陳友諒兵強地廣，雄踞長江上流，兩次親統大軍要吞並西吳，結果反被消滅。西線的強敵解決了，朱元璋的軍力更加壯大了，第二個進攻目標，便是東吳張士誠了。
元璋和謀士們分析當時的軍事形勢，他指出：“天下用兵，河北有孛羅帖木兒，河南有擴廓帖木兒，關中有李思齊、張良弼。河北軍隊數量多而沒有紀律，河南的稍有紀律而軍力不強，關中的一部分道途不通，糧餉接濟不上。江南隻有我和張士誠，士誠多奸謀，會用間諜，可是部隊全不講紀律。我有幾十萬大軍，固守疆土，修明軍政，建立嚴格軍事紀律，委任將帥，捕捉有利戰機，逐個消滅，統一天下是有把握的。[33]便一心一意整頓軍隊，加強紀律教育，練習攻城本領，準備下一個戰役的攻堅戰。
元末南方群雄，分作兩個係統：一是紅軍係，一是非紅軍係。紅軍係分東西兩支，東支以淮水流域為中心，小明王是東支的共主，郭子興是滁、和一帶的頭目，子興死，元璋代起，日漸強大。西支以漢水流域為中心，從徐壽輝到陳友諒，以及壽輝部將割據四川的明玉珍。非紅軍係如東吳張士誠、浙東方國珍。紅軍的主要成分是廣大的貧苦農民和小手工業者以及一部分城鄉遊民，他們深受元朝蒙漢地主階級的殘酷剝削、壓迫，懷著深刻的階級仇恨，提出鮮明的政治目標，一定要推翻蒙漢地主階級，取得自己的解放。他們和蒙漢地主階級是勢不兩立的，決不妥協的，堅決鬥爭到底的。非紅軍係便不同了，領導人物和基本隊伍主要是私鹽販子、鹽丁、中小地主和搖擺不定的中農，和一部分貧雇農，盡管他們也是被剝削、被壓迫、被欺侮的對象，反元起義的動機也是因為遭受元朝官吏、地主的淩辱、作踐，奮起反抗，但是領導集團卻沒有明確的政治目標，更沒有反抗階級壓迫的宣傳鼓動工作。割據地方以後，便以為事業成功了，貪圖生活享受，日漸腐化。他們在元朝兵力暫時不能到達的時候，自立名號，和元朝政府對抗。但是一遭受到統治階級的強大軍事壓力，形勢不利的時候，就變成軟骨頭了，妥協了，投降了。元朝政府從一開始便對他們采取招撫的政策。隻要投降，就給官做。他們做了元朝的官以後，一看到元朝政府軍事上的失利，便再次鬧獨立，另立名號。每反複一次，個人的名位就高了一等，地盤也擴大了一些，向元朝政府討價錢的資本也就愈大。另一方麵，他們對紅軍的態度卻正好相反，決不投降，鬥爭到底，立場是十分堅定的。張士誠對小明王和朱元璋從一開始便處在敵對狀態，十年來連兵不解；方國珍地小兵弱，雖然沒有力量進攻紅軍，但也不肯真心講和修好，表麵上有時候表示低頭，實質上卻要頑抗到底。
張士誠對元朝政府的關係是不穩定的，反反複複，時而對抗，時而投降。至正十三年（公元1353年）元朝政府招降，授以官職，要他出兵進攻濠、泗紅軍，士誠怕吃虧，不肯去。知道泰州守軍虛弱，襲取泰州，破興化，據高郵。十四年自稱誠王，國號大周，改元天祐。這年十一月，元丞相脫脫統大軍圍高郵，大敗周軍，士誠堅守無援，高郵將被攻破，突然脫脫被解去兵權，元軍奔散，周軍乘隙反擊，聲勢複振，取昆山、嘉定、崇明、常熟、平江、常州、湖州、淮安等地。十六年三月建都於平江，改為隆平郡。改曆法為明時。開弘文館，招禮儒士。以陰陽術人李行素為丞相，弟士德為平章，提調各郡兵馬。以蔣輝為右丞，居內省理庶務，潘原明為左丞，鎮吳興，史文炳為樞密院同知，鎮鬆江。[34]郡州縣正官，郡稱太守，州稱通守，縣曰尹，同知稱府丞，知事稱從事。[35]
從至正十六年（公元1356年）起，張士誠便和朱元璋兵戎相見，大小數百戰，互有勝負。這年六月，朱元璋的部將，原來是地主軍的降將陳保二執詹李二將降於張士誠。這時元璋的主要力量放在西線，為了避免兩線同時作戰，派遣使者和張士誠通好，要求“睦鄰守國，保境息民”。士誠置之不理。[36]七月士誠以水軍進攻鎮江，和元璋軍發生激戰，大敗於龍潭。徐達乘勝進圍常州，士誠派士德馳救，為徐達所擒。士德有勇有謀，禮賢下士，幫助士誠創基立業，被俘後堅決不降，還秘密帶話給士誠，勸他投降元朝，為元璋所殺。
至正十七年（二月元璋部將耿炳）文取長興，三月取常州，五月取泰興，六月趙繼祖、吳良取江陰。長興和江陰都是重要軍事據點，長興踞太湖口，從陸路可通廣德諸郡，江陰枕大江，扼平江通州濟渡之處，元璋得了長興，派耿炳文鎮守，士誠的步騎不敢出廣德，窺宣、歙；得了江陰，派吳良鎮守，士誠的水軍不能溯大江，上金、焦，士誠的軍事局勢，從此便急轉直下，處於劣勢了。加上東麵的嘉興，駐有苗軍楊完者的部隊，這支少數民族軍猛衝猛打，作戰很勇敢，幾次打敗張士誠的進攻，士誠兩麵受敵，抵擋不住。幾年來元江浙右丞相達識帖木兒千方百計勸士誠投降，到此隻好聽兄弟的話，再次投降了。元朝政府以士誠為太尉。士誠表麵上做元朝的官，實際上有自己的打算，他設參軍府和樞密院，分轄地為江浙、淮南二省。以李伯昇總軍事，六七年間，南侵江浙，占了杭州、紹興，北逾江、淮，直到濟寧（今山東），西略汝、潁、濠、泗，東麵到海，有地二千餘裏。
士誠降元，是因為軍事上受到元璋的威脅，元朝招降士誠，也有他們的打算。原來從紅軍起義後，大都缺糧，支持不下去了。達識帖木兒為了解決南糧北運，便不能不對張士誠和方國珍采取招撫政策。他安排士誠出糧，國珍出船，由海運接濟大都。但是兩人心裏都懷著鬼胎，張士誠怕把糧食交給方國珍，被吞沒了，賠了糧不見功勞；方國珍卻怕他的船出海被扣，張士誠乘虛進攻，達識帖木兒兩麵疏通，費了多少事，從至正二十年到二十三年，算是每年運了十幾萬石。楊完者的部隊紀律極壞，搶錢搶人，奸淫燒殺，無惡不作。駐防過的地方比經過戰爭還慘。民間有民謠形容道：“死不怨泰州張（士誠），生不謝寶慶楊（完者）。”[37]仗著有實力，不聽達識帖木兒約束。達識帖木兒要除掉楊完者，和士誠定計，攻殺完者，苗軍將士大部分逃降元璋。達識帖木兒沒有軍隊的支持，政權也隨之失去了，事事受士誠挾製，不久便被拘禁。士誠乘虛進駐苗軍防區。二十三年九月又自立為吳王，達識帖木兒自殺，從此元朝征糧，再也不肯答應了。[38]
士誠所占地方盛產糧食，又有魚鹽桑麻之利，人口眾多，最為富庶。他生性遲重，不多說話，待人寬大，但沒有一定主見，隻想守住這塊基業，怕冒險吃虧出差錯。大將大臣們都是當年走私的江湖兄弟，如今成了局麵了，有福同享，做錯事以至打了大敗仗，士誠也不忍責備，賞罰不明。將軍大臣們修府第，建園池，養女優，玩古董，和詩人文士們宴會、歌舞。上下都腐化了。甚至大將出兵，也帶著妓女清客解悶。損兵失地，回來照樣帶兵做官。張士德（九六）重待文學之士，當時有名的詩人陳基、饒介、王逢、高啟、楊基、張羽、楊維禎等人都和他來往，有的在他幕府做事。浙西地區的開辟和國事的決策，士德很起作用。士德被擒死，士信（九七）做垂相，貪汙無能，疏遠舊將，上下隔絕。士誠也養尊處優，懶得管事。元璋著人打聽了這情形，對人說：“我諸事無不經心，法不輕恕，尚且有人瞞我。張九四（士誠）終歲不出門，不理政事，豈不著人瞞！”[39]士信任用姓黃、蔡、葉的三個人做參謀，弄權舞弊，東吳有一民謠道：“丞相做事業，專憑黃蔡葉，一朝西風起，幹癟！”[40]
