一五八五年聖誕節前夕，伯勒特爵士對特伯利城堡維安漏洞的擔憂總算能稍歇，他接獲消息，女王注意到瑪麗·斯圖亞特的不滿，因此指示從特伯利城堡移監到位於十二英裏外艾賽克斯伯爵於查特裏暫時空下來的堅固宅邸，主要希望能讓洗衣婦也能長期住在裏麵。
“我無法想象，這些人要怎麽把手指大的文件帶出城堡外。”伯勒特爵士對此感到相當滿意。但多次發現瑪麗·斯圖亞特對外聯絡的神通廣大後，沃爾辛厄姆爵士並不像伯勒特爵士那麽確定，然而就在此時，他靈感乍現，不如利用瑪麗·斯圖亞特對外聯係的能力讓她自己露出馬腳，這樣他就有理由處理掉她。
受到命運之神的眷顧，這個月一名受訓中的天主教神職人員吉爾伯特·葛佛德（gilbert gifford）剛從法國踏上英國土地時，就在拉依遭到逮捕，接著就被帶到沃爾辛厄姆爵士跟前。就他所知，葛佛德是瑪麗·斯圖亞特的友人從巴黎派來英國的間諜，意圖與瑪麗·斯圖亞特恢複聯係。在發現計劃曝光後，意誌不堅的葛佛德隨即被煽動，轉投沃爾辛厄姆爵士旗下，隨後便接受指示傳遞多份在法國大使館等待瑪麗·斯圖亞特已久的信件。瑪麗·斯圖亞特交給葛佛德的回信，則直接交到沃爾辛厄姆爵士手上，他的秘書托馬斯·菲利浦斯（thomas phelippes）是密碼專家，負責破解信中密碼並複製，接著重新封緘，再送回到原定的目的地。透過這個方法，沃爾辛厄姆爵士得以監督瑪麗·斯圖亞特的通信網，設下了極大的陷阱。
葛佛德告訴瑪麗·斯圖亞特，他安排了秘密通道，可將信件走私進出查特裏。沃爾辛厄姆爵士也發現，巴克斯頓當地的釀酒人馬斯特·伯頓（master burton），定期運入一桶一桶的酒。葛佛德必須負責說服這個酒商，同時承諾給予豐渥的報償，將瑪麗·斯圖亞特的信件藏在防水的小木盒中，穿過桶孔藏在酒中。這位釀酒商是個“正直的人”，他一直相當同情瑪麗·斯圖亞特，於是便同意了，以為自己是在幫助她；一直到一切都來不及了，他才發現自己被利用了，當伯勒特爵士告訴他這個秘密時，他自知這位客戶涉入的風險太大，因而隻說出了自己要求的價碼。
透過這個新的溝通方式，葛佛德給了瑪麗·斯圖亞特一封信介紹自己，以及瑪麗·斯圖亞特在巴黎的探子托馬斯·摩根（thomas morgan）的到任國書，並表示瑪麗·斯圖亞特也可以用這個方法與境外的友人溝通。對瑪麗·斯圖亞特來說，與友人們斷絕聯係這麽久，葛佛德的方法仿佛久旱逢甘霖，她大讚葛佛德的計劃，對他背後的動機完全不疑有他。不久後，瑪麗·斯圖亞特開開心心地收下法國大使館來的二十一包信件，並準備回信。
知道陷害瑪麗·斯圖亞特一事的人，僅限於沃爾辛厄姆爵士、他的助手萊斯特伯爵，當然也可以確定伊麗莎白女王應該知情，因為她在這段時間曾向法國大使館表示：“你們持續與蘇格蘭女王秘密通信，相信我，我都知道我國家中發生的每一件事。在我的姐姐統治期間，我也曾是階下囚，對於刑犯贏得他人協助、對外秘密聯絡的奸計，我再清楚不過了。”曆史事證顯示，她不僅知道這個計劃，甚至同意這個計劃的進行，並相當密切地關心事件的發展。
* * *
二月五日，伊麗莎白女王從一位侍女處得知（而這位侍女則是看到了一封私人信件），萊斯特伯爵接受了荷蘭最高總督職位，並於一月十五日在海牙的一場莊重的儀式後開始執行“至高無上的命令”，伊麗莎白女王爆發了一陣宮廷人士從未見過的恐怖怒火。
“這足以讓歐洲各國貴族視我為妖孽了。”她怒不可遏，並寫了一封信斥責他：
不成熟的作為！在事實擺在眼前之前，我等簡直無法想象，在我們扶植之下的一個人，甚至得到比這塊土地上任何一位臣民更多的寵信，卻以如此卑劣的手段破壞國家戒律，造成國家榮譽極大損傷。我等麵對此事的立場與命令為：將耽擱與借口擺在一邊，為了表示你的忠貞，無論這個職務以我們之名為你帶來什麽考驗，都務必遵從與執行。不許失敗，若你的表現與預期相反，將為你招致最大的災禍。
女王的反應讓萊斯特伯爵深感苦惱。他認為自己這麽做，能帶給女王極大的利益，盡管伊麗莎白女王認為他絕對不敢向她實話實說，但事實上，萊斯特伯爵依然派出了皇室書記威廉·戴維森（sir william davison）去向女王解釋。但戴維森受到天氣狀況極差的影響，當他於二月十三日抵達英國時，其他人已先發製人。女王也不願聽他的解釋，而是以“最諷刺難聽的話語”訓了他一頓。“至少在女王聽取他的陳述以前，任何人都不會受到她如此大的譴責。”萊斯特伯爵苦澀地說。
