梁世祖孝元皇帝名叫繹，字叫世誠，小字叫七符，是武帝的第七個兒子。起初，武帝夢見有個瞎眼和尚手拿香爐，自稱要托生在王宮。隨後元帝的母親以采女的名分侍奉武帝，剛一揭開門簾，有一股風吹蕩起她的衣襟，武帝心意感動而與她歡合。采女夢見月亮落在了她的懷裏，於是就懷孕了。天監七年(508)八月初六生了元帝，整個房間飄著異香，竟是一個奇特的紫胞。武帝感到奇怪，於是就賜采女姓阮，晉升她為修容。十三年，元帝被封為湘東王。太清元年(547)，陸續改任為鎮西將軍、都督、荊州刺史。
太清三年三月，侯景攻陷建鄴。四月，世子蕭方等從建鄴過來，知道台城已經失守。元帝命令給江陵城做上柵欄，周圍長七十裏。鎮西長史王衝等寫信請求元帝擔任太尉、都督中外諸軍事，受命充當盟主。元帝不準許，說：“我在天下地位並不低賤，難道還要等待都督的名號？皇帝之子的尊貴，何需借助高官的地位？作這種提議的應該斬首！”撂下筆流出了眼淚。王衝等重又請求，仍然不答應。又請求他擔任司空，來領導諸侯，也不聽從。於是建立了鎮西府，征召天下士人。
本月，元帝向湘州刺史河東王蕭譽征調軍隊，蕭譽拒絕服從命令。不久上甲侯蕭韶從建鄴到來，傳達三月十五日的密詔，授予元帝執掌黃鉞、大都督中外諸軍事、司徒、承製。於是便在南郡建立了行台，並設置了辦事機構。
七月，派遣世子蕭方等討伐河東王蕭譽，軍隊戰敗，蕭方死在戰場。又派鎮兵將軍鮑泉討伐蕭譽。
九月初三，雍州刺史嶽陽王蕭鮞發兵進攻江陵，他的部將杜萴兄弟前來投降，蕭鮞逃走。鮑泉攻打湘州，沒有攻下；又派左衛將軍王僧辯代任指揮。
後來簡文帝即位，改變年號為大寶元年(550)。元帝因為簡文帝受製於賊臣的緣故，到底沒有接受任用。正月，派小兒子蕭方晷到魏國去做人質，魏國沒有接受人質而和他結為兄弟。
四月，攻克湘州，殺掉了蕭譽，湘州平定。雍州刺史嶽陽王蕭鮞自稱梁王，做了魏朝的藩國，派兵幫助攻打襄陽。在這以前，邵陵王蕭綸的信中已經說到了不幸的消息，當時加以保密，以等待湘州的勝利。本月二十三日，才命令陳瑩報告武帝逝世的消息，元帝在正房中哀哭。
六月，江夏王蕭大款、山陽王蕭大成、宜都王蕭大封從信安前來投奔。
九月十四日，封前郢州刺史南平王蕭恪為中衛將軍、尚書令、開府儀同三司。改封蕭大款為臨川郡王，蕭大成為桂陽郡王，蕭大封為汝南郡王。
十一月十八日，南平郡王蕭恪等寫信請求元帝晉升職位為相國，總領國政。元帝不肯聽從。
大寶二年(551)三月，侯景全軍西上。
四月，侯景派將領宋子仙、任約襲擊郢州，俘虜了刺史方諸。初七，王僧辯率軍屯駐在巴陵。
五月十一日，元帝派將領胡僧佑、陸法和支援巴陵。
六月，胡僧佑等擊破侯景將領任約的軍隊，活捉任約，侯景解圍，在夜間逃走。封王僧辯為征東將軍、開府儀同三司、尚書令，率軍追擊侯景，所到之處全打勝仗。進軍圍攻郢州，俘獲了賊軍將領宋子仙等。
九月，盤盤國進獻馴服的大象。
十月初一，紫色的雲彩如同華蓋罩臨江陵城。本月，簡文帝逝世，開府儀同三司王僧辯等上呈奏表勸即帝位。元帝居喪，隆重哭吊三天，百官都穿著白色的孝服，答複奏表沒有批準。司空南平王蕭恪率領宗室眾人，領軍將軍胡僧辯率領朝廷眾官，江州別駕張佚率領一般官吏，一起勸即帝位，元帝堅持辭讓。
十一月初五，王僧辯又上呈奏表勸即帝位，又不聽從。當時大敵還存在，元帝沒有打算即皇帝位，但是四方的勸即帝位奏表，前後相繼，於是才下令停止上表。
承聖元年(552)二月，王僧辯的各路軍隊從尋陽出發，元帝迅速向四方發布檄文，懸賞招募能捉住侯景和送來他腦袋的人，封萬戶開國公，絹布五萬匹。
三月，王僧辯等人平定侯景，從江陵傳送來他的人頭。二十日，把叛賊平定的消息宣告於明堂、太社。二十一日，王僧辯等又上表勸即帝位說：“各路大軍於本月二十日，總集在建康城，叛賊侯景如鳥趴伏，似獸窮困，我們頻繁進擊，頻繁挫敵，賊寇奸計用完，欺詐施盡，隻好深挖城壕以自保。為臣等人分別率領雄師，百路並進，突擊騎兵短刀利刃，犀皮鎧甲鋼鐵盾牌，結集隊伍千群，手拿矛戟百萬，逼迫紂王僅有七步，圍困項羽已至三重，轟隆一聲徹底崩潰，成群頑敵四方全殲。京城老少，齊呼萬歲。長安的酒肉食品，一時間價格升高。全國雲開，天下清朗，況且百姓，誰不歡躍！
“卻念陛下遭遇痛苦悲哀，承受憤恨艱難。自從朝廷受到胡兵侵擾，宮牆之內戰馬雲集，哭泣流血指揮軍旅，臥薪嚐膽率眾誓師。而吳國、楚國結為一家，便與七國一齊謀反；管叔、蔡叔製造流言，又以三監共同作亂。西涼的忠義群眾，因橫阻塞而不相通，並州的廣大遺民，因遠跨飛狐而被隔絕。豺狼當路，不止一人，鯨鯢未除，轉眼五載。英武君主重振國家，仇怨恥辱一並洗雪，長久地身受霜露，他如何能夠承擔？為臣等人於是依據舊時典範，修繕社廟以便祭祀土神，使者手持符節，分別祭告各園陵諸位先帝。後來英靈升天，柩車尚未出殯，太子陽光掩熄，棺木不知何處。一起隨同情況辦理，認真對待重大喪事，四海共同哀悼，六軍左袒痛哭。聖明情感孝順友悌，內心悲痛理所當然。
