做引物是非常困難的工作,或許沒有用“七七四十九個童男童女做藥引子”那麽難,但也超過了來自沙漠的無根水的難度了。
在計算機技術蓬勃發展之後的年代,生物學家們為了製作引物,專門開發了專門的軟件,例如功能強大且方便使用的PremierPrimer5.0,常見的Oligo6.0,或者VeTiSuit、DnasisOmiga,Dnastar等等,光看軟件的數量就能想到,這是件何等複雜的工作,至於版本號,更能說明這些軟件,尚未解決全部問題。
事實上,即使PCR已經發明了30年,設計引物依舊不是循例的常規科學,當然,學者們總結出了一些規律,但是,不確定性和偶然性依舊困擾著學者們。
楊銳在遺傳工程實驗室組建前期,並不要求工作時間,現在重新祭出110個小時的法寶,也是因為這種不確定性和偶然性。
不確定性和偶然性歸納起來,就是概率,而解決概率問題的最自然的方式,就是增加樣本。
整個遺傳工程實驗室的研究員們,都為了完成引物設計的工作而鞠躬盡瘁了。
在一流的中文期刊上發表論文,是楊銳對他們的回報,相應的,賣力工作也是免不了的。
在這一點上,楊銳是非常坦蕩的。
中國實驗室相對國外發達國家實驗室的差距是巨大的,從經費到儀器,從管理到技術,從環境到積累——仍然能夠做出世界級成果的原因,唯一能夠填補這些巨大差距的東西,就是實驗狗和科研員們的血淚了。
現代化的實驗室都是有門禁係統的,無論是打卡的,刷指紋的,還是牛的不行的虹膜的,都能記錄實驗狗和科研員們的工作時間,若是將中國的實驗室和外國的實驗室的出勤時間做個對比,就能很清晰的看出差距。
國外實驗室大部分是八小時工作製的,越是發達國家的實驗室,工作時間越是固定,而若是考察國內的實驗室的話——清華的生物實驗室,博士生們每個月的出勤時間大約是450個小時。
每個月出勤450個小時,可比每周出勤110個小時要辛苦的多,這意味著清華的博士生們每月休息的時間不會超過3天,而每天睡覺的時間不可能達到8小時,並且,除了吃飯睡覺,實驗狗們必須將所有時間供奉給實驗室。
如果說科學需要祭品的話,它的祭品就是實驗狗和科研員們的時間、血淚和困苦了。
楊銳完成了碩士學業之後,之所以沒有繼續深造,很大一部分原因,是他能夠承受時間的消磨,血淚的付出,卻很難忍受求學中的困苦。
平均年齡25歲以上的博士生,已經是標準的成年人了,然而,每月450個小時的勞動時間,卻隻能獲得1200元左右的收入,說是困苦,一點都不為過。
曾經的楊銳,勉力掙紮,依舊無法從現實生活的泥潭中脫離出來——當你辛苦了一天,疲憊不堪,饑渴交加的回到宿舍,拿起一盒午餐肉,卻舍不得打開的時候,學業的成功與學術奉獻的光環,已然黯淡無光了。
也是因為有這樣的經曆,楊銳回到80年代的第一件事,就是解決自己的經濟困境。
而當經濟困境解決了之後,楊銳就再沒有顧忌了——
即使他麵對的是令人畏難的引物設計,也不例外。
老實說,這項工作,楊銳能夠從腦海中的資料庫中得到的幫助是很有限的,他至多能夠得到一些理論上的指導。
當然,有理論支持也是難能可貴的。理論指導不僅給楊銳指出了方向,縮小了嚐試的範圍,而且給予了他極大的信心。
即使如此,實際操作依舊困難。
至少比30年後的學者做未知引物還要難上許多倍。
後世的學者起碼有引物設計的軟件可用,僅此一項,就不知道要節省多少時間。後世的學者還有更多的模板可供參考……
而在1985年,楊銳甚至連儀器的效率都無從追求。
但是,楊銳一點畏難之心都沒有。
他吃飽穿暖,有牛肉吃,有定製風衣穿,想坐車坐車,想騎自行車騎自行車,他還存了兩屋子的郵票,擁有自己的實驗室和價值不菲的專利技術。
即使將所有的時間和精力都投入引物設計中,即使要用幾個月甚至幾年的時間,楊銳也不覺得畏難。