士誠降元以後，要見當時著名詩人楊維楨，維楨拒絕不去。士誠又叫人征求意見，維楨回了一封信，指斥他的缺點，信上說：
閣下乘亂起兵，首倡大順，以獎王室，淮吳之人，萬口一詞，以閣下之所為，有今日不可及者四：兵不嗜殺，一也；聞善言則拜，二也；儉於自奉，三也；厚給吏祿而奸貪必誅，四也。此東南豪傑望閣下之可與有為也。
閣下孜孜求治，上下決不使相徇也，直言決不使遺棄也，毀譽決不使亂真也；唯賢人失職，四民失業者尚不少也。吾唯閣下有可畏者又不止是：動民力以搖邦本，用吏術以括田租，銓放私人不承製；出納國廩不上輸，受降人不疑，任忠臣而複貳也。六者之中，有其一二，可以喪邦，閣下不可以不省也。
況為閣下之將帥者有生之心，無死之誌矣；為閣下之守令者有奉上之道，無恤下之政矣；為閣下之親族姻黨者無祿養之法，有奸位之權矣；某人有假佞以為忠者；某人有托詐以為直者；某人有飾貪虐以為廉良者。閣下信佞為忠，則臣有靳尚者用矣；信詐為直，則臣有趙高者用矣；信貪虐為廉良，則蹠、者進，隨、夷者退矣。又有某繡使而拜虜乞生，某郡太守望敵而先遁，閣下禮之為好人，養之為大老，則死節之人少，賣國之人眾矣。是非一謬，黑白俱紊，天下何自而治乎？
又觀閣下左右參議讚密者，未見其砭切政病，規進閣下於遠大之域者，使閣下有可為之時，有可乘之勢，而迄無有成之效。其故何也？為閣下計者少而為身謀者多，則誤閣下者多矣。身犯六畏，釁闕多端，不有內變，必有外禍，不待智者而後知也。閣下狃於小安而無長慮，此東南豪傑又何望乎！[41]
楊維楨是站在元朝政府立場說話的，信裏所責備：“銓放私人不承製，出納國廩不上輸。”罵他自選官吏，不繳糧食，的是實情。除此以外，指出張士誠的四個優點，四個缺點，特別批評張士誠的將帥、守令、親族等隻為自己打算，張士誠不分是非、黑白，刑賞失宜，狃於小安而無長慮，預言他不有內變，必有外禍。楊維楨和張士誠同時，他的朋友有不少人在東吳做官，這些批評都有事實根據，是可信的、公道的。
士誠從元至正十六年（宋龍鳳二年，公元1356年）起和元璋接境，便互相攻伐，至正十八年十月徐達、邵榮攻克宜興，廖永安率水軍深入太湖，後軍不繼，為呂珍所俘，不肯投降，被囚到死。次年正月胡大海攻克士誠的重鎮諸暨，杭州受到威脅，士誠傾全力要奪回諸暨，六月，士誠紹興守將呂珍攻諸暨，決水堰灌城，胡大海奪堰反灌，呂珍退去。二十年九月第二次攻諸暨，二十二年三月乘元璋金華、處州苗軍叛變的機會，以張士信統萬餘人三圍諸暨，守將謝再興苦戰二十九日，設伏城外，大敗士信軍。士信發急，增兵再攻，再興求援於李文忠。李文忠命胡德濟馳援，揚言徐達、邵榮已從嚴州領大軍增援。士信軍心動搖，計劃退兵，德濟和再興於夜半率壯士出擊，士信軍大亂潰退。二十三年九月李伯昇又領大軍圍諸暨，諸暨城守堅固，不克退去。二十五年二月張士信又統兵二十萬來攻，為李文忠所大敗。這五次爭奪戰，消耗了東吳大量軍力。
在第三次諸暨爭奪戰之後，發生了謝再興叛降張士誠的意外挫折。
謝再興是淮西舊將，元璋親侄朱文正的妻父。士誠紹興守將呂珍在諸暨築堰，每年水發，動輒渰城，再興不時遣人偷決，力戰功多。部下有兩個將領派人帶違禁物品去揚州販賣，元璋發覺了，怕泄漏了軍機，殺了這兩個人，把頭掛在再興廳上，再興已經受不住了。元璋又做主把他的次女嫁給徐達。召再興到應天計議軍事，返防後另派參軍李夢庚節製諸暨兵馬，再興成為副將。再興大憤，說：“女嫁不令我知，有同給配。又著我聽人節製！”竟執李夢庚向紹興呂珍投降，元璋氣極，說：“謝再興是我親家，反背我降張氏，情不可恕。”[42]從此種下了他對部下將領的猜疑心理，對他們的監視越發嚴密了。
西吳和東吳另一據點的爭奪戰是長興，至正二十一年十一月，東吳司徒李伯昇率十餘萬眾，水陸並進，包圍長興，城中守兵隻有七千人，苦戰月餘，常遇春、邵榮先後馳救，伯昇敗去。二十四年十月張士信又攻長興，為耿炳文、湯和所擊敗。
此外，至正十九年二月邵榮攻湖州，十二月常遇春攻杭州，胡大海攻紹興，雖然都打了勝仗，卻都不能攻克城池，取得決定性的戰果。
在和東吳作戰的長期戰役中，元璋部下驍將邵榮、趙繼祖立了不少功勞。邵榮、趙繼祖也是元璋初起時的戰友。邵榮於至正十八年和徐達攻克宜興，十九年大破張士誠軍於餘杭，攻湖州大敗李伯昇，二十一年三月以戰功從樞密院同知升為中書平章政事，地位在大將常遇春之上。二十二年處州苗軍叛變，命邵榮統兵平定。凱旋回應天後，和參政趙繼祖密謀暗殺朱元璋，為檢校[43]宋國興所告發。元璋命廖永忠安排酒宴，席間擒了二人，鎖了脖子。元璋和他們喝酒，問：“我與爾等同起濠梁，望事業成，共享富貴，為一代之君臣，爾如何要謀害我？”榮答曰：“我等連年出外，取討城池，多受勞苦，不能與妻子相守同樂，所以舉此謀。”不肯喝酒，對趙繼祖說：“若早為之，不見今日，獵狗在床下死，事已如此，泣何益！”兩人都被縊死。[44]這件公案，明朝史書記載都以為是謀叛，隻有明末的史家談遷認為當時朱元璋和邵榮都是宋的將領：“渡江勳舊，俱魚服之侶，臣主未定，等夷相視，見兵柄獨握，未免為所欲為耳。”[45]他們的行為說不上是什麽造反，這個看法是正確的。盡管如此，這件事給元璋的影響是深刻的，內部發生了裂痕，非加強控製不可。不久又發生謝再興投敵的事件，越發使他認識到必須牢牢掌握軍權，建立一套必要的製度，使將不能專兵，軍隊不能由任何將領掌握，後來軍衛法的製定和殺戮功臣，都和這兩件事有密切關係。
元璋和張士誠相持了十年，打來打去，雙方都占不到便宜。直到元璋從武昌凱旋以後，集中軍力，進攻東吳，局麵才發生劇烈的變化。[46]
元璋對東吳的攻勢，分作三個步驟：第一步攻勢起於至正二十五年十月，攻擊目標是東吳北境淮水流域，到二十六年四月間，盡取通州、興化、鹽城、泰州、高郵、淮安、徐州、宿州、安豐諸州縣。孫德崖早已死去，濠州四麵受敵，也投降了。半年工夫，完成預定任務，使東吳軍力局促於長江之南。
第二步攻勢起於二十六年八月，分兵兩路，進取湖州、杭州，切斷東吳的左右兩臂，到十一月間，湖、杭守軍投降，造成北、西、南三麵包圍平江的形勢。
