天啟七年八月乙卯，帝崩，是為二十二日，丁巳，二十四日。信王即皇帝位，大赦天下，以明年為崇禎元年。熹宗崩之日，信王奉遺詔，即夕人臨，居宮中，比明，群臣始至。時崔呈秀方改兵部尚書，奪情視事，比人臨，內使十餘傳呼呈秀甚急，呈秀人與忠賢密謀久之，語秘莫得聞，或雲：“忠賢欲篡位，呈秀以時未可止之也。”帝既即位於八月二十四日，至十月，乃罷崔呈秀。時閹黨自危，楊所修、楊維垣、賈繼春先後劾呈秀以嚐帝，呈秀遂罷。又削浙江巡撫潘汝禎籍，以其建祠作俑。而閹黨布在朝列，竟相持莫敢動。楊邦憲建祠疏至，帝閱而笑。忠賢辭建祠，輒允。乃僅於部屬中得主事錢元愨、陸澄源各一疏，又嘉興貢生錢嘉征一疏，論劾忠賢。帝召忠賢，使內侍讀疏，忠賢震恐喪魄，急以重寶啖信邸太監徐應元求解，帝斥應元。以十一月甲子朔，命：“忠賢鳳陽安置。”戊辰，初五。罷各邊鎮守太監。己巳，忠賢與其黨李朝欽行至阜城，自縊。崔呈秀聞之，亦自縊。十二月，客氏及其子侯國興、弟客光先與魏良卿皆伏誅，客氏詔赴浣衣局掠死，籍其家，良卿、國興、光先皆棄市，家屬無少長皆斬。客氏之籍也，於其家得宮女姙身者八人，蓋將效呂不韋所為，帝大怒，命悉笞殺之。詔天下所建逆祠悉拆毀變價。逮陸萬齡於獄，監候處決。崇禎元年正月，詔“中官非奉命，不得出禁門”。僇忠賢屍，寸磔，懸首河間。僇崔呈秀屍，懸首薊門。
崇禎之處忠賢當矣，罷各邊鎮守，禁中官出禁門。創巨痛深，宜有此明斷。乃未幾又悉用閹，至日後並城迎闖之曹化淳，正為帝之所尊信者，帝猶自謂“非亡國之君”，此讀史者所可論定也。
元年正月，大計天下吏。楊維垣以禦史佐計，以東林與崔、魏並詆，並堅持三案。是時柄國者皆忠賢遺黨，無敢頌言東林者。編修倪元璐首上疏一再駁正維垣，當局以互相詆訾兩解之，而公論乃漸明矣。嗣是閣中閹黨黃立極、張瑞圖、施鳳來陸續罷。立極先以山陰監生胡煥猷劾之，不自安求去。楊維垣猶論煥猷疑出東林指使，帝為除煥猷名下吏，亦允立極去。五月，從倪元璐言，毀《三朝要典》，焚其板。閹黨侍講孫之獬聞之，詣閣大哭，天下笑之。之獬後降清，入《貳臣傳》。於是罹忠賢之禍者多贈官賜諡，東林始不負罪於世，而閹黨猶持朝局，動以計陷右東林者。二年三月，始定逆案，分別磔、斬、秋後處斬及充軍、坐、徙、革職、閑住各等罪名，共二百餘人，諸奸亦多漏網者，維垣名在充軍之列。
維垣於仇東林、翻逆案最力，為清流所深惡，然南都破後，能以一死了之；東林後輩，亦有降於闖軍，列於清廷者。鼎革之際，事多難言，惟皦然不汙者終以正人為多。
元年四月，起袁崇煥為兵部尚書，督師薊遼。崇煥以忤忠賢去，忠賢誅，王之臣被劾罷，廷臣爭請召崇煥，詔所司敦趣上道。七月至京師，召對平台，自任五年可複全遼，請勿令在朝諸臣以權力掣臣肘，以意見亂臣謀，帝悉從之，並假便宜賜尚方劍。崇煥又以前此熊廷弼、孫承宗皆為人排構，不竟其誌，上言：“恢複之計，不外臣昔年以遼人守遼土，以遼土養遼人，守為正著，戰為奇著，和為旁著之說。法在漸不在驟，在實不在虛，任而勿貳，信而勿疑。