梁高祖武皇帝名叫衍，字叔達，小字練兒，南蘭陵中都裏人，姓蕭氏，與齊朝皇家同是承繼淮陰令蕭整。
武帝在宋朝的孝武帝大明八年(464)生於秣陵縣同夏裏三橋家中。起初，皇上已故的母親張氏曾夢見自己懷抱太陽，隨後就有了身孕，於是生了高帝。高帝生下來就有一種異常的光，相貌特殊，額骨中央隆起，形狀如日，麵部如龍，回頭有如虎望重山，舌紋為八字形，頸部有浮扁，身體映著太陽卻沒有影子，兩髖骨都是雙骨並生，脖頸上部隆起，右手有文為“武”字。高帝小時候，能蹈空行走。長大後，博學多通，喜愛謀略，有文武才幹。他所住的房子中，常常像是有雲氣，別人有時遇著，身上會覺得十分清淨。
開始他曾擔任衛軍王儉的東..祭酒，王儉一見深感詫異，十分器重，把他聘為戶曹屬。他曾對廬江的何憲說：“這位蕭郎三十歲以內一定會做侍中，如果更高則貴不可言。”竟陵王蕭子良開設了西邸，招攬文學人才，武帝和沈約、謝緿、王融、蕭琛、範雲、任窻、陸翺等人一起交遊，號稱“八友”。王融俊爽，見識過人，尤其敬佩和特重武帝，常常對他親近的人說：“主宰天下，必是此人。”武帝逐步升遷為隨王鎮西谘議參軍。有一次路過牛渚，遇上了大風，便把船駛入龍瀆停泊，有一個老人對武帝說：“您龍行虎步，相貌不可言說，天下正在大亂，能使它安定的恐怕就是您了吧！”問他的姓名，卻忽然不見了。不久武帝因為父親去世而離職，回到了建鄴。
後來齊武帝生了病，竟陵王蕭子良任命武帝和兄長蕭懿、王融、劉繪、王思遠、顧詗之、範雲等為軍帳內的主將。王融打算在皇帝逝世後立蕭子良為皇帝。武帝說：“立蕭子良這是一件不平常的事，一定要靠不平常的人，王融的才能不足以實現他的企圖，人們將看到他的失敗。”範雲說：“憂慮國家的，惟有王中書。”武帝說：“憂慮國家是要做周、召，還是要做豎、刁呢？”蕭懿說：“真是正直啊，史魚，多麽質樸而倔強啊！”
起初，父親逝世，武帝很不得誌，有關事情見《齊魚複侯傳》。到了現在，鬱林王失德，齊明帝輔政，打算要進行皇帝的廢立，武帝準備幫助齊明帝，推翻齊武帝的後代，以洗雪心中的恥辱，齊明帝也知道他的這種心情，常常和武帝密謀。當時齊明帝打算拉攏隨王，恐怕他不肯答應，又因為有王敬則在會稽，恐怕製造變亂，便向武帝詢問。武帝說：“隨王雖然享有美名，其實平庸而又拙劣，既沒有智謀之士，爪牙也隻是倚仗司馬垣曆生、武陵太守卞白龍罷了。這些人全都惟利是圖，如果送給他們一個顯要的職位，無不奔走效勞。隨王隻須以平常的態度對待就行了。王敬則誌在安定江東，極享富貴，應該挑選美女去使他心中快樂。”齊明帝說：“這也是我的心意。”隨即就征垣曆生擔任太子左衛率、卞白龍為遊擊將軍，都來上任了。接著又召隨王到京，賜他自盡。
豫州刺史崔慧景是齊武帝的舊臣，不太安分，齊明帝很擔心，於是起用武帝鎮守壽陽，對外聲稱是防備魏國，實際上是防範崔慧景。軍隊駐紮在長瀨，崔慧景對自己的罪行十分恐懼，身穿白衣服前來迎接，武帝加以撫慰並且原諒了他。將軍房伯玉、徐玄慶都說：“崔慧景謀反的跡象既然暴露，實際上就是現行賊寇，我們武將，就是衣袖上的鷹，將軍一句話給我們下道命令，立即就能打垮他。”武帝笑著說：“他就像是手掌中的嬰兒，殺死他算不得武勇。”便曲意與他和解，慧景於是安定下來。隆昌元年(494)武帝被任命為中書侍郎，改任黃門侍郎。
建武二年(495)，魏國將領王肅、劉昶進攻司州刺史蕭誕十分猛烈，齊明帝派遣左衛將軍王廣之前往救援，武帝為偏帥隸屬於王廣之。行軍駐紮在熨鬥洲，有一個人身高八尺多，容貌衣冠全部是潔白的，順著江邊喊道：“蕭王大貴。”武帝既然屢次遇到吉祥的征兆，心裏越發自信。當時離蕭誕有一百裏，眾軍因為魏軍太強盛，都不敢前進。武帝打算大振軍威，便對諸位將官說：“現在屯駐在下梁城，把守著鑿峴天險，保衛著雉腳道路，占據著賢首高山，可以通往西關，下臨賊營，三方犄角，攻其不備，戰敗敵軍是必定無疑的。”王廣之等人不肯聽從。後來派遣徐玄慶前往占據賢首山，魏軍斷絕了他的糧道，眾人害怕，都不敢前去援助他，隻有武帝獨自奮勇請求首先進軍。於是王廣之增加武帝的精兵人數，銜枚夜行，急速前進。後來迷失了道路，遠遠望見好像有人手持兩支火炬，隨著前進果然找到了道路，直上賢首山，王廣之的軍隊從而才得以前進。魏軍前來威脅，武帝堅守壁壘，拒不前進。當時王肅獨自攻城，第一次擊鼓就退了回來，劉昶有了疑心，武帝於是又給他寫信，造成他們之間的矛盾。一天，有風從西北刮起，黑雲隨著壓來，走到王肅軍營的上空，一會兒又風回雲轉，返回西北，武帝說：“這就是所謂歸氣，魏軍就要敗退了。”便對軍中下令說：“望旗而進，聽鼓而動。”王肅把十萬軍隊全部排成人牆，在江北列陣，武帝揮舞旗幟，軍士鼓噪，響震山穀，敢死的兵士，拿著短刀首先衝鋒，大刀長矛掩護兩翼。城中見援兵到來，於是也出兵攻擊魏軍的柵欄，魏軍表裏受敵，因而全軍崩潰。王肅、劉昶單騎逃走，斬殺、俘虜數以千計，流血染紅了田野。在王肅、劉昶的衣箱中找到了魏帝的敕令，其中說：“聽說蕭衍善於用兵，不要與他爭鋒，等我到達，如果能捉到此人，則江東就歸我所有了。”武帝因為戰功被封為建陽縣男。
不久做了司州刺史。有個和尚自稱叫僧惲，對武帝說：“您的脖頸上有一條臥龍，不是別人的臣子啊。”又去找他，卻不知去處了。武帝在州內，威名很大。曾有人贈送一匹馬，武帝不接受，贈馬的人秘密地把馬拴在齋房的柱子上走了。武帝出來看見了馬，寫了一封情意懇切的答謝信，係在馬頭上，讓人把馬趕出城外，馬又自己回到家中。他回到京城擔任太子中庶子，兼任四廂直。出京鎮守石頭城。齊明帝性格猜忌，武帝避開當時社會上的疑惑，遣散了部下，常常乘一輛折角小牛車。齊明帝常常稱讚武帝清素儉樸，用以勉勵朝臣。
建武四年，魏國的孝文帝親自率領大軍逼近雍州，刺史曹武渡過沔水據守樊城，曹武是舊時齊武帝的心腹，齊明帝猜忌他，想讓皇後的弟弟劉暄主管雍州，劉暄不願意出外，借助於江礻石而得以留下。齊明帝打算讓武帝去雍州，接受了密旨出兵，聲稱為軍事派遣。又命令五兵尚書崔慧景、征南將軍陳顯達相續援助襄陽。崔慧景與武帝進軍行至鄧城，魏國孝文帝率領十餘萬騎兵忽然到達，崔慧景引兵撤退，武帝製止他，不聽從，於是大敗。武帝率領兵眾拒敵迎戰，獨自得以保全部隊。後來魏軍撤退，任命武帝為輔國將軍，監管雍州政務。
以前，雍州相傳樊城有王氣，到現在謠言更厲害。後來齊明帝逝世，遺詔以武帝為都督、雍州刺史。當時揚州刺史始安王蕭遙光、尚書令徐孝嗣、右仆射江礻石、右將軍蕭坦之、侍中江祀、衛尉劉暄輪流在內省值勤，分日批發敕令，世人稱為“六貴”。又有禦刀茹法珍、梅蟲兒、豐勇之等八人，號稱“八要”，以及舍人王口亙之等四十餘人，全都出口便是王言，行權便是憲法。武帝對張弘策說：“國政出自多門，這就是致亂的階梯。當今避禍，隻有此地，多行仁義，可以安坐而成為西伯，隻是幾位弟弟都在京城，恐怕遭到時代的禍患，需要和益州方麵共同商量。”當時皇上的長兄蕭懿免去了益州的職務回來，仍然負責郢州的工作，武帝就派張弘策到郢州去，向蕭懿說明自己的計策，具體話記在蕭懿的傳中。他的話未被聽從，張弘策回來了，武帝便招呼弟弟蕭偉和蕭辵，當年到了襄陽。於是暗中製造器械，大量砍竹子和木材，沉在檀溪中，秘密地作為舟艦和裝備的原料。當時武帝所住的齋房常常有一種氣，五色轉換，形狀好像蟠龍。晚秋外出到九日台，忽然起了暴風，煙塵四麵包圍，惟獨武帝所在的地方白日晴朗，上部紫雲騰起，形狀如同華蓋，望見的人無不詫異。
不久大臣被相繼誅殺。永元二年(500)冬天，蕭懿又被害。信息傳來後，武帝秘密地召來長史王茂、中兵呂僧珍、別駕劉慶遠、功曹史吉士瞻等謀劃。決定以後，於十一月九日在廳堂召集下屬，告訴大家就要起兵。當天樹起大旗，取出檀溪的竹子和木料做成艦船，十天之內大舉興辦。許多百姓願意隨從，共得戰馬五千匹，甲士三萬人。
