。
對清的戰局也在惡化，皇太極為了入關，連年侵擾鬆山、錦州等遼西堡壘。洪承疇率五萬人從寧遠馳援祖大壽駐守的錦州，與清軍激戰後敗退，洪承疇又屢次出關救援，打退了清軍的進攻，但錦州仍然在清軍的包圍之中。兵部尚書陳新甲建議洪承疇率大軍前往鬆山、錦州一帶決戰，殲滅包圍錦州的清軍，但洪承疇主張持重，反對急速進兵。
朱由檢本來傾向洪承疇的建議，但陳新甲堅持己見，再加上從寧遠回來的兵部職方司郎中張若麒也報告清軍糧餉不繼，每天騎兵隻吃兩餐，步兵隻吃一餐，陳新甲便加緊慫恿朱由檢催促洪承疇出兵，朱由檢同意。洪承疇在寧遠誓師，接著率六萬大軍進駐鬆山，加上後續趕來的明軍，共計八總兵、十三萬兵力。皇太極親率三千精騎趕到鬆山，並派兵在鬆山至杏山之間列營，截斷明軍的聯係。洪承疇派王樸、吳三桂、李輔明等六名總兵率軍突圍，被清軍殲滅大半，於是洪承疇與總兵曹變蛟、王廷臣和遼東巡撫丘民仰被圍困在鬆山城中。
在鬆山副將夏成德的內應下，清軍攻陷鬆山，丘民仰、曹變蛟、王廷臣殉節，洪承疇被俘，堅守錦州的祖大壽降清，此外杏山、塔山二城亦被清軍攻陷。戰後，朱由檢授意陳新甲與清朝議和，不料和議泄露，再次引發群臣反對，陳新甲不但不認錯，還自認為有功，朱由檢將陳新甲下獄殺了他。皇太極見和議破裂，第六次發兵入塞，是為“壬午之變”。此次入塞的經過與之前幾次如出一轍，清軍在飽掠數月、攻陷八十八城之後，帶著三十六萬九千名俘虜和三十二萬餘頭牲畜等戰利品揚長而去，事後朱由檢又殺了兩位薊遼總督範誌完、趙光拚來頂罪。
隨著內外兩線戰事的大潰敗，明朝覆亡之象顯現，朝野人心亦日漸離散。朱由檢照例到皇極殿接受朝賀，而文班隻有內閣首輔周延儒一人，武班隻有一名勳臣。朱由檢命開門，進來的朝臣太少，過了許久才陸續有朝臣匆匆趕來，湊夠了百官中一半多一點的人數，這才勉強舉行朝賀禮。
當時，北京城已經流傳“韃子、流賊到門，我即開城請進”之語，清軍第六次入塞期間，朱由檢取出內帑數萬，發給守城將士，每人隻領二十錢，守城士兵們彈著錢說：“皇帝要性命，令我輩守城，此錢止可買五六燒餅而已！”在這種情況下，朱由檢迫切渴望盡快扭轉局勢，下令以一萬兩黃金以及侯爵來懸賞李自成的首級，以五千兩黃金、一品大員的官位和錦衣衛指揮使的世職，來懸賞張獻忠的首級。
當時，明朝可倚仗的兵力隻有陝西孫傳庭和湖廣左良玉麾下的兵力，左良玉雖擁兵二十萬，但不僅不能剿滅張獻忠，還四處劫掠，並威脅南京，索要軍餉，朱由檢隻能加以安撫，卻對他無可奈何。張獻忠趁機攻陷武昌，沉楚王朱華奎於長江，建立大西政權。李自成也在襄陽自稱新順王，初步建立政權，並且提出“三年免征、一人不殺”的口號，出現了“闖王來時不納糧”的民謠。
朱由檢便將力挽狂瀾的希望寄托在明朝最後的勁旅——孫傳庭統率的秦兵，任命他為督師，出潼關消滅李自成。孫傳庭進軍河南，起初連傳捷報，而皇太極的死訊也在此時傳入北京，明廷洋溢著國勢轉危為安、中興指日可待的幻覺。然而孫傳庭先是兵敗於汝州，接著戰死於潼關，李自成長驅入關占領西安，進而迅速控製了陝西全境。朱由檢先後派餘應桂、李化熙代替孫傳庭，但都無兵無餉、一籌莫展，盡管如此，內閣首輔陳演、吏部尚書李遇知等仍安慰朱由檢說“賊入關中，必戀子女玉帛，猶虎入陷阱”“欲據此為家”，完全誤判了形勢。
