於仲文，本姓萬忸於氏，字次武，河南洛陽人，鮮卑族，西魏到隋朝時期名將，北周太師於謹之孫，上柱國於寔之子。出身公卿之家，胸有大誌，氣度超凡。北周時期，曆趙王屬官、安固太守、儀同三司，遷東郡太守。平定尉遲迥叛亂有功，授予開府儀同三司、大將軍，領河南道行軍總管。建立隋朝後，拜行軍元帥，率兵打退突厥可汗入侵，得到晉王楊廣青睞，大破突厥侵略，拜為楊廣右衛率，支持隋煬帝即位，遷右翊衛大將軍，掌管文武選事，西征吐穀渾，進位光祿大夫。再征高句麗失敗，坐罪下獄，憂憤而死，享年六十九歲，撰寫《漢書刊繁》《略覽》各30卷。
於仲文，小時就聰明機靈，很小上學，就沉溺書中而不知疲倦，父親感到很奇異，說：“這孩子肯定會振興我們於家。”九歲時，曾在雲陽宮拜見宇文泰，宇文泰問他：“聽說你愛讀書，書上有些什麽？”於仲文回答說：“幫助父親，侍奉君王，隻有忠孝而已。”宇文泰非常讚賞他。長大後，倜儻風流而胸有大誌，氣度超凡，當時稱他是名公子。任、杜兩家都丟了牛，後來找到一頭牛，兩家都說是自己的，州郡無法決斷，益州長史韓伯俊說：“安固於太守年少時就很聰明，可讓他決斷這事。”於仲文說：“這事很容易解決。”於是讓兩家各趕牛群來，放出那頭牛，那頭牛就奔向任家的牛群中，他又偷偷讓人輕輕地傷了那頭牛，任家人歎惜不已，而杜家人卻沒事一般，於仲文於是訶責姓杜的，姓杜的認罪而去。
始州刺史屈突尚，是宇文護一黨的，以前因事入獄，無人敢治他結黨之罪，於仲文到郡後，窮追究治，終於讓他坐牢。蜀中人因此傳語說：“明斷無雙有於公，不避強暴有次武。”不久，調他任禦正下大夫，封為延壽郡公爵，食邑三千五百戶，幾次隨軍出征，累功升遷到當儀同三司，北周宣帝時，他任東郡太守。
楊堅為北周丞相後，尉遲迥起兵，派部將檀讓攻占黃河以南地區，尉遲迥還派人誘招於仲文，於仲文拒絕了。尉遲迥恨他不聽自己的，派儀同宇文威進攻他，於仲文迎戰，大破宇文威，斬首五百多級。於仲文因功被授為開府，尉遲迥又派其部將宇文胄渡過石濟，宇文威、鄒紹從白馬，兩路俱進，又進攻於仲文。
叛軍的勢力更大，東郡人十分害怕，郡中人赫連僧伽、敬子哲率人響應尉遲迥，於仲文估計不能挺住，拋妻別子，帶六十多個騎兵，打開城西門，衝破重圍而逃走。他被叛軍追趕，且戰且行，跟隨他的騎兵，十之七八都戰死，於仲文獨得免禍，到達京師，尉遲迥於是殺了他的三子一女，楊堅見於仲文，引入內室，為他下淚。楊堅賜他采帛五百段，黃金二百兩，提拔他當大將軍，兼任河南道行軍總管，給他鼓吹，讓他乘驛車到洛陽發兵，以討伐檀讓。當時韋孝寬在永橋一帶抵抗尉遲迥，於仲文到孝寬處與他商議。