先前，東昏侯任命劉山陽為巴西太守，派他到荊州去見長官蕭穎胄襲擊襄陽。武帝知道他的計謀，便派參軍王天武、龐愛國去江陵，普遍地給州府的人寫信討論軍事問題。王天武出發以後，武帝對谘議參軍張弘策說：“今日天武可以坐收天下了。荊州見天武到來一定是躊躇不定、沒有主意，如果不同意，奪取它就像在地上拾一棵小草。截斷三峽，占據巴蜀，分兵平定湘中，便全部掌握了上遊。憑借這樣的聲威，麵對九派，隔斷彭蠡，傳檄江南，風靡弱草，也不能與此相比，不過是稍待日月罷了。江陵本來就害怕襄陽人，加上唇亡齒寒，必然不能獨存，難道還會不與我們偕同嗎？率領荊、雍二州兵馬，掃定東夏，韓信、白起重出，也無計可施，況且是一個無能的昏庸君主，役使著儀仗衛士一類兵卒呢！”等劉山陽到了巴陵，武帝又讓王天武送信給蕭穎胄兄弟。走後，武帝對張弘策說：“用兵之道，攻心為上，攻城次之；心戰為上，兵戰次之，今天就是這樣。近來派遣天武前往州府，人人都有書信，這次隻有兩封，給行事兄弟，說是‘情況由天武口述’。等他問天武時，並無口信可說。天武是行事的親信，那裏的人一定認為行事和天武共同隱瞞了實情，於是人人產生疑惑。劉山陽被眾人的傳言所迷惑，便會互不信任，行事就進退都無法表白自己，這樣就是送兩封空信而平定了一州。”劉山陽到達江安，聽說後，果然疑惑不進。柳忱建議把王天武斬首，把人頭送給劉山陽，蕭穎胄於是對王天武說：“天下的事情，懸在您的身上，現在向您借頭，好來欺騙劉山陽，從前樊於期也曾經把頭借給荊軻。”於是把他斬了，送頭給劉山陽，劉山陽相信了他，騎馬入城，將要越過門檻時，懸門閘板落下，砸折了他的車轅，他扔下車子逃去，中兵參軍陳秀拔戟追去，把他殺死在門外，將人頭傳送給武帝。又以立南康王為帝的意見來相告，並且說：“時機有些不利，應當等來年二月。馬上進兵，恐怕不是朝廷的製勝謀略。”武帝回答說：“現在讓甲兵十萬坐等，糧食用品自然耗盡，如果駐兵百日，必然後悔。而且太白星出現在西方，依仗正義而行動，天時人謀，有什麽不利？從前武王伐紂王，行動忤逆太歲星，難道也要等待年月麽？”竟陵太守曹景宗派杜思衝勸武帝迎立南康王，建都襄陽，等待正式獲得尊號，武帝不答應。王茂又私下對張弘策說：“現在把南康王置於別人的手中，他們挾製天子以命令諸侯，將軍前去被別人所驅使，這哪是艱難時代的上策？”張弘策把這話說給武帝，武帝說：“如果未來大事不能成功，那麽就隻好蘭、艾一同焚毀；如果功業建成，誰還敢不聽從？哪裏是庸庸碌碌受別人支配！”接著在沔南設立了新野郡，以招集新的兵馬。
永元三年二月，南康王擔任相國，任命武帝為征東將軍。戊申日，武帝從襄陽出發。自冬天以來大雪下了很久，到現在出現了晴天，士卒都很高興。武帝便留下弟弟蕭偉守衛襄陽城，對他說：“一定要把心放在襄陽人的肚裏，推誠相信，不要疑惑。天下一家，一定會相見。”隨即便把檄文發向建鄴，闡揚大軍的威武。等到了竟陵，命令長史王茂和太守曹景宗為前軍，中兵參軍張法安守衛竟陵城。王茂、曹景宗率領軍隊渡水登岸，進駐在九裏。當天，郢州刺史張衝迎戰，王茂等人把他打得大敗。荊州派冠軍將軍鄧元起、軍中主將王世興、田安等人集結大軍於夏口。武帝建築漢口城以守衛魯山，命令水軍主將張惠紹、朱思遠等遊動阻遏長江中遊，切斷郢、魯二城的通信往來。當時張衝死去，他的兵眾推舉軍中主將薛元嗣和張衝的長史程茂為主帥。
三月十一日，南康王在江陵即皇帝位。遙廢東昏侯為涪陵王，任命武帝為尚書左仆射，兼任征東大將軍、都督征討諸軍、假黃鉞。西台又派冠軍將軍蕭穎達領兵前來會合。四月，武帝出沔水，命令王茂、蕭穎達等進逼郢城。五月十六日，武帝轉移屯兵在漢水南岸。這一天，有一片紫雲像華蓋一樣，遮蓋在營壘和幕府上空。二十一日，東昏侯派遣寧朔將軍吳子陽、光子衿等十三軍援救郢州，進軍占據巴口。七月，武帝命令王茂率領軍主曹仲宗、康絢、武會超等暗中出兵偷襲加湖，將要進逼吳子陽。江水幹涸不能通船，光子衿很高興。當天夜裏流星落在他們的城裏，四更的時候無雨而江水暴漲，眾軍乘著流水一齊前進，大聲鼓噪著向加湖攻擊，守軍很快就大敗潰退，吳子陽等逃竄，軍眾都淹死在江裏，王茂俘虜了其餘的殘兵，凱旋而歸。郢、魯二城互相對視，喪失了元氣。
在此以前，東昏派遣冠軍將軍陳伯之鎮守江州，為吳子陽等人進行聲援。武帝對諸將說：“征討不一定需要實力，所聽的隻是他的威勢名聲。現在加湖的失敗，誰不懾服。陳武牙就是陳伯之的兒子，狼狽逃歸，那裏的人情，理當十分恐懼。我說九江傳送檄文就可以平定。”於是命令搜查所抓到的俘虜，找到了陳伯之所管轄的禁軍主將蘇隆之，厚厚地加以賞賜，讓他去傳達命令。
二十六日，魯山城主孫樂祖投降。二十七日夜，郢城有數百個毛人跳過了城牆，而且在哭泣，於是投入黃鶴磯，大概是本城的精靈。等到天明，該城城主程茂、薛元嗣派參軍朱曉請求投降。武帝對他說：“城中自然可以不知天命，為什麽總是在罵？”朱曉說：“明公沒有細想，夏桀的狗何嚐不對唐堯狂吠呢？”起初，郢城關閉，將官文武男女人口十餘萬人，疾病流行死去的人有十之七八。等到城門打開，武帝都加以撫恤，命令發給那些死者棺材。
東昏侯聽說郢城丟失，為了守城考慮，挑選了左右二尚方和二冶的囚徒充實軍隊。那些不可活命的，在朱雀門內每天斬首一百多人。尚書令王亮苦苦勸諫，也不聽從。陳伯之派遣蘇隆之回複命令，請求不要馬上進軍。武帝說：“聽陳伯之這話，心裏首鼠兩端，可以在他猶豫的時候進一步逼迫他。”於是命令鄧元起當天沿江而下。八月，天子派遣黃門侍郎慰勞軍隊。武帝登上艦船，命令各路軍將依次登陸，留上庸太守韋睿守衛郢城，主管州中政事。鄧元起將要到達尋陽，陳伯之很害怕，便收兵退保湖口，留下他的兒子陳武牙守衛盆城。等武帝到達，才放棄抵抗，主動請罪。
九月，天子詔令武帝平定東夏，可以根據情況行事。前方軍隊屯駐在蕪湖，南豫州刺史申胄拋棄姑熟逃走，到現在大軍進占了這座城市。自從由雍州出發，武帝所乘的艦船一直有兩條龍在導引，左右的人沒有看不到的。沿路歡迎的百姓，都像披著棉衣一樣溫暖。便派曹景宗、蕭穎達率領騎兵和步兵進屯江寧。東昏侯派遣征虜將軍李居士迎戰，曹景宗把他擊潰。於是王茂、鄧元起、呂僧珍進占赤鼻邏，曹景宗、陳伯之作為流動部隊。這一天，新亭城主江道林率兵出戰，眾軍在陣地上把他捉住。大軍駐紮在新林，建康城的士人平民傾城而至，送款或者用血寫信。武帝命令王茂進占越城，曹景宗占領皂莢橋，鄧元起占領道士墩，陳伯之占領籬門。江道林的殘兵退到大航以南，對他進行追擊，於是重又潰散逃走，退保朱雀，憑借淮河固守。當時李居士還占據著新亭壘，請求東昏侯燒掉南岸村鎮的房屋，以開辟戰場。從大航以西，新亭以北，都蕩然無存了。
十月，東昏侯石頭城的軍主朱僧勇歸降。東昏侯又派遣征虜將軍王珍國在航南大路列陣，全部配備精兵和銳利的武器，尚有十餘萬人，太監王倀子手持白虎幡監督各路軍隊。王茂、曹景宗等成犄角形式向他們進攻，王珍國的軍隊，一時間土崩瓦解。眾軍追擊他到宣陽門，李居士獻出新亭壘，徐元瑜獻出東府城投降，石頭城、白下各軍一並夜間潰退。二十一日，武帝兵鎮石頭城，命令眾軍圍攻六門。東昏侯把門內一切全部燒掉，驅趕營署官府都進入城內，有兵二十萬。青州刺史桓和欺騙東昏侯出戰，從而投降。在此以前，俗語稱暗中互相欺騙的人為“和欺”。現在梅蟲兒、茹法珍等人說：“今天敗在桓和的手裏，可以稱作是和欺了。”武帝命令各軍築起長圍。
起初，眾軍逼近，東昏侯派遣軍主左僧虔鎮守京口、常僧景鎮守廣陵、李叔獻屯駐在瓜步。等申胄從姑熟逃歸，又派他屯駐破墩，作為東北的聲援。到了現在武帝派人勸導，都已經投降。武帝便派弟弟輔國將軍蕭秀鎮守京口，輔國將軍蕭恢屯駐破墩，堂弟寧朔將軍蕭景鎮守廣陵。吳郡太守蔡夤棄郡投降。
十二月初六，兼衛尉張稷、北徐州刺史王珍國殺掉了東昏侯，當天夜裏就用黃油裹著人頭送到了軍中。武帝命令呂僧珍、張彌統率軍隊封存倉庫和圖書。武帝於是進入京城，拘捕了寵妾潘妃，把她處死，同時處死了凶黨王口亙之以下的四十八名屬官，把宮女二千人，分別賞給將士。宣德皇後命令追廢涪陵王為東昏侯，任命武帝為中書監、大司馬、錄尚書、驃騎大將軍、都督、揚州刺史，封建安郡公，食邑一萬戶，配給儀仗四十人，黃鉞、侍中、征討諸軍事的職務依然不變。依照晉朝的武陵王司馬遵秉承皇帝意旨的先例，百官向他致敬。十九日，武帝屯駐閱武堂，下令大赦。二十六日，進入殿內鎮守。這一天，鳳凰聚集在建鄴。又下令：“凡是昏庸的詔令、荒謬的賦稅、婬刑濫役，外官可以詳細檢查以前的來源，全部蕩除。那些主管者散失，各處損耗的，要精細地建立條例，一律按照原來的章程。”二十七日，派遣豫州刺史李元履率兵五千人慰勞東部十二郡。
