（注：以下隻列舉在漫畫原作中登場，並出現姓名或代號的成員；其他人物詳見表格介紹）
主要成員
朗姆rum，琴酒gin，伏特加vodka，貝爾摩德vermouth，基爾kir，即水無憐奈/本堂瑛海，cia的臥底
基安蒂chianti，科恩korn
波本bourbon，即安室透?/降穀零，日本公安警察的臥底
已脫離組織
雪莉sherry，即宮野誌保，脫離組織後化名灰原哀
黑麥威士忌rye，即諸星大/赤井秀一，fbi的臥底
沼淵己一郎被捕，
已死亡
龍舌蘭tequ
皮斯克pisco，即枡山憲三
卡爾瓦多斯calvados
宮野明美化名廣田雅美
宮野厚司，組織的科學家，死亡故事為口傳
宮野艾蓮娜，伊森·本堂cia的臥底
楠田陸道
蘇格蘭威士忌scotch，日本公安警察的臥底
首腦
那位先生（boss，あの方）
那位先生是組織成員對黑衣組織首領的稱呼，也稱“boss”。沒有任何代號，其他成員的酒類代號就是他所命名，身份成謎。“寵愛的女人”是貝爾摩德。其郵箱地址的按鍵音旋律為《七個孩子》。據作者青山剛昌所說已登場並出現全名。
“那位先生”（後方黑影）與其下屬琴酒等人
主要成員
朗姆（rum，ラム）
黑衣組織的二號人物，boss的心腹。性別不明，外貌有多種傳聞。[7][8]在事故中某隻眼睛受傷，所以裝的是義眼。
琴酒（gin，ジン）
黑衣組織重要成員，經常和伏特加一起出現。是最早登場也是最重要的組織成員之一。銀色（早期為金色）長發，左撇子。冷酷殘忍，頭腦冷靜，似乎可以毫不猶豫地殺死任何人。經常執行各種暗殺和清除組織內奸的任務，自稱從不去記殺掉的人的姓名和長相。是給新一灌下aptx4869使其身體變小的罪魁禍首。愛車是黑色的保時捷356a。
伏特加（vodka，ウォッカ）
黑衣組織重要成員，琴酒的搭檔，最早登場的組織成員之一。總是帶著墨鏡。但頭腦簡單，做事稍不細密。完全服從琴酒且一起行動，尊稱琴酒為“大哥”。
貝爾摩得（vermouth，ベルモット，又譯苦艾酒）
黑衣組織重要成員。真實身份為美國大明星莎朗·溫亞德，因某種原因恢複年輕或停止衰老（具體不詳），而後對外宣稱為“莎朗的女兒”克麗絲·溫亞德。精通易容與變聲。負責收集重要情報，是個“秘密主義者”。在紐約曾新一和小蘭救下曾救過他，此後一直保護兩人。知道柯南和灰原的真實身份，但卻並沒有上報組織，原因似乎也與她自身原因有關。與boss有著特殊關係，具體不明。
雪莉（sherry，シェリー；已脫離組織）
黑衣組織重要成員。本名宮野誌保。組織中的科學家，藥物aptx4869的製造者。據琴酒所言是“在組織裏算是少數頭腦頂尖的人”。但在組織殺害她的姐姐宮野明美後以停止研發以示抗議，被組織囚禁時服下aptx4869自盡，卻身體恢複幼年並逃出組織。化名灰原哀，阿笠博士將之收留。
皮斯克（pisco，ピスコ；死亡）
黑衣組織元老級成員。本名枡山憲三，71歲，汽車公司董事長。與boss關係密切。與宮野夫婦交情很深，了解到一些開發中的藥物情況，並見過幼年誌保。在暗殺政治家吞口重彥的行動時失誤，在boss的要求下被琴酒滅口。曾一度認出灰原哀為宮野誌保，並暗殺其未遂。
龍舌蘭（tequ，テキーラ；死亡）
黑衣組織成員，操關西口音的大漢。在一次和滿天堂公司職員交易時因拿錯箱子而被誤炸而死。曾與電腦工程師板倉卓接觸過。
卡爾瓦多斯（calvados，カルバドス；死亡）
黑衣組織中的狙擊手。持各種武器，最喜歡用霰彈槍。因迷戀貝爾摩德而參與到貝爾摩德與fbi的對決中，被赤井秀一擊傷，在被帶走調查前自殺身亡。
基安蒂（chianti，キアンティ）