馭邊臣與廷臣異，軍中可驚可疑者殊多，但當論成敗之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，為怨實多，諸有利於封疆者，皆不利於此身者也，是以為邊臣甚難。臣非過慮，中有所危，不得不告。”帝優詔答之。八月抵關，適寧遠兵缺餉四月嘩變，先靖其亂，即裁並諸鎮，關內外止設二大將，祖大壽駐錦州，趙率教駐關門，身自居中駐寧遠。請罷寧遠及登萊巡撫不設，亦報可。二年六月，崇煥殺毛文龍。文龍鎮東江，朝廷視為意外之兵，不能時給餉，文龍因得以自籌之說，假通商名，往來海上，多販違禁物規利。建州所資於中國者，得之東江，而文龍亦多得建州所產參貂，賂遺朝貴，恒為閹黨所樂袒庇。既擁厚利，所集刁健不逞之徙極眾，建州亦頗有顧忌，而朝鮮亦賴以聯中朝之聲氣。崇煥蒞鎮，疏請遣部臣理東江餉。文龍惡文臣監製，抗疏駁之，崇煥不悅。尋文龍來謁，接以賓禮，文龍不讓，崇煥謀益決。至是以閱兵為名，泛海抵雙島，文龍來會。崇煥相與燕飲每至夜分，文龍不覺也。崇煥議更營製，設監司，文龍怫然。崇煥以歸鄉動之，文龍曰：“向有此意，但惟我知東事，東事畢，朝鮮衰弱，可襲而有也。”崇煥滋不怪，朝鮮最忠於明，明廷亦無謀襲朝鮮之意，而至末代之軍人，則多以此為厚自封殖之計，李成梁有此計，故益欲聯絡清太祖，毛文龍亦然，皆以糾集徙黨太眾，思開一新國土，以自雄於海外耳。遂以是月五日，邀文龍觀將士射。先設幄山上，伏甲士幄外，文龍至，其部卒不得人。崇煥曰：“予詰朝行，公當海外重寄，受予一拜。”交拜畢登山，因詰文龍違令數事，文龍抗辯，崇煥厲聲叱之，命去冠帶縶縛，文龍猶倔強，崇煥曰：“爾有十二斬罪，知之乎？祖製：大將在外，必命文臣監。爾專製一方，軍馬錢糧不受核。一當斬。人臣之罪，莫大欺君。爾奏報盡欺妄，殺瀕海難民冒功。二當斬。人臣無將，將則必誅。爾奏稱：‘牧馬登州，取南京如反掌。’大逆不道。三當斬。每歲餉銀數十萬，不以給兵，月止散米三鬥有半，侵盜軍糧。四當斬。擅開馬市於皮島，私通海外諸國。五當斬。部將數千人，悉冒己姓，副將以下，濫給劄付千，走卒輿夫盡金緋。六當斬。自寧遠剽掠商船，自為盜賊。七當斬。強取民間子女，不知紀極，部下效尤，人不安室。八當斬。驅難民遠竊人參，不從則幽之島上，僵臥死者，白骨如莽。九當斬。輦金京師，拜魏忠賢為父，塑冕旒像於島中。十當斬。鐵山之敗，喪軍無算，掩敗為功。十一當斬。開鎮八年，擁兵觀望，不能恢複寸土。十二當斬。”數畢，文龍噤不能置辯，但叩頭乞免。崇煥召諭其從官曰：“文龍罪狀當斬否？”皆惶怖唯唯，中有稱文龍數年勞苦者，崇煥叱退之，乃頓首請旨出尚方劍斬文龍於帳下。然後出諭其部卒曰：“誅止文龍，餘無罪。”皆不敢動。分其兵為四協，以文龍子承祚及副將陳繼盛等領之，犒軍士，檄撫諸島，盡除文龍虐政。還鎮，以其狀上聞，末言：“文龍大將，非臣得擅誅，謹席槁待罪。”上驟聞意殊駭，既念文龍已死，方任崇煥，乃優旨褒答。崇煥又上言：“文龍一匹夫，不法至此，以海外易為亂也，其眾合老稚四萬七千，妄稱十萬，且民多，兵不能二萬，妄設將領千，今不宜更置帥，即以副將陳繼盛攝之，於計便。”又慮部下為變，請增餉銀至十八萬。皆報可。
