八月中旬，武昌城中的主要湘軍創始人羅澤南、王錱等，率領一幹湘鄉同鄉將領多人，離開武昌返回湘鄉。隨後陳玉成率領甲三師、彭玉麟率領甲七師和乙十師，投降的韋俊、張子鵬率領原本的太平水師一共四萬五千將士，於八月下旬攻破武昌城。曾國藩自盡，不過臨時前命手下的湘軍將士全部投降討虜軍，除了鮑超、李續宜、褚汝航和夏鑾四將忠於滿清，全部戰死外，其餘的湘軍將領，悉數歸降！另外還有俘虜的糊北巡撫青麟，也歸降聖國。
隨後，在九月初，甲三師和甲七師再加五千韋俊太平軍，一同進軍菏南，目前已經占領光州和信陽等地，正往南陽府、汝寧府和潁州府三地進軍。
而最西路的川蜀之地，梁立泰率甲四師、羅瓊樹率甲六師，一北一南，夾擊緟慶府城。沿長江一路攻占夔州府、忠州直隸州、石砫廳和敘州府、瀘州、永川江津等地，不過緟慶城堅固異常，到九月中旬，仍是一直未能攻克。
東路京杭大運河上，這一路討虜軍進軍最為坎坷曲折。
乙三師和乙六師以及石家兄弟率領的義一師，近四萬水陸將士，在過了長江後，得到太平軍水師黎振輝一部的投靠，大敗清兵於三汊河大營，合力攻破了江北大營，斬殺清軍四千餘人，俘虜九千餘人，繳獲無數。爾後，於九月上旬圍攻揚州城。
兩江總督怡良和欽差大臣托明阿兩人相互彈劾攻擊，惹怒了鹹豐，兩人均被罷免官職，去職留任。
由於揚州城內的糧食都運往江北大營，導致城內缺糧，守城的兩江總督怡良和一幹手下，從城內百姓身上搜刮錢糧，大肆搶掠，終於逼起揚州城內的地方豪族不堪重負，暗暗組織鄉民和團勇充當內應，聯絡城外的討虜軍一同攻城，在城內地方鄉勇的配合下，於九月中旬攻克揚州城。
江總督怡良吞金自盡，刑部侍郎雷以諴和提督陳金綬城破時戰死，總兵陳勝元和秦定三兩人投降討虜軍。而江南提督和春趁亂化妝逃走，投奔已經逃至寶應城的托明阿。
隨後，九月底，乙三師和乙六師以及投降的太平軍將士，一路攻占高郵、寶應等城，一路北上準備圍攻淮安府。
清妖派內閣學士勝保為統管黃淮軍務的欽差大臣，會同汕東巡撫崇恩等地方官吏，督兵趕到淮安府的黃河邊上的清河縣，為了攻擊討虜軍，清妖竟然不顧淮安的清江浦至板閘、楊家廟集和淮安府城這段運河沿線一帶，聚集有近六十萬人口，悍然決口黃河，水淹整個淮安府一帶的水係。
幸好，運河與黃河相通，板閘過後才，黃河之水才開始洶湧而下，衝入淮安城及各處密布的河網。盡管有板閘的阻擋限製，但畢竟是黃河之水決口，哪怕是小決口，依舊將本就低窪的整個淮安城區一帶淹沒。
幸而有少量甲十師的水師和太平軍水師黎振輝一部的大量船隻，討虜軍將士損失不是太慘，但仍舊讓乙三師和乙六師被洪水吞沒近一千五百餘人，軍糧和沿途的俘獲財物更是悉數被洪水衝走。
最為慘烈的是淮安府城外、運河沿岸的城鎮、村莊裏的百姓，有上十萬人家園被毀，上萬人被洪水衝走，數千浮屍水麵，而淮安府城內，幸得城牆阻擋，水勢上升較慢，但也死傷數千人。一時間，整個淮安府一帶，屍橫遍野，處處哭聲。而且，最關鍵的是，糧食沒了，洪水退去之後，馬上便麵臨著饑荒和瘟疫，隻怕到時死的人還要更多。
清妖的這一決口，確實達到了他們的目的，討虜軍無力再繼續北上進軍了。而淮安府知府恒廉率親信逃竄，山陽縣知縣顧思堯率領鄉紳百姓開淮安城投降討虜軍。雖然是不費吹灰之力地占領了淮安府城，但也接過了一個巨大的包袱。
不過，討虜軍在以林啟榮為首的將領率領下，組織營救。數百船隻四處搭救落難百姓，並將城中被淹百姓移往高處。
幸好，山陽知縣顧思堯倒算為民的清官，對於清廷如此做派，不顧百姓故意決口黃河，異常失望，又看見討虜軍將士對待百姓甚是關愛，便率領鄉勇，配合討虜軍將士，維護城內治安，積極安撫、營救百姓。