更何況,他並不是一個人在工作。
遺傳工程實驗室終究是楊銳掌權,而遺傳工程實驗室裏的8名研究員,也是難能可貴的幫手。
後世做引物設計的學者不好,許多生物專家都有做引物設計的經驗,的確,他們有更多的技術手段和資料做後盾,但做此等研究的學者,能有一名助手就算是不錯了,想要8名專業的科研人員每周付出110個小時來幫忙,那是想都不用想。
終究,科學之神還是聽到了楊銳的祈禱,在吸食了8名研究員的血淚和時間以後,給予了遺傳工程實驗室以回饋,稍稍的彌補了技術和設備上的缺憾。
而楊銳唯一能夠保證的,也就是讓自己的研究員們,不至於困苦。
盡管他不能給公立實驗室的研究員們以額外的工資,但是,學著現在的國企們那樣,多來些福利,總歸是簡單的。
像是中牧這樣的企業,也很願意滿足楊銳的要求。
趁著研究員們圍在實驗桌前的時間,楊銳打了幾個電話,並回轉過來,笑道:“我向梅局長、鐵局長還有屈場長他們報了喜,約定之後請他們來看演示。另外,梅局長答應給咱們再提供一頭牛做賀禮,當然,是宰殺好的。”
實驗室裏的研究員們都笑了起來。
“梅局長好人,又送牛肉。”
“我們家裏上次的牛肉還沒吃完呢。”
“你不懂吃,我給你說,中牧送的都是肥牛,你不要光是煮,用烤箱也好吃。就是咱們冬天燒暖氣的爐子,你們家的有沒有帶烤箱?”
說到吃的時候,實驗桌上的氣氛頓時變的和諧起來。
楊銳亦是笑容滿麵,等幾個人依次看過實驗記錄,就示意再次打開電泳儀。
引物是用肉眼看不見的,弱一點的顯微鏡也別指望,再者,就是看見了也不能判斷ACTG,所以,驗證引物是否成功的方式就是凝膠成像,用生物實驗室裏的話來說,就是跑電泳。
電泳不光能看出引物是否符合要求,還能看出引物的效能如何,也就是所謂的特異性。
楊銳剛才已經做過了一遍,此時就將工作交給了穀強,讓他再檢驗一遍。
穀強的實驗操作強的不行,準確性比楊銳高一個數量級都不誇張,大家也更相信他的操作,一個個注視著穀強的動作,又再次緊張起來。
楊銳也莫名的有些緊張。
實驗室裏出現假陽性的數據再正常不過了,材料被汙染,或者操作失誤等等情況層出不窮,著名的青黴素,其實就是試驗用的培養皿被汙染了,落在某些實驗室裏,當場就得有實驗狗上祭壇吊起來放血。
這次的引物設計,楊銳雖然有利用腦海裏的資料,但具體的細節是一點皆無的。
因此,穀強現在要測試的引物,也就等於說是楊銳獨立設計出來的。
這份功夫,就是放在20年後,也比普通的博士級頭犬強了,不過,獨立設計也就意味著楊銳不能比較資料再三確定了,此時不免略有些不安。
要是穀強做了凝膠成像以後,產物的電泳圖的特異性條帶不明顯,或者來上一條二聚體的條帶,那就丟人了。
不過,丟人也就丟人了,做科研的總有丟人的時候。
楊銳看著穀強節奏性很強的操作著電泳儀,倒是慢慢鬆弛下來。
說起來,他當年剛去唐集中教授的實驗室的時候,每天做的最多的就是電泳儀,要說操作的多精妙不至於,操作失誤卻也不容易。
穀強的操作自然是更好的,光看他的動作,就給人以幹淨利落的感覺。
等到PCR產物電泳圖出來,更是條帶清晰……
然而,所有人的關注點,卻隻在那條特異性條帶上。
“產量好高……”幾個人都讚了起來。
PCR產物電泳圖顯現出來的條帶,是一片漆黑上的“條形碼”,“條形碼”是白色的,又長又短,依次排列。
越是清晰的條形碼條帶,就說明該物質的含量越多。
就現在的實驗來說,特異性條帶越清晰越好,二聚體或者發夾結構什麽的越少越好。
楊銳亦是忍不住挺胸抬頭起來,這可是完全屬於他的設計。
“歐陽教授,咱們做一組鑒定?”楊銳自信心大增。
歐陽仕大聲的應了。
孫正初聽的羨慕不已,道:“這個實驗做出來,怕是能發表到國外的畜牧類頂級期刊上吧。營養學報(JournalOfNutrition)或者英國營養學報?”