中興二年(502)正月初二，下令：“係統檢查尚書等部門在東昏侯時期各種訴訟案件不合理的和主管者停留不及時施行的，詳加審辨，依照事理上奏。那些義軍中臨陣犧牲、疾病死亡的，都要加以安葬，收養他們的遺孤。”初五，天子派遣兼侍中席闡文、兼黃門侍郎樂法才慰勞京城。追贈武帝的祖父為散騎常侍、左光祿大夫，武帝的父親為侍中、丞相。初六，下令：“朱雀之捷，那些送死的逆徒，特別準許家人給予裝殮埋葬；如果沒有親屬，或者家庭貧困，兩縣的長官就替他們埋葬。建康城內那些不知天命、自取滅亡的人，也同樣用這種辦法處理。”又下令減少虛浮費用，除非奉獻祭品，製作冠冕，練習禮樂的儀式，修造軍用物資，此外一概禁絕。皇宮中的官署，要酌情撤銷和精簡，命令之外詳細地作出具體安排。
初九，宣德皇後臨朝聽政，進入內殿中任命武帝為大司馬，解除秉承皇帝意旨的安排，百官仍然像以前一樣向他致敬。十三日，詔令晉升武帝為都督中外諸軍事，可以帶劍穿麻鞋上殿，入朝不必趨步，讚拜不用報名，增設前後部羽葆、樂隊，設置左右長史、司馬、從事中郎、掾、屬各四人，並且依舊聘用士人，其餘的都如同以前。二十五日，齊帝晉升武帝的職位為相國，總管百官，封給他十個郡為梁公，具備九錫之禮，贈給遠遊冠，綠綬帶，地位在諸王以上。武帝堅持推辭，府中官員們勸他接受，他不答應。
二月初二，府中眾官重又請求，於是才接受了擔任相國、梁公的命令。他命令在京城的大街上燒毀東昏侯的婬奢異服六十二種。齊帝追贈梁公夫人為梁國妃。
初六，南兗州的隊主陳文興在宣武城內鑿井，得到玉雕麒麟、金雕玉璧、水晶環各兩個。又有鳳凰出現在建康縣桐下裏。宣德皇後稱讚祥瑞的征兆，把它交給了相國府。初七，詔令梁國仍舊選用各種要職，全部依照天朝的規定。武帝上表，認為：“前代選辟，都設立選簿，請求自今天起，選辟部門精心挑選，依照舊製設立選簿，使選人無誤，名實相符，普通人知道了界限，拜訪請求自然也就停息了。而且聽說中間立有標準，世家大族滿二十歲可以做官，一般家庭超過三十可以開始做吏，這難道是獎勵精英、培養青年的辦法嗎？這實在是一大弊端，尤其應當改革。”詔令依照這份上表執行。二十七日，詔令晉升梁公的爵位為王，以豫州的南譙和廬江、江州的尋陽、郢州的武昌和西陽、南徐州的南琅笽南東海和晉陵、揚州的臨海和永嘉十郡增撥給梁國，和以前的一起共為二十郡。他的相國、揚州牧、驃騎大將軍職位依然和先前一樣。武帝堅持推辭，有詔書拒絕他的上表。相國左長史王瑩等率領眾僚屬敦促請求。
三月初五，接受了讓他做梁王的命令。下令赦免國內死刑以下的罪犯，鰥寡孤獨不能自力生活的人，賜給穀物五斛，府州所管的征調也都免除。十八日，齊帝命令武帝的冕冠戴十二個玉串，建立和天子一樣的旌旗，出入警戒清道，乘坐金根車，駕車用六匹馬，常備五時副車，設置旄頭旌旗，樂舞用八佾，設置鍾架懸在宮中，王妃、王子、王女爵位的稱號，完全和舊時相同。二十八日，齊帝下詔書禪讓帝位，去姑熟安居。武帝上表推讓，沒有被批準。於是齊朝的百官豫章王蕭元琳等八百一十九人，以及梁台侍中範雲等一百一十七人，一齊上表勸進，武帝謙讓不肯接受。當天，太史令蔣道秀陳述了天文符讖六十四條，事情都很明顯，群臣重複上表堅持請求，武帝才聽從了。
天監元年(502)夏季的四月初八，皇帝在南郊即位，設立祭壇燒起柴火對天禱告。祭禮結束，有詔令放百姓觀看。於是命令車駕返回建康宮，登臨太極前殿，實行大赦，改換年號，賜給人們爵位二級，文武官員職位二等；鰥寡孤獨不能自己生活的，每人發給穀物五斛；拖欠的稅布、口錢、舊債不再收繳；那些因為議論鄉人和國政而犯罪的人、貪汙窩贓奸婬盜竊罪犯，一律免罪，勾銷以前的登記，讓他們重新開始。封齊帝為巴陵王，一郡全部作為食邑，樹天子的旌旗，乘坐五時副車，執行齊朝的曆法，可以在城郊祭祀天地，禮樂製度，全用齊的典章。以齊宣德皇後為齊文帝妃，齊帝的皇後王氏為巴陵王妃，齊代的王侯封爵，全部去除，那些在艱難時期效力顯著的，以後另有加封。隻有宋汝陰王不在去除的範圍。劫賊的家人被拘捕入官的，全都免罪釋放。各個流徙的家庭，一並允許歸回本土。任命兼尚書令王亮為尚書令，兼尚書右仆射沈約為尚書仆射。封皇弟中護軍蕭宏為臨川王，南徐州刺史蕭秀為安成王，雍州刺史蕭偉為建安王，左衛將軍蕭恢為鄱陽王，荊州刺史蕭辵為始興王。自郡王以下，列爵位為不同的六個等級。皇弟、皇子封為郡王，食邑二千戶；王的庶子為縣侯，食邑五百戶，叫做諸侯；功臣的爵位和食邑沒有固定的標準。鳳凰聚集在南蘭陵。
初九，詔令凡是後宮、樂府、西解、暴室諸如此類被幽禁和逼迫的，一律放還。如果是衰老不能自己生活的，官府發給食物。初十，贈給巴陵王錢二百萬，絹、布各一千疋，綿二千斤。車騎將軍高麗王高雲晉升封號為車騎大將軍，鎮東大將軍百濟王餘太晉升封號為征東大將軍，鎮東大將軍倭王蕭武晉升封號為征東大將軍。十一日，巴陵王在姑熟逝世，追諡為齊和帝，葬禮完全依照以前的規製。
十二日，詔令分別派遣宮內的侍從，到四方各地巡視，觀看政治，聽取民謠，訪察賢能，舉薦逸才。當地如果有田野未被開墾、訴訟沒有章程、忘公徇私、一味侵奪的，都要據實上報。如果是有人懷念寶物迷戀鄉土，儲藏奇珍待價而沽，蓄積聲響隱匿真象，不去追求聞名發達，要分別按照姓名上奏，不可遺漏隱瞞。又下詔令說：“以金錢贖免刑罰，從前就曾聽說，拿絲縑用來抵罪，中世就曾實行。時間長久到了末代，輕薄成風，淪落犯罪，途徑不一。已死的不能複生，受刑的無法返回，由此而希望培植樸實之風，難道可以達到嗎？可以依照周朝、漢朝的舊典章，有罪的可以繳納錢物贖罪，此外要製定詳細的條例，及時上奏。”
十三日，以新任命的謝沐公蕭寶義為巴陵王，來繼承齊朝的祭祀。恢複南蘭陵的武進縣，依照前代的等級。征調新任命的相國軍谘祭酒謝紻為侍中、左光祿大夫、開府儀同三司。改南東海為蘭陵郡，在南徐州各個僑居郡縣實行統一編定戶口，統一納稅服役。十五日，詔令“在公車府的謗木、肺石旁邊各設置一個木箱。如果是官員不講，而百姓想盡情發表議論，可以把言論投在木箱中。如果跟隨我轉戰江、漢，功勞應該登記在冊，盔甲破舊，刀劍空懸；其次才能高超，遭受壓抑，心懷傅說、呂尚的奇術，抱有屈原、賈誼的慨歎，他的道理十分明顯，卻遭受拘限；以權勢欺負弱小，豪門淩辱賤民，百姓已經絕路，皇帝無法告知，如果願意自己申訴，都可以投在肺石的木箱中。”十六日，詔令禁止遠近各地來獻慶禮。
閏四月初十，以行宕昌王梁彌邕為安西將軍、河涼二州刺史，正式封為宕昌王。十五日，發出詔書指出大法日益鬆弛，漸漸成為習俗，命令尚書省長官依照元熙時代的舊製度，以傳聞上奏。有關部門奏請，追尊皇上死去的父親為文皇帝，廟號太祖，死去的母親張氏為獻皇後，陵墓叫建陵，郗氏為德皇後，陵墓叫修陵。
五月十八日夜，盜賊進入南北掖，燒神武門、總章觀，害死衛尉卿張弘策。戊子日，江州刺史陳伯之起兵造反。任命領軍將軍王茂為征南將軍、江州刺史，率兵討伐。
六月二十四日，封北秦州刺史楊紹先為武都王。這個月陳伯之逃往魏國。江州平定。前益州刺史劉季連占據成都造反。
秋季的七月初一，發生日蝕。
八月十三日，設置了建康三官。十八日，鸞鳥出現在樂遊苑。二十日，平北將軍、西涼州刺史象舒彭進封號為安西將軍，封為鄧至王。二十二日，命令中書監王瑩等八人參加製定法律條令。詔令尚書郎依照從前的規章上書奏事。交州奉獻能唱歌的鸚鵡，詔令不予接受。林邑、幹..利國各自派遣使者朝貢。
冬季的十一月初五，建立小廟。初十，立皇子蕭統為皇太子，賜給天下做父親較晚的人爵位一級。
十二月，下了大雪，深三尺。
本年大旱，每鬥米五千錢，群眾有許多被餓死。太清二年(548)春天的正月初一，兩個月亮相接如同鉤刀，出現在西方。初六，詔令在官位者各人舉薦自己所了解的賢人。初七，東魏攻克渦陽。初九，任命尚書仆射謝舉為尚書令，任命試職的吏部尚書王克為尚書仆射。十二日，東魏侵犯殷、豫二州。
三月十三日，撫東將軍高麗王高延逝世，任命他的兒子高成為寧東將軍、高麗王、樂浪公。二十八日，屈獠洞殺死了李賁，人頭傳到建鄴。
夏季的四月十五日，詔令在朝廷和州郡的官員各自舉薦賢士。
五月十一日，任命新上任的中書令邵陵王蕭綸為安前將軍、開府儀同三司。二十一日，對交、愛、德三州罪犯實行特殊赦免。
六月，西北部天空開裂，裂口長十丈，寬二丈，光芒射出如同閃電，其聲音好像打雷。
秋季的七月，派遣兼散騎常侍謝班到東魏聘問，以締結和平。
八月初十，侯景起兵反叛。十六日，派遣開府儀同三司邵陵王蕭綸都督各路軍兵討伐侯景，對南豫州罪犯實行特殊赦免。
九月初十，發生地震，江東尤其厲害，毀壞房屋，人被震死。地上生出白毛，長二尺。益州街市上有一萬群蜂子飛來，把人螫死。