第三步攻勢是平江的攻圍戰，從二十六年十二月到吳元年九月，前後一共十個月，才攻下平江，俘執士誠，結束了十年來的拉鋸戰。
元璋於盡占淮水諸城之後，至正二十六年五月，傳檄聲討張士誠，檄文詳盡說明當時情勢，和自己起兵經過，檄文說：
蓋聞伐罪吊民，王者之師，考之往古，世代昭然。……近睹有元之末，主居深宮，臣操威福，官以賄成，罪以情免，憲台舉親而劾仇，有司差貧而優富。廟堂不以為慮，方添冗官，又改鈔法，役數十萬民，湮塞黃河，死者枕藉於道，哀苦聲聞於天。致使愚民，誤中妖術，不解偈言之妄誕，酷信彌勒之真有，冀其洽世，以蘇困苦，聚為燒香之黨。根據汝、潁，蔓延河、洛。妖言既行，凶謀遂逞，焚蕩城郭，殺戮士夫，荼毒生靈，千端萬狀。元以天下兵馬錢糧而討之，略無功效，愈見猖獗，然而終不能治世安民。是以有誌之士，旁觀熟慮，乘勢而起，或假元氏為名，或托鄉軍為號，或以孤兵自立，皆欲自為，由是天下土崩瓦解。
予本濠梁之民，初列行伍，漸至提兵，灼見妖言，不能成事，又度胡運，難與立功，遂引兵渡江。賴天地祖宗之靈，及將帥之力，一鼓而有江左，再戰而定浙東。陳氏稱號，據我上遊，爰興問罪之師，彭蠡交兵，元惡授首，父子兄弟，麵縛輿櫬，既待以不死，又列以封爵，將相皆置於朝班，民庶各安於田裏，荊、襄、湖、廣，盡入版圖，雖德化不及，而政令頗修。
唯茲姑蘇張士誠，為民則私販鹽貨，行劫於江湖，兵興則首聚凶徒，負固於海島，其罪一也；又恐海隅一區，難抗天下大勢，詐降於元，坑其參政趙璉，囚其待製孫，其罪二也；厥後掩襲浙西，兵不滿萬數，地不足千裏，僭稱改元，其罪三也；初寇我邊，一戰生擒其親弟，再犯浙省，揚矛直搗其近郊，首尾畏縮，乃又詐降於元，其罪四也；陽受元朝之名，陰行假王之令，挾製達丞相，謀害楊左丞（完者），其罪五也；占據江浙錢糧，十年不貢，其罪六也；知元綱已墮，公然害其丞相達識帖木兒、南台大夫普化帖木兒，其罪七也；恃其地險食足，誘我叛將，掠我邊民，其罪八也。幾此八罪，……理宜征討，以靖天下，以濟斯民。爰命中書左丞相徐達率領馬步官軍舟師，水陸並進，攻取浙西諸處城池。已行戒飭軍將，征討所到，殲厥渠魁，脅從妄洽，備有條章。凡我逋逃居民，被陷軍士，悔悟來歸，鹹宥其罪。其爾張氏臣僚，果能明識天時，或全城附順，或棄刃投降，名爵賞踢，予所不吝。凡爾百姓，果能安業不動，即我良民，舊有田產房舍，仍前為主，依額納糧，餘無科取，使汝等永保鄉裏，以全室家。此興師之故也。敢有千百相聚，抗拒王師者，即當移兵剿滅，遷徙宗族於五溪、兩廣，永離鄉土，以禦邊戎。凡予所言，信如皎日，谘爾臣庶，毋或自疑。
橄文開始：“皇帝聖旨，吳王令旨，總兵官準中書省谘，敬奉令旨。”結尾：“敬此，除敬遵外，敬請施行，準此，合行備出文榜曉諭，故依令旨事意施行。所有文榜，須議出給者。龍鳳十二年五月二十二日本州判官許士傑齎到。”[47]和這篇檄文同時，還有性質相同的一道宣諭徐州吏民的文告說：
近自胡元失政，兵起汝、潁，天下之人以為豪傑奮興，太平可致。而彼唯以妖言惑眾，不能上順天意，下悅民心，是用自底滅亡。及元兵雲集，其老將舊臣，雖有握兵之權，皆無戡亂之略，師行之地，甚於群盜。致使中原版蕩，城郭丘墟，十有餘年，禍亂極矣。[48]
這兩篇文字，充滿了封建理論的代表者儒家的思想，可以明白看出是劉基、宋濂等人的策略，也可能出於他們的手筆。指責張士誠的八款罪狀，除了第四款和第八款和西吳有關以外，其他六款都是張士誠背叛元朝的罪狀，不看頭尾，使人容易誤會成是元朝政府的討伐令，朱元璋竟然站在他所反對的元朝政府立場聲討敵人了，由此也可以看出朱元璋這一方麵實在舉不出張士誠什麽罪狀。檄文末段分化東吳軍民，說明隻殺首惡，不追究從犯；東吳臣僚投降的都給官做；逃亡居民和投降軍士，都許他們回來；百姓——主要是地主能夠安業的，許其保有原來田產房舍，爭取東吳治下官僚、地主的歸順，減少大軍進攻的抵抗力量。這一段文字明確聲明他的立場的變，從反對封建地主突變為維護封建地主的既得利益。他的根本立場改變了。特別值得注意的是，為了消除東吳官僚、地主對紅軍的疑懼，在第一段強調指斥彌勒教為妖術、妖言、凶謀，列舉他們殺人放火，主要是殺戮士大夫的罪狀，並且還嚴肅聲言自己已經灼見妖言不能成事，不相信這一套了。他已經背叛了彌勒教了。陳友諒父兄子弟歸降，都封列侯，將相都做大官，地主和農民各安生理，就是他不相信彌勒教的證據，也就是東吳官僚、地主的榜樣。就這樣，聲討張士誠的檄文實質上是聲討紅軍的檄文，而被聲討的最高人物——皇帝，恰恰就是紅軍的首腦宋帝小明王！表麵上看來充滿了矛盾，而在實質上卻並不矛盾。這兩篇文告公開、正式宣告了朱元璋對彌勒教、對紅軍的斥責、背叛，否認了自己和全軍過去對彌勒教的信奉，脫去宗教迷信的外衣，進一步宣稱進軍的任務是為了伐罪救民，是為了使民庶各安於田裏，使百姓永保鄉裏，公開地取消了階級鬥爭的內容，公開地聲明他對於農民起義的背叛，明確維護舊的封建地主階級秩序，保證給官僚、地主、庶民以和平安定的生活，這是朱元璋一生中劃時代的轉變，從農民起義的領袖轉變為地主階級的領袖的轉變。陶安、李習、劉基、宋鐮等這一地主儒生集團幾年來所起的作用，到這時候明朗化了，具體化了，公開化了。宋的軍隊沒有了，將領都已死亡，小明王寄居滁州，僅存名號，紅軍的招牌已經沒有號召作用。元璋的周圍充塞著地主階級的首腦人物，政權的本質起了根本性質的變化，和這基礎相適應，便不能不提出新的口號爭取地主巨紳的支持，各地“民兵”“鄉軍”的支持，士大夫的同情和擁護。這兩篇文告把朱元璋一生劃作兩個時期，前一時期他是彌勒教徒，農民起義的領袖，任務是破壞舊的封建社會秩序；此後則公開和地主、巨紳聯合，成為他們的保護人，封建統治理論的代表者——儒家的護法，不但要鞏固封建地主階級的既得利益，並且要建立並維持舊的和新的地主階級政權和封建秩序了。
朱元璋已經公開宣告和紅軍決裂，小明王的存在就沒有意義了。至正二十六年（龍鳳十二年）十二月，元璋派大將廖永忠迎接小明王，於瓜州渡江，中流把船鑿沉，永忠徑回應天複命。小明王死，宋亡。[49]此後，朱元璋不再提龍鳳的事，連當年鎮江西城打敗東吳的紀功碑，因為有龍鳳年號，也捶毀滅跡。[50]文書上有關的龍鳳史料，更是銷毀得幹幹淨淨。元璋死後所編的《明太祖實錄》，不提元璋和龍風臣屬關係一字，這一段曆史被湮滅，被歪曲了幾百年。