楊銳笑而不語,營養學報固然是畜牧類的頂級期刊,但對他來說,卻不是頂級的選擇。
“先看實驗結果怎麽樣。”楊銳並不多說,又恢複到了做實驗的狀態。
……
在計算機技術蓬勃發展之後的年代,生物學家們為了製作引物,專門開發了專門的軟件,例如功能強大且方便使用的PremierPrimer5.0,常見的Oligo6.0,或者VeTiSuit、DnasisOmiga,Dnastar等等,光看軟件的數量就能想到,這是件何等複雜的工作,至於版本號,更能說明這些軟件,尚未解決全部問題。
事實上,即使PCR已經發明了30年,設計引物依舊不是循例的常規科學,當然,學者們總結出了一些規律,但是,不確定性和偶然性依舊困擾著學者們。
楊銳在遺傳工程實驗室組建前期,並不要求工作時間,現在重新祭出110個小時的法寶,也是因為這種不確定性和偶然性。
不確定性和偶然性歸納起來,就是概率,而解決概率問題的最自然的方式,就是增加樣本。
整個遺傳工程實驗室的研究員們,都為了完成引物設計的工作而鞠躬盡瘁了。
在一流的中文期刊上發表論文,是楊銳對他們的回報,相應的,賣力工作也是免不了的。
在這一點上,楊銳是非常坦蕩的。
中國實驗室相對國外發達國家實驗室的差距是巨大的,從經費到儀器,從管理到技術,從環境到積累——仍然能夠做出世界級成果的原因,唯一能夠填補這些巨大差距的東西,就是實驗狗和科研員們的血淚了。
現代化的實驗室都是有門禁係統的,無論是打卡的,刷指紋的,還是牛的不行的虹膜的,都能記錄實驗狗和科研員們的工作時間,若是將中國的實驗室和外國的實驗室的出勤時間做個對比,就能很清晰的看出差距。
國外實驗室大部分是八小時工作製的,越是發達國家的實驗室,工作時間越是固定,而若是考察國內的實驗室的話——清華的生物實驗室,博士生們每個月的出勤時間大約是450個小時。
每個月出勤450個小時,可比每周出勤110個小時要辛苦的多,這意味著清華的博士生們每月休息的時間不會超過3天,而每天睡覺的時間不可能達到8小時,並且,除了吃飯睡覺,實驗狗們必須將所有時間供奉給實驗室。
如果說科學需要祭品的話,它的祭品就是實驗狗和科研員們的時間、血淚和困苦了。
楊銳完成了碩士學業之後,之所以沒有繼續深造,很大一部分原因,是他能夠承受時間的消磨,血淚的付出,卻很難忍受求學中的困苦。
平均年齡25歲以上的博士生,已經是標準的成年人了,然而,每月450個小時的勞動時間,卻隻能獲得1200元左右的收入,說是困苦,一點都不為過。
曾經的楊銳,勉力掙紮,依舊無法從現實生活的泥潭中脫離出來——當你辛苦了一天,疲憊不堪,饑渴交加的回到宿舍,拿起一盒午餐肉,卻舍不得打開的時候,學業的成功與學術奉獻的光環,已然黯淡無光了。
也是因為有這樣的經曆,楊銳回到80年代的第一件事,就是解決自己的經濟困境。
而當經濟困境解決了之後,楊銳就再沒有顧忌了——
即使他麵對的是令人畏難的引物設計,也不例外。
老實說,這項工作,楊銳能夠從腦海中的資料庫中得到的幫助是很有限的,他至多能夠得到一些理論上的指導。
當然,有理論支持也是難能可貴的。理論指導不僅給楊銳指出了方向,縮小了嚐試的範圍,而且給予了他極大的信心。
即使如此,實際操作依舊困難。
至少比30年後的學者做未知引物還要難上許多倍。
後世的學者起碼有引物設計的軟件可用,僅此一項,就不知道要節省多少時間。後世的學者還有更多的模板可供參考……
而在1985年,楊銳甚至連儀器的效率都無從追求。
但是,楊銳一點畏難之心都沒有。
他吃飽穿暖,有牛肉吃,有定製風衣穿,想坐車坐車,想騎自行車騎自行車,他還存了兩屋子的郵票,擁有自己的實驗室和價值不菲的專利技術。
即使將所有的時間和精力都投入引物設計中,即使要用幾個月甚至幾年的時間,楊銳也不覺得畏難。
更何況,他並不是一個人在工作。
遺傳工程實驗室終究是楊銳掌權,而遺傳工程實驗室裏的8名研究員,也是難能可貴的幫手。
後世做引物設計的學者不好,許多生物專家都有做引物設計的經驗,的確,他們有更多的技術手段和資料做後盾,但做此等研究的學者,能有一名助手就算是不錯了,想要8名專業的科研人員每周付出110個小時來幫忙,那是想都不用想。
終究,科學之神還是聽到了楊銳的祈禱,在吸食了8名研究員的血淚和時間以後,給予了遺傳工程實驗室以回饋,稍稍的彌補了技術和設備上的缺憾。
而楊銳唯一能夠保證的,也就是讓自己的研究員們,不至於困苦。
盡管他不能給公立實驗室的研究員們以額外的工資,但是,學著現在的國企們那樣,多來些福利,總歸是簡單的。
像是中牧這樣的企業,也很願意滿足楊銳的要求。
趁著研究員們圍在實驗桌前的時間,楊銳打了幾個電話,並回轉過來,笑道:“我向梅局長、鐵局長還有屈場長他們報了喜,約定之後請他們來看演示。另外,梅局長答應給咱們再提供一頭牛做賀禮,當然,是宰殺好的。”
實驗室裏的研究員們都笑了起來。
“梅局長好人,又送牛肉。”
“我們家裏上次的牛肉還沒吃完呢。”
“你不懂吃,我給你說,中牧送的都是肥牛,你不要光是煮,用烤箱也好吃。就是咱們冬天燒暖氣的爐子,你們家的有沒有帶烤箱?”