當時，總管宇文忻頗有自疑之心，因此對仲文說：“你剛從京師來，你看丞相的意思怎麽樣？尉遲迥實在不值得一打，隻擔心事情完了以後，又有鳥死藏弓的憂慮。”仲文怕宇文忻發生變故，就對他說：“丞相寬弘大度，明識有餘，我們如能盡力為國，他必定不會有二心。我在京師三天，常見他有三個好處，以此看來，丞相不是一般的人。”宇文忻說：“三個好處怎樣？”於仲文說：“有個叫陳萬敵的，新近從賊人中來，丞相馬上叫他的弟弟陳難敵召集人馬，隨官軍討伐賊人。這是丞相有大度的第一個長處。上士宋謙，奉命調查一些事，宋謙於是要調查陳萬敵別的罪過。丞相責備他說：‘上當入網的，自可推求，何必又去調查訪問，有虧大禮！’這是他不管人隱私的第二個長處。說到我於仲文的妻子兒女，丞相沒有不潸然落淚的。這是丞相有仁愛之心的第三個好處。”宇文忻從此才安下心來。
於仲文的部隊到汴州的東倪塢，與尉遲迥的部將劉子昂、劉浴德等相遇，於仲文進擊而破之，於仲文軍駐紮在蓼堤，離梁郡七裏，檀讓擁眾幾萬。於仲文用老弱挑戰，檀讓軍全部來拒戰。於仲文假裝失敗逃跑，檀讓軍很驕傲輕敵。於仲文於是派出精兵在左右兩翼出擊，大敗檀讓軍，活捉五千多人，斬首七百級。於仲文軍進攻梁郡，尉遲迥的守將劉子寬棄城逃走。於仲文率軍追擊，活捉、斬殺叛軍幾千人，劉子寬獨個逃走。
當初，於仲文在蓼堤時，諸將都說：“我軍從遠方來，人馬疲勞，不可立即決戰。”仲文卻令三軍立即吃飯，擺陣大戰。破敵以後，諸將都請教道：“此前，我軍疲勞，按道理不可交戰，最後反而克敵製勝，這是用的什麽計？”仲文笑著說：“我所率領的將士，都是華山以東地區的人，他們善於速戰速決，不應該打持久戰。乘勢進軍，我們所以能克敵製勝。”諸將都認為他們趕不上仲文。
於仲文軍進擊曹州，活捉了尉遲迥所署的刺史李仲康和上儀同房勁。檀讓率餘部駐在城武，部將高士儒率萬人駐紮在永昌。於仲文裝模作樣下公文到各州縣說：“大將軍來了，你們可以積集點糧食。”檀讓還以為於仲文不可能馬上到，正在那裏殺牛犒賞人馬。於仲文知道他太大意，挑選騎兵襲擊他，一天便趕到了。於是，於仲文攻占了城武。
尉遲迥的部將席毗羅，擁眾十萬，駐紮在沛縣，將要攻打徐州。他的妻子兒女在金鄉。於仲文派人假裝是席毗羅的使者，對金鄉城的守主徐善淨說：“檀讓明天午時到達金鄉，將要宣布蜀公的命令，犒賞將士。”金鄉人信以為真，都很喜歡。於仲文挑選精兵，打起尉遲迥的旗幟，加速前進。徐善淨遠遠望見於仲文軍將到，還以為是檀讓來了，於是出城迎接。於仲文活捉了他，於是占領金鄉城。諸將大多勸於仲文屠城，於仲文說：“這裏是席毗羅起兵的地方，我們應寬待他們的妻子兒女，那麽，他的部下會自動回來。如果屠城，他們就絕望了。”眾人都說好。
於是席毗羅仗著人多勢眾，來逼近官軍。於仲文背城布陣，在離陣幾裏遠的地方，在麻田裏設下埋伏。兩下裏剛剛交手，於仲文的伏兵就動手了，他們都扌曳著柴，鼓噪呐喊，塵埃飛揚得很高。席毗羅的部隊潰逃了，於仲文乘機追殺，賊人都投洙水而淹死，洙水因此而斷流。於仲文活捉了檀讓，用囚車把他送到京師。黃河以南地區全部平定，席毗羅藏在滎陽一戶民家，被捉來殺了，把他的首級傳到京師。朝廷為於仲文刻石紀功，碑就樹立在泗水之濱。於仲文，回到京師朝見楊堅，楊堅引他到內室，一起飲宴，極盡歡樂，賜他雜采一千多段，女樂十人，又授他柱國、河南道大行台。
