伊麗莎白女王才剛起床，她的侍女們正在工作。此刻她要戴上那副年輕的妝容、假發、精美的服飾與珠寶需要更長的時間，才能向世人展現更完美的一麵。當小艾賽克斯伯爵破門而入，跪在女王麵前時，根據一名宮廷人士勞蘭·懷特（rond whyte）的記錄，“女王才剛起身，整個人披頭散發”，臉上滿是皺紋未施脂粉。盡管陷入驚嚇與尷尬之中，女王陛下依然保持冷靜沉著，她伸出手讓小艾賽克斯伯爵行吻手禮，並“私下與他談談”，“似乎讓他感到非常滿意”。
伊麗莎白女王完全不知道宮廷外發生了些什麽事，可能認為自己的恐懼成真，小艾賽克斯伯爵可能帶著一支精兵回來，準備罷黜她、監禁她。但他看起來態度依然相當好，女王陛下仍維持一定的風度要他先退下，同時允諾等兩人都準備好後再行深談。小艾賽克斯伯爵絲毫看不出女王內心的慌亂，也不知道自己已大大地冒犯了女王：“從女王的寢宮中出來後，他回到房裏沐浴更衣，他的心情大好，甚至感謝天，盡管他在國外惹了許多麻煩與風暴，家依然給予他恬靜的溫暖。”
英國宮廷因流言揣測而沸騰了起來。“實在是太令人好奇了，他膽大妄為地直闖女王跟前，女王根本還沒準備好，而他則是滿身滿臉的泥濘。”懷特記錄下他的觀察。
小艾賽克斯伯爵離開後，伊麗莎白女王很快地結束梳妝打扮，隨即召集了當天在無雙宮中的四位樞密院參事：羅伯特·塞西爾、亨斯頓勳爵二世、托馬斯·艾格登爵士與諾斯勳爵，另外還有威廉·諾利斯爵士。十二點半，女王再度接見小艾賽克斯伯爵，接下來的一個半小時“一切安好，女王以非常仁慈的態度對待他”。不久後就到了晚餐時間，他顯得神采奕奕，並以愛爾蘭的冒險故事來娛樂友人與宮中的侍女。但懷特感受到台麵下的緊繃感：“我仿佛靈光乍現般，感受到此刻暗伏的危險。”
下午，透過羅伯特·塞西爾查明了沒有叛亂的危險後，伊麗莎白女王再度召來小艾賽克斯伯爵，這一次“他卻發現女王短時間內態度丕變，開始質疑他返國的動機，對於他擅離職守，讓英軍陷入危險之中也感到相當不悅”。小艾賽克斯伯爵於是動怒，並要求直接向樞密院親自解釋。女王“安排了幾位貴族來聽審，於是他們便在下午前往樞密院”，伊麗莎白女王則帶著滿腔怒火回到了房裏。
小艾賽克斯伯爵此時被迫脫帽麵對樞密院，而羅伯特·塞西爾則指控他違背女王陛下的命令，擅離指揮官職守，罔顧皇室命令，無意義地冊封許多騎士“冗員”，且擅闖女王寢宮。五個小時過去了，他不斷解釋自己的行為，接著有人上前要他先退下，讓樞密院會中場休息，討論這件事。經過僅十五分鍾的討論後，樞密院參事們便要求女王下令逮捕他。
這天晚上十一點，“請閣下待在自己的房中，這是女王陛下給小艾賽克斯伯爵的旨意”：在他的行為受到徹底調查前，他都會被軟禁在這裏。他的政敵們準備甕中捉鱉取他性命。隔天一早，樞密院急速召集了全體成員舉行會議，小艾賽克斯伯爵又被帶到會議上，負責的書記離場，接著關上樞密院大門。然後他接受整整三小時的嚴密審訊，這段時間他曾一度表現出“嚴肅審慎”的模樣。聽到小艾賽克斯伯爵的證詞，伊麗莎白女王無語，隻表示自己要再想想。但事實上她的情緒陷入極度憤怒之中，也出現了報複的念頭。此刻英國宮廷中出現各種流言，女王與其他樞密院成員仍在等待小艾賽克斯伯爵的餘黨出現，執行政變計劃。到了十月一日清晨，他們都發現這樣的憂慮隻是無稽，伊麗莎白女王下令由一位友人掌璽大臣艾格登爵士來看守小艾賽克斯伯爵，將他軟禁在艾格登爵士位於斯莊特的約克宅邸中，直到女王滿意為止。他隻能帶著兩位仆人，訪客全部禁見，就連他的妻子也一樣。被軟禁後不久，小艾賽克斯伯爵便生了病——這次是真的了。
但就連羅伯特·塞西爾都不相信，女王會軟禁他太久。
* * *
不久後，哈林頓爵士便接獲小艾賽克斯伯爵的口信，哀求他到女王麵前，讓女王看看他的軍事日誌，希望能向女王證明自己盡了全力。哈林頓爵士並不願意麵對女王，擔心女王會發現在停戰協議達成後，他也與泰隆伯爵見了麵，甚至接受了反叛軍“豐盛晚宴”的招待。哈林頓爵士的恐懼果然成真，當他跪在女王麵前發抖時，女王一個箭步逼近他，一把抓住他的腰帶，大聲斥責他。
“我的天，我簡直就不是女王了！”她如獅吼般說：“那個男人比我重要。”接著“女王便快速地來回踱步”，對哈林頓爵士始終皺著眉頭。他不住地發抖，仍將自己的軍事日誌呈交給女王，女王耐心地閱讀了一次後，感到毫無新意。