元璋對東吳的第二步攻勢，動員了二十萬大軍，以大將軍徐達、副將軍常遇春為統帥。在出兵前商討戰略，常遇春堅決主張直取平江，以為巢穴既破，其餘諸郡可以不戰而下。元璋卻決定用葉兌的次策，以為士誠出身鹽梟，和湖、杭諸郡守將都是湣不畏死之徒，同甘共苦。如先攻平江，湖、杭守軍必然齊心並力，來救老家，援兵四合，不易取勝。不如想法分散他的兵力，先取湖、杭，士誠無法援救，我軍可以集中兵力，個別擊破，枝葉一去，根本動搖，使士誠疲於奔命，然後移兵直取平江，必然可以成功。遂分兵攻圍杭州、湖州。元璋親自誓師，叮嚀囑咐，要將帥和睦，不許左右欺淩軍士，進城時不要燒殺擄掠，不要挖掘墳墓，尤其平江城外張士誠母親的墳，千萬不可侵毀，以免刺激東吳人民，增加抗拒心理。說了又寫成戒約，印發給軍士。[51]
第三步攻勢，湖、杭既下之後，應用葉兌的銷城法，進圍平江，徐達軍葑門，常遇春軍虎丘，郭興軍婁門，華雲龍軍胥門，湯和軍閶門，王弼軍盤門，張溫軍西門，康茂才軍北門，耿炳文軍城東北，仇成軍城西南，何文輝軍城西北，四麵築長圍困之。
又架木塔三層，下瞰城中，名曰敵樓，每層施弓弩火銃於上。又設襄陽炮日夜轟擊。士誠死守，外無援兵，內無糧草，突圍又失敗了。元璋一再派人勸降，士誠堅決拒絕。城破時親自率兵巷戰，看到實在不行了，一把火燒死了家屬。他也上吊自殺，被部將解救，西吳兵已到府中，俘送應天。在船上閉眼不說話，也不進飲食。元璋問話不理，李善長問話，挨了一頓罵。元璋氣極，一頓亂棍把他打死，連屍骨都燒成灰，這年士誠四十七歲，東吳亡。[52]
元璋後來和群臣總結戰勝漢、吳兩大敵人的經驗說：“元末群雄中，張士誠、陳友諒最強大，士誠地方富庶，友諒軍力雄厚，我都不如，隻靠不亂殺老百姓，說話算話，刻苦做事，和大家同心協力，才能成功。開頭夾處在漢、吳兩大之間，士誠尤其逼近，有人主張先向東吳進攻。我的看法是，友諒誌驕，士誠器小。誌驕的好生事，器小的沒長遠打算，所以決定先攻友諒。鄱陽湖這一場決戰，士誠果然不能出平江一步。假如先攻士誠，友諒一定空國而來，我便被迫兩線作戰，腹背受敵，勝負便很難說了。”[53]
李伯昇是士誠十八兄弟之一，同時起事，父親李行素做丞相，他官為司徒，守湖州，兵敗出降。平江固守，使說客招降的是他，把士誠交給常遇春的也是他。平江人記住這段曆史，凡是出賣朋友的人就叫作“李司徒”[54]。
張士誠從起兵到敗死，前後十四年。城破前他把征收賦稅的魚鱗圖籍全部燒毀，平江固守十月，朱元璋恨當地人為士誠堅決拒守，取沈萬三家租簿定額，格外加賦，每畝完糧七鬥五升。[55]六百年來，蘇州人每年於七月三十日燒九四香，托名為燒地藏香。九四是士誠小名，七月三十是士誠生日。[56]從這兩件事看來，士誠得到當地地主的堅決支持，他的政權也是變了質的，是屬於地主階級的政權。
元璋大軍凱旋後，論功行賞。第二天諸將來謝，元璋問有沒有擺酒席慶賀，都說吃了酒席，高興得很。元璋說：“我也何嚐不想和諸軍歡宴一天，但中原尚未平定，還不是晏安的時候。你們應該記取張士誠的教訓，他經常和將相們宴會、酣歌、逸樂，今天怎麽樣了？要引以為戒才是。”又對東吳降將講話：“你們都是張士誠舊部，做將官帶部隊，計窮勢屈，才不得已投降。我厚待你們，還讓你們做將校。但是要給你們講清楚一條道理，我所用諸將，多是濠、泗、汝、潁、壽春、定遠諸州的人，勤苦儉約，不知奢侈。不比江浙地方富庶，耽於逸樂。你們也不是富貴人家出身的，一朝做了將軍帶了兵，就胡亂取人子女玉帛，什麽壞事全做了。如今既然在我這裏，就得改去老毛病，像我的濠、泗諸將那樣，才能保住爵位。人人都想富貴，但是取富貴不難，長保富貴卻是難事。你們真能盡心盡力，和大軍一起除暴平亂，早日統一天下，不但你們能享富貴，連子孫也可以享福。假如隻圖一時快意，不向前看，雖然暫時快樂，卻保不住日後喪敗。這是你們親見的事，不可不戒。”[57]
平江合圍後，吳元年九月元璋又遣將攻討浙東方國珍。令參政朱亮祖率浙江、衢州、金華等衛馬步舟師攻台州，征南將軍湯和、副將軍吳禎率常州、長興、宜興、江陰諸軍攻慶元（今浙江寧波）。又命征南副將軍廖永忠率水軍從海路進攻，與湯和軍相會合，切斷國珍逃入海中的退路。
方國珍從至正八年聚眾海上起事，吳元年十二月降西吳，在群雄中最先起事，稱雄浙東二十年。
台州黃岩靠近海邊，人多地少，無地少地的農民隻好靠海吃飯，打魚曬鹽，漂洋過海，在海上過的日子比陸地上的多。國珍和兄弟國璋、國瑛、國瑉一家子，世代販鹽浮海為業。國珍是地方上有名的土豪，生得身材高大，黑紫臉膛，體力強壯，快步如飛。至正初年海盜劫掠商民，搶了運皇糧漕船，殺了督運使臣，地方官千方百計追捕。國珍的仇家向官府告發國珍私通海盜，坐地分贓。國珍殺了仇家，帶領全家和鄰裏怕事的逃入海中，集結了幾千人，四處搶劫。[58]元朝發兵圍殺，國珍打敗官軍，連將官也俘虜了。受招安做定海尉。不久又反，俘獲元朝大將，又受招安做了大官。如此時降時叛，每反複一次，便升一次官。到至正十七年一直做到元浙東行省參知政事海道運糧萬戶。他以慶元為根據地，兼領溫州、台州，占有浙東沿海一帶地方，擁有水軍千艘，控製著豐富的漁鹽資源，兄弟子侄全做大官，心滿意足，隻想保住這份好基業。[59]
元璋攻取婺州後，和國珍鄰境相望。國珍兵力弱小，北有張士誠，南有陳友定，他和這兩家都不大和洽，見元璋兵勢甚盛，怕被吞並，就派使臣向元璋送金銀綢緞，接受龍鳳官誥，口頭還說願意獻出三郡，隻是不肯奉龍鳳年號。元璋多次派使臣督責，國珍推說：“當初獻三郡，為保百姓，請上位（當時人稱君主為上位）多發軍馬來守，交還城池。若遽奉正朔，張士誠、陳友定來攻，援兵萬一趕不到，就危險了。不如姑以至正為名，他們便找不出罪名來攻。若真要我奉龍鳳年號，必須多發軍馬，軍馬一到，便以三郡交還。情感領弟侄到應天聽命，止求一身不做官，以報元之恩德。”元璋聽說，笑了一聲：“也好，且擺在那裏。等我取下平江，那時他要奉正朔也晚了。”[60]國珍一麵向西吳進貢，一麵又替元朝運糧，腳踏兩隻船，左右搖擺。到元璋取了杭州以後，國珍越發害怕，使人北通擴廓帖木兒，南聯陳友定，打算結成犄角之勢，抵抗西吳進攻。還盤算萬一兩頭的支援都靠不住，敵不過，好在他有千數的海船，到時載滿金銀財寶，合家逃奔大海，也還夠一輩子享用。主意打定，日夜搜集珍寶，修治船隻，準備隨時下海。[61]
吳元年九月，朱亮祖軍進占台州、溫州，湯和大軍長驅直取慶元，國珍逃入海中，又為廖永忠水軍所敗。走投無路，隻好哀辭求降。西吳軍從進攻到凱旋，前後不過三個多月。[62]
這一年，韓林兒已死，龍鳳年號不能再用了，更不能用元至正年號。按甲子這年是丁未年，未屬羊，童謠不是說：“但看羊兒年，便是吳家國”嗎？東吳已在包圍中了，為了再一次應童謠，元璋下令叫這年為吳元年。
