後主名叫叔寶，字元秀，小字黃奴，是宣帝的嫡長子。梁朝承聖二年(553)十一月二十日，出生在江陵。第二年，魏朝平滅了江陵，宣帝遷都到長安，把後主留在穰城。天嘉三年(562)，回到建鄴，立為安成王的世子。光大二年(568)，逐步升遷為侍中。
太建元年(569)正月初四，立為皇太子。十四年(582)正月初十，宣帝逝世。十一日，始興王陳叔陵企圖纂位，被殺死。十三日，太子在太極前殿即皇帝位，實行大赦，在位的文武官員以及孝順友愛、努力耕田、做父親較晚的人，都賜給爵位一級，孤老鰥寡不能獨立生活的，每人賜穀五斛、帛二疋。十九日，以侍中、丹陽尹、長沙王陳叔堅為驃騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史。二十一日，尊皇後為皇太後。二十三日，立皇弟陳叔重為始興王，祭祀昭烈王。二十五日，立妃子沈氏為皇後。二十七日，立皇弟陳叔儼為尋陽王，陳叔慎為嶽陽王，陳叔達為義陽王，陳叔熊為巴山王，陳叔虞為武昌王。三十日，在太極前殿設立以布施為中心的佛家法會———無礙大會。
三月十九日，詔令朝內外眾官員凡在九品以上的，各舉薦一人。又下詔征求忠正言論，不要有什麽隱瞞忌諱。十五日，以新任命的翊左將軍永陽王陳伯智為尚書仆射。
夏季的四月二十三日，立皇子永康公陳胤為皇太子，賜天下做父親較晚的人爵位一級，王公以下賞帛多少不等。二十七日，發出詔令說：“鏤金銀簾、嬰兒蠟像、土木人、彩花之類，以及短窄輕稀的布帛，都是損傷財物毀壞生產的，尤其成為弊端。又僧尼道士，搞歪門邪道，不依照經典律條，社會上的胡亂祭祀、妖邪書籍等奇怪現象，都要詳細製定條例，一概加以禁絕。”
秋季的七月二十九日，實行大赦。本月，從建鄴到荊州，江水象血一樣顏色赤紅。
八月十二日，天空中有聲音好像是風和水互相激蕩。十四日，再次發生。
九月初五，在太極前殿設無礙大會，舍身苦行，不用車子和禦服。實行大赦。初十夜，天空東北有像昆蟲飛的聲音，漸漸移向西北。二十五日，任命驃騎大將軍、開府儀同三司、揚州刺史長沙王陳叔堅為司空，征南將軍、江州刺史豫章王陳叔英在本官號上加封開府儀同三司。
至德元年(583)春季的正月初三，實行大赦，改換年號。任命征南將軍、江州刺史豫章王陳叔英為中衛大將軍；任命司空、驃騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史長沙王陳叔堅為江州刺史，征東將軍、開府儀同三司、東揚州刺史司馬消難晉升稱號為車騎將軍。初五，立皇子陳琛為始安王。
秋季的八月初一，任命驃騎將軍、開府儀同三司長沙王陳叔堅為司空。
九月二十二日，天空的東南方有如同蟲飛的聲音。
冬季的十一月初三，立皇弟陳叔平為湘東王，陳叔敖為臨賀王，陳叔宣為陽山王，陳叔穆為西陽王，陳叔儉為安南王，陳叔澄為南郡王，陳叔興為沅陵王，陳叔韶為嶽山王，陳叔純為新興王。
十二月二十三日，頭和國派遣使者前來朝貢。司空、長沙王陳叔堅有罪而被免職。二十五日夜，天空裂開，自西北至東南，它的內部有青黃等各種顏色，隆隆地響，好像是雷聲。
二年春季的正月初四，分別派遣大使，巡察社會風俗。三十日，實行大赦。
夏季的五月二十七日，任命吏部尚書江總為尚書仆射。
秋季的七月二十二日，皇太子加冠冕，在位的文武官員賜帛數量不等。孝順友愛、努力耕田和為父較晚的，賜爵位一級；鰥寡病老不能自己生活的，每人贈穀五斛。
冬季的十一月初八，實行大赦。本月，盤盤、百濟國都派遣使者前來朝貢。
三年春季的正月初一，發生日食。十三日，鎮左將軍長沙王陳叔堅依本官號加封開府儀同三司。
三月初五，前豐州刺史章大寶起兵反叛。
夏季的四月二十四日，豐州義軍的軍主陳景祥殺死章大寶，把人頭傳送到建鄴。