“往日，各級官員，希求禦覽，認為賞賜圭璋的功勞，既然歸於有道之人，掌管玉璽的權力，理當屬於聖明之主。但是優厚的詔令內涵謙虛，沉靜深遠，飛龍可以高升雲天，而《乾》卦尚在四爻有待發展，天廷門衛聽到喊叫，而天門仍然尚未打開。我們現在再次進行謳歌，翹首等待聖明之主定奪。這是效法越國人態度執著，煙熏丹穴以尋求國王；周朝人擁戴聖賢，越過岐山而追奉明主。漢高祖不即帝位，無法使功臣尊貴，光武帝隻做蕭王，怎能稱延續祖業？黃帝巡遊到襄城，尚在探訪治國的道理，放勳閑居在姑射，仍然重視禮器的放置。此為無意得來，哪裏是聖人的欲求，帝王應運即位，實際是難以推脫。伏案閱讀印璽文書，尋求背誦聖上意旨，隻是一番超然的情懷，未能得到仁慈的指令。陛下額中似日麵相如龍的姿容，聰慧機敏名揚四方的時日，紅雲晝聚素靈夜哭的祥瑞，開始應對事物變化的初期。論學識淵博廣大無人能比，論言語深沉光照文章之林。忠為美好品德，孝可感動上天。更加上英勇威武、韜略豐富，目標宏遠、軍事精通，親自指揮則丹浦不戰而勝，斜目顧視則阪泉自行蕩平。地維斷絕而重新接好，天柱傾倒而再加換置。在孟門開鑿河津，百川重新疏導，用五石填補蒼天，萬物得以再生。縱然陛下拂錦繡衣服而出遊廣成獵場，登西方崦山而離開東土人間，群臣們向誰去匯報情況，眾蒼生在哪裏歸順仁人？況且祭天以祖宗配享的郊祀儀式已經久未舉行，齋祀之宮和清靜祖廟中的匏笙蕭笛已經久停演奏。仰望出現皇上的車輦，已經不止一朝一夕，希冀見到萬歲的鑾駕，簡直就是如饑似渴。怎麽可以長久地拖延公眾的建議，一直地不合普通的法則！舊時州郡已經光複，函關、洛陽已經平安，高奴、櫟陽，宮館雖然毀壞，黃河、渭水，佳氣依然留存。宮城門高大巍峨，甘泉宮四麵寬敞，建土圭測量日影，鑄仙人舉盤承露。這乃是九州中的華夏，六合內的中樞。博士手捧圖書逐漸還歸，太常製定禮儀已經確立，哪能不肅清道路而前往名都，備好車駕而返回正寢？從前東周遷都以後，鎬京舊地便一直沒再恢複，長安一經大亂，郟縣、洛陽便永為定居處所。夏禹會合諸侯而使萬國前來朝拜，文王憑借六州而使天下安定統一，陛下好似他們一樣，立足百裏之地，手持三尺寶劍，利用殘餘的楚地疆土，抗拒凶蠻的六族戎夷，僅率領一旅士兵，便鏟除三支叛逆，太平安定，大駕東歸。在冀州宰殺五條大牛，在譙郡喂足皇家六馬，緬懷往昔各代，先例哪可求得？秉承弘揚天命，大德無可推辭，深刻道理存在其中，冒昧重新奏請即位。”元帝還是沒有聽取。
二十三日，宣猛將軍朱買臣奉元帝秘密指令，殺害了豫章王蕭棟和他的兩個弟弟蕭橋、蕭賬。
四月初八，益州刺史、新任命的假黃鉞、太尉武陵王蕭紀在蜀地僭登帝位，年號為天正。元帝派遣兼司空蕭泰、祠部尚書樂子雲前往瞻仰皇家陵墓，修複社稷、宗廟。二十日，下令解除戒嚴。
五月初四，司空南平王蕭恪以及宗室王侯、大都督王僧辯等，重又上表請求接受皇帝的尊號。元帝仍然堅決推辭。十七日，任命開府儀同三司、江州刺史王僧辯為司徒。十八日，在江陵的街市上將反賊左仆射王偉、尚書呂季略、少府卿周石珍、舍人嚴..斬首，於是下令在境內實行赦免。齊國將領潘樂、辛術等進攻秦郡，王僧辯派遣將領杜萴進行抵禦。封陳霸先為征北大將軍、開府儀同三司、徐州刺史。齊國人對平定侯景表示慶賀。
八月，武陵王蕭紀率領巴、蜀部隊東下，派遣護軍將軍陸法和屯兵巴峽抗拒蕭紀。
九月初九，司空南平王蕭恪去世。
十月初一，前梁州刺史蕭循從魏國來到江陵，被封為平北將軍、開府儀同三司。十四日，在大殿中逮捕了湘州刺史王琳。十六日，王琳的長史及其將領潘烏累等起兵反叛，攻陷湘州。本月，四方征戰、鎮守的王公卿士重新呈奏勸即帝位的表章，上表多次，才答應了他們。
冬季的十一月十二日，皇帝在江陵即位，改太清六年為承聖元年。拖欠的租子、長久的債務，一並予以大幅度減免。孝子順孫，統統賜給爵位。長期刑徒、囚鎖士子，特別加以寬大。監禁之中的犯罪官吏，全部免除刑罰。這一天，元帝不升正殿，公卿大臣隻是陪列在兩旁。有時接連兩日臨朝。十五日，立王太子蕭立矩為皇太子，改名為蕭元良。立皇子蕭方智為晉安郡王，蕭方略為始安郡王。追尊已故的生母阮修容為文宣太後。更改忠壯太子的諡號為武烈太子，封武烈太子的兒子蕭莊為永嘉王。本月，陸納派遣將軍潘烏累等在淥口擊破衡州刺史丁道貴。丁道貴敗逃到零陵。
十二月，陸納分兵襲擊巴陵，湘州刺史蕭循將他擊敗，陸納逃走。在天門山抓到一個野人，出山三天就死掉了。在吳郡有星星殞落。在淮南有野象數百頭，毀壞居民的房屋。在宣城郡猛獸殘暴地吃人。
本年，在魏國是廢帝元年。
承聖二年(553)春天的正月初二，詔令王僧辯討伐陸納。十五日，任命吏部尚書王褒為尚書右仆射。十六日，江夏宮南門的鎖和鑰匙不翼而飛。
三月二十八日，有兩條龍出現在湘州西江。
夏季的五月二十三日，魏國大將尉遲迥進兵逼臨巴西，潼州刺史楊乾運把城池獻給尉遲迥。二十八日，武陵王蕭紀的軍隊進至西陵。
六月二十四日，王僧辯平定湘州。秋季七月，武陵王蕭紀的軍隊大潰敗，蕭紀被殺。八月初八，尉遲迥平定蜀地。九月，齊國派遣郭元建以及將領邢杲遠、步大汗薩、東方老率軍停駐合肥。
冬季的十一月初三，王僧辯留下鎮守姑熟，豫州刺史侯調據守東關壘，征調吳興太守裴之橫率軍對他們進行增援。戊戌日，任命尚書右仆射王褒為左仆射，湘東太守張綰為右仆射。
十二月，宿預的土著人士東方光據城歸順，齊江以西的州郡都起兵響應。