元璋和謀士們分析當時的軍事形勢，他指出：“天下用兵，河北有孛羅帖木兒，河南有擴廓帖木兒，關中有李思齊、張良弼。河北軍隊數量多而沒有紀律，河南的稍有紀律而軍力不強，關中的一部分道途不通，糧餉接濟不上。江南隻有我和張士誠，士誠多奸謀，會用間諜，可是部隊全不講紀律。我有幾十萬大軍，固守疆土，修明軍政，建立嚴格軍事紀律，委任將帥，捕捉有利戰機，逐個消滅，統一天下是有把握的。[33]便一心一意整頓軍隊，加強紀律教育，練習攻城本領，準備下一個戰役的攻堅戰。
元末南方群雄，分作兩個係統：一是紅軍係，一是非紅軍係。紅軍係分東西兩支，東支以淮水流域為中心，小明王是東支的共主，郭子興是滁、和一帶的頭目，子興死，元璋代起，日漸強大。西支以漢水流域為中心，從徐壽輝到陳友諒，以及壽輝部將割據四川的明玉珍。非紅軍係如東吳張士誠、浙東方國珍。紅軍的主要成分是廣大的貧苦農民和小手工業者以及一部分城鄉遊民，他們深受元朝蒙漢地主階級的殘酷剝削、壓迫，懷著深刻的階級仇恨，提出鮮明的政治目標，一定要推翻蒙漢地主階級，取得自己的解放。他們和蒙漢地主階級是勢不兩立的，決不妥協的，堅決鬥爭到底的。非紅軍係便不同了，領導人物和基本隊伍主要是私鹽販子、鹽丁、中小地主和搖擺不定的中農，和一部分貧雇農，盡管他們也是被剝削、被壓迫、被欺侮的對象，反元起義的動機也是因為遭受元朝官吏、地主的淩辱、作踐，奮起反抗，但是領導集團卻沒有明確的政治目標，更沒有反抗階級壓迫的宣傳鼓動工作。割據地方以後，便以為事業成功了，貪圖生活享受，日漸腐化。他們在元朝兵力暫時不能到達的時候，自立名號，和元朝政府對抗。但是一遭受到統治階級的強大軍事壓力，形勢不利的時候，就變成軟骨頭了，妥協了，投降了。元朝政府從一開始便對他們采取招撫的政策。隻要投降，就給官做。他們做了元朝的官以後，一看到元朝政府軍事上的失利，便再次鬧獨立，另立名號。每反複一次，個人的名位就高了一等，地盤也擴大了一些，向元朝政府討價錢的資本也就愈大。另一方麵，他們對紅軍的態度卻正好相反，決不投降，鬥爭到底，立場是十分堅定的。張士誠對小明王和朱元璋從一開始便處在敵對狀態，十年來連兵不解；方國珍地小兵弱，雖然沒有力量進攻紅軍，但也不肯真心講和修好，表麵上有時候表示低頭，實質上卻要頑抗到底。
張士誠對元朝政府的關係是不穩定的，反反複複，時而對抗，時而投降。至正十三年（公元1353年）元朝政府招降，授以官職，要他出兵進攻濠、泗紅軍，士誠怕吃虧，不肯去。知道泰州守軍虛弱，襲取泰州，破興化，據高郵。十四年自稱誠王，國號大周，改元天祐。這年十一月，元丞相脫脫統大軍圍高郵，大敗周軍，士誠堅守無援，高郵將被攻破，突然脫脫被解去兵權，元軍奔散，周軍乘隙反擊，聲勢複振，取昆山、嘉定、崇明、常熟、平江、常州、湖州、淮安等地。十六年三月建都於平江，改為隆平郡。改曆法為明時。開弘文館，招禮儒士。以陰陽術人李行素為丞相，弟士德為平章，提調各郡兵馬。以蔣輝為右丞，居內省理庶務，潘原明為左丞，鎮吳興，史文炳為樞密院同知，鎮鬆江。[34]郡州縣正官，郡稱太守，州稱通守，縣曰尹，同知稱府丞，知事稱從事。[35]
從至正十六年（公元1356年）起，張士誠便和朱元璋兵戎相見，大小數百戰，互有勝負。這年六月，朱元璋的部將，原來是地主軍的降將陳保二執詹李二將降於張士誠。這時元璋的主要力量放在西線，為了避免兩線同時作戰，派遣使者和張士誠通好，要求“睦鄰守國，保境息民”。士誠置之不理。[36]七月士誠以水軍進攻鎮江，和元璋軍發生激戰，大敗於龍潭。徐達乘勝進圍常州，士誠派士德馳救，為徐達所擒。士德有勇有謀，禮賢下士，幫助士誠創基立業，被俘後堅決不降，還秘密帶話給士誠，勸他投降元朝，為元璋所殺。
至正十七年（二月元璋部將耿炳）文取長興，三月取常州，五月取泰興，六月趙繼祖、吳良取江陰。長興和江陰都是重要軍事據點，長興踞太湖口，從陸路可通廣德諸郡，江陰枕大江，扼平江通州濟渡之處，元璋得了長興，派耿炳文鎮守，士誠的步騎不敢出廣德，窺宣、歙；得了江陰，派吳良鎮守，士誠的水軍不能溯大江，上金、焦，士誠的軍事局勢，從此便急轉直下，處於劣勢了。加上東麵的嘉興，駐有苗軍楊完者的部隊，這支少數民族軍猛衝猛打，作戰很勇敢，幾次打敗張士誠的進攻，士誠兩麵受敵，抵擋不住。幾年來元江浙右丞相達識帖木兒千方百計勸士誠投降，到此隻好聽兄弟的話，再次投降了。元朝政府以士誠為太尉。士誠表麵上做元朝的官，實際上有自己的打算，他設參軍府和樞密院，分轄地為江浙、淮南二省。以李伯昇總軍事，六七年間，南侵江浙，占了杭州、紹興，北逾江、淮，直到濟寧（今山東），西略汝、潁、濠、泗，東麵到海，有地二千餘裏。
士誠降元，是因為軍事上受到元璋的威脅，元朝招降士誠，也有他們的打算。原來從紅軍起義後，大都缺糧，支持不下去了。達識帖木兒為了解決南糧北運，便不能不對張士誠和方國珍采取招撫政策。他安排士誠出糧，國珍出船，由海運接濟大都。但是兩人心裏都懷著鬼胎，張士誠怕把糧食交給方國珍，被吞沒了，賠了糧不見功勞；方國珍卻怕他的船出海被扣，張士誠乘虛進攻，達識帖木兒兩麵疏通，費了多少事，從至正二十年到二十三年，算是每年運了十幾萬石。楊完者的部隊紀律極壞，搶錢搶人，奸淫燒殺，無惡不作。駐防過的地方比經過戰爭還慘。民間有民謠形容道：“死不怨泰州張（士誠），生不謝寶慶楊（完者）。”[37]仗著有實力，不聽達識帖木兒約束。達識帖木兒要除掉楊完者，和士誠定計，攻殺完者，苗軍將士大部分逃降元璋。達識帖木兒沒有軍隊的支持，政權也隨之失去了，事事受士誠挾製，不久便被拘禁。士誠乘虛進駐苗軍防區。二十三年九月又自立為吳王，達識帖木兒自殺，從此元朝征糧，再也不肯答應了。[38]
士誠所占地方盛產糧食，又有魚鹽桑麻之利，人口眾多，最為富庶。他生性遲重，不多說話，待人寬大，但沒有一定主見，隻想守住這塊基業，怕冒險吃虧出差錯。大將大臣們都是當年走私的江湖兄弟，如今成了局麵了，有福同享，做錯事以至打了大敗仗，士誠也不忍責備，賞罰不明。將軍大臣們修府第，建園池，養女優，玩古董，和詩人文士們宴會、歌舞。上下都腐化了。甚至大將出兵，也帶著妓女清客解悶。損兵失地，回來照樣帶兵做官。張士德（九六）重待文學之士，當時有名的詩人陳基、饒介、王逢、高啟、楊基、張羽、楊維禎等人都和他來往，有的在他幕府做事。浙西地區的開辟和國事的決策，士德很起作用。士德被擒死，士信（九七）做垂相，貪汙無能，疏遠舊將，上下隔絕。士誠也養尊處優，懶得管事。元璋著人打聽了這情形，對人說：“我諸事無不經心，法不輕恕，尚且有人瞞我。張九四（士誠）終歲不出門，不理政事，豈不著人瞞！”[39]士信任用姓黃、蔡、葉的三個人做參謀，弄權舞弊，東吳有一民謠道：“丞相做事業，專憑黃蔡葉，一朝西風起，幹癟！”[40]