“我的天，你們都是冗員騎士，國王代表更是糟糕透頂，竟聰明到浪費你的時間，也浪費我們的信任！”女王罵聲連連。嚇壞了的哈林頓爵士盡可能地安撫她，但“她在盛怒之中什麽也聽不進去”，在場的所有人都不會懷疑“她是誰的女兒”。
“回去！”女王喝道。哈林頓爵士“並沒有等到女王再說一次便腳底抹油”，“仿佛後有愛爾蘭追兵般”奔赴克爾斯登。
過了一小段時間，哈林頓爵士便派妻子去女王麵前為他求情，並意有所指地指示她告訴女王陛下，她透過對丈夫展現的愛意來感受丈夫的愛。伊麗莎白女王聽懂了這個比喻，於是她說：“去吧！去吧！夫人，我知道你是個聰明人；經過了這些事情，我依然對我所有的丈夫們，也就是我的人民，抱持著善意；若非這一份特殊的愛，他們也不會給我們如此大的順服。”語畢，她同意讓哈林頓爵士返宮，但當哈林頓爵士真的回來後，女王仍忍不住要挖苦他。
“回到宮中之後，我總感到怒火中燒。”他向一位友人安東尼·史丹頓爵士這麽說。
回到宮中才一個小時，女王陛下就威脅要把我送往艦隊（街監獄）。我將回答化作詩篇，表示自己服役的時間已經太晚，希望自己不要被迫到艦隊街的女王艦隊上服役。三天後，所有人對於我仍是自由之身都感到訝異，但我真的很幸運，才過了四五天，女王就談起了我的名字，也兩度與我說話，隻是非常短暫。最後她以非常仁慈的態度，在懷特霍爾宮的女王休息室中接見我，她自己同時身兼原告、法官與證人，洗清了我的罪名，仁慈地釋放了我。我能說些什麽呢？我覺得自己如同聖保羅般為極樂之地而狂喜不已，他在這裏聽見了人類難以講述的真理；所以我也不需透露女王說了些什麽。在進入天國之前，我再也不可能麵對如此聖嚴的法官了，也沒有人能像當時的女王陛下一樣，集威嚴、學識、慍怒與寵信於一身。
十月份，愛爾蘭與英國的停戰協議到期，泰隆伯爵重新武裝。伊麗莎白女王不減怒意，反而更加生氣，大罵小艾賽克斯伯爵，並決定給他一個教訓。“這種藐視王權的行為，就該公開受到譴責”，她向樞密院表示。同時女王也向法國大使表示，她要讓小艾賽克斯伯爵知道，英國是誰當家做主。她氣急敗壞地表示，就算是她自己的兒子犯了這樣的錯，也要把他關進英國最可怕的監獄中。但其他國家的人並不知道她究竟有多憤怒，隻是天天等著小艾賽克斯伯爵獲釋的消息。就連樞密院也已多次建議釋放他，他們的理由是，小艾賽克斯伯爵沒有惡意，隻是無能而已，他犯的錯並不嚴重。
但“女王陛下的怒意似乎不能稍緩”；幾個月後，女王陛下才告訴法國大使，小艾賽克斯伯爵抗命的情節有多嚴重，她其實沒有向樞密院據實以告，盡管沒有詳盡闡述，但曆史上留下極少的證據顯示，女王陛下認定小艾賽克斯伯爵可能在前往愛爾蘭前，就已經與泰隆伯爵狼狽為奸。若果真如此，他的確是犯下了非常嚴重的罪行。但可想而知，女王陛下掌握的一切並不足以將他定罪，因為女王陛下並不確定該拿小艾賽克斯伯爵怎麽辦，並要多年後曾記錄下這段對話的弗朗西斯·貝肯提供一點意見。貝肯嗅到小艾賽克斯伯爵前途毀於一旦的意味，為了保全自己的政治前途，於是決定拋棄他，將全部心力用在迎合女王的要求上。於是他告訴女王，他認為小艾賽克斯伯爵的罪行嚴重。他建議，絕對不要再派他回愛爾蘭。
“如果我還派他回愛爾蘭，我就嫁給你！我說到做到！”女王大聲嗬斥。女王表示自己希望能定小艾賽克斯伯爵的罪，但要怎麽做呢？他犯下了叛國罪嗎？他的罪行足以送交閉門會議嗎？貝肯建議，這些做法都很不妥當，因為雖然小艾賽克斯伯爵非常無能，但政府卻掌握不到他蓄意胡為或叛國的證據。在證據不足的情形之下，若貿然將他定罪，依據他受到的歡迎程度來看，英國顯然要麵對一場民權運動；畢竟，女王陛下在毫不起訴的情形下，將他軟禁這麽長一段時間，民間已經開始傳出反對聲浪。這不是伊麗莎白女王希望聽到的答案，兩人的會麵就在女王難看的臉色中結束了。但事後她仔細思考了貝肯所說的一切，英國當時的社會氣氛的確不太適合，也相當容易挑起衝突。
十一月十七日女王登基日，伊麗莎白女王展現出無憂無慮的樣子，欣賞馬上比武競賽好幾個小時。一周後，為了宣布由蒙裘依勳爵取代小艾賽克斯伯爵出任愛爾蘭國王代表，女王突然決定要公開向臣子們說明她對小艾賽克斯伯爵處置的理由。當時的傳統，在會期結束的那一天，掌璽大臣必須在閉門會議法庭上發表演說，女王則決定“為了滿足社會的期待”，並鎮壓“法庭外、城市外與國外的危險叛徒對女王陛下與樞密院的流言蜚語”，她要利用這個場合來宣讀小艾賽克斯伯爵所犯下的各種令人遺憾的罪行。