承聖三年(554)春季正月，魏朝皇帝被宰相安定公廢黜，而另立了齊王拓跋廓，這就是恭帝元年。
三月，公主的衣庫中出現一條黑蛇長約一丈，幾十條小蛇跟隨著它，昂著頭，高一丈多，望著南方，過了一會便消失了。元帝又與宮人遊覽玄洲苑，重見大蛇盤屈在麵前，一群小蛇圍繞著它，全是黑色的。元帝很厭惡它們，宮人說：“這並不是怪物，恐怕是錢龍。”元帝命令有關部門當天取了幾千萬錢堆在蛇盤的地方以滿足它們。於是舉辦法會，赦免囚徒，救濟窮困，退居在棲心省。又有一條蛇從屋頂墜落在元帝的帽子上，一轉眼便消失了。又在龍光殿上皇帝所乘的轎中也見到有小蛇盤在裏麵，把轎中膝前的金龍頂在頭上。見到人後迅速跑掉，追它不上。在護城河中有龍升騰而出，五色斑斕，飛入雲端，六七條小龍相隨飛去。大群的魚也騰躍而起，卻落下來摔死在陸地的道路上。龍飛起的地方出現一個象有數百斛大小的窟窿。過去大城的上空常浮有紫氣，到這時漸漸消失了。十八日，任命司徒王僧辯為太尉、車騎大將軍。二十二日，任命護軍將軍、郢州刺史陸法和為司徒。
夏季的四月十八日，任命征北大將軍、開府儀同三司陳霸先為司空。
六月二十八日，有黑氣形狀如龍出現在大殿內。秋季的九月初八，元帝在龍光殿講述《老子》的含義。在此以前，魏朝的使者宇文仁恕前來聘問，齊國的使者又來到江陵，元帝接待宇文仁恕時禮儀有所欠缺，魏朝的宰相安定公對此十分惱恨。二十二日，派遣柱國萬紐於謹前來進攻。
冬季的十月十三日，魏朝的軍隊開到襄陽，梁王蕭鮞率軍與他交鋒。十四日，停止講述，朝廷內外一律戒嚴，皇帝的車駕出行至城周柵欄，大風拔起樹木。二十三日，講述繼續，百官們都穿著軍服聽講。下詔令調回王僧辯。
十一月初二，來到津陽門講習武事，設置了南北兩個城主。元帝親自檢閱，風雨交加，部署尚未貫通，旗幟飄亂，元帝驅車返回，軍眾亂了次序。風雨隨即停息，大家都暗自驚詫。初三，任命領軍胡僧佑為都督城東城北諸軍事，右仆射張綰為副官，左仆射王褒為都督城西城南諸軍事，直殿省元景亮為副官。初五，魏朝軍隊開到城外柵欄下。十四日，征調廣州刺史王琳前來援助。十五日，刮起大風，城內失火，燒毀民房數千家。上麵認為這是一個婦女的罪責，將她斬首陳屍。這一天，元帝仍然在作詩而不停止。封胡僧佑為開府儀同三司。十八日，信州刺史徐世譜、晉安王司馬任約的軍隊駐紮在馬岸頭。這天夜裏，有流星墜落城中，元帝拿蓍草對此進行占卜，卦成以後，又采用龜殼占卜加以驗證，隨後便扔在地上說：“我若死在這裏，豈不是命運麽？”於是扯下一塊絲絹寫成一封信催促王僧辯說：“我現在忍受著死亡的逼迫等待著你，你可以過來了。”二十六日，胡僧佑、朱買臣等出戰，朱買臣戰敗。二十九日，魏軍大舉進攻，元帝從枇杷門出來親自臨陣督戰。胡僧佑被流箭射中而死，軍隊戰敗，反叛者殺死西門的守衛兵卒放進魏軍。元帝被捉住，押到了梁王蕭鮞的軍營，大受審訊和侮辱。後來有一天，才見到魏朝的仆射長孫儉，他欺騙長孫儉說：“我曾經在城內埋藏了黃金一千斤，想贈給你。”長孫儉便把元帝帶進城中去，元帝於是敘述了蕭鮞侮辱自己的狀況，對長孫儉說：“先前不過是騙你，想這麽說罷了；哪有天子自己埋黃金的呢？”長孫儉便把元帝留在公主的衣庫裏。
十二月初四，徐世譜、任約退守巴陵。十九日，魏國人殺害了元帝。第二年四月，梁王蕭方智秉承元帝旨意，追尊他為元皇帝，廟號為世祖。
元帝聰明穎悟，神氣俊朗，富有天才，講話發表議論，聲音響亮如鍾。五六歲的時候，武帝曾經問他讀的什麽書，他回答說：“能背誦《曲禮》。”武帝讓他背誦，他就背誦了《曲禮》的上篇。左右的人聽了無不驚歎。幼年的時候，曾患眼病，越治越重，武帝便根據自己的想法進行治療，結果一隻眼睛失明。於是回憶起了以前夢中的情景，對元帝更加憐憫和喜愛。長大後喜歡學習，極力博覽群書。武帝曾經問他說：“孫策在江東，當時年齡多大？”回答說：“十七歲。”武帝說：“正是你現在的年齡。”
元帝生性不好嬌聲美色，而追慕高名，在做荊州刺史的時候，建造了州學宣尼廟。曾經設置儒林參軍一人，勸學從事二人，學生中有三十人，由官府增加糧食供給。元帝工於書法、善於繪畫，自己完成了孔子畫像，寫了讚詞並且書寫下來，當時的人們稱為三絕。他與裴子野、劉顯、蕭子雲、張纘以及當時的高才士人結為普通的朋友。常常自比為諸葛亮、桓溫，隻有張纘表示讚同。
他素性愛好偽裝，多猜忌，遇到名譽不肯讓給別人。如有略微勝過自己的人，一定要加以詆毀和陷害。元帝的姑姑義興昭長公主的兒子王銓兄弟八九人享有盛名。元帝妒忌他們的美譽，於是就把他的寵姬王氏的哥哥王珩改名為王琳，使和前者的父親同名。他嫉妒劉之遴的學問，便派人用毒酒把他毒死。類似的情況很多很多，即便是他的骨肉近親也普遍遭到他的殘害。起初他為文宣太後居喪，仿照漢代孝子丁蘭的辦法做了一個他母親的木刻像朝夕供奉。到了武帝去世後，卻對喪事保守秘密一年多，才發布了不幸的消息，用檀木刻了一個肖像，放置在百福殿內，供奉得十分恭謹。每天進獻蔬菜，做什麽事一定要預先稟報，他就是這樣的虛偽做作。