士誠降元以後，要見當時著名詩人楊維楨，維楨拒絕不去。士誠又叫人征求意見，維楨回了一封信，指斥他的缺點，信上說：
閣下乘亂起兵，首倡大順，以獎王室，淮吳之人，萬口一詞，以閣下之所為，有今日不可及者四：兵不嗜殺，一也；聞善言則拜，二也；儉於自奉，三也；厚給吏祿而奸貪必誅，四也。此東南豪傑望閣下之可與有為也。
閣下孜孜求治，上下決不使相徇也，直言決不使遺棄也，毀譽決不使亂真也；唯賢人失職，四民失業者尚不少也。吾唯閣下有可畏者又不止是：動民力以搖邦本，用吏術以括田租，銓放私人不承製；出納國廩不上輸，受降人不疑，任忠臣而複貳也。六者之中，有其一二，可以喪邦，閣下不可以不省也。
況為閣下之將帥者有生之心，無死之誌矣；為閣下之守令者有奉上之道，無恤下之政矣；為閣下之親族姻黨者無祿養之法，有奸位之權矣；某人有假佞以為忠者；某人有托詐以為直者；某人有飾貪虐以為廉良者。閣下信佞為忠，則臣有靳尚者用矣；信詐為直，則臣有趙高者用矣；信貪虐為廉良，則蹠、者進，隨、夷者退矣。又有某繡使而拜虜乞生，某郡太守望敵而先遁，閣下禮之為好人，養之為大老，則死節之人少，賣國之人眾矣。是非一謬，黑白俱紊，天下何自而治乎？
又觀閣下左右參議讚密者，未見其砭切政病，規進閣下於遠大之域者，使閣下有可為之時，有可乘之勢，而迄無有成之效。其故何也？為閣下計者少而為身謀者多，則誤閣下者多矣。身犯六畏，釁闕多端，不有內變，必有外禍，不待智者而後知也。閣下狃於小安而無長慮，此東南豪傑又何望乎！[41]
楊維楨是站在元朝政府立場說話的，信裏所責備：“銓放私人不承製，出納國廩不上輸。”罵他自選官吏，不繳糧食，的是實情。除此以外，指出張士誠的四個優點，四個缺點，特別批評張士誠的將帥、守令、親族等隻為自己打算，張士誠不分是非、黑白，刑賞失宜，狃於小安而無長慮，預言他不有內變，必有外禍。楊維楨和張士誠同時，他的朋友有不少人在東吳做官，這些批評都有事實根據，是可信的、公道的。
士誠從元至正十六年（宋龍鳳二年，公元1356年）起和元璋接境，便互相攻伐，至正十八年十月徐達、邵榮攻克宜興，廖永安率水軍深入太湖，後軍不繼，為呂珍所俘，不肯投降，被囚到死。次年正月胡大海攻克士誠的重鎮諸暨，杭州受到威脅，士誠傾全力要奪回諸暨，六月，士誠紹興守將呂珍攻諸暨，決水堰灌城，胡大海奪堰反灌，呂珍退去。二十年九月第二次攻諸暨，二十二年三月乘元璋金華、處州苗軍叛變的機會，以張士信統萬餘人三圍諸暨，守將謝再興苦戰二十九日，設伏城外，大敗士信軍。士信發急，增兵再攻，再興求援於李文忠。李文忠命胡德濟馳援，揚言徐達、邵榮已從嚴州領大軍增援。士信軍心動搖，計劃退兵，德濟和再興於夜半率壯士出擊，士信軍大亂潰退。二十三年九月李伯昇又領大軍圍諸暨，諸暨城守堅固，不克退去。二十五年二月張士信又統兵二十萬來攻，為李文忠所大敗。這五次爭奪戰，消耗了東吳大量軍力。
在第三次諸暨爭奪戰之後，發生了謝再興叛降張士誠的意外挫折。
謝再興是淮西舊將，元璋親侄朱文正的妻父。士誠紹興守將呂珍在諸暨築堰，每年水發，動輒渰城，再興不時遣人偷決，力戰功多。部下有兩個將領派人帶違禁物品去揚州販賣，元璋發覺了，怕泄漏了軍機，殺了這兩個人，把頭掛在再興廳上，再興已經受不住了。元璋又做主把他的次女嫁給徐達。召再興到應天計議軍事，返防後另派參軍李夢庚節製諸暨兵馬，再興成為副將。再興大憤，說：“女嫁不令我知，有同給配。又著我聽人節製！”竟執李夢庚向紹興呂珍投降，元璋氣極，說：“謝再興是我親家，反背我降張氏，情不可恕。”[42]從此種下了他對部下將領的猜疑心理，對他們的監視越發嚴密了。
西吳和東吳另一據點的爭奪戰是長興，至正二十一年十一月，東吳司徒李伯昇率十餘萬眾，水陸並進，包圍長興，城中守兵隻有七千人，苦戰月餘，常遇春、邵榮先後馳救，伯昇敗去。二十四年十月張士信又攻長興，為耿炳文、湯和所擊敗。
此外，至正十九年二月邵榮攻湖州，十二月常遇春攻杭州，胡大海攻紹興，雖然都打了勝仗，卻都不能攻克城池，取得決定性的戰果。
在和東吳作戰的長期戰役中，元璋部下驍將邵榮、趙繼祖立了不少功勞。邵榮、趙繼祖也是元璋初起時的戰友。邵榮於至正十八年和徐達攻克宜興，十九年大破張士誠軍於餘杭，攻湖州大敗李伯昇，二十一年三月以戰功從樞密院同知升為中書平章政事，地位在大將常遇春之上。二十二年處州苗軍叛變，命邵榮統兵平定。凱旋回應天後，和參政趙繼祖密謀暗殺朱元璋，為檢校[43]宋國興所告發。元璋命廖永忠安排酒宴，席間擒了二人，鎖了脖子。元璋和他們喝酒，問：“我與爾等同起濠梁，望事業成，共享富貴，為一代之君臣，爾如何要謀害我？”榮答曰：“我等連年出外，取討城池，多受勞苦，不能與妻子相守同樂，所以舉此謀。”不肯喝酒，對趙繼祖說：“若早為之，不見今日，獵狗在床下死，事已如此，泣何益！”兩人都被縊死。[44]這件公案，明朝史書記載都以為是謀叛，隻有明末的史家談遷認為當時朱元璋和邵榮都是宋的將領：“渡江勳舊，俱魚服之侶，臣主未定，等夷相視，見兵柄獨握，未免為所欲為耳。”[45]他們的行為說不上是什麽造反，這個看法是正確的。盡管如此，這件事給元璋的影響是深刻的，內部發生了裂痕，非加強控製不可。不久又發生謝再興投敵的事件，越發使他認識到必須牢牢掌握軍權，建立一套必要的製度，使將不能專兵，軍隊不能由任何將領掌握，後來軍衛法的製定和殺戮功臣，都和這兩件事有密切關係。
元璋和張士誠相持了十年，打來打去，雙方都占不到便宜。直到元璋從武昌凱旋以後，集中軍力，進攻東吳，局麵才發生劇烈的變化。[46]
元璋對東吳的攻勢，分作三個步驟：第一步攻勢起於至正二十五年十月，攻擊目標是東吳北境淮水流域，到二十六年四月間，盡取通州、興化、鹽城、泰州、高郵、淮安、徐州、宿州、安豐諸州縣。孫德崖早已死去，濠州四麵受敵，也投降了。半年工夫，完成預定任務，使東吳軍力局促於長江之南。
第二步攻勢起於二十六年八月，分兵兩路，進取湖州、杭州，切斷東吳的左右兩臂，到十一月間，湖、杭守軍投降，造成北、西、南三麵包圍平江的形勢。
第三步攻勢是平江的攻圍戰，從二十六年十二月到吳元年九月，前後一共十個月，才攻下平江，俘執士誠，結束了十年來的拉鋸戰。