小艾賽克斯伯爵也收到與會通知，他哀求地表示自己得了“愛爾蘭病”，已經病重無法出席。但伊麗莎白女王並不采信他的借口，因此在十一月二十八日的下午，他在伍斯特勳爵與由舵手送達約克宅邸的華威伯爵夫人陪同下與會。閉門會議中究竟發生了什麽事，沒有人知道，曆史上甚至沒有留下在垂死邊緣掙紮的小艾賽克斯伯爵與女王見麵的證據。
無論如何，到了十一月二十九日，樞密院參事、法官與許多平民們，嚴肅地聚集在閉門會議中，小艾賽克斯伯爵則以在愛爾蘭戰事中辦事不力，浪費高達三十萬英鎊公帑，私自與泰隆伯爵聯係，有辱國家聲譽，以及違抗女王命令、擅自拋下部隊而遭到起訴。
貝肯並不在場，當女王問他為什麽時，他表示許多人都認為他是背信棄義、背叛朋友的人，因而受到嚴重的暴力威脅而不敢前往。女王完全不相信他，隨後幾個月都不願跟他說話。
小艾賽克斯伯爵的罪行公之於世後，閉門會議的審判也告一段落，他依然被軟禁，但許多人依然認為，在未經審判的情形下“就先判定一個人有罪”是不公平的事情。
* * *
在遭到軟禁的幾周內，小艾賽克斯伯爵蒙受許多痛苦。他正因為腎結石而疼痛不堪，加上不斷複發的痢疾，除了仆人之外，他也見不到任何人的麵，足不出戶，向女王求情的信件也石沉大海，這些讓他陷入極度絕望之中。就連勇敢前去探望他的哈林頓爵士，都不敢為他帶一封信給伊麗莎白女王，畢竟他與女王的關係才剛恢複，不想“因為小艾賽克斯伯爵的事情再栽一次跟鬥”。但英國人民依然未對小艾賽克斯伯爵失去信心，當他病重的消息走漏後，人們就更加憐惜他了：倫敦街頭散發著讚美他的宣傳手冊，內容直指他是無辜的；宮廷的圍牆上甚至出現褻瀆女王與羅伯特·塞西爾（他被視為是影響女王思想，讓女王痛恨小艾賽克斯伯爵的元凶，甚至嚴重到必須由隨扈陪同才能出門）的塗鴉；全國各地的布道會上，牧師們也為這個新教信仰的代表祈禱，呼籲伊麗莎白女王仁慈寬厚。最嚴重的是，（女王口中的）“邪惡叛徒”則開始大膽地針對女王扯出“挑釁的傳聞與誹謗的謊言”。一切的現象都讓她非常煩悶，畢竟她窮及一生都在追求臣民的忠誠與愛，女王簡直無法忍受看見他們的不滿。
因此，十二月初，伊麗莎白女王仁慈地允許長期待在宮中的小艾賽克斯伯爵夫人，刻意穿著喪服在白天時前往探視丈夫，但此時小艾賽克斯伯爵的身心都已病重，因此法蘭絲斷言“小艾賽克斯伯爵康複的可能性渺茫”。根據懷特的記錄，“哀傷讓他病重並且衰弱，並迫切地想要早點知道女王陛下打算如何處置他。他吃得很少、睡得很少，靠著流質物體維持基本生命，讓身體的炎症加劇”。
聽到此消息，女王也相當難過，於是派了八位禦醫前往診治，但他們的檢查報告都不樂觀：他的肝髒“功能喪失，逐漸衰竭”，他的腸子全都潰爛。他無力走路，當仆人們要為他更換被內髒深黑膿血浸濕的床單時，他還得由人攙扶。醫生隻能開立灌腸劑作為藥方，以滌淨他的排泄係統。伊麗莎白女王於是下令，將他移居到艾格登爵士家最好的房間，女王眼泛淚光地派遣信差帶著幾帖湯藥與一封能安慰小艾賽克斯伯爵的信件前往探視，信中女王允諾，若能在符合禮儀的狀態下探視她，她非常願意。女王甚至暗示，等到小艾賽克斯伯爵身體好轉後，可以到約克宅邸的花園中透透氣。
盡管如此，此時的伊麗莎白女王已經搜集了足夠的證據，證明小艾賽克斯伯爵與泰隆伯爵間的聯係已經到了叛國的境界，因此女王依然堅持要懲罰他的罪。但女王陛下憤怒之餘仍感憂傷，她後來告訴法國大使，她依然希望能“助小艾賽克斯伯爵悔改”，因為他“仍有非常良善的一麵”。
十二月十九日，有謠言指出小艾賽克斯伯爵逝世，許多教堂因而敲起喪鍾。羅伯特·塞西爾家的門前，有人字跡潦草地寫著：“這裏住著個討厭的家夥！”當女王聽聞教堂牧師為小艾賽克斯伯爵祈禱一事時，隨即下令他們停止，因為她知道小艾賽克斯伯爵不僅還未死，反而有逐漸好轉的跡象。一周後，他已經能坐起，沒多久就可以上餐桌吃飯了。
這一年的聖誕節，伊麗莎白女王在裏奇蒙德宮度過；宮中人滿為患，充滿喜悅，女王也看起來神采奕奕，一邊與沙克維爾伯爵（sackville）和羅伯特·塞西爾玩著紙牌，一邊看著侍女們在謁見室中表演鄉村舞蹈。同時也依據女王的喜好，獻上了“戲劇表演與聖誕節派”。也有不少人在討論潘布魯克伯爵的繼承人——年紀輕輕的威廉·赫伯特，近來因為他“慎重地循著討女王歡心的道路前進”，因而在宮中快速累積人氣，但事實上他是個乏味單調、毫無野心的年輕人，隻愛看書不愛比武，“很快地許多人都發現，女王不欣賞他，全都是他的問題。其中最大的原因，就是他缺乏精神，而且是個鬱鬱寡歡的人”。