黑衣組織中的狙擊手，與科恩搭檔，有效射程為600碼左右，實力強勁。左眼有鳳尾蝶圖案紋身並且常畫很重的眼影。性格激進，痛恨對卡爾瓦多斯見死不救的貝爾摩德。
科恩（korn，コルン）
黑衣組織中的狙擊手，與基安蒂搭檔，狙擊能力在600碼左右，技術出眾。性格冷酷、沉默寡言。參與過多次暗殺行動。同樣討厭貝爾摩德。
宮野厚司（死亡）
黑衣組織中的科學家，宮野明美、宮野誌保的父親，在科學界以遭驅逐的“瘋狂科學家”而聞名。和妻子宮野艾蓮娜一起進行“使死者複活的秘密藥物”的研究。在誌保出生後不久便與妻子一同“意外死亡”。
宮野艾蓮娜（死亡）
黑衣組織中的科學家，英國人，宮野明美、宮野誌保的母親。和丈夫宮野厚司一起進行藥物研究。沉默寡言，人稱“墜入地獄的天使（hengel）”。在誌保出生後不久便與丈夫一同“意外死亡”。生前對自己的死亡有所察覺，並且為尚且年幼的女兒誌保留下了幾盤錄音。
底層成員
宮野明美（死亡）
黑衣組織的基層成員，宮野誌保的姐姐，赤井秀一的女友。因父母都是組織成員而被迫加入組織。為了自己和妹妹能夠脫離組織，化名廣田雅美，完成了組織交給的搶劫十億日元的任務，後被琴酒殺害。
楠田陸道（死亡）
黑衣組織基層成員，為了尋找失蹤的基爾而奉組織之命裝病住進杯戶中央醫院進行秘密調查的眼線。被fbi發現而駕車逃亡，發覺追蹤者是赤井秀一後舉槍自殺。赤井秀一後將其屍體用於假死計劃。
沼淵己一郎（被捕）
黑衣組織培養的殺手，但因達不到預期要求，而被送到宮野誌保處作為藥物實驗對象。在實驗前逃跑，後製造了連環殺人案，被捕。
老人
姓名不詳。兩年前赤井秀一在組織的臥底調查即將結束時，製定了約琴酒見麵、fbi趁機實施抓捕的計劃。該老人先於琴酒來到約定地點，fbi搜查官安德雷·卡邁爾上前提醒他“這裏很危險，快點離開”，卻不知該老人為黑衣組織成員。此事導致抓捕計劃失敗，並使赤井的臥底身份暴露，間接導致宮野明美的死亡。
臥底
基爾（kir，キール）
cia派入組織的臥底，本名本堂瑛海，化名水無憐奈。伊森·本堂的女兒，本堂瑛祐的姐姐。表麵身份為日賣電視台主持人（重回組織後已辭職）。在於一次暗殺政要的行動中遭遇車禍，被fbi當作真正組織成員擒獲，一直在醫院昏迷。蘇醒後fbi才得知其身份，將她送回組織繼續完成任務。
基爾/水無憐奈/本堂瑛海
黑麥威士忌（rye，ライ；已脫離組織）
fbi搜查官，真名赤井秀一，宮野明美的男友。曾化名諸星大，接近宮野明美並依靠誌保的人際關係打入組織內部，臥底三年。期間得到boss賞識並獲得代號“rye”。因fbi搜查官安德雷·卡邁爾的失誤導致赤井身份暴露並脫離組織，並致使宮野明美被琴酒殺害。boss稱之為可以射穿組織心髒的銀色子彈。為了幫助重新回到組織臥底的水無憐奈騙取琴酒的信任，假裝中彈身亡。之後以衝矢昴的身份出現，暗中保護灰原哀。
波本（bourbon，バーボン）
日本公安警察派入組織的臥底，本名降穀零，化名安室透。人稱“神秘主義者”。曾在小時候與宮野艾蓮娜有過接觸。表麵職業為私家偵探，並在波洛咖啡廳打工，拜毛利小五郎為師。對柯南的身份產生了興趣。與赤井秀一相互反感，曾偽裝成傷疤赤井來試探fbi，後推斷出赤井未死及赤井假扮為衝矢昴活動。
伊森·本堂（死亡）
cia派入組織的臥底，本堂瑛海（水無憐奈）與本堂瑛祐的父親。第二代日裔美國人，30年前加入cia成為諜報員。不太愛說話，使用多個假名。曾潛入組織臥底調查。4年前為了保護女兒水無憐奈的臥底身份不暴露而自殺身亡，並造成“審問水無卻反被她所殺”的假象，使水無躲過組織懷疑並得到boss的垂青。
伊森·本堂
蘇格蘭威士忌（scotch，スコッチ；死亡）
日本公安警察派入組織的臥底，安室透的同事。臥底身份暴露後，在組織套問出其名字之前，在赤井秀一麵前自殺。