他素性喜愛書籍，患了眼病以後，大多不再自己拿書，安置了讀書者在身邊伺候，輪流值班，晝夜常讀，一刻不停，即使睡覺，書也不肯放手。五個人各侍奉一更，總是讀到天亮。常常睡熟鼾聲大發，身邊的人也有時打瞌睡，讀錯了順序，或者漏掉卷數空翻頁碼。元帝必然驚覺醒來，重新讓他們追讀，並且加以抽打。雖然軍旅緊張，事務繁忙，軍書檄文，文章詔書，點筆即成，幾乎從不歇手。他常常說：“我立身於文士，愧不如武夫。”評論者以為說得頗為恰當。
開始在尋陽，夢見有人說：“天下將會大亂，大王必能支撐。”又背上曾生黑子，巫婆見了說：“這是大貴之相，不可明說。”起初，武帝曾任命賀革為帝府谘議，讓他講解《三禮》。賀革後來要西上，心裏很不愉快，先到了禦史中丞江革那裏去告別。江革告訴他說：“我曾夢見皇上普遍接見各位皇子，到了見湘東王時，便脫下帽子授給了他。這個人以後必當國君，您隻管去吧。”賀革點頭讚同。後來發生太清之禍，於是便承受了天運。
自從遭到侯景之難，州郡大半歸入魏朝，自巴陵以下到建康，沿著長江做為邊界。荊州的邊界北麵最遠到武寧，西麵拒守峽口；自山嶺以南，又被蕭勃所占據。文字車軌的統一，近在千裏，戶籍注冊的人口，不滿三萬。中興的盛況，到此完全結束了。
武陵平定以後，有人提議借著他們的舟艦遷都建鄴，宗懍、黃羅漢都是楚地人，不願遷移，元帝以及胡僧佑也都沒打算搬動。仆射王褒、左戶尚書周弘正屢次闡述都城在楚地很不方便。宗懍和禦史中丞劉懿則認為建鄴的王氣已經窮盡，況且古老渚宮的洲景已經多達上百處，於是便留下來了。不久木星處在井宿，火星居於心宿，元帝觀後十分感慨地對朝中的文武大臣說：“我觀看了天象，恐怕將要出現亂賊。但是吉凶出在我這裏，命運則由上天來決定，躲避它有什麽用處？”到了魏軍進逼的時候，守門人朱買臣按劍進前啟奏說：“隻有把宗懍、黃羅漢斬首，才可以拿來向天下百姓致歉。”元帝說：“先前其實是我的主意，宗、黃兩人有什麽罪呢？”二人退到了眾人當中。
到了魏人火燒柵欄的時候，朱買臣、謝答仁勸元帝乘天黑逃出包圍圈到沈約那裏去。元帝平時不熟習騎馬，便說：“事情肯定不能成功，徒然增加恥辱罷了。”謝答仁又請求由自己幫助逃走，元帝就此事詢問仆射王褒，王褒說：“謝答仁，原是侯景的黨羽，哪會這麽可信？成就他的功勳，還不如去投降。”於是聚集了圖書十多萬卷全部燒毀。謝答仁又請求守衛內城，收拾殘兵可以得到五千人。元帝答應了，就授給他城內大都督的職位，贈予他皇帝的樂隊，並把公主許配給他。隨後又召王褒前來謀劃，謝答仁請求進入而不能夠，口吐鮮血離開了那裏。接著便派皇太子、王褒出城作為人質請求投降。不久，黃門郎裴政衝破門禁出城。元帝騎著白馬、穿著白衣走出東門，抽劍砍擊門扇說：“蕭世誠竟落到了這種地步！”魏朝軍隊到達共二百八十天，四方征兵，大軍未到而京城已破。
在被囚禁期間，元帝要了酒來喝，寫成了四首絕句。其中第一首說：“南風且絕唱，西陵最可悲。今日還蒿裏，終非封禪時。”其中第二首說：“人世逢百六，天道異真恒。何言異螻蟻，一旦損鯤鵬。”其中第三首說：“鬆風侵曉哀，霜霧當夜來。寂寥千載後，誰畏軒轅台！”其中第四首說：“夜長無歲月，安知秋與春？原陵五樹杏，空得動耕人。”梁王蕭鮞派尚書傅準監督行刑，元帝對他說：“很幸運您為我宣告出行。”傅準手捧著詩，眼淚禁不住流了出來，獻上一個土袋子而把他壓死。梁王蕭鮞讓人用布頭巾纏住屍體，用蒲席加以收殮，用茅草加以捆束，用一輛車子拉著，葬在了津陽門外麵。湣懷太子蕭元良以及始安王蕭方略等人，都被害死。徐世譜、任約從馬頭逃往巴陵。任約後來投降了齊朝。將軍裴畿、裴畿的弟弟裴機一並遇害。謝答仁三個人互相抱著，共同被殺。汝南王蕭大封、尚書左仆射王褒以下，都被俘獲送歸長安。又選了男女百姓數萬口，分別作為奴婢，年幼體弱的則統統殺掉。
元帝對於各種技藝方術無所不通。他曾經很久得不到南方的消息，就進行占卜，遇到了《剝》卦轉為《艮》卦，他說：“南方的消息已經到了，現在應當派身邊像漢代季心那樣的勇士前去觀看。”事實果然和他說的一樣，賓客們都對他的妙算感到驚詫。凡是他所占卜判斷的事情都是這樣。起初他跟隨劉景學相麵術，便詢問自己的年命，劉景回答說：“不到五十的時候，會有一次小災，舉行祭祀加以禳除，即可避免。”元帝自我勉勵說：“如果真有命定的遭遇，進行禳除又有什麽用處？”他到這時已經四十七歲了，禁忌特別多，牆壁倒塌，房屋毀壞，如果年月的吉凶不方便，他就到底也不肯修理。院子裏的雜草荒蕪，就讓人像神農氏那樣鞭擊辨味，他就是這樣地謹慎護衛。
他著有《孝德傳》、《忠臣傳》各三十卷、《丹陽尹傳》十卷、注《漢書》一百一十五卷，《周易講疏》十卷、《內典博要》一百卷、《連山》三十卷、《詞林》三卷、《玉韜》、《金樓子》、《補闕子》各十卷，《老子講疏》四卷，《懷舊傳》二卷、《古今全德誌》、《荊南地記》、《貢職圖》、《古今同姓名錄》一卷，《筮經》十二卷，《式讚》三卷，文集五十卷。
起初，承聖二年三月，有兩條龍從南郡城西升天，百姓聚集觀看，五彩分明。江陵的元老舊臣私下互相哭著說：“從前有龍出於建康秦淮河，而天下大亂，現在重又出現，災禍很快就要到來了。”元帝聽說後十分厭惡，過了一年便遇上了禍患。又江陵先前曾有九十九個沙洲，自古相傳說：“洲滿一百，當出天子。”桓玄曾當荊州刺史，心內曾有篡逆的企圖，便派人鑿破了一個洲，以應合一百這個數目。隨後就崩毀了，結果無所成就。宋文帝做宜都王，是一個藩國，一個沙洲自己出現了，不久文帝篡奪了皇位。後來遇到了元凶劭之禍，這個洲又沉沒了。太清末年，枝江的楊之閣浦又生了一個沙洲，眾僚友上書慶賀，第二年就即了皇位。承聖末年，那個洲與大岸相通，還是九十九個。