荷蘭戰爭為伊麗莎白女王帶來極大壓力，沃爾辛厄姆爵士發現，“她背負壓力的能力日漸消退”。三月份，華威伯爵告訴萊斯特伯爵：“女王陛下的憤怒並未隨著時間消退，她的怨恨與怒意反而日漸高漲。”她甚至不給付萊斯特伯爵軍隊的糧餉，以此給他重大的教訓。萊斯特伯爵本想將接受最高總督的責任，推卸到戴維森身上，表示是戴維森爵士要他這麽做的，但女王絲毫不相信，甚至立即拔擢戴維森為參事。
樞密院憂心女王怒火中燒的情緒會讓她武斷地召回萊斯特伯爵，並因此造成兩人之間的裂痕，因為要是讓西班牙方麵看到英國內部鬧不和，其後果將是不堪設想。樞密院參事們隻好極力苦思安撫女王之策，並試圖向她解釋萊斯特伯爵違抗命令可能的原因；一直到一位信差來訪，向女王傳達萊斯特伯爵生病的消息，女王才勉強承認萊斯特伯爵隻是自以為是地以為這麽做能照顧到女王的利益。
三月十四日，托馬斯·赫內基爵士通知荷蘭國務委員會，萊斯特伯爵必須卸下總督職務——“這麽重大的事情，能讓許多人心碎”。荷蘭方麵上書女王，求她收回成命，但最後是伯利男爵以辭職威脅，才讓女王不情不願地同意讓萊斯特伯爵繼續擔任總督一職，但她強調，萊斯特伯爵並非英國正式代表，並要求他莫忘自己對女王的從屬關係。
萊斯特伯爵依從形勢。四月份在烏特勒支慶祝聖喬治日時，他在慶典上留了一個空蕩蕩的王位，仿佛女王隻是不在而已，女王的座位上甚至還擺放著飲料與食物。
“女王對你依然不太能諒解，”聖喬治日過後萊禮爵士這樣告訴萊斯特伯爵，“但感謝神，她已經平靜了下來，閣下依然是體貼的羅伯特。”疲憊不堪又情緒低落的萊斯特伯爵寫信向沃爾辛厄姆爵士表示：“國務大臣大人，我好疲倦，真的好疲倦。”
* * *
一五八六年三月，西班牙的菲利普國王寫信給教皇席克斯塔斯五世（pope sixtus v），請求教會祝福他“對英國的企圖”。教會給予滿心的祝福與經濟援助。這場侵略陰謀，以討伐異教徒為名，準備展開大規模聖戰。
五月二十日，瑪麗·斯圖亞特寫信給門多薩大使，透露自己願意“主動退讓，將自己應得的（英國王位）繼承權讓給貴國君主、閣下的主公，這一切都是因為我的兒子對異教的頑固與堅持”。然而菲利普國王卻向羅馬教皇表示，自己無意將英國納入他那幅員廣闊的版圖，因此決定將英國統治權轉交給他的女兒伊莎貝拉·克拉拉·尤金妮亞（infanta isabe ra eugenia）。
五月底，葛佛德將兩封瑪麗·斯圖亞特的信件交給沃爾辛厄姆爵士：第一封是寫給門多薩大使的信，她向西班牙方麵承諾，對入侵計劃鼎力相助，同時允諾尋求詹姆士六世的協助。第二封信則是寫給一位支持者查爾斯·佩吉特（charles paget）的信，信中提醒他要不斷提醒菲利普二世入侵英國的必要性。佩吉特的回信，自然也經過沃爾辛厄姆爵士的審查，透露一名神職人員約翰·巴拉德（john bard）剛從法國抵達英國，準備精心安排英國天主教人士起義，西班牙大軍也準備同步進攻，時間就在這一年的夏天。
巴拉德神父很快就成了沃爾辛厄姆爵士緊迫關注的對象。與多數曾待在國外的天主教徒一樣，這位誤入歧途的神職人員，將天主教支持瑪麗·斯圖亞特登上英國王位的概念，看得太過誇張偏激。對他的任務一片熱誠之下，他前去拜訪一位相當富有的天主教鄉紳，德席克的安東尼·巴賓頓（anthony babington of dethick），他已經在地下支持蘇格蘭女王長達兩年時間了。帥氣又熱情的巴賓頓，時年二十五歲，出身於英國德比郡一個古老又受崇敬的家庭，曾在士魯斯柏立侯爵負責看守瑪麗·斯圖亞特時擔任她的侍從。然而英國政府方麵早就知道，前一年秋天時，巴賓頓曾涉入一場草率的暗殺行動，目的是在閉門會議中殺害英國樞密院全員。
六月份，有人聽聞巴拉德與巴賓頓討論菲利普國王計劃入侵一事，並暗中策劃要謀殺伊麗莎白女王，他們準備在謁見室中突襲，或在她漫步花園時出手，她坐在馬車上時，也是個好時機。巴賓頓決定一肩扛起刺殺的重責大任，還有六位友人的協助，後來證實這些他的朋友，都與巴賓頓本人一樣，出身權貴階級，是有為青年，受到良好教育，他們全都是受到蘇格蘭女王操弄的騎士精神的感召。
沃爾辛厄姆爵士在嚴密監視巴賓頓的同時，決定讓這起謀反事件轉向，以利英國政府。幸好瑪麗·斯圖亞特在巴黎的探子托馬斯·摩根聽過巴賓頓的名字，並寫信向她推薦巴賓頓的忠誠，並指出“要趕走令全世界煩憂的野獸，方法很多”。沃爾辛厄姆爵士不費吹灰之力，就讓這封信順利交到瑪麗·斯圖亞特手上。