一六〇〇年的主顯節，一名西班牙探子回報：“伊麗莎白女王大開宴席，英國與愛爾蘭教會領袖，都看到垂垂老矣的她跳了三四曲的雙人舞”。
* * *
小艾賽克斯伯爵的姐姐瑞奇小姐，因為不斷為弟弟求情，也招致女王陛下的不悅。在她的戀人蒙裘依勳爵於二月七日出發前往愛爾蘭前，他向南安普敦伯爵與小艾賽克斯伯爵的友人查爾斯·丹佛斯爵士麵授機宜，教他們如何給予小艾賽克斯伯爵最大的幫助。他們也都同意，要告訴蘇格蘭王詹姆士六世塞西爾派係不斷阻撓他的英王之路，以拉攏他的勢力，並告訴他，他繼承英國王位之路唯一的希望，但看小艾賽克斯伯爵是否能恢複與女王的關係。若詹姆士六世願意展現軍事實力，協助達成目的，蒙裘依勳爵便會帶著四千到五千兵力，從愛爾蘭南下會合支持他的行動，逼迫伊麗莎白女王同意他們的要求。這三人私下都與小艾賽克斯伯爵有聯絡，他顯然知道也同意這個陰謀計劃。但詹姆士六世以外交辭令表示自己毫無興趣，因此計劃便遭到擱置。
一月底時，小艾賽克斯伯爵再度恢複健康，伊麗莎白女王則恢複了強硬的態度，向參事們宣布，她要在二月八日的閉門會議中公開以叛國罪處置他。羅伯特·塞西爾與貝肯因憂心公眾意見而勸退了女王，並進一步說服女王私下解決小艾賽克斯伯爵的問題。在羅伯特·塞西爾的建議下，小艾賽克斯伯爵寫了一封懇切的信件，請求女王陛下的原諒，並懇求女王降罪於他。“我心中的淚水淹沒了我曾有的驕傲。”小艾賽克斯伯爵宣稱。在閉門會議的最後一分鍾，女王陛下才不情不願地取消了計劃。
三月三日，懷特發現：“女王陛下對小艾賽克斯伯爵的怒氣絲毫不減。”艾格登爵士覺得再也無法忍受現況，在他的多次抗議下，伊麗莎白女王總算在三月二十日同意讓小艾賽克斯伯爵在李察·伯克裏爵士（sir richard berkeley）的監管下，返回艾賽克斯宅邸接受軟禁。此時艾賽克斯宅邸華麗的外表已被取下，此外小艾賽克斯伯爵不得擅離，也隻能有幾位仆人伺候。他的家人也不準與他住在一起。他依然不斷寄出哀傷的信件給女王，要求女王繼續關愛他。“我曾如此忠誠宣誓將生命奉獻給女王陛下，神是見證。”他再度向女王發誓。
萊禮爵士非常憂心，羅伯特·塞西爾與女王對待小艾賽克斯伯爵的態度不夠嚴苛，於是警告他：
我不夠聰明，無法給你什麽建議，但若你對這個惡人心軟，等到太遲了，懊悔也來不及。可以肯定的是他的惡意，就算你采取溫和路線，也無法消弭他的惡。不要失了你的優勢。若你讓步，我便能預見你未來的命運。他將成為女王權勢與安危最大的威脅。若他重獲自由，女王的好日子告終，而我們也一樣。
此時小艾賽克斯伯爵早已與身在愛爾蘭的蒙裘依勳爵密切通聯，向他提出要求，就算詹姆士六世不願出手，仍要帶兵返國協助他。但蒙裘依勳爵此時親眼見證了愛爾蘭的情勢後，對小艾賽克斯伯爵的憐憫大減，加上眼前有更要緊的事情要辦，其中最重要的就是打倒泰隆伯爵。於是他便表示“無論小艾賽克斯伯爵閣下的野心是什麽，他都不願透過任何行動協助他”。此時小艾賽克斯伯爵再度寫信給女王陛下，向她表示“自覺像個被扔到牆角的死屍”。
這一年的春天，伊麗莎白女王精神萎靡不振，顯然被處置小艾賽克斯伯爵的方法兩頭拉扯。斯葛洛普小姐帶來一封小艾賽克斯伯爵的信，信中哀求女王陛下，讓一位擁抱哀傷不斷期盼的人，重新回到女王的懷抱，伊麗莎白女王則憂愁地回複：“沒錯，的確是這樣。”
* * *
對於小艾賽克斯伯爵仍遭監禁一事，英國民間的怒火甚囂塵上，許多人深信，他未能接受審判的原因，是因為“政府缺乏將他定罪的不利證據”。為了打擊這些流言，六月五日，伊麗莎白女王在約克宅邸，讓小艾賽克斯伯爵麵對十八位樞密院參事組成的委員會，掌璽大臣艾格登爵士則在旁陪審。還有兩百位平民受到邀請出席這場審判。這並非正式的法院，而是為了公布女王事先同意的罪與罰，因而得到女王授權召開的法庭，而女王陛下則是透過此舉來操作公眾意見。會後許多臣子都開始認為，女王陛下正在為和解之道鋪路。
這場庭訊耗時十一小時。囚犯對於自己該怎麽做了然於心，於是跪在一群端坐的樞密院參事麵前，總檢察長愛德華·柯克爵士則宣讀他那“罄竹難書的違法行為”。其中情節最重大的，莫過於他惡劣的企圖與不服從，但文中也為他開脫，表示他對女王的忠誠度並未受到質疑。王室的四位律師譴責他的行為不端；當小艾賽克斯伯爵看到往昔的友人貝肯也在其中時，感到相當震驚與受傷。事實上，貝肯曾哀求女王不要這麽做，但女王堅持一定要他出席。