太清三年三月，侯景攻陷建鄴。四月，世子蕭方等從建鄴過來，知道台城已經失守。元帝命令給江陵城做上柵欄，周圍長七十裏。鎮西長史王衝等寫信請求元帝擔任太尉、都督中外諸軍事，受命充當盟主。元帝不準許，說：“我在天下地位並不低賤，難道還要等待都督的名號？皇帝之子的尊貴，何需借助高官的地位？作這種提議的應該斬首！”撂下筆流出了眼淚。王衝等重又請求，仍然不答應。又請求他擔任司空，來領導諸侯，也不聽從。於是建立了鎮西府，征召天下士人。
本月，元帝向湘州刺史河東王蕭譽征調軍隊，蕭譽拒絕服從命令。不久上甲侯蕭韶從建鄴到來，傳達三月十五日的密詔，授予元帝執掌黃鉞、大都督中外諸軍事、司徒、承製。於是便在南郡建立了行台，並設置了辦事機構。
七月，派遣世子蕭方等討伐河東王蕭譽，軍隊戰敗，蕭方死在戰場。又派鎮兵將軍鮑泉討伐蕭譽。
九月初三，雍州刺史嶽陽王蕭鮞發兵進攻江陵，他的部將杜萴兄弟前來投降，蕭鮞逃走。鮑泉攻打湘州，沒有攻下；又派左衛將軍王僧辯代任指揮。
後來簡文帝即位，改變年號為大寶元年(550)。元帝因為簡文帝受製於賊臣的緣故，到底沒有接受任用。正月，派小兒子蕭方晷到魏國去做人質，魏國沒有接受人質而和他結為兄弟。
四月，攻克湘州，殺掉了蕭譽，湘州平定。雍州刺史嶽陽王蕭鮞自稱梁王，做了魏朝的藩國，派兵幫助攻打襄陽。在這以前，邵陵王蕭綸的信中已經說到了不幸的消息，當時加以保密，以等待湘州的勝利。本月二十三日，才命令陳瑩報告武帝逝世的消息，元帝在正房中哀哭。
六月，江夏王蕭大款、山陽王蕭大成、宜都王蕭大封從信安前來投奔。
九月十四日，封前郢州刺史南平王蕭恪為中衛將軍、尚書令、開府儀同三司。改封蕭大款為臨川郡王，蕭大成為桂陽郡王，蕭大封為汝南郡王。
十一月十八日，南平郡王蕭恪等寫信請求元帝晉升職位為相國，總領國政。元帝不肯聽從。
大寶二年(551)三月，侯景全軍西上。
四月，侯景派將領宋子仙、任約襲擊郢州，俘虜了刺史方諸。初七，王僧辯率軍屯駐在巴陵。
五月十一日，元帝派將領胡僧佑、陸法和支援巴陵。
六月，胡僧佑等擊破侯景將領任約的軍隊，活捉任約，侯景解圍，在夜間逃走。封王僧辯為征東將軍、開府儀同三司、尚書令，率軍追擊侯景，所到之處全打勝仗。進軍圍攻郢州，俘獲了賊軍將領宋子仙等。
九月，盤盤國進獻馴服的大象。
十月初一，紫色的雲彩如同華蓋罩臨江陵城。本月，簡文帝逝世，開府儀同三司王僧辯等上呈奏表勸即帝位。元帝居喪，隆重哭吊三天，百官都穿著白色的孝服，答複奏表沒有批準。司空南平王蕭恪率領宗室眾人，領軍將軍胡僧辯率領朝廷眾官，江州別駕張佚率領一般官吏，一起勸即帝位，元帝堅持辭讓。
十一月初五，王僧辯又上呈奏表勸即帝位，又不聽從。當時大敵還存在，元帝沒有打算即皇帝位，但是四方的勸即帝位奏表，前後相繼，於是才下令停止上表。
承聖元年(552)二月，王僧辯的各路軍隊從尋陽出發，元帝迅速向四方發布檄文，懸賞招募能捉住侯景和送來他腦袋的人，封萬戶開國公，絹布五萬匹。
三月，王僧辯等人平定侯景，從江陵傳送來他的人頭。二十日，把叛賊平定的消息宣告於明堂、太社。二十一日，王僧辯等又上表勸即帝位說：“各路大軍於本月二十日，總集在建康城，叛賊侯景如鳥趴伏，似獸窮困，我們頻繁進擊，頻繁挫敵，賊寇奸計用完，欺詐施盡，隻好深挖城壕以自保。為臣等人分別率領雄師，百路並進，突擊騎兵短刀利刃，犀皮鎧甲鋼鐵盾牌，結集隊伍千群，手拿矛戟百萬，逼迫紂王僅有七步，圍困項羽已至三重，轟隆一聲徹底崩潰，成群頑敵四方全殲。京城老少，齊呼萬歲。長安的酒肉食品，一時間價格升高。全國雲開，天下清朗，況且百姓，誰不歡躍！
“卻念陛下遭遇痛苦悲哀，承受憤恨艱難。自從朝廷受到胡兵侵擾，宮牆之內戰馬雲集，哭泣流血指揮軍旅，臥薪嚐膽率眾誓師。而吳國、楚國結為一家，便與七國一齊謀反；管叔、蔡叔製造流言，又以三監共同作亂。西涼的忠義群眾，因橫阻塞而不相通，並州的廣大遺民，因遠跨飛狐而被隔絕。豺狼當路，不止一人，鯨鯢未除，轉眼五載。英武君主重振國家，仇怨恥辱一並洗雪，長久地身受霜露，他如何能夠承擔？為臣等人於是依據舊時典範，修繕社廟以便祭祀土神，使者手持符節，分別祭告各園陵諸位先帝。後來英靈升天，柩車尚未出殯，太子陽光掩熄，棺木不知何處。一起隨同情況辦理，認真對待重大喪事，四海共同哀悼，六軍左袒痛哭。聖明情感孝順友悌，內心悲痛理所當然。