六月二十五日，與他預期得一模一樣，瑪麗·斯圖亞特寫信給巴賓頓，接著巴賓頓又於七月六日回信，簡述其陰謀計劃內容，要求瑪麗·斯圖亞特同意並給予建議。甚至稱呼瑪麗·斯圖亞特為“我偉大的神聖主母與女王”，他向瑪麗·斯圖亞特表示“六位英國貴族，都是我可靠的朋友”，會“推翻篡位者”伊麗莎白女王，而他則會負責援救瑪麗·斯圖亞特逃離查特裏，接著在西班牙軍隊入侵的協助下，助她登基成為英國女王。巴賓頓對瑪麗·斯圖亞特唯一的要求，就是保護那些執行“殘忍極刑”的人，並給予適當的報償。
這封信由托馬斯·菲利浦斯送往查特裏。接著沃爾辛厄姆爵士便懸著一顆心等待瑪麗·斯圖亞特的反應。七月九日，他通知萊斯特伯爵有大事要發生了：“可以確定的是，若此事處理得宜，便能阻斷女王陛下任內的所有危機。”
七月十日，菲利浦斯回報：“蘇格蘭女王已經回複巴賓頓了，而我昨晚就已經收到。”但所謂的回複其實隻是一張短簽，瑪麗·斯圖亞特在信中允諾，未來幾天會寫得更詳細。“接下來幾天必須更謹慎地對待她。”菲利浦斯說。
沃爾辛厄姆爵士與他殷切企盼的那封信，由瑪麗·斯圖亞特的兩位書記於七月十七日以密碼完成，他們從瑪麗·斯圖亞特手中接過指示，她也隨即將它們燒毀。信件的原稿已不存在，顯然是遭到巴賓頓湮滅證據，目前留下的則是菲利浦斯複製的版本，並以最快速度送交沃爾辛厄姆爵士手上，信上甚至還有菲利浦斯手繪的監獄圖像。
在漫長的溝通過程中，瑪麗·斯圖亞特因為替巴賓頓的陰謀背書與支持行刺伊麗莎白女王而有罪：“這項計劃準備得如此精細，在裏應外合的力量下促成，隻要有時間讓這六位貴族展開動作；按照指示一步一步完成計劃，我可能很快就能離開這裏了。”
沃爾辛厄姆爵士要的就是這樣一封信，讓瑪麗·斯圖亞特能在一五八五年的關聯法之下俯首認罪，同時我們也相當確定，為了了解巴賓頓提及的六位貴族是誰，他在這封“血腥信件”的最後偽造了一個附筆，詢問這些人是誰，最後在七月二十九日將信件交到巴賓頓手中。後來瑪麗·斯圖亞特的支持者便指稱，其他的信件內容也都是沃爾辛厄姆爵士假造的，尤其是瑪麗·斯圖亞特支持暗殺伊麗莎白女王的部分：然而瑪麗·斯圖亞特與門多薩大使的共謀關係是確定的，門多薩大使甚至曾向菲利普國王表示，瑪麗·斯圖亞特知道陰謀計劃的每一步。
此時這些陰謀者，正在倫敦的小酒館中公開吹噓他們的冒險精神，甚至提前慶祝勝利。巴賓頓甚至要人畫了一幅他與弒君殺手群的團體像，作為“行前紀念”。
七月五日，伊麗莎白女王與蘇格蘭王詹姆士六世簽訂《貝維克條約》，讓兩國君主在遭遇武力侵犯時能夠互助保護。這也代表菲利普國王無法從英國北部邊界入侵。就在巴賓頓請求瑪麗·斯圖亞特祝福他的陰謀成功時，兒子最終的背叛消息也傳到了瑪麗·斯圖亞特耳中；“這讓她感到異常憤怒、絕望又難過，更進一步刺激她對眼前陰謀的支持”。
* * *
就在七月，萊斯特伯爵向伊麗莎白女王提起，確保能贏得荷蘭戰爭的方法就是由她來接掌荷蘭王權。想到此舉可能為財政帶來的困境，並憂心過度刺激菲利普國王，伊麗莎白女王以相當歇斯底裏的態度響應。接著在冷靜下來之後，女王寫信給萊斯特伯爵，理性地解釋自己猶豫的原因，更強調：“羅伯特，想必你認為在這個季節中，仲夏夜的瘋狂影響了我的思考，然而你必須接受我的想法，這就是命令……這件事到此為止，我不會再與你討論。盡管不情願，但我還是要向你道別，我的眼睛，但我會向神祈禱，保你不受傷害，保你遠離仇敵，我對你的付出有無盡的感謝。一如往昔的e.r.。”
這也代表她絕對不可能接受荷蘭王位。
* * *
到了八月，沃爾辛厄姆爵士搜集到的信息，已足夠置蘇格蘭女王於死地，於是他決定不需等待巴賓頓回複瑪麗·斯圖亞特，他現在就要出手，在他們任何一個人聽到風聲之前，在他們有時間燒毀任何通信證據之前，而這些則是沃爾辛厄姆爵士準備上呈法庭的證據。
八月四日，約翰·巴拉德遭到逮捕，以他身為天主教神職人員為由，被送往倫敦塔中囚禁。從友人處聽聞這個消息，巴賓頓陷入慌張之中，於是要求一位叫作“野蠻人”的弒君殺手當天就要殺了女王。盡管野蠻人已經準備萬全，但卻表示自己穿著太不體麵，可能進不了宮，巴賓頓於是給了他一枚戒指，要他將戒指賣了，將所得用來買件好一點的衣服。但時間太過倉促，於是當晚巴賓頓便展開逃亡，找地方躲了起來，伊麗莎白女王此時才將事情原委告訴伯利男爵，並下令要他發布宣告譴責陰謀暴行。有關陰謀計劃的相關事證，很快就被複製，接著散布到全國各地，讓忠誠派的臣子們能指認這些弒君殺手，各地隨即傳出抗議聲浪。