伊麗莎白女王完全不知道宮廷外發生了些什麽事，可能認為自己的恐懼成真，小艾賽克斯伯爵可能帶著一支精兵回來，準備罷黜她、監禁她。但他看起來態度依然相當好，女王陛下仍維持一定的風度要他先退下，同時允諾等兩人都準備好後再行深談。小艾賽克斯伯爵絲毫看不出女王內心的慌亂，也不知道自己已大大地冒犯了女王：“從女王的寢宮中出來後，他回到房裏沐浴更衣，他的心情大好，甚至感謝天，盡管他在國外惹了許多麻煩與風暴，家依然給予他恬靜的溫暖。”
英國宮廷因流言揣測而沸騰了起來。“實在是太令人好奇了，他膽大妄為地直闖女王跟前，女王根本還沒準備好，而他則是滿身滿臉的泥濘。”懷特記錄下他的觀察。
小艾賽克斯伯爵離開後，伊麗莎白女王很快地結束梳妝打扮，隨即召集了當天在無雙宮中的四位樞密院參事：羅伯特·塞西爾、亨斯頓勳爵二世、托馬斯·艾格登爵士與諾斯勳爵，另外還有威廉·諾利斯爵士。十二點半，女王再度接見小艾賽克斯伯爵，接下來的一個半小時“一切安好，女王以非常仁慈的態度對待他”。不久後就到了晚餐時間，他顯得神采奕奕，並以愛爾蘭的冒險故事來娛樂友人與宮中的侍女。但懷特感受到台麵下的緊繃感：“我仿佛靈光乍現般，感受到此刻暗伏的危險。”
下午，透過羅伯特·塞西爾查明了沒有叛亂的危險後，伊麗莎白女王再度召來小艾賽克斯伯爵，這一次“他卻發現女王短時間內態度丕變，開始質疑他返國的動機，對於他擅離職守，讓英軍陷入危險之中也感到相當不悅”。小艾賽克斯伯爵於是動怒，並要求直接向樞密院親自解釋。女王“安排了幾位貴族來聽審，於是他們便在下午前往樞密院”，伊麗莎白女王則帶著滿腔怒火回到了房裏。
小艾賽克斯伯爵此時被迫脫帽麵對樞密院，而羅伯特·塞西爾則指控他違背女王陛下的命令，擅離指揮官職守，罔顧皇室命令，無意義地冊封許多騎士“冗員”，且擅闖女王寢宮。五個小時過去了，他不斷解釋自己的行為，接著有人上前要他先退下，讓樞密院會中場休息，討論這件事。經過僅十五分鍾的討論後，樞密院參事們便要求女王下令逮捕他。
這天晚上十一點，“請閣下待在自己的房中，這是女王陛下給小艾賽克斯伯爵的旨意”：在他的行為受到徹底調查前，他都會被軟禁在這裏。他的政敵們準備甕中捉鱉取他性命。隔天一早，樞密院急速召集了全體成員舉行會議，小艾賽克斯伯爵又被帶到會議上，負責的書記離場，接著關上樞密院大門。然後他接受整整三小時的嚴密審訊，這段時間他曾一度表現出“嚴肅審慎”的模樣。聽到小艾賽克斯伯爵的證詞，伊麗莎白女王無語，隻表示自己要再想想。但事實上她的情緒陷入極度憤怒之中，也出現了報複的念頭。此刻英國宮廷中出現各種流言，女王與其他樞密院成員仍在等待小艾賽克斯伯爵的餘黨出現，執行政變計劃。到了十月一日清晨，他們都發現這樣的憂慮隻是無稽，伊麗莎白女王下令由一位友人掌璽大臣艾格登爵士來看守小艾賽克斯伯爵，將他軟禁在艾格登爵士位於斯莊特的約克宅邸中，直到女王滿意為止。他隻能帶著兩位仆人，訪客全部禁見，就連他的妻子也一樣。被軟禁後不久，小艾賽克斯伯爵便生了病——這次是真的了。
但就連羅伯特·塞西爾都不相信，女王會軟禁他太久。
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不久後，哈林頓爵士便接獲小艾賽克斯伯爵的口信，哀求他到女王麵前，讓女王看看他的軍事日誌，希望能向女王證明自己盡了全力。哈林頓爵士並不願意麵對女王，擔心女王會發現在停戰協議達成後，他也與泰隆伯爵見了麵，甚至接受了反叛軍“豐盛晚宴”的招待。哈林頓爵士的恐懼果然成真，當他跪在女王麵前發抖時，女王一個箭步逼近他，一把抓住他的腰帶，大聲斥責他。
“我的天，我簡直就不是女王了！”她如獅吼般說：“那個男人比我重要。”接著“女王便快速地來回踱步”，對哈林頓爵士始終皺著眉頭。他不住地發抖，仍將自己的軍事日誌呈交給女王，女王耐心地閱讀了一次後，感到毫無新意。
“我的天，你們都是冗員騎士，國王代表更是糟糕透頂，竟聰明到浪費你的時間，也浪費我們的信任！”女王罵聲連連。嚇壞了的哈林頓爵士盡可能地安撫她，但“她在盛怒之中什麽也聽不進去”，在場的所有人都不會懷疑“她是誰的女兒”。
“回去！”女王喝道。哈林頓爵士“並沒有等到女王再說一次便腳底抹油”，“仿佛後有愛爾蘭追兵般”奔赴克爾斯登。