冬季的十月初六，丹丹國派遣使者前來朝貢。
十一月初七，詔令修複孔子廟。二十九日，視察長幹寺，實行大赦。
十二月二十一日，高麗國派遣使者前來朝貢。
本年，梁明帝逝世。
四年春季的正月初三，詔令王公以下官員各自舉薦所了解的賢人，不計較身份的低微。
二月十五日，立皇弟陳叔謨為巴東王，陳叔顯為臨江王，陳叔坦為新會王，陳叔隆為新寧王。
夏季的五月初七，立皇子陳莊為會稽王。
秋季的九月十七日，駕臨玄武湖，視察軍艦檢閱軍隊。三十日，百濟國派遣使者前來朝貢。
冬季的十月十六日，任命尚書仆射江總為尚書令，吏部尚書謝亻由為尚書仆射。
十一月初三，實行大赦。
禎明元年(587)春季的正月初三，實行大赦，改換年號。二十日，發生地震。
秋季的九月十八日，梁朝的太傅安平王陳岩、荊州刺史蕭王獻，派遣他們的都官尚書沈君公到荊州刺史陳慧紀那裏請求投降。十九日，蕭岩等率領他們的文武官員和男女眾人渡過長江。二十二日，實行大赦。
冬季的十一月初五，任命蕭岩為平東將軍、開府儀同三司、東揚州刺史。十六日，任命驃騎大將軍、開府儀同三司豫章王陳叔英為兼司徒。
十二月十六日，任命前鎮衛大將軍、開府儀同三司、東揚州刺史鄱陽王陳伯山為鎮衛大將軍、開府儀同三司。
二年春季的正月十一日，立皇子陳籉為東陽王，陳恬為錢塘王。
夏季的四月初十，有一大群老鼠無數隻，從蔡州的江岸進入石頭城，渡過淮河到達青塘兩岸，不幾天自己死去，隨著長江流水漂出長江。本月，郢州的南浦水黑得像墨一樣。
五月二十六日，東冶鑄造鐵器，有一個赤色的東西，有幾升大小，從天上落到了熔爐中，發出像雷一樣的隆隆聲，鐵器又飛出牆外，燒了居民的宅院。
六月初一，扶南國派遣使者前來朝貢。初三，把皇太子陳胤廢黜為吳興王，立揚州刺史始安王陳琛為皇太子。初四，任命太子詹事袁憲為尚書仆射。二初十，大風從西北激起浪濤，水進入石頭城，淮河暴漲，淹沒了舟船。
冬季十月初三，立皇子陳藩為吳王。十三日，駕臨莫府山，進行大型狩獵。
十一月初二，詔令限定日期在大政殿審理案件。十一日，立皇弟陳叔榮為新昌王，陳叔匡為太原王。
起初隋文帝受周朝的禪讓，十分努力與鄰邦修好，宣帝並不怎麽防範侵掠。太建末年，隋兵大舉行動，聽說宣帝去世，便命令回軍，派遣使者前往吊祭，用平等國家的禮節，書信稱姓名頓首，而後主越發驕傲，在書信的末尾說：“想來你們那裏統馭內部如果適當，這宇宙就會清靜太平。”隋文帝很不高興，把它拿給朝臣看。清河公楊素認為這是君主的恥辱，跪拜請罪，他和襄邑公賀若弼都奮力要求興兵討伐。後來副使袁彥到隋朝聘問，私下裏把隋文帝的相貌畫下來帶回朝中，後主見了，大驚說：“我不願意見到這個人。”每次陳朝派遣間諜，隋文帝都送給衣服馬匹，以禮相待，打發他們返回。
後主更加驕傲了，不擔心境外的患難，荒於酒色，不問政事，左右得到寵幸、帶玉耳飾穿貂皮衣的小人有五十個，跟隨身邊的容貌美麗、衣服華豔、姿態巧媚的女子一千多人。經常讓張貴妃、孔貴人等八人夾坐在兩邊，江總、孔範等十人一起宴飲，號稱“狎客”。首先讓八個婦人折疊彩紙，自己寫一首五言詩，十個文人同時接續唱和，誰遲了就罰酒。君臣酣飲，從晚上直到早晨，以此作為常事。他還大修宮室，無休無止。在江麵和市場上征稅，名目百種，刑罰嚴酷繁多，牢獄經常塞滿。