八月九日，瑪麗·斯圖亞特到附近的查爾迪打獵時，伯勒特爵士搜查了她的私人物品，扣押了三大袋的信件、珠寶與現金，遞交給沃爾辛厄姆爵士。她的書記吉爾伯特·柯勒（gilbert curle）與克勞德·諾魯（ude nau），接著騎馬到附近的荒野，逮捕了瑪麗·斯圖亞特本人。涕淚縱橫的她被帶到附近民宅中整理儀容，接著才被押解回查特裏繼續拘留。
女王寫了一封信給伯勒特爵士：“阿米愛斯，我最細心的忠仆，神在這次的行動中賜予你三大袋的成果，讓你可以順利解決這個麻煩的角色。讓那邪惡的壞女人知道，她那些卑鄙行徑，經過法律製裁，會帶來多沉重的苦痛，我多年來拯救了她的生命，但她卻以各種奸詐的行徑，造成我難以容忍的損失，那就看神能不能原諒她吧。”
伊麗莎白女王下令遣散瑪麗·斯圖亞特的仆人們，並以伯勒特爵士指定的對象取而代之；就連聽到瑪麗·斯圖亞特因為失去這些朋友而重病，她也不為所動。
巴賓頓的臉全都被“綠核桃木的外皮劃傷”，八月十四日被人發現在倫敦北部的聖約翰森林中，隔天就被押入倫敦塔。當逮捕他的消息公開後，倫敦各地甚至響起歡慶的鍾聲，倫敦市民紛紛表達感激之意，燃起營火，大開街頭嘉年華。伊麗莎白女王被人民的這些愛與忠誠感動不已，因此親筆寫了一封動人的信函感謝倫敦市政廳。
巴賓頓的家遭到搜索，找到許多天主教煽動謀反的證據，以及詛咒伊麗莎白女王身故的預言。此時已有十四人落網，罪名都是重度叛國罪。八月十八日，審問由伯利男爵、海登爵士與布隆尼大法官在倫敦塔中進行，巴賓頓因畏懼刑求的折磨，天真地以為隻要合作就能獲得赦免，於是自白承認策劃暗殺女王的行動，在接下來七次的自白中，首度透露了陰謀內容，絲毫未保護瑪麗·斯圖亞特或其他共犯。吉爾伯特·柯勒與克勞德·諾魯也證實，那些沃爾辛厄姆爵士複製來為瑪麗·斯圖亞特定罪的信與原版一模一樣。
樞密院盼女王能召開國會，解決蘇格蘭女王的問題。伊麗莎白女王知道上下兩院將堅持審判瑪麗·斯圖亞特並處以極刑，且她將毫無選擇必須同意，因此再度使出拖延戰術。她的參事相當堅持，指出若涉案情節較輕的陰謀者巴賓頓與他的友人們都必須依照叛國罪麵對極刑，也就不該縱放此案背後的主謀瑪麗·斯圖亞特。九月九日，懷著沉重的心情，伊麗莎白女王屈服了，召開國會。
九月十三日，巴賓頓與他的共犯們麵對審判。結果早已未審先判，但伊麗莎白女王堅持，在這個“恐怖的叛國案”之中，通常施加在叛國者身上的刑罰不適用。伯利男爵向海登爵士表示：“我告訴過女王陛下，死刑應以適當、有條理的方式執行，在眾人麵前對犯人施以極度的痛苦，致死的方式一定要與各種新的謀反手法一樣可怕。然而女王陛下並不滿意，但她要我向法官表達這個意見。”
死刑正常的執行方法，劊子手必須先確定犯人已死，才會除去他們的內髒。但伯利男爵認為，確保巴賓頓與同黨的生命——與折磨——一直延續，直到懲罰夠重為止，最後他終於讓女王同意他的看法。
在審判期間，盡管巴賓頓“以良好的態度”承認了所有的犯行，但他堅持約翰·巴拉德神父是煽動這個陰謀的主要角色。在倫敦塔的受刑架上，巴拉德隻提到陰謀確有其事。伊麗莎白女王並不希望審判期間提及瑪麗·斯圖亞特的名字，但當審判委員會向她表示，如此一來這些證據就沒意義時，女王才同意在起訴書與巴賓頓的自白書中，可以保留瑪麗·斯圖亞特的名字。
九月二十日，巴賓頓、巴拉德與另外五位共犯一同帶著枷鎖從倫敦塔丘前往霍爾本的聖吉爾平原，當地架起了特別高聳的斷頭台與刑架。在這裏的大批民眾麵前，這些罪犯就要接受叛國者應得的、最恐怖的極刑，一直到最後，巴賓頓仍堅稱自己認為參與的“是合法且值得稱頌”的活動。根據威廉·康登記載，巴拉德率先受刑：他與其他共犯都“活到最後一秒”才被解下，接著被摘取器官，腸子被活生生拉出體外，且自己全都目睹，然後才被砍頭、肢解。臨死之際，巴賓頓則不斷大喊：“耶穌，救贖我！”懷著報複心而來的人們，因他們眼前的殘忍景象感到作嘔，意外地對犯人產生了同情心，隔天當剩下的七名共犯被帶到劊子手跟前時，女王隻好下令，將罪犯吊至死亡後，才能去除內髒與肢解。
行刑後，英國境內出現大量歌謠與文章，很快地“英國所有的人都聽到這麽可怕的陰謀”，不隻是樞密院，就連一般平民百姓，都怒罵著這個造反計劃背後的主謀瑪麗·斯圖亞特，要求審判她、處決她。盡管到了這一刻，但伊麗莎白女王依然想要赦免瑪麗·斯圖亞特的死罪，而這一切都是因為伊麗莎白女王並不讚成處決一個神聖的女性君主。她原本希望犯人死亡就能滿足臣民們嗜血與報複的渴望，但她隨後發現自己誤會了。