過了一小段時間，哈林頓爵士便派妻子去女王麵前為他求情，並意有所指地指示她告訴女王陛下，她透過對丈夫展現的愛意來感受丈夫的愛。伊麗莎白女王聽懂了這個比喻，於是她說：“去吧！去吧！夫人，我知道你是個聰明人；經過了這些事情，我依然對我所有的丈夫們，也就是我的人民，抱持著善意；若非這一份特殊的愛，他們也不會給我們如此大的順服。”語畢，她同意讓哈林頓爵士返宮，但當哈林頓爵士真的回來後，女王仍忍不住要挖苦他。
“回到宮中之後，我總感到怒火中燒。”他向一位友人安東尼·史丹頓爵士這麽說。
回到宮中才一個小時，女王陛下就威脅要把我送往艦隊（街監獄）。我將回答化作詩篇，表示自己服役的時間已經太晚，希望自己不要被迫到艦隊街的女王艦隊上服役。三天後，所有人對於我仍是自由之身都感到訝異，但我真的很幸運，才過了四五天，女王就談起了我的名字，也兩度與我說話，隻是非常短暫。最後她以非常仁慈的態度，在懷特霍爾宮的女王休息室中接見我，她自己同時身兼原告、法官與證人，洗清了我的罪名，仁慈地釋放了我。我能說些什麽呢？我覺得自己如同聖保羅般為極樂之地而狂喜不已，他在這裏聽見了人類難以講述的真理；所以我也不需透露女王說了些什麽。在進入天國之前，我再也不可能麵對如此聖嚴的法官了，也沒有人能像當時的女王陛下一樣，集威嚴、學識、慍怒與寵信於一身。
十月份，愛爾蘭與英國的停戰協議到期，泰隆伯爵重新武裝。伊麗莎白女王不減怒意，反而更加生氣，大罵小艾賽克斯伯爵，並決定給他一個教訓。“這種藐視王權的行為，就該公開受到譴責”，她向樞密院表示。同時女王也向法國大使表示，她要讓小艾賽克斯伯爵知道，英國是誰當家做主。她氣急敗壞地表示，就算是她自己的兒子犯了這樣的錯，也要把他關進英國最可怕的監獄中。但其他國家的人並不知道她究竟有多憤怒，隻是天天等著小艾賽克斯伯爵獲釋的消息。就連樞密院也已多次建議釋放他，他們的理由是，小艾賽克斯伯爵沒有惡意，隻是無能而已，他犯的錯並不嚴重。
但“女王陛下的怒意似乎不能稍緩”；幾個月後，女王陛下才告訴法國大使，小艾賽克斯伯爵抗命的情節有多嚴重，她其實沒有向樞密院據實以告，盡管沒有詳盡闡述，但曆史上留下極少的證據顯示，女王陛下認定小艾賽克斯伯爵可能在前往愛爾蘭前，就已經與泰隆伯爵狼狽為奸。若果真如此，他的確是犯下了非常嚴重的罪行。但可想而知，女王陛下掌握的一切並不足以將他定罪，因為女王陛下並不確定該拿小艾賽克斯伯爵怎麽辦，並要多年後曾記錄下這段對話的弗朗西斯·貝肯提供一點意見。貝肯嗅到小艾賽克斯伯爵前途毀於一旦的意味，為了保全自己的政治前途，於是決定拋棄他，將全部心力用在迎合女王的要求上。於是他告訴女王，他認為小艾賽克斯伯爵的罪行嚴重。他建議，絕對不要再派他回愛爾蘭。
“如果我還派他回愛爾蘭，我就嫁給你！我說到做到！”女王大聲嗬斥。女王表示自己希望能定小艾賽克斯伯爵的罪，但要怎麽做呢？他犯下了叛國罪嗎？他的罪行足以送交閉門會議嗎？貝肯建議，這些做法都很不妥當，因為雖然小艾賽克斯伯爵非常無能，但政府卻掌握不到他蓄意胡為或叛國的證據。在證據不足的情形之下，若貿然將他定罪，依據他受到的歡迎程度來看，英國顯然要麵對一場民權運動；畢竟，女王陛下在毫不起訴的情形下，將他軟禁這麽長一段時間，民間已經開始傳出反對聲浪。這不是伊麗莎白女王希望聽到的答案，兩人的會麵就在女王難看的臉色中結束了。但事後她仔細思考了貝肯所說的一切，英國當時的社會氣氛的確不太適合，也相當容易挑起衝突。
十一月十七日女王登基日，伊麗莎白女王展現出無憂無慮的樣子，欣賞馬上比武競賽好幾個小時。一周後，為了宣布由蒙裘依勳爵取代小艾賽克斯伯爵出任愛爾蘭國王代表，女王突然決定要公開向臣子們說明她對小艾賽克斯伯爵處置的理由。當時的傳統，在會期結束的那一天，掌璽大臣必須在閉門會議法庭上發表演說，女王則決定“為了滿足社會的期待”，並鎮壓“法庭外、城市外與國外的危險叛徒對女王陛下與樞密院的流言蜚語”，她要利用這個場合來宣讀小艾賽克斯伯爵所犯下的各種令人遺憾的罪行。
小艾賽克斯伯爵也收到與會通知，他哀求地表示自己得了“愛爾蘭病”，已經病重無法出席。但伊麗莎白女王並不采信他的借口，因此在十一月二十八日的下午，他在伍斯特勳爵與由舵手送達約克宅邸的華威伯爵夫人陪同下與會。閉門會議中究竟發生了什麽事，沒有人知道，曆史上甚至沒有留下在垂死邊緣掙紮的小艾賽克斯伯爵與女王見麵的證據。