覆舟山和蔣山的柏樹林，冬季常常有許多汁液泌出，後主認為是祥瑞的甘露。在這前後災害很多。有個神人自稱是老子，漫遊京城，和人對麵說話而不見身影，預言吉凶大多應驗，得到酒就喝光，過了三四年才離去。有一隻船的下麵有聲音說“明年亂”。仔細一看，有一個嬰兒，身長三尺而沒有頭。蔣山的各種鳥扇動著兩個翅膀來呼應，說“奈何帝！奈何帝”！又建鄴城無故自己損壞。有青龍飛出建陽門，井中湧出霧氣，幹旱而不生五穀的地上生出黑白毛，大風吹毀了朱雀門，臨平湖中的草原來阻塞，忽然自己暢通。後主又夢見有穿黃衣服的人圍城，於是便全部除掉了環繞城市的橘樹。又看見一條大蛇從中間分開，頭尾各自行走。他在夜裏要酒喝，忽然卻變成了血。有血灑在台階上，又弄到坐床的頭上而起火。有狐狸鑽入他的床下，去捉它卻又看不見了。後主以為是反常的妖異，於是便自己賣身到佛寺中為奴來消災。他在外城內大皇佛寺建了一座七層塔，還沒有建成，火從裏麵燒起來，飛到石頭城，燒死的人很多。又在湘州采伐木材，準備建造正寢，木筏行到牛渚磯，全部沉沒在水中，不久一個漁夫看見木筏漂在海上。新蓋起了一座齊雲觀，京城的人有歌謠說：“齊雲觀，寇來無際畔。”當初在北齊末年，各台省的長官多稱為省主，不久就滅亡了。到現在整個朝廷也有這種說法，有識者認為省主，就是主將被省的征兆。
隋文帝對仆射高赹說：“我是百姓的父母，難道可以被一衣帶水阻隔而不去拯救他們嗎？”就命令大造戰船。有人請求保守秘密，隋文帝說：“我將要公開按照天意進行討伐，有什麽秘密要保？讓人把削下的木片投到江中，如果他們能改悔，我又有什麽要求？”等到接受了蕭王獻、蕭岩的投降，隋文帝越發憤怒，以晉王楊廣為元帥，督統八十總管進行討伐。派人送去了蓋有玉璽的信，揭露後主的二十條罪惡。又散發詔書，寫成三十萬張，遍撒江外，讓人們都知道。
各路軍隊沿江而下，江邊鎮守的軍將相繼奏知朝廷。新任命的湘州刺史施文慶、中書舍人沈客卿掌管機密，都把情報扣下而不上報。
起初蕭岩、蕭王獻前來，德教學士沈君道夢見殿前有個高個子的人，紅衣服武士冠，頭露出欄杆上麵，捋起袖子憤怒地說：“怎麽忽然被叛徒蕭氏誤了大事！”後主聽說後，很忌諱二蕭，所以把他們的兵眾遠遠地分散開，以蕭岩為東揚州刺史，蕭王獻為吳州刺史。讓領軍任忠出京任吳興郡太守，以便像襟帶一樣環繞二州。派南平王陳嶷鎮守江州，永嘉王陳彥鎮守南徐州。不久又召二王趕回來準備明年元旦皇帝朝見群臣的元會，命令沿江的各防禦艦船，全部跟隨二王回到京城來造成威勢，用以顯示給前來的梁人看，因此江中已經沒有一隻戰船。上遊各州的兵，都因為在阻止楊素的軍隊而不能到來。京城的帶甲戰士還有十餘萬人。等到聽說隋軍到了江中，後主說：“王氣在此，齊兵三度來犯，周兵兩次到達，無不被摧毀。敵人現在來侵，必然自遭失敗。”孔範也說沒有渡江的可能。隻是繼續觀看伎人奏樂和縱情飲酒，共同作詩不停。
禎明三年春季的正月初一，舉行朝會，大霧彌漫四方，進入人的鼻孔都感到酸辣。後主昏然睡去，到傍晚時候才醒。這一天，隋將賀若弼從北麵的廣陵渡江，韓擒虎前往橫江渡江，分兵於清晨襲擊采石，將它攻占。又進軍占領姑熟，駐紮在新林。當時賀若弼攻下京口，沿江各個據點的守軍全都望風逃走，賀若弼分兵截斷曲阿的要衝而攻入。初二，采石的守軍主將徐子建趕到，報告了情況的變化。初四，下詔書說：“鬼子猖狂，已侵占近郊，蜂蠍有毒，應及時掃除，朕一定要親自率領六軍，肅清八方敵寇，京城內外全部可以戒嚴。”於是任命蕭摩訶為皇畿大都督，樊猛為上遊大都督，樊毅為下遊大都督，司馬消難、施文慶都為大監軍，重重地立下賞格，分兵鎮守要害，僧尼道士全都參加服務。
初六，賀若弼攻陷南徐州。初七，韓擒虎又攻陷了南豫州。隋軍南北道並進。十七日，賀若弼進軍鍾山，駐紮在白土岡的東南麵，眾軍潰敗。賀若弼乘勝進軍宮城，火燒北掖門。這時候，韓擒虎率領軍兵從新林到石子岡，鎮東大將軍任忠出城投降韓擒虎，又引導韓擒虎經過朱雀航奔向宮城，從南掖門進入。城內文武百官都逃出去了，隻有尚書仆射袁憲、後閣舍人夏侯公韻在旁邊侍候。袁憲勸他端坐在殿上，麵色嚴肅地等待他們。後主說：“刀劍砍下來，來不及抵擋，我自有辦法。”便逃到了井裏。兩人苦苦勸諫而不聽從，就用身體把井擋住，後主與他們爭了好久才得以進入。