“我無法想象，這些人要怎麽把手指大的文件帶出城堡外。”伯勒特爵士對此感到相當滿意。但多次發現瑪麗·斯圖亞特對外聯絡的神通廣大後，沃爾辛厄姆爵士並不像伯勒特爵士那麽確定，然而就在此時，他靈感乍現，不如利用瑪麗·斯圖亞特對外聯係的能力讓她自己露出馬腳，這樣他就有理由處理掉她。
受到命運之神的眷顧，這個月一名受訓中的天主教神職人員吉爾伯特·葛佛德（gilbert gifford）剛從法國踏上英國土地時，就在拉依遭到逮捕，接著就被帶到沃爾辛厄姆爵士跟前。就他所知，葛佛德是瑪麗·斯圖亞特的友人從巴黎派來英國的間諜，意圖與瑪麗·斯圖亞特恢複聯係。在發現計劃曝光後，意誌不堅的葛佛德隨即被煽動，轉投沃爾辛厄姆爵士旗下，隨後便接受指示傳遞多份在法國大使館等待瑪麗·斯圖亞特已久的信件。瑪麗·斯圖亞特交給葛佛德的回信，則直接交到沃爾辛厄姆爵士手上，他的秘書托馬斯·菲利浦斯（thomas phelippes）是密碼專家，負責破解信中密碼並複製，接著重新封緘，再送回到原定的目的地。透過這個方法，沃爾辛厄姆爵士得以監督瑪麗·斯圖亞特的通信網，設下了極大的陷阱。
葛佛德告訴瑪麗·斯圖亞特，他安排了秘密通道，可將信件走私進出查特裏。沃爾辛厄姆爵士也發現，巴克斯頓當地的釀酒人馬斯特·伯頓（master burton），定期運入一桶一桶的酒。葛佛德必須負責說服這個酒商，同時承諾給予豐渥的報償，將瑪麗·斯圖亞特的信件藏在防水的小木盒中，穿過桶孔藏在酒中。這位釀酒商是個“正直的人”，他一直相當同情瑪麗·斯圖亞特，於是便同意了，以為自己是在幫助她；一直到一切都來不及了，他才發現自己被利用了，當伯勒特爵士告訴他這個秘密時，他自知這位客戶涉入的風險太大，因而隻說出了自己要求的價碼。
透過這個新的溝通方式，葛佛德給了瑪麗·斯圖亞特一封信介紹自己，以及瑪麗·斯圖亞特在巴黎的探子托馬斯·摩根（thomas morgan）的到任國書，並表示瑪麗·斯圖亞特也可以用這個方法與境外的友人溝通。對瑪麗·斯圖亞特來說，與友人們斷絕聯係這麽久，葛佛德的方法仿佛久旱逢甘霖，她大讚葛佛德的計劃，對他背後的動機完全不疑有他。不久後，瑪麗·斯圖亞特開開心心地收下法國大使館來的二十一包信件，並準備回信。
知道陷害瑪麗·斯圖亞特一事的人，僅限於沃爾辛厄姆爵士、他的助手萊斯特伯爵，當然也可以確定伊麗莎白女王應該知情，因為她在這段時間曾向法國大使館表示：“你們持續與蘇格蘭女王秘密通信，相信我，我都知道我國家中發生的每一件事。在我的姐姐統治期間，我也曾是階下囚，對於刑犯贏得他人協助、對外秘密聯絡的奸計，我再清楚不過了。”曆史事證顯示，她不僅知道這個計劃，甚至同意這個計劃的進行，並相當密切地關心事件的發展。
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二月五日，伊麗莎白女王從一位侍女處得知（而這位侍女則是看到了一封私人信件），萊斯特伯爵接受了荷蘭最高總督職位，並於一月十五日在海牙的一場莊重的儀式後開始執行“至高無上的命令”，伊麗莎白女王爆發了一陣宮廷人士從未見過的恐怖怒火。
“這足以讓歐洲各國貴族視我為妖孽了。”她怒不可遏，並寫了一封信斥責他：
不成熟的作為！在事實擺在眼前之前，我等簡直無法想象，在我們扶植之下的一個人，甚至得到比這塊土地上任何一位臣民更多的寵信，卻以如此卑劣的手段破壞國家戒律，造成國家榮譽極大損傷。我等麵對此事的立場與命令為：將耽擱與借口擺在一邊，為了表示你的忠貞，無論這個職務以我們之名為你帶來什麽考驗，都務必遵從與執行。不許失敗，若你的表現與預期相反，將為你招致最大的災禍。
女王的反應讓萊斯特伯爵深感苦惱。他認為自己這麽做，能帶給女王極大的利益，盡管伊麗莎白女王認為他絕對不敢向她實話實說，但事實上，萊斯特伯爵依然派出了皇室書記威廉·戴維森（sir william davison）去向女王解釋。但戴維森受到天氣狀況極差的影響，當他於二月十三日抵達英國時，其他人已先發製人。女王也不願聽他的解釋，而是以“最諷刺難聽的話語”訓了他一頓。“至少在女王聽取他的陳述以前，任何人都不會受到她如此大的譴責。”萊斯特伯爵苦澀地說。
荷蘭戰爭為伊麗莎白女王帶來極大壓力，沃爾辛厄姆爵士發現，“她背負壓力的能力日漸消退”。三月份，華威伯爵告訴萊斯特伯爵：“女王陛下的憤怒並未隨著時間消退，她的怨恨與怒意反而日漸高漲。”她甚至不給付萊斯特伯爵軍隊的糧餉，以此給他重大的教訓。萊斯特伯爵本想將接受最高總督的責任，推卸到戴維森身上，表示是戴維森爵士要他這麽做的，但女王絲毫不相信，甚至立即拔擢戴維森為參事。