“往日，各級官員，希求禦覽，認為賞賜圭璋的功勞，既然歸於有道之人，掌管玉璽的權力，理當屬於聖明之主。但是優厚的詔令內涵謙虛，沉靜深遠，飛龍可以高升雲天，而《乾》卦尚在四爻有待發展，天廷門衛聽到喊叫，而天門仍然尚未打開。我們現在再次進行謳歌，翹首等待聖明之主定奪。這是效法越國人態度執著，煙熏丹穴以尋求國王；周朝人擁戴聖賢，越過岐山而追奉明主。漢高祖不即帝位，無法使功臣尊貴，光武帝隻做蕭王，怎能稱延續祖業？黃帝巡遊到襄城，尚在探訪治國的道理，放勳閑居在姑射，仍然重視禮器的放置。此為無意得來，哪裏是聖人的欲求，帝王應運即位，實際是難以推脫。伏案閱讀印璽文書，尋求背誦聖上意旨，隻是一番超然的情懷，未能得到仁慈的指令。陛下額中似日麵相如龍的姿容，聰慧機敏名揚四方的時日，紅雲晝聚素靈夜哭的祥瑞，開始應對事物變化的初期。論學識淵博廣大無人能比，論言語深沉光照文章之林。忠為美好品德，孝可感動上天。更加上英勇威武、韜略豐富，目標宏遠、軍事精通，親自指揮則丹浦不戰而勝，斜目顧視則阪泉自行蕩平。地維斷絕而重新接好，天柱傾倒而再加換置。在孟門開鑿河津，百川重新疏導，用五石填補蒼天，萬物得以再生。縱然陛下拂錦繡衣服而出遊廣成獵場，登西方崦山而離開東土人間，群臣們向誰去匯報情況，眾蒼生在哪裏歸順仁人？況且祭天以祖宗配享的郊祀儀式已經久未舉行，齋祀之宮和清靜祖廟中的匏笙蕭笛已經久停演奏。仰望出現皇上的車輦，已經不止一朝一夕，希冀見到萬歲的鑾駕，簡直就是如饑似渴。怎麽可以長久地拖延公眾的建議，一直地不合普通的法則！舊時州郡已經光複，函關、洛陽已經平安，高奴、櫟陽，宮館雖然毀壞，黃河、渭水，佳氣依然留存。宮城門高大巍峨，甘泉宮四麵寬敞，建土圭測量日影，鑄仙人舉盤承露。這乃是九州中的華夏，六合內的中樞。博士手捧圖書逐漸還歸，太常製定禮儀已經確立，哪能不肅清道路而前往名都，備好車駕而返回正寢？從前東周遷都以後，鎬京舊地便一直沒再恢複，長安一經大亂，郟縣、洛陽便永為定居處所。夏禹會合諸侯而使萬國前來朝拜，文王憑借六州而使天下安定統一，陛下好似他們一樣，立足百裏之地，手持三尺寶劍，利用殘餘的楚地疆土，抗拒凶蠻的六族戎夷，僅率領一旅士兵，便鏟除三支叛逆，太平安定，大駕東歸。在冀州宰殺五條大牛，在譙郡喂足皇家六馬，緬懷往昔各代，先例哪可求得？秉承弘揚天命，大德無可推辭，深刻道理存在其中，冒昧重新奏請即位。”元帝還是沒有聽取。
二十三日，宣猛將軍朱買臣奉元帝秘密指令，殺害了豫章王蕭棟和他的兩個弟弟蕭橋、蕭賬。
四月初八，益州刺史、新任命的假黃鉞、太尉武陵王蕭紀在蜀地僭登帝位，年號為天正。元帝派遣兼司空蕭泰、祠部尚書樂子雲前往瞻仰皇家陵墓，修複社稷、宗廟。二十日，下令解除戒嚴。
五月初四，司空南平王蕭恪以及宗室王侯、大都督王僧辯等，重又上表請求接受皇帝的尊號。元帝仍然堅決推辭。十七日，任命開府儀同三司、江州刺史王僧辯為司徒。十八日，在江陵的街市上將反賊左仆射王偉、尚書呂季略、少府卿周石珍、舍人嚴..斬首，於是下令在境內實行赦免。齊國將領潘樂、辛術等進攻秦郡，王僧辯派遣將領杜萴進行抵禦。封陳霸先為征北大將軍、開府儀同三司、徐州刺史。齊國人對平定侯景表示慶賀。
八月，武陵王蕭紀率領巴、蜀部隊東下，派遣護軍將軍陸法和屯兵巴峽抗拒蕭紀。
九月初九，司空南平王蕭恪去世。
十月初一，前梁州刺史蕭循從魏國來到江陵，被封為平北將軍、開府儀同三司。十四日，在大殿中逮捕了湘州刺史王琳。十六日，王琳的長史及其將領潘烏累等起兵反叛，攻陷湘州。本月，四方征戰、鎮守的王公卿士重新呈奏勸即帝位的表章，上表多次，才答應了他們。
冬季的十一月十二日，皇帝在江陵即位，改太清六年為承聖元年。拖欠的租子、長久的債務，一並予以大幅度減免。孝子順孫，統統賜給爵位。長期刑徒、囚鎖士子，特別加以寬大。監禁之中的犯罪官吏，全部免除刑罰。這一天，元帝不升正殿，公卿大臣隻是陪列在兩旁。有時接連兩日臨朝。十五日，立王太子蕭立矩為皇太子，改名為蕭元良。立皇子蕭方智為晉安郡王，蕭方略為始安郡王。追尊已故的生母阮修容為文宣太後。更改忠壯太子的諡號為武烈太子，封武烈太子的兒子蕭莊為永嘉王。本月，陸納派遣將軍潘烏累等在淥口擊破衡州刺史丁道貴。丁道貴敗逃到零陵。
十二月，陸納分兵襲擊巴陵，湘州刺史蕭循將他擊敗，陸納逃走。在天門山抓到一個野人，出山三天就死掉了。在吳郡有星星殞落。在淮南有野象數百頭，毀壞居民的房屋。在宣城郡猛獸殘暴地吃人。
本年，在魏國是廢帝元年。
承聖二年(553)春天的正月初二，詔令王僧辯討伐陸納。十五日，任命吏部尚書王褒為尚書右仆射。十六日，江夏宮南門的鎖和鑰匙不翼而飛。
三月二十八日，有兩條龍出現在湘州西江。
夏季的五月二十三日，魏國大將尉遲迥進兵逼臨巴西，潼州刺史楊乾運把城池獻給尉遲迥。二十八日，武陵王蕭紀的軍隊進至西陵。
六月二十四日，王僧辯平定湘州。秋季七月，武陵王蕭紀的軍隊大潰敗，蕭紀被殺。八月初八，尉遲迥平定蜀地。九月，齊國派遣郭元建以及將領邢杲遠、步大汗薩、東方老率軍停駐合肥。
冬季的十一月初三，王僧辯留下鎮守姑熟，豫州刺史侯調據守東關壘，征調吳興太守裴之橫率軍對他們進行增援。戊戌日，任命尚書右仆射王褒為左仆射，湘東太守張綰為右仆射。
十二月，宿預的土著人士東方光據城歸順，齊江以西的州郡都起兵響應。
承聖三年(554)春季正月，魏朝皇帝被宰相安定公廢黜，而另立了齊王拓跋廓，這就是恭帝元年。