沈皇後的居住、舉止和平時一樣。太子陳琛年齡十五歲，關上門坐在裏邊，舍人孔伯魚在旁邊侍候。軍士敲門闖入，陳琛安然坐在那裏慰勞他們說：“軍旅長在路途中，沒有能夠前去慰勞。”隨後軍人窺視井中而進行呼叫，後主不答應。後來要把石頭投下去，才聽到叫聲。他們用繩子往上拉他，很驚奇他體重過大，等到出來一看，原來是與張貴妃、孔貴人三個人一同乘著繩子上來。隋文帝聽說後非常吃驚。開府鮑宏說：“東井在天文上的分野是秦地，現在是京城所在的地方，投井大概是天意吧！”先前江東民謠經常唱王獻之的《桃葉辭》，說：“桃葉複桃葉，渡江不用楫，但渡無所苦，我自迎接汝。”等到晉王楊廣駐軍在六合鎮，那座山叫做桃葉，果然是乘坐著陳朝的船渡江的。二十二日，晉王楊廣進入並占據台城，把後主送到了東宮。
三月初六，後主和王公百官，一同從建鄴出發，前往長安。隋文帝臨時分出京城居民的房舍來等候他們，內外修整，派遣使者迎接和慰勞他們，陳朝人謳歌詠歎，忘記了他們的亡國。使者回來上奏說：“從後主往下，大大小小走在路上，五百裏綿綿不絕。”隋文帝歎息說：“竟然到了這種地步。”等到了京城，把陳朝的車服器物擺放在庭院中，引導後主走到前麵，還有前後兩個太子、各個叔伯兄弟兒子當中做王的，共二十八人；司空司馬消難、尚書令江總、仆射袁憲、驃騎蕭摩訶、護軍樊毅、中領軍魯廣達、鎮軍將軍任忠、吏部尚書姚察、侍中中書令蔡征、左衛將軍樊猛，自尚書郎以上二百多人，文帝讓納言宣讀詔書慰勞他們。然後又讓內史令宣讀詔書指責後主，後主伏在地上屏住呼吸不能對答，才被寬免。隋文帝詔令陳朝的武、文、宣三個皇帝的陵墓，總共派給五戶分別守護。
起初，武帝剛即位，當天夜裏奉朝請史普在殿中值勤，夢見有人從天上下來，引導和隨從的人有幾十個，到了太極殿前麵，麵向北方拿著玉冊金字說：“陳氏五個皇帝共三十二年。”後來後主在東宮的時候，有個婦女突然進來，唱道：“畢國主。”有一群鳥都是一隻腳，聚集在他的大殿庭院中，用嘴劃地成為文字，說：“獨足上高台，盛草變為灰，欲知我家處，朱門當水開。”能解的人認為獨足就是指後主獨自行事沒有群眾，盛草是說荒蕪，隋朝承的是火運，草得到火而變為灰，等到了京城，和他的家屬在都水台建立館舍，就是所謂上高台擋水了。那些話都應驗了。還有人說後主名叫叔寶，反語為“少福”，也是敗亡的征兆。
後主被寬免以後，隋文帝賜給的東西十分豐厚，多次得到引見，等級和三品官相同。常常參加宴會，恐怕會引起他的傷心，所以不奏吳地音樂。後來監管者上奏道：“陳叔寶說：‘現在沒有官職級別，又常常參加朝廷的集會，所以希望得到一個官號。’”隋文帝說：“陳叔寶全無心肝。”監管者又說：“陳叔寶經常沉醉，很少有醒的時候。”隋文帝讓人節製他的酒量，稍後又說：“隨他的性子吧，不然，怎麽過日子呢？”不久，文帝又問監管者陳叔寶嗜好什麽東西。回答說：“愛吃驢肉。”問他飲酒多少，回答說：“和他的子弟每天飲一石。”隋文帝大驚。後來隨從東巡，登芒山，陪同飲酒，並且賦詩說：“日月光天德，山川壯帝居，太平無以報，願上東封書。”並且上表請求封禪，隋文帝寬厚地下詔謙讓而不答應。後來跟隨到了仁壽宮，常常陪從宴會，等他出去，隋文帝看著他說：“這樣的失敗還不是因為酒麽，用那些作詩的功夫，何如考慮安定天下大事！當賀若弼渡過京口的時候，那邊的人秘密寫信告急，陳叔寶為了飲酒，便沒有看它，高赹到的時候，還看見信放在床下邊，沒有打開信封。這也是可笑的，看來是天意要它滅亡的。從前苻氏征伐取得各個國家，都是讓它的國主榮華富貴。如果想要求名，就不知道違背天命，給他官做，就是違背天命的。”
隋文帝因為陳氏的子弟太多，恐怕京城難以安排，都分別給安置在各個州縣，每年賜給衣服以安撫和保全他們。