崇煥誅文龍一事，流傳失實之記載不可勝舉，至今人有為文龍抱屈，稱崇煥忌才者。然《史》文明白，合之《實錄》所見，於文龍之罪狀無疑也。但《史》又言：“文龍專閫海外，有跋扈聲，崇煥一旦除之，自謂可弭後患，然東江屹然巨鎮，文龍死，勢日衰弱，且島弁失主帥，心漸攜，益不可用，其後致有叛去者。”此為後來詆議誅毛為失計說之所由來。然此皆崇煥冤死後島兵變化之事實，若使崇煥久任以處其責，何至視劉興祚兄弟與陳繼盛相屠殺，而卒令耿仲明、孔有德、尚可喜蜚遂為清廷佐命哉？誅毛部署不過三閱月，崇煥已中清太宗反間，明廷自壞長城，反信高捷、袁弘勳、史蜚，為閹黨報仇，興大獄，以妄殺文龍陷輔臣錢龍錫。易代以後，流聞語尚不實，則審慎讀史者之少矣。
十月，建州兵毀邊牆人犯，崇煥人援。謗者以崇煥先有與建州通和之意，謂其招虜脅和，將為城下之盟。清太宗又授計叛將高鴻中，於軍中所獲宦官二人前故作耳語，雲：“今日撤兵，袁巡撫有密約，事可立就。”縱宦官歸，以聞於帝。遂再召見於平台，詰殺文龍事，縛付詔獄。祖大壽駭而毀關東奔，猶於獄中取崇煥手書召大壽，得無叛去。時閣臣錢龍錫持正，不悅閹黨。閹黨王永光複用，為吏部尚書，引同黨禦史高捷、史，為龍錫所扼，遂以龍錫與崇煥屢通書，訐議和，殺文龍為龍錫主使，並罷龍錫。時起用孫承宗禦建州兵，兵退。遂於三年八月磔崇煥，九月逮龍錫，十二月下龍錫獄。閹黨借議和誅毛，指崇煥為逆首，龍錫等為逆黨，謀更立一逆案，與前案相抵。內閣溫體仁、吏部王永光主其事，欲發自兵部，而兵部尚書梁廷棟不敢任而止，僅議：“龍錫大辟，決不待時。”帝不信龍錫逆謀，龍錫亦悉封上崇煥原書及所答書，帝令長係。明年，中允黃道周申救謫外，而帝亦詔所司再讞，減龍錫死，戍定海衛，在戍十二年，兩赦不原。其子請輸粟贖罪，周延儒當國，尼不行，南渡後始複官歸裏卒。崇禎宰相五十人，龍錫尚為賢者，崇禎初與劉鴻訓協心輔政，朝政稍清，兩人皆得罪去。崇煥則以邊事為己任，既被磔，兄弟妻子流三千裏，籍其家無餘貲，天下冤之。帝茫無主宰，而好作聰明，果於誅殺，使正人無一能任事，惟奸人能阿帝意而日促其一線僅存之命，所謂“君非亡國之君”者如此。二年之役，遼東大將趙率教、滿桂遇建州兵，先後皆戰死。
崇禎之處忠賢當矣，罷各邊鎮守，禁中官出禁門。創巨痛深，宜有此明斷。乃未幾又悉用閹，至日後並城迎闖之曹化淳，正為帝之所尊信者，帝猶自謂“非亡國之君”，此讀史者所可論定也。
元年正月，大計天下吏。楊維垣以禦史佐計，以東林與崔、魏並詆，並堅持三案。是時柄國者皆忠賢遺黨，無敢頌言東林者。編修倪元璐首上疏一再駁正維垣，當局以互相詆訾兩解之，而公論乃漸明矣。嗣是閣中閹黨黃立極、張瑞圖、施鳳來陸續罷。立極先以山陰監生胡煥猷劾之，不自安求去。楊維垣猶論煥猷疑出東林指使，帝為除煥猷名下吏，亦允立極去。五月，從倪元璐言，毀《三朝要典》，焚其板。閹黨侍講孫之獬聞之，詣閣大哭，天下笑之。之獬後降清，入《貳臣傳》。於是罹忠賢之禍者多贈官賜諡，東林始不負罪於世，而閹黨猶持朝局，動以計陷右東林者。二年三月，始定逆案，分別磔、斬、秋後處斬及充軍、坐、徙、革職、閑住各等罪名，共二百餘人，諸奸亦多漏網者，維垣名在充軍之列。