楊堅篡周建隋，他就留在了京師，不久，他的叔父、太尉於翼因罪下獄，於仲文也被有關官吏抓到牢裏去了，他在獄中上書楊堅，說：“我聽說春生夏長，是天地平分之功；子孝臣忠，是人倫不易之道。過去尉遲迥作亂，所在之處，如影隨物地都追隨他。我地處險要的函穀關和黃河之間，地方是要衝。我嚐膽枕戈，誓死為國。尉遲迥當時收買我，用大將軍的官位和萬戶侯的爵祿。我不顧妻子兒女，不愛惜自己的生命，冒著白刃，突破重圍。我的三個兒子、一個女兒，相繼慘死。我披肝瀝膽，跑到京師。承蒙陛下授我高官，委我兵權。那時黃河以南的賊人，如狼似鴟。我以八千疲弱兵卒，掃除妖霧，在梁郡打敗劉子寬，在蓼堤打敗檀讓，平定曹州，收複東郡、安城、武定、永昌，解了亳州之圍，消滅了徐州的賊人。席毗羅的十萬之眾，一戰便土崩瓦解；黃河南邊的蟻聚之徒，我都按時消滅了。在群凶問鼎之時，百姓無主之日，我的二叔於翼先在幽州，總管燕趙，他南鄰反賊，北防胡人。他內外安撫，轄區才得以免遭禍害。我的五叔於智，在黑水一帶樹起大旗，與反賊王謙為鄰。五叔他遏製蠻人，鎮守蜀道。我的兄長於顗，任州牧於淮南，受命殺敵，他乘機剿賊，傳賊人首級到京師。王謙竊據二江，背叛於蜀。我的第三個叔父於翼，受命於朝廷，替天討逆。我家此外的父叔兄弟，都受到文武重任，或受命於危難之際，或侍衛於戰陣之前。我們於家全家忠誠，望能查明真相。請陛下垂泣辜之恩，降雲雨之施，追草昧之始，錄點滴小功。這樣，那麽就能死灰重燃，枯骨生肉，不勝感激之至，謹冒死上聞。”楊堅看了表章，將於仲文和於翼都放了，不久，楊堅下詔，讓於仲文率兵屯紮在白狼塞，以防備突厥。
楊堅授他行軍元帥，統帥十二總管，以進攻突厥，出兵服遠鎮，遇到突厥軍，打敗了他們，斬首一千多級，得到牲畜數以萬計。於是，從金河出白道，派總管辛明瑾、元滂、賀蘭誌、呂楚、段諧等二萬人出盛樂道，到那頡山去。隋軍到了護軍川北邊，與胡人軍相遇，可汗見於仲文的軍隊軍容整肅，不戰而退。於仲文率領精幹的五千騎兵，越山追擊，沒追上而回還，楊堅因尚書省文書多而雜，官吏多行奸詐，讓於仲文調查尚書省的事，他所揭發的尚書省的問題很多，楊堅嘉獎他的明斷，厚加慰勞賞賜。
楊堅每每擔心運輸跟不上，於仲文請求挖掘疏通渭水，開通水運，楊堅深以為然，讓仲文總管這件事。楊堅發動伐陳戰爭，授於仲文行軍總管，率水軍從章山出漢口。陳國的郢州刺史荀法尚、魯山城主誕法澄、鄧沙彌等請求投降，秦王楊俊都讓於仲文率兵接受他們投降。高智慧等人在江南作亂，他又以行軍總管身份討伐他們，當時三軍缺糧，米價猛漲，於仲文私下裏賣軍糧，因此被除名。
晉王楊廣因於仲文有將帥之才，常注意他，楊廣上奏，要於仲文去，朝廷於是下令讓他監督晉王軍府之事。後來突厥進犯邊塞，楊廣任元帥，讓於仲文率領先頭部隊，大破突厥軍而回，授於仲文為太子右衛率。楊廣即位後，遷他為右翊衛大將軍，參與掌管選用文臣武將之事，楊廣討伐吐穀渾，仲文遷任光祿大夫，很被親信。