後主於隋朝的仁壽四年(604)十一月二十日，在洛陽去世，當時年齡五十二歲。追贈為大將軍，封為長城縣公，諡號叫作煬。葬在河南洛陽的芒山。
太建元年(569)正月初四，立為皇太子。十四年(582)正月初十，宣帝逝世。十一日，始興王陳叔陵企圖纂位，被殺死。十三日，太子在太極前殿即皇帝位，實行大赦，在位的文武官員以及孝順友愛、努力耕田、做父親較晚的人，都賜給爵位一級，孤老鰥寡不能獨立生活的，每人賜穀五斛、帛二疋。十九日，以侍中、丹陽尹、長沙王陳叔堅為驃騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史。二十一日，尊皇後為皇太後。二十三日，立皇弟陳叔重為始興王，祭祀昭烈王。二十五日，立妃子沈氏為皇後。二十七日，立皇弟陳叔儼為尋陽王，陳叔慎為嶽陽王，陳叔達為義陽王，陳叔熊為巴山王，陳叔虞為武昌王。三十日，在太極前殿設立以布施為中心的佛家法會———無礙大會。
三月十九日，詔令朝內外眾官員凡在九品以上的，各舉薦一人。又下詔征求忠正言論，不要有什麽隱瞞忌諱。十五日，以新任命的翊左將軍永陽王陳伯智為尚書仆射。
夏季的四月二十三日，立皇子永康公陳胤為皇太子，賜天下做父親較晚的人爵位一級，王公以下賞帛多少不等。二十七日，發出詔令說：“鏤金銀簾、嬰兒蠟像、土木人、彩花之類，以及短窄輕稀的布帛，都是損傷財物毀壞生產的，尤其成為弊端。又僧尼道士，搞歪門邪道，不依照經典律條，社會上的胡亂祭祀、妖邪書籍等奇怪現象，都要詳細製定條例，一概加以禁絕。”
秋季的七月二十九日，實行大赦。本月，從建鄴到荊州，江水象血一樣顏色赤紅。
八月十二日，天空中有聲音好像是風和水互相激蕩。十四日，再次發生。
九月初五，在太極前殿設無礙大會，舍身苦行，不用車子和禦服。實行大赦。初十夜，天空東北有像昆蟲飛的聲音，漸漸移向西北。二十五日，任命驃騎大將軍、開府儀同三司、揚州刺史長沙王陳叔堅為司空，征南將軍、江州刺史豫章王陳叔英在本官號上加封開府儀同三司。
至德元年(583)春季的正月初三，實行大赦，改換年號。任命征南將軍、江州刺史豫章王陳叔英為中衛大將軍；任命司空、驃騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史長沙王陳叔堅為江州刺史，征東將軍、開府儀同三司、東揚州刺史司馬消難晉升稱號為車騎將軍。初五，立皇子陳琛為始安王。
秋季的八月初一，任命驃騎將軍、開府儀同三司長沙王陳叔堅為司空。
九月二十二日，天空的東南方有如同蟲飛的聲音。
冬季的十一月初三，立皇弟陳叔平為湘東王，陳叔敖為臨賀王，陳叔宣為陽山王，陳叔穆為西陽王，陳叔儉為安南王，陳叔澄為南郡王，陳叔興為沅陵王，陳叔韶為嶽山王，陳叔純為新興王。
十二月二十三日，頭和國派遣使者前來朝貢。司空、長沙王陳叔堅有罪而被免職。二十五日夜，天空裂開，自西北至東南，它的內部有青黃等各種顏色，隆隆地響，好像是雷聲。
二年春季的正月初四，分別派遣大使，巡察社會風俗。三十日，實行大赦。
夏季的五月二十七日，任命吏部尚書江總為尚書仆射。
秋季的七月二十二日，皇太子加冠冕，在位的文武官員賜帛數量不等。孝順友愛、努力耕田和為父較晚的，賜爵位一級；鰥寡病老不能自己生活的，每人贈穀五斛。
冬季的十一月初八，實行大赦。本月，盤盤、百濟國都派遣使者前來朝貢。
三年春季的正月初一，發生日食。十三日，鎮左將軍長沙王陳叔堅依本官號加封開府儀同三司。
三月初五，前豐州刺史章大寶起兵反叛。
夏季的四月二十四日，豐州義軍的軍主陳景祥殺死章大寶，把人頭傳送到建鄴。
冬季的十月初六，丹丹國派遣使者前來朝貢。
十一月初七，詔令修複孔子廟。二十九日，視察長幹寺，實行大赦。