朱由檢到皇極殿接受朝賀之際，發現隻有錦衣衛指揮使駱養性在場，朱由檢便下令鳴鍾開門，很久都沒人來，朱由檢準備先祭拜太廟再接受朝賀，又發現馬匹沒準備好，便依然等著受朝賀，隨後文武百官陸續趕來，站朝班時互相亂入，十分狼狽。
雄踞西安的李自成也在這一天建國號大順，年號永昌，隨後揮師東征山西，直搗北京。在岌岌可危的局麵下，遷都南京之議浮上水麵。據說在清軍第六次入塞時，朱由檢就與周延儒商量過南遷，但被皇嫂懿安太後（張皇後）阻止。左中允李明睿在德政殿接受朱由檢召見時，力勸南遷，朱由檢亦表讚成，他希望由重臣來牽頭，不過閣臣中無一提議，兵部收到李自成下的戰書，約定決戰於北京城下。
朱由檢召見閣臣，流淚說道：“朕非亡國之君，事事乃亡國之象。祖宗櫛風沐雨之天下，一朝失之，何麵目見於地下？朕願督師，以決一戰，即身死沙場，亦所不顧，但死不瞑目。”內閣首輔陳演、次輔魏藻德等紛紛請求代帝出征，朱由檢都不同意，最後同意由山西籍的閣臣李建泰督師。朱由檢行告廟禮，在正陽門舉行隆重的推轂儀式，親自為李建泰餞行。
李建泰未至山西，山西省城太原陷落，李自成頒布討明檄文，內稱“君非甚暗，孤立而煬蔽恒多；臣盡行私，比黨而公忠絕少”，要求朱由檢君臣馬上投降，可保榮華富貴。李自成在寧武遭遇周遇吉的頑強抵抗，最終還是將其擊敗，從此入京之路暢通無阻。在此期間，朱由檢想調遼東總兵吳三桂率關寧勁旅來京勤王，但因不願放棄寧遠以及餉銀不足等問題而作罷。
明廷內部圍繞南遷的爭議也公開化，李明睿上疏疾呼南遷，遭到兵科給事中光時亨的強烈反對，斥為“邪說”，內閣首輔陳演亦不讚成，左都禦史李邦華則提議太子和諸王先南遷。朱由檢見南遷爭議很大，便表態拒絕南遷，聲明：“國君死社稷，義之正也。朕誌決矣！”出征在外的李建泰也上疏請求南遷，並願奉太子先行，朱由檢召見群臣議論，依然分歧很大，光時亨甚至說太子先行是模仿唐肅宗即位靈武的故事，但在談到戰守之策時，諸臣集體沉默。朱由檢先是重申“國君死社稷”，再看到諸臣集體沉默後，拂袖而起，斥責：“朕非亡國之君，諸臣盡為亡國之臣！”
朱由檢封遼東總兵吳三桂為平西伯、平賊將軍左良玉為寧南伯、薊鎮總兵唐通為定西伯、鳳廬總兵黃得功為靖南伯，其餘總兵也都有升遷。與此同時，朱由檢決定放棄寧遠，征遼東總兵吳三桂、薊遼總督王永吉率兵入衛，又征調唐通、劉澤清率兵入衛，結果劉澤清不奉詔，在劫掠臨清後南奔；吳三桂手下雖有五千精兵，但因為要內徙關外軍民，拖慢了速度，隻有唐通的兩千勤王軍及時趕到，被派去守居庸關。
居庸關破，唐通投降，李自成的先鋒抵達京郊，陷昌平，焚皇陵。這一天，朱由檢一邊從容喝茶，一邊在中左門以“安人心、剿寇、生財足用”為題考選滋陽知縣黃國琦等33名地方官。接到這個消息，臉色驟變，起身入宮，朱由檢上朝詢問守城之策，君臣對泣，束手無策，甚至有人提出起用“逆案”中人，朱由檢揮淚用手指在桌案上寫下一行字（“文武官個個可殺，百姓不可殺”，一說“文臣個個可殺”），讓東廠太監王之心看過後就抹去。
當天，李自成的軍隊開始攻城，守城的三大營多為老弱病殘，毫無戰鬥力，一觸即潰。朱由檢情緒失控，他“仰天長號，繞殿環走，拊胸頓足，歎息通宵”，大呼：“內外文武諸臣誤我！誤我！”最後一次召見閣臣，說：“不如大家在奉先殿完事（自殺）”。李自成派已經投降的太監杜勳、申芝秀到北京城內，與朱由檢交涉，開出的條件一說是“割地講和”，讓李自成在西北割據稱王，犒餉銀百萬兩，可協助平定其他起義軍及遼東清軍，但不朝覲；另一說是要朱由檢“遜位”。總之，朱由檢沒有答應。