三月，公主的衣庫中出現一條黑蛇長約一丈，幾十條小蛇跟隨著它，昂著頭，高一丈多，望著南方，過了一會便消失了。元帝又與宮人遊覽玄洲苑，重見大蛇盤屈在麵前，一群小蛇圍繞著它，全是黑色的。元帝很厭惡它們，宮人說：“這並不是怪物，恐怕是錢龍。”元帝命令有關部門當天取了幾千萬錢堆在蛇盤的地方以滿足它們。於是舉辦法會，赦免囚徒，救濟窮困，退居在棲心省。又有一條蛇從屋頂墜落在元帝的帽子上，一轉眼便消失了。又在龍光殿上皇帝所乘的轎中也見到有小蛇盤在裏麵，把轎中膝前的金龍頂在頭上。見到人後迅速跑掉，追它不上。在護城河中有龍升騰而出，五色斑斕，飛入雲端，六七條小龍相隨飛去。大群的魚也騰躍而起，卻落下來摔死在陸地的道路上。龍飛起的地方出現一個象有數百斛大小的窟窿。過去大城的上空常浮有紫氣，到這時漸漸消失了。十八日，任命司徒王僧辯為太尉、車騎大將軍。二十二日，任命護軍將軍、郢州刺史陸法和為司徒。
夏季的四月十八日，任命征北大將軍、開府儀同三司陳霸先為司空。
六月二十八日，有黑氣形狀如龍出現在大殿內。秋季的九月初八，元帝在龍光殿講述《老子》的含義。在此以前，魏朝的使者宇文仁恕前來聘問，齊國的使者又來到江陵，元帝接待宇文仁恕時禮儀有所欠缺，魏朝的宰相安定公對此十分惱恨。二十二日，派遣柱國萬紐於謹前來進攻。
冬季的十月十三日，魏朝的軍隊開到襄陽，梁王蕭鮞率軍與他交鋒。十四日，停止講述，朝廷內外一律戒嚴，皇帝的車駕出行至城周柵欄，大風拔起樹木。二十三日，講述繼續，百官們都穿著軍服聽講。下詔令調回王僧辯。
十一月初二，來到津陽門講習武事，設置了南北兩個城主。元帝親自檢閱，風雨交加，部署尚未貫通，旗幟飄亂，元帝驅車返回，軍眾亂了次序。風雨隨即停息，大家都暗自驚詫。初三，任命領軍胡僧佑為都督城東城北諸軍事，右仆射張綰為副官，左仆射王褒為都督城西城南諸軍事，直殿省元景亮為副官。初五，魏朝軍隊開到城外柵欄下。十四日，征調廣州刺史王琳前來援助。十五日，刮起大風，城內失火，燒毀民房數千家。上麵認為這是一個婦女的罪責，將她斬首陳屍。這一天，元帝仍然在作詩而不停止。封胡僧佑為開府儀同三司。十八日，信州刺史徐世譜、晉安王司馬任約的軍隊駐紮在馬岸頭。這天夜裏，有流星墜落城中，元帝拿蓍草對此進行占卜，卦成以後，又采用龜殼占卜加以驗證，隨後便扔在地上說：“我若死在這裏，豈不是命運麽？”於是扯下一塊絲絹寫成一封信催促王僧辯說：“我現在忍受著死亡的逼迫等待著你，你可以過來了。”二十六日，胡僧佑、朱買臣等出戰，朱買臣戰敗。二十九日，魏軍大舉進攻，元帝從枇杷門出來親自臨陣督戰。胡僧佑被流箭射中而死，軍隊戰敗，反叛者殺死西門的守衛兵卒放進魏軍。元帝被捉住，押到了梁王蕭鮞的軍營，大受審訊和侮辱。後來有一天，才見到魏朝的仆射長孫儉，他欺騙長孫儉說：“我曾經在城內埋藏了黃金一千斤，想贈給你。”長孫儉便把元帝帶進城中去，元帝於是敘述了蕭鮞侮辱自己的狀況，對長孫儉說：“先前不過是騙你，想這麽說罷了；哪有天子自己埋黃金的呢？”長孫儉便把元帝留在公主的衣庫裏。
十二月初四，徐世譜、任約退守巴陵。十九日，魏國人殺害了元帝。第二年四月，梁王蕭方智秉承元帝旨意，追尊他為元皇帝，廟號為世祖。
元帝聰明穎悟，神氣俊朗，富有天才，講話發表議論，聲音響亮如鍾。五六歲的時候，武帝曾經問他讀的什麽書，他回答說：“能背誦《曲禮》。”武帝讓他背誦，他就背誦了《曲禮》的上篇。左右的人聽了無不驚歎。幼年的時候，曾患眼病，越治越重，武帝便根據自己的想法進行治療，結果一隻眼睛失明。於是回憶起了以前夢中的情景，對元帝更加憐憫和喜愛。長大後喜歡學習，極力博覽群書。武帝曾經問他說：“孫策在江東，當時年齡多大？”回答說：“十七歲。”武帝說：“正是你現在的年齡。”
元帝生性不好嬌聲美色，而追慕高名，在做荊州刺史的時候，建造了州學宣尼廟。曾經設置儒林參軍一人，勸學從事二人，學生中有三十人，由官府增加糧食供給。元帝工於書法、善於繪畫，自己完成了孔子畫像，寫了讚詞並且書寫下來，當時的人們稱為三絕。他與裴子野、劉顯、蕭子雲、張纘以及當時的高才士人結為普通的朋友。常常自比為諸葛亮、桓溫，隻有張纘表示讚同。
他素性愛好偽裝，多猜忌，遇到名譽不肯讓給別人。如有略微勝過自己的人，一定要加以詆毀和陷害。元帝的姑姑義興昭長公主的兒子王銓兄弟八九人享有盛名。元帝妒忌他們的美譽，於是就把他的寵姬王氏的哥哥王珩改名為王琳，使和前者的父親同名。他嫉妒劉之遴的學問，便派人用毒酒把他毒死。類似的情況很多很多，即便是他的骨肉近親也普遍遭到他的殘害。起初他為文宣太後居喪，仿照漢代孝子丁蘭的辦法做了一個他母親的木刻像朝夕供奉。到了武帝去世後，卻對喪事保守秘密一年多，才發布了不幸的消息，用檀木刻了一個肖像，放置在百福殿內，供奉得十分恭謹。每天進獻蔬菜，做什麽事一定要預先稟報，他就是這樣的虛偽做作。
他素性喜愛書籍，患了眼病以後，大多不再自己拿書，安置了讀書者在身邊伺候，輪流值班，晝夜常讀，一刻不停，即使睡覺，書也不肯放手。五個人各侍奉一更，總是讀到天亮。常常睡熟鼾聲大發，身邊的人也有時打瞌睡，讀錯了順序，或者漏掉卷數空翻頁碼。元帝必然驚覺醒來，重新讓他們追讀，並且加以抽打。雖然軍旅緊張，事務繁忙，軍書檄文，文章詔書，點筆即成，幾乎從不歇手。他常常說：“我立身於文士，愧不如武夫。”評論者以為說得頗為恰當。