冬季的十月，侯景襲擊譙州，進軍攻陷曆陽。二十一日，任命臨賀王蕭正德為平北將軍，都督各路軍隊屯駐在丹陽郡。二十二日，侯景從橫江渡過采石。二十四日，到了建鄴，臨賀王蕭正德率領軍隊歸附賊軍。
十一月初一，設置祭壇，殺了白馬，在太極殿前祭祀蚩尤。初二，侯景在南門前立蕭正德為天子。初四，賊兵攻陷了東府城。二十三日，邵陵王蕭綸率領武州刺史蕭弄璋、前譙州刺史趙伯超等入京援助。二十八日，進軍湖頭，與賊軍交戰，敗退。二十九日，安北將軍鄱陽王蕭範派遣世子蕭嗣、雄信將軍裴之高等率兵入京增援，駐紮在張公洲。
十二月二十二日，西北部的天空裂開，有光如火。尚書令謝舉去世。三十日，司州刺史柳仲禮、前衡州刺史韋粲、高州刺史李遷仕、前司州刺史羊鴉仁等率領軍隊入京援助。
太清三年(549)春季的正月初一，大都督柳仲禮率領眾軍分別占據南岸，賊軍在青塘渡江，突襲殺死韋粲。初四，白虹貫日三層。邵陵王蕭綸、臨城公蕭大連等率兵集結在南岸。十二日，有一顆流星長三十丈，墜落在武庫宿。李遷仕和天門太守樊文皎進軍清溪東，被賊軍擊敗，樊文皎戰死。二十六日，火星守在心宿。
二月，侯景派遣使者求和，皇太子堅持請求，武帝便答應了。結盟於西華門下。侯景把東城的米運到了石頭城後，也不解圍，請求各路軍隊撤退。二十一日，皇太子又命令南兗州刺史南康王蕭會理、前青冀二州刺史湘潭侯蕭退率領江北的軍隊，駐紮在蘭亭苑。二十四日，任命開府儀同三司、丹陽尹邵陵王蕭綸為司空，任命合州刺史鄱陽王蕭範為征北大將軍、開府儀同三司，任命司州刺史柳仲禮為侍中、尚書仆射。當時侯景的奸計已經得逞，於是上表陳述武帝的過失，重新舉兵向皇城進軍。
三月，城內因為侯景違背盟約，設立祭壇稟告天地神靈。初三，前司州刺史羊鴉仁等進軍東府北麵，與賊軍戰鬥，大敗。當時四方軍隊入京增援的有三十多萬，都沒有鬥誌，隻是自相搶奪罷了。十二日，賊軍攻陷了宮城，放縱士兵大肆掠奪。十四日，賊人假傳詔令派遣石城公蕭大款解除外援軍隊。十五日，侯景自已任命自己為都督中外諸軍事、大丞相、錄尚書事。十六日，援軍各自撤退散去。二十一日，火星守在心宿。
夏季的四月初四，京城地震。十一日，又震。二十四日，武帝因為所求的東西不給供應，憂憤臥病。這月，青冀二州刺史明少遐、東徐州刺史湛海珍、北青州刺史王奉伯各自舉州歸附東魏。
五月初二，皇帝逝世於淨居殿，當時年齡八十六歲。二十七日，遷移棺木到太極前殿。十一月初四，葬在修陵，追尊為武皇帝，廟號高祖。
武帝性格淳樸孝順，六歲的時候，獻皇太後去世，三天當中湯水不入口，哭泣超過成人。後來遭到了父親文帝的喪事，當時正在做齊朝隨王的谘議，隨王府住在荊州，聽說父親有病，便呈遞了引罪自責的辭呈，不再睡覺吃飯，加倍趕路。驚濤駭浪，也不停止。武帝的外貌本來很健壯，等到了京城，消瘦不堪，親戚朋友，都認不得了。望見宅院聽到了父親去世的消息，一時氣絕，過了很久才恢複過來。每次哀哭，就要吐血數升。服喪期間，每天隻吃麥子四兩。拜掃陵墓，流淚灑地，鬆樹青草為之變色。後來居了帝位，便在鍾山建造了一座大愛敬寺，在青溪旁邊建造了智度寺，在宮內建立了至敬等殿，又建立了七廟堂。每月兩次陳設素食，常常進去參拜，痛哭流涕，哀情使身邊的人深受感動。
武帝少年時候就很愛學習，凡是能做到的，都要研討。雖然後來日理萬機，事務繁多，還是手不釋卷，點燃蠟燭斜對燭光，常常看到五更。他撰寫了《通史》六百卷、《金海》三十卷、《製旨孝經義》、《周易講疏》和《六十四卦》、二《係》、《文言》、《序卦》等義，《樂社義》、《毛詩》、《春秋答問》、《尚書大義》、《中庸講疏》、《孔子正言》、《孝經講疏》，共二百多卷。王侯朝臣都上表提問，武帝全給他們作出解釋。他修整國立學校，增加生員，建立五館，設置五經博士。天監初年，何佟之、賀蠩、嚴植之、明山寶等按照聖旨，一起撰寫了吉凶賓軍嘉五禮，一千多卷，武帝發布詔書決斷疑難。大同年間(535～546)，在禁城的西麵設立了士林館，領軍朱異、太府卿賀琛、舍人孔子祛等輪流講述。皇太子、宣城王也在東宮宣猷堂和揚州官署開課講學。於是四方州郡，無不仿效。從他在野，到登上皇位，親自寫作的讚、序、詔誥、銘、誄、說、箴、頌、箋、奏等文字，共一百二十卷。六藝都很嫻熟，棋藝登上逸品，陰陽、緯候、卜筮、占決、草隸、尺牘、騎射，無不精妙。
晚年迷信佛教，每天隻吃一頓飯，飯菜沒有鮮肥魚肉，隻是豆羹粗飯。有時遇上事情耽誤，太陽如果過了中午，便漱一下口就過去了。他製成了《涅..》、《大品》、《淨名》、《三慧》各種經義計數百卷。聽看經卷的餘閑時間，就在重雲殿和同泰寺講說，著名僧人、高級學者、比丘、比丘尼、優婆塞、優婆夷四部聽眾，常常在一萬人以上。
武帝身穿的是布衣，用的是木棉皂帳，一頂帽子戴三年，一條被子蓋二年。自從五十歲後便斷絕了房事，後宮的職官貴妃以下，六宮的祭服和華美服裝，除了三翟以外，其他都不拖地，周圍不用錦綺。不飲酒，不聽音樂歌曲，不是宗廟祭祀、大會宴請和各種法事，平時都不曾奏樂。
武帝對政務十分勤懇，孜孜不倦。常常是冬季淩晨四更天的時候，他就命令點起蠟燭閱讀文件，拿筆受凍，手因此而皸裂。然而仁愛不斷，親人和所愛的人犯了錯誤常常寬大原諒，所以政治、刑法鬆弛紊亂。每當決定死罪，常常有人悲哀哭泣，然後就同意了他們的奏請。
武帝性格方正，即使處在小殿暗室，也總是整理衣冠小坐，暑天從不撩衣袒露。即使見宮內小臣，也象是款待貴賓一樣。
起初，齊高帝夢見穿著木屐登殿，看見了武、明二帝後麵一個人用手展開著一張天地圖而不認識，向他詢問，回答說：“順你之後。”後來崔慧景進行威逼，長沙宣武王入京援助，到了越城，夢見乘馬飛到半天空中卻掉了下來，武帝所乘的馬則化為一條赤龍，騰空獨上。當時台閣中有個衛士是一個男巫師，常常看見太極殿有六條龍各自守著一個柱子，結果忽然失掉了其中的兩條，後來看見在宣武王的院子裏。當時宣武王為益州刺史，巫師便前往蜀地去做事。等到宣武王在郢州，這個巫師回到了京城，去見六條龍都在武帝所住的齋房中，於是便離開郢州前往雍州。中途遇到疾病將要死去，便對同伴說：“蕭雍州一定會做天子。”把以前的舊事詳細說了一遍。根據這些推斷，原來就是天命。
即使在逢難期間，武帝也沒有停止齋戒，後來生病不能進食，洗漱仍然和開初一樣。皇太子每天兩次朝見，常常問候是否平安，淚流滿麵。侍奉的賊臣見了，無不掩麵哭泣。病久了感到口苦，索要蜂蜜，卻沒有得到，連說了兩次：“荷，荷！”於是逝世。賊臣對此進行保密，太子要去問候不讓見麵，在門外哀痛不止。
當初在天監年間，和尚釋寶誌寫詩說：“昔年三十八，今年八十三，四中複有四，城北火酣酣。”武帝讓周舍把它記錄封存起來。到了中大同元年(546)，同泰寺受災，武帝打開封函見到了周舍的手跡，為他流下了眼淚。武帝生於甲辰年(464)，三十八歲時正是攻克建鄴的那年。遇災那年實際上是丙寅年，已經八十三了。四月十四日失火，失火的開始，是起自寺塔的第三層。三，是武帝在弟兄中的排行順次。武帝很厭惡，召太史令虞履進行占卜，遇到的是《巛》。虞履說：“沒有災害。有關的《繇》中說：‘西南得朋，東北喪朋，安貞吉。’《文言》中說：‘東北喪朋，乃終有慶。’”武帝說：“這是魔鬼呀。酉應見卯，金來克木，卯為陰間的賊。鬼而又帶賊，不是魔是什麽。為什麽會產生魔呢？酉是口舌，是處於說話的位置。說是言《兌》，從而知道善言之口，應該能夠提前做好法事。”於是人人稱善，無不追從。有的刺血灑地，有的刺血寫經，穿心點燈，坐禪不食。到了太清元年(547)，武帝舍身於光嚴殿、重雲殿，遊仙化生都發生震動，三天才停下來。當時稱為祥瑞。懂得的人認為不動而動，在《洪範》中稱為妖。以此比附石季龍的失敗，殿中壁畫中的人物脖頸都把頭縮了進去之類。
當時海中的浮鵠山，離餘姚的海岸大約一千多裏，山上有一個女人年齡已經三百多歲，有女道士四五百人，年齡都超出一百歲，隻是在山上學道。派遣使者來獻紅席。武帝剛舍身的時候，她們的使者剛好到達，說這種草常有紅鳥住在下麵，所以就拿這作為名字。看她們所畫的形狀，則是鸞鳥。當時有一個男子不知道是什麽人，在大眾當中自己割肉來喂餓鳥，血流滿身，而臉色不變。又和尚智泉用鐵鉤掛著身體，來點燃一千盞燈，一天一夜，端坐不動。開講的時候，有三足鳥聚集在大殿的東門，從門口飛到西南的橫梁上，三次飛起，三次聚集。有白雀一隻，出現在重雲閣的連理樹上。又有五色雲浮在華林園的昆明池上。武帝流落回避越發厲害，境內變化，終於弄到喪亂滅亡。