樞密院憂心女王怒火中燒的情緒會讓她武斷地召回萊斯特伯爵，並因此造成兩人之間的裂痕，因為要是讓西班牙方麵看到英國內部鬧不和，其後果將是不堪設想。樞密院參事們隻好極力苦思安撫女王之策，並試圖向她解釋萊斯特伯爵違抗命令可能的原因；一直到一位信差來訪，向女王傳達萊斯特伯爵生病的消息，女王才勉強承認萊斯特伯爵隻是自以為是地以為這麽做能照顧到女王的利益。
三月十四日，托馬斯·赫內基爵士通知荷蘭國務委員會，萊斯特伯爵必須卸下總督職務——“這麽重大的事情，能讓許多人心碎”。荷蘭方麵上書女王，求她收回成命，但最後是伯利男爵以辭職威脅，才讓女王不情不願地同意讓萊斯特伯爵繼續擔任總督一職，但她強調，萊斯特伯爵並非英國正式代表，並要求他莫忘自己對女王的從屬關係。
萊斯特伯爵依從形勢。四月份在烏特勒支慶祝聖喬治日時，他在慶典上留了一個空蕩蕩的王位，仿佛女王隻是不在而已，女王的座位上甚至還擺放著飲料與食物。
“女王對你依然不太能諒解，”聖喬治日過後萊禮爵士這樣告訴萊斯特伯爵，“但感謝神，她已經平靜了下來，閣下依然是體貼的羅伯特。”疲憊不堪又情緒低落的萊斯特伯爵寫信向沃爾辛厄姆爵士表示：“國務大臣大人，我好疲倦，真的好疲倦。”
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一五八六年三月，西班牙的菲利普國王寫信給教皇席克斯塔斯五世（pope sixtus v），請求教會祝福他“對英國的企圖”。教會給予滿心的祝福與經濟援助。這場侵略陰謀，以討伐異教徒為名，準備展開大規模聖戰。
五月二十日，瑪麗·斯圖亞特寫信給門多薩大使，透露自己願意“主動退讓，將自己應得的（英國王位）繼承權讓給貴國君主、閣下的主公，這一切都是因為我的兒子對異教的頑固與堅持”。然而菲利普國王卻向羅馬教皇表示，自己無意將英國納入他那幅員廣闊的版圖，因此決定將英國統治權轉交給他的女兒伊莎貝拉·克拉拉·尤金妮亞（infanta isabe ra eugenia）。
五月底，葛佛德將兩封瑪麗·斯圖亞特的信件交給沃爾辛厄姆爵士：第一封是寫給門多薩大使的信，她向西班牙方麵承諾，對入侵計劃鼎力相助，同時允諾尋求詹姆士六世的協助。第二封信則是寫給一位支持者查爾斯·佩吉特（charles paget）的信，信中提醒他要不斷提醒菲利普二世入侵英國的必要性。佩吉特的回信，自然也經過沃爾辛厄姆爵士的審查，透露一名神職人員約翰·巴拉德（john bard）剛從法國抵達英國，準備精心安排英國天主教人士起義，西班牙大軍也準備同步進攻，時間就在這一年的夏天。
巴拉德神父很快就成了沃爾辛厄姆爵士緊迫關注的對象。與多數曾待在國外的天主教徒一樣，這位誤入歧途的神職人員，將天主教支持瑪麗·斯圖亞特登上英國王位的概念，看得太過誇張偏激。對他的任務一片熱誠之下，他前去拜訪一位相當富有的天主教鄉紳，德席克的安東尼·巴賓頓（anthony babington of dethick），他已經在地下支持蘇格蘭女王長達兩年時間了。帥氣又熱情的巴賓頓，時年二十五歲，出身於英國德比郡一個古老又受崇敬的家庭，曾在士魯斯柏立侯爵負責看守瑪麗·斯圖亞特時擔任她的侍從。然而英國政府方麵早就知道，前一年秋天時，巴賓頓曾涉入一場草率的暗殺行動，目的是在閉門會議中殺害英國樞密院全員。
六月份，有人聽聞巴拉德與巴賓頓討論菲利普國王計劃入侵一事，並暗中策劃要謀殺伊麗莎白女王，他們準備在謁見室中突襲，或在她漫步花園時出手，她坐在馬車上時，也是個好時機。巴賓頓決定一肩扛起刺殺的重責大任，還有六位友人的協助，後來證實這些他的朋友，都與巴賓頓本人一樣，出身權貴階級，是有為青年，受到良好教育，他們全都是受到蘇格蘭女王操弄的騎士精神的感召。
沃爾辛厄姆爵士在嚴密監視巴賓頓的同時，決定讓這起謀反事件轉向，以利英國政府。幸好瑪麗·斯圖亞特在巴黎的探子托馬斯·摩根聽過巴賓頓的名字，並寫信向她推薦巴賓頓的忠誠，並指出“要趕走令全世界煩憂的野獸，方法很多”。沃爾辛厄姆爵士不費吹灰之力，就讓這封信順利交到瑪麗·斯圖亞特手上。