開始在尋陽，夢見有人說：“天下將會大亂，大王必能支撐。”又背上曾生黑子，巫婆見了說：“這是大貴之相，不可明說。”起初，武帝曾任命賀革為帝府谘議，讓他講解《三禮》。賀革後來要西上，心裏很不愉快，先到了禦史中丞江革那裏去告別。江革告訴他說：“我曾夢見皇上普遍接見各位皇子，到了見湘東王時，便脫下帽子授給了他。這個人以後必當國君，您隻管去吧。”賀革點頭讚同。後來發生太清之禍，於是便承受了天運。
自從遭到侯景之難，州郡大半歸入魏朝，自巴陵以下到建康，沿著長江做為邊界。荊州的邊界北麵最遠到武寧，西麵拒守峽口；自山嶺以南，又被蕭勃所占據。文字車軌的統一，近在千裏，戶籍注冊的人口，不滿三萬。中興的盛況，到此完全結束了。
武陵平定以後，有人提議借著他們的舟艦遷都建鄴，宗懍、黃羅漢都是楚地人，不願遷移，元帝以及胡僧佑也都沒打算搬動。仆射王褒、左戶尚書周弘正屢次闡述都城在楚地很不方便。宗懍和禦史中丞劉懿則認為建鄴的王氣已經窮盡，況且古老渚宮的洲景已經多達上百處，於是便留下來了。不久木星處在井宿，火星居於心宿，元帝觀後十分感慨地對朝中的文武大臣說：“我觀看了天象，恐怕將要出現亂賊。但是吉凶出在我這裏，命運則由上天來決定，躲避它有什麽用處？”到了魏軍進逼的時候，守門人朱買臣按劍進前啟奏說：“隻有把宗懍、黃羅漢斬首，才可以拿來向天下百姓致歉。”元帝說：“先前其實是我的主意，宗、黃兩人有什麽罪呢？”二人退到了眾人當中。
到了魏人火燒柵欄的時候，朱買臣、謝答仁勸元帝乘天黑逃出包圍圈到沈約那裏去。元帝平時不熟習騎馬，便說：“事情肯定不能成功，徒然增加恥辱罷了。”謝答仁又請求由自己幫助逃走，元帝就此事詢問仆射王褒，王褒說：“謝答仁，原是侯景的黨羽，哪會這麽可信？成就他的功勳，還不如去投降。”於是聚集了圖書十多萬卷全部燒毀。謝答仁又請求守衛內城，收拾殘兵可以得到五千人。元帝答應了，就授給他城內大都督的職位，贈予他皇帝的樂隊，並把公主許配給他。隨後又召王褒前來謀劃，謝答仁請求進入而不能夠，口吐鮮血離開了那裏。接著便派皇太子、王褒出城作為人質請求投降。不久，黃門郎裴政衝破門禁出城。元帝騎著白馬、穿著白衣走出東門，抽劍砍擊門扇說：“蕭世誠竟落到了這種地步！”魏朝軍隊到達共二百八十天，四方征兵，大軍未到而京城已破。
在被囚禁期間，元帝要了酒來喝，寫成了四首絕句。其中第一首說：“南風且絕唱，西陵最可悲。今日還蒿裏，終非封禪時。”其中第二首說：“人世逢百六，天道異真恒。何言異螻蟻，一旦損鯤鵬。”其中第三首說：“鬆風侵曉哀，霜霧當夜來。寂寥千載後，誰畏軒轅台！”其中第四首說：“夜長無歲月，安知秋與春？原陵五樹杏，空得動耕人。”梁王蕭鮞派尚書傅準監督行刑，元帝對他說：“很幸運您為我宣告出行。”傅準手捧著詩，眼淚禁不住流了出來，獻上一個土袋子而把他壓死。梁王蕭鮞讓人用布頭巾纏住屍體，用蒲席加以收殮，用茅草加以捆束，用一輛車子拉著，葬在了津陽門外麵。湣懷太子蕭元良以及始安王蕭方略等人，都被害死。徐世譜、任約從馬頭逃往巴陵。任約後來投降了齊朝。將軍裴畿、裴畿的弟弟裴機一並遇害。謝答仁三個人互相抱著，共同被殺。汝南王蕭大封、尚書左仆射王褒以下，都被俘獲送歸長安。又選了男女百姓數萬口，分別作為奴婢，年幼體弱的則統統殺掉。
元帝對於各種技藝方術無所不通。他曾經很久得不到南方的消息，就進行占卜，遇到了《剝》卦轉為《艮》卦，他說：“南方的消息已經到了，現在應當派身邊像漢代季心那樣的勇士前去觀看。”事實果然和他說的一樣，賓客們都對他的妙算感到驚詫。凡是他所占卜判斷的事情都是這樣。起初他跟隨劉景學相麵術，便詢問自己的年命，劉景回答說：“不到五十的時候，會有一次小災，舉行祭祀加以禳除，即可避免。”元帝自我勉勵說：“如果真有命定的遭遇，進行禳除又有什麽用處？”他到這時已經四十七歲了，禁忌特別多，牆壁倒塌，房屋毀壞，如果年月的吉凶不方便，他就到底也不肯修理。院子裏的雜草荒蕪，就讓人像神農氏那樣鞭擊辨味，他就是這樣地謹慎護衛。
他著有《孝德傳》、《忠臣傳》各三十卷、《丹陽尹傳》十卷、注《漢書》一百一十五卷，《周易講疏》十卷、《內典博要》一百卷、《連山》三十卷、《詞林》三卷、《玉韜》、《金樓子》、《補闕子》各十卷，《老子講疏》四卷，《懷舊傳》二卷、《古今全德誌》、《荊南地記》、《貢職圖》、《古今同姓名錄》一卷，《筮經》十二卷，《式讚》三卷，文集五十卷。
起初，承聖二年三月，有兩條龍從南郡城西升天，百姓聚集觀看，五彩分明。江陵的元老舊臣私下互相哭著說：“從前有龍出於建康秦淮河，而天下大亂，現在重又出現，災禍很快就要到來了。”元帝聽說後十分厭惡，過了一年便遇上了禍患。又江陵先前曾有九十九個沙洲，自古相傳說：“洲滿一百，當出天子。”桓玄曾當荊州刺史，心內曾有篡逆的企圖，便派人鑿破了一個洲，以應合一百這個數目。隨後就崩毀了，結果無所成就。宋文帝做宜都王，是一個藩國，一個沙洲自己出現了，不久文帝篡奪了皇位。後來遇到了元凶劭之禍，這個洲又沉沒了。太清末年，枝江的楊之閣浦又生了一個沙洲，眾僚友上書慶賀，第二年就即了皇位。承聖末年，那個洲與大岸相通，還是九十九個。