武帝在宋朝的孝武帝大明八年(464)生於秣陵縣同夏裏三橋家中。起初，皇上已故的母親張氏曾夢見自己懷抱太陽，隨後就有了身孕，於是生了高帝。高帝生下來就有一種異常的光，相貌特殊，額骨中央隆起，形狀如日，麵部如龍，回頭有如虎望重山，舌紋為八字形，頸部有浮扁，身體映著太陽卻沒有影子，兩髖骨都是雙骨並生，脖頸上部隆起，右手有文為“武”字。高帝小時候，能蹈空行走。長大後，博學多通，喜愛謀略，有文武才幹。他所住的房子中，常常像是有雲氣，別人有時遇著，身上會覺得十分清淨。
開始他曾擔任衛軍王儉的東..祭酒，王儉一見深感詫異，十分器重，把他聘為戶曹屬。他曾對廬江的何憲說：“這位蕭郎三十歲以內一定會做侍中，如果更高則貴不可言。”竟陵王蕭子良開設了西邸，招攬文學人才，武帝和沈約、謝緿、王融、蕭琛、範雲、任窻、陸翺等人一起交遊，號稱“八友”。王融俊爽，見識過人，尤其敬佩和特重武帝，常常對他親近的人說：“主宰天下，必是此人。”武帝逐步升遷為隨王鎮西谘議參軍。有一次路過牛渚，遇上了大風，便把船駛入龍瀆停泊，有一個老人對武帝說：“您龍行虎步，相貌不可言說，天下正在大亂，能使它安定的恐怕就是您了吧！”問他的姓名，卻忽然不見了。不久武帝因為父親去世而離職，回到了建鄴。
後來齊武帝生了病，竟陵王蕭子良任命武帝和兄長蕭懿、王融、劉繪、王思遠、顧詗之、範雲等為軍帳內的主將。王融打算在皇帝逝世後立蕭子良為皇帝。武帝說：“立蕭子良這是一件不平常的事，一定要靠不平常的人，王融的才能不足以實現他的企圖，人們將看到他的失敗。”範雲說：“憂慮國家的，惟有王中書。”武帝說：“憂慮國家是要做周、召，還是要做豎、刁呢？”蕭懿說：“真是正直啊，史魚，多麽質樸而倔強啊！”
起初，父親逝世，武帝很不得誌，有關事情見《齊魚複侯傳》。到了現在，鬱林王失德，齊明帝輔政，打算要進行皇帝的廢立，武帝準備幫助齊明帝，推翻齊武帝的後代，以洗雪心中的恥辱，齊明帝也知道他的這種心情，常常和武帝密謀。當時齊明帝打算拉攏隨王，恐怕他不肯答應，又因為有王敬則在會稽，恐怕製造變亂，便向武帝詢問。武帝說：“隨王雖然享有美名，其實平庸而又拙劣，既沒有智謀之士，爪牙也隻是倚仗司馬垣曆生、武陵太守卞白龍罷了。這些人全都惟利是圖，如果送給他們一個顯要的職位，無不奔走效勞。隨王隻須以平常的態度對待就行了。王敬則誌在安定江東，極享富貴，應該挑選美女去使他心中快樂。”齊明帝說：“這也是我的心意。”隨即就征垣曆生擔任太子左衛率、卞白龍為遊擊將軍，都來上任了。接著又召隨王到京，賜他自盡。
豫州刺史崔慧景是齊武帝的舊臣，不太安分，齊明帝很擔心，於是起用武帝鎮守壽陽，對外聲稱是防備魏國，實際上是防範崔慧景。軍隊駐紮在長瀨，崔慧景對自己的罪行十分恐懼，身穿白衣服前來迎接，武帝加以撫慰並且原諒了他。將軍房伯玉、徐玄慶都說：“崔慧景謀反的跡象既然暴露，實際上就是現行賊寇，我們武將，就是衣袖上的鷹，將軍一句話給我們下道命令，立即就能打垮他。”武帝笑著說：“他就像是手掌中的嬰兒，殺死他算不得武勇。”便曲意與他和解，慧景於是安定下來。隆昌元年(494)武帝被任命為中書侍郎，改任黃門侍郎。
建武二年(495)，魏國將領王肅、劉昶進攻司州刺史蕭誕十分猛烈，齊明帝派遣左衛將軍王廣之前往救援，武帝為偏帥隸屬於王廣之。行軍駐紮在熨鬥洲，有一個人身高八尺多，容貌衣冠全部是潔白的，順著江邊喊道：“蕭王大貴。”武帝既然屢次遇到吉祥的征兆，心裏越發自信。當時離蕭誕有一百裏，眾軍因為魏軍太強盛，都不敢前進。武帝打算大振軍威，便對諸位將官說：“現在屯駐在下梁城，把守著鑿峴天險，保衛著雉腳道路，占據著賢首高山，可以通往西關，下臨賊營，三方犄角，攻其不備，戰敗敵軍是必定無疑的。”王廣之等人不肯聽從。後來派遣徐玄慶前往占據賢首山，魏軍斷絕了他的糧道，眾人害怕，都不敢前去援助他，隻有武帝獨自奮勇請求首先進軍。於是王廣之增加武帝的精兵人數，銜枚夜行，急速前進。後來迷失了道路，遠遠望見好像有人手持兩支火炬，隨著前進果然找到了道路，直上賢首山，王廣之的軍隊從而才得以前進。魏軍前來威脅，武帝堅守壁壘，拒不前進。當時王肅獨自攻城，第一次擊鼓就退了回來，劉昶有了疑心，武帝於是又給他寫信，造成他們之間的矛盾。一天，有風從西北刮起，黑雲隨著壓來，走到王肅軍營的上空，一會兒又風回雲轉，返回西北，武帝說：“這就是所謂歸氣，魏軍就要敗退了。”便對軍中下令說：“望旗而進，聽鼓而動。”王肅把十萬軍隊全部排成人牆，在江北列陣，武帝揮舞旗幟，軍士鼓噪，響震山穀，敢死的兵士，拿著短刀首先衝鋒，大刀長矛掩護兩翼。城中見援兵到來，於是也出兵攻擊魏軍的柵欄，魏軍表裏受敵，因而全軍崩潰。王肅、劉昶單騎逃走，斬殺、俘虜數以千計，流血染紅了田野。在王肅、劉昶的衣箱中找到了魏帝的敕令，其中說：“聽說蕭衍善於用兵，不要與他爭鋒，等我到達，如果能捉到此人，則江東就歸我所有了。”武帝因為戰功被封為建陽縣男。
不久做了司州刺史。有個和尚自稱叫僧惲，對武帝說：“您的脖頸上有一條臥龍，不是別人的臣子啊。”又去找他，卻不知去處了。武帝在州內，威名很大。曾有人贈送一匹馬，武帝不接受，贈馬的人秘密地把馬拴在齋房的柱子上走了。武帝出來看見了馬，寫了一封情意懇切的答謝信，係在馬頭上，讓人把馬趕出城外，馬又自己回到家中。他回到京城擔任太子中庶子，兼任四廂直。出京鎮守石頭城。齊明帝性格猜忌，武帝避開當時社會上的疑惑，遣散了部下，常常乘一輛折角小牛車。齊明帝常常稱讚武帝清素儉樸，用以勉勵朝臣。
建武四年，魏國的孝文帝親自率領大軍逼近雍州，刺史曹武渡過沔水據守樊城，曹武是舊時齊武帝的心腹，齊明帝猜忌他，想讓皇後的弟弟劉暄主管雍州，劉暄不願意出外，借助於江礻石而得以留下。齊明帝打算讓武帝去雍州，接受了密旨出兵，聲稱為軍事派遣。又命令五兵尚書崔慧景、征南將軍陳顯達相續援助襄陽。崔慧景與武帝進軍行至鄧城，魏國孝文帝率領十餘萬騎兵忽然到達，崔慧景引兵撤退，武帝製止他，不聽從，於是大敗。武帝率領兵眾拒敵迎戰，獨自得以保全部隊。後來魏軍撤退，任命武帝為輔國將軍，監管雍州政務。
以前，雍州相傳樊城有王氣，到現在謠言更厲害。後來齊明帝逝世，遺詔以武帝為都督、雍州刺史。當時揚州刺史始安王蕭遙光、尚書令徐孝嗣、右仆射江礻石、右將軍蕭坦之、侍中江祀、衛尉劉暄輪流在內省值勤，分日批發敕令，世人稱為“六貴”。又有禦刀茹法珍、梅蟲兒、豐勇之等八人，號稱“八要”，以及舍人王口亙之等四十餘人，全都出口便是王言，行權便是憲法。武帝對張弘策說：“國政出自多門，這就是致亂的階梯。當今避禍，隻有此地，多行仁義，可以安坐而成為西伯，隻是幾位弟弟都在京城，恐怕遭到時代的禍患，需要和益州方麵共同商量。”當時皇上的長兄蕭懿免去了益州的職務回來，仍然負責郢州的工作，武帝就派張弘策到郢州去，向蕭懿說明自己的計策，具體話記在蕭懿的傳中。他的話未被聽從，張弘策回來了，武帝便招呼弟弟蕭偉和蕭辵，當年到了襄陽。於是暗中製造器械，大量砍竹子和木材，沉在檀溪中，秘密地作為舟艦和裝備的原料。當時武帝所住的齋房常常有一種氣，五色轉換，形狀好像蟠龍。晚秋外出到九日台，忽然起了暴風，煙塵四麵包圍，惟獨武帝所在的地方白日晴朗，上部紫雲騰起，形狀如同華蓋，望見的人無不詫異。
不久大臣被相繼誅殺。永元二年(500)冬天，蕭懿又被害。信息傳來後，武帝秘密地召來長史王茂、中兵呂僧珍、別駕劉慶遠、功曹史吉士瞻等謀劃。決定以後，於十一月九日在廳堂召集下屬，告訴大家就要起兵。當天樹起大旗，取出檀溪的竹子和木料做成艦船，十天之內大舉興辦。許多百姓願意隨從，共得戰馬五千匹，甲士三萬人。