元璋於盡占淮水諸城之後，至正二十六年五月，傳檄聲討張士誠，檄文詳盡說明當時情勢，和自己起兵經過，檄文說：
蓋聞伐罪吊民，王者之師，考之往古，世代昭然。……近睹有元之末，主居深宮，臣操威福，官以賄成，罪以情免，憲台舉親而劾仇，有司差貧而優富。廟堂不以為慮，方添冗官，又改鈔法，役數十萬民，湮塞黃河，死者枕藉於道，哀苦聲聞於天。致使愚民，誤中妖術，不解偈言之妄誕，酷信彌勒之真有，冀其洽世，以蘇困苦，聚為燒香之黨。根據汝、潁，蔓延河、洛。妖言既行，凶謀遂逞，焚蕩城郭，殺戮士夫，荼毒生靈，千端萬狀。元以天下兵馬錢糧而討之，略無功效，愈見猖獗，然而終不能治世安民。是以有誌之士，旁觀熟慮，乘勢而起，或假元氏為名，或托鄉軍為號，或以孤兵自立，皆欲自為，由是天下土崩瓦解。
予本濠梁之民，初列行伍，漸至提兵，灼見妖言，不能成事，又度胡運，難與立功，遂引兵渡江。賴天地祖宗之靈，及將帥之力，一鼓而有江左，再戰而定浙東。陳氏稱號，據我上遊，爰興問罪之師，彭蠡交兵，元惡授首，父子兄弟，麵縛輿櫬，既待以不死，又列以封爵，將相皆置於朝班，民庶各安於田裏，荊、襄、湖、廣，盡入版圖，雖德化不及，而政令頗修。
唯茲姑蘇張士誠，為民則私販鹽貨，行劫於江湖，兵興則首聚凶徒，負固於海島，其罪一也；又恐海隅一區，難抗天下大勢，詐降於元，坑其參政趙璉，囚其待製孫，其罪二也；厥後掩襲浙西，兵不滿萬數，地不足千裏，僭稱改元，其罪三也；初寇我邊，一戰生擒其親弟，再犯浙省，揚矛直搗其近郊，首尾畏縮，乃又詐降於元，其罪四也；陽受元朝之名，陰行假王之令，挾製達丞相，謀害楊左丞（完者），其罪五也；占據江浙錢糧，十年不貢，其罪六也；知元綱已墮，公然害其丞相達識帖木兒、南台大夫普化帖木兒，其罪七也；恃其地險食足，誘我叛將，掠我邊民，其罪八也。幾此八罪，……理宜征討，以靖天下，以濟斯民。爰命中書左丞相徐達率領馬步官軍舟師，水陸並進，攻取浙西諸處城池。已行戒飭軍將，征討所到，殲厥渠魁，脅從妄洽，備有條章。凡我逋逃居民，被陷軍士，悔悟來歸，鹹宥其罪。其爾張氏臣僚，果能明識天時，或全城附順，或棄刃投降，名爵賞踢，予所不吝。凡爾百姓，果能安業不動，即我良民，舊有田產房舍，仍前為主，依額納糧，餘無科取，使汝等永保鄉裏，以全室家。此興師之故也。敢有千百相聚，抗拒王師者，即當移兵剿滅，遷徙宗族於五溪、兩廣，永離鄉土，以禦邊戎。凡予所言，信如皎日，谘爾臣庶，毋或自疑。
橄文開始：“皇帝聖旨，吳王令旨，總兵官準中書省谘，敬奉令旨。”結尾：“敬此，除敬遵外，敬請施行，準此，合行備出文榜曉諭，故依令旨事意施行。所有文榜，須議出給者。龍鳳十二年五月二十二日本州判官許士傑齎到。”[47]和這篇檄文同時，還有性質相同的一道宣諭徐州吏民的文告說：
近自胡元失政，兵起汝、潁，天下之人以為豪傑奮興，太平可致。而彼唯以妖言惑眾，不能上順天意，下悅民心，是用自底滅亡。及元兵雲集，其老將舊臣，雖有握兵之權，皆無戡亂之略，師行之地，甚於群盜。致使中原版蕩，城郭丘墟，十有餘年，禍亂極矣。[48]
這兩篇文字，充滿了封建理論的代表者儒家的思想，可以明白看出是劉基、宋濂等人的策略，也可能出於他們的手筆。指責張士誠的八款罪狀，除了第四款和第八款和西吳有關以外，其他六款都是張士誠背叛元朝的罪狀，不看頭尾，使人容易誤會成是元朝政府的討伐令，朱元璋竟然站在他所反對的元朝政府立場聲討敵人了，由此也可以看出朱元璋這一方麵實在舉不出張士誠什麽罪狀。檄文末段分化東吳軍民，說明隻殺首惡，不追究從犯；東吳臣僚投降的都給官做；逃亡居民和投降軍士，都許他們回來；百姓——主要是地主能夠安業的，許其保有原來田產房舍，爭取東吳治下官僚、地主的歸順，減少大軍進攻的抵抗力量。這一段文字明確聲明他的立場的變，從反對封建地主突變為維護封建地主的既得利益。他的根本立場改變了。特別值得注意的是，為了消除東吳官僚、地主對紅軍的疑懼，在第一段強調指斥彌勒教為妖術、妖言、凶謀，列舉他們殺人放火，主要是殺戮士大夫的罪狀，並且還嚴肅聲言自己已經灼見妖言不能成事，不相信這一套了。他已經背叛了彌勒教了。陳友諒父兄子弟歸降，都封列侯，將相都做大官，地主和農民各安生理，就是他不相信彌勒教的證據，也就是東吳官僚、地主的榜樣。就這樣，聲討張士誠的檄文實質上是聲討紅軍的檄文，而被聲討的最高人物——皇帝，恰恰就是紅軍的首腦宋帝小明王！表麵上看來充滿了矛盾，而在實質上卻並不矛盾。這兩篇文告公開、正式宣告了朱元璋對彌勒教、對紅軍的斥責、背叛，否認了自己和全軍過去對彌勒教的信奉，脫去宗教迷信的外衣，進一步宣稱進軍的任務是為了伐罪救民，是為了使民庶各安於田裏，使百姓永保鄉裏，公開地取消了階級鬥爭的內容，公開地聲明他對於農民起義的背叛，明確維護舊的封建地主階級秩序，保證給官僚、地主、庶民以和平安定的生活，這是朱元璋一生中劃時代的轉變，從農民起義的領袖轉變為地主階級的領袖的轉變。陶安、李習、劉基、宋鐮等這一地主儒生集團幾年來所起的作用，到這時候明朗化了，具體化了，公開化了。宋的軍隊沒有了，將領都已死亡，小明王寄居滁州，僅存名號，紅軍的招牌已經沒有號召作用。元璋的周圍充塞著地主階級的首腦人物，政權的本質起了根本性質的變化，和這基礎相適應，便不能不提出新的口號爭取地主巨紳的支持，各地“民兵”“鄉軍”的支持，士大夫的同情和擁護。這兩篇文告把朱元璋一生劃作兩個時期，前一時期他是彌勒教徒，農民起義的領袖，任務是破壞舊的封建社會秩序；此後則公開和地主、巨紳聯合，成為他們的保護人，封建統治理論的代表者——儒家的護法，不但要鞏固封建地主階級的既得利益，並且要建立並維持舊的和新的地主階級政權和封建秩序了。
朱元璋已經公開宣告和紅軍決裂，小明王的存在就沒有意義了。至正二十六年（龍鳳十二年）十二月，元璋派大將廖永忠迎接小明王，於瓜州渡江，中流把船鑿沉，永忠徑回應天複命。小明王死，宋亡。[49]此後，朱元璋不再提龍鳳的事，連當年鎮江西城打敗東吳的紀功碑，因為有龍鳳年號，也捶毀滅跡。[50]文書上有關的龍鳳史料，更是銷毀得幹幹淨淨。元璋死後所編的《明太祖實錄》，不提元璋和龍風臣屬關係一字，這一段曆史被湮滅，被歪曲了幾百年。