無論如何，到了十一月二十九日，樞密院參事、法官與許多平民們，嚴肅地聚集在閉門會議中，小艾賽克斯伯爵則以在愛爾蘭戰事中辦事不力，浪費高達三十萬英鎊公帑，私自與泰隆伯爵聯係，有辱國家聲譽，以及違抗女王命令、擅自拋下部隊而遭到起訴。
貝肯並不在場，當女王問他為什麽時，他表示許多人都認為他是背信棄義、背叛朋友的人，因而受到嚴重的暴力威脅而不敢前往。女王完全不相信他，隨後幾個月都不願跟他說話。
小艾賽克斯伯爵的罪行公之於世後，閉門會議的審判也告一段落，他依然被軟禁，但許多人依然認為，在未經審判的情形下“就先判定一個人有罪”是不公平的事情。
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在遭到軟禁的幾周內，小艾賽克斯伯爵蒙受許多痛苦。他正因為腎結石而疼痛不堪，加上不斷複發的痢疾，除了仆人之外，他也見不到任何人的麵，足不出戶，向女王求情的信件也石沉大海，這些讓他陷入極度絕望之中。就連勇敢前去探望他的哈林頓爵士，都不敢為他帶一封信給伊麗莎白女王，畢竟他與女王的關係才剛恢複，不想“因為小艾賽克斯伯爵的事情再栽一次跟鬥”。但英國人民依然未對小艾賽克斯伯爵失去信心，當他病重的消息走漏後，人們就更加憐惜他了：倫敦街頭散發著讚美他的宣傳手冊，內容直指他是無辜的；宮廷的圍牆上甚至出現褻瀆女王與羅伯特·塞西爾（他被視為是影響女王思想，讓女王痛恨小艾賽克斯伯爵的元凶，甚至嚴重到必須由隨扈陪同才能出門）的塗鴉；全國各地的布道會上，牧師們也為這個新教信仰的代表祈禱，呼籲伊麗莎白女王仁慈寬厚。最嚴重的是，（女王口中的）“邪惡叛徒”則開始大膽地針對女王扯出“挑釁的傳聞與誹謗的謊言”。一切的現象都讓她非常煩悶，畢竟她窮及一生都在追求臣民的忠誠與愛，女王簡直無法忍受看見他們的不滿。
因此，十二月初，伊麗莎白女王仁慈地允許長期待在宮中的小艾賽克斯伯爵夫人，刻意穿著喪服在白天時前往探視丈夫，但此時小艾賽克斯伯爵的身心都已病重，因此法蘭絲斷言“小艾賽克斯伯爵康複的可能性渺茫”。根據懷特的記錄，“哀傷讓他病重並且衰弱，並迫切地想要早點知道女王陛下打算如何處置他。他吃得很少、睡得很少，靠著流質物體維持基本生命，讓身體的炎症加劇”。
聽到此消息，女王也相當難過，於是派了八位禦醫前往診治，但他們的檢查報告都不樂觀：他的肝髒“功能喪失，逐漸衰竭”，他的腸子全都潰爛。他無力走路，當仆人們要為他更換被內髒深黑膿血浸濕的床單時，他還得由人攙扶。醫生隻能開立灌腸劑作為藥方，以滌淨他的排泄係統。伊麗莎白女王於是下令，將他移居到艾格登爵士家最好的房間，女王眼泛淚光地派遣信差帶著幾帖湯藥與一封能安慰小艾賽克斯伯爵的信件前往探視，信中女王允諾，若能在符合禮儀的狀態下探視她，她非常願意。女王甚至暗示，等到小艾賽克斯伯爵身體好轉後，可以到約克宅邸的花園中透透氣。
盡管如此，此時的伊麗莎白女王已經搜集了足夠的證據，證明小艾賽克斯伯爵與泰隆伯爵間的聯係已經到了叛國的境界，因此女王依然堅持要懲罰他的罪。但女王陛下憤怒之餘仍感憂傷，她後來告訴法國大使，她依然希望能“助小艾賽克斯伯爵悔改”，因為他“仍有非常良善的一麵”。
十二月十九日，有謠言指出小艾賽克斯伯爵逝世，許多教堂因而敲起喪鍾。羅伯特·塞西爾家的門前，有人字跡潦草地寫著：“這裏住著個討厭的家夥！”當女王聽聞教堂牧師為小艾賽克斯伯爵祈禱一事時，隨即下令他們停止，因為她知道小艾賽克斯伯爵不僅還未死，反而有逐漸好轉的跡象。一周後，他已經能坐起，沒多久就可以上餐桌吃飯了。
這一年的聖誕節，伊麗莎白女王在裏奇蒙德宮度過；宮中人滿為患，充滿喜悅，女王也看起來神采奕奕，一邊與沙克維爾伯爵（sackville）和羅伯特·塞西爾玩著紙牌，一邊看著侍女們在謁見室中表演鄉村舞蹈。同時也依據女王的喜好，獻上了“戲劇表演與聖誕節派”。也有不少人在討論潘布魯克伯爵的繼承人——年紀輕輕的威廉·赫伯特，近來因為他“慎重地循著討女王歡心的道路前進”，因而在宮中快速累積人氣，但事實上他是個乏味單調、毫無野心的年輕人，隻愛看書不愛比武，“很快地許多人都發現，女王不欣賞他，全都是他的問題。其中最大的原因，就是他缺乏精神，而且是個鬱鬱寡歡的人”。
一六〇〇年的主顯節，一名西班牙探子回報：“伊麗莎白女王大開宴席，英國與愛爾蘭教會領袖，都看到垂垂老矣的她跳了三四曲的雙人舞”。