十二月二十一日，高麗國派遣使者前來朝貢。
本年，梁明帝逝世。
四年春季的正月初三，詔令王公以下官員各自舉薦所了解的賢人，不計較身份的低微。
二月十五日，立皇弟陳叔謨為巴東王，陳叔顯為臨江王，陳叔坦為新會王，陳叔隆為新寧王。
夏季的五月初七，立皇子陳莊為會稽王。
秋季的九月十七日，駕臨玄武湖，視察軍艦檢閱軍隊。三十日，百濟國派遣使者前來朝貢。
冬季的十月十六日，任命尚書仆射江總為尚書令，吏部尚書謝亻由為尚書仆射。
十一月初三，實行大赦。
禎明元年(587)春季的正月初三，實行大赦，改換年號。二十日，發生地震。
秋季的九月十八日，梁朝的太傅安平王陳岩、荊州刺史蕭王獻，派遣他們的都官尚書沈君公到荊州刺史陳慧紀那裏請求投降。十九日，蕭岩等率領他們的文武官員和男女眾人渡過長江。二十二日，實行大赦。
冬季的十一月初五，任命蕭岩為平東將軍、開府儀同三司、東揚州刺史。十六日，任命驃騎大將軍、開府儀同三司豫章王陳叔英為兼司徒。
十二月十六日，任命前鎮衛大將軍、開府儀同三司、東揚州刺史鄱陽王陳伯山為鎮衛大將軍、開府儀同三司。
二年春季的正月十一日，立皇子陳籉為東陽王，陳恬為錢塘王。
夏季的四月初十，有一大群老鼠無數隻，從蔡州的江岸進入石頭城，渡過淮河到達青塘兩岸，不幾天自己死去，隨著長江流水漂出長江。本月，郢州的南浦水黑得像墨一樣。
五月二十六日，東冶鑄造鐵器，有一個赤色的東西，有幾升大小，從天上落到了熔爐中，發出像雷一樣的隆隆聲，鐵器又飛出牆外，燒了居民的宅院。
六月初一，扶南國派遣使者前來朝貢。初三，把皇太子陳胤廢黜為吳興王，立揚州刺史始安王陳琛為皇太子。初四，任命太子詹事袁憲為尚書仆射。二初十，大風從西北激起浪濤，水進入石頭城，淮河暴漲，淹沒了舟船。
冬季十月初三，立皇子陳藩為吳王。十三日，駕臨莫府山，進行大型狩獵。
十一月初二，詔令限定日期在大政殿審理案件。十一日，立皇弟陳叔榮為新昌王，陳叔匡為太原王。
起初隋文帝受周朝的禪讓，十分努力與鄰邦修好，宣帝並不怎麽防範侵掠。太建末年，隋兵大舉行動，聽說宣帝去世，便命令回軍，派遣使者前往吊祭，用平等國家的禮節，書信稱姓名頓首，而後主越發驕傲，在書信的末尾說：“想來你們那裏統馭內部如果適當，這宇宙就會清靜太平。”隋文帝很不高興，把它拿給朝臣看。清河公楊素認為這是君主的恥辱，跪拜請罪，他和襄邑公賀若弼都奮力要求興兵討伐。後來副使袁彥到隋朝聘問，私下裏把隋文帝的相貌畫下來帶回朝中，後主見了，大驚說：“我不願意見到這個人。”每次陳朝派遣間諜，隋文帝都送給衣服馬匹，以禮相待，打發他們返回。
後主更加驕傲了，不擔心境外的患難，荒於酒色，不問政事，左右得到寵幸、帶玉耳飾穿貂皮衣的小人有五十個，跟隨身邊的容貌美麗、衣服華豔、姿態巧媚的女子一千多人。經常讓張貴妃、孔貴人等八人夾坐在兩邊，江總、孔範等十人一起宴飲，號稱“狎客”。首先讓八個婦人折疊彩紙，自己寫一首五言詩，十個文人同時接續唱和，誰遲了就罰酒。君臣酣飲，從晚上直到早晨，以此作為常事。他還大修宮室，無休無止。在江麵和市場上征稅，名目百種，刑罰嚴酷繁多，牢獄經常塞滿。
覆舟山和蔣山的柏樹林，冬季常常有許多汁液泌出，後主認為是祥瑞的甘露。在這前後災害很多。有個神人自稱是老子，漫遊京城，和人對麵說話而不見身影，預言吉凶大多應驗，得到酒就喝光，過了三四年才離去。有一隻船的下麵有聲音說“明年亂”。仔細一看，有一個嬰兒，身長三尺而沒有頭。蔣山的各種鳥扇動著兩個翅膀來呼應，說“奈何帝！奈何帝”！又建鄴城無故自己損壞。有青龍飛出建陽門，井中湧出霧氣，幹旱而不生五穀的地上生出黑白毛，大風吹毀了朱雀門，臨平湖中的草原來阻塞，忽然自己暢通。後主又夢見有穿黃衣服的人圍城，於是便全部除掉了環繞城市的橘樹。