先前，東昏侯任命劉山陽為巴西太守，派他到荊州去見長官蕭穎胄襲擊襄陽。武帝知道他的計謀，便派參軍王天武、龐愛國去江陵，普遍地給州府的人寫信討論軍事問題。王天武出發以後，武帝對谘議參軍張弘策說：“今日天武可以坐收天下了。荊州見天武到來一定是躊躇不定、沒有主意，如果不同意，奪取它就像在地上拾一棵小草。截斷三峽，占據巴蜀，分兵平定湘中，便全部掌握了上遊。憑借這樣的聲威，麵對九派，隔斷彭蠡，傳檄江南，風靡弱草，也不能與此相比，不過是稍待日月罷了。江陵本來就害怕襄陽人，加上唇亡齒寒，必然不能獨存，難道還會不與我們偕同嗎？率領荊、雍二州兵馬，掃定東夏，韓信、白起重出，也無計可施，況且是一個無能的昏庸君主，役使著儀仗衛士一類兵卒呢！”等劉山陽到了巴陵，武帝又讓王天武送信給蕭穎胄兄弟。走後，武帝對張弘策說：“用兵之道，攻心為上，攻城次之；心戰為上，兵戰次之，今天就是這樣。近來派遣天武前往州府，人人都有書信，這次隻有兩封，給行事兄弟，說是‘情況由天武口述’。等他問天武時，並無口信可說。天武是行事的親信，那裏的人一定認為行事和天武共同隱瞞了實情，於是人人產生疑惑。劉山陽被眾人的傳言所迷惑，便會互不信任，行事就進退都無法表白自己，這樣就是送兩封空信而平定了一州。”劉山陽到達江安，聽說後，果然疑惑不進。柳忱建議把王天武斬首，把人頭送給劉山陽，蕭穎胄於是對王天武說：“天下的事情，懸在您的身上，現在向您借頭，好來欺騙劉山陽，從前樊於期也曾經把頭借給荊軻。”於是把他斬了，送頭給劉山陽，劉山陽相信了他，騎馬入城，將要越過門檻時，懸門閘板落下，砸折了他的車轅，他扔下車子逃去，中兵參軍陳秀拔戟追去，把他殺死在門外，將人頭傳送給武帝。又以立南康王為帝的意見來相告，並且說：“時機有些不利，應當等來年二月。馬上進兵，恐怕不是朝廷的製勝謀略。”武帝回答說：“現在讓甲兵十萬坐等，糧食用品自然耗盡，如果駐兵百日，必然後悔。而且太白星出現在西方，依仗正義而行動，天時人謀，有什麽不利？從前武王伐紂王，行動忤逆太歲星，難道也要等待年月麽？”竟陵太守曹景宗派杜思衝勸武帝迎立南康王，建都襄陽，等待正式獲得尊號，武帝不答應。王茂又私下對張弘策說：“現在把南康王置於別人的手中，他們挾製天子以命令諸侯，將軍前去被別人所驅使，這哪是艱難時代的上策？”張弘策把這話說給武帝，武帝說：“如果未來大事不能成功，那麽就隻好蘭、艾一同焚毀；如果功業建成，誰還敢不聽從？哪裏是庸庸碌碌受別人支配！”接著在沔南設立了新野郡，以招集新的兵馬。
永元三年二月，南康王擔任相國，任命武帝為征東將軍。戊申日，武帝從襄陽出發。自冬天以來大雪下了很久，到現在出現了晴天，士卒都很高興。武帝便留下弟弟蕭偉守衛襄陽城，對他說：“一定要把心放在襄陽人的肚裏，推誠相信，不要疑惑。天下一家，一定會相見。”隨即便把檄文發向建鄴，闡揚大軍的威武。等到了竟陵，命令長史王茂和太守曹景宗為前軍，中兵參軍張法安守衛竟陵城。王茂、曹景宗率領軍隊渡水登岸，進駐在九裏。當天，郢州刺史張衝迎戰，王茂等人把他打得大敗。荊州派冠軍將軍鄧元起、軍中主將王世興、田安等人集結大軍於夏口。武帝建築漢口城以守衛魯山，命令水軍主將張惠紹、朱思遠等遊動阻遏長江中遊，切斷郢、魯二城的通信往來。當時張衝死去，他的兵眾推舉軍中主將薛元嗣和張衝的長史程茂為主帥。
三月十一日，南康王在江陵即皇帝位。遙廢東昏侯為涪陵王，任命武帝為尚書左仆射，兼任征東大將軍、都督征討諸軍、假黃鉞。西台又派冠軍將軍蕭穎達領兵前來會合。四月，武帝出沔水，命令王茂、蕭穎達等進逼郢城。五月十六日，武帝轉移屯兵在漢水南岸。這一天，有一片紫雲像華蓋一樣，遮蓋在營壘和幕府上空。二十一日，東昏侯派遣寧朔將軍吳子陽、光子衿等十三軍援救郢州，進軍占據巴口。七月，武帝命令王茂率領軍主曹仲宗、康絢、武會超等暗中出兵偷襲加湖，將要進逼吳子陽。江水幹涸不能通船，光子衿很高興。當天夜裏流星落在他們的城裏，四更的時候無雨而江水暴漲，眾軍乘著流水一齊前進，大聲鼓噪著向加湖攻擊，守軍很快就大敗潰退，吳子陽等逃竄，軍眾都淹死在江裏，王茂俘虜了其餘的殘兵，凱旋而歸。郢、魯二城互相對視，喪失了元氣。
在此以前，東昏派遣冠軍將軍陳伯之鎮守江州，為吳子陽等人進行聲援。武帝對諸將說：“征討不一定需要實力，所聽的隻是他的威勢名聲。現在加湖的失敗，誰不懾服。陳武牙就是陳伯之的兒子，狼狽逃歸，那裏的人情，理當十分恐懼。我說九江傳送檄文就可以平定。”於是命令搜查所抓到的俘虜，找到了陳伯之所管轄的禁軍主將蘇隆之，厚厚地加以賞賜，讓他去傳達命令。
二十六日，魯山城主孫樂祖投降。二十七日夜，郢城有數百個毛人跳過了城牆，而且在哭泣，於是投入黃鶴磯，大概是本城的精靈。等到天明，該城城主程茂、薛元嗣派參軍朱曉請求投降。武帝對他說：“城中自然可以不知天命，為什麽總是在罵？”朱曉說：“明公沒有細想，夏桀的狗何嚐不對唐堯狂吠呢？”起初，郢城關閉，將官文武男女人口十餘萬人，疾病流行死去的人有十之七八。等到城門打開，武帝都加以撫恤，命令發給那些死者棺材。
東昏侯聽說郢城丟失，為了守城考慮，挑選了左右二尚方和二冶的囚徒充實軍隊。那些不可活命的，在朱雀門內每天斬首一百多人。尚書令王亮苦苦勸諫，也不聽從。陳伯之派遣蘇隆之回複命令，請求不要馬上進軍。武帝說：“聽陳伯之這話，心裏首鼠兩端，可以在他猶豫的時候進一步逼迫他。”於是命令鄧元起當天沿江而下。八月，天子派遣黃門侍郎慰勞軍隊。武帝登上艦船，命令各路軍將依次登陸，留上庸太守韋睿守衛郢城，主管州中政事。鄧元起將要到達尋陽，陳伯之很害怕，便收兵退保湖口，留下他的兒子陳武牙守衛盆城。等武帝到達，才放棄抵抗，主動請罪。
九月，天子詔令武帝平定東夏，可以根據情況行事。前方軍隊屯駐在蕪湖，南豫州刺史申胄拋棄姑熟逃走，到現在大軍進占了這座城市。自從由雍州出發，武帝所乘的艦船一直有兩條龍在導引，左右的人沒有看不到的。沿路歡迎的百姓，都像披著棉衣一樣溫暖。便派曹景宗、蕭穎達率領騎兵和步兵進屯江寧。東昏侯派遣征虜將軍李居士迎戰，曹景宗把他擊潰。於是王茂、鄧元起、呂僧珍進占赤鼻邏，曹景宗、陳伯之作為流動部隊。這一天，新亭城主江道林率兵出戰，眾軍在陣地上把他捉住。大軍駐紮在新林，建康城的士人平民傾城而至，送款或者用血寫信。武帝命令王茂進占越城，曹景宗占領皂莢橋，鄧元起占領道士墩，陳伯之占領籬門。江道林的殘兵退到大航以南，對他進行追擊，於是重又潰散逃走，退保朱雀，憑借淮河固守。當時李居士還占據著新亭壘，請求東昏侯燒掉南岸村鎮的房屋，以開辟戰場。從大航以西，新亭以北，都蕩然無存了。
十月，東昏侯石頭城的軍主朱僧勇歸降。東昏侯又派遣征虜將軍王珍國在航南大路列陣，全部配備精兵和銳利的武器，尚有十餘萬人，太監王倀子手持白虎幡監督各路軍隊。王茂、曹景宗等成犄角形式向他們進攻，王珍國的軍隊，一時間土崩瓦解。眾軍追擊他到宣陽門，李居士獻出新亭壘，徐元瑜獻出東府城投降，石頭城、白下各軍一並夜間潰退。二十一日，武帝兵鎮石頭城，命令眾軍圍攻六門。東昏侯把門內一切全部燒掉，驅趕營署官府都進入城內，有兵二十萬。青州刺史桓和欺騙東昏侯出戰，從而投降。在此以前，俗語稱暗中互相欺騙的人為“和欺”。現在梅蟲兒、茹法珍等人說：“今天敗在桓和的手裏，可以稱作是和欺了。”武帝命令各軍築起長圍。
起初，眾軍逼近，東昏侯派遣軍主左僧虔鎮守京口、常僧景鎮守廣陵、李叔獻屯駐在瓜步。等申胄從姑熟逃歸，又派他屯駐破墩，作為東北的聲援。到了現在武帝派人勸導，都已經投降。武帝便派弟弟輔國將軍蕭秀鎮守京口，輔國將軍蕭恢屯駐破墩，堂弟寧朔將軍蕭景鎮守廣陵。吳郡太守蔡夤棄郡投降。
十二月初六，兼衛尉張稷、北徐州刺史王珍國殺掉了東昏侯，當天夜裏就用黃油裹著人頭送到了軍中。武帝命令呂僧珍、張彌統率軍隊封存倉庫和圖書。武帝於是進入京城，拘捕了寵妾潘妃，把她處死，同時處死了凶黨王口亙之以下的四十八名屬官，把宮女二千人，分別賞給將士。宣德皇後命令追廢涪陵王為東昏侯，任命武帝為中書監、大司馬、錄尚書、驃騎大將軍、都督、揚州刺史，封建安郡公，食邑一萬戶，配給儀仗四十人，黃鉞、侍中、征討諸軍事的職務依然不變。依照晉朝的武陵王司馬遵秉承皇帝意旨的先例，百官向他致敬。十九日，武帝屯駐閱武堂，下令大赦。二十六日，進入殿內鎮守。這一天，鳳凰聚集在建鄴。又下令：“凡是昏庸的詔令、荒謬的賦稅、婬刑濫役，外官可以詳細檢查以前的來源，全部蕩除。那些主管者散失，各處損耗的，要精細地建立條例，一律按照原來的章程。”二十七日，派遣豫州刺史李元履率兵五千人慰勞東部十二郡。