六月二十五日，與他預期得一模一樣，瑪麗·斯圖亞特寫信給巴賓頓，接著巴賓頓又於七月六日回信，簡述其陰謀計劃內容，要求瑪麗·斯圖亞特同意並給予建議。甚至稱呼瑪麗·斯圖亞特為“我偉大的神聖主母與女王”，他向瑪麗·斯圖亞特表示“六位英國貴族，都是我可靠的朋友”，會“推翻篡位者”伊麗莎白女王，而他則會負責援救瑪麗·斯圖亞特逃離查特裏，接著在西班牙軍隊入侵的協助下，助她登基成為英國女王。巴賓頓對瑪麗·斯圖亞特唯一的要求，就是保護那些執行“殘忍極刑”的人，並給予適當的報償。
這封信由托馬斯·菲利浦斯送往查特裏。接著沃爾辛厄姆爵士便懸著一顆心等待瑪麗·斯圖亞特的反應。七月九日，他通知萊斯特伯爵有大事要發生了：“可以確定的是，若此事處理得宜，便能阻斷女王陛下任內的所有危機。”
七月十日，菲利浦斯回報：“蘇格蘭女王已經回複巴賓頓了，而我昨晚就已經收到。”但所謂的回複其實隻是一張短簽，瑪麗·斯圖亞特在信中允諾，未來幾天會寫得更詳細。“接下來幾天必須更謹慎地對待她。”菲利浦斯說。
沃爾辛厄姆爵士與他殷切企盼的那封信，由瑪麗·斯圖亞特的兩位書記於七月十七日以密碼完成，他們從瑪麗·斯圖亞特手中接過指示，她也隨即將它們燒毀。信件的原稿已不存在，顯然是遭到巴賓頓湮滅證據，目前留下的則是菲利浦斯複製的版本，並以最快速度送交沃爾辛厄姆爵士手上，信上甚至還有菲利浦斯手繪的監獄圖像。
在漫長的溝通過程中，瑪麗·斯圖亞特因為替巴賓頓的陰謀背書與支持行刺伊麗莎白女王而有罪：“這項計劃準備得如此精細，在裏應外合的力量下促成，隻要有時間讓這六位貴族展開動作；按照指示一步一步完成計劃，我可能很快就能離開這裏了。”
沃爾辛厄姆爵士要的就是這樣一封信，讓瑪麗·斯圖亞特能在一五八五年的關聯法之下俯首認罪，同時我們也相當確定，為了了解巴賓頓提及的六位貴族是誰，他在這封“血腥信件”的最後偽造了一個附筆，詢問這些人是誰，最後在七月二十九日將信件交到巴賓頓手中。後來瑪麗·斯圖亞特的支持者便指稱，其他的信件內容也都是沃爾辛厄姆爵士假造的，尤其是瑪麗·斯圖亞特支持暗殺伊麗莎白女王的部分：然而瑪麗·斯圖亞特與門多薩大使的共謀關係是確定的，門多薩大使甚至曾向菲利普國王表示，瑪麗·斯圖亞特知道陰謀計劃的每一步。
此時這些陰謀者，正在倫敦的小酒館中公開吹噓他們的冒險精神，甚至提前慶祝勝利。巴賓頓甚至要人畫了一幅他與弒君殺手群的團體像，作為“行前紀念”。
七月五日，伊麗莎白女王與蘇格蘭王詹姆士六世簽訂《貝維克條約》，讓兩國君主在遭遇武力侵犯時能夠互助保護。這也代表菲利普國王無法從英國北部邊界入侵。就在巴賓頓請求瑪麗·斯圖亞特祝福他的陰謀成功時，兒子最終的背叛消息也傳到了瑪麗·斯圖亞特耳中；“這讓她感到異常憤怒、絕望又難過，更進一步刺激她對眼前陰謀的支持”。
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就在七月，萊斯特伯爵向伊麗莎白女王提起，確保能贏得荷蘭戰爭的方法就是由她來接掌荷蘭王權。想到此舉可能為財政帶來的困境，並憂心過度刺激菲利普國王，伊麗莎白女王以相當歇斯底裏的態度響應。接著在冷靜下來之後，女王寫信給萊斯特伯爵，理性地解釋自己猶豫的原因，更強調：“羅伯特，想必你認為在這個季節中，仲夏夜的瘋狂影響了我的思考，然而你必須接受我的想法，這就是命令……這件事到此為止，我不會再與你討論。盡管不情願，但我還是要向你道別，我的眼睛，但我會向神祈禱，保你不受傷害，保你遠離仇敵，我對你的付出有無盡的感謝。一如往昔的e.r.。”
這也代表她絕對不可能接受荷蘭王位。
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到了八月，沃爾辛厄姆爵士搜集到的信息，已足夠置蘇格蘭女王於死地，於是他決定不需等待巴賓頓回複瑪麗·斯圖亞特，他現在就要出手，在他們任何一個人聽到風聲之前，在他們有時間燒毀任何通信證據之前，而這些則是沃爾辛厄姆爵士準備上呈法庭的證據。
八月四日，約翰·巴拉德遭到逮捕，以他身為天主教神職人員為由，被送往倫敦塔中囚禁。從友人處聽聞這個消息，巴賓頓陷入慌張之中，於是要求一位叫作“野蠻人”的弒君殺手當天就要殺了女王。盡管野蠻人已經準備萬全，但卻表示自己穿著太不體麵，可能進不了宮，巴賓頓於是給了他一枚戒指，要他將戒指賣了，將所得用來買件好一點的衣服。但時間太過倉促，於是當晚巴賓頓便展開逃亡，找地方躲了起來，伊麗莎白女王此時才將事情原委告訴伯利男爵，並下令要他發布宣告譴責陰謀暴行。有關陰謀計劃的相關事證，很快就被複製，接著散布到全國各地，讓忠誠派的臣子們能指認這些弒君殺手，各地隨即傳出抗議聲浪。