又看見一條大蛇從中間分開，頭尾各自行走。他在夜裏要酒喝，忽然卻變成了血。有血灑在台階上，又弄到坐床的頭上而起火。有狐狸鑽入他的床下，去捉它卻又看不見了。後主以為是反常的妖異，於是便自己賣身到佛寺中為奴來消災。他在外城內大皇佛寺建了一座七層塔，還沒有建成，火從裏麵燒起來，飛到石頭城，燒死的人很多。又在湘州采伐木材，準備建造正寢，木筏行到牛渚磯，全部沉沒在水中，不久一個漁夫看見木筏漂在海上。新蓋起了一座齊雲觀，京城的人有歌謠說：“齊雲觀，寇來無際畔。”當初在北齊末年，各台省的長官多稱為省主，不久就滅亡了。到現在整個朝廷也有這種說法，有識者認為省主，就是主將被省的征兆。
隋文帝對仆射高赹說：“我是百姓的父母，難道可以被一衣帶水阻隔而不去拯救他們嗎？”就命令大造戰船。有人請求保守秘密，隋文帝說：“我將要公開按照天意進行討伐，有什麽秘密要保？讓人把削下的木片投到江中，如果他們能改悔，我又有什麽要求？”等到接受了蕭王獻、蕭岩的投降，隋文帝越發憤怒，以晉王楊廣為元帥，督統八十總管進行討伐。派人送去了蓋有玉璽的信，揭露後主的二十條罪惡。又散發詔書，寫成三十萬張，遍撒江外，讓人們都知道。
各路軍隊沿江而下，江邊鎮守的軍將相繼奏知朝廷。新任命的湘州刺史施文慶、中書舍人沈客卿掌管機密，都把情報扣下而不上報。
起初蕭岩、蕭王獻前來，德教學士沈君道夢見殿前有個高個子的人，紅衣服武士冠，頭露出欄杆上麵，捋起袖子憤怒地說：“怎麽忽然被叛徒蕭氏誤了大事！”後主聽說後，很忌諱二蕭，所以把他們的兵眾遠遠地分散開，以蕭岩為東揚州刺史，蕭王獻為吳州刺史。讓領軍任忠出京任吳興郡太守，以便像襟帶一樣環繞二州。派南平王陳嶷鎮守江州，永嘉王陳彥鎮守南徐州。不久又召二王趕回來準備明年元旦皇帝朝見群臣的元會，命令沿江的各防禦艦船，全部跟隨二王回到京城來造成威勢，用以顯示給前來的梁人看，因此江中已經沒有一隻戰船。上遊各州的兵，都因為在阻止楊素的軍隊而不能到來。京城的帶甲戰士還有十餘萬人。等到聽說隋軍到了江中，後主說：“王氣在此，齊兵三度來犯，周兵兩次到達，無不被摧毀。敵人現在來侵，必然自遭失敗。”孔範也說沒有渡江的可能。隻是繼續觀看伎人奏樂和縱情飲酒，共同作詩不停。
禎明三年春季的正月初一，舉行朝會，大霧彌漫四方，進入人的鼻孔都感到酸辣。後主昏然睡去，到傍晚時候才醒。這一天，隋將賀若弼從北麵的廣陵渡江，韓擒虎前往橫江渡江，分兵於清晨襲擊采石，將它攻占。又進軍占領姑熟，駐紮在新林。當時賀若弼攻下京口，沿江各個據點的守軍全都望風逃走，賀若弼分兵截斷曲阿的要衝而攻入。初二，采石的守軍主將徐子建趕到，報告了情況的變化。初四，下詔書說：“鬼子猖狂，已侵占近郊，蜂蠍有毒，應及時掃除，朕一定要親自率領六軍，肅清八方敵寇，京城內外全部可以戒嚴。”於是任命蕭摩訶為皇畿大都督，樊猛為上遊大都督，樊毅為下遊大都督，司馬消難、施文慶都為大監軍，重重地立下賞格，分兵鎮守要害，僧尼道士全都參加服務。
初六，賀若弼攻陷南徐州。初七，韓擒虎又攻陷了南豫州。隋軍南北道並進。十七日，賀若弼進軍鍾山，駐紮在白土岡的東南麵，眾軍潰敗。賀若弼乘勝進軍宮城，火燒北掖門。這時候，韓擒虎率領軍兵從新林到石子岡，鎮東大將軍任忠出城投降韓擒虎，又引導韓擒虎經過朱雀航奔向宮城，從南掖門進入。城內文武百官都逃出去了，隻有尚書仆射袁憲、後閣舍人夏侯公韻在旁邊侍候。袁憲勸他端坐在殿上，麵色嚴肅地等待他們。後主說：“刀劍砍下來，來不及抵擋，我自有辦法。”便逃到了井裏。兩人苦苦勸諫而不聽從，就用身體把井擋住，後主與他們爭了好久才得以進入。沈皇後的居住、舉止和平時一樣。太子陳琛年齡十五歲，關上門坐在裏邊，舍人孔伯魚在旁邊侍候。