說到吃的時候,實驗桌上的氣氛頓時變的和諧起來。
楊銳亦是笑容滿麵,等幾個人依次看過實驗記錄,就示意再次打開電泳儀。
引物是用肉眼看不見的,弱一點的顯微鏡也別指望,再者,就是看見了也不能判斷ACTG,所以,驗證引物是否成功的方式就是凝膠成像,用生物實驗室裏的話來說,就是跑電泳。
電泳不光能看出引物是否符合要求,還能看出引物的效能如何,也就是所謂的特異性。
楊銳剛才已經做過了一遍,此時就將工作交給了穀強,讓他再檢驗一遍。
穀強的實驗操作強的不行,準確性比楊銳高一個數量級都不誇張,大家也更相信他的操作,一個個注視著穀強的動作,又再次緊張起來。
楊銳也莫名的有些緊張。
實驗室裏出現假陽性的數據再正常不過了,材料被汙染,或者操作失誤等等情況層出不窮,著名的青黴素,其實就是試驗用的培養皿被汙染了,落在某些實驗室裏,當場就得有實驗狗上祭壇吊起來放血。
這次的引物設計,楊銳雖然有利用腦海裏的資料,但具體的細節是一點皆無的。
因此,穀強現在要測試的引物,也就等於說是楊銳獨立設計出來的。
這份功夫,就是放在20年後,也比普通的博士級頭犬強了,不過,獨立設計也就意味著楊銳不能比較資料再三確定了,此時不免略有些不安。
要是穀強做了凝膠成像以後,產物的電泳圖的特異性條帶不明顯,或者來上一條二聚體的條帶,那就丟人了。
不過,丟人也就丟人了,做科研的總有丟人的時候。
楊銳看著穀強節奏性很強的操作著電泳儀,倒是慢慢鬆弛下來。
說起來,他當年剛去唐集中教授的實驗室的時候,每天做的最多的就是電泳儀,要說操作的多精妙不至於,操作失誤卻也不容易。
穀強的操作自然是更好的,光看他的動作,就給人以幹淨利落的感覺。
等到PCR產物電泳圖出來,更是條帶清晰……
然而,所有人的關注點,卻隻在那條特異性條帶上。
“產量好高……”幾個人都讚了起來。
PCR產物電泳圖顯現出來的條帶,是一片漆黑上的“條形碼”,“條形碼”是白色的,又長又短,依次排列。
越是清晰的條形碼條帶,就說明該物質的含量越多。
就現在的實驗來說,特異性條帶越清晰越好,二聚體或者發夾結構什麽的越少越好。
楊銳亦是忍不住挺胸抬頭起來,這可是完全屬於他的設計。
“歐陽教授,咱們做一組鑒定?”楊銳自信心大增。
歐陽仕大聲的應了。
孫正初聽的羨慕不已,道:“這個實驗做出來,怕是能發表到國外的畜牧類頂級期刊上吧。營養學報(JournalOfNutrition)或者英國營養學報?”
楊銳笑而不語,營養學報固然是畜牧類的頂級期刊,但對他來說,卻不是頂級的選擇。
“先看實驗結果怎麽樣。”楊銳並不多說,又恢複到了做實驗的狀態。
……