中興二年(502)正月初二，下令：“係統檢查尚書等部門在東昏侯時期各種訴訟案件不合理的和主管者停留不及時施行的，詳加審辨，依照事理上奏。那些義軍中臨陣犧牲、疾病死亡的，都要加以安葬，收養他們的遺孤。”初五，天子派遣兼侍中席闡文、兼黃門侍郎樂法才慰勞京城。追贈武帝的祖父為散騎常侍、左光祿大夫，武帝的父親為侍中、丞相。初六，下令：“朱雀之捷，那些送死的逆徒，特別準許家人給予裝殮埋葬；如果沒有親屬，或者家庭貧困，兩縣的長官就替他們埋葬。建康城內那些不知天命、自取滅亡的人，也同樣用這種辦法處理。”又下令減少虛浮費用，除非奉獻祭品，製作冠冕，練習禮樂的儀式，修造軍用物資，此外一概禁絕。皇宮中的官署，要酌情撤銷和精簡，命令之外詳細地作出具體安排。
初九，宣德皇後臨朝聽政，進入內殿中任命武帝為大司馬，解除秉承皇帝意旨的安排，百官仍然像以前一樣向他致敬。十三日，詔令晉升武帝為都督中外諸軍事，可以帶劍穿麻鞋上殿，入朝不必趨步，讚拜不用報名，增設前後部羽葆、樂隊，設置左右長史、司馬、從事中郎、掾、屬各四人，並且依舊聘用士人，其餘的都如同以前。二十五日，齊帝晉升武帝的職位為相國，總管百官，封給他十個郡為梁公，具備九錫之禮，贈給遠遊冠，綠綬帶，地位在諸王以上。武帝堅持推辭，府中官員們勸他接受，他不答應。
二月初二，府中眾官重又請求，於是才接受了擔任相國、梁公的命令。他命令在京城的大街上燒毀東昏侯的婬奢異服六十二種。齊帝追贈梁公夫人為梁國妃。
初六，南兗州的隊主陳文興在宣武城內鑿井，得到玉雕麒麟、金雕玉璧、水晶環各兩個。又有鳳凰出現在建康縣桐下裏。宣德皇後稱讚祥瑞的征兆，把它交給了相國府。初七，詔令梁國仍舊選用各種要職，全部依照天朝的規定。武帝上表，認為：“前代選辟，都設立選簿，請求自今天起，選辟部門精心挑選，依照舊製設立選簿，使選人無誤，名實相符，普通人知道了界限，拜訪請求自然也就停息了。而且聽說中間立有標準，世家大族滿二十歲可以做官，一般家庭超過三十可以開始做吏，這難道是獎勵精英、培養青年的辦法嗎？這實在是一大弊端，尤其應當改革。”詔令依照這份上表執行。二十七日，詔令晉升梁公的爵位為王，以豫州的南譙和廬江、江州的尋陽、郢州的武昌和西陽、南徐州的南琅笽南東海和晉陵、揚州的臨海和永嘉十郡增撥給梁國，和以前的一起共為二十郡。他的相國、揚州牧、驃騎大將軍職位依然和先前一樣。武帝堅持推辭，有詔書拒絕他的上表。相國左長史王瑩等率領眾僚屬敦促請求。
三月初五，接受了讓他做梁王的命令。下令赦免國內死刑以下的罪犯，鰥寡孤獨不能自力生活的人，賜給穀物五斛，府州所管的征調也都免除。十八日，齊帝命令武帝的冕冠戴十二個玉串，建立和天子一樣的旌旗，出入警戒清道，乘坐金根車，駕車用六匹馬，常備五時副車，設置旄頭旌旗，樂舞用八佾，設置鍾架懸在宮中，王妃、王子、王女爵位的稱號，完全和舊時相同。二十八日，齊帝下詔書禪讓帝位，去姑熟安居。武帝上表推讓，沒有被批準。於是齊朝的百官豫章王蕭元琳等八百一十九人，以及梁台侍中範雲等一百一十七人，一齊上表勸進，武帝謙讓不肯接受。當天，太史令蔣道秀陳述了天文符讖六十四條，事情都很明顯，群臣重複上表堅持請求，武帝才聽從了。
天監元年(502)夏季的四月初八，皇帝在南郊即位，設立祭壇燒起柴火對天禱告。祭禮結束，有詔令放百姓觀看。於是命令車駕返回建康宮，登臨太極前殿，實行大赦，改換年號，賜給人們爵位二級，文武官員職位二等；鰥寡孤獨不能自己生活的，每人發給穀物五斛；拖欠的稅布、口錢、舊債不再收繳；那些因為議論鄉人和國政而犯罪的人、貪汙窩贓奸婬盜竊罪犯，一律免罪，勾銷以前的登記，讓他們重新開始。封齊帝為巴陵王，一郡全部作為食邑，樹天子的旌旗，乘坐五時副車，執行齊朝的曆法，可以在城郊祭祀天地，禮樂製度，全用齊的典章。以齊宣德皇後為齊文帝妃，齊帝的皇後王氏為巴陵王妃，齊代的王侯封爵，全部去除，那些在艱難時期效力顯著的，以後另有加封。隻有宋汝陰王不在去除的範圍。劫賊的家人被拘捕入官的，全都免罪釋放。各個流徙的家庭，一並允許歸回本土。任命兼尚書令王亮為尚書令，兼尚書右仆射沈約為尚書仆射。封皇弟中護軍蕭宏為臨川王，南徐州刺史蕭秀為安成王，雍州刺史蕭偉為建安王，左衛將軍蕭恢為鄱陽王，荊州刺史蕭辵為始興王。自郡王以下，列爵位為不同的六個等級。皇弟、皇子封為郡王，食邑二千戶；王的庶子為縣侯，食邑五百戶，叫做諸侯；功臣的爵位和食邑沒有固定的標準。鳳凰聚集在南蘭陵。
初九，詔令凡是後宮、樂府、西解、暴室諸如此類被幽禁和逼迫的，一律放還。如果是衰老不能自己生活的，官府發給食物。初十，贈給巴陵王錢二百萬，絹、布各一千疋，綿二千斤。車騎將軍高麗王高雲晉升封號為車騎大將軍，鎮東大將軍百濟王餘太晉升封號為征東大將軍，鎮東大將軍倭王蕭武晉升封號為征東大將軍。十一日，巴陵王在姑熟逝世，追諡為齊和帝，葬禮完全依照以前的規製。
十二日，詔令分別派遣宮內的侍從，到四方各地巡視，觀看政治，聽取民謠，訪察賢能，舉薦逸才。當地如果有田野未被開墾、訴訟沒有章程、忘公徇私、一味侵奪的，都要據實上報。如果是有人懷念寶物迷戀鄉土，儲藏奇珍待價而沽，蓄積聲響隱匿真象，不去追求聞名發達，要分別按照姓名上奏，不可遺漏隱瞞。又下詔令說：“以金錢贖免刑罰，從前就曾聽說，拿絲縑用來抵罪，中世就曾實行。時間長久到了末代，輕薄成風，淪落犯罪，途徑不一。已死的不能複生，受刑的無法返回，由此而希望培植樸實之風，難道可以達到嗎？可以依照周朝、漢朝的舊典章，有罪的可以繳納錢物贖罪，此外要製定詳細的條例，及時上奏。”
十三日，以新任命的謝沐公蕭寶義為巴陵王，來繼承齊朝的祭祀。恢複南蘭陵的武進縣，依照前代的等級。征調新任命的相國軍谘祭酒謝紻為侍中、左光祿大夫、開府儀同三司。改南東海為蘭陵郡，在南徐州各個僑居郡縣實行統一編定戶口，統一納稅服役。十五日，詔令“在公車府的謗木、肺石旁邊各設置一個木箱。如果是官員不講，而百姓想盡情發表議論，可以把言論投在木箱中。如果跟隨我轉戰江、漢，功勞應該登記在冊，盔甲破舊，刀劍空懸；其次才能高超，遭受壓抑，心懷傅說、呂尚的奇術，抱有屈原、賈誼的慨歎，他的道理十分明顯，卻遭受拘限；以權勢欺負弱小，豪門淩辱賤民，百姓已經絕路，皇帝無法告知，如果願意自己申訴，都可以投在肺石的木箱中。”十六日，詔令禁止遠近各地來獻慶禮。
閏四月初十，以行宕昌王梁彌邕為安西將軍、河涼二州刺史，正式封為宕昌王。十五日，發出詔書指出大法日益鬆弛，漸漸成為習俗，命令尚書省長官依照元熙時代的舊製度，以傳聞上奏。有關部門奏請，追尊皇上死去的父親為文皇帝，廟號太祖，死去的母親張氏為獻皇後，陵墓叫建陵，郗氏為德皇後，陵墓叫修陵。
五月十八日夜，盜賊進入南北掖，燒神武門、總章觀，害死衛尉卿張弘策。戊子日，江州刺史陳伯之起兵造反。任命領軍將軍王茂為征南將軍、江州刺史，率兵討伐。
六月二十四日，封北秦州刺史楊紹先為武都王。這個月陳伯之逃往魏國。江州平定。前益州刺史劉季連占據成都造反。
秋季的七月初一，發生日蝕。
八月十三日，設置了建康三官。十八日，鸞鳥出現在樂遊苑。二十日，平北將軍、西涼州刺史象舒彭進封號為安西將軍，封為鄧至王。二十二日，命令中書監王瑩等八人參加製定法律條令。詔令尚書郎依照從前的規章上書奏事。交州奉獻能唱歌的鸚鵡，詔令不予接受。林邑、幹..利國各自派遣使者朝貢。
冬季的十一月初五，建立小廟。初十，立皇子蕭統為皇太子，賜給天下做父親較晚的人爵位一級。
十二月，下了大雪，深三尺。
本年大旱，每鬥米五千錢，群眾有許多被餓死。太清二年(548)春天的正月初一，兩個月亮相接如同鉤刀，出現在西方。初六，詔令在官位者各人舉薦自己所了解的賢人。初七，東魏攻克渦陽。初九，任命尚書仆射謝舉為尚書令，任命試職的吏部尚書王克為尚書仆射。十二日，東魏侵犯殷、豫二州。
三月十三日，撫東將軍高麗王高延逝世，任命他的兒子高成為寧東將軍、高麗王、樂浪公。二十八日，屈獠洞殺死了李賁，人頭傳到建鄴。
夏季的四月十五日，詔令在朝廷和州郡的官員各自舉薦賢士。
五月十一日，任命新上任的中書令邵陵王蕭綸為安前將軍、開府儀同三司。二十一日，對交、愛、德三州罪犯實行特殊赦免。
六月，西北部天空開裂，裂口長十丈，寬二丈，光芒射出如同閃電，其聲音好像打雷。
秋季的七月，派遣兼散騎常侍謝班到東魏聘問，以締結和平。
八月初十，侯景起兵反叛。十六日，派遣開府儀同三司邵陵王蕭綸都督各路軍兵討伐侯景，對南豫州罪犯實行特殊赦免。
九月初十，發生地震，江東尤其厲害，毀壞房屋，人被震死。地上生出白毛，長二尺。益州街市上有一萬群蜂子飛來，把人螫死。