軍士敲門闖入，陳琛安然坐在那裏慰勞他們說：“軍旅長在路途中，沒有能夠前去慰勞。”隨後軍人窺視井中而進行呼叫，後主不答應。後來要把石頭投下去，才聽到叫聲。他們用繩子往上拉他，很驚奇他體重過大，等到出來一看，原來是與張貴妃、孔貴人三個人一同乘著繩子上來。隋文帝聽說後非常吃驚。開府鮑宏說：“東井在天文上的分野是秦地，現在是京城所在的地方，投井大概是天意吧！”先前江東民謠經常唱王獻之的《桃葉辭》，說：“桃葉複桃葉，渡江不用楫，但渡無所苦，我自迎接汝。”等到晉王楊廣駐軍在六合鎮，那座山叫做桃葉，果然是乘坐著陳朝的船渡江的。二十二日，晉王楊廣進入並占據台城，把後主送到了東宮。
三月初六，後主和王公百官，一同從建鄴出發，前往長安。隋文帝臨時分出京城居民的房舍來等候他們，內外修整，派遣使者迎接和慰勞他們，陳朝人謳歌詠歎，忘記了他們的亡國。使者回來上奏說：“從後主往下，大大小小走在路上，五百裏綿綿不絕。”隋文帝歎息說：“竟然到了這種地步。”等到了京城，把陳朝的車服器物擺放在庭院中，引導後主走到前麵，還有前後兩個太子、各個叔伯兄弟兒子當中做王的，共二十八人；司空司馬消難、尚書令江總、仆射袁憲、驃騎蕭摩訶、護軍樊毅、中領軍魯廣達、鎮軍將軍任忠、吏部尚書姚察、侍中中書令蔡征、左衛將軍樊猛，自尚書郎以上二百多人，文帝讓納言宣讀詔書慰勞他們。然後又讓內史令宣讀詔書指責後主，後主伏在地上屏住呼吸不能對答，才被寬免。隋文帝詔令陳朝的武、文、宣三個皇帝的陵墓，總共派給五戶分別守護。
起初，武帝剛即位，當天夜裏奉朝請史普在殿中值勤，夢見有人從天上下來，引導和隨從的人有幾十個，到了太極殿前麵，麵向北方拿著玉冊金字說：“陳氏五個皇帝共三十二年。”後來後主在東宮的時候，有個婦女突然進來，唱道：“畢國主。”有一群鳥都是一隻腳，聚集在他的大殿庭院中，用嘴劃地成為文字，說：“獨足上高台，盛草變為灰，欲知我家處，朱門當水開。”能解的人認為獨足就是指後主獨自行事沒有群眾，盛草是說荒蕪，隋朝承的是火運，草得到火而變為灰，等到了京城，和他的家屬在都水台建立館舍，就是所謂上高台擋水了。那些話都應驗了。還有人說後主名叫叔寶，反語為“少福”，也是敗亡的征兆。
後主被寬免以後，隋文帝賜給的東西十分豐厚，多次得到引見，等級和三品官相同。常常參加宴會，恐怕會引起他的傷心，所以不奏吳地音樂。後來監管者上奏道：“陳叔寶說：‘現在沒有官職級別，又常常參加朝廷的集會，所以希望得到一個官號。’”隋文帝說：“陳叔寶全無心肝。”監管者又說：“陳叔寶經常沉醉，很少有醒的時候。”隋文帝讓人節製他的酒量，稍後又說：“隨他的性子吧，不然，怎麽過日子呢？”不久，文帝又問監管者陳叔寶嗜好什麽東西。回答說：“愛吃驢肉。”問他飲酒多少，回答說：“和他的子弟每天飲一石。”隋文帝大驚。後來隨從東巡，登芒山，陪同飲酒，並且賦詩說：“日月光天德，山川壯帝居，太平無以報，願上東封書。”並且上表請求封禪，隋文帝寬厚地下詔謙讓而不答應。後來跟隨到了仁壽宮，常常陪從宴會，等他出去，隋文帝看著他說：“這樣的失敗還不是因為酒麽，用那些作詩的功夫，何如考慮安定天下大事！當賀若弼渡過京口的時候，那邊的人秘密寫信告急，陳叔寶為了飲酒，便沒有看它，高赹到的時候，還看見信放在床下邊，沒有打開信封。這也是可笑的，看來是天意要它滅亡的。從前苻氏征伐取得各個國家，都是讓它的國主榮華富貴。如果想要求名，就不知道違背天命，給他官做，就是違背天命的。”
隋文帝因為陳氏的子弟太多，恐怕京城難以安排，都分別給安置在各個州縣，每年賜給衣服以安撫和保全他們。
後主於隋朝的仁壽四年(604)十一月二十日，在洛陽去世，當時年齡五十二歲。追贈為大將軍，封為長城縣公，諡號叫作煬。葬在河南洛陽的芒山。