楊廣首征高句麗，於仲文率軍直指樂浪道，部隊駐紮在烏骨城，於仲文挑選瘦弱的馬、驢幾千頭，放在軍後，接著率部往東。高句麗人出兵襲擊他的後部，於仲文回軍打擊，大破高句麗軍。到鴨綠江，高麗將領乙支文德詐降，來到於仲文的軍營，於仲文早就接到密旨，如遇到高元和乙支文德，一定要抓住。到這時，乙支文德來了，於仲文將要活捉他，當時尚書右丞劉士龍任慰撫使，堅持勸阻他。
於仲文於是放了乙支文德，接著又後悔，派人騙文德說：“還有話要說，你可再來一下。”文德不聽，於是渡江。於仲文選拔騎兵渡江追他。每次作戰，必破敵軍，乙支文德送詩於仲文說：“神策究天文，妙算窮地理。戰勝功既高，知足願雲止。”於仲文回信叫他投降，文德燒掉軍營而逃走。當時宇文述因糧盡想退軍，於仲文說要以精兵追殺乙支文德，可以立功。
宇文述堅持阻止他，於仲文發怒說：“將軍率十萬之眾，不能破小賊，有何臉麵見皇上？而且這麽一退，我於仲文此行，就無有戰功了。”宇文述也厲聲說：“何以見得無功？”於仲文說：“過去周亞夫為將時，看見天子，軍容不變。這是因為決定權在他一人手裏，所以他能功成名就。現在我們卻人各一心，怎能赴敵？”起初，煬帝因於仲文有謀略，下令各部聽他節製，所以仲文才有這番話。因此，宇文述等人不得已而聽他的，於是前行。
往東到了薩水，宇文述以士兵饑餓為由而退回，所以隋軍失敗。楊廣把這事交給有關部門處理，諸將都把罪過推給於仲文，楊廣大怒，放了諸將，獨關於仲文。於仲文憂憤發病，病很重了才出獄，後死在家裏，時年六十八歲。於仲文撰有《漢書刊繁》三十卷、《略覽》三十卷。有九個兒子，於欽明最有名。
於仲文，小時就聰明機靈，很小上學，就沉溺書中而不知疲倦，父親感到很奇異，說：“這孩子肯定會振興我們於家。”九歲時，曾在雲陽宮拜見宇文泰，宇文泰問他：“聽說你愛讀書，書上有些什麽？”於仲文回答說：“幫助父親，侍奉君王，隻有忠孝而已。”宇文泰非常讚賞他。長大後，倜儻風流而胸有大誌，氣度超凡，當時稱他是名公子。任、杜兩家都丟了牛，後來找到一頭牛，兩家都說是自己的，州郡無法決斷，益州長史韓伯俊說：“安固於太守年少時就很聰明，可讓他決斷這事。”於仲文說：“這事很容易解決。”於是讓兩家各趕牛群來，放出那頭牛，那頭牛就奔向任家的牛群中，他又偷偷讓人輕輕地傷了那頭牛，任家人歎惜不已，而杜家人卻沒事一般，於仲文於是訶責姓杜的，姓杜的認罪而去。
始州刺史屈突尚，是宇文護一黨的，以前因事入獄，無人敢治他結黨之罪，於仲文到郡後，窮追究治，終於讓他坐牢。蜀中人因此傳語說：“明斷無雙有於公，不避強暴有次武。”不久，調他任禦正下大夫，封為延壽郡公爵，食邑三千五百戶，幾次隨軍出征，累功升遷到當儀同三司，北周宣帝時，他任東郡太守。