冬季的十月，侯景襲擊譙州，進軍攻陷曆陽。二十一日，任命臨賀王蕭正德為平北將軍，都督各路軍隊屯駐在丹陽郡。二十二日，侯景從橫江渡過采石。二十四日，到了建鄴，臨賀王蕭正德率領軍隊歸附賊軍。
十一月初一，設置祭壇，殺了白馬，在太極殿前祭祀蚩尤。初二，侯景在南門前立蕭正德為天子。初四，賊兵攻陷了東府城。二十三日，邵陵王蕭綸率領武州刺史蕭弄璋、前譙州刺史趙伯超等入京援助。二十八日，進軍湖頭，與賊軍交戰，敗退。二十九日，安北將軍鄱陽王蕭範派遣世子蕭嗣、雄信將軍裴之高等率兵入京增援，駐紮在張公洲。
十二月二十二日，西北部的天空裂開，有光如火。尚書令謝舉去世。三十日，司州刺史柳仲禮、前衡州刺史韋粲、高州刺史李遷仕、前司州刺史羊鴉仁等率領軍隊入京援助。
太清三年(549)春季的正月初一，大都督柳仲禮率領眾軍分別占據南岸，賊軍在青塘渡江，突襲殺死韋粲。初四，白虹貫日三層。邵陵王蕭綸、臨城公蕭大連等率兵集結在南岸。十二日，有一顆流星長三十丈，墜落在武庫宿。李遷仕和天門太守樊文皎進軍清溪東，被賊軍擊敗，樊文皎戰死。二十六日，火星守在心宿。
二月，侯景派遣使者求和，皇太子堅持請求，武帝便答應了。結盟於西華門下。侯景把東城的米運到了石頭城後，也不解圍，請求各路軍隊撤退。二十一日，皇太子又命令南兗州刺史南康王蕭會理、前青冀二州刺史湘潭侯蕭退率領江北的軍隊，駐紮在蘭亭苑。二十四日，任命開府儀同三司、丹陽尹邵陵王蕭綸為司空，任命合州刺史鄱陽王蕭範為征北大將軍、開府儀同三司，任命司州刺史柳仲禮為侍中、尚書仆射。當時侯景的奸計已經得逞，於是上表陳述武帝的過失，重新舉兵向皇城進軍。
三月，城內因為侯景違背盟約，設立祭壇稟告天地神靈。初三，前司州刺史羊鴉仁等進軍東府北麵，與賊軍戰鬥，大敗。當時四方軍隊入京增援的有三十多萬，都沒有鬥誌，隻是自相搶奪罷了。十二日，賊軍攻陷了宮城，放縱士兵大肆掠奪。十四日，賊人假傳詔令派遣石城公蕭大款解除外援軍隊。十五日，侯景自已任命自己為都督中外諸軍事、大丞相、錄尚書事。十六日，援軍各自撤退散去。二十一日，火星守在心宿。
夏季的四月初四，京城地震。十一日，又震。二十四日，武帝因為所求的東西不給供應，憂憤臥病。這月，青冀二州刺史明少遐、東徐州刺史湛海珍、北青州刺史王奉伯各自舉州歸附東魏。
五月初二，皇帝逝世於淨居殿，當時年齡八十六歲。二十七日，遷移棺木到太極前殿。十一月初四，葬在修陵，追尊為武皇帝，廟號高祖。
武帝性格淳樸孝順，六歲的時候，獻皇太後去世，三天當中湯水不入口，哭泣超過成人。後來遭到了父親文帝的喪事，當時正在做齊朝隨王的谘議，隨王府住在荊州，聽說父親有病，便呈遞了引罪自責的辭呈，不再睡覺吃飯，加倍趕路。驚濤駭浪，也不停止。武帝的外貌本來很健壯，等到了京城，消瘦不堪，親戚朋友，都認不得了。望見宅院聽到了父親去世的消息，一時氣絕，過了很久才恢複過來。每次哀哭，就要吐血數升。服喪期間，每天隻吃麥子四兩。拜掃陵墓，流淚灑地，鬆樹青草為之變色。後來居了帝位，便在鍾山建造了一座大愛敬寺，在青溪旁邊建造了智度寺，在宮內建立了至敬等殿，又建立了七廟堂。每月兩次陳設素食，常常進去參拜，痛哭流涕，哀情使身邊的人深受感動。
武帝少年時候就很愛學習，凡是能做到的，都要研討。雖然後來日理萬機，事務繁多，還是手不釋卷，點燃蠟燭斜對燭光，常常看到五更。他撰寫了《通史》六百卷、《金海》三十卷、《製旨孝經義》、《周易講疏》和《六十四卦》、二《係》、《文言》、《序卦》等義，《樂社義》、《毛詩》、《春秋答問》、《尚書大義》、《中庸講疏》、《孔子正言》、《孝經講疏》，共二百多卷。王侯朝臣都上表提問，武帝全給他們作出解釋。他修整國立學校，增加生員，建立五館，設置五經博士。天監初年，何佟之、賀蠩、嚴植之、明山寶等按照聖旨，一起撰寫了吉凶賓軍嘉五禮，一千多卷，武帝發布詔書決斷疑難。大同年間(535～546)，在禁城的西麵設立了士林館，領軍朱異、太府卿賀琛、舍人孔子祛等輪流講述。皇太子、宣城王也在東宮宣猷堂和揚州官署開課講學。於是四方州郡，無不仿效。從他在野，到登上皇位，親自寫作的讚、序、詔誥、銘、誄、說、箴、頌、箋、奏等文字，共一百二十卷。六藝都很嫻熟，棋藝登上逸品，陰陽、緯候、卜筮、占決、草隸、尺牘、騎射，無不精妙。
晚年迷信佛教，每天隻吃一頓飯，飯菜沒有鮮肥魚肉，隻是豆羹粗飯。有時遇上事情耽誤，太陽如果過了中午，便漱一下口就過去了。他製成了《涅..》、《大品》、《淨名》、《三慧》各種經義計數百卷。聽看經卷的餘閑時間，就在重雲殿和同泰寺講說，著名僧人、高級學者、比丘、比丘尼、優婆塞、優婆夷四部聽眾，常常在一萬人以上。
武帝身穿的是布衣，用的是木棉皂帳，一頂帽子戴三年，一條被子蓋二年。自從五十歲後便斷絕了房事，後宮的職官貴妃以下，六宮的祭服和華美服裝，除了三翟以外，其他都不拖地，周圍不用錦綺。不飲酒，不聽音樂歌曲，不是宗廟祭祀、大會宴請和各種法事，平時都不曾奏樂。
武帝對政務十分勤懇，孜孜不倦。常常是冬季淩晨四更天的時候，他就命令點起蠟燭閱讀文件，拿筆受凍，手因此而皸裂。然而仁愛不斷，親人和所愛的人犯了錯誤常常寬大原諒，所以政治、刑法鬆弛紊亂。每當決定死罪，常常有人悲哀哭泣，然後就同意了他們的奏請。
武帝性格方正，即使處在小殿暗室，也總是整理衣冠小坐，暑天從不撩衣袒露。即使見宮內小臣，也象是款待貴賓一樣。
起初，齊高帝夢見穿著木屐登殿，看見了武、明二帝後麵一個人用手展開著一張天地圖而不認識，向他詢問，回答說：“順你之後。”後來崔慧景進行威逼，長沙宣武王入京援助，到了越城，夢見乘馬飛到半天空中卻掉了下來，武帝所乘的馬則化為一條赤龍，騰空獨上。當時台閣中有個衛士是一個男巫師，常常看見太極殿有六條龍各自守著一個柱子，結果忽然失掉了其中的兩條，後來看見在宣武王的院子裏。當時宣武王為益州刺史，巫師便前往蜀地去做事。等到宣武王在郢州，這個巫師回到了京城，去見六條龍都在武帝所住的齋房中，於是便離開郢州前往雍州。中途遇到疾病將要死去，便對同伴說：“蕭雍州一定會做天子。”把以前的舊事詳細說了一遍。根據這些推斷，原來就是天命。
即使在逢難期間，武帝也沒有停止齋戒，後來生病不能進食，洗漱仍然和開初一樣。皇太子每天兩次朝見，常常問候是否平安，淚流滿麵。侍奉的賊臣見了，無不掩麵哭泣。病久了感到口苦，索要蜂蜜，卻沒有得到，連說了兩次：“荷，荷！”於是逝世。賊臣對此進行保密，太子要去問候不讓見麵，在門外哀痛不止。
當初在天監年間，和尚釋寶誌寫詩說：“昔年三十八，今年八十三，四中複有四，城北火酣酣。”武帝讓周舍把它記錄封存起來。到了中大同元年(546)，同泰寺受災，武帝打開封函見到了周舍的手跡，為他流下了眼淚。武帝生於甲辰年(464)，三十八歲時正是攻克建鄴的那年。遇災那年實際上是丙寅年，已經八十三了。四月十四日失火，失火的開始，是起自寺塔的第三層。三，是武帝在弟兄中的排行順次。武帝很厭惡，召太史令虞履進行占卜，遇到的是《巛》。虞履說：“沒有災害。有關的《繇》中說：‘西南得朋，東北喪朋，安貞吉。’《文言》中說：‘東北喪朋，乃終有慶。’”武帝說：“這是魔鬼呀。酉應見卯，金來克木，卯為陰間的賊。鬼而又帶賊，不是魔是什麽。為什麽會產生魔呢？酉是口舌，是處於說話的位置。說是言《兌》，從而知道善言之口，應該能夠提前做好法事。”於是人人稱善，無不追從。有的刺血灑地，有的刺血寫經，穿心點燈，坐禪不食。到了太清元年(547)，武帝舍身於光嚴殿、重雲殿，遊仙化生都發生震動，三天才停下來。當時稱為祥瑞。懂得的人認為不動而動，在《洪範》中稱為妖。以此比附石季龍的失敗，殿中壁畫中的人物脖頸都把頭縮了進去之類。
當時海中的浮鵠山，離餘姚的海岸大約一千多裏，山上有一個女人年齡已經三百多歲，有女道士四五百人，年齡都超出一百歲，隻是在山上學道。派遣使者來獻紅席。武帝剛舍身的時候，她們的使者剛好到達，說這種草常有紅鳥住在下麵，所以就拿這作為名字。看她們所畫的形狀，則是鸞鳥。當時有一個男子不知道是什麽人，在大眾當中自己割肉來喂餓鳥，血流滿身，而臉色不變。又和尚智泉用鐵鉤掛著身體，來點燃一千盞燈，一天一夜，端坐不動。開講的時候，有三足鳥聚集在大殿的東門，從門口飛到西南的橫梁上，三次飛起，三次聚集。有白雀一隻，出現在重雲閣的連理樹上。又有五色雲浮在華林園的昆明池上。武帝流落回避越發厲害，境內變化，終於弄到喪亂滅亡。