維垣於仇東林、翻逆案最力，為清流所深惡，然南都破後，能以一死了之；東林後輩，亦有降於闖軍，列於清廷者。鼎革之際，事多難言，惟皦然不汙者終以正人為多。
元年四月，起袁崇煥為兵部尚書，督師薊遼。崇煥以忤忠賢去，忠賢誅，王之臣被劾罷，廷臣爭請召崇煥，詔所司敦趣上道。七月至京師，召對平台，自任五年可複全遼，請勿令在朝諸臣以權力掣臣肘，以意見亂臣謀，帝悉從之，並假便宜賜尚方劍。崇煥又以前此熊廷弼、孫承宗皆為人排構，不竟其誌，上言：“恢複之計，不外臣昔年以遼人守遼土，以遼土養遼人，守為正著，戰為奇著，和為旁著之說。法在漸不在驟，在實不在虛，任而勿貳，信而勿疑。馭邊臣與廷臣異，軍中可驚可疑者殊多，但當論成敗之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，為怨實多，諸有利於封疆者，皆不利於此身者也，是以為邊臣甚難。臣非過慮，中有所危，不得不告。”帝優詔答之。八月抵關，適寧遠兵缺餉四月嘩變，先靖其亂，即裁並諸鎮，關內外止設二大將，祖大壽駐錦州，趙率教駐關門，身自居中駐寧遠。請罷寧遠及登萊巡撫不設，亦報可。二年六月，崇煥殺毛文龍。文龍鎮東江，朝廷視為意外之兵，不能時給餉，文龍因得以自籌之說，假通商名，往來海上，多販違禁物規利。建州所資於中國者，得之東江，而文龍亦多得建州所產參貂，賂遺朝貴，恒為閹黨所樂袒庇。既擁厚利，所集刁健不逞之徙極眾，建州亦頗有顧忌，而朝鮮亦賴以聯中朝之聲氣。崇煥蒞鎮，疏請遣部臣理東江餉。文龍惡文臣監製，抗疏駁之，崇煥不悅。尋文龍來謁，接以賓禮，文龍不讓，崇煥謀益決。至是以閱兵為名，泛海抵雙島，文龍來會。崇煥相與燕飲每至夜分，文龍不覺也。崇煥議更營製，設監司，文龍怫然。崇煥以歸鄉動之，文龍曰：“向有此意，但惟我知東事，東事畢，朝鮮衰弱，可襲而有也。”崇煥滋不怪，朝鮮最忠於明，明廷亦無謀襲朝鮮之意，而至末代之軍人，則多以此為厚自封殖之計，李成梁有此計，故益欲聯絡清太祖，毛文龍亦然，皆以糾集徙黨太眾，思開一新國土，以自雄於海外耳。遂以是月五日，邀文龍觀將士射。先設幄山上，伏甲士幄外，文龍至，其部卒不得人。崇煥曰：“予詰朝行，公當海外重寄，受予一拜。”交拜畢登山，因詰文龍違令數事，文龍抗辯，崇煥厲聲叱之，命去冠帶縶縛，文龍猶倔強，崇煥曰：“爾有十二斬罪，知之乎？祖製：大將在外，必命文臣監。爾專製一方，軍馬錢糧不受核。一當斬。人臣之罪，莫大欺君。爾奏報盡欺妄，殺瀕海難民冒功。二當斬。人臣無將，將則必誅。爾奏稱：‘牧馬登州，取南京如反掌。’大逆不道。三當斬。每歲餉銀數十萬，不以給兵，月止散米三鬥有半，侵盜軍糧。四當斬。擅開馬市於皮島，私通海外諸國。五當斬。部將數千人，悉冒己姓，副將以下，濫給劄付千，走卒輿夫盡金緋。六當斬。自寧遠剽掠商船，自為盜賊。七當斬。強取民間子女，不知紀極，部下效尤，人不安室。八當斬。驅難民遠竊人參，不從則幽之島上，僵臥死者，白骨如莽。九當斬。