楊堅為北周丞相後，尉遲迥起兵，派部將檀讓攻占黃河以南地區，尉遲迥還派人誘招於仲文，於仲文拒絕了。尉遲迥恨他不聽自己的，派儀同宇文威進攻他，於仲文迎戰，大破宇文威，斬首五百多級。於仲文因功被授為開府，尉遲迥又派其部將宇文胄渡過石濟，宇文威、鄒紹從白馬，兩路俱進，又進攻於仲文。
叛軍的勢力更大，東郡人十分害怕，郡中人赫連僧伽、敬子哲率人響應尉遲迥，於仲文估計不能挺住，拋妻別子，帶六十多個騎兵，打開城西門，衝破重圍而逃走。他被叛軍追趕，且戰且行，跟隨他的騎兵，十之七八都戰死，於仲文獨得免禍，到達京師，尉遲迥於是殺了他的三子一女，楊堅見於仲文，引入內室，為他下淚。楊堅賜他采帛五百段，黃金二百兩，提拔他當大將軍，兼任河南道行軍總管，給他鼓吹，讓他乘驛車到洛陽發兵，以討伐檀讓。當時韋孝寬在永橋一帶抵抗尉遲迥，於仲文到孝寬處與他商議。
當時，總管宇文忻頗有自疑之心，因此對仲文說：“你剛從京師來，你看丞相的意思怎麽樣？尉遲迥實在不值得一打，隻擔心事情完了以後，又有鳥死藏弓的憂慮。”仲文怕宇文忻發生變故，就對他說：“丞相寬弘大度，明識有餘，我們如能盡力為國，他必定不會有二心。我在京師三天，常見他有三個好處，以此看來，丞相不是一般的人。”宇文忻說：“三個好處怎樣？”於仲文說：“有個叫陳萬敵的，新近從賊人中來，丞相馬上叫他的弟弟陳難敵召集人馬，隨官軍討伐賊人。這是丞相有大度的第一個長處。上士宋謙，奉命調查一些事，宋謙於是要調查陳萬敵別的罪過。丞相責備他說：‘上當入網的，自可推求，何必又去調查訪問，有虧大禮！’這是他不管人隱私的第二個長處。說到我於仲文的妻子兒女，丞相沒有不潸然落淚的。這是丞相有仁愛之心的第三個好處。”宇文忻從此才安下心來。
於仲文的部隊到汴州的東倪塢，與尉遲迥的部將劉子昂、劉浴德等相遇，於仲文進擊而破之，於仲文軍駐紮在蓼堤，離梁郡七裏，檀讓擁眾幾萬。於仲文用老弱挑戰，檀讓軍全部來拒戰。於仲文假裝失敗逃跑，檀讓軍很驕傲輕敵。於仲文於是派出精兵在左右兩翼出擊，大敗檀讓軍，活捉五千多人，斬首七百級。於仲文軍進攻梁郡，尉遲迥的守將劉子寬棄城逃走。於仲文率軍追擊，活捉、斬殺叛軍幾千人，劉子寬獨個逃走。
當初，於仲文在蓼堤時，諸將都說：“我軍從遠方來，人馬疲勞，不可立即決戰。”仲文卻令三軍立即吃飯，擺陣大戰。破敵以後，諸將都請教道：“此前，我軍疲勞，按道理不可交戰，最後反而克敵製勝，這是用的什麽計？”仲文笑著說：“我所率領的將士，都是華山以東地區的人，他們善於速戰速決，不應該打持久戰。乘勢進軍，我們所以能克敵製勝。”諸將都認為他們趕不上仲文。
於仲文軍進擊曹州，活捉了尉遲迥所署的刺史李仲康和上儀同房勁。檀讓率餘部駐在城武，部將高士儒率萬人駐紮在永昌。於仲文裝模作樣下公文到各州縣說：“大將軍來了，你們可以積集點糧食。”檀讓還以為於仲文不可能馬上到，正在那裏殺牛犒賞人馬。於仲文知道他太大意，挑選騎兵襲擊他，一天便趕到了。於是，於仲文攻占了城武。