主要成員
朗姆rum，琴酒gin，伏特加vodka，貝爾摩德vermouth，基爾kir，即水無憐奈/本堂瑛海，cia的臥底
基安蒂chianti，科恩korn
波本bourbon，即安室透?/降穀零，日本公安警察的臥底
已脫離組織
雪莉sherry，即宮野誌保，脫離組織後化名灰原哀
黑麥威士忌rye，即諸星大/赤井秀一，fbi的臥底
沼淵己一郎被捕，
已死亡
龍舌蘭tequ
皮斯克pisco，即枡山憲三
卡爾瓦多斯calvados
宮野明美化名廣田雅美
宮野厚司，組織的科學家，死亡故事為口傳
宮野艾蓮娜，伊森·本堂cia的臥底
楠田陸道
蘇格蘭威士忌scotch，日本公安警察的臥底
首腦
那位先生（boss，あの方）
那位先生是組織成員對黑衣組織首領的稱呼，也稱“boss”。沒有任何代號，其他成員的酒類代號就是他所命名，身份成謎。“寵愛的女人”是貝爾摩德。其郵箱地址的按鍵音旋律為《七個孩子》。據作者青山剛昌所說已登場並出現全名。
“那位先生”（後方黑影）與其下屬琴酒等人
主要成員
朗姆（rum，ラム）
黑衣組織的二號人物，boss的心腹。性別不明，外貌有多種傳聞。[7][8]在事故中某隻眼睛受傷，所以裝的是義眼。
琴酒（gin，ジン）
黑衣組織重要成員，經常和伏特加一起出現。是最早登場也是最重要的組織成員之一。銀色（早期為金色）長發，左撇子。冷酷殘忍，頭腦冷靜，似乎可以毫不猶豫地殺死任何人。經常執行各種暗殺和清除組織內奸的任務，自稱從不去記殺掉的人的姓名和長相。是給新一灌下aptx4869使其身體變小的罪魁禍首。愛車是黑色的保時捷356a。
伏特加（vodka，ウォッカ）
黑衣組織重要成員，琴酒的搭檔，最早登場的組織成員之一。總是帶著墨鏡。但頭腦簡單，做事稍不細密。完全服從琴酒且一起行動，尊稱琴酒為“大哥”。
貝爾摩得（vermouth，ベルモット，又譯苦艾酒）
黑衣組織重要成員。真實身份為美國大明星莎朗·溫亞德，因某種原因恢複年輕或停止衰老（具體不詳），而後對外宣稱為“莎朗的女兒”克麗絲·溫亞德。精通易容與變聲。負責收集重要情報，是個“秘密主義者”。在紐約曾新一和小蘭救下曾救過他，此後一直保護兩人。知道柯南和灰原的真實身份，但卻並沒有上報組織，原因似乎也與她自身原因有關。與boss有著特殊關係，具體不明。
雪莉（sherry，シェリー；已脫離組織）
黑衣組織重要成員。本名宮野誌保。組織中的科學家，藥物aptx4869的製造者。據琴酒所言是“在組織裏算是少數頭腦頂尖的人”。但在組織殺害她的姐姐宮野明美後以停止研發以示抗議，被組織囚禁時服下aptx4869自盡，卻身體恢複幼年並逃出組織。化名灰原哀，阿笠博士將之收留。
皮斯克（pisco，ピスコ；死亡）
黑衣組織元老級成員。本名枡山憲三，71歲，汽車公司董事長。與boss關係密切。與宮野夫婦交情很深，了解到一些開發中的藥物情況，並見過幼年誌保。在暗殺政治家吞口重彥的行動時失誤，在boss的要求下被琴酒滅口。曾一度認出灰原哀為宮野誌保，並暗殺其未遂。
龍舌蘭（tequ，テキーラ；死亡）
黑衣組織成員，操關西口音的大漢。在一次和滿天堂公司職員交易時因拿錯箱子而被誤炸而死。曾與電腦工程師板倉卓接觸過。
卡爾瓦多斯（calvados，カルバドス；死亡）
黑衣組織中的狙擊手。持各種武器，最喜歡用霰彈槍。因迷戀貝爾摩德而參與到貝爾摩德與fbi的對決中，被赤井秀一擊傷，在被帶走調查前自殺身亡。
基安蒂（chianti，キアンティ）
黑衣組織中的狙擊手，與科恩搭檔，有效射程為600碼左右，實力強勁。左眼有鳳尾蝶圖案紋身並且常畫很重的眼影。性格激進，痛恨對卡爾瓦多斯見死不救的貝爾摩德。