輦金京師，拜魏忠賢為父，塑冕旒像於島中。十當斬。鐵山之敗，喪軍無算，掩敗為功。十一當斬。開鎮八年，擁兵觀望，不能恢複寸土。十二當斬。”數畢，文龍噤不能置辯，但叩頭乞免。崇煥召諭其從官曰：“文龍罪狀當斬否？”皆惶怖唯唯，中有稱文龍數年勞苦者，崇煥叱退之，乃頓首請旨出尚方劍斬文龍於帳下。然後出諭其部卒曰：“誅止文龍，餘無罪。”皆不敢動。分其兵為四協，以文龍子承祚及副將陳繼盛等領之，犒軍士，檄撫諸島，盡除文龍虐政。還鎮，以其狀上聞，末言：“文龍大將，非臣得擅誅，謹席槁待罪。”上驟聞意殊駭，既念文龍已死，方任崇煥，乃優旨褒答。崇煥又上言：“文龍一匹夫，不法至此，以海外易為亂也，其眾合老稚四萬七千，妄稱十萬，且民多，兵不能二萬，妄設將領千，今不宜更置帥，即以副將陳繼盛攝之，於計便。”又慮部下為變，請增餉銀至十八萬。皆報可。
崇煥誅文龍一事，流傳失實之記載不可勝舉，至今人有為文龍抱屈，稱崇煥忌才者。然《史》文明白，合之《實錄》所見，於文龍之罪狀無疑也。但《史》又言：“文龍專閫海外，有跋扈聲，崇煥一旦除之，自謂可弭後患，然東江屹然巨鎮，文龍死，勢日衰弱，且島弁失主帥，心漸攜，益不可用，其後致有叛去者。”此為後來詆議誅毛為失計說之所由來。然此皆崇煥冤死後島兵變化之事實，若使崇煥久任以處其責，何至視劉興祚兄弟與陳繼盛相屠殺，而卒令耿仲明、孔有德、尚可喜蜚遂為清廷佐命哉？誅毛部署不過三閱月，崇煥已中清太宗反間，明廷自壞長城，反信高捷、袁弘勳、史蜚，為閹黨報仇，興大獄，以妄殺文龍陷輔臣錢龍錫。易代以後，流聞語尚不實，則審慎讀史者之少矣。
十月，建州兵毀邊牆人犯，崇煥人援。謗者以崇煥先有與建州通和之意，謂其招虜脅和，將為城下之盟。清太宗又授計叛將高鴻中，於軍中所獲宦官二人前故作耳語，雲：“今日撤兵，袁巡撫有密約，事可立就。”縱宦官歸，以聞於帝。遂再召見於平台，詰殺文龍事，縛付詔獄。祖大壽駭而毀關東奔，猶於獄中取崇煥手書召大壽，得無叛去。時閣臣錢龍錫持正，不悅閹黨。閹黨王永光複用，為吏部尚書，引同黨禦史高捷、史，為龍錫所扼，遂以龍錫與崇煥屢通書，訐議和，殺文龍為龍錫主使，並罷龍錫。時起用孫承宗禦建州兵，兵退。遂於三年八月磔崇煥，九月逮龍錫，十二月下龍錫獄。閹黨借議和誅毛，指崇煥為逆首，龍錫等為逆黨，謀更立一逆案，與前案相抵。內閣溫體仁、吏部王永光主其事，欲發自兵部，而兵部尚書梁廷棟不敢任而止，僅議：“龍錫大辟，決不待時。”帝不信龍錫逆謀，龍錫亦悉封上崇煥原書及所答書，帝令長係。明年，中允黃道周申救謫外，而帝亦詔所司再讞，減龍錫死，戍定海衛，在戍十二年，兩赦不原。其子請輸粟贖罪，周延儒當國，尼不行，南渡後始複官歸裏卒。崇禎宰相五十人，龍錫尚為賢者，崇禎初與劉鴻訓協心輔政，朝政稍清，兩人皆得罪去。崇煥則以邊事為己任，既被磔，兄弟妻子流三千裏，籍其家無餘貲，天下冤之。帝茫無主宰，而好作聰明，果於誅殺，使正人無一能任事，惟奸人能阿帝意而日促其一線僅存之命，所謂“君非亡國之君”者如此。二年之役，遼東大將趙率教、滿桂遇建州兵，先後皆戰死。