八月九日，瑪麗·斯圖亞特到附近的查爾迪打獵時，伯勒特爵士搜查了她的私人物品，扣押了三大袋的信件、珠寶與現金，遞交給沃爾辛厄姆爵士。她的書記吉爾伯特·柯勒（gilbert curle）與克勞德·諾魯（ude nau），接著騎馬到附近的荒野，逮捕了瑪麗·斯圖亞特本人。涕淚縱橫的她被帶到附近民宅中整理儀容，接著才被押解回查特裏繼續拘留。
女王寫了一封信給伯勒特爵士：“阿米愛斯，我最細心的忠仆，神在這次的行動中賜予你三大袋的成果，讓你可以順利解決這個麻煩的角色。讓那邪惡的壞女人知道，她那些卑鄙行徑，經過法律製裁，會帶來多沉重的苦痛，我多年來拯救了她的生命，但她卻以各種奸詐的行徑，造成我難以容忍的損失，那就看神能不能原諒她吧。”
伊麗莎白女王下令遣散瑪麗·斯圖亞特的仆人們，並以伯勒特爵士指定的對象取而代之；就連聽到瑪麗·斯圖亞特因為失去這些朋友而重病，她也不為所動。
巴賓頓的臉全都被“綠核桃木的外皮劃傷”，八月十四日被人發現在倫敦北部的聖約翰森林中，隔天就被押入倫敦塔。當逮捕他的消息公開後，倫敦各地甚至響起歡慶的鍾聲，倫敦市民紛紛表達感激之意，燃起營火，大開街頭嘉年華。伊麗莎白女王被人民的這些愛與忠誠感動不已，因此親筆寫了一封動人的信函感謝倫敦市政廳。
巴賓頓的家遭到搜索，找到許多天主教煽動謀反的證據，以及詛咒伊麗莎白女王身故的預言。此時已有十四人落網，罪名都是重度叛國罪。八月十八日，審問由伯利男爵、海登爵士與布隆尼大法官在倫敦塔中進行，巴賓頓因畏懼刑求的折磨，天真地以為隻要合作就能獲得赦免，於是自白承認策劃暗殺女王的行動，在接下來七次的自白中，首度透露了陰謀內容，絲毫未保護瑪麗·斯圖亞特或其他共犯。吉爾伯特·柯勒與克勞德·諾魯也證實，那些沃爾辛厄姆爵士複製來為瑪麗·斯圖亞特定罪的信與原版一模一樣。
樞密院盼女王能召開國會，解決蘇格蘭女王的問題。伊麗莎白女王知道上下兩院將堅持審判瑪麗·斯圖亞特並處以極刑，且她將毫無選擇必須同意，因此再度使出拖延戰術。她的參事相當堅持，指出若涉案情節較輕的陰謀者巴賓頓與他的友人們都必須依照叛國罪麵對極刑，也就不該縱放此案背後的主謀瑪麗·斯圖亞特。九月九日，懷著沉重的心情，伊麗莎白女王屈服了，召開國會。
九月十三日，巴賓頓與他的共犯們麵對審判。結果早已未審先判，但伊麗莎白女王堅持，在這個“恐怖的叛國案”之中，通常施加在叛國者身上的刑罰不適用。伯利男爵向海登爵士表示：“我告訴過女王陛下，死刑應以適當、有條理的方式執行，在眾人麵前對犯人施以極度的痛苦，致死的方式一定要與各種新的謀反手法一樣可怕。然而女王陛下並不滿意，但她要我向法官表達這個意見。”
死刑正常的執行方法，劊子手必須先確定犯人已死，才會除去他們的內髒。但伯利男爵認為，確保巴賓頓與同黨的生命——與折磨——一直延續，直到懲罰夠重為止，最後他終於讓女王同意他的看法。
在審判期間，盡管巴賓頓“以良好的態度”承認了所有的犯行，但他堅持約翰·巴拉德神父是煽動這個陰謀的主要角色。在倫敦塔的受刑架上，巴拉德隻提到陰謀確有其事。伊麗莎白女王並不希望審判期間提及瑪麗·斯圖亞特的名字，但當審判委員會向她表示，如此一來這些證據就沒意義時，女王才同意在起訴書與巴賓頓的自白書中，可以保留瑪麗·斯圖亞特的名字。
九月二十日，巴賓頓、巴拉德與另外五位共犯一同帶著枷鎖從倫敦塔丘前往霍爾本的聖吉爾平原，當地架起了特別高聳的斷頭台與刑架。在這裏的大批民眾麵前，這些罪犯就要接受叛國者應得的、最恐怖的極刑，一直到最後，巴賓頓仍堅稱自己認為參與的“是合法且值得稱頌”的活動。根據威廉·康登記載，巴拉德率先受刑：他與其他共犯都“活到最後一秒”才被解下，接著被摘取器官，腸子被活生生拉出體外，且自己全都目睹，然後才被砍頭、肢解。臨死之際，巴賓頓則不斷大喊：“耶穌，救贖我！”懷著報複心而來的人們，因他們眼前的殘忍景象感到作嘔，意外地對犯人產生了同情心，隔天當剩下的七名共犯被帶到劊子手跟前時，女王隻好下令，將罪犯吊至死亡後，才能去除內髒與肢解。
行刑後，英國境內出現大量歌謠與文章，很快地“英國所有的人都聽到這麽可怕的陰謀”，不隻是樞密院，就連一般平民百姓，都怒罵著這個造反計劃背後的主謀瑪麗·斯圖亞特，要求審判她、處決她。盡管到了這一刻，但伊麗莎白女王依然想要赦免瑪麗·斯圖亞特的死罪，而這一切都是因為伊麗莎白女王並不讚成處決一個神聖的女性君主。她原本希望犯人死亡就能滿足臣民們嗜血與報複的渴望，但她隨後發現自己誤會了。