尉遲迥的部將席毗羅，擁眾十萬，駐紮在沛縣，將要攻打徐州。他的妻子兒女在金鄉。於仲文派人假裝是席毗羅的使者，對金鄉城的守主徐善淨說：“檀讓明天午時到達金鄉，將要宣布蜀公的命令，犒賞將士。”金鄉人信以為真，都很喜歡。於仲文挑選精兵，打起尉遲迥的旗幟，加速前進。徐善淨遠遠望見於仲文軍將到，還以為是檀讓來了，於是出城迎接。於仲文活捉了他，於是占領金鄉城。諸將大多勸於仲文屠城，於仲文說：“這裏是席毗羅起兵的地方，我們應寬待他們的妻子兒女，那麽，他的部下會自動回來。如果屠城，他們就絕望了。”眾人都說好。
於是席毗羅仗著人多勢眾，來逼近官軍。於仲文背城布陣，在離陣幾裏遠的地方，在麻田裏設下埋伏。兩下裏剛剛交手，於仲文的伏兵就動手了，他們都扌曳著柴，鼓噪呐喊，塵埃飛揚得很高。席毗羅的部隊潰逃了，於仲文乘機追殺，賊人都投洙水而淹死，洙水因此而斷流。於仲文活捉了檀讓，用囚車把他送到京師。黃河以南地區全部平定，席毗羅藏在滎陽一戶民家，被捉來殺了，把他的首級傳到京師。朝廷為於仲文刻石紀功，碑就樹立在泗水之濱。於仲文，回到京師朝見楊堅，楊堅引他到內室，一起飲宴，極盡歡樂，賜他雜采一千多段，女樂十人，又授他柱國、河南道大行台。
楊堅篡周建隋，他就留在了京師，不久，他的叔父、太尉於翼因罪下獄，於仲文也被有關官吏抓到牢裏去了，他在獄中上書楊堅，說：“我聽說春生夏長，是天地平分之功；子孝臣忠，是人倫不易之道。過去尉遲迥作亂，所在之處，如影隨物地都追隨他。我地處險要的函穀關和黃河之間，地方是要衝。我嚐膽枕戈，誓死為國。尉遲迥當時收買我，用大將軍的官位和萬戶侯的爵祿。我不顧妻子兒女，不愛惜自己的生命，冒著白刃，突破重圍。我的三個兒子、一個女兒，相繼慘死。我披肝瀝膽，跑到京師。承蒙陛下授我高官，委我兵權。那時黃河以南的賊人，如狼似鴟。我以八千疲弱兵卒，掃除妖霧，在梁郡打敗劉子寬，在蓼堤打敗檀讓，平定曹州，收複東郡、安城、武定、永昌，解了亳州之圍，消滅了徐州的賊人。席毗羅的十萬之眾，一戰便土崩瓦解；黃河南邊的蟻聚之徒，我都按時消滅了。在群凶問鼎之時，百姓無主之日，我的二叔於翼先在幽州，總管燕趙，他南鄰反賊，北防胡人。他內外安撫，轄區才得以免遭禍害。我的五叔於智，在黑水一帶樹起大旗，與反賊王謙為鄰。五叔他遏製蠻人，鎮守蜀道。我的兄長於顗，任州牧於淮南，受命殺敵，他乘機剿賊，傳賊人首級到京師。王謙竊據二江，背叛於蜀。我的第三個叔父於翼，受命於朝廷，替天討逆。我家此外的父叔兄弟，都受到文武重任，或受命於危難之際，或侍衛於戰陣之前。我們於家全家忠誠，望能查明真相。請陛下垂泣辜之恩，降雲雨之施，追草昧之始，錄點滴小功。這樣，那麽就能死灰重燃，枯骨生肉，不勝感激之至，謹冒死上聞。”楊堅看了表章，將於仲文和於翼都放了，不久，楊堅下詔，讓於仲文率兵屯紮在白狼塞，以防備突厥。