淮安府一帶在四年前便發生過一次黃河自然決口，當時洪澤湖、六塘河大溢，洪澤湖最高水位也讓淮安城進水，而鹹豐二年開始，淮北大旱，運河斷流，溝塘無水，地表開裂，遍野如焚。淮河流域又遭蝗災，飛蝗蔽日，黑壓壓，烏沉沉，滾作隱雷，過境處齒噬牙咬，禾苗草木俱盡。
遭災後的淮安，直到現在還沒恢複過來，又遇此次洪災，眾百姓本以為沒了活路，不想在討虜軍的積極賑災下，甚至將軍中的兵糧也拿了一半出來賑災，活人無數，讓淮安一帶的百姓活命無數。
於是乎，鄉野間奔走相告，人人憤怒清廷的殘暴罪惡，稱道聖國的寬厚仁慈，善待百姓，一時間，討虜軍聲勢大振，鄉民向討虜軍提供滿清的情報，各地駐防塘汛哨兵，被鄉民俘獲扣押，交送討虜軍處理。
待洪水退去，駐留在淮安府城一帶半個月的討虜軍，加入了二萬餘名山陽青壯充當勇壯脅從軍，一路隨行，往北征戰。
林啟榮等率討虜軍將士從洪澤湖和運河兩路殺出，進入黃河，將勝保率領的一萬不到的清兵殺得大敗。在淮安周邊百姓的擁護支持下，討虜軍兵分兩路，分別沿黃河和京杭大運河西進北上，進軍神速，乙三師和萬餘太平軍攻往徐州府城；乙六師和黎振輝水師加上山陽壯勇一路攻占宿遷、邳州，進入山東地界。
馮雲山看完南方討虜軍將士的進軍情況，一邊大喜一邊又為清妖的掘開黃河惱怒不已。
“鹹豐、勝保，你們做此等生靈塗炭之事，真是自掘墳墓！”馮雲山怒道。他是真的怒了，自己千方百計想要趕往黃河，為來年的黃河決口賑災準備，滿清倒好，竟然為了攻敵，人為地將黃河決口，此等天怒人怨之事，滿清不滅亡才怪。
左宗棠也忿然道：“陛下悲天憫人，實為仁明之主。如今微臣才體會到陛下當初不顧一切要北伐攻占黃河一代的苦心。”
馮雲山擺擺手，示意左宗棠不要再拍馬屁了，直接道：“朕的討虜軍數量如今看來，已經是不夠用了。占據的地方多了，四處都要用兵，兵力捉襟見肘。而且，朕要盡快平定中原，徹底掃清滿清勢力。季高，你有何良策？”
他的身邊，也隻有左宗棠富於謀略了，其餘的，即便是石達開、羅大綱，雖說戰術眼光可以，但謀略還是欠缺。而其他林鳳祥等將領，則隻能領兵打仗了。
因此，馮雲山得知曾國藩自盡，臨死前命手下歸降聖國，自然是大喜過望。他的手下人才濟濟，可都是後世曆史上證明了的。招來充當幕僚，最為合適不過了，而且，如今自己已然登基為帝，大義名分都在，不怕其拒絕。
原本對曾國藩殺害曾天養的仇恨，隨著其自盡加上最後的命湘軍將領歸降，也減少了不少。
“陛下，微臣以為，如今一方麵，可乘新朝新建，陛下登基的大好時機，在原本的南方幾省招兵，擴大討虜軍規模，同時令兵工廠抓緊生產火器，武裝軍隊。隻要招募一批地方駐兵變成，原本的如廣東軍區、糊南軍區等地方駐兵，悉數升格為野戰軍，合兵轉為乙等師，這樣便能迅速彌補兵力不足問題。”
“其二，便是全力招降滿清地方大員！此舉可謂一箭雙雕。”
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隨後，在九月初，甲三師和甲七師再加五千韋俊太平軍，一同進軍菏南，目前已經占領光州和信陽等地，正往南陽府、汝寧府和潁州府三地進軍。
而最西路的川蜀之地，梁立泰率甲四師、羅瓊樹率甲六師，一北一南，夾擊緟慶府城。沿長江一路攻占夔州府、忠州直隸州、石砫廳和敘州府、瀘州、永川江津等地，不過緟慶城堅固異常，到九月中旬，仍是一直未能攻克。
東路京杭大運河上，這一路討虜軍進軍最為坎坷曲折。
乙三師和乙六師以及石家兄弟率領的義一師，近四萬水陸將士，在過了長江後，得到太平軍水師黎振輝一部的投靠，大敗清兵於三汊河大營，合力攻破了江北大營，斬殺清軍四千餘人，俘虜九千餘人，繳獲無數。爾後，於九月上旬圍攻揚州城。
兩江總督怡良和欽差大臣托明阿兩人相互彈劾攻擊，惹怒了鹹豐，兩人均被罷免官職，去職留任。
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