元璋對東吳的第二步攻勢，動員了二十萬大軍，以大將軍徐達、副將軍常遇春為統帥。在出兵前商討戰略，常遇春堅決主張直取平江，以為巢穴既破，其餘諸郡可以不戰而下。元璋卻決定用葉兌的次策，以為士誠出身鹽梟，和湖、杭諸郡守將都是湣不畏死之徒，同甘共苦。如先攻平江，湖、杭守軍必然齊心並力，來救老家，援兵四合，不易取勝。不如想法分散他的兵力，先取湖、杭，士誠無法援救，我軍可以集中兵力，個別擊破，枝葉一去，根本動搖，使士誠疲於奔命，然後移兵直取平江，必然可以成功。遂分兵攻圍杭州、湖州。元璋親自誓師，叮嚀囑咐，要將帥和睦，不許左右欺淩軍士，進城時不要燒殺擄掠，不要挖掘墳墓，尤其平江城外張士誠母親的墳，千萬不可侵毀，以免刺激東吳人民，增加抗拒心理。說了又寫成戒約，印發給軍士。[51]
第三步攻勢，湖、杭既下之後，應用葉兌的銷城法，進圍平江，徐達軍葑門，常遇春軍虎丘，郭興軍婁門，華雲龍軍胥門，湯和軍閶門，王弼軍盤門，張溫軍西門，康茂才軍北門，耿炳文軍城東北，仇成軍城西南，何文輝軍城西北，四麵築長圍困之。
又架木塔三層，下瞰城中，名曰敵樓，每層施弓弩火銃於上。又設襄陽炮日夜轟擊。士誠死守，外無援兵，內無糧草，突圍又失敗了。元璋一再派人勸降，士誠堅決拒絕。城破時親自率兵巷戰，看到實在不行了，一把火燒死了家屬。他也上吊自殺，被部將解救，西吳兵已到府中，俘送應天。在船上閉眼不說話，也不進飲食。元璋問話不理，李善長問話，挨了一頓罵。元璋氣極，一頓亂棍把他打死，連屍骨都燒成灰，這年士誠四十七歲，東吳亡。[52]
元璋後來和群臣總結戰勝漢、吳兩大敵人的經驗說：“元末群雄中，張士誠、陳友諒最強大，士誠地方富庶，友諒軍力雄厚，我都不如，隻靠不亂殺老百姓，說話算話，刻苦做事，和大家同心協力，才能成功。開頭夾處在漢、吳兩大之間，士誠尤其逼近，有人主張先向東吳進攻。我的看法是，友諒誌驕，士誠器小。誌驕的好生事，器小的沒長遠打算，所以決定先攻友諒。鄱陽湖這一場決戰，士誠果然不能出平江一步。假如先攻士誠，友諒一定空國而來，我便被迫兩線作戰，腹背受敵，勝負便很難說了。”[53]
李伯昇是士誠十八兄弟之一，同時起事，父親李行素做丞相，他官為司徒，守湖州，兵敗出降。平江固守，使說客招降的是他，把士誠交給常遇春的也是他。平江人記住這段曆史，凡是出賣朋友的人就叫作“李司徒”[54]。
張士誠從起兵到敗死，前後十四年。城破前他把征收賦稅的魚鱗圖籍全部燒毀，平江固守十月，朱元璋恨當地人為士誠堅決拒守，取沈萬三家租簿定額，格外加賦，每畝完糧七鬥五升。[55]六百年來，蘇州人每年於七月三十日燒九四香，托名為燒地藏香。九四是士誠小名，七月三十是士誠生日。[56]從這兩件事看來，士誠得到當地地主的堅決支持，他的政權也是變了質的，是屬於地主階級的政權。
元璋大軍凱旋後，論功行賞。第二天諸將來謝，元璋問有沒有擺酒席慶賀，都說吃了酒席，高興得很。元璋說：“我也何嚐不想和諸軍歡宴一天，但中原尚未平定，還不是晏安的時候。你們應該記取張士誠的教訓，他經常和將相們宴會、酣歌、逸樂，今天怎麽樣了？要引以為戒才是。”又對東吳降將講話：“你們都是張士誠舊部，做將官帶部隊，計窮勢屈，才不得已投降。我厚待你們，還讓你們做將校。但是要給你們講清楚一條道理，我所用諸將，多是濠、泗、汝、潁、壽春、定遠諸州的人，勤苦儉約，不知奢侈。不比江浙地方富庶，耽於逸樂。你們也不是富貴人家出身的，一朝做了將軍帶了兵，就胡亂取人子女玉帛，什麽壞事全做了。如今既然在我這裏，就得改去老毛病，像我的濠、泗諸將那樣，才能保住爵位。人人都想富貴，但是取富貴不難，長保富貴卻是難事。你們真能盡心盡力，和大軍一起除暴平亂，早日統一天下，不但你們能享富貴，連子孫也可以享福。假如隻圖一時快意，不向前看，雖然暫時快樂，卻保不住日後喪敗。這是你們親見的事，不可不戒。”[57]
平江合圍後，吳元年九月元璋又遣將攻討浙東方國珍。令參政朱亮祖率浙江、衢州、金華等衛馬步舟師攻台州，征南將軍湯和、副將軍吳禎率常州、長興、宜興、江陰諸軍攻慶元（今浙江寧波）。又命征南副將軍廖永忠率水軍從海路進攻，與湯和軍相會合，切斷國珍逃入海中的退路。
方國珍從至正八年聚眾海上起事，吳元年十二月降西吳，在群雄中最先起事，稱雄浙東二十年。
台州黃岩靠近海邊，人多地少，無地少地的農民隻好靠海吃飯，打魚曬鹽，漂洋過海，在海上過的日子比陸地上的多。國珍和兄弟國璋、國瑛、國瑉一家子，世代販鹽浮海為業。國珍是地方上有名的土豪，生得身材高大，黑紫臉膛，體力強壯，快步如飛。至正初年海盜劫掠商民，搶了運皇糧漕船，殺了督運使臣，地方官千方百計追捕。國珍的仇家向官府告發國珍私通海盜，坐地分贓。國珍殺了仇家，帶領全家和鄰裏怕事的逃入海中，集結了幾千人，四處搶劫。[58]元朝發兵圍殺，國珍打敗官軍，連將官也俘虜了。受招安做定海尉。不久又反，俘獲元朝大將，又受招安做了大官。如此時降時叛，每反複一次，便升一次官。到至正十七年一直做到元浙東行省參知政事海道運糧萬戶。他以慶元為根據地，兼領溫州、台州，占有浙東沿海一帶地方，擁有水軍千艘，控製著豐富的漁鹽資源，兄弟子侄全做大官，心滿意足，隻想保住這份好基業。[59]
元璋攻取婺州後，和國珍鄰境相望。國珍兵力弱小，北有張士誠，南有陳友定，他和這兩家都不大和洽，見元璋兵勢甚盛，怕被吞並，就派使臣向元璋送金銀綢緞，接受龍鳳官誥，口頭還說願意獻出三郡，隻是不肯奉龍鳳年號。元璋多次派使臣督責，國珍推說：“當初獻三郡，為保百姓，請上位（當時人稱君主為上位）多發軍馬來守，交還城池。若遽奉正朔，張士誠、陳友定來攻，援兵萬一趕不到，就危險了。不如姑以至正為名，他們便找不出罪名來攻。若真要我奉龍鳳年號，必須多發軍馬，軍馬一到，便以三郡交還。情感領弟侄到應天聽命，止求一身不做官，以報元之恩德。”元璋聽說，笑了一聲：“也好，且擺在那裏。等我取下平江，那時他要奉正朔也晚了。”[60]國珍一麵向西吳進貢，一麵又替元朝運糧，腳踏兩隻船，左右搖擺。到元璋取了杭州以後，國珍越發害怕，使人北通擴廓帖木兒，南聯陳友定，打算結成犄角之勢，抵抗西吳進攻。還盤算萬一兩頭的支援都靠不住，敵不過，好在他有千數的海船，到時載滿金銀財寶，合家逃奔大海，也還夠一輩子享用。主意打定，日夜搜集珍寶，修治船隻，準備隨時下海。[61]
吳元年九月，朱亮祖軍進占台州、溫州，湯和大軍長驅直取慶元，國珍逃入海中，又為廖永忠水軍所敗。走投無路，隻好哀辭求降。西吳軍從進攻到凱旋，前後不過三個多月。[62]
這一年，韓林兒已死，龍鳳年號不能再用了，更不能用元至正年號。按甲子這年是丁未年，未屬羊，童謠不是說：“但看羊兒年，便是吳家國”嗎？東吳已在包圍中了，為了再一次應童謠，元璋下令叫這年為吳元年。