楊堅授他行軍元帥，統帥十二總管，以進攻突厥，出兵服遠鎮，遇到突厥軍，打敗了他們，斬首一千多級，得到牲畜數以萬計。於是，從金河出白道，派總管辛明瑾、元滂、賀蘭誌、呂楚、段諧等二萬人出盛樂道，到那頡山去。隋軍到了護軍川北邊，與胡人軍相遇，可汗見於仲文的軍隊軍容整肅，不戰而退。於仲文率領精幹的五千騎兵，越山追擊，沒追上而回還，楊堅因尚書省文書多而雜，官吏多行奸詐，讓於仲文調查尚書省的事，他所揭發的尚書省的問題很多，楊堅嘉獎他的明斷，厚加慰勞賞賜。
楊堅每每擔心運輸跟不上，於仲文請求挖掘疏通渭水，開通水運，楊堅深以為然，讓仲文總管這件事。楊堅發動伐陳戰爭，授於仲文行軍總管，率水軍從章山出漢口。陳國的郢州刺史荀法尚、魯山城主誕法澄、鄧沙彌等請求投降，秦王楊俊都讓於仲文率兵接受他們投降。高智慧等人在江南作亂，他又以行軍總管身份討伐他們，當時三軍缺糧，米價猛漲，於仲文私下裏賣軍糧，因此被除名。
晉王楊廣因於仲文有將帥之才，常注意他，楊廣上奏，要於仲文去，朝廷於是下令讓他監督晉王軍府之事。後來突厥進犯邊塞，楊廣任元帥，讓於仲文率領先頭部隊，大破突厥軍而回，授於仲文為太子右衛率。楊廣即位後，遷他為右翊衛大將軍，參與掌管選用文臣武將之事，楊廣討伐吐穀渾，仲文遷任光祿大夫，很被親信。
楊廣首征高句麗，於仲文率軍直指樂浪道，部隊駐紮在烏骨城，於仲文挑選瘦弱的馬、驢幾千頭，放在軍後，接著率部往東。高句麗人出兵襲擊他的後部，於仲文回軍打擊，大破高句麗軍。到鴨綠江，高麗將領乙支文德詐降，來到於仲文的軍營，於仲文早就接到密旨，如遇到高元和乙支文德，一定要抓住。到這時，乙支文德來了，於仲文將要活捉他，當時尚書右丞劉士龍任慰撫使，堅持勸阻他。
於仲文於是放了乙支文德，接著又後悔，派人騙文德說：“還有話要說，你可再來一下。”文德不聽，於是渡江。於仲文選拔騎兵渡江追他。每次作戰，必破敵軍，乙支文德送詩於仲文說：“神策究天文，妙算窮地理。戰勝功既高，知足願雲止。”於仲文回信叫他投降，文德燒掉軍營而逃走。當時宇文述因糧盡想退軍，於仲文說要以精兵追殺乙支文德，可以立功。
宇文述堅持阻止他，於仲文發怒說：“將軍率十萬之眾，不能破小賊，有何臉麵見皇上？而且這麽一退，我於仲文此行，就無有戰功了。”宇文述也厲聲說：“何以見得無功？”於仲文說：“過去周亞夫為將時，看見天子，軍容不變。這是因為決定權在他一人手裏，所以他能功成名就。現在我們卻人各一心，怎能赴敵？”起初，煬帝因於仲文有謀略，下令各部聽他節製，所以仲文才有這番話。因此，宇文述等人不得已而聽他的，於是前行。
往東到了薩水，宇文述以士兵饑餓為由而退回，所以隋軍失敗。楊廣把這事交給有關部門處理，諸將都把罪過推給於仲文，楊廣大怒，放了諸將，獨關於仲文。於仲文憂憤發病，病很重了才出獄，後死在家裏，時年六十八歲。於仲文撰有《漢書刊繁》三十卷、《略覽》三十卷。有九個兒子，於欽明最有名。