當天上午風雨交加，午時雨停，李自成下令繼續攻城，一群回回人打開了廣寧門，外城陷落。朱由檢得知外城陷落的消息後，欲召總督京營的襄城伯李國禎率三大營護駕，太監報告這些兵已經潰散，勸他快逃。朱由檢帶著太監登上紫禁城後的煤山眺望，發現北京城已經被重重圍困，難以脫身，便下山回到乾清宮。朱由檢召妹夫鞏永固、劉文炳帶家丁護駕，兩人回複按祖製不得擁有家丁。
隨後，朱由檢安排太監王之心、栗宗周、王之俊帶著三名皇子（太子、定王、永王）出宮，送到成國公朱純臣等人那裏，接著與周皇後等嬪妃舉行最後的酒宴，要求她們自盡。周皇後回到坤寧宮就自縊了，袁貴妃被朱由檢砍傷。隨後，朱由檢怒吼著“為什麽要生在我家”，先後揮劍砍向長平公主和昭仁公主，前者被砍斷手臂而昏厥，後者當場死亡，又派人到各宮催促懿安太後及西李自盡。
朱由檢召見提督京城內外太監王承恩議事，並與他飲酒。朱由檢到王承恩住處，換上大帽及宦官的衣服，手持三眼銃，帶著數百名太監先後到朝陽門、崇文門、正陽門突圍，均告失敗，朱由檢被迫與王承恩回宮，換了衣服。朱由檢親自撞鍾召集文武百官，但無一人入朝，他與王承恩登上煤山，在一棵樹上自縊，王承恩也相對自縊。據說朱由檢臨終前徘徊許久，感慨群臣中沒人陪他，又自我安慰說群臣不知道自己行蹤，然後才自縊。
朱由檢自縊當天上午，北京全城投降，李自成進入皇城，發現周皇後等女眷的遺體，三名皇子也被太監栗宗周、王之俊出賣而成了俘虜，但未發現朱由檢的去向。於是，李自成懸賞黃金萬兩搜尋朱由檢，直到發現朱由檢的遺體。他身穿藍色道袍，披頭散發，遮住了臉，右腳穿著襪子和紅方舄，左腳赤腳，胸中背心有帶血遺詔，所傳版本各有不同，共同點是表達對十七年來一事無成的自責，強調“諸臣誤朕”，最後說“任賊分裂朕屍，勿傷百姓一人”。
遺詔上還有一行墨書寫著“百官俱赴東宮行在”，據說朱由檢曾下朱諭於內閣，要求成國公朱純臣輔佐太子，當宦官將朱諭送入內閣時，閣臣們早已作鳥獸散，宦官複命時也找不到朱由檢所在，而朱由檢以為閣臣已看到朱諭，所以在遺詔上留下了這行話。朱由檢的遺體被運至東華門外，與周皇後的遺體放在一起，“諸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，餘皆睥睨過之”。
李自成在明朝太監王德化等的請求下，用較好的棺材重新收殮朱由檢夫婦的遺體，埋在田貴妃墓中，隻有太監和百姓為朱由檢送葬。在這期間，自殺殉國的明朝臣子有新樂侯劉文炳，其弟都督劉文耀、彰武侯楊崇善、惠安侯張慶臻、東宮侍衛周鏡、駙馬都尉鞏永固、宣城伯衛時春七名勳戚以及範景文、倪元璐、李邦華等二十餘名文臣。其他勳戚及文武官員基本上都向李自成投降，陳演、朱純臣還帶頭勸進於李自成，不過他們隨即受到李自成的追贓拷掠，許多人在這過程中死去。
清軍入關，占據北京。清攝政王多爾袞宣布為朱由檢發喪三天，為此需要擬定廟號和諡號。這項任務被交給李明睿，李明睿擬廟號為“懷宗”，諡號“欽天守道敏毅敦儉弘文襄武體仁致孝莊烈端皇帝”，陵號“思陵”。南明弘光政權也給朱由檢上了“思宗”的廟號及“紹天繹道剛明恪恭揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝”的諡號，改廟號為“毅宗”。隆武政權改廟號為“威宗”。
第一部三國明完結