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小艾賽克斯伯爵的姐姐瑞奇小姐，因為不斷為弟弟求情，也招致女王陛下的不悅。在她的戀人蒙裘依勳爵於二月七日出發前往愛爾蘭前，他向南安普敦伯爵與小艾賽克斯伯爵的友人查爾斯·丹佛斯爵士麵授機宜，教他們如何給予小艾賽克斯伯爵最大的幫助。他們也都同意，要告訴蘇格蘭王詹姆士六世塞西爾派係不斷阻撓他的英王之路，以拉攏他的勢力，並告訴他，他繼承英國王位之路唯一的希望，但看小艾賽克斯伯爵是否能恢複與女王的關係。若詹姆士六世願意展現軍事實力，協助達成目的，蒙裘依勳爵便會帶著四千到五千兵力，從愛爾蘭南下會合支持他的行動，逼迫伊麗莎白女王同意他們的要求。這三人私下都與小艾賽克斯伯爵有聯絡，他顯然知道也同意這個陰謀計劃。但詹姆士六世以外交辭令表示自己毫無興趣，因此計劃便遭到擱置。
一月底時，小艾賽克斯伯爵再度恢複健康，伊麗莎白女王則恢複了強硬的態度，向參事們宣布，她要在二月八日的閉門會議中公開以叛國罪處置他。羅伯特·塞西爾與貝肯因憂心公眾意見而勸退了女王，並進一步說服女王私下解決小艾賽克斯伯爵的問題。在羅伯特·塞西爾的建議下，小艾賽克斯伯爵寫了一封懇切的信件，請求女王陛下的原諒，並懇求女王降罪於他。“我心中的淚水淹沒了我曾有的驕傲。”小艾賽克斯伯爵宣稱。在閉門會議的最後一分鍾，女王陛下才不情不願地取消了計劃。
三月三日，懷特發現：“女王陛下對小艾賽克斯伯爵的怒氣絲毫不減。”艾格登爵士覺得再也無法忍受現況，在他的多次抗議下，伊麗莎白女王總算在三月二十日同意讓小艾賽克斯伯爵在李察·伯克裏爵士（sir richard berkeley）的監管下，返回艾賽克斯宅邸接受軟禁。此時艾賽克斯宅邸華麗的外表已被取下，此外小艾賽克斯伯爵不得擅離，也隻能有幾位仆人伺候。他的家人也不準與他住在一起。他依然不斷寄出哀傷的信件給女王，要求女王繼續關愛他。“我曾如此忠誠宣誓將生命奉獻給女王陛下，神是見證。”他再度向女王發誓。
萊禮爵士非常憂心，羅伯特·塞西爾與女王對待小艾賽克斯伯爵的態度不夠嚴苛，於是警告他：
我不夠聰明，無法給你什麽建議，但若你對這個惡人心軟，等到太遲了，懊悔也來不及。可以肯定的是他的惡意，就算你采取溫和路線，也無法消弭他的惡。不要失了你的優勢。若你讓步，我便能預見你未來的命運。他將成為女王權勢與安危最大的威脅。若他重獲自由，女王的好日子告終，而我們也一樣。
此時小艾賽克斯伯爵早已與身在愛爾蘭的蒙裘依勳爵密切通聯，向他提出要求，就算詹姆士六世不願出手，仍要帶兵返國協助他。但蒙裘依勳爵此時親眼見證了愛爾蘭的情勢後，對小艾賽克斯伯爵的憐憫大減，加上眼前有更要緊的事情要辦，其中最重要的就是打倒泰隆伯爵。於是他便表示“無論小艾賽克斯伯爵閣下的野心是什麽，他都不願透過任何行動協助他”。此時小艾賽克斯伯爵再度寫信給女王陛下，向她表示“自覺像個被扔到牆角的死屍”。
這一年的春天，伊麗莎白女王精神萎靡不振，顯然被處置小艾賽克斯伯爵的方法兩頭拉扯。斯葛洛普小姐帶來一封小艾賽克斯伯爵的信，信中哀求女王陛下，讓一位擁抱哀傷不斷期盼的人，重新回到女王的懷抱，伊麗莎白女王則憂愁地回複：“沒錯，的確是這樣。”
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對於小艾賽克斯伯爵仍遭監禁一事，英國民間的怒火甚囂塵上，許多人深信，他未能接受審判的原因，是因為“政府缺乏將他定罪的不利證據”。為了打擊這些流言，六月五日，伊麗莎白女王在約克宅邸，讓小艾賽克斯伯爵麵對十八位樞密院參事組成的委員會，掌璽大臣艾格登爵士則在旁陪審。還有兩百位平民受到邀請出席這場審判。這並非正式的法院，而是為了公布女王事先同意的罪與罰，因而得到女王授權召開的法庭，而女王陛下則是透過此舉來操作公眾意見。會後許多臣子都開始認為，女王陛下正在為和解之道鋪路。
這場庭訊耗時十一小時。囚犯對於自己該怎麽做了然於心，於是跪在一群端坐的樞密院參事麵前，總檢察長愛德華·柯克爵士則宣讀他那“罄竹難書的違法行為”。其中情節最重大的，莫過於他惡劣的企圖與不服從，但文中也為他開脫，表示他對女王的忠誠度並未受到質疑。王室的四位律師譴責他的行為不端；當小艾賽克斯伯爵看到往昔的友人貝肯也在其中時，感到相當震驚與受傷。事實上，貝肯曾哀求女王不要這麽做，但女王堅持一定要他出席。