科恩（korn，コルン）
黑衣組織中的狙擊手，與基安蒂搭檔，狙擊能力在600碼左右，技術出眾。性格冷酷、沉默寡言。參與過多次暗殺行動。同樣討厭貝爾摩德。
宮野厚司（死亡）
黑衣組織中的科學家，宮野明美、宮野誌保的父親，在科學界以遭驅逐的“瘋狂科學家”而聞名。和妻子宮野艾蓮娜一起進行“使死者複活的秘密藥物”的研究。在誌保出生後不久便與妻子一同“意外死亡”。
宮野艾蓮娜（死亡）
黑衣組織中的科學家，英國人，宮野明美、宮野誌保的母親。和丈夫宮野厚司一起進行藥物研究。沉默寡言，人稱“墜入地獄的天使（hengel）”。在誌保出生後不久便與丈夫一同“意外死亡”。生前對自己的死亡有所察覺，並且為尚且年幼的女兒誌保留下了幾盤錄音。
底層成員
宮野明美（死亡）
黑衣組織的基層成員，宮野誌保的姐姐，赤井秀一的女友。因父母都是組織成員而被迫加入組織。為了自己和妹妹能夠脫離組織，化名廣田雅美，完成了組織交給的搶劫十億日元的任務，後被琴酒殺害。
楠田陸道（死亡）
黑衣組織基層成員，為了尋找失蹤的基爾而奉組織之命裝病住進杯戶中央醫院進行秘密調查的眼線。被fbi發現而駕車逃亡，發覺追蹤者是赤井秀一後舉槍自殺。赤井秀一後將其屍體用於假死計劃。
沼淵己一郎（被捕）
黑衣組織培養的殺手，但因達不到預期要求，而被送到宮野誌保處作為藥物實驗對象。在實驗前逃跑，後製造了連環殺人案，被捕。
老人
姓名不詳。兩年前赤井秀一在組織的臥底調查即將結束時，製定了約琴酒見麵、fbi趁機實施抓捕的計劃。該老人先於琴酒來到約定地點，fbi搜查官安德雷·卡邁爾上前提醒他“這裏很危險，快點離開”，卻不知該老人為黑衣組織成員。此事導致抓捕計劃失敗，並使赤井的臥底身份暴露，間接導致宮野明美的死亡。
臥底
基爾（kir，キール）
cia派入組織的臥底，本名本堂瑛海，化名水無憐奈。伊森·本堂的女兒，本堂瑛祐的姐姐。表麵身份為日賣電視台主持人（重回組織後已辭職）。在於一次暗殺政要的行動中遭遇車禍，被fbi當作真正組織成員擒獲，一直在醫院昏迷。蘇醒後fbi才得知其身份，將她送回組織繼續完成任務。
基爾/水無憐奈/本堂瑛海
黑麥威士忌（rye，ライ；已脫離組織）
fbi搜查官，真名赤井秀一，宮野明美的男友。曾化名諸星大，接近宮野明美並依靠誌保的人際關係打入組織內部，臥底三年。期間得到boss賞識並獲得代號“rye”。因fbi搜查官安德雷·卡邁爾的失誤導致赤井身份暴露並脫離組織，並致使宮野明美被琴酒殺害。boss稱之為可以射穿組織心髒的銀色子彈。為了幫助重新回到組織臥底的水無憐奈騙取琴酒的信任，假裝中彈身亡。之後以衝矢昴的身份出現，暗中保護灰原哀。
波本（bourbon，バーボン）
日本公安警察派入組織的臥底，本名降穀零，化名安室透。人稱“神秘主義者”。曾在小時候與宮野艾蓮娜有過接觸。表麵職業為私家偵探，並在波洛咖啡廳打工，拜毛利小五郎為師。對柯南的身份產生了興趣。與赤井秀一相互反感，曾偽裝成傷疤赤井來試探fbi，後推斷出赤井未死及赤井假扮為衝矢昴活動。
伊森·本堂（死亡）
cia派入組織的臥底，本堂瑛海（水無憐奈）與本堂瑛祐的父親。第二代日裔美國人，30年前加入cia成為諜報員。不太愛說話，使用多個假名。曾潛入組織臥底調查。4年前為了保護女兒水無憐奈的臥底身份不暴露而自殺身亡，並造成“審問水無卻反被她所殺”的假象，使水無躲過組織懷疑並得到boss的垂青。
伊森·本堂
蘇格蘭威士忌（scotch，スコッチ；死亡）
日本公安警察派入組織的臥底，安室透的同事。臥底身份暴露後，在組織套問出其名字之前，在赤井秀一麵前自殺。